src/jalview/gui/ScalePanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 \r
  26 import javax.swing.*;\r
  27 \r
  28 \r
  29 /**\r
  30  * DOCUMENT ME!\r
  31  *\r
  32  * @author $author$\r
  33  * @version $Revision$\r
  34  */\r
  35 public class ScalePanel extends JPanel implements MouseMotionListener, MouseListener\r
  36 {\r
  37     protected int offy = 4;\r
  38 \r
  39     /** DOCUMENT ME!! */\r
  40     public int width;\r
  41     protected AlignViewport av;\r
  42     AlignmentPanel ap;\r
  43     boolean stretchingGroup = false;\r
  44     int min; //used by mouseDragged to see if user\r
  45     int max; //used by mouseDragged to see if user\r
  46     boolean mouseDragging = false;\r
  47 \r
  48     // wants to delete columns\r
  49     public ScalePanel(AlignViewport av, AlignmentPanel ap)\r
  50     {\r
  51         this.av = av;\r
  52         this.ap = ap;\r
  53 \r
  54         addMouseListener(this);\r
  55         addMouseMotionListener(this);\r
  56     }\r
  57 \r
  58     /**\r
  59      * DOCUMENT ME!\r
  60      *\r
  61      * @param evt DOCUMENT ME!\r
  62      */\r
  63     public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
  64     {\r
  65         int x = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
  66         final int res;\r
  67 \r
  68         if(av.hasHiddenColumns)\r
  69           res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(x);\r
  70         else\r
  71           res = x;\r
  72 \r
  73         min = res;\r
  74         max = res;\r
  75 \r
  76         if (SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
  77         {\r
  78           JPopupMenu pop = new JPopupMenu();\r
  79           if (reveal != null)\r
  80           {\r
  81             JMenuItem item = new JMenuItem("Reveal");\r
  82             item.addActionListener(new ActionListener()\r
  83             {\r
  84               public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
  85               {\r
  86                 av.showColumn(reveal[0]);\r
  87                 reveal = null;\r
  88                 ap.repaint();\r
  89                 if (ap.overviewPanel != null)\r
  90                   ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
  91               }\r
  92             });\r
  93             pop.add(item);\r
  94 \r
  95             if (av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size() > 1)\r
  96             {\r
  97               item = new JMenuItem("Reveal All");\r
  98               item.addActionListener(new ActionListener()\r
  99               {\r
 100                 public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 101                 {\r
 102                   av.showAllHiddenColumns();\r
 103                   reveal = null;\r
 104                   ap.repaint();\r
 105                   if (ap.overviewPanel != null)\r
 106                     ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 107                 }\r
 108               });\r
 109               pop.add(item);\r
 110             }\r
 111             pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 112           }\r
 113           else if (av.getColumnSelection().contains(res))\r
 114           {\r
 115             JMenuItem item = new JMenuItem("Hide Columns");\r
 116             item.addActionListener(new ActionListener()\r
 117             {\r
 118               public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 119               {\r
 120                 av.hideColumns(res, res);\r
 121                 ap.repaint();\r
 122                 if (ap.overviewPanel != null)\r
 123                   ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 124               }\r
 125             });\r
 126             pop.add(item);\r
 127             pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 128           }\r
 129         }\r
 130         else // LEFT MOUSE TO SELECT\r
 131         {\r
 132           if (!evt.isControlDown() && !evt.isShiftDown())\r
 133           {\r
 134             av.getColumnSelection().clear();\r
 135           }\r
 136 \r
 137           av.getColumnSelection().addElement(res);\r
 138           SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 139           for (int i = 0; i < av.alignment.getSequences().size(); i++)\r
 140           {\r
 141             sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(i), false);\r
 142           }\r
 143 \r
 144           sg.setStartRes(res);\r
 145           sg.setEndRes(res);\r
 146           av.setSelectionGroup(sg);\r
 147 \r
 148           if(evt.isShiftDown())\r
 149           {\r
 150             int min = Math.min(av.getColumnSelection().getMin(), res);\r
 151             int max = Math.max(av.getColumnSelection().getMax(), res);\r
 152             for (int i = min; i<max; i++)\r
 153             {\r
 154                 av.getColumnSelection().addElement(i);\r
 155             }\r
 156             sg.setStartRes(min);\r
 157             sg.setEndRes(max);\r
 158           }\r
 159 \r
 160 \r
 161         }\r
 162 \r
 163 \r
 164         ap.repaint();\r
 165     }\r
 166 \r
 167     /**\r
 168      * DOCUMENT ME!\r
 169      *\r
 170      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 171      */\r
 172     public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 173     {\r
 174         mouseDragging = false;\r
 175 \r
 176         int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 177 \r
 178         if(res> av.alignment.getWidth())\r
 179         {\r
 180           res = av.alignment.getWidth()-1;\r
 181         }\r
 182 \r
 183         if(av.hasHiddenColumns)\r
 184           res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 185 \r
 186         if (!stretchingGroup)\r
 187         {\r
 188             ap.repaint();\r
 189 \r
 190             return;\r
 191         }\r
 192 \r
 193         SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 194 \r
 195         if (res > sg.getStartRes())\r
 196         {\r
 197             sg.setEndRes(res);\r
 198         }\r
 199         else if (res < sg.getStartRes())\r
 200         {\r
 201             sg.setStartRes(res);\r
 202         }\r
 203 \r
 204         stretchingGroup = false;\r
 205         ap.repaint();\r
 206     }\r
 207 \r
 208     /**\r
 209      * DOCUMENT ME!\r
 210      *\r
 211      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 212      */\r
 213     public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 214     {\r
 215         mouseDragging = true;\r
 216 \r
 217         int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 218         if(res<0)\r
 219           res = 0;\r
 220 \r
 221         if(av.hasHiddenColumns)\r
 222           res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 223 \r
 224 \r
 225         if(res> av.alignment.getWidth())\r
 226         {\r
 227           res = av.alignment.getWidth()-1;\r
 228         }\r
 229 \r
 230         if (res < min)\r
 231         {\r
 232             min = res;\r
 233         }\r
 234 \r
 235         if (res > max)\r
 236         {\r
 237             max = res;\r
 238         }\r
 239 \r
 240 \r
 241 \r
 242         SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 243 \r
 244         if (sg != null)\r
 245         {\r
 246             stretchingGroup = true;\r
 247 \r
 248             if (!av.getColumnSelection().contains(res))\r
 249             {\r
 250                 av.getColumnSelection().addElement(res);\r
 251             }\r
 252 \r
 253             if (res > sg.getStartRes())\r
 254             {\r
 255                 sg.setEndRes(res);\r
 256             }\r
 257             if (res < sg.getStartRes())\r
 258             {\r
 259                 sg.setStartRes(res);\r
 260             }\r
 261 \r
 262             for (int i = min; i <= max; i++)\r
 263             {\r
 264                 if ((i < sg.getStartRes()) || (i > sg.getEndRes()))\r
 265                 {\r
 266                     av.getColumnSelection().removeElement(i);\r
 267                 }\r
 268                 else\r
 269                 {\r
 270                     av.getColumnSelection().addElement(i);\r
 271                 }\r
 272             }\r
 273 \r
 274             ap.repaint();\r
 275         }\r
 276     }\r
 277 \r
 278     public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 279     {\r
 280       if(mouseDragging)\r
 281         ap.seqPanel.scrollCanvas(null);\r
 282     }\r
 283 \r
 284     public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 285     {\r
 286       if(mouseDragging)\r
 287         ap.seqPanel.scrollCanvas(evt);\r
 288     }\r
 289 \r
 290     public void mouseClicked(MouseEvent evt){}\r
 291 \r
 292     public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 293     {\r
 294       if(!av.hasHiddenColumns)\r
 295         return;\r
 296 \r
 297       int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 298 \r
 299       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 300 \r
 301       reveal = null;\r
 302       for(int i=0; i<av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size(); i++)\r
 303       {\r
 304         int [] region = (int[])av.getColumnSelection().getHiddenColumns().elementAt(i);\r
 305         if(res+1==region[0] || res-1==region[1])\r
 306         {\r
 307           reveal = region;\r
 308           ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
 309           this.setToolTipText("Reveal Hidden Columns with Right Mouse Button");\r
 310           break;\r
 311         }\r
 312         else\r
 313           this.setToolTipText(null);\r
 314 \r
 315       }\r
 316 \r
 317       repaint();\r
 318     }\r
 319 \r
 320     int [] reveal;\r
 321 \r
 322     /**\r
 323      * DOCUMENT ME!\r
 324      *\r
 325      * @param g DOCUMENT ME!\r
 326      */\r
 327     public void paintComponent(Graphics g)\r
 328     {\r
 329         drawScale(g, av.getStartRes(), av.getEndRes(), getWidth(), getHeight());\r
 330     }\r
 331 \r
 332     // scalewidth will normally be screenwidth,\r
 333     public void drawScale(Graphics g, int startx, int endx, int width,\r
 334         int height)\r
 335     {\r
 336         Graphics2D gg = (Graphics2D) g;\r
 337         gg.setFont(av.getFont());\r
 338 \r
 339         if(av.antiAlias)\r
 340           gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 341                               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 342 \r
 343         //Fill in the background\r
 344         gg.setColor(Color.white);\r
 345         gg.fillRect(0, 0, width, height);\r
 346         gg.setColor(Color.black);\r
 347 \r
 348         //Fill the selected columns\r
 349         ColumnSelection cs = av.getColumnSelection();\r
 350         gg.setColor(new Color(220, 0, 0));\r
 351 \r
 352         for (int i = 0; i < cs.size(); i++)\r
 353         {\r
 354             int sel = cs.columnAt(i);\r
 355             if(av.hasHiddenColumns)\r
 356                 sel = av.getColumnSelection().findColumnPosition(sel);\r
 357 \r
 358             if ((sel >= startx) && (sel <= endx))\r
 359             {\r
 360                 gg.fillRect((sel - startx) * av.charWidth, 0, av.charWidth,\r
 361                     getHeight());\r
 362             }\r
 363         }\r
 364 \r
 365         // Draw the scale numbers\r
 366         gg.setColor(Color.black);\r
 367 \r
 368         int scalestartx = (startx / 10) * 10;\r
 369 \r
 370         FontMetrics fm = gg.getFontMetrics(av.getFont());\r
 371         int y = av.charHeight - fm.getDescent();\r
 372 \r
 373         if ((scalestartx % 10) == 0)\r
 374         {\r
 375             scalestartx += 5;\r
 376         }\r
 377 \r
 378         String string;\r
 379         int maxX=0;\r
 380 \r
 381         for (int i = scalestartx; i < endx; i += 5)\r
 382         {\r
 383             if ((i % 10) == 0)\r
 384             {\r
 385                 string = String.valueOf(av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(i));\r
 386                 if ( (i - startx - 1) * av.charWidth > maxX)\r
 387                 {\r
 388                   gg.drawString(string,\r
 389                                 (i - startx - 1) * av.charWidth, y);\r
 390                   maxX = (i - startx + 1) * av.charWidth + fm.stringWidth(string);\r
 391                 }\r
 392 \r
 393                 gg.drawLine( (int) ( ( (i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
 394                                     (av.charWidth / 2)), y + 2,\r
 395                             (int) ( ( (i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
 396                                    (av.charWidth / 2)),\r
 397                             y + (fm.getDescent() * 2));\r
 398 \r
 399             }\r
 400             else\r
 401             {\r
 402                 gg.drawLine((int) (((i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
 403                     (av.charWidth / 2)), y + fm.getDescent(),\r
 404                     (int) (((i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
 405                     (av.charWidth / 2)), y + (fm.getDescent() * 2));\r
 406             }\r
 407         }\r
 408 \r
 409         if (av.hasHiddenColumns)\r
 410         {\r
 411           gg.setColor(Color.blue);\r
 412           int res;\r
 413           if(av.getShowHiddenMarkers())\r
 414           {\r
 415             for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size();\r
 416                  i++)\r
 417             {\r
 418 \r
 419               res = av.getColumnSelection().findHiddenRegionPosition(i) -\r
 420                   startx;\r
 421 \r
 422               if(res < 0 || res > endx-scalestartx)\r
 423                 continue;\r
 424 \r
 425               gg.fillPolygon(new int[]\r
 426                              {res * av.charWidth - av.charHeight / 4,\r
 427                              res * av.charWidth + av.charHeight / 4,\r
 428                              res * av.charWidth},\r
 429                              new int[]\r
 430                              {\r
 431                              y - av.charHeight / 2, y - av.charHeight / 2,\r
 432                              y + 8\r
 433               }, 3);\r
 434 \r
 435             }\r
 436           }\r
 437 \r
 438           if (reveal != null && reveal[0] > startx && reveal[0] < endx)\r
 439           {\r
 440             gg.drawString("Reveal Columns", reveal[0] * av.charWidth, 0);\r
 441           }\r
 442         }\r
 443 \r
 444 \r
 445     }\r
 446 }\r