src/jalview/gui/PopupMenu.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import java.util.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 import javax.swing.*;\r
  26 \r
  27 import MCview.*;\r
  28 import jalview.analysis.*;\r
  29 import jalview.commands.*;\r
  30 import jalview.datamodel.*;\r
  31 import jalview.io.*;\r
  32 import jalview.schemes.*;\r
  33 \r
  34 /**\r
  35  * DOCUMENT ME!\r
  36  *\r
  37  * @author $author$\r
  38  * @version $Revision$\r
  39  */\r
  40 public class PopupMenu\r
  41     extends JPopupMenu\r
  42 {\r
  43   JMenu groupMenu = new JMenu();\r
  44   JMenuItem groupName = new JMenuItem();\r
  45   protected JRadioButtonMenuItem clustalColour = new JRadioButtonMenuItem();\r
  46   protected JRadioButtonMenuItem zappoColour = new JRadioButtonMenuItem();\r
  47   protected JRadioButtonMenuItem taylorColour = new JRadioButtonMenuItem();\r
  48   protected JRadioButtonMenuItem hydrophobicityColour = new\r
  49       JRadioButtonMenuItem();\r
  50   protected JRadioButtonMenuItem helixColour = new JRadioButtonMenuItem();\r
  51   protected JRadioButtonMenuItem strandColour = new JRadioButtonMenuItem();\r
  52   protected JRadioButtonMenuItem turnColour = new JRadioButtonMenuItem();\r
  53   protected JRadioButtonMenuItem buriedColour = new JRadioButtonMenuItem();\r
  54   protected JCheckBoxMenuItem abovePIDColour = new JCheckBoxMenuItem();\r
  55   protected JRadioButtonMenuItem userDefinedColour = new JRadioButtonMenuItem();\r
  56   protected JRadioButtonMenuItem PIDColour = new JRadioButtonMenuItem();\r
  57   protected JRadioButtonMenuItem BLOSUM62Colour = new JRadioButtonMenuItem();\r
  58   JRadioButtonMenuItem noColourmenuItem = new JRadioButtonMenuItem();\r
  59   protected JCheckBoxMenuItem conservationMenuItem = new JCheckBoxMenuItem();\r
  60   AlignmentPanel ap;\r
  61   JMenu sequenceMenu = new JMenu();\r
  62   JMenuItem sequenceName = new JMenuItem();\r
  63   Sequence sequence;\r
  64   JMenuItem unGroupMenuItem = new JMenuItem();\r
  65   JMenuItem outline = new JMenuItem();\r
  66   JRadioButtonMenuItem nucleotideMenuItem = new JRadioButtonMenuItem();\r
  67   JMenu colourMenu = new JMenu();\r
  68   JCheckBoxMenuItem showBoxes = new JCheckBoxMenuItem();\r
  69   JCheckBoxMenuItem showText = new JCheckBoxMenuItem();\r
  70   JCheckBoxMenuItem showColourText = new JCheckBoxMenuItem();\r
  71   JMenu editMenu = new JMenu();\r
  72   JMenuItem cut = new JMenuItem();\r
  73   JMenuItem copy = new JMenuItem();\r
  74   JMenuItem upperCase = new JMenuItem();\r
  75   JMenuItem lowerCase = new JMenuItem();\r
  76   JMenuItem toggle = new JMenuItem();\r
  77   JMenu pdbMenu = new JMenu();\r
  78   JMenuItem pdbFromFile = new JMenuItem();\r
  79   JMenuItem enterPDB = new JMenuItem();\r
  80   JMenuItem discoverPDB = new JMenuItem();\r
  81   JMenu outputMenu = new JMenu();\r
  82   JMenuItem sequenceFeature = new JMenuItem();\r
  83   JMenuItem textColour = new JMenuItem();\r
  84   JMenu jMenu1 = new JMenu();\r
  85 \r
  86   /**\r
  87    * Creates a new PopupMenu object.\r
  88    *\r
  89    * @param ap DOCUMENT ME!\r
  90    * @param seq DOCUMENT ME!\r
  91    */\r
  92   public PopupMenu(final AlignmentPanel ap, Sequence seq, Vector links)\r
  93   {\r
  94     ///////////////////////////////////////////////////////////\r
  95     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to\r
  96     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu\r
  97     //\r
  98     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu\r
  99     //////////////////////////////////////////////////////////\r
 100     this.ap = ap;\r
 101     sequence = seq;\r
 102 \r
 103     ButtonGroup colours = new ButtonGroup();\r
 104     colours.add(noColourmenuItem);\r
 105     colours.add(clustalColour);\r
 106     colours.add(zappoColour);\r
 107     colours.add(taylorColour);\r
 108     colours.add(hydrophobicityColour);\r
 109     colours.add(helixColour);\r
 110     colours.add(strandColour);\r
 111     colours.add(turnColour);\r
 112     colours.add(buriedColour);\r
 113     colours.add(abovePIDColour);\r
 114     colours.add(userDefinedColour);\r
 115     colours.add(PIDColour);\r
 116     colours.add(BLOSUM62Colour);\r
 117 \r
 118     for (int i = 0; i < jalview.io.FormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++)\r
 119     {\r
 120       JMenuItem item = new JMenuItem(jalview.io.FormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[\r
 121                                      i]);\r
 122 \r
 123       item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 124       {\r
 125         public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 126         {\r
 127           outputText_actionPerformed(e);\r
 128         }\r
 129       });\r
 130 \r
 131       outputMenu.add(item);\r
 132     }\r
 133 \r
 134     try\r
 135     {\r
 136       jbInit();\r
 137     }\r
 138     catch (Exception e)\r
 139     {\r
 140       e.printStackTrace();\r
 141     }\r
 142 \r
 143     if (seq != null)\r
 144     {\r
 145       sequenceMenu.setText(sequence.getName());\r
 146 \r
 147       JMenuItem menuItem;\r
 148       if (seq.getDatasetSequence().getPDBId() != null)\r
 149       {\r
 150         java.util.Enumeration e = seq.getDatasetSequence().getPDBId().\r
 151             elements();\r
 152 \r
 153         while (e.hasMoreElements())\r
 154         {\r
 155           final PDBEntry pdb = (PDBEntry) e.nextElement();\r
 156 \r
 157           menuItem = new JMenuItem();\r
 158           menuItem.setText("View PDB entry: " + pdb.getId());\r
 159           menuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 160           {\r
 161             public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 162             {\r
 163 \r
 164               Vector seqs = new Vector();\r
 165               for (int i = 0; i < ap.av.alignment.getHeight(); i++)\r
 166               {\r
 167                 Vector pdbs = ap.av.alignment.getSequenceAt(i).getDatasetSequence().getPDBId();\r
 168                 if(pdbs==null)\r
 169                   continue;\r
 170 \r
 171                 for(int p=0; p<pdbs.size(); p++)\r
 172                 {\r
 173                   PDBEntry p1 = (PDBEntry)pdbs.elementAt(p);\r
 174                   if(p1.getId().equals(pdb.getId()))\r
 175                   {\r
 176                     if (!seqs.contains(ap.av.alignment.getSequenceAt(i)))\r
 177                         seqs.addElement(ap.av.alignment.getSequenceAt(i));\r
 178 \r
 179                       continue;\r
 180                   }\r
 181 \r
 182                 }\r
 183               }\r
 184 \r
 185               SequenceI [] seqs2 = new SequenceI[seqs.size()];\r
 186               seqs.toArray(seqs2);\r
 187 \r
 188               new AppJMol(pdb, seqs2, ap);\r
 189             }\r
 190           });\r
 191           sequenceMenu.add(menuItem);\r
 192         }\r
 193       }\r
 194 \r
 195       menuItem = new JMenuItem("Hide Sequences");\r
 196       menuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 197       {\r
 198         public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 199         {\r
 200           hideSequences(false);\r
 201         }\r
 202       });\r
 203       add(menuItem);\r
 204 \r
 205       if (ap.av.getSelectionGroup() != null\r
 206           && ap.av.getSelectionGroup().getSize() > 1)\r
 207       {\r
 208         menuItem = new JMenuItem("Represent Group with " + seq.getName());\r
 209         menuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 210         {\r
 211           public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 212           {\r
 213             hideSequences(true);\r
 214           }\r
 215         });\r
 216         sequenceMenu.add(menuItem);\r
 217       }\r
 218 \r
 219       if (ap.av.hasHiddenRows)\r
 220       {\r
 221         final int index = ap.av.alignment.findIndex(seq);\r
 222 \r
 223         if (ap.av.adjustForHiddenSeqs(index) -\r
 224             ap.av.adjustForHiddenSeqs(index - 1) > 1)\r
 225         {\r
 226           menuItem = new JMenuItem("Reveal Sequences");\r
 227           menuItem.addActionListener(new ActionListener()\r
 228           {\r
 229             public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 230             {\r
 231               ap.av.showSequence(index);\r
 232               if (ap.overviewPanel != null)\r
 233               {\r
 234                 ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 235               }\r
 236             }\r
 237           });\r
 238           add(menuItem);\r
 239         }\r
 240 \r
 241         menuItem = new JMenuItem("Reveal All");\r
 242         menuItem.addActionListener(new ActionListener()\r
 243         {\r
 244           public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 245           {\r
 246             ap.av.showAllHiddenSeqs();\r
 247             if (ap.overviewPanel != null)\r
 248             {\r
 249               ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 250             }\r
 251           }\r
 252         });\r
 253 \r
 254         add(menuItem);\r
 255       }\r
 256 \r
 257     }\r
 258 \r
 259     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 260 \r
 261     if (sg != null)\r
 262     {\r
 263       groupName.setText(sg.getName());\r
 264 \r
 265       if (sg.cs instanceof ZappoColourScheme)\r
 266       {\r
 267         zappoColour.setSelected(true);\r
 268       }\r
 269       else if (sg.cs instanceof TaylorColourScheme)\r
 270       {\r
 271         taylorColour.setSelected(true);\r
 272       }\r
 273       else if (sg.cs instanceof PIDColourScheme)\r
 274       {\r
 275         PIDColour.setSelected(true);\r
 276       }\r
 277       else if (sg.cs instanceof Blosum62ColourScheme)\r
 278       {\r
 279         BLOSUM62Colour.setSelected(true);\r
 280       }\r
 281       else if (sg.cs instanceof UserColourScheme)\r
 282       {\r
 283         userDefinedColour.setSelected(true);\r
 284       }\r
 285       else if (sg.cs instanceof HydrophobicColourScheme)\r
 286       {\r
 287         hydrophobicityColour.setSelected(true);\r
 288       }\r
 289       else if (sg.cs instanceof HelixColourScheme)\r
 290       {\r
 291         helixColour.setSelected(true);\r
 292       }\r
 293       else if (sg.cs instanceof StrandColourScheme)\r
 294       {\r
 295         strandColour.setSelected(true);\r
 296       }\r
 297       else if (sg.cs instanceof TurnColourScheme)\r
 298       {\r
 299         turnColour.setSelected(true);\r
 300       }\r
 301       else if (sg.cs instanceof BuriedColourScheme)\r
 302       {\r
 303         buriedColour.setSelected(true);\r
 304       }\r
 305       else if (sg.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 306       {\r
 307         clustalColour.setSelected(true);\r
 308       }\r
 309       else\r
 310       {\r
 311         noColourmenuItem.setSelected(true);\r
 312       }\r
 313 \r
 314       if (sg.cs != null && sg.cs.conservationApplied())\r
 315       {\r
 316         conservationMenuItem.setSelected(true);\r
 317       }\r
 318 \r
 319       showText.setSelected(sg.getDisplayText());\r
 320       showColourText.setSelected(sg.getColourText());\r
 321       showBoxes.setSelected(sg.getDisplayBoxes());\r
 322     }\r
 323     else\r
 324     {\r
 325       groupMenu.setVisible(false);\r
 326       editMenu.setVisible(false);\r
 327     }\r
 328 \r
 329     if (!ap.av.alignment.getGroups().contains(sg))\r
 330     {\r
 331       unGroupMenuItem.setVisible(false);\r
 332     }\r
 333 \r
 334     if (seq == null)\r
 335     {\r
 336       sequenceMenu.setVisible(false);\r
 337       pdbMenu.setVisible(false);\r
 338     }\r
 339 \r
 340     if (links != null && links.size() > 0)\r
 341     {\r
 342       JMenu linkMenu = new JMenu("Link");\r
 343       JMenuItem item;\r
 344       for (int i = 0; i < links.size(); i++)\r
 345       {\r
 346         String link = links.elementAt(i).toString();\r
 347         final String label = link.substring(0, link.indexOf("|"));\r
 348         item = new JMenuItem(label);\r
 349         final String url;\r
 350 \r
 351         if (link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") > -1)\r
 352         {\r
 353           String id = seq.getName();\r
 354           if (id.indexOf("|") > -1)\r
 355           {\r
 356             id = id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1);\r
 357           }\r
 358 \r
 359           url = link.substring(link.indexOf("|") + 1,\r
 360                                link.indexOf("$SEQUENCE_ID$"))\r
 361               + id +\r
 362               link.substring(link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") + 13);\r
 363         }\r
 364         else\r
 365         {\r
 366           url = link.substring(link.lastIndexOf("|") + 1);\r
 367         }\r
 368 \r
 369         item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 370         {\r
 371           public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 372           {\r
 373             showLink(url);\r
 374           }\r
 375         });\r
 376 \r
 377         linkMenu.add(item);\r
 378       }\r
 379       if (sequence != null)\r
 380       {\r
 381         sequenceMenu.add(linkMenu);\r
 382       }\r
 383       else\r
 384       {\r
 385         add(linkMenu);\r
 386       }\r
 387     }\r
 388   }\r
 389 \r
 390   /**\r
 391    * DOCUMENT ME!\r
 392    *\r
 393    * @throws Exception DOCUMENT ME!\r
 394    */\r
 395   private void jbInit()\r
 396       throws Exception\r
 397   {\r
 398     groupMenu.setText("Group");\r
 399     groupMenu.setText("Selection");\r
 400     groupName.setText("Name");\r
 401     groupName.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 402     {\r
 403       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 404       {\r
 405         groupName_actionPerformed();\r
 406       }\r
 407     });\r
 408     sequenceMenu.setText("Sequence");\r
 409     sequenceName.setText("Edit Name/Description");\r
 410     sequenceName.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 411     {\r
 412       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 413       {\r
 414         sequenceName_actionPerformed();\r
 415       }\r
 416     });\r
 417     PIDColour.setFocusPainted(false);\r
 418     unGroupMenuItem.setText("Remove Group");\r
 419     unGroupMenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 420     {\r
 421       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 422       {\r
 423         unGroupMenuItem_actionPerformed();\r
 424       }\r
 425     });\r
 426 \r
 427     outline.setText("Border colour");\r
 428     outline.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 429     {\r
 430       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 431       {\r
 432         outline_actionPerformed();\r
 433       }\r
 434     });\r
 435     nucleotideMenuItem.setText("Nucleotide");\r
 436     nucleotideMenuItem.addActionListener(new ActionListener()\r
 437     {\r
 438       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 439       {\r
 440         nucleotideMenuItem_actionPerformed();\r
 441       }\r
 442     });\r
 443     colourMenu.setText("Group Colour");\r
 444     showBoxes.setText("Boxes");\r
 445     showBoxes.setState(true);\r
 446     showBoxes.addActionListener(new ActionListener()\r
 447     {\r
 448       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 449       {\r
 450         showBoxes_actionPerformed();\r
 451       }\r
 452     });\r
 453     showText.setText("Text");\r
 454     showText.setState(true);\r
 455     showText.addActionListener(new ActionListener()\r
 456     {\r
 457       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 458       {\r
 459         showText_actionPerformed();\r
 460       }\r
 461     });\r
 462     showColourText.setText("Colour Text");\r
 463     showColourText.addActionListener(new ActionListener()\r
 464     {\r
 465       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 466       {\r
 467         showColourText_actionPerformed();\r
 468       }\r
 469     });\r
 470     editMenu.setText("Edit");\r
 471     cut.setText("Cut");\r
 472     cut.addActionListener(new ActionListener()\r
 473     {\r
 474       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 475       {\r
 476         cut_actionPerformed();\r
 477       }\r
 478     });\r
 479     upperCase.setText("To Upper Case");\r
 480     upperCase.addActionListener(new ActionListener()\r
 481     {\r
 482       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 483       {\r
 484         changeCase(e);\r
 485       }\r
 486     });\r
 487     copy.setText("Copy");\r
 488     copy.addActionListener(new ActionListener()\r
 489     {\r
 490       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 491       {\r
 492         copy_actionPerformed();\r
 493       }\r
 494     });\r
 495     lowerCase.setText("To Lower Case");\r
 496     lowerCase.addActionListener(new ActionListener()\r
 497     {\r
 498       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 499       {\r
 500         changeCase(e);\r
 501       }\r
 502     });\r
 503     toggle.setText("Toggle Case");\r
 504     toggle.addActionListener(new ActionListener()\r
 505     {\r
 506       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 507       {\r
 508         changeCase(e);\r
 509       }\r
 510     });\r
 511     pdbMenu.setText("Associate Structure with Sequence");\r
 512     pdbFromFile.setText("From File");\r
 513     pdbFromFile.addActionListener(new ActionListener()\r
 514     {\r
 515       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 516       {\r
 517         pdbFromFile_actionPerformed();\r
 518       }\r
 519     });\r
 520     enterPDB.setText("Enter PDB Id");\r
 521     enterPDB.addActionListener(new ActionListener()\r
 522     {\r
 523       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 524       {\r
 525         enterPDB_actionPerformed();\r
 526       }\r
 527     });\r
 528     discoverPDB.setText("Discover PDB ids");\r
 529     discoverPDB.addActionListener(new ActionListener()\r
 530     {\r
 531       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 532       {\r
 533         discoverPDB_actionPerformed();\r
 534       }\r
 535     });\r
 536     outputMenu.setText("Output to Textbox...");\r
 537     sequenceFeature.setText("Create Sequence Feature");\r
 538     sequenceFeature.addActionListener(new ActionListener()\r
 539     {\r
 540       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 541       {\r
 542         sequenceFeature_actionPerformed();\r
 543       }\r
 544     });\r
 545     textColour.setText("Text Colour");\r
 546     textColour.addActionListener(new ActionListener()\r
 547     {\r
 548       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 549       {\r
 550         textColour_actionPerformed();\r
 551       }\r
 552     });\r
 553     jMenu1.setText("Group");\r
 554     add(groupMenu);\r
 555 \r
 556     add(sequenceMenu);\r
 557     groupMenu.add(editMenu);\r
 558     groupMenu.add(outputMenu);\r
 559     groupMenu.add(sequenceFeature);\r
 560     groupMenu.add(jMenu1);\r
 561     sequenceMenu.add(sequenceName);\r
 562     sequenceMenu.add(pdbMenu);\r
 563     colourMenu.add(textColour);\r
 564     colourMenu.add(noColourmenuItem);\r
 565     colourMenu.add(clustalColour);\r
 566     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);\r
 567     colourMenu.add(PIDColour);\r
 568     colourMenu.add(zappoColour);\r
 569     colourMenu.add(taylorColour);\r
 570     colourMenu.add(hydrophobicityColour);\r
 571     colourMenu.add(helixColour);\r
 572     colourMenu.add(strandColour);\r
 573     colourMenu.add(turnColour);\r
 574     colourMenu.add(buriedColour);\r
 575     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);\r
 576     colourMenu.add(userDefinedColour);\r
 577 \r
 578     if (jalview.gui.UserDefinedColours.getUserColourSchemes() != null)\r
 579     {\r
 580       java.util.Enumeration userColours = jalview.gui.UserDefinedColours.\r
 581           getUserColourSchemes().keys();\r
 582 \r
 583       while (userColours.hasMoreElements())\r
 584       {\r
 585         JMenuItem item = new JMenuItem(userColours.\r
 586                                        nextElement().toString());\r
 587         item.addActionListener(new ActionListener()\r
 588         {\r
 589           public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 590           {\r
 591             userDefinedColour_actionPerformed(evt);\r
 592           }\r
 593         });\r
 594         colourMenu.add(item);\r
 595       }\r
 596     }\r
 597 \r
 598     colourMenu.addSeparator();\r
 599     colourMenu.add(abovePIDColour);\r
 600     colourMenu.add(conservationMenuItem);\r
 601     editMenu.add(copy);\r
 602     editMenu.add(cut);\r
 603     editMenu.add(upperCase);\r
 604     editMenu.add(lowerCase);\r
 605     editMenu.add(toggle);\r
 606     pdbMenu.add(pdbFromFile);\r
 607     pdbMenu.add(enterPDB);\r
 608     pdbMenu.add(discoverPDB);\r
 609     jMenu1.add(groupName);\r
 610     jMenu1.add(unGroupMenuItem);\r
 611     jMenu1.add(colourMenu);\r
 612     jMenu1.add(showBoxes);\r
 613     jMenu1.add(showText);\r
 614     jMenu1.add(showColourText);\r
 615     jMenu1.add(outline);\r
 616     noColourmenuItem.setText("None");\r
 617     noColourmenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 618     {\r
 619       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 620       {\r
 621         noColourmenuItem_actionPerformed();\r
 622       }\r
 623     });\r
 624 \r
 625     clustalColour.setText("Clustalx colours");\r
 626     clustalColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 627     {\r
 628       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 629       {\r
 630         clustalColour_actionPerformed();\r
 631       }\r
 632     });\r
 633     zappoColour.setText("Zappo");\r
 634     zappoColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 635     {\r
 636       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 637       {\r
 638         zappoColour_actionPerformed();\r
 639       }\r
 640     });\r
 641     taylorColour.setText("Taylor");\r
 642     taylorColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 643     {\r
 644       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 645       {\r
 646         taylorColour_actionPerformed();\r
 647       }\r
 648     });\r
 649     hydrophobicityColour.setText("Hydrophobicity");\r
 650     hydrophobicityColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 651     {\r
 652       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 653       {\r
 654         hydrophobicityColour_actionPerformed();\r
 655       }\r
 656     });\r
 657     helixColour.setText("Helix propensity");\r
 658     helixColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 659     {\r
 660       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 661       {\r
 662         helixColour_actionPerformed();\r
 663       }\r
 664     });\r
 665     strandColour.setText("Strand propensity");\r
 666     strandColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 667     {\r
 668       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 669       {\r
 670         strandColour_actionPerformed();\r
 671       }\r
 672     });\r
 673     turnColour.setText("Turn propensity");\r
 674     turnColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 675     {\r
 676       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 677       {\r
 678         turnColour_actionPerformed();\r
 679       }\r
 680     });\r
 681     buriedColour.setText("Buried Index");\r
 682     buriedColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 683     {\r
 684       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 685       {\r
 686         buriedColour_actionPerformed();\r
 687       }\r
 688     });\r
 689     abovePIDColour.setText("Above % Identity");\r
 690     abovePIDColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 691     {\r
 692       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 693       {\r
 694         abovePIDColour_actionPerformed();\r
 695       }\r
 696     });\r
 697     userDefinedColour.setText("User Defined...");\r
 698     userDefinedColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 699     {\r
 700       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 701       {\r
 702         userDefinedColour_actionPerformed(e);\r
 703       }\r
 704     });\r
 705     PIDColour.setText("Percentage Identity");\r
 706     PIDColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 707     {\r
 708       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 709       {\r
 710         PIDColour_actionPerformed();\r
 711       }\r
 712     });\r
 713     BLOSUM62Colour.setText("BLOSUM62");\r
 714     BLOSUM62Colour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 715     {\r
 716       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 717       {\r
 718         BLOSUM62Colour_actionPerformed();\r
 719       }\r
 720     });\r
 721     conservationMenuItem.setText("Conservation");\r
 722     conservationMenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 723     {\r
 724       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 725       {\r
 726         conservationMenuItem_actionPerformed();\r
 727       }\r
 728     });\r
 729   }\r
 730 \r
 731   /**\r
 732    * DOCUMENT ME!\r
 733    */\r
 734   void refresh()\r
 735   {\r
 736     ap.paintAlignment(true);\r
 737 \r
 738     PaintRefresher.Refresh(this, ap.av.getSequenceSetId());\r
 739   }\r
 740 \r
 741   /**\r
 742    * DOCUMENT ME!\r
 743    *\r
 744    * @param e DOCUMENT ME!\r
 745    */\r
 746   protected void clustalColour_actionPerformed()\r
 747   {\r
 748     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 749     sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg.getSequences(ap.av.hiddenRepSequences),\r
 750                                      ap.av.alignment.getWidth());\r
 751     refresh();\r
 752   }\r
 753 \r
 754   /**\r
 755    * DOCUMENT ME!\r
 756    *\r
 757    * @param e DOCUMENT ME!\r
 758    */\r
 759   protected void zappoColour_actionPerformed()\r
 760   {\r
 761     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();\r
 762     refresh();\r
 763   }\r
 764 \r
 765   /**\r
 766    * DOCUMENT ME!\r
 767    *\r
 768    * @param e DOCUMENT ME!\r
 769    */\r
 770   protected void taylorColour_actionPerformed()\r
 771   {\r
 772     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();\r
 773     refresh();\r
 774   }\r
 775 \r
 776   /**\r
 777    * DOCUMENT ME!\r
 778    *\r
 779    * @param e DOCUMENT ME!\r
 780    */\r
 781   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()\r
 782   {\r
 783     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();\r
 784     refresh();\r
 785   }\r
 786 \r
 787   /**\r
 788    * DOCUMENT ME!\r
 789    *\r
 790    * @param e DOCUMENT ME!\r
 791    */\r
 792   protected void helixColour_actionPerformed()\r
 793   {\r
 794     getGroup().cs = new HelixColourScheme();\r
 795     refresh();\r
 796   }\r
 797 \r
 798   /**\r
 799    * DOCUMENT ME!\r
 800    *\r
 801    * @param e DOCUMENT ME!\r
 802    */\r
 803   protected void strandColour_actionPerformed()\r
 804   {\r
 805     getGroup().cs = new StrandColourScheme();\r
 806     refresh();\r
 807   }\r
 808 \r
 809   /**\r
 810    * DOCUMENT ME!\r
 811    *\r
 812    * @param e DOCUMENT ME!\r
 813    */\r
 814   protected void turnColour_actionPerformed()\r
 815   {\r
 816     getGroup().cs = new TurnColourScheme();\r
 817     refresh();\r
 818   }\r
 819 \r
 820   /**\r
 821    * DOCUMENT ME!\r
 822    *\r
 823    * @param e DOCUMENT ME!\r
 824    */\r
 825   protected void buriedColour_actionPerformed()\r
 826   {\r
 827     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();\r
 828     refresh();\r
 829   }\r
 830 \r
 831   /**\r
 832    * DOCUMENT ME!\r
 833    *\r
 834    * @param e DOCUMENT ME!\r
 835    */\r
 836   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()\r
 837   {\r
 838     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();\r
 839     refresh();\r
 840   }\r
 841 \r
 842   /**\r
 843    * DOCUMENT ME!\r
 844    *\r
 845    * @param e DOCUMENT ME!\r
 846    */\r
 847   protected void abovePIDColour_actionPerformed()\r
 848   {\r
 849     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 850     if (sg.cs == null)\r
 851     {\r
 852       return;\r
 853     }\r
 854 \r
 855     if (abovePIDColour.isSelected())\r
 856     {\r
 857       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(\r
 858           sg.getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), sg.getStartRes(),\r
 859           sg.getEndRes() + 1));\r
 860 \r
 861       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs,\r
 862           getGroup().getName());\r
 863 \r
 864       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 865 \r
 866       SliderPanel.showPIDSlider();\r
 867     }\r
 868     else // remove PIDColouring\r
 869     {\r
 870       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 871     }\r
 872 \r
 873     refresh();\r
 874   }\r
 875 \r
 876   /**\r
 877    * DOCUMENT ME!\r
 878    *\r
 879    * @param e DOCUMENT ME!\r
 880    */\r
 881   protected void userDefinedColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 882   {\r
 883     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 884 \r
 885     if (e.getActionCommand().equals("User Defined..."))\r
 886     {\r
 887       new UserDefinedColours(ap, sg);\r
 888     }\r
 889     else\r
 890     {\r
 891       UserColourScheme udc = (UserColourScheme) UserDefinedColours.\r
 892           getUserColourSchemes().get(e.getActionCommand());\r
 893 \r
 894       sg.cs = udc;\r
 895     }\r
 896     refresh();\r
 897   }\r
 898 \r
 899   /**\r
 900    * DOCUMENT ME!\r
 901    *\r
 902    * @param e DOCUMENT ME!\r
 903    */\r
 904   protected void PIDColour_actionPerformed()\r
 905   {\r
 906     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 907     sg.cs = new PIDColourScheme();\r
 908     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av.\r
 909         hiddenRepSequences),\r
 910                                              sg.getStartRes(),\r
 911                                              sg.getEndRes() + 1));\r
 912     refresh();\r
 913   }\r
 914 \r
 915   /**\r
 916    * DOCUMENT ME!\r
 917    *\r
 918    * @param e DOCUMENT ME!\r
 919    */\r
 920   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()\r
 921   {\r
 922     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 923 \r
 924     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();\r
 925 \r
 926     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av.\r
 927         hiddenRepSequences),\r
 928                                              sg.getStartRes(),\r
 929                                              sg.getEndRes() + 1));\r
 930 \r
 931     refresh();\r
 932   }\r
 933 \r
 934   /**\r
 935    * DOCUMENT ME!\r
 936    *\r
 937    * @param e DOCUMENT ME!\r
 938    */\r
 939   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()\r
 940   {\r
 941     getGroup().cs = null;\r
 942     refresh();\r
 943   }\r
 944 \r
 945   /**\r
 946    * DOCUMENT ME!\r
 947    *\r
 948    * @param e DOCUMENT ME!\r
 949    */\r
 950   protected void conservationMenuItem_actionPerformed()\r
 951   {\r
 952     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 953     if (sg.cs == null)\r
 954     {\r
 955       return;\r
 956     }\r
 957 \r
 958     if (conservationMenuItem.isSelected())\r
 959     {\r
 960       Conservation c = new Conservation("Group",\r
 961                                         ResidueProperties.propHash, 3,\r
 962                                         sg.getSequences(ap.av.\r
 963           hiddenRepSequences),\r
 964                                         sg.getStartRes(),\r
 965                                         sg.getEndRes() + 1);\r
 966 \r
 967       c.calculate();\r
 968       c.verdict(false, ap.av.ConsPercGaps);\r
 969 \r
 970       sg.cs.setConservation(c);\r
 971 \r
 972       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());\r
 973       SliderPanel.showConservationSlider();\r
 974     }\r
 975     else // remove ConservationColouring\r
 976     {\r
 977       sg.cs.setConservation(null);\r
 978     }\r
 979 \r
 980     refresh();\r
 981   }\r
 982 \r
 983   /**\r
 984    * DOCUMENT ME!\r
 985    *\r
 986    * @param e DOCUMENT ME!\r
 987    */\r
 988   protected void groupName_actionPerformed()\r
 989   {\r
 990 \r
 991     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 992     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(sg.getName(),\r
 993                                                sg.getDescription(),\r
 994                                                "       Group Name ",\r
 995                                                "Group Description ",\r
 996                                                "Edit Group Name/Description");\r
 997 \r
 998     if (!dialog.accept)\r
 999     {\r
1000       return;\r
1001     }\r
1002 \r
1003     sg.setName(dialog.getName());\r
1004     sg.setDescription(dialog.getDescription());\r
1005   }\r
1006 \r
1007   /**\r
1008    * DOCUMENT ME!\r
1009    *\r
1010    * @return DOCUMENT ME!\r
1011    */\r
1012   SequenceGroup getGroup()\r
1013   {\r
1014     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
1015     // this method won't add a new group if it already exists\r
1016     if (sg != null)\r
1017     {\r
1018       ap.av.alignment.addGroup(sg);\r
1019     }\r
1020 \r
1021     return sg;\r
1022   }\r
1023 \r
1024   /**\r
1025    * DOCUMENT ME!\r
1026    *\r
1027    * @param e DOCUMENT ME!\r
1028    */\r
1029   void sequenceName_actionPerformed()\r
1030   {\r
1031     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(sequence.getName(),\r
1032                                                sequence.getDescription(),\r
1033                                                "       Sequence Name ",\r
1034                                                "Sequence Description ",\r
1035                                                "Edit Sequence Name/Description");\r
1036 \r
1037     if (!dialog.accept)\r
1038     {\r
1039       return;\r
1040     }\r
1041 \r
1042     if (dialog.getName() != null)\r
1043     {\r
1044       if (dialog.getName().indexOf(" ") > -1)\r
1045       {\r
1046         JOptionPane.showMessageDialog(ap,\r
1047                                       "Spaces have been converted to \"_\"",\r
1048                                       "No spaces allowed in Sequence Name",\r
1049                                       JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1050       }\r
1051 \r
1052       sequence.setName(dialog.getName().replace(' ', '_'));\r
1053       ap.paintAlignment(false);\r
1054     }\r
1055 \r
1056     sequence.setDescription(dialog.getDescription());\r
1057 \r
1058     ap.av.firePropertyChange("alignment", null,\r
1059                              ap.av.getAlignment().getSequences());\r
1060 \r
1061   }\r
1062 \r
1063   /**\r
1064    * DOCUMENT ME!\r
1065    *\r
1066    * @param e DOCUMENT ME!\r
1067    */\r
1068   void unGroupMenuItem_actionPerformed()\r
1069   {\r
1070     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
1071     ap.av.alignment.deleteGroup(sg);\r
1072     ap.av.setSelectionGroup(null);\r
1073     refresh();\r
1074   }\r
1075 \r
1076   /**\r
1077    * DOCUMENT ME!\r
1078    *\r
1079    * @param e DOCUMENT ME!\r
1080    */\r
1081   protected void outline_actionPerformed()\r
1082   {\r
1083     SequenceGroup sg = getGroup();\r
1084     Color col = JColorChooser.showDialog(this, "Select Outline Colour",\r
1085                                          Color.BLUE);\r
1086 \r
1087     if (col != null)\r
1088     {\r
1089       sg.setOutlineColour(col);\r
1090     }\r
1091 \r
1092     refresh();\r
1093   }\r
1094 \r
1095   /**\r
1096    * DOCUMENT ME!\r
1097    *\r
1098    * @param e DOCUMENT ME!\r
1099    */\r
1100   public void showBoxes_actionPerformed()\r
1101   {\r
1102     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.isSelected());\r
1103     refresh();\r
1104   }\r
1105 \r
1106   /**\r
1107    * DOCUMENT ME!\r
1108    *\r
1109    * @param e DOCUMENT ME!\r
1110    */\r
1111   public void showText_actionPerformed()\r
1112   {\r
1113     getGroup().setDisplayText(showText.isSelected());\r
1114     refresh();\r
1115   }\r
1116 \r
1117   /**\r
1118    * DOCUMENT ME!\r
1119    *\r
1120    * @param e DOCUMENT ME!\r
1121    */\r
1122   public void showColourText_actionPerformed()\r
1123   {\r
1124     getGroup().setColourText(showColourText.isSelected());\r
1125     refresh();\r
1126   }\r
1127 \r
1128   public void showLink(String url)\r
1129   {\r
1130     try\r
1131     {\r
1132       jalview.util.BrowserLauncher.openURL(url);\r
1133     }\r
1134     catch (Exception ex)\r
1135     {\r
1136       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
1137                                             "Unixers: Couldn't find default web browser."\r
1138                                             +\r
1139           "\nAdd the full path to your browser in Preferences.",\r
1140                                             "Web browser not found",\r
1141                                             JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1142 \r
1143       ex.printStackTrace();\r
1144     }\r
1145   }\r
1146 \r
1147   void hideSequences(boolean representGroup)\r
1148   {\r
1149     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
1150     if (sg == null || sg.getSize() < 1)\r
1151     {\r
1152       ap.av.hideSequence(new SequenceI[]\r
1153                          {sequence});\r
1154       return;\r
1155     }\r
1156 \r
1157     ap.av.setSelectionGroup(null);\r
1158 \r
1159     if (representGroup)\r
1160     {\r
1161       ap.av.hideRepSequences(sequence, sg);\r
1162 \r
1163       return;\r
1164     }\r
1165 \r
1166     int gsize = sg.getSize();\r
1167     SequenceI[] hseqs;\r
1168 \r
1169     hseqs = new SequenceI[gsize];\r
1170 \r
1171     int index = 0;\r
1172     for (int i = 0; i < gsize; i++)\r
1173     {\r
1174       hseqs[index++] = sg.getSequenceAt(i);\r
1175     }\r
1176 \r
1177     ap.av.hideSequence(hseqs);\r
1178   }\r
1179 \r
1180   public void copy_actionPerformed()\r
1181   {\r
1182     ap.alignFrame.copy_actionPerformed(null);\r
1183   }\r
1184 \r
1185   public void cut_actionPerformed()\r
1186   {\r
1187     ap.alignFrame.cut_actionPerformed(null);\r
1188   }\r
1189 \r
1190   void changeCase(ActionEvent e)\r
1191   {\r
1192     Object source = e.getSource();\r
1193     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
1194 \r
1195     if (sg != null)\r
1196     {\r
1197       int[][] startEnd = ap.av.getVisibleRegionBoundaries(\r
1198           sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1);\r
1199 \r
1200       String description;\r
1201       int caseChange;\r
1202 \r
1203       if (source == toggle)\r
1204       {\r
1205         description = "Toggle Case";\r
1206         caseChange = ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;\r
1207       }\r
1208       else if (source == upperCase)\r
1209       {\r
1210         description = "To Upper Case";\r
1211         caseChange = ChangeCaseCommand.TO_UPPER;\r
1212       }\r
1213       else\r
1214       {\r
1215         description = "To Lower Case";\r
1216         caseChange = ChangeCaseCommand.TO_LOWER;\r
1217       }\r
1218 \r
1219       ChangeCaseCommand caseCommand = new ChangeCaseCommand(\r
1220           description, sg.getSequencesAsArray(ap.av.hiddenRepSequences),\r
1221           startEnd, caseChange\r
1222           );\r
1223 \r
1224       ap.alignFrame.addHistoryItem(caseCommand);\r
1225 \r
1226       ap.av.firePropertyChange("alignment", null,\r
1227                                ap.av.getAlignment().getSequences());\r
1228 \r
1229     }\r
1230   }\r
1231 \r
1232   public void outputText_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1233   {\r
1234     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();\r
1235     cap.setForInput(null);\r
1236     Desktop.addInternalFrame(cap,\r
1237                              "Alignment output - " + e.getActionCommand(), 600,\r
1238                              500);\r
1239 \r
1240     String[] omitHidden = null;\r
1241 \r
1242     if (ap.av.hasHiddenColumns)\r
1243     {\r
1244       System.out.println("PROMPT USER HERE");\r
1245       omitHidden = ap.av.getViewAsString(true);\r
1246     }\r
1247 \r
1248     cap.setText(new FormatAdapter().formatSequences(\r
1249         e.getActionCommand(),\r
1250         ap.av.getSelectionAsNewSequence(),\r
1251         omitHidden));\r
1252   }\r
1253 \r
1254   public void pdbFromFile_actionPerformed()\r
1255   {\r
1256     jalview.io.JalviewFileChooser chooser\r
1257         = new jalview.io.JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.\r
1258                                             getProperty(\r
1259                                                 "LAST_DIRECTORY"));\r
1260     chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
1261     chooser.setDialogTitle("Select a PDB file");\r
1262     chooser.setToolTipText("Load a PDB file");\r
1263 \r
1264     int value = chooser.showOpenDialog(null);\r
1265 \r
1266     if (value == jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
1267     {\r
1268       PDBEntry entry = new PDBEntry();\r
1269       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();\r
1270       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice);\r
1271       try\r
1272       {\r
1273         MCview.PDBfile pdbfile = new MCview.PDBfile(choice,\r
1274             jalview.io.AppletFormatAdapter.FILE);\r
1275 \r
1276         if (pdbfile.id == null)\r
1277         {\r
1278           String reply = JOptionPane.showInternalInputDialog(\r
1279               Desktop.desktop,\r
1280               "Couldn't find a PDB id in the file supplied."\r
1281               + "Please enter an Id to identify this structure.",\r
1282               "No PDB Id in File", JOptionPane.QUESTION_MESSAGE);\r
1283           if (reply == null)\r
1284           {\r
1285             return;\r
1286           }\r
1287 \r
1288           entry.setId(reply);\r
1289         }\r
1290         else\r
1291         {\r
1292           entry.setId(pdbfile.id);\r
1293         }\r
1294       }\r
1295       catch (java.io.IOException ex)\r
1296       {\r
1297         ex.printStackTrace();\r
1298       }\r
1299 \r
1300       entry.setFile(choice);\r
1301       sequence.getDatasetSequence().addPDBId(entry);\r
1302     }\r
1303 \r
1304   }\r
1305 \r
1306   public void enterPDB_actionPerformed()\r
1307   {\r
1308     String id = JOptionPane.showInternalInputDialog(Desktop.desktop,\r
1309         "Enter PDB Id", "Enter PDB Id", JOptionPane.QUESTION_MESSAGE);\r
1310 \r
1311     if (id != null && id.length() > 0)\r
1312     {\r
1313       PDBEntry entry = new PDBEntry();\r
1314       entry.setId(id);\r
1315       sequence.getDatasetSequence()\r
1316           .addPDBId(entry);\r
1317     }\r
1318   }\r
1319 \r
1320   public void discoverPDB_actionPerformed()\r
1321   {\r
1322     new jalview.io.DBRefFetcher(\r
1323         ap.av.getAlignment(), ap.alignFrame).fetchDBRefs(false);\r
1324   }\r
1325 \r
1326   public void sequenceFeature_actionPerformed()\r
1327   {\r
1328     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
1329     if (sg == null)\r
1330     {\r
1331       return;\r
1332     }\r
1333 \r
1334     int gSize = sg.getSize();\r
1335     SequenceI[] seqs = new SequenceI[gSize];\r
1336     SequenceFeature[] features = new SequenceFeature[gSize];\r
1337 \r
1338     for (int i = 0; i < gSize; i++)\r
1339     {\r
1340       seqs[i] = sg.getSequenceAt(i).getDatasetSequence();\r
1341       int start = sg.getSequenceAt(i).findPosition(sg.getStartRes());\r
1342       int end = sg.findEndRes(sg.getSequenceAt(i));\r
1343       features[i] = new SequenceFeature(null, null, null, start, end, "Jalview");\r
1344     }\r
1345 \r
1346     if (ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer()\r
1347         .amendFeatures(seqs, features, true, ap))\r
1348     {\r
1349       ap.alignFrame.showSeqFeatures.setSelected(true);\r
1350       ap.av.setShowSequenceFeatures(true);\r
1351       ap.highlightSearchResults(null);\r
1352     }\r
1353   }\r
1354 \r
1355   public void textColour_actionPerformed()\r
1356   {\r
1357     SequenceGroup sg = getGroup();\r
1358     if (sg != null)\r
1359     {\r
1360       new TextColourChooser().chooseColour(ap, sg);\r
1361     }\r
1362   }\r
1363 }\r