src/jalview/gui/ScalePanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  24 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  25 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  26 import jalview.renderer.ScaleRenderer;
  27 import jalview.renderer.ScaleRenderer.ScaleMark;
  28 import jalview.util.MessageManager;
  29 import jalview.util.Platform;
  30 import jalview.viewmodel.ViewportListenerI;
  31 import jalview.viewmodel.ViewportRanges;
  32
  33 import java.awt.Color;
  34 import java.awt.FontMetrics;
  35 import java.awt.Graphics;
  36 import java.awt.Graphics2D;
  37 import java.awt.RenderingHints;
  38 import java.awt.event.ActionEvent;
  39 import java.awt.event.ActionListener;
  40 import java.awt.event.MouseEvent;
  41 import java.awt.event.MouseListener;
  42 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  43 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  44 import java.util.Iterator;
  45 import java.util.List;
  46
  47 import javax.swing.JMenuItem;
  48 import javax.swing.JPanel;
  49 import javax.swing.JPopupMenu;
  50 import javax.swing.SwingUtilities;
  51 import javax.swing.ToolTipManager;
  52
  53 /**
  54  * The panel containing the sequence ruler (when not in wrapped mode), and
  55  * supports a range of mouse operations to select, hide or reveal columns.
  56  */
  57 public class ScalePanel extends JPanel
  58         implements MouseMotionListener, MouseListener, ViewportListenerI
  59 {
  60   protected int offy = 4;
  61
  62   public int width;
  63
  64   protected AlignViewport av;
  65
  66   AlignmentPanel ap;
  67
  68   boolean stretchingGroup = false;
  69
  70   /*
  71    * min, max hold the extent of a mouse drag action
  72    */
  73   int min;
  74
  75   int max;
  76
  77   boolean mouseDragging = false;
  78
  79   /*
  80    * holds a hidden column range when the mouse is over an adjacent column
  81    */
  82   int[] reveal;
  83
  84   /**
  85    * Constructor
  86    *
  87    * @param av
  88    * @param ap
  89    */
  90   public ScalePanel(AlignViewport av, AlignmentPanel ap)
  91   {
  92     this.av = av;
  93     this.ap = ap;
  94
  95     addMouseListener(this);
  96     addMouseMotionListener(this);
  97
  98     av.getRanges().addPropertyChangeListener(this);
  99   }
 100
 101   /**
 102    * DOCUMENT ME!
 103    *
 104    * @param evt
 105    *          DOCUMENT ME!
 106    */
 107   @Override
 108   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 109   {
 110     int x = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getRanges().getStartRes();
 111     final int res;
 112
 113     if (av.hasHiddenColumns())
 114     {
 115       x = av.getAlignment().getHiddenColumns().visibleToAbsoluteColumn(x);
 116     }
 117
 118     if (x >= av.getAlignment().getWidth())
 119     {
 120       res = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 121     }
 122     else
 123     {
 124       res = x;
 125     }
 126
 127     min = res;
 128     max = res;
 129
 130     if (evt.isPopupTrigger()) // Mac: mousePressed
 131     {
 132       rightMouseButtonPressed(evt, res);
 133     }
 134     else if (SwingUtilities.isRightMouseButton(evt) && !Platform.isAMac())
 135     {
 136       /*
 137        * defer right-mouse click handling to mouse up on Windows
 138        * (where isPopupTrigger() will answer true)
 139        * but accept Cmd-click on Mac which passes isRightMouseButton
 140        */
 141       return;
 142     }
 143     else
 144     {
 145       leftMouseButtonPressed(evt, res);
 146     }
 147   }
 148
 149   /**
 150    * Handles right mouse button press. If pressed in a selected column, opens
 151    * context menu for 'Hide Columns'. If pressed on a hidden columns marker,
 152    * opens context menu for 'Reveal / Reveal All'. Else does nothing.
 153    *
 154    * @param evt
 155    * @param res
 156    */
 157   protected void rightMouseButtonPressed(MouseEvent evt, final int res)
 158   {
 159     JPopupMenu pop = new JPopupMenu();
 160     if (reveal != null)
 161     {
 162       JMenuItem item = new JMenuItem(
 163               MessageManager.getString("label.reveal"));
 164       item.addActionListener(new ActionListener()
 165       {
 166         @Override
 167         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 168         {
 169           av.showColumn(reveal[0]);
 170           reveal = null;
 171           ap.paintAlignment(true, true);
 172           av.sendSelection();
 173         }
 174       });
 175       pop.add(item);
 176
 177       if (av.getAlignment().getHiddenColumns().hasMultiHiddenColumnRegions())
 178       {
 179         item = new JMenuItem(MessageManager.getString("action.reveal_all"));
 180         item.addActionListener(new ActionListener()
 181         {
 182           @Override
 183           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 184           {
 185             av.showAllHiddenColumns();
 186             reveal = null;
 187             ap.paintAlignment(true, true);
 188             av.sendSelection();
 189           }
 190         });
 191         pop.add(item);
 192       }
 193       pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 194     }
 195     else if (av.getColumnSelection().contains(res))
 196     {
 197       JMenuItem item = new JMenuItem(
 198               MessageManager.getString("label.hide_columns"));
 199       item.addActionListener(new ActionListener()
 200       {
 201         @Override
 202         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 203         {
 204           av.hideColumns(res, res);
 205           if (av.getSelectionGroup() != null && av.getSelectionGroup()
 206                   .getSize() == av.getAlignment().getHeight())
 207           {
 208             av.setSelectionGroup(null);
 209           }
 210
 211           ap.paintAlignment(true, true);
 212           av.sendSelection();
 213         }
 214       });
 215       pop.add(item);
 216       pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 217     }
 218   }
 219
 220   /**
 221    * Handles left mouse button press
 222    *
 223    * @param evt
 224    * @param res
 225    */
 226   protected void leftMouseButtonPressed(MouseEvent evt, final int res)
 227   {
 228     /*
 229      * Ctrl-click/Cmd-click adds to the selection
 230      * Shift-click extends the selection
 231      */
 232     // TODO Problem: right-click on Windows not reported until mouseReleased?!?
 233     if (!Platform.isControlDown(evt) && !evt.isShiftDown())
 234     {
 235       av.getColumnSelection().clear();
 236     }
 237
 238     av.getColumnSelection().addElement(res);
 239     SequenceGroup sg = new SequenceGroup(av.getAlignment().getSequences());
 240     sg.setStartRes(res);
 241     sg.setEndRes(res);
 242
 243     if (evt.isShiftDown())
 244     {
 245       int min = Math.min(av.getColumnSelection().getMin(), res);
 246       int max = Math.max(av.getColumnSelection().getMax(), res);
 247       for (int i = min; i < max; i++)
 248       {
 249         av.getColumnSelection().addElement(i);
 250       }
 251       sg.setStartRes(min);
 252       sg.setEndRes(max);
 253     }
 254     av.setSelectionGroup(sg);
 255     ap.paintAlignment(false, false);
 256     av.sendSelection();
 257   }
 258
 259   /**
 260    * DOCUMENT ME!
 261    *
 262    * @param evt
 263    *          DOCUMENT ME!
 264    */
 265   @Override
 266   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 267   {
 268     mouseDragging = false;
 269
 270     int xCords = Math.max(0, evt.getX()); // prevent negative X coordinates
 271
 272     int res = (xCords / av.getCharWidth())
 273             + av.getRanges().getStartRes();
 274
 275     if (av.hasHiddenColumns())
 276     {
 277       res = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 278               .visibleToAbsoluteColumn(res);
 279     }
 280
 281     if (res >= av.getAlignment().getWidth())
 282     {
 283       res = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 284     }
 285
 286     if (!stretchingGroup)
 287     {
 288       if (evt.isPopupTrigger()) // Windows: mouseReleased
 289       {
 290         rightMouseButtonPressed(evt, res);
 291       }
 292       else
 293       {
 294         ap.paintAlignment(false, false);
 295       }
 296       return;
 297     }
 298
 299     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 300
 301     if (sg != null)
 302     {
 303       if (res > sg.getStartRes())
 304       {
 305         sg.setEndRes(res);
 306       }
 307       else if (res < sg.getStartRes())
 308       {
 309         sg.setStartRes(res);
 310       }
 311     }
 312     stretchingGroup = false;
 313     ap.paintAlignment(false, false);
 314     av.isSelectionGroupChanged(true);
 315     av.isColSelChanged(true);
 316     av.sendSelection();
 317   }
 318
 319   /**
 320    * Action on dragging the mouse in the scale panel is to expand or shrink the
 321    * selection group range (including any hidden columns that it spans). Note
 322    * that the selection is only broadcast at the start of the drag (on
 323    * mousePressed) and at the end (on mouseReleased), to avoid overload
 324    * redrawing of other views.
 325    *
 326    * @param evt
 327    */
 328   @Override
 329   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 330   {
 331     mouseDragging = true;
 332     ColumnSelection cs = av.getColumnSelection();
 333     HiddenColumns hidden = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 334
 335     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth())
 336             + av.getRanges().getStartRes();
 337     res = Math.max(0, res);
 338     res = hidden.visibleToAbsoluteColumn(res);
 339     res = Math.min(res, av.getAlignment().getWidth() - 1);
 340     min = Math.min(res, min);
 341     max = Math.max(res, max);
 342
 343     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 344     if (sg != null)
 345     {
 346       stretchingGroup = true;
 347       cs.stretchGroup(res, sg, min, max);
 348       ap.paintAlignment(false, false);
 349     }
 350   }
 351
 352   @Override
 353   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 354   {
 355     if (mouseDragging)
 356     {
 357       ap.getSeqPanel().scrollCanvas(null);
 358     }
 359   }
 360
 361   @Override
 362   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 363   {
 364     if (mouseDragging)
 365     {
 366       ap.getSeqPanel().scrollCanvas(evt);
 367     }
 368   }
 369
 370   @Override
 371   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 372   {
 373   }
 374
 375   /**
 376    * Creates a tooltip when the mouse is over a hidden columns marker
 377    */
 378   @Override
 379   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 380   {
 381     this.setToolTipText(null);
 382     reveal = null;
 383     if (!av.hasHiddenColumns())
 384     {
 385       return;
 386     }
 387
 388     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth())
 389             + av.getRanges().getStartRes();
 390
 391     reveal = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 392             .getRegionWithEdgeAtRes(res);
 393
 394     res = av.getAlignment().getHiddenColumns().visibleToAbsoluteColumn(res);
 395
 396     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
 397     this.setToolTipText(
 398             MessageManager.getString("label.reveal_hidden_columns"));
 399     repaint();
 400   }
 401
 402   /**
 403    * DOCUMENT ME!
 404    *
 405    * @param g
 406    *          DOCUMENT ME!
 407    */
 408   @Override
 409   public void paintComponent(Graphics g)
 410   {
 411     super.paintComponent(g);
 412
 413     /*
 414      * shouldn't get called in wrapped mode as the scale above is
 415      * drawn instead by SeqCanvas.drawNorthScale
 416      */
 417     if (!av.getWrapAlignment())
 418     {
 419       drawScale(g, av.getRanges().getStartRes(), av.getRanges().getEndRes(),
 420               getWidth(), getHeight());
 421     }
 422   }
 423
 424   // scalewidth will normally be screenwidth,
 425   public void drawScale(Graphics g, int startx, int endx, int width,
 426           int height)
 427   {
 428     Graphics2D gg = (Graphics2D) g;
 429     gg.setFont(av.getFont());
 430
 431     if (av.antiAlias)
 432     {
 433       gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 434               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 435     }
 436
 437     // Fill in the background
 438     gg.setColor(Color.white);
 439     gg.fillRect(0, 0, width, height);
 440     gg.setColor(Color.black);
 441
 442     // Fill the selected columns
 443     ColumnSelection cs = av.getColumnSelection();
 444     HiddenColumns hidden = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 445     int avCharWidth = av.getCharWidth();
 446     int avCharHeight = av.getCharHeight();
 447
 448     if (cs != null)
 449     {
 450       gg.setColor(new Color(220, 0, 0));
 451
 452       for (int sel : cs.getSelected())
 453       {
 454         // TODO: JAL-2001 - provide a fast method to list visible selected in a
 455         // given range
 456
 457         if (av.hasHiddenColumns())
 458         {
 459           if (hidden.isVisible(sel))
 460           {
 461             sel = hidden.absoluteToVisibleColumn(sel);
 462           }
 463           else
 464           {
 465             continue;
 466           }
 467         }
 468
 469         if ((sel >= startx) && (sel <= endx))
 470         {
 471           gg.fillRect((sel - startx) * avCharWidth, 0, avCharWidth,
 472                   getHeight());
 473         }
 474       }
 475     }
 476
 477     int widthx = 1 + endx - startx;
 478
 479     FontMetrics fm = gg.getFontMetrics(av.getFont());
 480     int y = avCharHeight;
 481     int yOf = fm.getDescent();
 482     y -= yOf;
 483     if (av.hasHiddenColumns())
 484     {
 485       // draw any hidden column markers
 486       gg.setColor(Color.blue);
 487       int res;
 488
 489       if (av.getShowHiddenMarkers())
 490       {
 491         Iterator<Integer> it = hidden.getStartRegionIterator(startx,
 492                 startx + widthx + 1);
 493         while (it.hasNext())
 494         {
 495           res = it.next() - startx;
 496
 497           gg.fillPolygon(
 498                   new int[]
 499           { -1 + res * avCharWidth - avCharHeight / 4,
 500               -1 + res * avCharWidth + avCharHeight / 4,
 501               -1 + res * avCharWidth }, new int[]
 502           { y, y, y + 2 * yOf }, 3);
 503         }
 504       }
 505     }
 506     // Draw the scale numbers
 507     gg.setColor(Color.black);
 508
 509     int maxX = 0;
 510     List<ScaleMark> marks = new ScaleRenderer().calculateMarks(av, startx,
 511             endx);
 512
 513     for (ScaleMark mark : marks)
 514     {
 515       boolean major = mark.major;
 516       int mpos = mark.column; // (i - startx - 1)
 517       String mstring = mark.text;
 518       if (mstring != null)
 519       {
 520         if (mpos * avCharWidth > maxX)
 521         {
 522           gg.drawString(mstring, mpos * avCharWidth, y);
 523           maxX = (mpos + 2) * avCharWidth + fm.stringWidth(mstring);
 524         }
 525       }
 526       if (major)
 527       {
 528         gg.drawLine((mpos * avCharWidth) + (avCharWidth / 2), y + 2,
 529                 (mpos * avCharWidth) + (avCharWidth / 2), y + (yOf * 2));
 530       }
 531       else
 532       {
 533         gg.drawLine((mpos * avCharWidth) + (avCharWidth / 2), y + yOf,
 534                 (mpos * avCharWidth) + (avCharWidth / 2), y + (yOf * 2));
 535       }
 536     }
 537   }
 538
 539   @Override
 540   public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 541   {
 542     // Respond to viewport change events (e.g. alignment panel was scrolled)
 543     // Both scrolling and resizing change viewport ranges: scrolling changes
 544     // both start and end points, but resize only changes end values.
 545     // Here we only want to fastpaint on a scroll, with resize using a normal
 546     // paint, so scroll events are identified as changes to the horizontal or
 547     // vertical start value.
 548     if (evt.getPropertyName().equals(ViewportRanges.STARTRES)
 549             || evt.getPropertyName().equals(ViewportRanges.STARTRESANDSEQ)
 550             || evt.getPropertyName().equals(ViewportRanges.MOVE_VIEWPORT))
 551     {
 552       // scroll event, repaint panel
 553
 554         // Call repaint on alignment panel so that repaints from other alignment
 555     // panel components can be aggregated. Otherwise performance of the overview
 556     // window and others may be adversely affected.
 557       av.getAlignPanel().repaint();
 558     }
 559   }
 560
 561 }