src/jalview/gui/SeqCanvas.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.image.*;\r
  25 \r
  26 import javax.swing.*;\r
  27 \r
  28 \r
  29 /**\r
  30  * DOCUMENT ME!\r
  31  *\r
  32  * @author $author$\r
  33  * @version $Revision$\r
  34  */\r
  35 public class SeqCanvas extends JComponent\r
  36 {\r
  37     FeatureRenderer fr;\r
  38     SequenceRenderer sr;\r
  39     BufferedImage img;\r
  40     Graphics2D gg;\r
  41     int imgWidth;\r
  42     int imgHeight;\r
  43     AlignViewport av;\r
  44     boolean displaySearch = false;\r
  45     int[] searchResults = null;\r
  46     int chunkHeight;\r
  47     int chunkWidth;\r
  48     boolean fastPaint = false;\r
  49     int LABEL_WEST;\r
  50     int LABEL_EAST;\r
  51 \r
  52     /**\r
  53      * Creates a new SeqCanvas object.\r
  54      *\r
  55      * @param av DOCUMENT ME!\r
  56      */\r
  57     public SeqCanvas(AlignViewport av)\r
  58     {\r
  59         this.av = av;\r
  60         fr = new FeatureRenderer(av);\r
  61         sr = new SequenceRenderer(av);\r
  62         setLayout(new BorderLayout());\r
  63         PaintRefresher.Register(this, av.alignment);\r
  64         setBackground(Color.white);\r
  65     }\r
  66 \r
  67     /**\r
  68      * DOCUMENT ME!\r
  69      *\r
  70      * @param g DOCUMENT ME!\r
  71      * @param startx DOCUMENT ME!\r
  72      * @param endx DOCUMENT ME!\r
  73      * @param ypos DOCUMENT ME!\r
  74      */\r
  75     void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
  76     {\r
  77         int scalestartx = startx - (startx % 10) + 10;\r
  78 \r
  79         g.setColor(Color.black);\r
  80 \r
  81         // NORTH SCALE\r
  82         for (int i = scalestartx; i < endx; i += 10)\r
  83         {\r
  84             String string = String.valueOf(i);\r
  85             g.drawString(string, (i - startx - 1) * av.charWidth,\r
  86                 ypos - (av.charHeight / 2));\r
  87 \r
  88             g.drawLine(((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2),\r
  89                 (ypos + 2) - (av.charHeight / 2),\r
  90                 ((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2), ypos -\r
  91                 2);\r
  92         }\r
  93     }\r
  94 \r
  95     /**\r
  96      * DOCUMENT ME!\r
  97      *\r
  98      * @param g DOCUMENT ME!\r
  99      * @param startx DOCUMENT ME!\r
 100      * @param endx DOCUMENT ME!\r
 101      * @param ypos DOCUMENT ME!\r
 102      */\r
 103     void drawWestScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
 104     {\r
 105         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 106         ypos += av.charHeight;\r
 107 \r
 108         // EAST SCALE\r
 109         for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 110         {\r
 111             SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 112             int index = startx;\r
 113             int value = -1;\r
 114 \r
 115             while (index < endx)\r
 116             {\r
 117                 if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))\r
 118                 {\r
 119                     index++;\r
 120 \r
 121                     continue;\r
 122                 }\r
 123 \r
 124                 value = av.alignment.getSequenceAt(i).findPosition(index);\r
 125 \r
 126                 break;\r
 127             }\r
 128 \r
 129             if (value != -1)\r
 130             {\r
 131                 int x = LABEL_WEST - fm.stringWidth(String.valueOf(value))-av.charWidth/2;\r
 132                 g.drawString(value + "", x,\r
 133                     (ypos + (i * av.charHeight)) - (av.charHeight / 5));\r
 134             }\r
 135         }\r
 136     }\r
 137 \r
 138     /**\r
 139      * DOCUMENT ME!\r
 140      *\r
 141      * @param g DOCUMENT ME!\r
 142      * @param startx DOCUMENT ME!\r
 143      * @param endx DOCUMENT ME!\r
 144      * @param ypos DOCUMENT ME!\r
 145      */\r
 146     void drawEastScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
 147     {\r
 148         ypos += av.charHeight;\r
 149 \r
 150         // EAST SCALE\r
 151         for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 152         {\r
 153             SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 154             int index = endx;\r
 155             int value = -1;\r
 156 \r
 157             while (index > startx)\r
 158             {\r
 159                 if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))\r
 160                 {\r
 161                     index--;\r
 162 \r
 163                     continue;\r
 164                 }\r
 165 \r
 166                 value = av.alignment.getSequenceAt(i).findPosition(index);\r
 167 \r
 168                 break;\r
 169             }\r
 170 \r
 171             if (value != -1)\r
 172             {\r
 173                 g.drawString(String.valueOf(value), av.charWidth/2,\r
 174                     (ypos + (i * av.charHeight)) - (av.charHeight / 5));\r
 175             }\r
 176         }\r
 177     }\r
 178 \r
 179     /**\r
 180      * DOCUMENT ME!\r
 181      *\r
 182      * @param horizontal DOCUMENT ME!\r
 183      * @param vertical DOCUMENT ME!\r
 184      */\r
 185     public void fastPaint(int horizontal, int vertical)\r
 186     {\r
 187         if (gg == null)\r
 188         {\r
 189             return;\r
 190         }\r
 191 \r
 192         gg.copyArea(0, 0, imgWidth, imgHeight, -horizontal * av.charWidth,\r
 193             -vertical * av.charHeight);\r
 194 \r
 195         int sr = av.startRes;\r
 196         int er = av.endRes;\r
 197         int ss = av.startSeq;\r
 198         int es = av.endSeq;\r
 199         int transX = 0;\r
 200         int transY = 0;\r
 201 \r
 202         if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left\r
 203         {\r
 204             er ++;\r
 205             transX = (er - sr - horizontal) * av.charWidth;\r
 206             sr = er - horizontal;\r
 207         }\r
 208         else if (horizontal < 0)\r
 209         {\r
 210             er = sr - horizontal-1;\r
 211         }\r
 212         else if (vertical > 0) // scroll down\r
 213         {\r
 214             ss = es - vertical;\r
 215 \r
 216             if (ss < av.startSeq)\r
 217             { // ie scrolling too fast, more than a page at a time\r
 218                 ss = av.startSeq;\r
 219             }\r
 220             else\r
 221             {\r
 222                 transY = imgHeight - (vertical * av.charHeight);\r
 223             }\r
 224         }\r
 225         else if (vertical < 0)\r
 226         {\r
 227             es = ss - vertical;\r
 228 \r
 229             if (es > av.endSeq)\r
 230             {\r
 231                 es = av.endSeq;\r
 232             }\r
 233         }\r
 234 \r
 235         gg.translate(transX, transY);\r
 236         drawPanel(gg, sr, er, ss, es, sr, ss, 0);\r
 237         gg.translate(-transX, -transY);\r
 238 \r
 239         fastPaint = true;\r
 240         repaint();\r
 241     }\r
 242 \r
 243     /**\r
 244      * Definitions of startx and endx (hopefully):\r
 245      * SMJS This is what I'm working towards!\r
 246      *   startx is the first residue (starting at 0) to display.\r
 247      *   endx   is the last residue to display (starting at 0).\r
 248      *   starty is the first sequence to display (starting at 0).\r
 249      *   endy   is the last sequence to display (starting at 0).\r
 250      * NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and\r
 251      * in the adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.\r
 252      */\r
 253 \r
 254     // Set this to false to force a full panel paint\r
 255     public void paintComponent(Graphics g)\r
 256     {\r
 257         if ((img != null) &&\r
 258                 (fastPaint || (getWidth() != g.getClipBounds().width) ||\r
 259                 (getHeight() != g.getClipBounds().height)))\r
 260         {\r
 261             g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 262             fastPaint = false;\r
 263 \r
 264             return;\r
 265         }\r
 266 \r
 267         // this draws the whole of the alignment\r
 268         imgWidth = getWidth();\r
 269         imgHeight = getHeight();\r
 270 \r
 271         imgWidth -= (imgWidth % av.charWidth);\r
 272         imgHeight -= (imgHeight % av.charHeight);\r
 273 \r
 274         if ((imgWidth < 1) || (imgHeight < 1))\r
 275         {\r
 276             return;\r
 277         }\r
 278 \r
 279         img = new BufferedImage(imgWidth, imgHeight, BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 280         gg = (Graphics2D) img.getGraphics();\r
 281         gg.setFont(av.getFont());\r
 282      //   gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 283      //     RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 284 \r
 285         gg.setColor(Color.white);\r
 286         gg.fillRect(0, 0, imgWidth, imgHeight);\r
 287 \r
 288         chunkWidth = getWrappedCanvasWidth(getWidth());\r
 289         chunkHeight = (av.getAlignment().getHeight() + 2) * av.charHeight;\r
 290 \r
 291         av.setChunkHeight(chunkHeight);\r
 292         av.setChunkWidth(chunkWidth);\r
 293 \r
 294         if (av.getWrapAlignment())\r
 295         {\r
 296             drawWrappedPanel(gg, getWidth(), getHeight(), av.startRes);\r
 297         }\r
 298         else\r
 299         {\r
 300             drawPanel(gg, av.startRes, av.endRes, av.startSeq, av.endSeq,\r
 301                 av.startRes, av.startSeq, 0);\r
 302         }\r
 303 \r
 304         g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 305     }\r
 306 \r
 307     /**\r
 308      * DOCUMENT ME!\r
 309      *\r
 310      * @param cwidth DOCUMENT ME!\r
 311      *\r
 312      * @return DOCUMENT ME!\r
 313      */\r
 314     public int getWrappedCanvasWidth(int cwidth)\r
 315     {\r
 316         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 317 \r
 318         LABEL_EAST = 0;\r
 319         LABEL_WEST = 0;\r
 320 \r
 321         if (av.scaleRightWrapped)\r
 322         {\r
 323             LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask()+"0");\r
 324         }\r
 325 \r
 326         if (av.scaleLeftWrapped)\r
 327         {\r
 328             LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());\r
 329         }\r
 330 \r
 331         return (cwidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / av.charWidth;\r
 332     }\r
 333 \r
 334 \r
 335     /**\r
 336      * Generates a string of zeroes.\r
 337      * @return String\r
 338      */\r
 339     String getMask()\r
 340     {\r
 341       String mask = "0";\r
 342       for (int i = av.alignment.getWidth(); i > 0; i /= 10)\r
 343       {\r
 344         mask += "0";\r
 345       }\r
 346       return mask;\r
 347     }\r
 348 \r
 349     /**\r
 350      * DOCUMENT ME!\r
 351      *\r
 352      * @param g DOCUMENT ME!\r
 353      * @param canvasWidth DOCUMENT ME!\r
 354      * @param canvasHeight DOCUMENT ME!\r
 355      * @param startRes DOCUMENT ME!\r
 356      */\r
 357     public void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth, int canvasHeight,\r
 358         int startRes)\r
 359     {\r
 360 \r
 361         AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 362 \r
 363         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 364 \r
 365         int LABEL_EAST = 0;\r
 366 \r
 367         if (av.scaleRightWrapped)\r
 368         {\r
 369             LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask()+"0");\r
 370         }\r
 371 \r
 372         int LABEL_WEST = 0;\r
 373 \r
 374         if (av.scaleLeftWrapped)\r
 375         {\r
 376             LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());\r
 377         }\r
 378 \r
 379         int cWidth = (canvasWidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / av.charWidth;\r
 380         int cHeight = (av.getAlignment().getHeight() + 2) * av.charHeight;\r
 381 \r
 382         av.endRes = av.startRes + cWidth;\r
 383 \r
 384         int endx = (startRes + cWidth) - 1;\r
 385         int ypos = 2 * av.charHeight;\r
 386 \r
 387         while ((ypos <= canvasHeight) && (startRes < av.alignment.getWidth()))\r
 388         {\r
 389             g.setColor(Color.black);\r
 390 \r
 391             if (av.scaleLeftWrapped)\r
 392             {\r
 393                 drawWestScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 394             }\r
 395 \r
 396             if (av.scaleRightWrapped)\r
 397             {\r
 398                 g.translate(canvasWidth - LABEL_EAST, 0);\r
 399                 drawEastScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 400                 g.translate(-(canvasWidth - LABEL_EAST), 0);\r
 401             }\r
 402 \r
 403             g.translate(LABEL_WEST, 0);\r
 404 \r
 405             if (av.scaleAboveWrapped)\r
 406             {\r
 407                 drawNorthScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 408             }\r
 409 \r
 410             // When printing we have an extra clipped region,\r
 411             // the Printable page which we need to account for here\r
 412             Shape clip = g.getClip();\r
 413 \r
 414             if (clip == null)\r
 415             {\r
 416                 g.setClip(0, 0, cWidth * av.charWidth, canvasHeight);\r
 417             }\r
 418             else\r
 419             {\r
 420                 g.setClip(0, (int) clip.getBounds().getY(),\r
 421                     cWidth * av.charWidth, (int) clip.getBounds().getHeight());\r
 422             }\r
 423 \r
 424             drawPanel(g, startRes, endx, 0, al.getHeight(), startRes, 0, ypos);\r
 425             g.setClip(clip);\r
 426             g.translate(-LABEL_WEST, 0);\r
 427 \r
 428             ypos += cHeight;\r
 429             startRes += cWidth;\r
 430             endx = (startRes + cWidth) - 1;\r
 431 \r
 432             if (endx > al.getWidth())\r
 433             {\r
 434                 endx = al.getWidth();\r
 435             }\r
 436         }\r
 437     }\r
 438 \r
 439     /**\r
 440      * DOCUMENT ME!\r
 441      *\r
 442      * @param g1 DOCUMENT ME!\r
 443      * @param x1 DOCUMENT ME!\r
 444      * @param x2 DOCUMENT ME!\r
 445      * @param y1 DOCUMENT ME!\r
 446      * @param y2 DOCUMENT ME!\r
 447      * @param startx DOCUMENT ME!\r
 448      * @param starty DOCUMENT ME!\r
 449      * @param offset DOCUMENT ME!\r
 450      */\r
 451     synchronized public void drawPanel(Graphics g1, int x1, int x2, int y1,\r
 452         int y2, int startx, int starty, int offset)\r
 453     {\r
 454         Graphics2D g = (Graphics2D) g1;\r
 455         g.setFont(av.getFont());\r
 456         sr.renderGaps(av.renderGaps);\r
 457 \r
 458         SequenceI nextSeq;\r
 459 \r
 460         /// First draw the sequences\r
 461         /////////////////////////////\r
 462         for (int i = y1; i < y2; i++)\r
 463         {\r
 464             nextSeq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 465 \r
 466             sr.drawSequence(g, nextSeq, av.alignment.findAllGroups(nextSeq),\r
 467                 x1, x2, (x1 - startx) * av.charWidth,\r
 468                 offset + ((i - starty) * av.charHeight), av.charWidth,\r
 469                 av.charHeight);\r
 470 \r
 471             if (av.showSequenceFeatures)\r
 472             {\r
 473                 fr.drawSequence(g, nextSeq,\r
 474                     av.alignment.findAllGroups(nextSeq), x1, x2,\r
 475                     (x1 - startx) * av.charWidth,\r
 476                     offset + ((i - starty) * av.charHeight), av.charWidth,\r
 477                     av.charHeight);\r
 478             }\r
 479         }\r
 480 \r
 481         //\r
 482         /////////////////////////////////////\r
 483         // Now outline any areas if necessary\r
 484         /////////////////////////////////////\r
 485         SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();\r
 486         java.util.Vector groups = av.alignment.getGroups();\r
 487 \r
 488         int sx = -1;\r
 489         int sy = -1;\r
 490         int ex = -1;\r
 491         int groupIndex = -1;\r
 492 \r
 493         if ((group == null) && (groups.size() > 0))\r
 494         {\r
 495             group = (SequenceGroup) groups.elementAt(0);\r
 496             groupIndex = 0;\r
 497         }\r
 498 \r
 499 \r
 500         if (group != null)\r
 501         {\r
 502             do\r
 503             {\r
 504                 int oldY = -1;\r
 505                 int i = 0;\r
 506                 boolean inGroup = false;\r
 507                 int top = -1;\r
 508                 int bottom = -1;\r
 509 \r
 510                 for (i = y1; i < y2; i++)\r
 511                 {\r
 512                     sx = (group.getStartRes() - startx) * av.charWidth;\r
 513                     sy = offset + ((i - starty) * av.charHeight);\r
 514                     ex = (((group.getEndRes() + 1) - group.getStartRes()) * av.charWidth) -\r
 515                         1;\r
 516 \r
 517                     if(sx+ex<0 || sx>imgWidth)\r
 518                     {\r
 519                       continue;\r
 520                     }\r
 521 \r
 522                     if ( (sx <= (x2-x1)*av.charWidth) &&\r
 523                             group.sequences.contains(av.alignment.getSequenceAt(\r
 524                                     i)))\r
 525                     {\r
 526                         if ((bottom == -1) &&\r
 527                                 !group.sequences.contains(\r
 528                                     av.alignment.getSequenceAt(i + 1)))\r
 529                         {\r
 530                             bottom = sy + av.charHeight;\r
 531                         }\r
 532 \r
 533                         if (!inGroup)\r
 534                         {\r
 535                             if (((top == -1) && (i == 0)) ||\r
 536                                     !group.sequences.contains(\r
 537                                         av.alignment.getSequenceAt(i - 1)))\r
 538                             {\r
 539                                 top = sy;\r
 540                             }\r
 541 \r
 542                             oldY = sy;\r
 543                             inGroup = true;\r
 544 \r
 545                             if (group == av.getSelectionGroup())\r
 546                             {\r
 547                                 g.setStroke(new BasicStroke(1,\r
 548                                         BasicStroke.CAP_BUTT,\r
 549                                         BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f,\r
 550                                         new float[] { 5f, 3f }, 0f));\r
 551                                 g.setColor(Color.RED);\r
 552                             }\r
 553                             else\r
 554                             {\r
 555                                 g.setStroke(new BasicStroke());\r
 556                                 g.setColor(group.getOutlineColour());\r
 557                             }\r
 558                         }\r
 559                     }\r
 560                     else\r
 561                     {\r
 562                       if (inGroup)\r
 563                       {\r
 564                         if (sx >= 0 && sx < imgWidth)\r
 565                           g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);\r
 566 \r
 567                         if (sx + ex < imgWidth)\r
 568                           g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);\r
 569 \r
 570                         if (sx < 0)\r
 571                         {\r
 572                           ex += sx;\r
 573                           sx = 0;\r
 574                         }\r
 575 \r
 576                         if (sx + ex > imgWidth)\r
 577                           ex = imgWidth;\r
 578 \r
 579                         else if (sx + ex >= (x2 - x1 + 1) * av.charWidth)\r
 580                           ex = (x2 - x1 + 1) * av.charWidth;\r
 581 \r
 582                         if (top != -1)\r
 583                         {\r
 584                           g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);\r
 585                           top = -1;\r
 586                         }\r
 587 \r
 588                         if (bottom != -1)\r
 589                         {\r
 590                           g.drawLine(sx, bottom, sx + ex, bottom);\r
 591                           bottom = -1;\r
 592                         }\r
 593 \r
 594                         inGroup = false;\r
 595                         }\r
 596                     }\r
 597                 }\r
 598 \r
 599                 if (inGroup)\r
 600                 {\r
 601                   sy = offset + ( (i - starty) * av.charHeight);\r
 602                   if (sx >= 0 && sx < imgWidth)\r
 603                     g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);\r
 604 \r
 605                   if (sx + ex < imgWidth)\r
 606                     g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);\r
 607 \r
 608                   if (sx < 0)\r
 609                   {\r
 610                     ex += sx;\r
 611                     sx = 0;\r
 612                   }\r
 613 \r
 614                   if (sx + ex > imgWidth)\r
 615                     ex = imgWidth;\r
 616                   else if (sx + ex >= (x2 - x1 + 1) * av.charWidth)\r
 617                     ex = (x2 - x1 + 1) * av.charWidth;\r
 618 \r
 619                   if (top != -1)\r
 620                   {\r
 621                     g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);\r
 622                     top = -1;\r
 623                   }\r
 624 \r
 625                   if (bottom != -1)\r
 626                   {\r
 627                     g.drawLine(sx, bottom - 1, sx + ex, bottom - 1);\r
 628                     bottom = -1;\r
 629                   }\r
 630 \r
 631                     inGroup = false;\r
 632                 }\r
 633 \r
 634                 groupIndex++;\r
 635 \r
 636                 if (groupIndex >= groups.size())\r
 637                 {\r
 638                     break;\r
 639                 }\r
 640 \r
 641                 group = (SequenceGroup) groups.elementAt(groupIndex);\r
 642             }\r
 643             while (groupIndex < groups.size());\r
 644         }\r
 645 \r
 646         /// Highlight search Results once all sequences have been drawn\r
 647         //////////////////////////////////////////////////////////\r
 648         if (displaySearch)\r
 649         {\r
 650             for (int r = 0; r < searchResults.length; r += 3)\r
 651             {\r
 652                 int searchSeq = searchResults[r];\r
 653 \r
 654                 if ((searchSeq >= y1) && (searchSeq < y2))\r
 655                 {\r
 656                     SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(searchSeq);\r
 657 \r
 658                     int searchStart = seq.findIndex(searchResults[r + 1]) - 1;\r
 659                     int searchEnd = seq.findIndex(searchResults[r + 2]) - 1;\r
 660 \r
 661                     SequenceRenderer ssr = (SequenceRenderer) sr;\r
 662 \r
 663                     if (searchStart < x1)\r
 664                     {\r
 665                         searchStart = x1;\r
 666                     }\r
 667 \r
 668                     if (searchEnd > x2)\r
 669                     {\r
 670                         searchEnd = x2;\r
 671                     }\r
 672 \r
 673                     ssr.drawHighlightedText(seq, searchStart, searchEnd,\r
 674                         (searchStart - startx) * av.charWidth,\r
 675                         offset + ((searchSeq - starty) * av.charHeight),\r
 676                         av.charWidth, av.charHeight);\r
 677                 }\r
 678             }\r
 679         }\r
 680     }\r
 681 \r
 682     /**\r
 683      * DOCUMENT ME!\r
 684      *\r
 685      * @param results DOCUMENT ME!\r
 686      */\r
 687     public void highlightSearchResults(int[] results)\r
 688     {\r
 689         // results are in the order sequence, startRes, endRes\r
 690         if (results == null)\r
 691         {\r
 692             displaySearch = false;\r
 693         }\r
 694         else\r
 695         {\r
 696             displaySearch = true;\r
 697         }\r
 698 \r
 699         searchResults = results;\r
 700 \r
 701         repaint();\r
 702     }\r
 703 }\r