src/jalview/gui/Preferences.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.analysis.AnnotationSorter.SequenceAnnotationOrder;
  24 import jalview.bin.Cache;
  25 import jalview.gui.Help.HelpId;
  26 import jalview.gui.StructureViewer.ViewerType;
  27 import jalview.io.BackupFiles;
  28 import jalview.io.FileFormatI;
  29 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  30 import jalview.io.JalviewFileView;
  31 import jalview.jbgui.GPreferences;
  32 import jalview.jbgui.GSequenceLink;
  33 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  34 import jalview.schemes.ColourSchemes;
  35 import jalview.schemes.ResidueColourScheme;
  36 import jalview.urls.UrlLinkTableModel;
  37 import jalview.urls.api.UrlProviderFactoryI;
  38 import jalview.urls.api.UrlProviderI;
  39 import jalview.urls.desktop.DesktopUrlProviderFactory;
  40 import jalview.util.BrowserLauncher;
  41 import jalview.util.MessageManager;
  42 import jalview.util.Platform;
  43 import jalview.util.UrlConstants;
  44 import jalview.ws.sifts.SiftsSettings;
  45
  46 import java.awt.BorderLayout;
  47 import java.awt.Color;
  48 import java.awt.Component;
  49 import java.awt.Dimension;
  50 import java.awt.Font;
  51 import java.awt.event.ActionEvent;
  52 import java.awt.event.ActionListener;
  53 import java.awt.event.MouseEvent;
  54 import java.io.File;
  55 import java.util.ArrayList;
  56 import java.util.List;
  57
  58 import javax.help.HelpSetException;
  59 import javax.swing.JComboBox;
  60 import javax.swing.JFileChooser;
  61 import javax.swing.JInternalFrame;
  62 import javax.swing.JPanel;
  63 import javax.swing.ListSelectionModel;
  64 import javax.swing.RowFilter;
  65 import javax.swing.RowSorter;
  66 import javax.swing.SortOrder;
  67 import javax.swing.event.DocumentEvent;
  68 import javax.swing.event.DocumentListener;
  69 import javax.swing.event.ListSelectionEvent;
  70 import javax.swing.event.ListSelectionListener;
  71 import javax.swing.table.TableCellRenderer;
  72 import javax.swing.table.TableColumn;
  73 import javax.swing.table.TableModel;
  74 import javax.swing.table.TableRowSorter;
  75
  76 import ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2.StructureManager;
  77
  78 /**
  79  * DOCUMENT ME!
  80  *
  81  * @author $author$
  82  * @version $Revision$
  83  */
  84 @SuppressWarnings("serial")
  85 public class Preferences extends GPreferences
  86 {
  87
  88   public static final String NOQUESTIONNAIRES = "NOQUESTIONNAIRES";
  89
  90   public static final String QUESTIONNAIRE = "QUESTIONNAIRE";
  91
  92   public static final String ANNOTATIONCOLOUR_MAX = "ANNOTATIONCOLOUR_MAX";
  93
  94   public static final String ANNOTATIONCOLOUR_MIN = "ANNOTATIONCOLOUR_MIN";
  95
  96   public static final String ENABLE_SPLIT_FRAME = "ENABLE_SPLIT_FRAME";
  97
  98   public static final String SCALE_PROTEIN_TO_CDNA = "SCALE_PROTEIN_TO_CDNA";
  99
 100   public static final String DEFAULT_COLOUR = "DEFAULT_COLOUR";
 101
 102   public static final String DEFAULT_COLOUR_PROT = "DEFAULT_COLOUR_PROT";
 103
 104   public static final String DEFAULT_COLOUR_NUC = "DEFAULT_COLOUR_NUC";
 105
 106   public static final String ADD_TEMPFACT_ANN = "ADD_TEMPFACT_ANN";
 107
 108   public static final String ADD_SS_ANN = "ADD_SS_ANN";
 109
 110   public static final String USE_RNAVIEW = "USE_RNAVIEW";
 111
 112   public static final String STRUCT_FROM_PDB = "STRUCT_FROM_PDB";
 113
 114   public static final String STRUCTURE_DISPLAY = "STRUCTURE_DISPLAY";
 115
 116   public static final String CHIMERA_PATH = "CHIMERA_PATH";
 117
 118   public static final String SORT_ALIGNMENT = "SORT_ALIGNMENT";
 119
 120   public static final String WRAP_ALIGNMENT = "WRAP_ALIGNMENT";
 121
 122   public static final String SORT_ANNOTATIONS = "SORT_ANNOTATIONS";
 123
 124   public static final String SORT_BY_TREE = "SORT_BY_TREE";
 125
 126   public static final String SHOW_ANNOTATIONS = "SHOW_ANNOTATIONS";
 127
 128   public static final String SHOW_AUTOCALC_ABOVE = "SHOW_AUTOCALC_ABOVE";
 129
 130   public static final String SHOW_CONSERVATION = "SHOW_CONSERVATION";
 131
 132   public static final String SHOW_QUALITY = "SHOW_QUALITY";
 133
 134   public static final String SHOW_CONSENSUS_HISTOGRAM = "SHOW_CONSENSUS_HISTOGRAM";
 135
 136   public static final String SHOW_CONSENSUS = "SHOW_CONSENSUS";
 137
 138   public static final String SHOW_CONSENSUS_LOGO = "SHOW_CONSENSUS_LOGO";
 139
 140   public static final String SHOW_GROUP_CONSENSUS = "SHOW_GROUP_CONSENSUS";
 141
 142   public static final String SHOW_GROUP_CONSERVATION = "SHOW_GROUP_CONSERVATION";
 143
 144   public static final String NORMALISE_CONSENSUS_LOGO = "NORMALISE_CONSENSUS_LOGO";
 145
 146   public static final String NORMALISE_LOGO = "NORMALISE_LOGO";
 147
 148   public static final String SHOW_OCCUPANCY = "SHOW_OCCUPANCY";
 149
 150   public static final String SHOW_OVERVIEW = "SHOW_OVERVIEW";
 151
 152   public static final String SHOW_UNCONSERVED = "SHOW_UNCONSERVED";
 153
 154   public static final String SHOW_OV_HIDDEN_AT_START = "SHOW_OV_HIDDEN_AT_START";
 155
 156   public static final String USER_DEFINED_COLOURS = "USER_DEFINED_COLOURS";
 157
 158   public static final String USE_LEGACY_GAP = "USE_LEGACY_GAP";
 159
 160   public static final String GAP_COLOUR = "GAP_COLOUR";
 161
 162   public static final String HIDDEN_COLOUR = "HIDDEN_COLOUR";
 163
 164   private static final int MIN_FONT_SIZE = 1;
 165
 166   private static final int MAX_FONT_SIZE = 30;
 167
 168   /**
 169    * Holds name and link separated with | character. Sequence ID must be
 170    * $SEQUENCE_ID$ or $SEQUENCE_ID=/.possible | chars ./=$
 171    */
 172   public static UrlProviderI sequenceUrlLinks; // must be nonfinal for test
 173
 174   public final static UrlLinkTableModel dataModel;
 175
 176   /**
 177    * Holds name and link separated with | character. Sequence IDS and Sequences
 178    * must be $SEQUENCEIDS$ or $SEQUENCEIDS=/.possible | chars ./=$ and
 179    * $SEQUENCES$ or $SEQUENCES=/.possible | chars ./=$ and separation character
 180    * for first and second token specified after a pipe character at end |,|.
 181    * (TODO: proper escape for using | to separate ids or sequences
 182    */
 183
 184   public static final List<String> groupURLLinks; // not implemented
 185
 186
 187   static
 188   {
 189     // get links selected to be in the menu (SEQUENCE_LINKS)
 190     // and links entered by the user but not selected (STORED_LINKS)
 191     String inMenuString = Cache.getDefault("SEQUENCE_LINKS", "");
 192     String notInMenuString = Cache.getDefault("STORED_LINKS", "");
 193     String defaultUrl = Cache.getDefault("DEFAULT_URL",
 194             UrlConstants.DEFAULT_LABEL);
 195
 196     // if both links lists are empty, add the DEFAULT_URL link
 197     // otherwise we assume the default link is in one of the lists
 198     if (inMenuString.isEmpty() && notInMenuString.isEmpty())
 199     {
 200       inMenuString = UrlConstants.DEFAULT_STRING;
 201     }
 202     UrlProviderFactoryI factory = new DesktopUrlProviderFactory(defaultUrl,
 203             inMenuString, notInMenuString);
 204     sequenceUrlLinks = factory.createUrlProvider();
 205     dataModel = new UrlLinkTableModel(sequenceUrlLinks);
 206
 207     /**
 208      * TODO: reformulate groupURL encoding so two or more can be stored in the
 209      * .properties file as '|' separated strings
 210      */
 211
 212     groupURLLinks = new ArrayList<>(); // not implemented
 213   }
 214
 215   JInternalFrame frame;
 216
 217   private WsPreferences wsPrefs;
 218
 219   private OptionsParam promptEachTimeOpt = new OptionsParam(
 220           MessageManager.getString("label.prompt_each_time"),
 221           "Prompt each time");
 222
 223   private OptionsParam lineArtOpt = new OptionsParam(
 224           MessageManager.getString("label.lineart"), "Lineart");
 225
 226   private OptionsParam textOpt = new OptionsParam(
 227           MessageManager.getString("action.text"), "Text");
 228
 229   /**
 230    * Creates a new Preferences object.
 231    */
 232   public Preferences()
 233   {
 234     super();
 235     frame = new JInternalFrame();
 236     frame.setContentPane(this);
 237     if (!Platform.isJS())
 238     /**
 239      * Java only
 240      *
 241      * @j2sIgnore
 242      */
 243     {
 244       wsPrefs = new WsPreferences();
 245       wsTab.add(wsPrefs, BorderLayout.CENTER);
 246     }
 247     int width = 500, height = 450;
 248     if (Platform.isAMacAndNotJS())
 249     {
 250       width = 570;
 251       height = 480;
 252     }
 253
 254     Desktop.addInternalFrame(frame,
 255             MessageManager.getString("label.preferences"), width, height);
 256     frame.setMinimumSize(new Dimension(width, height));
 257
 258     /*
 259      * Set Visual tab defaults
 260      */
 261     seqLimit.setSelected(Cache.getDefault("SHOW_JVSUFFIX", true));
 262     rightAlign.setSelected(Cache.getDefault("RIGHT_ALIGN_IDS", false));
 263     fullScreen.setSelected(Cache.getDefault("SHOW_FULLSCREEN", false));
 264     annotations.setSelected(Cache.getDefault("SHOW_ANNOTATIONS", true));
 265
 266     conservation.setSelected(Cache.getDefault(SHOW_CONSERVATION, true));
 267     quality.setSelected(Cache.getDefault(SHOW_QUALITY, true));
 268     identity.setSelected(Cache.getDefault("SHOW_IDENTITY", true));
 269     openoverv.setSelected(Cache.getDefault(SHOW_OVERVIEW, false));
 270     showUnconserved
 271             .setSelected(Cache.getDefault(SHOW_UNCONSERVED, false));
 272     showOccupancy.setSelected(Cache.getDefault(SHOW_OCCUPANCY, false));
 273     showGroupConsensus
 274             .setSelected(Cache.getDefault(SHOW_GROUP_CONSENSUS, false));
 275     showGroupConservation.setSelected(
 276             Cache.getDefault(SHOW_GROUP_CONSERVATION, false));
 277     showConsensHistogram.setSelected(
 278             Cache.getDefault(SHOW_CONSENSUS_HISTOGRAM, true));
 279     showConsensLogo
 280             .setSelected(Cache.getDefault(SHOW_CONSENSUS_LOGO, false));
 281     showNpTooltip
 282             .setSelected(Cache.getDefault("SHOW_NPFEATS_TOOLTIP", true));
 283     showDbRefTooltip
 284             .setSelected(Cache.getDefault("SHOW_DBREFS_TOOLTIP", true));
 285
 286     String[] fonts = java.awt.GraphicsEnvironment
 287             .getLocalGraphicsEnvironment().getAvailableFontFamilyNames();
 288     for (int i = 0; i < fonts.length; i++)
 289     {
 290       fontNameCB.addItem(fonts[i]);
 291     }
 292
 293     for (int i = MIN_FONT_SIZE; i <= MAX_FONT_SIZE; i++)
 294     {
 295       fontSizeCB.addItem(i + "");
 296     }
 297
 298     fontStyleCB.addItem("plain");
 299     fontStyleCB.addItem("bold");
 300     fontStyleCB.addItem("italic");
 301
 302     fontNameCB.setSelectedItem(Cache.getDefault("FONT_NAME", "SansSerif"));
 303     fontSizeCB.setSelectedItem(Cache.getDefault("FONT_SIZE", "10"));
 304     fontStyleCB.setSelectedItem(
 305             Cache.getDefault("FONT_STYLE", Font.PLAIN + ""));
 306
 307     smoothFont.setSelected(Cache.getDefault("ANTI_ALIAS", false));
 308     scaleProteinToCdna
 309             .setSelected(Cache.getDefault(SCALE_PROTEIN_TO_CDNA, false));
 310
 311     idItalics.setSelected(Cache.getDefault("ID_ITALICS", true));
 312
 313     wrap.setSelected(Cache.getDefault("WRAP_ALIGNMENT", false));
 314
 315     gapSymbolCB.addItem("-");
 316     gapSymbolCB.addItem(".");
 317
 318     gapSymbolCB.setSelectedItem(Cache.getDefault("GAP_SYMBOL", "-"));
 319
 320     sortby.addItem("No sort");
 321     sortby.addItem("Id");
 322     sortby.addItem("Pairwise Identity");
 323     sortby.setSelectedItem(Cache.getDefault(SORT_ALIGNMENT, "No sort"));
 324
 325     sortAnnBy.addItem(SequenceAnnotationOrder.NONE.toString());
 326     sortAnnBy
 327             .addItem(SequenceAnnotationOrder.SEQUENCE_AND_LABEL.toString());
 328     sortAnnBy
 329             .addItem(SequenceAnnotationOrder.LABEL_AND_SEQUENCE.toString());
 330     SequenceAnnotationOrder savedSort = SequenceAnnotationOrder
 331             .valueOf(Cache.getDefault(SORT_ANNOTATIONS,
 332                     SequenceAnnotationOrder.NONE.name()));
 333     sortAnnBy.setSelectedItem(savedSort.toString());
 334
 335     sortAutocalc.addItem("Autocalculated first");
 336     sortAutocalc.addItem("Autocalculated last");
 337     final boolean showAbove = Cache.getDefault(SHOW_AUTOCALC_ABOVE, true);
 338     sortAutocalc.setSelectedItem(showAbove ? sortAutocalc.getItemAt(0)
 339             : sortAutocalc.getItemAt(1));
 340     startupCheckbox
 341             .setSelected(Cache.getDefault("SHOW_STARTUP_FILE", true));
 342     startupFileTextfield.setText(Cache.getDefault("STARTUP_FILE",
 343             Cache.getDefault("www.jalview.org", "http://www.jalview.org")
 344                     + "/examples/exampleFile_2_3.jar"));
 345
 346     /*
 347      * Set Colours tab defaults
 348      */
 349     protColour.addItem(ResidueColourScheme.NONE);
 350     nucColour.addItem(ResidueColourScheme.NONE);
 351     for (ColourSchemeI cs : ColourSchemes.getInstance().getColourSchemes())
 352     {
 353       String name = cs.getSchemeName();
 354       protColour.addItem(name);
 355       nucColour.addItem(name);
 356     }
 357     String oldProp = Cache.getDefault(DEFAULT_COLOUR,
 358             ResidueColourScheme.NONE);
 359     String newProp = Cache.getDefault(DEFAULT_COLOUR_PROT, null);
 360     protColour.setSelectedItem(newProp != null ? newProp : oldProp);
 361     newProp = Cache.getDefault(DEFAULT_COLOUR_NUC, null);
 362     nucColour.setSelectedItem(newProp != null ? newProp : oldProp);
 363     minColour.setBackground(
 364             Cache.getDefaultColour(ANNOTATIONCOLOUR_MIN, Color.orange));
 365     maxColour.setBackground(
 366             Cache.getDefaultColour(ANNOTATIONCOLOUR_MAX, Color.red));
 367
 368     /*
 369      * Set overview panel defaults
 370      */
 371     gapColour.setBackground(
 372             Cache.getDefaultColour(GAP_COLOUR,
 373                     jalview.renderer.OverviewResColourFinder.OVERVIEW_DEFAULT_GAP));
 374     hiddenColour.setBackground(
 375             Cache.getDefaultColour(HIDDEN_COLOUR,
 376                     jalview.renderer.OverviewResColourFinder.OVERVIEW_DEFAULT_HIDDEN));
 377     useLegacyGap.setSelected(Cache.getDefault(USE_LEGACY_GAP, false));
 378     gapLabel.setEnabled(!useLegacyGap.isSelected());
 379     gapColour.setEnabled(!useLegacyGap.isSelected());
 380     showHiddenAtStart
 381             .setSelected(Cache.getDefault(SHOW_OV_HIDDEN_AT_START, false));
 382
 383     /*
 384      * Set Structure tab defaults.
 385      */
 386     final boolean structSelected = Cache.getDefault(STRUCT_FROM_PDB, false);
 387     structFromPdb.setSelected(structSelected);
 388     useRnaView.setSelected(Cache.getDefault(USE_RNAVIEW, false));
 389     useRnaView.setEnabled(structSelected);
 390     addSecondaryStructure.setSelected(Cache.getDefault(ADD_SS_ANN, false));
 391     addSecondaryStructure.setEnabled(structSelected);
 392     addTempFactor.setSelected(Cache.getDefault(ADD_TEMPFACT_ANN, false));
 393     addTempFactor.setEnabled(structSelected);
 394     structViewer.setSelectedItem(
 395             Cache.getDefault(STRUCTURE_DISPLAY, ViewerType.JMOL.name()));
 396     chimeraPath.setText(Cache.getDefault(CHIMERA_PATH, ""));
 397     chimeraPath.addActionListener(new ActionListener()
 398     {
 399       @Override
 400       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 401       {
 402         validateChimeraPath();
 403       }
 404     });
 405
 406     if (Cache.getDefault("MAP_WITH_SIFTS", false))
 407     {
 408       siftsMapping.setSelected(true);
 409     }
 410     else
 411     {
 412       nwMapping.setSelected(true);
 413     }
 414
 415     SiftsSettings
 416             .setMapWithSifts(Cache.getDefault("MAP_WITH_SIFTS", false));
 417
 418     /*
 419      * Set Connections tab defaults
 420      */
 421
 422     // set up sorting
 423     linkUrlTable.setModel(dataModel);
 424     final TableRowSorter<TableModel> sorter = new TableRowSorter<>(
 425             linkUrlTable.getModel());
 426     linkUrlTable.setRowSorter(sorter);
 427     List<RowSorter.SortKey> sortKeys = new ArrayList<>();
 428
 429     UrlLinkTableModel m = (UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel();
 430     sortKeys.add(new RowSorter.SortKey(m.getPrimaryColumn(),
 431             SortOrder.DESCENDING));
 432     sortKeys.add(new RowSorter.SortKey(m.getSelectedColumn(),
 433             SortOrder.DESCENDING));
 434     sortKeys.add(
 435             new RowSorter.SortKey(m.getNameColumn(), SortOrder.ASCENDING));
 436
 437     sorter.setSortKeys(sortKeys);
 438     // BH 2018 setSortKeys will do the sort
 439     // sorter.sort();
 440
 441     // set up filtering
 442     ActionListener onReset;
 443     onReset = new ActionListener()
 444     {
 445       @Override
 446       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 447       {
 448         filterTB.setText("");
 449         sorter.setRowFilter(RowFilter.regexFilter(""));
 450       }
 451
 452     };
 453     doReset.addActionListener(onReset);
 454
 455     // filter to display only custom urls
 456     final RowFilter<TableModel, Object> customUrlFilter = new RowFilter<TableModel, Object>()
 457     {
 458       @Override
 459       public boolean include(
 460               Entry<? extends TableModel, ? extends Object> entry)
 461       {
 462         return ((UrlLinkTableModel) entry.getModel()).isUserEntry(entry);
 463       }
 464     };
 465
 466     final TableRowSorter<TableModel> customSorter = new TableRowSorter<>(
 467             linkUrlTable.getModel());
 468     customSorter.setRowFilter(customUrlFilter);
 469
 470     ActionListener onCustomOnly;
 471     onCustomOnly = new ActionListener()
 472     {
 473       @Override
 474       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 475       {
 476         filterTB.setText("");
 477         sorter.setRowFilter(customUrlFilter);
 478       }
 479     };
 480     userOnly.addActionListener(onCustomOnly);
 481
 482     filterTB.getDocument().addDocumentListener(new DocumentListener()
 483     {
 484       String caseInsensitiveFlag = "(?i)";
 485
 486       @Override
 487       public void changedUpdate(DocumentEvent e)
 488       {
 489         sorter.setRowFilter(RowFilter
 490                 .regexFilter(caseInsensitiveFlag + filterTB.getText()));
 491       }
 492
 493       @Override
 494       public void removeUpdate(DocumentEvent e)
 495       {
 496         sorter.setRowFilter(RowFilter
 497                 .regexFilter(caseInsensitiveFlag + filterTB.getText()));
 498       }
 499
 500       @Override
 501       public void insertUpdate(DocumentEvent e)
 502       {
 503         sorter.setRowFilter(RowFilter
 504                 .regexFilter(caseInsensitiveFlag + filterTB.getText()));
 505       }
 506     });
 507
 508     // set up list selection functionality
 509     linkUrlTable.getSelectionModel()
 510             .addListSelectionListener(new UrlListSelectionHandler());
 511
 512     // set up radio buttons
 513     int onClickCol = ((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel())
 514             .getPrimaryColumn();
 515     String onClickName = linkUrlTable.getColumnName(onClickCol);
 516     linkUrlTable.getColumn(onClickName)
 517             .setCellRenderer(new RadioButtonRenderer());
 518     linkUrlTable.getColumn(onClickName)
 519             .setCellEditor(new RadioButtonEditor());
 520
 521     // get boolean columns and resize those to min possible
 522     for (int column = 0; column < linkUrlTable.getColumnCount(); column++)
 523     {
 524       if (linkUrlTable.getModel().getColumnClass(column)
 525               .equals(Boolean.class))
 526       {
 527         TableColumn tableColumn = linkUrlTable.getColumnModel()
 528                 .getColumn(column);
 529         int preferredWidth = tableColumn.getMinWidth();
 530
 531         TableCellRenderer cellRenderer = linkUrlTable.getCellRenderer(0,
 532                 column);
 533         Component c = linkUrlTable.prepareRenderer(cellRenderer, 0, column);
 534         int cwidth = c.getPreferredSize().width
 535                 + linkUrlTable.getIntercellSpacing().width;
 536         preferredWidth = Math.max(preferredWidth, cwidth);
 537
 538         tableColumn.setPreferredWidth(preferredWidth);
 539       }
 540     }
 541
 542     useProxy.setSelected(Cache.getDefault("USE_PROXY", false));
 543     useProxy_actionPerformed(); // make sure useProxy is correctly initialised
 544     proxyServerTB.setText(Cache.getDefault("PROXY_SERVER", ""));
 545     proxyPortTB.setText(Cache.getDefault("PROXY_PORT", ""));
 546
 547     defaultBrowser.setText(Cache.getDefault("DEFAULT_BROWSER", ""));
 548
 549     usagestats.setSelected(Cache.getDefault("USAGESTATS", false));
 550     // note antisense here: default is true
 551     questionnaire
 552             .setSelected(Cache.getProperty(NOQUESTIONNAIRES) == null);
 553     versioncheck.setSelected(Cache.getDefault("VERSION_CHECK", true));
 554
 555     /*
 556      * Set Output tab defaults
 557      */
 558     setupOutputCombo(epsRendering, "EPS_RENDERING");
 559     setupOutputCombo(htmlRendering, "HTML_RENDERING");
 560     setupOutputCombo(svgRendering, "SVG_RENDERING");
 561     autoIdWidth.setSelected(Cache.getDefault("FIGURE_AUTOIDWIDTH", false));
 562     userIdWidth.setEnabled(!autoIdWidth.isSelected());
 563     userIdWidthlabel.setEnabled(!autoIdWidth.isSelected());
 564     Integer wi = Cache.getIntegerProperty("FIGURE_FIXEDIDWIDTH");
 565     userIdWidth.setText(wi == null ? "" : wi.toString());
 566     // TODO: refactor to use common enum via FormatAdapter and allow extension
 567     // for new flat file formats
 568     blcjv.setSelected(Cache.getDefault("BLC_JVSUFFIX", true));
 569     clustaljv.setSelected(Cache.getDefault("CLUSTAL_JVSUFFIX", true));
 570     fastajv.setSelected(Cache.getDefault("FASTA_JVSUFFIX", true));
 571     msfjv.setSelected(Cache.getDefault("MSF_JVSUFFIX", true));
 572     pfamjv.setSelected(Cache.getDefault("PFAM_JVSUFFIX", true));
 573     pileupjv.setSelected(Cache.getDefault("PILEUP_JVSUFFIX", true));
 574     pirjv.setSelected(Cache.getDefault("PIR_JVSUFFIX", true));
 575     modellerOutput.setSelected(Cache.getDefault("PIR_MODELLER", false));
 576     embbedBioJSON
 577             .setSelected(Cache.getDefault("EXPORT_EMBBED_BIOJSON", true));
 578
 579     /*
 580      * Set Editing tab defaults
 581      */
 582     autoCalculateConsCheck
 583             .setSelected(Cache.getDefault("AUTO_CALC_CONSENSUS", true));
 584     padGaps.setSelected(Cache.getDefault("PAD_GAPS", false));
 585     sortByTree.setSelected(Cache.getDefault(SORT_BY_TREE, false));
 586
 587     annotations_actionPerformed(null); // update the display of the annotation
 588                                        // settings
 589
 590
 591     /*
 592      * Set Backups tab defaults
 593      */
 594     loadLastSavedBackupsOptions();
 595   }
 596
 597   /**
 598    * A helper method that sets the items and initial selection in a character
 599    * rendering option list (Prompt each time/Lineart/Text)
 600    *
 601    * @param comboBox
 602    * @param propertyKey
 603    */
 604   protected void setupOutputCombo(JComboBox<Object> comboBox,
 605           String propertyKey)
 606   {
 607     comboBox.addItem(promptEachTimeOpt);
 608     comboBox.addItem(lineArtOpt);
 609     comboBox.addItem(textOpt);
 610
 611     /*
 612      * JalviewJS doesn't support Lineart so force it to Text
 613      */
 614     String defaultOption = Platform.isJS() ? "Text"
 615             : Cache.getDefault(propertyKey, "Prompt each time");
 616     if (defaultOption.equalsIgnoreCase("Text"))
 617     {
 618       comboBox.setSelectedItem(textOpt);
 619     }
 620     else if (defaultOption.equalsIgnoreCase("Lineart"))
 621     {
 622       comboBox.setSelectedItem(lineArtOpt);
 623     }
 624     else
 625     {
 626       comboBox.setSelectedItem(promptEachTimeOpt);
 627     }
 628   }
 629
 630   /**
 631    * Save user selections on the Preferences tabs to the Cache and write out to
 632    * file.
 633    *
 634    * @param e
 635    */
 636   @Override
 637   public void ok_actionPerformed(ActionEvent e)
 638   {
 639     if (!validateSettings())
 640     {
 641       return;
 642     }
 643
 644     /*
 645      * Save Visual settings
 646      */
 647     Cache.setPropertyNoSave("SHOW_JVSUFFIX",
 648             Boolean.toString(seqLimit.isSelected()));
 649     Cache.setPropertyNoSave("RIGHT_ALIGN_IDS",
 650             Boolean.toString(rightAlign.isSelected()));
 651     Cache.setPropertyNoSave("SHOW_FULLSCREEN",
 652             Boolean.toString(fullScreen.isSelected()));
 653     Cache.setPropertyNoSave("SHOW_OVERVIEW",
 654             Boolean.toString(openoverv.isSelected()));
 655     Cache.setPropertyNoSave("SHOW_ANNOTATIONS",
 656             Boolean.toString(annotations.isSelected()));
 657     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_CONSERVATION,
 658             Boolean.toString(conservation.isSelected()));
 659     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_QUALITY,
 660             Boolean.toString(quality.isSelected()));
 661     Cache.setPropertyNoSave("SHOW_IDENTITY",
 662             Boolean.toString(identity.isSelected()));
 663
 664     Cache.setPropertyNoSave("GAP_SYMBOL",
 665             gapSymbolCB.getSelectedItem().toString());
 666
 667     Cache.setPropertyNoSave("FONT_NAME",
 668             fontNameCB.getSelectedItem().toString());
 669     Cache.setPropertyNoSave("FONT_STYLE",
 670             fontStyleCB.getSelectedItem().toString());
 671     Cache.setPropertyNoSave("FONT_SIZE",
 672             fontSizeCB.getSelectedItem().toString());
 673
 674     Cache.setPropertyNoSave("ID_ITALICS",
 675             Boolean.toString(idItalics.isSelected()));
 676     Cache.setPropertyNoSave("SHOW_UNCONSERVED",
 677             Boolean.toString(showUnconserved.isSelected()));
 678     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_OCCUPANCY,
 679             Boolean.toString(showOccupancy.isSelected()));
 680     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_GROUP_CONSENSUS,
 681             Boolean.toString(showGroupConsensus.isSelected()));
 682     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_GROUP_CONSERVATION,
 683             Boolean.toString(showGroupConservation.isSelected()));
 684     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_CONSENSUS_HISTOGRAM,
 685             Boolean.toString(showConsensHistogram.isSelected()));
 686     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_CONSENSUS_LOGO,
 687             Boolean.toString(showConsensLogo.isSelected()));
 688     Cache.setPropertyNoSave("ANTI_ALIAS",
 689             Boolean.toString(smoothFont.isSelected()));
 690     Cache.setPropertyNoSave(SCALE_PROTEIN_TO_CDNA,
 691             Boolean.toString(scaleProteinToCdna.isSelected()));
 692     Cache.setPropertyNoSave("SHOW_NPFEATS_TOOLTIP",
 693             Boolean.toString(showNpTooltip.isSelected()));
 694     Cache.setPropertyNoSave("SHOW_DBREFS_TOOLTIP",
 695             Boolean.toString(showDbRefTooltip.isSelected()));
 696
 697     Cache.setPropertyNoSave("WRAP_ALIGNMENT",
 698             Boolean.toString(wrap.isSelected()));
 699
 700     Cache.setPropertyNoSave("STARTUP_FILE",
 701             startupFileTextfield.getText());
 702     Cache.setPropertyNoSave("SHOW_STARTUP_FILE",
 703             Boolean.toString(startupCheckbox.isSelected()));
 704
 705     Cache.setPropertyNoSave(SORT_ALIGNMENT,
 706             sortby.getSelectedItem().toString());
 707
 708     // convert description of sort order to enum name for save
 709     SequenceAnnotationOrder annSortOrder = SequenceAnnotationOrder
 710             .forDescription(sortAnnBy.getSelectedItem().toString());
 711     if (annSortOrder != null)
 712     {
 713       Cache.setPropertyNoSave(SORT_ANNOTATIONS,
 714               annSortOrder.name());
 715     }
 716
 717     final boolean showAutocalcFirst = sortAutocalc.getSelectedIndex() == 0;
 718     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_AUTOCALC_ABOVE,
 719             Boolean.valueOf(showAutocalcFirst).toString());
 720
 721     /*
 722      * Save Colours settings
 723      */
 724     Cache.setPropertyNoSave(DEFAULT_COLOUR_PROT,
 725             protColour.getSelectedItem().toString());
 726     Cache.setPropertyNoSave(DEFAULT_COLOUR_NUC,
 727             nucColour.getSelectedItem().toString());
 728     Cache.setColourProperty(ANNOTATIONCOLOUR_MIN,
 729             minColour.getBackground());
 730     Cache.setColourProperty(ANNOTATIONCOLOUR_MAX,
 731             maxColour.getBackground());
 732
 733     /*
 734      * Save Overview settings
 735      */
 736     Cache.setColourProperty(GAP_COLOUR, gapColour.getBackground());
 737     Cache.setColourProperty(HIDDEN_COLOUR, hiddenColour.getBackground());
 738     Cache.setPropertyNoSave(USE_LEGACY_GAP,
 739             Boolean.toString(useLegacyGap.isSelected()));
 740     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_OV_HIDDEN_AT_START,
 741             Boolean.toString(showHiddenAtStart.isSelected()));
 742
 743     /*
 744      * Save Structure settings
 745      */
 746     Cache.setPropertyNoSave(ADD_TEMPFACT_ANN,
 747             Boolean.toString(addTempFactor.isSelected()));
 748     Cache.setPropertyNoSave(ADD_SS_ANN,
 749             Boolean.toString(addSecondaryStructure.isSelected()));
 750     Cache.setPropertyNoSave(USE_RNAVIEW,
 751             Boolean.toString(useRnaView.isSelected()));
 752     Cache.setPropertyNoSave(STRUCT_FROM_PDB,
 753             Boolean.toString(structFromPdb.isSelected()));
 754     Cache.setPropertyNoSave(STRUCTURE_DISPLAY,
 755             structViewer.getSelectedItem().toString());
 756     Cache.setOrRemove(CHIMERA_PATH, chimeraPath.getText());
 757     Cache.setPropertyNoSave("MAP_WITH_SIFTS",
 758             Boolean.toString(siftsMapping.isSelected()));
 759     SiftsSettings.setMapWithSifts(siftsMapping.isSelected());
 760
 761     /*
 762      * Save Output settings
 763      */
 764     Cache.setPropertyNoSave("EPS_RENDERING",
 765             ((OptionsParam) epsRendering.getSelectedItem()).getCode());
 766     Cache.setPropertyNoSave("HTML_RENDERING",
 767             ((OptionsParam) htmlRendering.getSelectedItem()).getCode());
 768     Cache.setPropertyNoSave("SVG_RENDERING",
 769             ((OptionsParam) svgRendering.getSelectedItem()).getCode());
 770
 771     if (!Platform.isJS())
 772     /**
 773      * @j2sNative
 774      */
 775     {
 776       // Java only
 777       // Save Connections settings
 778       Cache.setOrRemove("DEFAULT_BROWSER", defaultBrowser.getText());
 779       BrowserLauncher.resetBrowser();
 780     }
 781
 782     // save user-defined and selected links
 783     String menuLinks = sequenceUrlLinks.writeUrlsAsString(true);
 784     if (menuLinks.isEmpty())
 785     {
 786       Cache.removePropertyNoSave("SEQUENCE_LINKS");
 787     }
 788     else
 789     {
 790       Cache.setPropertyNoSave("SEQUENCE_LINKS",
 791               menuLinks.toString());
 792     }
 793
 794     String nonMenuLinks = sequenceUrlLinks.writeUrlsAsString(false);
 795     if (nonMenuLinks.isEmpty())
 796     {
 797       Cache.removePropertyNoSave("STORED_LINKS");
 798     }
 799     else
 800     {
 801       Cache.setPropertyNoSave("STORED_LINKS",
 802               nonMenuLinks.toString());
 803     }
 804
 805     Cache.setPropertyNoSave("DEFAULT_URL",
 806             sequenceUrlLinks.getPrimaryUrlId());
 807
 808     Cache.setPropertyNoSave("USE_PROXY",
 809             Boolean.toString(useProxy.isSelected()));
 810
 811     Cache.setOrRemove("PROXY_SERVER", proxyServerTB.getText());
 812
 813     Cache.setOrRemove("PROXY_PORT", proxyPortTB.getText());
 814
 815     if (useProxy.isSelected())
 816     {
 817       System.setProperty("http.proxyHost", proxyServerTB.getText());
 818       System.setProperty("http.proxyPort", proxyPortTB.getText());
 819     }
 820     else
 821     {
 822       System.setProperty("http.proxyHost", "");
 823       System.setProperty("http.proxyPort", "");
 824     }
 825     Cache.setProperty("VERSION_CHECK",
 826             Boolean.toString(versioncheck.isSelected()));
 827     if (Cache.getProperty("USAGESTATS") != null || usagestats.isSelected())
 828     {
 829       // default is false - we only set this if the user has actively agreed
 830       Cache.setProperty("USAGESTATS",
 831               Boolean.toString(usagestats.isSelected()));
 832     }
 833     if (!questionnaire.isSelected())
 834     {
 835       Cache.setProperty(NOQUESTIONNAIRES, "true");
 836     }
 837     else
 838     {
 839       // special - made easy to edit a property file to disable questionnaires
 840       // by just adding the given line
 841       Cache.removeProperty(NOQUESTIONNAIRES);
 842     }
 843
 844     /*
 845      * Save Output settings
 846      */
 847     Cache.setPropertyNoSave("BLC_JVSUFFIX",
 848             Boolean.toString(blcjv.isSelected()));
 849     Cache.setPropertyNoSave("CLUSTAL_JVSUFFIX",
 850             Boolean.toString(clustaljv.isSelected()));
 851     Cache.setPropertyNoSave("FASTA_JVSUFFIX",
 852             Boolean.toString(fastajv.isSelected()));
 853     Cache.setPropertyNoSave("MSF_JVSUFFIX",
 854             Boolean.toString(msfjv.isSelected()));
 855     Cache.setPropertyNoSave("PFAM_JVSUFFIX",
 856             Boolean.toString(pfamjv.isSelected()));
 857     Cache.setPropertyNoSave("PILEUP_JVSUFFIX",
 858             Boolean.toString(pileupjv.isSelected()));
 859     Cache.setPropertyNoSave("PIR_JVSUFFIX",
 860             Boolean.toString(pirjv.isSelected()));
 861     Cache.setPropertyNoSave("PIR_MODELLER",
 862             Boolean.toString(modellerOutput.isSelected()));
 863     Cache.setPropertyNoSave("EXPORT_EMBBED_BIOJSON",
 864             Boolean.toString(embbedBioJSON.isSelected()));
 865     Cache.setPropertyNoSave("FIGURE_AUTOIDWIDTH",
 866             Boolean.toString(autoIdWidth.isSelected()));
 867     userIdWidth_actionPerformed();
 868     Cache.setPropertyNoSave("FIGURE_FIXEDIDWIDTH",
 869             userIdWidth.getText());
 870
 871     /*
 872      * Save Editing settings
 873      */
 874     Cache.setPropertyNoSave("AUTO_CALC_CONSENSUS",
 875             Boolean.toString(autoCalculateConsCheck.isSelected()));
 876     Cache.setPropertyNoSave("SORT_BY_TREE",
 877             Boolean.toString(sortByTree.isSelected()));
 878     Cache.setPropertyNoSave("PAD_GAPS",
 879             Boolean.toString(padGaps.isSelected()));
 880
 881     if (!Platform.isJS())
 882     {
 883       wsPrefs.updateAndRefreshWsMenuConfig(false);
 884     }
 885
 886     /*
 887      * Save Backups settings
 888      */
 889     Cache.setPropertyNoSave(BackupFiles.CONFIRM_DELETE_OLD,
 890             Boolean.toString(backupfilesConfirmDelete.isSelected()));
 891     Cache.setPropertyNoSave(BackupFiles.ENABLED,
 892             Boolean.toString(enableBackupFiles.isSelected()));
 893     Cache.setPropertyNoSave(BackupFiles.NO_MAX,
 894             Boolean.toString(backupfilesKeepAll.isSelected()));
 895     Cache.setPropertyNoSave(BackupFiles.REVERSE_ORDER,
 896             Boolean.toString(suffixReverse.isSelected()));
 897     Cache.setPropertyNoSave(BackupFiles.SUFFIX,
 898             suffixTemplate.getText());
 899     Cache.setPropertyNoSave(BackupFiles.ROLL_MAX,
 900             Integer.toString(getSpinnerInt(backupfilesRollMaxSpinner, 4)));
 901     Cache.setPropertyNoSave(BackupFiles.SUFFIX_DIGITS,
 902             Integer.toString(getSpinnerInt(suffixDigitsSpinner, 3)));
 903     Cache.setPropertyNoSave(BackupFiles.NS + "_PRESET",
 904             Integer.toString(getComboIntStringKey(backupfilesPresetsCombo)));
 905
 906     Cache.saveProperties();
 907     Desktop.getInstance().doConfigureStructurePrefs();
 908     try
 909     {
 910       frame.setClosed(true);
 911     } catch (Exception ex)
 912     {
 913     }
 914   }
 915
 916   public static void setAppletDefaults()
 917   {
 918
 919     // http://www.jalview.org/old/v2_8/examples/appletParameters.html
 920
 921     // showConservation true or false Default is true.
 922     // showQuality true or false Default is true.
 923     // showConsensus true or false Default is true.
 924     // showFeatureSettings true or false Shows the feature settings window when
 925     // startin
 926     // showTreeBootstraps true or false (default is true) show or hide branch
 927     // bootstraps
 928     // showTreeDistances true or false (default is true) show or hide branch
 929     // lengths
 930     // showUnlinkedTreeNodes true or false (default is false) indicate if
 931     // unassociated nodes should be highlighted in the tree view
 932     // showUnconserved true of false (default is false) When true, only gaps and
 933     // symbols different to the consensus sequence ions of the alignment
 934     // showGroupConsensus true of false (default is false) When true, shows
 935     // consensus annotation row for any groups on the alignment. (since 2.7)
 936     // showGroupConservation true of false (default is false) When true, shows
 937     // amino-acid property conservation annotation row for any groups on the
 938     // showConsensusHistogram true of false (default is true) When true, shows
 939     // the percentage occurence of the consensus symbol for each column as a
 940     // showSequenceLogo true of false (default is false) When true, shows a
 941     // sequence logo above the consensus sequence (overlaid above the Consensus
 942
 943     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_CONSERVATION, "true");
 944     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_QUALITY, "false");
 945     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_CONSENSUS, "true");
 946     Cache.setPropertyNoSave("SHOW_UNCONSERVED", "false");
 947     Cache.setPropertyNoSave("SHOW_GROUP_CONSERVATION", "false");
 948     Cache.setPropertyNoSave("SHOW_GROUP_CONCENSUS", "false");
 949
 950     // TODO -- just a start here
 951   }
 952
 953   /**
 954    * Do any necessary validation before saving settings. Return focus to the
 955    * first tab which fails validation.
 956    *
 957    * @return
 958    */
 959   private boolean validateSettings()
 960   {
 961     if (!validateStructure())
 962     {
 963       structureTab.requestFocusInWindow();
 964       return false;
 965     }
 966     return true;
 967   }
 968
 969   @Override
 970   protected boolean validateStructure()
 971   {
 972     return validateChimeraPath();
 973
 974   }
 975
 976   /**
 977    * DOCUMENT ME!
 978    */
 979   @Override
 980   public void startupFileTextfield_mouseClicked()
 981   {
 982     // TODO: JAL-3048 not needed for Jalview-JS
 983     String fileFormat = Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT");
 984     JalviewFileChooser chooser = JalviewFileChooser
 985             .forRead(Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), fileFormat);
 986     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 987     chooser.setDialogTitle(
 988             MessageManager.getString("label.select_startup_file"));
 989
 990     int value = chooser.showOpenDialog(this);
 991
 992     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 993     {
 994       FileFormatI format = chooser.getSelectedFormat();
 995       if (format != null)
 996       {
 997         Cache.setPropertyNoSave("DEFAULT_FILE_FORMAT",
 998                 format.getName());
 999       }
1000       startupFileTextfield
1001               .setText(chooser.getSelectedFile().getAbsolutePath());
1002     }
1003   }
1004
1005   /**
1006    * DOCUMENT ME!
1007    *
1008    * @param e
1009    *          DOCUMENT ME!
1010    */
1011   @Override
1012   public void cancel_actionPerformed(ActionEvent e)
1013   {
1014     try
1015     {
1016       if (!Platform.isJS())
1017       {
1018         wsPrefs.updateWsMenuConfig(true);
1019         wsPrefs.refreshWs_actionPerformed(e);
1020       }
1021       frame.setClosed(true);
1022     } catch (Exception ex)
1023     {
1024     }
1025   }
1026
1027   /**
1028    * DOCUMENT ME!
1029    *
1030    * @param e
1031    *          DOCUMENT ME!
1032    */
1033   @Override
1034   public void annotations_actionPerformed(ActionEvent e)
1035   {
1036     conservation.setEnabled(annotations.isSelected());
1037     quality.setEnabled(annotations.isSelected());
1038     identity.setEnabled(annotations.isSelected());
1039     showOccupancy.setEnabled(annotations.isSelected());
1040     showGroupConsensus.setEnabled(annotations.isSelected());
1041     showGroupConservation.setEnabled(annotations.isSelected());
1042     showConsensHistogram.setEnabled(annotations.isSelected()
1043             && (identity.isSelected() || showGroupConsensus.isSelected()));
1044     showConsensLogo.setEnabled(annotations.isSelected()
1045             && (identity.isSelected() || showGroupConsensus.isSelected()));
1046   }
1047
1048   @Override
1049   public void newLink_actionPerformed(ActionEvent e)
1050   {
1051     GSequenceLink link = new GSequenceLink();
1052     boolean valid = false;
1053     while (!valid)
1054     {
1055       if (JvOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.getDesktopPane(), link,
1056               MessageManager.getString("label.new_sequence_url_link"),
1057               JvOptionPane.OK_CANCEL_OPTION, -1,
1058               null) == JvOptionPane.OK_OPTION)
1059       {
1060         if (link.checkValid())
1061         {
1062           if (((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel())
1063                   .isUniqueName(link.getName()))
1064           {
1065             ((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel())
1066                     .insertRow(link.getName(), link.getURL());
1067             valid = true;
1068           }
1069           else
1070           {
1071             link.notifyDuplicate();
1072             continue;
1073           }
1074         }
1075       }
1076       else
1077       {
1078         break;
1079       }
1080     }
1081   }
1082
1083   @Override
1084   public void editLink_actionPerformed(ActionEvent e)
1085   {
1086     GSequenceLink link = new GSequenceLink();
1087
1088     int index = linkUrlTable.getSelectedRow();
1089     if (index == -1)
1090     {
1091       // button no longer enabled if row is not selected
1092       Cache.log.debug("Edit with no row selected in linkUrlTable");
1093       return;
1094     }
1095
1096     int nameCol = ((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel())
1097             .getNameColumn();
1098     int urlCol = ((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel())
1099             .getUrlColumn();
1100     String oldName = linkUrlTable.getValueAt(index, nameCol).toString();
1101     link.setName(oldName);
1102     link.setURL(linkUrlTable.getValueAt(index, urlCol).toString());
1103
1104     boolean valid = false;
1105     while (!valid)
1106     {
1107       if (JvOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.getDesktopPane(), link,
1108               MessageManager.getString("label.edit_sequence_url_link"),
1109               JvOptionPane.OK_CANCEL_OPTION, -1,
1110               null) == JvOptionPane.OK_OPTION)
1111       {
1112         if (link.checkValid())
1113         {
1114           if ((oldName.equals(link.getName()))
1115                   || (((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel())
1116                           .isUniqueName(link.getName())))
1117           {
1118             linkUrlTable.setValueAt(link.getName(), index, nameCol);
1119             linkUrlTable.setValueAt(link.getURL(), index, urlCol);
1120             valid = true;
1121           }
1122           else
1123           {
1124             link.notifyDuplicate();
1125             continue;
1126           }
1127         }
1128       }
1129       else
1130       {
1131         break;
1132       }
1133     }
1134   }
1135
1136   @Override
1137   public void deleteLink_actionPerformed(ActionEvent e)
1138   {
1139     int index = linkUrlTable.getSelectedRow();
1140     int modelIndex = -1;
1141     if (index == -1)
1142     {
1143       // button no longer enabled if row is not selected
1144       Cache.log.debug("Delete with no row selected in linkUrlTable");
1145       return;
1146     }
1147     else
1148     {
1149       modelIndex = linkUrlTable.convertRowIndexToModel(index);
1150     }
1151
1152     // make sure we use the model index to delete, and not the table index
1153     ((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel()).removeRow(modelIndex);
1154   }
1155
1156   @Override
1157   public void defaultBrowser_mouseClicked(MouseEvent e)
1158   {
1159     // TODO: JAL-3048 not needed for j2s
1160     if (!Platform.isJS()) // BH 2019
1161     /**
1162      * Java only
1163      *
1164      * @j2sIgnore
1165      */
1166     {
1167       JFileChooser chooser = new JFileChooser(".");
1168       chooser.setDialogTitle(
1169               MessageManager.getString("label.select_default_browser"));
1170
1171       int value = chooser.showOpenDialog(this);
1172
1173       if (value == JFileChooser.APPROVE_OPTION)
1174       {
1175         defaultBrowser.setText(chooser.getSelectedFile().getAbsolutePath());
1176       }
1177     }
1178   }
1179
1180   /*
1181    * (non-Javadoc)
1182    *
1183    * @see
1184    * jalview.jbgui.GPreferences#showunconserved_actionPerformed(java.awt.event
1185    * .ActionEvent)
1186    */
1187   @Override
1188   protected void showunconserved_actionPerformed(ActionEvent e)
1189   {
1190     // TODO Auto-generated method stub
1191     super.showunconserved_actionPerformed(e);
1192   }
1193
1194   /**
1195    * not implemented -- returns empty list
1196    *
1197    * @return
1198    */
1199   public static List<String> getGroupURLLinks()
1200   {
1201     return groupURLLinks;
1202   }
1203
1204   @Override
1205   public void minColour_actionPerformed(JPanel panel)
1206   {
1207     JalviewColourChooser.showColourChooser(this,
1208             MessageManager.getString("label.select_colour_minimum_value"),
1209             panel);
1210   }
1211
1212   @Override
1213   public void maxColour_actionPerformed(JPanel panel)
1214   {
1215     JalviewColourChooser.showColourChooser(this,
1216             MessageManager.getString("label.select_colour_maximum_value"),
1217             panel);
1218   }
1219
1220   @Override
1221   public void gapColour_actionPerformed(JPanel gap)
1222   {
1223     if (!useLegacyGap.isSelected())
1224     {
1225       JalviewColourChooser.showColourChooser(this,
1226               MessageManager.getString("label.select_gap_colour"),
1227               gap);
1228     }
1229   }
1230
1231   @Override
1232   public void hiddenColour_actionPerformed(JPanel hidden)
1233   {
1234     JalviewColourChooser.showColourChooser(this,
1235             MessageManager.getString("label.select_hidden_colour"),
1236             hidden);
1237   }
1238
1239   @Override
1240   protected void useLegacyGaps_actionPerformed(ActionEvent e)
1241   {
1242     boolean enabled = useLegacyGap.isSelected();
1243     if (enabled)
1244     {
1245       gapColour.setBackground(
1246               jalview.renderer.OverviewResColourFinder.OVERVIEW_DEFAULT_LEGACY_GAP);
1247     }
1248     else
1249     {
1250       gapColour.setBackground(
1251               jalview.renderer.OverviewResColourFinder.OVERVIEW_DEFAULT_GAP);
1252     }
1253     gapColour.setEnabled(!enabled);
1254     gapLabel.setEnabled(!enabled);
1255   }
1256
1257   @Override
1258   protected void resetOvDefaults_actionPerformed(ActionEvent e)
1259   {
1260     useLegacyGap.setSelected(false);
1261     useLegacyGaps_actionPerformed(null);
1262     showHiddenAtStart.setSelected(false);
1263     hiddenColour.setBackground(
1264             jalview.renderer.OverviewResColourFinder.OVERVIEW_DEFAULT_HIDDEN);
1265   }
1266
1267   @Override
1268   protected void userIdWidth_actionPerformed()
1269   {
1270     try
1271     {
1272       String val = userIdWidth.getText().trim();
1273       if (val.length() > 0)
1274       {
1275         Integer iw = Integer.parseInt(val);
1276         if (iw.intValue() < 12)
1277         {
1278           throw new NumberFormatException();
1279         }
1280         userIdWidth.setText(iw.toString());
1281       }
1282     } catch (NumberFormatException x)
1283     {
1284       userIdWidth.setText("");
1285       JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.getDesktopPane(),
1286               MessageManager
1287                       .getString("warn.user_defined_width_requirements"),
1288               MessageManager.getString("label.invalid_id_column_width"),
1289               JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1290     }
1291   }
1292
1293   @Override
1294   protected void autoIdWidth_actionPerformed()
1295   {
1296     userIdWidth.setEnabled(!autoIdWidth.isSelected());
1297     userIdWidthlabel.setEnabled(!autoIdWidth.isSelected());
1298   }
1299
1300   /**
1301    * Returns true if chimera path is to a valid executable, else show an error
1302    * dialog.
1303    */
1304   protected boolean validateChimeraPath()
1305   {
1306     if (chimeraPath.getText().trim().length() > 0)
1307     {
1308       File f = new File(chimeraPath.getText());
1309       if (!f.canExecute())
1310       {
1311         JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.getDesktopPane(),
1312                 MessageManager.getString("label.invalid_chimera_path"),
1313                 MessageManager.getString("label.invalid_name"),
1314                 JvOptionPane.ERROR_MESSAGE);
1315         return false;
1316       }
1317     }
1318     return true;
1319   }
1320
1321   /**
1322    * If Chimera is selected, check it can be found on default or user-specified
1323    * path, if not show a warning/help dialog.
1324    */
1325   @Override
1326   protected void structureViewer_actionPerformed(String selectedItem)
1327   {
1328     if (!selectedItem.equals(ViewerType.CHIMERA.name()))
1329     {
1330       return;
1331     }
1332     boolean found = false;
1333
1334     /*
1335      * Try user-specified and standard paths for Chimera executable.
1336      */
1337     List<String> paths = StructureManager.getChimeraPaths();
1338     paths.add(0, chimeraPath.getText());
1339     for (String path : paths)
1340     {
1341       if (new File(path.trim()).canExecute())
1342       {
1343         found = true;
1344         break;
1345       }
1346     }
1347     if (!found)
1348     {
1349       String[] options = { "OK", "Help" };
1350       int showHelp = JvOptionPane.showInternalOptionDialog(Desktop.getDesktopPane(),
1351               JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
1352                       MessageManager.getString("label.chimera_missing")),
1353               "", JvOptionPane.YES_NO_OPTION, JvOptionPane.WARNING_MESSAGE,
1354               null, options, options[0]);
1355       if (showHelp == JvOptionPane.NO_OPTION)
1356       {
1357         try
1358         {
1359           Help.showHelpWindow(HelpId.StructureViewer);
1360         } catch (HelpSetException e)
1361         {
1362           e.printStackTrace();
1363         }
1364       }
1365     }
1366   }
1367
1368   public class OptionsParam
1369   {
1370     private String name;
1371
1372     private String code;
1373
1374     public OptionsParam(String name, String code)
1375     {
1376       this.name = name;
1377       this.code = code;
1378     }
1379
1380     public String getName()
1381     {
1382       return name;
1383     }
1384
1385     public void setName(String name)
1386     {
1387       this.name = name;
1388     }
1389
1390     public String getCode()
1391     {
1392       return code;
1393     }
1394
1395     public void setCode(String code)
1396     {
1397       this.code = code;
1398     }
1399
1400     @Override
1401     public String toString()
1402     {
1403       return name;
1404     }
1405
1406     @Override
1407     public boolean equals(Object that)
1408     {
1409       if (!(that instanceof OptionsParam))
1410       {
1411         return false;
1412       }
1413       return this.code.equalsIgnoreCase(((OptionsParam) that).code);
1414     }
1415
1416     @Override
1417     public int hashCode()
1418     {
1419       return name.hashCode() + code.hashCode();
1420     }
1421   }
1422
1423   protected class UrlListSelectionHandler implements ListSelectionListener
1424   {
1425
1426     @Override
1427     public void valueChanged(ListSelectionEvent e)
1428     {
1429       ListSelectionModel lsm = (ListSelectionModel) e.getSource();
1430
1431       int index = lsm.getMinSelectionIndex();
1432       if (index == -1)
1433       {
1434         // no selection, so disable delete/edit buttons
1435         editLink.setEnabled(false);
1436         deleteLink.setEnabled(false);
1437         return;
1438       }
1439       int modelIndex = linkUrlTable.convertRowIndexToModel(index);
1440
1441       // enable/disable edit and delete link buttons
1442       if (((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel())
1443               .isRowDeletable(modelIndex))
1444       {
1445         deleteLink.setEnabled(true);
1446       }
1447       else
1448       {
1449         deleteLink.setEnabled(false);
1450       }
1451
1452       if (((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel())
1453               .isRowEditable(modelIndex))
1454       {
1455         editLink.setEnabled(true);
1456       }
1457       else
1458       {
1459         editLink.setEnabled(false);
1460       }
1461     }
1462   }
1463 }