src/jalview/gui/Preferences.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import java.awt.BorderLayout;
  24 import java.awt.Color;
  25 import java.awt.Component;
  26 import java.awt.Dimension;
  27 import java.awt.Font;
  28 import java.awt.event.ActionEvent;
  29 import java.awt.event.ActionListener;
  30 import java.awt.event.MouseEvent;
  31 import java.io.File;
  32 import java.util.ArrayList;
  33 import java.util.List;
  34
  35 import javax.help.HelpSetException;
  36 import javax.swing.JComboBox;
  37 import javax.swing.JFileChooser;
  38 import javax.swing.JInternalFrame;
  39 import javax.swing.JPanel;
  40 import javax.swing.ListSelectionModel;
  41 import javax.swing.RowFilter;
  42 import javax.swing.RowSorter;
  43 import javax.swing.SortOrder;
  44 import javax.swing.event.DocumentEvent;
  45 import javax.swing.event.DocumentListener;
  46 import javax.swing.event.ListSelectionEvent;
  47 import javax.swing.event.ListSelectionListener;
  48 import javax.swing.table.TableCellRenderer;
  49 import javax.swing.table.TableColumn;
  50 import javax.swing.table.TableModel;
  51 import javax.swing.table.TableRowSorter;
  52
  53 import ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2.StructureManager;
  54 import jalview.analysis.AnnotationSorter.SequenceAnnotationOrder;
  55 import jalview.bin.Cache;
  56 import jalview.gui.Help.HelpId;
  57 import jalview.gui.StructureViewer.ViewerType;
  58 import jalview.io.BackupFiles;
  59 import jalview.io.BackupFilesPresetEntry;
  60 import jalview.io.FileFormatI;
  61 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  62 import jalview.io.JalviewFileView;
  63 import jalview.jbgui.GPreferences;
  64 import jalview.jbgui.GSequenceLink;
  65 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  66 import jalview.schemes.ColourSchemes;
  67 import jalview.schemes.ResidueColourScheme;
  68 import jalview.urls.UrlLinkTableModel;
  69 import jalview.urls.api.UrlProviderFactoryI;
  70 import jalview.urls.api.UrlProviderI;
  71 import jalview.urls.desktop.DesktopUrlProviderFactory;
  72 import jalview.util.MessageManager;
  73 import jalview.util.Platform;
  74 import jalview.util.UrlConstants;
  75 import jalview.ws.sifts.SiftsSettings;
  76
  77 /**
  78  * DOCUMENT ME!
  79  *
  80  * @author $author$
  81  * @version $Revision$
  82  */
  83 public class Preferences extends GPreferences
  84 {
  85
  86   public static final String ADD_SS_ANN = "ADD_SS_ANN";
  87
  88   public static final String ADD_TEMPFACT_ANN = "ADD_TEMPFACT_ANN";
  89
  90   public static final String ALLOW_UNPUBLISHED_PDB_QUERYING = "ALLOW_UNPUBLISHED_PDB_QUERYING";
  91
  92   public static final String ANNOTATIONCOLOUR_MAX = "ANNOTATIONCOLOUR_MAX";
  93
  94   public static final String ANNOTATIONCOLOUR_MIN = "ANNOTATIONCOLOUR_MIN";
  95
  96   public static final String ANTI_ALIAS = "ANTI_ALIAS";
  97
  98   public static final String AUTO_CALC_CONSENSUS = "AUTO_CALC_CONSENSUS";
  99
 100   public static final String AUTOASSOCIATE_PDBANDSEQS = "AUTOASSOCIATE_PDBANDSEQS";
 101
 102   public static final String BLOSUM62_PCA_FOR_NUCLEOTIDE = "BLOSUM62_PCA_FOR_NUCLEOTIDE";
 103
 104   public static final String CENTRE_COLUMN_LABELS = "CENTRE_COLUMN_LABELS";
 105
 106   public static final String CHIMERA_PATH = "CHIMERA_PATH";
 107
 108   public static final String DBREFFETCH_USEPICR = "DBREFFETCH_USEPICR";
 109
 110   public static final String DEFAULT_COLOUR = "DEFAULT_COLOUR";
 111
 112   public static final String DEFAULT_COLOUR_NUC = "DEFAULT_COLOUR_NUC";
 113
 114   public static final String DEFAULT_COLOUR_PROT = "DEFAULT_COLOUR_PROT";
 115
 116   public static final String ENABLE_SPLIT_FRAME = "ENABLE_SPLIT_FRAME";
 117
 118   public static final String FIGURE_AUTOIDWIDTH = "FIGURE_AUTOIDWIDTH";
 119
 120   public static final String FIGURE_FIXEDIDWIDTH = "FIGURE_FIXEDIDWIDTH";
 121
 122   public static final String FOLLOW_SELECTIONS = "FOLLOW_SELECTIONS";
 123
 124   public static final String FONT_NAME = "FONT_NAME";
 125
 126   public static final String FONT_SIZE = "FONT_SIZE";
 127
 128   public static final String FONT_STYLE = "FONT_STYLE";
 129
 130   public static final String GAP_COLOUR = "GAP_COLOUR";
 131
 132   public static final String GAP_SYMBOL = "GAP_SYMBOL";
 133
 134   public static final String HIDDEN_COLOUR = "HIDDEN_COLOUR";
 135
 136   public static final String HIDE_INTRONS = "HIDE_INTRONS";
 137
 138   public static final String ID_ITALICS = "ID_ITALICS";
 139
 140   public static final String ID_ORG_HOSTURL = "ID_ORG_HOSTURL";
 141
 142   public static final String MAP_WITH_SIFTS = "MAP_WITH_SIFTS";
 143
 144   public static final String NOQUESTIONNAIRES = "NOQUESTIONNAIRES";
 145
 146   public static final String NORMALISE_CONSENSUS_LOGO = "NORMALISE_CONSENSUS_LOGO";
 147
 148   public static final String NORMALISE_LOGO = "NORMALISE_LOGO";
 149
 150   public static final String PAD_GAPS = "PAD_GAPS";
 151
 152   public static final String PDB_DOWNLOAD_FORMAT = "PDB_DOWNLOAD_FORMAT";
 153
 154   public static final String QUESTIONNAIRE = "QUESTIONNAIRE";
 155
 156   public static final String RELAXEDSEQIDMATCHING = "RELAXEDSEQIDMATCHING";
 157
 158   public static final String RIGHT_ALIGN_IDS = "RIGHT_ALIGN_IDS";
 159
 160   public static final String SCALE_PROTEIN_TO_CDNA = "SCALE_PROTEIN_TO_CDNA";
 161
 162   public static final String SHOW_ANNOTATIONS = "SHOW_ANNOTATIONS";
 163
 164   public static final String SHOW_AUTOCALC_ABOVE = "SHOW_AUTOCALC_ABOVE";
 165
 166   public static final String SHOW_CONSENSUS = "SHOW_CONSENSUS";
 167
 168   public static final String SHOW_CONSENSUS_HISTOGRAM = "SHOW_CONSENSUS_HISTOGRAM";
 169
 170   public static final String SHOW_CONSENSUS_LOGO = "SHOW_CONSENSUS_LOGO";
 171
 172   public static final String SHOW_CONSERVATION = "SHOW_CONSERVATION";
 173
 174   public static final String SHOW_DBREFS_TOOLTIP = "SHOW_DBREFS_TOOLTIP";
 175
 176   public static final String SHOW_GROUP_CONSENSUS = "SHOW_GROUP_CONSENSUS";
 177
 178   public static final String SHOW_GROUP_CONSERVATION = "SHOW_GROUP_CONSERVATION";
 179
 180   public static final String SHOW_JVSUFFIX = "SHOW_JVSUFFIX";
 181
 182   public static final String SHOW_NPFEATS_TOOLTIP = "SHOW_NPFEATS_TOOLTIP";
 183
 184   public static final String SHOW_OCCUPANCY = "SHOW_OCCUPANCY";
 185
 186   public static final String SHOW_OV_HIDDEN_AT_START = "SHOW_OV_HIDDEN_AT_START";
 187
 188   public static final String SHOW_OVERVIEW = "SHOW_OVERVIEW";
 189
 190   public static final String SHOW_QUALITY = "SHOW_QUALITY";
 191
 192   public static final String SHOW_UNCONSERVED = "SHOW_UNCONSERVED";
 193
 194   public static final String SORT_ALIGNMENT = "SORT_ALIGNMENT";
 195
 196   public static final String SORT_ANNOTATIONS = "SORT_ANNOTATIONS";
 197
 198   public static final String SORT_BY_TREE = "SORT_BY_TREE";
 199
 200   public static final String STRUCT_FROM_PDB = "STRUCT_FROM_PDB";
 201
 202   public static final String STRUCTURE_DISPLAY = "STRUCTURE_DISPLAY";
 203
 204   public static final String STRUCTURE_DIMENSIONS = "STRUCTURE_DIMENSIONS";
 205
 206   public static final String UNIPROT_DOMAIN = "UNIPROT_DOMAIN";
 207
 208   public static final String USE_FULL_SO = "USE_FULL_SO";
 209
 210   public static final String USE_LEGACY_GAP = "USE_LEGACY_GAP";
 211
 212   public static final String USE_RNAVIEW = "USE_RNAVIEW";
 213
 214   public static final String USER_DEFINED_COLOURS = "USER_DEFINED_COLOURS";
 215
 216   public static final String WRAP_ALIGNMENT = "WRAP_ALIGNMENT";
 217
 218
 219   private static final int MIN_FONT_SIZE = 1;
 220
 221   private static final int MAX_FONT_SIZE = 30;
 222
 223   /**
 224    * Holds name and link separated with | character. Sequence ID must be
 225    * $SEQUENCE_ID$ or $SEQUENCE_ID=/.possible | chars ./=$
 226    */
 227   public static UrlProviderI sequenceUrlLinks;
 228
 229   public static UrlLinkTableModel dataModel;
 230
 231   /**
 232    * Holds name and link separated with | character. Sequence IDS and Sequences
 233    * must be $SEQUENCEIDS$ or $SEQUENCEIDS=/.possible | chars ./=$ and
 234    * $SEQUENCES$ or $SEQUENCES=/.possible | chars ./=$ and separation character
 235    * for first and second token specified after a pipe character at end |,|.
 236    * (TODO: proper escape for using | to separate ids or sequences
 237    */
 238
 239   public static List<String> groupURLLinks;
 240   static
 241   {
 242     // get links selected to be in the menu (SEQUENCE_LINKS)
 243     // and links entered by the user but not selected (STORED_LINKS)
 244     String inMenuString = Cache.getDefault("SEQUENCE_LINKS", "");
 245     String notInMenuString = Cache.getDefault("STORED_LINKS", "");
 246     String defaultUrl = Cache.getDefault("DEFAULT_URL",
 247             UrlConstants.DEFAULT_LABEL);
 248
 249     // if both links lists are empty, add the DEFAULT_URL link
 250     // otherwise we assume the default link is in one of the lists
 251     if (inMenuString.isEmpty() && notInMenuString.isEmpty())
 252     {
 253       inMenuString = UrlConstants.DEFAULT_STRING;
 254     }
 255     UrlProviderFactoryI factory = new DesktopUrlProviderFactory(defaultUrl,
 256             inMenuString, notInMenuString);
 257     sequenceUrlLinks = factory.createUrlProvider();
 258     dataModel = new UrlLinkTableModel(sequenceUrlLinks);
 259
 260     /**
 261      * TODO: reformulate groupURL encoding so two or more can be stored in the
 262      * .properties file as '|' separated strings
 263      */
 264
 265     groupURLLinks = new ArrayList<>();
 266   }
 267
 268   JInternalFrame frame;
 269
 270   private WsPreferences wsPrefs;
 271
 272   private OptionsParam promptEachTimeOpt = new OptionsParam(
 273           MessageManager.getString("label.prompt_each_time"),
 274           "Prompt each time");
 275
 276   private OptionsParam lineArtOpt = new OptionsParam(
 277           MessageManager.getString("label.lineart"), "Lineart");
 278
 279   private OptionsParam textOpt = new OptionsParam(
 280           MessageManager.getString("action.text"), "Text");
 281
 282   /**
 283    * Creates a new Preferences object.
 284    */
 285   public Preferences()
 286   {
 287     super();
 288     frame = new JInternalFrame();
 289     frame.setContentPane(this);
 290     if (!Platform.isJS())
 291     /**
 292      * Java only
 293      *
 294      * @j2sIgnore
 295      */
 296     {
 297       wsPrefs = new WsPreferences();
 298       wsTab.add(wsPrefs, BorderLayout.CENTER);
 299     }
 300     int width = 500, height = 450;
 301     if (Platform.isAMacAndNotJS())
 302     {
 303       width = 570;
 304       height = 480;
 305     }
 306
 307     Desktop.addInternalFrame(frame,
 308             MessageManager.getString("label.preferences"), width, height);
 309     frame.setMinimumSize(new Dimension(width, height));
 310
 311     /*
 312      * Set Visual tab defaults
 313      */
 314     seqLimit.setSelected(Cache.getDefault("SHOW_JVSUFFIX", true));
 315     rightAlign.setSelected(Cache.getDefault("RIGHT_ALIGN_IDS", false));
 316     fullScreen.setSelected(Cache.getDefault("SHOW_FULLSCREEN", false));
 317     annotations.setSelected(Cache.getDefault("SHOW_ANNOTATIONS", true));
 318
 319     conservation.setSelected(Cache.getDefault("SHOW_CONSERVATION", true));
 320     quality.setSelected(Cache.getDefault("SHOW_QUALITY", true));
 321     identity.setSelected(Cache.getDefault("SHOW_IDENTITY", true));
 322     openoverv.setSelected(Cache.getDefault("SHOW_OVERVIEW", false));
 323     showUnconserved
 324             .setSelected(Cache.getDefault("SHOW_UNCONSERVED", false));
 325     showOccupancy.setSelected(Cache.getDefault(SHOW_OCCUPANCY, false));
 326     showGroupConsensus
 327             .setSelected(Cache.getDefault("SHOW_GROUP_CONSENSUS", false));
 328     showGroupConservation.setSelected(
 329             Cache.getDefault("SHOW_GROUP_CONSERVATION", false));
 330     showConsensHistogram.setSelected(
 331             Cache.getDefault("SHOW_CONSENSUS_HISTOGRAM", true));
 332     showConsensLogo
 333             .setSelected(Cache.getDefault("SHOW_CONSENSUS_LOGO", false));
 334     showNpTooltip
 335             .setSelected(Cache.getDefault("SHOW_NPFEATS_TOOLTIP", true));
 336     showDbRefTooltip
 337             .setSelected(Cache.getDefault("SHOW_DBREFS_TOOLTIP", true));
 338
 339     String[] fonts = java.awt.GraphicsEnvironment
 340             .getLocalGraphicsEnvironment().getAvailableFontFamilyNames();
 341     for (int i = 0; i < fonts.length; i++)
 342     {
 343       fontNameCB.addItem(fonts[i]);
 344     }
 345
 346     for (int i = MIN_FONT_SIZE; i <= MAX_FONT_SIZE; i++)
 347     {
 348       fontSizeCB.addItem(i + "");
 349     }
 350
 351     fontStyleCB.addItem("plain");
 352     fontStyleCB.addItem("bold");
 353     fontStyleCB.addItem("italic");
 354
 355     fontNameCB.setSelectedItem(Cache.getDefault("FONT_NAME", "SansSerif"));
 356     fontSizeCB.setSelectedItem(Cache.getDefault("FONT_SIZE", "10"));
 357     fontStyleCB.setSelectedItem(
 358             Cache.getDefault("FONT_STYLE", Font.PLAIN + ""));
 359
 360     smoothFont.setSelected(Cache.getDefault("ANTI_ALIAS", true));
 361     scaleProteinToCdna
 362             .setSelected(Cache.getDefault(SCALE_PROTEIN_TO_CDNA, false));
 363
 364     idItalics.setSelected(Cache.getDefault("ID_ITALICS", true));
 365
 366     wrap.setSelected(Cache.getDefault("WRAP_ALIGNMENT", false));
 367
 368     gapSymbolCB.addItem("-");
 369     gapSymbolCB.addItem(".");
 370
 371     gapSymbolCB.setSelectedItem(Cache.getDefault("GAP_SYMBOL", "-"));
 372
 373     sortby.addItem("No sort");
 374     sortby.addItem("Id");
 375     sortby.addItem("Pairwise Identity");
 376     sortby.setSelectedItem(Cache.getDefault("SORT_ALIGNMENT", "No sort"));
 377
 378     sortAnnBy.addItem(SequenceAnnotationOrder.NONE.toString());
 379     sortAnnBy
 380             .addItem(SequenceAnnotationOrder.SEQUENCE_AND_LABEL.toString());
 381     sortAnnBy
 382             .addItem(SequenceAnnotationOrder.LABEL_AND_SEQUENCE.toString());
 383     SequenceAnnotationOrder savedSort = SequenceAnnotationOrder
 384             .valueOf(Cache.getDefault(SORT_ANNOTATIONS,
 385                     SequenceAnnotationOrder.NONE.name()));
 386     sortAnnBy.setSelectedItem(savedSort.toString());
 387
 388     sortAutocalc.addItem("Autocalculated first");
 389     sortAutocalc.addItem("Autocalculated last");
 390     final boolean showAbove = Cache.getDefault(SHOW_AUTOCALC_ABOVE, true);
 391     sortAutocalc.setSelectedItem(showAbove ? sortAutocalc.getItemAt(0)
 392             : sortAutocalc.getItemAt(1));
 393     startupCheckbox
 394             .setSelected(Cache.getDefault("SHOW_STARTUP_FILE", true));
 395     startupFileTextfield.setText(Cache.getDefault("STARTUP_FILE",
 396             Cache.getDefault("www.jalview.org", "http://www.jalview.org")
 397                     + "/examples/exampleFile_2_3.jar"));
 398
 399     /*
 400      * Set Colours tab defaults
 401      */
 402     protColour.addItem(ResidueColourScheme.NONE);
 403     nucColour.addItem(ResidueColourScheme.NONE);
 404     for (ColourSchemeI cs : ColourSchemes.getInstance().getColourSchemes())
 405     {
 406       String name = cs.getSchemeName();
 407       protColour.addItem(name);
 408       nucColour.addItem(name);
 409     }
 410     String oldProp = Cache.getDefault(DEFAULT_COLOUR,
 411             ResidueColourScheme.NONE);
 412     String newProp = Cache.getDefault(DEFAULT_COLOUR_PROT, null);
 413     protColour.setSelectedItem(newProp != null ? newProp : oldProp);
 414     newProp = Cache.getDefault(DEFAULT_COLOUR_NUC, null);
 415     nucColour.setSelectedItem(newProp != null ? newProp : oldProp);
 416     minColour.setBackground(
 417             Cache.getDefaultColour("ANNOTATIONCOLOUR_MIN", Color.orange));
 418     maxColour.setBackground(
 419             Cache.getDefaultColour("ANNOTATIONCOLOUR_MAX", Color.red));
 420
 421     /*
 422      * Set overview panel defaults
 423      */
 424     gapColour.setBackground(
 425             Cache.getDefaultColour(GAP_COLOUR,
 426                     jalview.renderer.OverviewResColourFinder.OVERVIEW_DEFAULT_GAP));
 427     hiddenColour.setBackground(
 428             Cache.getDefaultColour(HIDDEN_COLOUR,
 429                     jalview.renderer.OverviewResColourFinder.OVERVIEW_DEFAULT_HIDDEN));
 430     useLegacyGap.setSelected(Cache.getDefault(USE_LEGACY_GAP, false));
 431     gapLabel.setEnabled(!useLegacyGap.isSelected());
 432     gapColour.setEnabled(!useLegacyGap.isSelected());
 433     showHiddenAtStart
 434             .setSelected(Cache.getDefault(SHOW_OV_HIDDEN_AT_START, false));
 435
 436     /*
 437      * Set Structure tab defaults.
 438      */
 439     final boolean structSelected = Cache.getDefault(STRUCT_FROM_PDB, false);
 440     structFromPdb.setSelected(structSelected);
 441     useRnaView.setSelected(Cache.getDefault(USE_RNAVIEW, false));
 442     useRnaView.setEnabled(structSelected);
 443     addSecondaryStructure.setSelected(Cache.getDefault(ADD_SS_ANN, false));
 444     addSecondaryStructure.setEnabled(structSelected);
 445     addTempFactor.setSelected(Cache.getDefault(ADD_TEMPFACT_ANN, false));
 446     addTempFactor.setEnabled(structSelected);
 447     if (!Platform.isJS())
 448     {
 449       structViewer.setSelectedItem(
 450             Cache.getDefault(STRUCTURE_DISPLAY, ViewerType.JMOL.name()));
 451     }
 452     chimeraPath.setText(Cache.getDefault(CHIMERA_PATH, ""));
 453     chimeraPath.addActionListener(new ActionListener()
 454     {
 455       @Override
 456       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 457       {
 458         validateChimeraPath();
 459       }
 460     });
 461
 462     if (Cache.getDefault("MAP_WITH_SIFTS", false))
 463     {
 464       siftsMapping.setSelected(true);
 465     }
 466     else
 467     {
 468       nwMapping.setSelected(true);
 469     }
 470
 471     SiftsSettings
 472             .setMapWithSifts(Cache.getDefault("MAP_WITH_SIFTS", false));
 473
 474     /*
 475      * Set Connections tab defaults
 476      */
 477
 478     // set up sorting
 479     linkUrlTable.setModel(dataModel);
 480     final TableRowSorter<TableModel> sorter = new TableRowSorter<>(
 481             linkUrlTable.getModel());
 482     linkUrlTable.setRowSorter(sorter);
 483     List<RowSorter.SortKey> sortKeys = new ArrayList<>();
 484
 485     UrlLinkTableModel m = (UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel();
 486     sortKeys.add(new RowSorter.SortKey(m.getPrimaryColumn(),
 487             SortOrder.DESCENDING));
 488     sortKeys.add(new RowSorter.SortKey(m.getSelectedColumn(),
 489             SortOrder.DESCENDING));
 490     sortKeys.add(
 491             new RowSorter.SortKey(m.getNameColumn(), SortOrder.ASCENDING));
 492
 493     sorter.setSortKeys(sortKeys);
 494     // BH 2018 setSortKeys will do the sort
 495     // sorter.sort();
 496
 497     // set up filtering
 498     ActionListener onReset;
 499     onReset = new ActionListener()
 500     {
 501       @Override
 502       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 503       {
 504         filterTB.setText("");
 505         sorter.setRowFilter(RowFilter.regexFilter(""));
 506       }
 507
 508     };
 509     doReset.addActionListener(onReset);
 510
 511     // filter to display only custom urls
 512     final RowFilter<TableModel, Object> customUrlFilter = new RowFilter<TableModel, Object>()
 513     {
 514       @Override
 515       public boolean include(
 516               Entry<? extends TableModel, ? extends Object> entry)
 517       {
 518         return ((UrlLinkTableModel) entry.getModel()).isUserEntry(entry);
 519       }
 520     };
 521
 522     final TableRowSorter<TableModel> customSorter = new TableRowSorter<>(
 523             linkUrlTable.getModel());
 524     customSorter.setRowFilter(customUrlFilter);
 525
 526     ActionListener onCustomOnly;
 527     onCustomOnly = new ActionListener()
 528     {
 529       @Override
 530       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 531       {
 532         filterTB.setText("");
 533         sorter.setRowFilter(customUrlFilter);
 534       }
 535     };
 536     userOnly.addActionListener(onCustomOnly);
 537
 538     filterTB.getDocument().addDocumentListener(new DocumentListener()
 539     {
 540       String caseInsensitiveFlag = "(?i)";
 541
 542       @Override
 543       public void changedUpdate(DocumentEvent e)
 544       {
 545         sorter.setRowFilter(RowFilter
 546                 .regexFilter(caseInsensitiveFlag + filterTB.getText()));
 547       }
 548
 549       @Override
 550       public void removeUpdate(DocumentEvent e)
 551       {
 552         sorter.setRowFilter(RowFilter
 553                 .regexFilter(caseInsensitiveFlag + filterTB.getText()));
 554       }
 555
 556       @Override
 557       public void insertUpdate(DocumentEvent e)
 558       {
 559         sorter.setRowFilter(RowFilter
 560                 .regexFilter(caseInsensitiveFlag + filterTB.getText()));
 561       }
 562     });
 563
 564     // set up list selection functionality
 565     linkUrlTable.getSelectionModel()
 566             .addListSelectionListener(new UrlListSelectionHandler());
 567
 568     // set up radio buttons
 569     int onClickCol = ((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel())
 570             .getPrimaryColumn();
 571     String onClickName = linkUrlTable.getColumnName(onClickCol);
 572     linkUrlTable.getColumn(onClickName)
 573             .setCellRenderer(new RadioButtonRenderer());
 574     linkUrlTable.getColumn(onClickName)
 575             .setCellEditor(new RadioButtonEditor());
 576
 577     // get boolean columns and resize those to min possible
 578     for (int column = 0; column < linkUrlTable.getColumnCount(); column++)
 579     {
 580       if (linkUrlTable.getModel().getColumnClass(column)
 581               .equals(Boolean.class))
 582       {
 583         TableColumn tableColumn = linkUrlTable.getColumnModel()
 584                 .getColumn(column);
 585         int preferredWidth = tableColumn.getMinWidth();
 586
 587         TableCellRenderer cellRenderer = linkUrlTable.getCellRenderer(0,
 588                 column);
 589         Component c = linkUrlTable.prepareRenderer(cellRenderer, 0, column);
 590         int cwidth = c.getPreferredSize().width
 591                 + linkUrlTable.getIntercellSpacing().width;
 592         preferredWidth = Math.max(preferredWidth, cwidth);
 593
 594         tableColumn.setPreferredWidth(preferredWidth);
 595       }
 596     }
 597
 598     useProxy.setSelected(Cache.getDefault("USE_PROXY", false));
 599     useProxy_actionPerformed(); // make sure useProxy is correctly initialised
 600     proxyServerTB.setText(Cache.getDefault("PROXY_SERVER", ""));
 601     proxyPortTB.setText(Cache.getDefault("PROXY_PORT", ""));
 602
 603     defaultBrowser.setText(Cache.getDefault("DEFAULT_BROWSER", ""));
 604
 605     usagestats.setSelected(Cache.getDefault("USAGESTATS", false));
 606     // note antisense here: default is true
 607     questionnaire
 608             .setSelected(Cache.getProperty("NOQUESTIONNAIRES") == null);
 609     versioncheck.setSelected(Cache.getDefault("VERSION_CHECK", true));
 610
 611     /*
 612      * Set Output tab defaults
 613      */
 614     setupOutputCombo(epsRendering, "EPS_RENDERING");
 615     setupOutputCombo(htmlRendering, "HTML_RENDERING");
 616     setupOutputCombo(svgRendering, "SVG_RENDERING");
 617     autoIdWidth.setSelected(Cache.getDefault("FIGURE_AUTOIDWIDTH", false));
 618     userIdWidth.setEnabled(!autoIdWidth.isSelected());
 619     userIdWidthlabel.setEnabled(!autoIdWidth.isSelected());
 620     Integer wi = Cache.getIntegerProperty("FIGURE_FIXEDIDWIDTH");
 621     userIdWidth.setText(wi == null ? "" : wi.toString());
 622     // TODO: refactor to use common enum via FormatAdapter and allow extension
 623     // for new flat file formats
 624     blcjv.setSelected(Cache.getDefault("BLC_JVSUFFIX", true));
 625     clustaljv.setSelected(Cache.getDefault("CLUSTAL_JVSUFFIX", true));
 626     fastajv.setSelected(Cache.getDefault("FASTA_JVSUFFIX", true));
 627     msfjv.setSelected(Cache.getDefault("MSF_JVSUFFIX", true));
 628     pfamjv.setSelected(Cache.getDefault("PFAM_JVSUFFIX", true));
 629     pileupjv.setSelected(Cache.getDefault("PILEUP_JVSUFFIX", true));
 630     pirjv.setSelected(Cache.getDefault("PIR_JVSUFFIX", true));
 631     modellerOutput.setSelected(Cache.getDefault("PIR_MODELLER", false));
 632     embbedBioJSON
 633             .setSelected(Cache.getDefault("EXPORT_EMBBED_BIOJSON", true));
 634
 635     /*
 636      * Set Editing tab defaults
 637      */
 638     autoCalculateConsCheck
 639             .setSelected(Cache.getDefault("AUTO_CALC_CONSENSUS", true));
 640     padGaps.setSelected(Cache.getDefault("PAD_GAPS", false));
 641     sortByTree.setSelected(Cache.getDefault("SORT_BY_TREE", false));
 642
 643     annotations_actionPerformed(null); // update the display of the annotation
 644                                        // settings
 645
 646
 647     /*
 648      * Set Backups tab defaults
 649      */
 650     loadLastSavedBackupsOptions();
 651   }
 652
 653   /**
 654    * A helper method that sets the items and initial selection in a character
 655    * rendering option list (Prompt each time/Lineart/Text)
 656    *
 657    * @param comboBox
 658    * @param propertyKey
 659    */
 660   protected void setupOutputCombo(JComboBox<Object> comboBox,
 661           String propertyKey)
 662   {
 663     comboBox.addItem(promptEachTimeOpt);
 664     comboBox.addItem(lineArtOpt);
 665     comboBox.addItem(textOpt);
 666
 667     /*
 668      * JalviewJS doesn't support Lineart so force it to Text
 669      */
 670     String defaultOption = Platform.isJS() ? "Text"
 671             : Cache.getDefault(propertyKey, "Prompt each time");
 672     if (defaultOption.equalsIgnoreCase("Text"))
 673     {
 674       comboBox.setSelectedItem(textOpt);
 675     }
 676     else if (defaultOption.equalsIgnoreCase("Lineart"))
 677     {
 678       comboBox.setSelectedItem(lineArtOpt);
 679     }
 680     else
 681     {
 682       comboBox.setSelectedItem(promptEachTimeOpt);
 683     }
 684   }
 685
 686   /**
 687    * Save user selections on the Preferences tabs to the Cache and write out to
 688    * file.
 689    *
 690    * @param e
 691    */
 692   @Override
 693   public void ok_actionPerformed(ActionEvent e)
 694   {
 695     if (!validateSettings())
 696     {
 697       return;
 698     }
 699
 700     /*
 701      * Save Visual settings
 702      */
 703     Cache.setPropertyNoSave("SHOW_JVSUFFIX",
 704             Boolean.toString(seqLimit.isSelected()));
 705     Cache.setPropertyNoSave("RIGHT_ALIGN_IDS",
 706             Boolean.toString(rightAlign.isSelected()));
 707     Cache.setPropertyNoSave("SHOW_FULLSCREEN",
 708             Boolean.toString(fullScreen.isSelected()));
 709     Cache.setPropertyNoSave("SHOW_OVERVIEW",
 710             Boolean.toString(openoverv.isSelected()));
 711     Cache.setPropertyNoSave("SHOW_ANNOTATIONS",
 712             Boolean.toString(annotations.isSelected()));
 713     Cache.setPropertyNoSave("SHOW_CONSERVATION",
 714             Boolean.toString(conservation.isSelected()));
 715     Cache.setPropertyNoSave("SHOW_QUALITY",
 716             Boolean.toString(quality.isSelected()));
 717     Cache.setPropertyNoSave("SHOW_IDENTITY",
 718             Boolean.toString(identity.isSelected()));
 719
 720     Cache.setPropertyNoSave("GAP_SYMBOL",
 721             gapSymbolCB.getSelectedItem().toString());
 722
 723     Cache.setPropertyNoSave("FONT_NAME",
 724             fontNameCB.getSelectedItem().toString());
 725     Cache.setPropertyNoSave("FONT_STYLE",
 726             fontStyleCB.getSelectedItem().toString());
 727     Cache.setPropertyNoSave("FONT_SIZE",
 728             fontSizeCB.getSelectedItem().toString());
 729
 730     Cache.setPropertyNoSave("ID_ITALICS",
 731             Boolean.toString(idItalics.isSelected()));
 732     Cache.setPropertyNoSave("SHOW_UNCONSERVED",
 733             Boolean.toString(showUnconserved.isSelected()));
 734     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_OCCUPANCY,
 735             Boolean.toString(showOccupancy.isSelected()));
 736     Cache.setPropertyNoSave("SHOW_GROUP_CONSENSUS",
 737             Boolean.toString(showGroupConsensus.isSelected()));
 738     Cache.setPropertyNoSave("SHOW_GROUP_CONSERVATION",
 739             Boolean.toString(showGroupConservation.isSelected()));
 740     Cache.setPropertyNoSave("SHOW_CONSENSUS_HISTOGRAM",
 741             Boolean.toString(showConsensHistogram.isSelected()));
 742     Cache.setPropertyNoSave("SHOW_CONSENSUS_LOGO",
 743             Boolean.toString(showConsensLogo.isSelected()));
 744     Cache.setPropertyNoSave("ANTI_ALIAS",
 745             Boolean.toString(smoothFont.isSelected()));
 746     Cache.setPropertyNoSave(SCALE_PROTEIN_TO_CDNA,
 747             Boolean.toString(scaleProteinToCdna.isSelected()));
 748     Cache.setPropertyNoSave("SHOW_NPFEATS_TOOLTIP",
 749             Boolean.toString(showNpTooltip.isSelected()));
 750     Cache.setPropertyNoSave("SHOW_DBREFS_TOOLTIP",
 751             Boolean.toString(showDbRefTooltip.isSelected()));
 752
 753     Cache.setPropertyNoSave("WRAP_ALIGNMENT",
 754             Boolean.toString(wrap.isSelected()));
 755
 756     Cache.setPropertyNoSave("STARTUP_FILE",
 757             startupFileTextfield.getText());
 758     Cache.setPropertyNoSave("SHOW_STARTUP_FILE",
 759             Boolean.toString(startupCheckbox.isSelected()));
 760
 761     Cache.setPropertyNoSave("SORT_ALIGNMENT",
 762             sortby.getSelectedItem().toString());
 763
 764     // convert description of sort order to enum name for save
 765     SequenceAnnotationOrder annSortOrder = SequenceAnnotationOrder
 766             .forDescription(sortAnnBy.getSelectedItem().toString());
 767     if (annSortOrder != null)
 768     {
 769       Cache.setPropertyNoSave(SORT_ANNOTATIONS,
 770               annSortOrder.name());
 771     }
 772
 773     final boolean showAutocalcFirst = sortAutocalc.getSelectedIndex() == 0;
 774     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_AUTOCALC_ABOVE,
 775             Boolean.valueOf(showAutocalcFirst).toString());
 776
 777     /*
 778      * Save Colours settings
 779      */
 780     Cache.setPropertyNoSave(DEFAULT_COLOUR_PROT,
 781             protColour.getSelectedItem().toString());
 782     Cache.setPropertyNoSave(DEFAULT_COLOUR_NUC,
 783             nucColour.getSelectedItem().toString());
 784     Cache.setColourPropertyNoSave("ANNOTATIONCOLOUR_MIN",
 785             minColour.getBackground());
 786     Cache.setColourPropertyNoSave("ANNOTATIONCOLOUR_MAX",
 787             maxColour.getBackground());
 788
 789     /*
 790      * Save Overview settings
 791      */
 792     Cache.setColourPropertyNoSave(GAP_COLOUR, gapColour.getBackground());
 793     Cache.setColourPropertyNoSave(HIDDEN_COLOUR, hiddenColour.getBackground());
 794     Cache.setPropertyNoSave(USE_LEGACY_GAP,
 795             Boolean.toString(useLegacyGap.isSelected()));
 796     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_OV_HIDDEN_AT_START,
 797             Boolean.toString(showHiddenAtStart.isSelected()));
 798
 799     /*
 800      * Save Structure settings
 801      */
 802     Cache.setPropertyNoSave(ADD_TEMPFACT_ANN,
 803             Boolean.toString(addTempFactor.isSelected()));
 804     Cache.setPropertyNoSave(ADD_SS_ANN,
 805             Boolean.toString(addSecondaryStructure.isSelected()));
 806     Cache.setPropertyNoSave(USE_RNAVIEW,
 807             Boolean.toString(useRnaView.isSelected()));
 808     Cache.setPropertyNoSave(STRUCT_FROM_PDB,
 809             Boolean.toString(structFromPdb.isSelected()));
 810     if (!Platform.isJS())
 811     {
 812       Cache.setPropertyNoSave(STRUCTURE_DISPLAY,
 813               structViewer.getSelectedItem().toString());
 814     }
 815     Cache.setOrRemove(CHIMERA_PATH, chimeraPath.getText());
 816     Cache.setPropertyNoSave("MAP_WITH_SIFTS",
 817             Boolean.toString(siftsMapping.isSelected()));
 818     SiftsSettings.setMapWithSifts(siftsMapping.isSelected());
 819
 820     /*
 821      * Save Output settings
 822      */
 823     Cache.setPropertyNoSave("EPS_RENDERING",
 824             ((OptionsParam) epsRendering.getSelectedItem()).getCode());
 825     Cache.setPropertyNoSave("HTML_RENDERING",
 826             ((OptionsParam) htmlRendering.getSelectedItem()).getCode());
 827     Cache.setPropertyNoSave("SVG_RENDERING",
 828             ((OptionsParam) svgRendering.getSelectedItem()).getCode());
 829
 830     /*
 831      * Save Connections settings
 832      */
 833     Cache.setOrRemove("DEFAULT_BROWSER", defaultBrowser.getText());
 834
 835     jalview.util.BrowserLauncher.resetBrowser();
 836
 837     // save user-defined and selected links
 838     String menuLinks = sequenceUrlLinks.writeUrlsAsString(true);
 839     if (menuLinks.isEmpty())
 840     {
 841       Cache.removePropertyNoSave("SEQUENCE_LINKS");
 842     }
 843     else
 844     {
 845       Cache.setPropertyNoSave("SEQUENCE_LINKS",
 846               menuLinks.toString());
 847     }
 848
 849     String nonMenuLinks = sequenceUrlLinks.writeUrlsAsString(false);
 850     if (nonMenuLinks.isEmpty())
 851     {
 852       Cache.removePropertyNoSave("STORED_LINKS");
 853     }
 854     else
 855     {
 856       Cache.setPropertyNoSave("STORED_LINKS",
 857               nonMenuLinks.toString());
 858     }
 859
 860     Cache.setPropertyNoSave("DEFAULT_URL",
 861             sequenceUrlLinks.getPrimaryUrlId());
 862
 863     Cache.setPropertyNoSave("USE_PROXY",
 864             Boolean.toString(useProxy.isSelected()));
 865
 866     Cache.setOrRemove("PROXY_SERVER", proxyServerTB.getText());
 867
 868     Cache.setOrRemove("PROXY_PORT", proxyPortTB.getText());
 869
 870     if (useProxy.isSelected())
 871     {
 872       System.setProperty("http.proxyHost", proxyServerTB.getText());
 873       System.setProperty("http.proxyPort", proxyPortTB.getText());
 874     }
 875     else
 876     {
 877       System.setProperty("http.proxyHost", "");
 878       System.setProperty("http.proxyPort", "");
 879     }
 880     Cache.setProperty("VERSION_CHECK",
 881             Boolean.toString(versioncheck.isSelected()));
 882     if (Cache.getProperty("USAGESTATS") != null || usagestats.isSelected())
 883     {
 884       // default is false - we only set this if the user has actively agreed
 885       Cache.setProperty("USAGESTATS",
 886               Boolean.toString(usagestats.isSelected()));
 887     }
 888     if (!questionnaire.isSelected())
 889     {
 890       Cache.setProperty("NOQUESTIONNAIRES", "true");
 891     }
 892     else
 893     {
 894       // special - made easy to edit a property file to disable questionnaires
 895       // by just adding the given line
 896       Cache.removeProperty("NOQUESTIONNAIRES");
 897     }
 898
 899     /*
 900      * Save Output settings
 901      */
 902     Cache.setPropertyNoSave("BLC_JVSUFFIX",
 903             Boolean.toString(blcjv.isSelected()));
 904     Cache.setPropertyNoSave("CLUSTAL_JVSUFFIX",
 905             Boolean.toString(clustaljv.isSelected()));
 906     Cache.setPropertyNoSave("FASTA_JVSUFFIX",
 907             Boolean.toString(fastajv.isSelected()));
 908     Cache.setPropertyNoSave("MSF_JVSUFFIX",
 909             Boolean.toString(msfjv.isSelected()));
 910     Cache.setPropertyNoSave("PFAM_JVSUFFIX",
 911             Boolean.toString(pfamjv.isSelected()));
 912     Cache.setPropertyNoSave("PILEUP_JVSUFFIX",
 913             Boolean.toString(pileupjv.isSelected()));
 914     Cache.setPropertyNoSave("PIR_JVSUFFIX",
 915             Boolean.toString(pirjv.isSelected()));
 916     Cache.setPropertyNoSave("PIR_MODELLER",
 917             Boolean.toString(modellerOutput.isSelected()));
 918     Cache.setPropertyNoSave("EXPORT_EMBBED_BIOJSON",
 919             Boolean.toString(embbedBioJSON.isSelected()));
 920     jalview.io.PIRFile.useModellerOutput = modellerOutput.isSelected();
 921
 922     Cache.setPropertyNoSave("FIGURE_AUTOIDWIDTH",
 923             Boolean.toString(autoIdWidth.isSelected()));
 924     userIdWidth_actionPerformed();
 925     Cache.setPropertyNoSave("FIGURE_FIXEDIDWIDTH",
 926             userIdWidth.getText());
 927
 928     /*
 929      * Save Editing settings
 930      */
 931     Cache.setPropertyNoSave("AUTO_CALC_CONSENSUS",
 932             Boolean.toString(autoCalculateConsCheck.isSelected()));
 933     Cache.setPropertyNoSave("SORT_BY_TREE",
 934             Boolean.toString(sortByTree.isSelected()));
 935     Cache.setPropertyNoSave("PAD_GAPS",
 936             Boolean.toString(padGaps.isSelected()));
 937
 938     if (!Platform.isJS())
 939     {
 940       wsPrefs.updateAndRefreshWsMenuConfig(false);
 941     }
 942
 943     /*
 944      * Save Backups settings
 945      */
 946     Cache.setPropertyNoSave(BackupFiles.ENABLED,
 947             Boolean.toString(enableBackupFiles.isSelected()));
 948     int preset = getComboIntStringKey(backupfilesPresetsCombo);
 949     Cache.setPropertyNoSave(BackupFiles.NS + "_PRESET", Integer.toString(preset));
 950
 951     if (preset == BackupFilesPresetEntry.BACKUPFILESSCHEMECUSTOM)
 952     {
 953       BackupFilesPresetEntry customBFPE = getBackupfilesCurrentEntry();
 954       BackupFilesPresetEntry.backupfilesPresetEntriesValues.put(
 955               BackupFilesPresetEntry.BACKUPFILESSCHEMECUSTOM, customBFPE);
 956       Cache.setPropertyNoSave(BackupFilesPresetEntry.CUSTOMCONFIG,
 957                       customBFPE.toString());
 958     }
 959
 960     BackupFilesPresetEntry savedBFPE = BackupFilesPresetEntry.backupfilesPresetEntriesValues
 961             .get(preset);
 962     Cache.setPropertyNoSave(
 963             BackupFilesPresetEntry.SAVEDCONFIG, savedBFPE.toString());
 964
 965     Cache.saveProperties();
 966     Desktop.getInstance().doConfigureStructurePrefs();
 967     try
 968     {
 969       frame.setClosed(true);
 970     } catch (Exception ex)
 971     {
 972     }
 973   }
 974
 975   public static void setAppletDefaults()
 976   {
 977
 978     // http://www.jalview.org/old/v2_8/examples/appletParameters.html
 979
 980     // showConservation true or false Default is true.
 981     // showQuality true or false Default is true.
 982     // showConsensus true or false Default is true.
 983     // showFeatureSettings true or false Shows the feature settings window when
 984     // startin
 985     // showTreeBootstraps true or false (default is true) show or hide branch
 986     // bootstraps
 987     // showTreeDistances true or false (default is true) show or hide branch
 988     // lengths
 989     // showUnlinkedTreeNodes true or false (default is false) indicate if
 990     // unassociated nodes should be highlighted in the tree view
 991     // showUnconserved true of false (default is false) When true, only gaps and
 992     // symbols different to the consensus sequence ions of the alignment
 993     // showGroupConsensus true of false (default is false) When true, shows
 994     // consensus annotation row for any groups on the alignment. (since 2.7)
 995     // showGroupConservation true of false (default is false) When true, shows
 996     // amino-acid property conservation annotation row for any groups on the
 997     // showConsensusHistogram true of false (default is true) When true, shows
 998     // the percentage occurence of the consensus symbol for each column as a
 999     // showSequenceLogo true of false (default is false) When true, shows a
1000     // sequence logo above the consensus sequence (overlaid above the Consensus
1001
1002     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_CONSERVATION, "true");
1003     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_QUALITY, "false");
1004     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_CONSENSUS, "true");
1005     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_UNCONSERVED, "false");
1006     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_GROUP_CONSERVATION, "false");
1007     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_GROUP_CONSENSUS, "false");
1008
1009     // TODO -- just a start here
1010   }
1011  /**
1012    * Do any necessary validation before saving settings. Return focus to the
1013    * first tab which fails validation.
1014    *
1015    * @return
1016    */
1017   private boolean validateSettings()
1018   {
1019     if (!validateStructure())
1020     {
1021       structureTab.requestFocusInWindow();
1022       return false;
1023     }
1024     return true;
1025   }
1026
1027   @Override
1028   protected boolean validateStructure()
1029   {
1030     return validateChimeraPath();
1031
1032   }
1033
1034   /**
1035    * DOCUMENT ME!
1036    */
1037   @Override
1038   public void startupFileTextfield_mouseClicked()
1039   {
1040     // TODO: JAL-3048 not needed for Jalview-JS
1041     String fileFormat = Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT");
1042     JalviewFileChooser chooser = JalviewFileChooser
1043             .forRead(Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), fileFormat);
1044     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1045     chooser.setDialogTitle(
1046             MessageManager.getString("label.select_startup_file"));
1047
1048     int value = chooser.showOpenDialog(this);
1049
1050     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1051     {
1052       FileFormatI format = chooser.getSelectedFormat();
1053       if (format != null)
1054       {
1055         Cache.setPropertyNoSave("DEFAULT_FILE_FORMAT",
1056                 format.getName());
1057       }
1058       startupFileTextfield
1059               .setText(chooser.getSelectedFile().getAbsolutePath());
1060     }
1061   }
1062
1063   /**
1064    * DOCUMENT ME!
1065    *
1066    * @param e
1067    *          DOCUMENT ME!
1068    */
1069   @Override
1070   public void cancel_actionPerformed(ActionEvent e)
1071   {
1072     try
1073     {
1074       if (!Platform.isJS())
1075       {
1076         wsPrefs.updateWsMenuConfig(true);
1077         wsPrefs.refreshWs_actionPerformed(e);
1078       }
1079       frame.setClosed(true);
1080     } catch (Exception ex)
1081     {
1082     }
1083   }
1084
1085   /**
1086    * DOCUMENT ME!
1087    *
1088    * @param e
1089    *          DOCUMENT ME!
1090    */
1091   @Override
1092   public void annotations_actionPerformed(ActionEvent e)
1093   {
1094     conservation.setEnabled(annotations.isSelected());
1095     quality.setEnabled(annotations.isSelected());
1096     identity.setEnabled(annotations.isSelected());
1097     showOccupancy.setEnabled(annotations.isSelected());
1098     showGroupConsensus.setEnabled(annotations.isSelected());
1099     showGroupConservation.setEnabled(annotations.isSelected());
1100     showConsensHistogram.setEnabled(annotations.isSelected()
1101             && (identity.isSelected() || showGroupConsensus.isSelected()));
1102     showConsensLogo.setEnabled(annotations.isSelected()
1103             && (identity.isSelected() || showGroupConsensus.isSelected()));
1104   }
1105
1106   @Override
1107   public void newLink_actionPerformed(ActionEvent e)
1108   {
1109     GSequenceLink link = new GSequenceLink();
1110     boolean valid = false;
1111     while (!valid)
1112     {
1113       if (JvOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.getDesktopPane(), link,
1114               MessageManager.getString("label.new_sequence_url_link"),
1115               JvOptionPane.OK_CANCEL_OPTION, -1,
1116               null) == JvOptionPane.OK_OPTION)
1117       {
1118         if (link.checkValid())
1119         {
1120           if (((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel())
1121                   .isUniqueName(link.getName()))
1122           {
1123             ((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel())
1124                     .insertRow(link.getName(), link.getURL());
1125             valid = true;
1126           }
1127           else
1128           {
1129             link.notifyDuplicate();
1130             continue;
1131           }
1132         }
1133       }
1134       else
1135       {
1136         break;
1137       }
1138     }
1139   }
1140
1141   @Override
1142   public void editLink_actionPerformed(ActionEvent e)
1143   {
1144     GSequenceLink link = new GSequenceLink();
1145
1146     int index = linkUrlTable.getSelectedRow();
1147     if (index == -1)
1148     {
1149       // button no longer enabled if row is not selected
1150       Cache.log.debug("Edit with no row selected in linkUrlTable");
1151       return;
1152     }
1153
1154     int nameCol = ((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel())
1155             .getNameColumn();
1156     int urlCol = ((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel())
1157             .getUrlColumn();
1158     String oldName = linkUrlTable.getValueAt(index, nameCol).toString();
1159     link.setName(oldName);
1160     link.setURL(linkUrlTable.getValueAt(index, urlCol).toString());
1161
1162     boolean valid = false;
1163     while (!valid)
1164     {
1165       if (JvOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.getDesktopPane(), link,
1166               MessageManager.getString("label.edit_sequence_url_link"),
1167               JvOptionPane.OK_CANCEL_OPTION, -1,
1168               null) == JvOptionPane.OK_OPTION)
1169       {
1170         if (link.checkValid())
1171         {
1172           if ((oldName.equals(link.getName()))
1173                   || (((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel())
1174                           .isUniqueName(link.getName())))
1175           {
1176             linkUrlTable.setValueAt(link.getName(), index, nameCol);
1177             linkUrlTable.setValueAt(link.getURL(), index, urlCol);
1178             valid = true;
1179           }
1180           else
1181           {
1182             link.notifyDuplicate();
1183             continue;
1184           }
1185         }
1186       }
1187       else
1188       {
1189         break;
1190       }
1191     }
1192   }
1193
1194   @Override
1195   public void deleteLink_actionPerformed(ActionEvent e)
1196   {
1197     int index = linkUrlTable.getSelectedRow();
1198     int modelIndex = -1;
1199     if (index == -1)
1200     {
1201       // button no longer enabled if row is not selected
1202       Cache.log.debug("Delete with no row selected in linkUrlTable");
1203       return;
1204     }
1205     else
1206     {
1207       modelIndex = linkUrlTable.convertRowIndexToModel(index);
1208     }
1209
1210     // make sure we use the model index to delete, and not the table index
1211     ((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel()).removeRow(modelIndex);
1212   }
1213
1214   @Override
1215   public void defaultBrowser_mouseClicked(MouseEvent e)
1216   {
1217     // TODO: JAL-3048 not needed for j2s
1218     if (!Platform.isJS()) // BH 2019
1219     /**
1220      * Java only
1221      *
1222      * @j2sIgnore
1223      */
1224     {
1225       JFileChooser chooser = new JFileChooser(".");
1226       chooser.setDialogTitle(
1227               MessageManager.getString("label.select_default_browser"));
1228
1229       int value = chooser.showOpenDialog(this);
1230
1231       if (value == JFileChooser.APPROVE_OPTION)
1232       {
1233         defaultBrowser.setText(chooser.getSelectedFile().getAbsolutePath());
1234       }
1235     }
1236   }
1237
1238   /*
1239    * (non-Javadoc)
1240    *
1241    * @see
1242    * jalview.jbgui.GPreferences#showunconserved_actionPerformed(java.awt.event
1243    * .ActionEvent)
1244    */
1245   @Override
1246   protected void showunconserved_actionPerformed(ActionEvent e)
1247   {
1248     // TODO Auto-generated method stub
1249     super.showunconserved_actionPerformed(e);
1250   }
1251
1252   public static List<String> getGroupURLLinks()
1253   {
1254     return groupURLLinks;
1255   }
1256
1257   @Override
1258   public void minColour_actionPerformed(JPanel panel)
1259   {
1260     JalviewColourChooser.showColourChooser(this,
1261             MessageManager.getString("label.select_colour_minimum_value"),
1262             panel);
1263   }
1264
1265   @Override
1266   public void maxColour_actionPerformed(JPanel panel)
1267   {
1268     JalviewColourChooser.showColourChooser(this,
1269             MessageManager.getString("label.select_colour_maximum_value"),
1270             panel);
1271   }
1272
1273   @Override
1274   public void gapColour_actionPerformed(JPanel gap)
1275   {
1276     if (!useLegacyGap.isSelected())
1277     {
1278       JalviewColourChooser.showColourChooser(this,
1279               MessageManager.getString("label.select_gap_colour"),
1280               gap);
1281     }
1282   }
1283
1284   @Override
1285   public void hiddenColour_actionPerformed(JPanel hidden)
1286   {
1287     JalviewColourChooser.showColourChooser(this,
1288             MessageManager.getString("label.select_hidden_colour"),
1289             hidden);
1290   }
1291
1292   @Override
1293   protected void useLegacyGaps_actionPerformed(ActionEvent e)
1294   {
1295     boolean enabled = useLegacyGap.isSelected();
1296     if (enabled)
1297     {
1298       gapColour.setBackground(
1299               jalview.renderer.OverviewResColourFinder.OVERVIEW_DEFAULT_LEGACY_GAP);
1300     }
1301     else
1302     {
1303       gapColour.setBackground(
1304               jalview.renderer.OverviewResColourFinder.OVERVIEW_DEFAULT_GAP);
1305     }
1306     gapColour.setEnabled(!enabled);
1307     gapLabel.setEnabled(!enabled);
1308   }
1309
1310   @Override
1311   protected void resetOvDefaults_actionPerformed(ActionEvent e)
1312   {
1313     useLegacyGap.setSelected(false);
1314     useLegacyGaps_actionPerformed(null);
1315     showHiddenAtStart.setSelected(false);
1316     hiddenColour.setBackground(
1317             jalview.renderer.OverviewResColourFinder.OVERVIEW_DEFAULT_HIDDEN);
1318   }
1319
1320   @Override
1321   protected void userIdWidth_actionPerformed()
1322   {
1323     try
1324     {
1325       String val = userIdWidth.getText().trim();
1326       if (val.length() > 0)
1327       {
1328         Integer iw = Integer.parseInt(val);
1329         if (iw.intValue() < 12)
1330         {
1331           throw new NumberFormatException();
1332         }
1333         userIdWidth.setText(iw.toString());
1334       }
1335     } catch (NumberFormatException x)
1336     {
1337       userIdWidth.setText("");
1338       JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.getDesktopPane(),
1339               MessageManager
1340                       .getString("warn.user_defined_width_requirements"),
1341               MessageManager.getString("label.invalid_id_column_width"),
1342               JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1343     }
1344   }
1345
1346   @Override
1347   protected void autoIdWidth_actionPerformed()
1348   {
1349     userIdWidth.setEnabled(!autoIdWidth.isSelected());
1350     userIdWidthlabel.setEnabled(!autoIdWidth.isSelected());
1351   }
1352
1353   /**
1354    * Returns true if chimera path is to a valid executable, else show an error
1355    * dialog.
1356    */
1357   private boolean validateChimeraPath()
1358   {
1359     if (chimeraPath.getText().trim().length() > 0)
1360     {
1361       File f = new File(chimeraPath.getText());
1362       if (!f.canExecute())
1363       {
1364         JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.getDesktopPane(),
1365                 MessageManager.getString("label.invalid_chimera_path"),
1366                 MessageManager.getString("label.invalid_name"),
1367                 JvOptionPane.ERROR_MESSAGE);
1368         return false;
1369       }
1370     }
1371     return true;
1372   }
1373
1374   /**
1375    * If Chimera is selected, check it can be found on default or user-specified
1376    * path, if not show a warning/help dialog.
1377    */
1378   @Override
1379   protected void structureViewer_actionPerformed(String selectedItem)
1380   {
1381     if (!selectedItem.equals(ViewerType.CHIMERA.name()))
1382     {
1383       return;
1384     }
1385     boolean found = false;
1386
1387     /*
1388      * Try user-specified and standard paths for Chimera executable.
1389      */
1390     List<String> paths = StructureManager.getChimeraPaths();
1391     paths.add(0, chimeraPath.getText());
1392     for (String path : paths)
1393     {
1394       if (new File(path.trim()).canExecute())
1395       {
1396         found = true;
1397         break;
1398       }
1399     }
1400     if (!found)
1401     {
1402       String[] options = { "OK", "Help" };
1403       int showHelp = JvOptionPane.showInternalOptionDialog(Desktop.getDesktopPane(),
1404               JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
1405                       MessageManager.getString("label.chimera_missing")),
1406               "", JvOptionPane.YES_NO_OPTION, JvOptionPane.WARNING_MESSAGE,
1407               null, options, options[0]);
1408       if (showHelp == JvOptionPane.NO_OPTION)
1409       {
1410         try
1411         {
1412           Help.showHelpWindow(HelpId.StructureViewer);
1413         } catch (HelpSetException e)
1414         {
1415           e.printStackTrace();
1416         }
1417       }
1418     }
1419   }
1420
1421   public class OptionsParam
1422   {
1423     private String name;
1424
1425     private String code;
1426
1427     public OptionsParam(String name, String code)
1428     {
1429       this.name = name;
1430       this.code = code;
1431     }
1432
1433     public String getName()
1434     {
1435       return name;
1436     }
1437
1438     public void setName(String name)
1439     {
1440       this.name = name;
1441     }
1442
1443     public String getCode()
1444     {
1445       return code;
1446     }
1447
1448     public void setCode(String code)
1449     {
1450       this.code = code;
1451     }
1452
1453     @Override
1454     public String toString()
1455     {
1456       return name;
1457     }
1458
1459     @Override
1460     public boolean equals(Object that)
1461     {
1462       if (!(that instanceof OptionsParam))
1463       {
1464         return false;
1465       }
1466       return this.code.equalsIgnoreCase(((OptionsParam) that).code);
1467     }
1468
1469     @Override
1470     public int hashCode()
1471     {
1472       return name.hashCode() + code.hashCode();
1473     }
1474   }
1475
1476   private class UrlListSelectionHandler implements ListSelectionListener
1477   {
1478
1479     @Override
1480     public void valueChanged(ListSelectionEvent e)
1481     {
1482       ListSelectionModel lsm = (ListSelectionModel) e.getSource();
1483
1484       int index = lsm.getMinSelectionIndex();
1485       if (index == -1)
1486       {
1487         // no selection, so disable delete/edit buttons
1488         editLink.setEnabled(false);
1489         deleteLink.setEnabled(false);
1490         return;
1491       }
1492       int modelIndex = linkUrlTable.convertRowIndexToModel(index);
1493
1494       // enable/disable edit and delete link buttons
1495       if (((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel())
1496               .isRowDeletable(modelIndex))
1497       {
1498         deleteLink.setEnabled(true);
1499       }
1500       else
1501       {
1502         deleteLink.setEnabled(false);
1503       }
1504
1505       if (((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel())
1506               .isRowEditable(modelIndex))
1507       {
1508         editLink.setEnabled(true);
1509       }
1510       else
1511       {
1512         editLink.setEnabled(false);
1513       }
1514     }
1515   }
1516 }