src/jalview/gui/SeqCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  25 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  26 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28 import jalview.renderer.ScaleRenderer;
  29 import jalview.renderer.ScaleRenderer.ScaleMark;
  30 import jalview.viewmodel.ViewportListenerI;
  31 import jalview.viewmodel.ViewportRanges;
  32
  33 import java.awt.BasicStroke;
  34 import java.awt.BorderLayout;
  35 import java.awt.Color;
  36 import java.awt.FontMetrics;
  37 import java.awt.Graphics;
  38 import java.awt.Graphics2D;
  39 import java.awt.RenderingHints;
  40 import java.awt.Shape;
  41 import java.awt.image.BufferedImage;
  42 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  43 import java.util.List;
  44
  45 import javax.swing.JComponent;
  46
  47 /**
  48  * DOCUMENT ME!
  49  *
  50  * @author $author$
  51  * @version $Revision$
  52  */
  53 public class SeqCanvas extends JComponent implements ViewportListenerI
  54 {
  55   final FeatureRenderer fr;
  56
  57   final SequenceRenderer sr;
  58
  59   BufferedImage img;
  60
  61   Graphics2D gg;
  62
  63   int imgWidth;
  64
  65   int imgHeight;
  66
  67   AlignViewport av;
  68
  69   boolean fastPaint = false;
  70
  71   int LABEL_WEST;
  72
  73   int LABEL_EAST;
  74
  75   int cursorX = 0;
  76
  77   int cursorY = 0;
  78
  79   /**
  80    * Creates a new SeqCanvas object.
  81    *
  82    * @param av
  83    *          DOCUMENT ME!
  84    */
  85   public SeqCanvas(AlignmentPanel ap)
  86   {
  87     this.av = ap.av;
  88     updateViewport();
  89     fr = new FeatureRenderer(ap);
  90     sr = new SequenceRenderer(av);
  91     setLayout(new BorderLayout());
  92     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
  93     setBackground(Color.white);
  94
  95     av.getRanges().addPropertyChangeListener(this);
  96   }
  97
  98   public SequenceRenderer getSequenceRenderer()
  99   {
 100     return sr;
 101   }
 102
 103   public FeatureRenderer getFeatureRenderer()
 104   {
 105     return fr;
 106   }
 107
 108   int charHeight = 0, charWidth = 0;
 109
 110   private void updateViewport()
 111   {
 112     charHeight = av.getCharHeight();
 113     charWidth = av.getCharWidth();
 114   }
 115
 116   /**
 117    * DOCUMENT ME!
 118    *
 119    * @param g
 120    *          DOCUMENT ME!
 121    * @param startx
 122    *          DOCUMENT ME!
 123    * @param endx
 124    *          DOCUMENT ME!
 125    * @param ypos
 126    *          DOCUMENT ME!
 127    */
 128   private void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 129   {
 130     updateViewport();
 131     for (ScaleMark mark : new ScaleRenderer().calculateMarks(av, startx,
 132             endx))
 133     {
 134       int mpos = mark.column; // (i - startx - 1)
 135       if (mpos < 0)
 136       {
 137         continue;
 138       }
 139       String mstring = mark.text;
 140
 141       if (mark.major)
 142       {
 143         if (mstring != null)
 144         {
 145           g.drawString(mstring, mpos * charWidth, ypos - (charHeight / 2));
 146         }
 147         g.drawLine((mpos * charWidth) + (charWidth / 2),
 148                 (ypos + 2) - (charHeight / 2),
 149                 (mpos * charWidth) + (charWidth / 2), ypos - 2);
 150       }
 151     }
 152   }
 153
 154   /**
 155    * DOCUMENT ME!
 156    *
 157    * @param g
 158    *          DOCUMENT ME!
 159    * @param startx
 160    *          DOCUMENT ME!
 161    * @param endx
 162    *          DOCUMENT ME!
 163    * @param ypos
 164    *          DOCUMENT ME!
 165    */
 166   void drawWestScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 167   {
 168     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 169     ypos += charHeight;
 170
 171     if (av.hasHiddenColumns())
 172     {
 173       startx = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 174               .adjustForHiddenColumns(startx);
 175       endx = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 176               .adjustForHiddenColumns(endx);
 177     }
 178
 179     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
 180     if (av.hasHiddenColumns())
 181     {
 182       maxwidth = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 183               .findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 184     }
 185
 186     // WEST SCALE
 187     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 188     {
 189       SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 190       int index = startx;
 191       int value = -1;
 192
 193       while (index < endx)
 194       {
 195         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 196         {
 197           index++;
 198
 199           continue;
 200         }
 201
 202         value = av.getAlignment().getSequenceAt(i).findPosition(index);
 203
 204         break;
 205       }
 206
 207       if (value != -1)
 208       {
 209         int x = LABEL_WEST - fm.stringWidth(String.valueOf(value))
 210                 - charWidth / 2;
 211         g.drawString(value + "", x,
 212                 (ypos + (i * charHeight)) - (charHeight / 5));
 213       }
 214     }
 215   }
 216
 217   /**
 218    * DOCUMENT ME!
 219    *
 220    * @param g
 221    *          DOCUMENT ME!
 222    * @param startx
 223    *          DOCUMENT ME!
 224    * @param endx
 225    *          DOCUMENT ME!
 226    * @param ypos
 227    *          DOCUMENT ME!
 228    */
 229   void drawEastScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 230   {
 231     ypos += charHeight;
 232
 233     if (av.hasHiddenColumns())
 234     {
 235       endx = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 236               .adjustForHiddenColumns(endx);
 237     }
 238
 239     SequenceI seq;
 240     // EAST SCALE
 241     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 242     {
 243       seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 244       int index = endx;
 245       int value = -1;
 246
 247       while (index > startx)
 248       {
 249         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 250         {
 251           index--;
 252
 253           continue;
 254         }
 255
 256         value = seq.findPosition(index);
 257
 258         break;
 259       }
 260
 261       if (value != -1)
 262       {
 263         g.drawString(String.valueOf(value), 0,
 264                 (ypos + (i * charHeight)) - (charHeight / 5));
 265       }
 266     }
 267   }
 268
 269   boolean fastpainting = false;
 270
 271   /**
 272    * need to make this thread safe move alignment rendering in response to
 273    * slider adjustment
 274    *
 275    * @param horizontal
 276    *          shift along
 277    * @param vertical
 278    *          shift up or down in repaint
 279    */
 280   public void fastPaint(int horizontal, int vertical)
 281   {
 282     if (fastpainting || gg == null)
 283     {
 284       return;
 285     }
 286     fastpainting = true;
 287     fastPaint = true;
 288     updateViewport();
 289
 290     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 291     int sr = ranges.getStartRes();
 292     int er = ranges.getEndRes();
 293     int ss = ranges.getStartSeq();
 294     int es = ranges.getEndSeq();
 295     int transX = 0;
 296     int transY = 0;
 297
 298     gg.copyArea(horizontal * charWidth, vertical * charHeight, imgWidth,
 299             imgHeight, -horizontal * charWidth, -vertical * charHeight);
 300
 301     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left
 302     {
 303       transX = (er - sr - horizontal) * charWidth;
 304       sr = er - horizontal;
 305     }
 306     else if (horizontal < 0)
 307     {
 308       er = sr - horizontal;
 309     }
 310     else if (vertical > 0) // scroll down
 311     {
 312       ss = es - vertical;
 313
 314       if (ss < ranges.getStartSeq())
 315       { // ie scrolling too fast, more than a page at a time
 316         ss = ranges.getStartSeq();
 317       }
 318       else
 319       {
 320         transY = imgHeight - ((vertical + 1) * charHeight);
 321       }
 322     }
 323     else if (vertical < 0)
 324     {
 325       es = ss - vertical;
 326
 327       if (es > ranges.getEndSeq())
 328       {
 329         es = ranges.getEndSeq();
 330       }
 331     }
 332
 333     gg.translate(transX, transY);
 334     drawPanel(gg, sr, er, ss, es, 0);
 335     gg.translate(-transX, -transY);
 336
 337     repaint();
 338     fastpainting = false;
 339   }
 340
 341   /**
 342    * Definitions of startx and endx (hopefully): SMJS This is what I'm working
 343    * towards! startx is the first residue (starting at 0) to display. endx is
 344    * the last residue to display (starting at 0). starty is the first sequence
 345    * to display (starting at 0). endy is the last sequence to display (starting
 346    * at 0). NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and in the
 347    * adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.
 348    */
 349
 350   // Set this to false to force a full panel paint
 351   @Override
 352   public void paintComponent(Graphics g)
 353   {
 354     updateViewport();
 355     BufferedImage lcimg = img; // take reference since other threads may null
 356     // img and call later.
 357     super.paintComponent(g);
 358
 359     if (lcimg != null && (fastPaint
 360             || (getVisibleRect().width != g.getClipBounds().width)
 361             || (getVisibleRect().height != g.getClipBounds().height)))
 362     {
 363       g.drawImage(lcimg, 0, 0, this);
 364       fastPaint = false;
 365       return;
 366     }
 367
 368     // this draws the whole of the alignment
 369     imgWidth = getWidth();
 370     imgHeight = getHeight();
 371
 372     imgWidth -= (imgWidth % charWidth);
 373     imgHeight -= (imgHeight % charHeight);
 374
 375     if ((imgWidth < 1) || (imgHeight < 1))
 376     {
 377       return;
 378     }
 379
 380     if (lcimg == null || imgWidth != lcimg.getWidth()
 381             || imgHeight != lcimg.getHeight())
 382     {
 383       try
 384       {
 385         lcimg = img = new BufferedImage(imgWidth, imgHeight,
 386                 BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
 387         gg = (Graphics2D) img.getGraphics();
 388         gg.setFont(av.getFont());
 389       } catch (OutOfMemoryError er)
 390       {
 391         System.gc();
 392         System.err.println("SeqCanvas OutOfMemory Redraw Error.\n" + er);
 393         new OOMWarning("Creating alignment image for display", er);
 394
 395         return;
 396       }
 397     }
 398
 399     if (av.antiAlias)
 400     {
 401       gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 402               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 403     }
 404
 405     gg.setColor(Color.white);
 406     gg.fillRect(0, 0, imgWidth, imgHeight);
 407
 408     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 409     if (av.getWrapAlignment())
 410     {
 411       drawWrappedPanel(gg, getWidth(), getHeight(), ranges.getStartRes());
 412     }
 413     else
 414     {
 415       drawPanel(gg, ranges.getStartRes(), ranges.getEndRes(),
 416               ranges.getStartSeq(), ranges.getEndSeq(), 0);
 417     }
 418
 419     g.drawImage(lcimg, 0, 0, this);
 420
 421   }
 422
 423   /**
 424    * DOCUMENT ME!
 425    *
 426    * @param cwidth
 427    *          DOCUMENT ME!
 428    *
 429    * @return DOCUMENT ME!
 430    */
 431   public int getWrappedCanvasWidth(int cwidth)
 432   {
 433     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 434
 435     LABEL_EAST = 0;
 436     LABEL_WEST = 0;
 437
 438     if (av.getScaleRightWrapped())
 439     {
 440       LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());
 441     }
 442
 443     if (av.getScaleLeftWrapped())
 444     {
 445       LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());
 446     }
 447
 448     return (cwidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / charWidth;
 449   }
 450
 451   /**
 452    * Generates a string of zeroes.
 453    *
 454    * @return String
 455    */
 456   String getMask()
 457   {
 458     String mask = "00";
 459     int maxWidth = 0;
 460     int tmp;
 461     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 462     {
 463       tmp = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getEnd();
 464       if (tmp > maxWidth)
 465       {
 466         maxWidth = tmp;
 467       }
 468     }
 469
 470     for (int i = maxWidth; i > 0; i /= 10)
 471     {
 472       mask += "0";
 473     }
 474     return mask;
 475   }
 476
 477   /**
 478    * DOCUMENT ME!
 479    *
 480    * @param g
 481    *          DOCUMENT ME!
 482    * @param canvasWidth
 483    *          DOCUMENT ME!
 484    * @param canvasHeight
 485    *          DOCUMENT ME!
 486    * @param startRes
 487    *          DOCUMENT ME!
 488    */
 489   public void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth,
 490           int canvasHeight, int startRes)
 491   {
 492     updateViewport();
 493     AlignmentI al = av.getAlignment();
 494
 495     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 496
 497     LABEL_EAST = 0;
 498     LABEL_WEST = 0;
 499
 500     if (av.getScaleRightWrapped())
 501     {
 502       LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());
 503     }
 504
 505     if (av.getScaleLeftWrapped())
 506     {
 507       LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());
 508     }
 509
 510     int hgap = charHeight;
 511     if (av.getScaleAboveWrapped())
 512     {
 513       hgap += charHeight;
 514     }
 515
 516     int cWidth = (canvasWidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / charWidth;
 517     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * charHeight;
 518
 519     av.setWrappedWidth(cWidth);
 520
 521     av.getRanges().setViewportStartAndWidth(startRes, cWidth);
 522
 523     int endx;
 524     int ypos = hgap;
 525     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
 526
 527     if (av.hasHiddenColumns())
 528     {
 529       maxwidth = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 530               .findColumnPosition(maxwidth);
 531     }
 532
 533     while ((ypos <= canvasHeight) && (startRes < maxwidth))
 534     {
 535       endx = startRes + cWidth - 1;
 536
 537       if (endx > maxwidth)
 538       {
 539         endx = maxwidth;
 540       }
 541
 542       g.setFont(av.getFont());
 543       g.setColor(Color.black);
 544
 545       if (av.getScaleLeftWrapped())
 546       {
 547         drawWestScale(g, startRes, endx, ypos);
 548       }
 549
 550       if (av.getScaleRightWrapped())
 551       {
 552         g.translate(canvasWidth - LABEL_EAST, 0);
 553         drawEastScale(g, startRes, endx, ypos);
 554         g.translate(-(canvasWidth - LABEL_EAST), 0);
 555       }
 556
 557       g.translate(LABEL_WEST, 0);
 558
 559       if (av.getScaleAboveWrapped())
 560       {
 561         drawNorthScale(g, startRes, endx, ypos);
 562       }
 563
 564       if (av.hasHiddenColumns() && av.getShowHiddenMarkers())
 565       {
 566         g.setColor(Color.blue);
 567         int res;
 568         HiddenColumns hidden = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 569         List<Integer> positions = hidden.findHiddenRegionPositions();
 570         for (int pos : positions)
 571         {
 572           res = pos - startRes;
 573
 574           if (res < 0 || res > endx - startRes)
 575           {
 576             continue;
 577           }
 578
 579           gg.fillPolygon(
 580                   new int[]
 581                   { res * charWidth - charHeight / 4,
 582                       res * charWidth + charHeight / 4, res * charWidth },
 583                   new int[]
 584                   { ypos - (charHeight / 2), ypos - (charHeight / 2),
 585                       ypos - (charHeight / 2) + 8 },
 586                   3);
 587
 588         }
 589       }
 590
 591       // When printing we have an extra clipped region,
 592       // the Printable page which we need to account for here
 593       Shape clip = g.getClip();
 594
 595       if (clip == null)
 596       {
 597         g.setClip(0, 0, cWidth * charWidth, canvasHeight);
 598       }
 599       else
 600       {
 601         g.setClip(0, (int) clip.getBounds().getY(), cWidth * charWidth,
 602                 (int) clip.getBounds().getHeight());
 603       }
 604
 605       drawPanel(g, startRes, endx, 0, al.getHeight() - 1, ypos);
 606
 607       if (av.isShowAnnotation())
 608       {
 609         g.translate(0, cHeight + ypos + 3);
 610         if (annotations == null)
 611         {
 612           annotations = new AnnotationPanel(av);
 613         }
 614
 615         annotations.renderer.drawComponent(annotations, av, g, -1, startRes,
 616                 endx + 1);
 617         g.translate(0, -cHeight - ypos - 3);
 618       }
 619       g.setClip(clip);
 620       g.translate(-LABEL_WEST, 0);
 621
 622       ypos += cHeight + getAnnotationHeight() + hgap;
 623
 624       startRes += cWidth;
 625     }
 626   }
 627
 628   AnnotationPanel annotations;
 629
 630   int getAnnotationHeight()
 631   {
 632     if (!av.isShowAnnotation())
 633     {
 634       return 0;
 635     }
 636
 637     if (annotations == null)
 638     {
 639       annotations = new AnnotationPanel(av);
 640     }
 641
 642     return annotations.adjustPanelHeight();
 643   }
 644
 645   /**
 646    * DOCUMENT ME!
 647    *
 648    * @param g1
 649    *          DOCUMENT ME!
 650    * @param startRes
 651    *          DOCUMENT ME!
 652    * @param endRes
 653    *          DOCUMENT ME!
 654    * @param startSeq
 655    *          DOCUMENT ME!
 656    * @param endSeq
 657    *          DOCUMENT ME!
 658    * @param offset
 659    *          DOCUMENT ME!
 660    */
 661   public void drawPanel(Graphics g1, int startRes, int endRes, int startSeq,
 662           int endSeq, int offset)
 663   {
 664     updateViewport();
 665     if (!av.hasHiddenColumns())
 666     {
 667       draw(g1, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 668     }
 669     else
 670     {
 671       int screenY = 0;
 672       int blockStart = startRes;
 673       int blockEnd = endRes;
 674
 675       for (int[] region : av.getAlignment().getHiddenColumns()
 676               .getHiddenColumnsCopy())
 677       {
 678         int hideStart = region[0];
 679         int hideEnd = region[1];
 680
 681         if (hideStart <= blockStart)
 682         {
 683           blockStart += (hideEnd - hideStart) + 1;
 684           continue;
 685         }
 686
 687         blockEnd = hideStart - 1;
 688
 689         g1.translate(screenY * charWidth, 0);
 690
 691         draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
 692
 693         if (av.getShowHiddenMarkers())
 694         {
 695           g1.setColor(Color.blue);
 696
 697           g1.drawLine((blockEnd - blockStart + 1) * charWidth - 1,
 698                   0 + offset, (blockEnd - blockStart + 1) * charWidth - 1,
 699                   (endSeq - startSeq + 1) * charHeight + offset);
 700         }
 701
 702         g1.translate(-screenY * charWidth, 0);
 703         screenY += blockEnd - blockStart + 1;
 704         blockStart = hideEnd + 1;
 705
 706         if (screenY > (endRes - startRes))
 707         {
 708           // already rendered last block
 709           return;
 710         }
 711       }
 712
 713       if (screenY <= (endRes - startRes))
 714       {
 715         // remaining visible region to render
 716         blockEnd = blockStart + (endRes - startRes) - screenY;
 717         g1.translate(screenY * charWidth, 0);
 718         draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
 719
 720         g1.translate(-screenY * charWidth, 0);
 721       }
 722     }
 723
 724   }
 725
 726   // int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq, int x, int y,
 727   // int x1, int x2, int y1, int y2, int startx, int starty,
 728   private void draw(Graphics g, int startRes, int endRes, int startSeq,
 729           int endSeq, int offset)
 730   {
 731     g.setFont(av.getFont());
 732     sr.prepare(g, av.isRenderGaps());
 733
 734     SequenceI nextSeq;
 735
 736     // / First draw the sequences
 737     // ///////////////////////////
 738     for (int i = startSeq; i <= endSeq; i++)
 739     {
 740       nextSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 741       if (nextSeq == null)
 742       {
 743         // occasionally, a race condition occurs such that the alignment row is
 744         // empty
 745         continue;
 746       }
 747       sr.drawSequence(nextSeq, av.getAlignment().findAllGroups(nextSeq),
 748               startRes, endRes, offset + ((i - startSeq) * charHeight));
 749
 750       if (av.isShowSequenceFeatures())
 751       {
 752         fr.drawSequence(g, nextSeq, startRes, endRes,
 753                 offset + ((i - startSeq) * charHeight), false);
 754       }
 755
 756       // / Highlight search Results once all sequences have been drawn
 757       // ////////////////////////////////////////////////////////
 758       if (av.hasSearchResults())
 759       {
 760         int[] visibleResults = av.getSearchResults().getResults(nextSeq,
 761                 startRes, endRes);
 762         if (visibleResults != null)
 763         {
 764           for (int r = 0; r < visibleResults.length; r += 2)
 765           {
 766             sr.drawHighlightedText(nextSeq, visibleResults[r],
 767                     visibleResults[r + 1],
 768                     (visibleResults[r] - startRes) * charWidth,
 769                     offset + ((i - startSeq) * charHeight));
 770           }
 771         }
 772       }
 773
 774       if (av.cursorMode && cursorY == i && cursorX >= startRes
 775               && cursorX <= endRes)
 776       {
 777         sr.drawCursor(nextSeq, cursorX, (cursorX - startRes) * charWidth,
 778                 offset + ((i - startSeq) * charHeight));
 779       }
 780     }
 781
 782     if (av.getSelectionGroup() != null
 783             || av.getAlignment().getGroups().size() > 0)
 784     {
 785       drawGroupsBoundaries(g, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 786     }
 787
 788   }
 789
 790   void drawGroupsBoundaries(Graphics g1, int startRes, int endRes,
 791           int startSeq, int endSeq, int offset)
 792   {
 793     Graphics2D g = (Graphics2D) g1;
 794     //
 795     // ///////////////////////////////////
 796     // Now outline any areas if necessary
 797     // ///////////////////////////////////
 798     SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();
 799
 800     int sx = -1;
 801     int sy = -1;
 802     int ex = -1;
 803     int groupIndex = -1;
 804     int visWidth = (endRes - startRes + 1) * charWidth;
 805
 806     if ((group == null) && (av.getAlignment().getGroups().size() > 0))
 807     {
 808       group = av.getAlignment().getGroups().get(0);
 809       groupIndex = 0;
 810     }
 811
 812     if (group != null)
 813     {
 814       do
 815       {
 816         int oldY = -1;
 817         int i = 0;
 818         boolean inGroup = false;
 819         int top = -1;
 820         int bottom = -1;
 821
 822         for (i = startSeq; i <= endSeq; i++)
 823         {
 824           sx = (group.getStartRes() - startRes) * charWidth;
 825           sy = offset + ((i - startSeq) * charHeight);
 826           ex = (((group.getEndRes() + 1) - group.getStartRes()) * charWidth)
 827                   - 1;
 828
 829           if (sx + ex < 0 || sx > visWidth)
 830           {
 831             continue;
 832           }
 833
 834           if ((sx <= (endRes - startRes) * charWidth)
 835                   && group.getSequences(null)
 836                           .contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i)))
 837           {
 838             if ((bottom == -1) && !group.getSequences(null)
 839                     .contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i + 1)))
 840             {
 841               bottom = sy + charHeight;
 842             }
 843
 844             if (!inGroup)
 845             {
 846               if (((top == -1) && (i == 0)) || !group.getSequences(null)
 847                       .contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i - 1)))
 848               {
 849                 top = sy;
 850               }
 851
 852               oldY = sy;
 853               inGroup = true;
 854
 855               if (group == av.getSelectionGroup())
 856               {
 857                 g.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_BUTT,
 858                         BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]
 859                         { 5f, 3f }, 0f));
 860                 g.setColor(Color.RED);
 861               }
 862               else
 863               {
 864                 g.setStroke(new BasicStroke());
 865                 g.setColor(group.getOutlineColour());
 866               }
 867             }
 868           }
 869           else
 870           {
 871             if (inGroup)
 872             {
 873               if (sx >= 0 && sx < visWidth)
 874               {
 875                 g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
 876               }
 877
 878               if (sx + ex < visWidth)
 879               {
 880                 g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);
 881               }
 882
 883               if (sx < 0)
 884               {
 885                 ex += sx;
 886                 sx = 0;
 887               }
 888
 889               if (sx + ex > visWidth)
 890               {
 891                 ex = visWidth;
 892               }
 893
 894               else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * charWidth)
 895               {
 896                 ex = (endRes - startRes + 1) * charWidth;
 897               }
 898
 899               if (top != -1)
 900               {
 901                 g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);
 902                 top = -1;
 903               }
 904
 905               if (bottom != -1)
 906               {
 907                 g.drawLine(sx, bottom, sx + ex, bottom);
 908                 bottom = -1;
 909               }
 910
 911               inGroup = false;
 912             }
 913           }
 914         }
 915
 916         if (inGroup)
 917         {
 918           sy = offset + ((i - startSeq) * charHeight);
 919           if (sx >= 0 && sx < visWidth)
 920           {
 921             g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
 922           }
 923
 924           if (sx + ex < visWidth)
 925           {
 926             g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);
 927           }
 928
 929           if (sx < 0)
 930           {
 931             ex += sx;
 932             sx = 0;
 933           }
 934
 935           if (sx + ex > visWidth)
 936           {
 937             ex = visWidth;
 938           }
 939           else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * charWidth)
 940           {
 941             ex = (endRes - startRes + 1) * charWidth;
 942           }
 943
 944           if (top != -1)
 945           {
 946             g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);
 947             top = -1;
 948           }
 949
 950           if (bottom != -1)
 951           {
 952             g.drawLine(sx, bottom - 1, sx + ex, bottom - 1);
 953             bottom = -1;
 954           }
 955
 956           inGroup = false;
 957         }
 958
 959         groupIndex++;
 960
 961         g.setStroke(new BasicStroke());
 962
 963         if (groupIndex >= av.getAlignment().getGroups().size())
 964         {
 965           break;
 966         }
 967
 968         group = av.getAlignment().getGroups().get(groupIndex);
 969
 970       } while (groupIndex < av.getAlignment().getGroups().size());
 971
 972     }
 973
 974   }
 975
 976   /**
 977    * DOCUMENT ME!
 978    *
 979    * @param results
 980    *          DOCUMENT ME!
 981    */
 982   public void highlightSearchResults(SearchResultsI results)
 983   {
 984     img = null;
 985
 986     av.setSearchResults(results);
 987
 988     repaint();
 989   }
 990
 991   @Override
 992   public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 993   {
 994     String eventName = evt.getPropertyName();
 995
 996     if (av.getWrapAlignment())
 997     {
 998       if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTRES))
 999       {
1000         repaint();
1001       }
1002     }
1003     else
1004     {
1005       int scrollX = 0;
1006       if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTRES))
1007       {
1008         // Make sure we're not trying to draw a panel
1009         // larger than the visible window
1010         ViewportRanges vpRanges = av.getRanges();
1011         scrollX = (int) evt.getNewValue() - (int) evt.getOldValue();
1012         int range = vpRanges.getEndRes() - vpRanges.getStartRes();
1013         if (scrollX > range)
1014         {
1015           scrollX = range;
1016         }
1017         else if (scrollX < -range)
1018         {
1019           scrollX = -range;
1020         }
1021       }
1022
1023       // Both scrolling and resizing change viewport ranges: scrolling changes
1024       // both start and end points, but resize only changes end values.
1025       // Here we only want to fastpaint on a scroll, with resize using a normal
1026       // paint, so scroll events are identified as changes to the horizontal or
1027       // vertical start value.
1028       if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTRES))
1029       {
1030         // scroll - startres and endres both change
1031         fastPaint(scrollX, 0);
1032       }
1033       else if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTSEQ))
1034       {
1035         // scroll
1036         fastPaint(0, (int) evt.getNewValue() - (int) evt.getOldValue());
1037       }
1038     }
1039   }
1040 }