src/jalview/gui/ScalePanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  24 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  25 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  26 import jalview.renderer.ScaleRenderer;
  27 import jalview.renderer.ScaleRenderer.ScaleMark;
  28 import jalview.util.MessageManager;
  29 import jalview.util.Platform;
  30 import jalview.viewmodel.ViewportListenerI;
  31 import jalview.viewmodel.ViewportRanges;
  32
  33 import java.awt.Color;
  34 import java.awt.FontMetrics;
  35 import java.awt.Graphics;
  36 import java.awt.Graphics2D;
  37 import java.awt.RenderingHints;
  38 import java.awt.event.ActionEvent;
  39 import java.awt.event.ActionListener;
  40 import java.awt.event.MouseEvent;
  41 import java.awt.event.MouseListener;
  42 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  43 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  44 import java.util.Iterator;
  45 import java.util.List;
  46
  47 import javax.swing.JMenuItem;
  48 import javax.swing.JPanel;
  49 import javax.swing.JPopupMenu;
  50 import javax.swing.SwingUtilities;
  51 import javax.swing.ToolTipManager;
  52
  53 /**
  54  * The panel containing the sequence ruler (when not in wrapped mode), and
  55  * supports a range of mouse operations to select, hide or reveal columns.
  56  */
  57 public class ScalePanel extends JPanel
  58         implements MouseMotionListener, MouseListener, ViewportListenerI
  59 {
  60   protected int offy = 4;
  61
  62   public int width;
  63
  64   protected AlignViewport av;
  65
  66   AlignmentPanel ap;
  67
  68   boolean stretchingGroup = false;
  69
  70   /*
  71    * min, max hold the extent of a mouse drag action
  72    */
  73   int min;
  74
  75   int max;
  76
  77   boolean mouseDragging = false;
  78
  79   /*
  80    * holds a hidden column range when the mouse is over an adjacent column
  81    */
  82   int[] reveal;
  83
  84   /**
  85    * Constructor
  86    *
  87    * @param av
  88    * @param ap
  89    */
  90   public ScalePanel(AlignViewport av, AlignmentPanel ap)
  91   {
  92     this.av = av;
  93     this.ap = ap;
  94
  95     addMouseListener(this);
  96     addMouseMotionListener(this);
  97
  98     av.getRanges().addPropertyChangeListener(this);
  99   }
 100
 101   /**
 102    * DOCUMENT ME!
 103    *
 104    * @param evt
 105    *          DOCUMENT ME!
 106    */
 107   @Override
 108   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 109   {
 110     int x = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getRanges().getStartRes();
 111     final int res;
 112
 113     if (av.hasHiddenColumns())
 114     {
 115       x = av.getAlignment().getHiddenColumns().visibleToAbsoluteColumn(x);
 116     }
 117
 118     if (x >= av.getAlignment().getWidth())
 119     {
 120       res = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 121     }
 122     else
 123     {
 124       res = x;
 125     }
 126
 127     min = res;
 128     max = res;
 129
 130     if (evt.isPopupTrigger()) // Mac: mousePressed
 131     {
 132       rightMouseButtonPressed(evt, res);
 133     }
 134     else if (SwingUtilities.isRightMouseButton(evt) && !Platform.isAMac())
 135     {
 136       /*
 137        * defer right-mouse click handling to mouse up on Windows
 138        * (where isPopupTrigger() will answer true)
 139        * but accept Cmd-click on Mac which passes isRightMouseButton
 140        */
 141       return;
 142     }
 143     else
 144     {
 145       leftMouseButtonPressed(evt, res);
 146     }
 147   }
 148
 149   /**
 150    * Handles right mouse button press. If pressed in a selected column, opens
 151    * context menu for 'Hide Columns'. If pressed on a hidden columns marker,
 152    * opens context menu for 'Reveal / Reveal All'. Else does nothing.
 153    *
 154    * @param evt
 155    * @param res
 156    */
 157   protected void rightMouseButtonPressed(MouseEvent evt, final int res)
 158   {
 159     JPopupMenu pop = new JPopupMenu();
 160
 161     /*
 162      * grab the hidden range in case mouseMoved nulls it
 163      */
 164     final int[] hiddenRange = reveal;
 165     if (hiddenRange != null)
 166     {
 167       JMenuItem item = new JMenuItem(
 168               MessageManager.getString("label.reveal"));
 169       item.addActionListener(new ActionListener()
 170       {
 171         @Override
 172         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 173         {
 174           av.showColumn(hiddenRange[0]);
 175           reveal = null;
 176           ap.updateLayout();
 177           ap.paintAlignment(true, true);
 178           av.sendSelection();
 179         }
 180       });
 181       pop.add(item);
 182
 183       if (av.getAlignment().getHiddenColumns().hasMultiHiddenColumnRegions())
 184       {
 185         item = new JMenuItem(MessageManager.getString("action.reveal_all"));
 186         item.addActionListener(new ActionListener()
 187         {
 188           @Override
 189           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 190           {
 191             av.showAllHiddenColumns();
 192             reveal = null;
 193             ap.updateLayout();
 194             ap.paintAlignment(true, true);
 195             av.sendSelection();
 196           }
 197         });
 198         pop.add(item);
 199       }
 200       pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 201     }
 202     else if (av.getColumnSelection().contains(res))
 203     {
 204       JMenuItem item = new JMenuItem(
 205               MessageManager.getString("label.hide_columns"));
 206       item.addActionListener(new ActionListener()
 207       {
 208         @Override
 209         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 210         {
 211           av.hideColumns(res, res);
 212           if (av.getSelectionGroup() != null && av.getSelectionGroup()
 213                   .getSize() == av.getAlignment().getHeight())
 214           {
 215             av.setSelectionGroup(null);
 216           }
 217
 218           ap.updateLayout();
 219           ap.paintAlignment(true, true);
 220           av.sendSelection();
 221         }
 222       });
 223       pop.add(item);
 224       pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 225     }
 226   }
 227
 228   /**
 229    * Handles left mouse button press
 230    *
 231    * @param evt
 232    * @param res
 233    */
 234   protected void leftMouseButtonPressed(MouseEvent evt, final int res)
 235   {
 236     /*
 237      * Ctrl-click/Cmd-click adds to the selection
 238      * Shift-click extends the selection
 239      */
 240     // TODO Problem: right-click on Windows not reported until mouseReleased?!?
 241     if (!Platform.isControlDown(evt) && !evt.isShiftDown())
 242     {
 243       av.getColumnSelection().clear();
 244     }
 245
 246     av.getColumnSelection().addElement(res);
 247     SequenceGroup sg = new SequenceGroup(av.getAlignment().getSequences());
 248     sg.setStartRes(res);
 249     sg.setEndRes(res);
 250
 251     if (evt.isShiftDown())
 252     {
 253       int min = Math.min(av.getColumnSelection().getMin(), res);
 254       int max = Math.max(av.getColumnSelection().getMax(), res);
 255       for (int i = min; i < max; i++)
 256       {
 257         av.getColumnSelection().addElement(i);
 258       }
 259       sg.setStartRes(min);
 260       sg.setEndRes(max);
 261     }
 262     av.setSelectionGroup(sg);
 263     ap.paintAlignment(false, false);
 264     av.sendSelection();
 265   }
 266
 267   /**
 268    * DOCUMENT ME!
 269    *
 270    * @param evt
 271    *          DOCUMENT ME!
 272    */
 273   @Override
 274   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 275   {
 276     mouseDragging = false;
 277
 278     int xCords = Math.max(0, evt.getX()); // prevent negative X coordinates
 279
 280     int res = (xCords / av.getCharWidth())
 281             + av.getRanges().getStartRes();
 282
 283     if (av.hasHiddenColumns())
 284     {
 285       res = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 286               .visibleToAbsoluteColumn(res);
 287     }
 288
 289     if (res >= av.getAlignment().getWidth())
 290     {
 291       res = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 292     }
 293
 294     if (!stretchingGroup)
 295     {
 296       if (evt.isPopupTrigger()) // Windows: mouseReleased
 297       {
 298         rightMouseButtonPressed(evt, res);
 299       }
 300       else
 301       {
 302         ap.paintAlignment(false, false);
 303       }
 304       return;
 305     }
 306
 307     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 308
 309     if (sg != null)
 310     {
 311       if (res > sg.getStartRes())
 312       {
 313         sg.setEndRes(res);
 314       }
 315       else if (res < sg.getStartRes())
 316       {
 317         sg.setStartRes(res);
 318       }
 319     }
 320     stretchingGroup = false;
 321     ap.paintAlignment(false, false);
 322     av.isSelectionGroupChanged(true);
 323     av.isColSelChanged(true);
 324     av.sendSelection();
 325   }
 326
 327   /**
 328    * Action on dragging the mouse in the scale panel is to expand or shrink the
 329    * selection group range (including any hidden columns that it spans). Note
 330    * that the selection is only broadcast at the start of the drag (on
 331    * mousePressed) and at the end (on mouseReleased), to avoid overload
 332    * redrawing of other views.
 333    *
 334    * @param evt
 335    */
 336   @Override
 337   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 338   {
 339     mouseDragging = true;
 340     ColumnSelection cs = av.getColumnSelection();
 341     HiddenColumns hidden = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 342
 343     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth())
 344             + av.getRanges().getStartRes();
 345     res = Math.max(0, res);
 346     res = hidden.visibleToAbsoluteColumn(res);
 347     res = Math.min(res, av.getAlignment().getWidth() - 1);
 348     min = Math.min(res, min);
 349     max = Math.max(res, max);
 350
 351     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 352     if (sg != null)
 353     {
 354       stretchingGroup = true;
 355       cs.stretchGroup(res, sg, min, max);
 356       ap.paintAlignment(false, false);
 357     }
 358   }
 359
 360   @Override
 361   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 362   {
 363     if (mouseDragging)
 364     {
 365       ap.getSeqPanel().scrollCanvas(null);
 366     }
 367   }
 368
 369   @Override
 370   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 371   {
 372     if (mouseDragging)
 373     {
 374       ap.getSeqPanel().scrollCanvas(evt);
 375     }
 376   }
 377
 378   @Override
 379   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 380   {
 381   }
 382
 383   /**
 384    * Creates a tooltip when the mouse is over a hidden columns marker
 385    */
 386   @Override
 387   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 388   {
 389     this.setToolTipText(null);
 390     reveal = null;
 391     if (!av.hasHiddenColumns())
 392     {
 393       return;
 394     }
 395
 396     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth())
 397             + av.getRanges().getStartRes();
 398
 399     reveal = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 400             .getRegionWithEdgeAtRes(res);
 401
 402     res = av.getAlignment().getHiddenColumns().visibleToAbsoluteColumn(res);
 403
 404     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
 405     this.setToolTipText(
 406             MessageManager.getString("label.reveal_hidden_columns"));
 407     repaint();
 408   }
 409
 410   /**
 411    * DOCUMENT ME!
 412    *
 413    * @param g
 414    *          DOCUMENT ME!
 415    */
 416   @Override
 417   public void paintComponent(Graphics g)
 418   {
 419     super.paintComponent(g);
 420
 421     /*
 422      * shouldn't get called in wrapped mode as the scale above is
 423      * drawn instead by SeqCanvas.drawNorthScale
 424      */
 425     if (!av.getWrapAlignment())
 426     {
 427       drawScale(g, av.getRanges().getStartRes(), av.getRanges().getEndRes(),
 428               getWidth(), getHeight());
 429     }
 430   }
 431
 432   // scalewidth will normally be screenwidth,
 433   public void drawScale(Graphics g, int startx, int endx, int width,
 434           int height)
 435   {
 436     Graphics2D gg = (Graphics2D) g;
 437     gg.setFont(av.getFont());
 438
 439     if (av.antiAlias)
 440     {
 441       gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 442               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 443     }
 444
 445     // Fill in the background
 446     gg.setColor(Color.white);
 447     gg.fillRect(0, 0, width, height);
 448     gg.setColor(Color.black);
 449
 450     // Fill the selected columns
 451     ColumnSelection cs = av.getColumnSelection();
 452     HiddenColumns hidden = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 453     int avCharWidth = av.getCharWidth();
 454     int avCharHeight = av.getCharHeight();
 455
 456     if (cs != null)
 457     {
 458       gg.setColor(new Color(220, 0, 0));
 459
 460       for (int sel : cs.getSelected())
 461       {
 462         // TODO: JAL-2001 - provide a fast method to list visible selected in a
 463         // given range
 464
 465         if (av.hasHiddenColumns())
 466         {
 467           if (hidden.isVisible(sel))
 468           {
 469             sel = hidden.absoluteToVisibleColumn(sel);
 470           }
 471           else
 472           {
 473             continue;
 474           }
 475         }
 476
 477         if ((sel >= startx) && (sel <= endx))
 478         {
 479           gg.fillRect((sel - startx) * avCharWidth, 0, avCharWidth,
 480                   getHeight());
 481         }
 482       }
 483     }
 484
 485     int widthx = 1 + endx - startx;
 486
 487     FontMetrics fm = gg.getFontMetrics(av.getFont());
 488     int y = avCharHeight;
 489     int yOf = fm.getDescent();
 490     y -= yOf;
 491     if (av.hasHiddenColumns())
 492     {
 493       // draw any hidden column markers
 494       gg.setColor(Color.blue);
 495       int res;
 496
 497       if (av.getShowHiddenMarkers())
 498       {
 499         Iterator<Integer> it = hidden.getStartRegionIterator(startx,
 500                 startx + widthx + 1);
 501         while (it.hasNext())
 502         {
 503           res = it.next() - startx;
 504
 505           gg.fillPolygon(
 506                   new int[]
 507           { -1 + res * avCharWidth - avCharHeight / 4,
 508               -1 + res * avCharWidth + avCharHeight / 4,
 509               -1 + res * avCharWidth }, new int[]
 510           { y, y, y + 2 * yOf }, 3);
 511         }
 512       }
 513     }
 514     // Draw the scale numbers
 515     gg.setColor(Color.black);
 516
 517     int maxX = 0;
 518     List<ScaleMark> marks = new ScaleRenderer().calculateMarks(av, startx,
 519             endx);
 520
 521     for (ScaleMark mark : marks)
 522     {
 523       boolean major = mark.major;
 524       int mpos = mark.column; // (i - startx - 1)
 525       String mstring = mark.text;
 526       if (mstring != null)
 527       {
 528         if (mpos * avCharWidth > maxX)
 529         {
 530           gg.drawString(mstring, mpos * avCharWidth, y);
 531           maxX = (mpos + 2) * avCharWidth + fm.stringWidth(mstring);
 532         }
 533       }
 534       if (major)
 535       {
 536         gg.drawLine((mpos * avCharWidth) + (avCharWidth / 2), y + 2,
 537                 (mpos * avCharWidth) + (avCharWidth / 2), y + (yOf * 2));
 538       }
 539       else
 540       {
 541         gg.drawLine((mpos * avCharWidth) + (avCharWidth / 2), y + yOf,
 542                 (mpos * avCharWidth) + (avCharWidth / 2), y + (yOf * 2));
 543       }
 544     }
 545   }
 546
 547   @Override
 548   public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 549   {
 550     // Respond to viewport change events (e.g. alignment panel was scrolled)
 551     // Both scrolling and resizing change viewport ranges: scrolling changes
 552     // both start and end points, but resize only changes end values.
 553     // Here we only want to fastpaint on a scroll, with resize using a normal
 554     // paint, so scroll events are identified as changes to the horizontal or
 555     // vertical start value.
 556     if (evt.getPropertyName().equals(ViewportRanges.STARTRES)
 557             || evt.getPropertyName().equals(ViewportRanges.STARTRESANDSEQ)
 558             || evt.getPropertyName().equals(ViewportRanges.MOVE_VIEWPORT))
 559     {
 560       // scroll event, repaint panel
 561
 562         // Call repaint on alignment panel so that repaints from other alignment
 563     // panel components can be aggregated. Otherwise performance of the overview
 564     // window and others may be adversely affected.
 565       av.getAlignPanel().repaint();
 566     }
 567   }
 568
 569 }