src/jalview/gui/ScalePanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 \r
  26 import javax.swing.*;\r
  27 \r
  28 \r
  29 /**\r
  30  * DOCUMENT ME!\r
  31  *\r
  32  * @author $author$\r
  33  * @version $Revision$\r
  34  */\r
  35 public class ScalePanel extends JPanel implements MouseMotionListener, MouseListener\r
  36 {\r
  37     protected int offy = 4;\r
  38 \r
  39     /** DOCUMENT ME!! */\r
  40     public int width;\r
  41     protected AlignViewport av;\r
  42     AlignmentPanel ap;\r
  43     boolean stretchingGroup = false;\r
  44     int min; //used by mouseDragged to see if user\r
  45     int max; //used by mouseDragged to see if user\r
  46     boolean mouseDragging = false;\r
  47 \r
  48     // wants to delete columns\r
  49     public ScalePanel(AlignViewport av, AlignmentPanel ap)\r
  50     {\r
  51         this.av = av;\r
  52         this.ap = ap;\r
  53 \r
  54         addMouseListener(this);\r
  55         addMouseMotionListener(this);\r
  56     }\r
  57 \r
  58     /**\r
  59      * DOCUMENT ME!\r
  60      *\r
  61      * @param evt DOCUMENT ME!\r
  62      */\r
  63     public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
  64     {\r
  65         int x = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
  66         final int res;\r
  67 \r
  68         if(av.hasHiddenColumns)\r
  69           res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(x);\r
  70         else\r
  71           res = x;\r
  72 \r
  73         min = res;\r
  74         max = res;\r
  75 \r
  76         if(reveal != null && SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
  77           {\r
  78             JPopupMenu pop = new JPopupMenu();\r
  79             JMenuItem item = new JMenuItem("Reveal");\r
  80             item.addActionListener(new ActionListener()\r
  81             {\r
  82               public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
  83               {\r
  84                 av.showColumn(reveal[0]);\r
  85                 reveal = null;\r
  86                 ap.repaint();\r
  87                 if(ap.overviewPanel != null)\r
  88                     ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
  89               }\r
  90             });\r
  91             pop.add(item);\r
  92 \r
  93             if(av.getColumnSelection().size()>1)\r
  94             {\r
  95               item = new JMenuItem("Reveal All");\r
  96               item.addActionListener(new ActionListener()\r
  97               {\r
  98                 public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
  99                 {\r
 100                   av.showAllHiddenColumns();\r
 101                   reveal = null;\r
 102                   ap.repaint();\r
 103                   if(ap.overviewPanel != null)\r
 104                     ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 105                 }\r
 106               });\r
 107               pop.add(item);\r
 108             }\r
 109 \r
 110             pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 111 \r
 112           }\r
 113         else\r
 114       if (av.getColumnSelection().contains(res))\r
 115         {\r
 116           if( SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
 117           {\r
 118             JPopupMenu pop = new JPopupMenu();\r
 119             JMenuItem item = new JMenuItem("Hide Columns");\r
 120             item.addActionListener(new ActionListener()\r
 121             {\r
 122               public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 123               {\r
 124                 av.hideColumns(res, res+1);\r
 125                 ap.repaint();\r
 126                 if(ap.overviewPanel != null)\r
 127                   ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 128               }\r
 129             });\r
 130             pop.add(item);\r
 131             pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 132 \r
 133           }\r
 134           else\r
 135           {\r
 136             av.getColumnSelection().removeElement(res);\r
 137             av.setSelectionGroup(null);\r
 138           }\r
 139         }\r
 140         else\r
 141         {\r
 142             av.getColumnSelection().addElement(res);\r
 143             SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 144 \r
 145             for (int i = 0; i < av.alignment.getSequences().size(); i++)\r
 146             {\r
 147                 sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(i), false);\r
 148             }\r
 149 \r
 150             sg.setStartRes(res);\r
 151             sg.setEndRes(res);\r
 152             av.setSelectionGroup(sg);\r
 153         }\r
 154 \r
 155 \r
 156         ap.repaint();\r
 157     }\r
 158 \r
 159     /**\r
 160      * DOCUMENT ME!\r
 161      *\r
 162      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 163      */\r
 164     public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 165     {\r
 166         mouseDragging = false;\r
 167 \r
 168         int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 169 \r
 170         if(res> av.alignment.getWidth())\r
 171         {\r
 172           res = av.alignment.getWidth()-1;\r
 173         }\r
 174 \r
 175         if(av.hasHiddenColumns)\r
 176           res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 177 \r
 178         if (!stretchingGroup)\r
 179         {\r
 180             ap.repaint();\r
 181 \r
 182             return;\r
 183         }\r
 184 \r
 185         SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 186 \r
 187         if (res > sg.getStartRes())\r
 188         {\r
 189             sg.setEndRes(res);\r
 190         }\r
 191         else if (res < sg.getStartRes())\r
 192         {\r
 193             sg.setStartRes(res);\r
 194         }\r
 195 \r
 196         stretchingGroup = false;\r
 197         ap.repaint();\r
 198     }\r
 199 \r
 200     /**\r
 201      * DOCUMENT ME!\r
 202      *\r
 203      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 204      */\r
 205     public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 206     {\r
 207         mouseDragging = true;\r
 208 \r
 209         int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 210 \r
 211         if(av.hasHiddenColumns)\r
 212           res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 213 \r
 214 \r
 215         if(res> av.alignment.getWidth())\r
 216         {\r
 217           res = av.alignment.getWidth()-1;\r
 218         }\r
 219 \r
 220         if (res < min)\r
 221         {\r
 222             min = res;\r
 223         }\r
 224 \r
 225         if (res > max)\r
 226         {\r
 227             max = res;\r
 228         }\r
 229 \r
 230 \r
 231 \r
 232 \r
 233         SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 234 \r
 235         if (sg != null)\r
 236         {\r
 237             stretchingGroup = true;\r
 238 \r
 239             if (!av.getColumnSelection().contains(res))\r
 240             {\r
 241                 av.getColumnSelection().addElement(res);\r
 242             }\r
 243 \r
 244             if (res > sg.getStartRes())\r
 245             {\r
 246                 sg.setEndRes(res);\r
 247             }\r
 248             if (res < sg.getStartRes())\r
 249             {\r
 250                 sg.setStartRes(res);\r
 251             }\r
 252 \r
 253             for (int i = min; i <= max; i++)\r
 254             {\r
 255                 if ((i < sg.getStartRes()) || (i > sg.getEndRes()))\r
 256                 {\r
 257                     av.getColumnSelection().removeElement(i);\r
 258                 }\r
 259                 else\r
 260                 {\r
 261                     av.getColumnSelection().addElement(i);\r
 262                 }\r
 263             }\r
 264 \r
 265             ap.repaint();\r
 266         }\r
 267     }\r
 268 \r
 269     public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 270     {\r
 271       if(mouseDragging)\r
 272         ap.seqPanel.scrollCanvas(null);\r
 273     }\r
 274 \r
 275     public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 276     {\r
 277       if(mouseDragging)\r
 278         ap.seqPanel.scrollCanvas(evt);\r
 279     }\r
 280 \r
 281     public void mouseClicked(MouseEvent evt){}\r
 282 \r
 283     public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 284     {\r
 285       if(!av.hasHiddenColumns)\r
 286         return;\r
 287 \r
 288       int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 289 \r
 290       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 291 \r
 292       reveal = null;\r
 293       for(int i=0; i<av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size(); i++)\r
 294       {\r
 295         int [] region = (int[])av.getColumnSelection().getHiddenColumns().elementAt(i);\r
 296         if(res+1==region[0] || res-1==region[1])\r
 297         {\r
 298           reveal = region;\r
 299           ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
 300           this.setToolTipText("Reveal Hidden Columns with Right Mouse Button");\r
 301           break;\r
 302         }\r
 303         else\r
 304           this.setToolTipText(null);\r
 305 \r
 306       }\r
 307 \r
 308       repaint();\r
 309     }\r
 310 \r
 311     int [] reveal;\r
 312 \r
 313     /**\r
 314      * DOCUMENT ME!\r
 315      *\r
 316      * @param g DOCUMENT ME!\r
 317      */\r
 318     public void paintComponent(Graphics g)\r
 319     {\r
 320         drawScale(g, av.getStartRes(), av.getEndRes(), getWidth(), getHeight());\r
 321     }\r
 322 \r
 323     // scalewidth will normally be screenwidth,\r
 324     public void drawScale(Graphics g, int startx, int endx, int width,\r
 325         int height)\r
 326     {\r
 327         Graphics2D gg = (Graphics2D) g;\r
 328         gg.setFont(av.getFont());\r
 329 \r
 330         if(av.antiAlias)\r
 331           gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 332                               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 333 \r
 334         //Fill in the background\r
 335         gg.setColor(Color.white);\r
 336         gg.fillRect(0, 0, width, height);\r
 337         gg.setColor(Color.black);\r
 338 \r
 339         //Fill the selected columns\r
 340         ColumnSelection cs = av.getColumnSelection();\r
 341         gg.setColor(new Color(220, 0, 0));\r
 342 \r
 343         for (int i = 0; i < cs.size(); i++)\r
 344         {\r
 345             int sel = cs.columnAt(i);\r
 346             if(av.hasHiddenColumns)\r
 347                 sel = av.getColumnSelection().findColumnPosition(sel);\r
 348 \r
 349             if ((sel >= startx) && (sel <= endx))\r
 350             {\r
 351                 gg.fillRect((sel - startx) * av.charWidth, 0, av.charWidth,\r
 352                     getHeight());\r
 353             }\r
 354         }\r
 355 \r
 356         // Draw the scale numbers\r
 357         gg.setColor(Color.black);\r
 358 \r
 359         int scalestartx = (startx / 10) * 10;\r
 360 \r
 361         FontMetrics fm = gg.getFontMetrics(av.getFont());\r
 362         int y = av.charHeight - fm.getDescent();\r
 363 \r
 364         if ((scalestartx % 10) == 0)\r
 365         {\r
 366             scalestartx += 5;\r
 367         }\r
 368 \r
 369         String string;\r
 370         int maxX=0;\r
 371 \r
 372         for (int i = scalestartx; i < endx; i += 5)\r
 373         {\r
 374             if ((i % 10) == 0)\r
 375             {\r
 376                 string = String.valueOf(av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(i));\r
 377                 if ( (i - startx - 1) * av.charWidth > maxX)\r
 378                 {\r
 379                   gg.drawString(string,\r
 380                                 (i - startx - 1) * av.charWidth, y);\r
 381                   maxX = (i - startx + 1) * av.charWidth + fm.stringWidth(string);\r
 382                 }\r
 383 \r
 384                 gg.drawLine( (int) ( ( (i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
 385                                     (av.charWidth / 2)), y + 2,\r
 386                             (int) ( ( (i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
 387                                    (av.charWidth / 2)),\r
 388                             y + (fm.getDescent() * 2));\r
 389 \r
 390             }\r
 391             else\r
 392             {\r
 393                 gg.drawLine((int) (((i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
 394                     (av.charWidth / 2)), y + fm.getDescent(),\r
 395                     (int) (((i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
 396                     (av.charWidth / 2)), y + (fm.getDescent() * 2));\r
 397             }\r
 398         }\r
 399 \r
 400         if (av.hasHiddenColumns)\r
 401         {\r
 402           gg.setColor(Color.blue);\r
 403           int res;\r
 404           if(av.getShowHiddenMarkers())\r
 405           {\r
 406             for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size();\r
 407                  i++)\r
 408             {\r
 409 \r
 410               res = av.getColumnSelection().findHiddenRegionPosition(i) -\r
 411                   startx;\r
 412 \r
 413               if(res < 0 || res > endx-scalestartx)\r
 414                 continue;\r
 415 \r
 416               gg.fillPolygon(new int[]\r
 417                              {res * av.charWidth - av.charHeight / 4,\r
 418                              res * av.charWidth + av.charHeight / 4,\r
 419                              res * av.charWidth},\r
 420                              new int[]\r
 421                              {\r
 422                              y - av.charHeight / 2, y - av.charHeight / 2,\r
 423                              y + 8\r
 424               }, 3);\r
 425 \r
 426             }\r
 427           }\r
 428 \r
 429           if (reveal != null && reveal[0] > startx && reveal[0] < endx)\r
 430           {\r
 431             gg.drawString("Reveal Columns", reveal[0] * av.charWidth, 0);\r
 432           }\r
 433         }\r
 434 \r
 435 \r
 436     }\r
 437 }\r