src/jalview/gui/SeqCanvas.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import javax.swing.*;\r
   5 import jalview.datamodel.*;\r
   6 import jalview.analysis.*;\r
   7 \r
   8 \r
   9 public class SeqCanvas extends JPanel\r
  10 {\r
  11      FeatureRenderer fr;\r
  12     Image             img;\r
  13     Graphics2D          gg;\r
  14     int               imgWidth;\r
  15     int               imgHeight;\r
  16 \r
  17     AlignViewport     av;\r
  18 \r
  19     boolean showScores = false;\r
  20     boolean displaySearch = false;\r
  21     int [] searchResults = null;\r
  22 \r
  23     int chunkHeight;\r
  24     int chunkWidth;\r
  25 \r
  26     boolean fastPaint = false;\r
  27 \r
  28 \r
  29     public SeqCanvas(AlignViewport av)\r
  30     {\r
  31         this.av         = av;\r
  32        fr = new FeatureRenderer(av);\r
  33        setLayout(new BorderLayout());\r
  34        PaintRefresher.Register(this);\r
  35 \r
  36     }\r
  37 \r
  38   void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx,int ypos) {\r
  39     int scalestartx = startx - startx % 10 + 10;\r
  40 \r
  41     g.setColor(Color.black);\r
  42 \r
  43     // NORTH SCALE\r
  44     for (int i = scalestartx; i < endx; i += 10)\r
  45     {\r
  46       String string = String.valueOf(i);\r
  47       g.drawString(string, (i - startx - 1) * av.charWidth,\r
  48                    ypos - av.charHeight / 2);\r
  49 \r
  50       g.drawLine( (i - startx - 1) * av.charWidth + av.charWidth / 2,\r
  51                  ypos + 2 - av.charHeight / 2,\r
  52                  (i - startx - 1) * av.charWidth + av.charWidth / 2, ypos - 2);\r
  53 \r
  54     }\r
  55   }\r
  56 \r
  57   void drawWestScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
  58   {\r
  59     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
  60     ypos+= av.charHeight;\r
  61       // EAST SCALE\r
  62     for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
  63     {\r
  64       SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
  65       int index = startx;\r
  66       int value = -1;\r
  67       while (index < endx)\r
  68       {\r
  69         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))\r
  70         {\r
  71           index++;\r
  72           continue;\r
  73         }\r
  74 \r
  75         value = av.alignment.getSequenceAt(i).findPosition(index);\r
  76         break;\r
  77       }\r
  78       if(value!=-1)\r
  79       {\r
  80         int x = fm.stringWidth("000") - fm.stringWidth(value+"");\r
  81         g.drawString(value + "", x,  ypos +  i*av.charHeight - av.charHeight/5);\r
  82       }\r
  83     }\r
  84   }\r
  85 \r
  86   void drawEastScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
  87 {\r
  88     ypos+= av.charHeight;\r
  89     // EAST SCALE\r
  90   for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
  91   {\r
  92     SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
  93     int index = endx;\r
  94     int value = -1;\r
  95     while (index > startx)\r
  96     {\r
  97       if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))\r
  98       {\r
  99         index--;\r
 100         continue;\r
 101       }\r
 102 \r
 103       value = av.alignment.getSequenceAt(i).findPosition(index);\r
 104       break;\r
 105     }\r
 106     if(value!=-1)\r
 107        g.drawString(value + "", 0,  ypos +  i*av.charHeight - av.charHeight/5);\r
 108   }\r
 109 \r
 110 }\r
 111 \r
 112 \r
 113 \r
 114 \r
 115 \r
 116 public void fastPaint(int horizontal, int vertical)\r
 117 {\r
 118     if (horizontal == 0 && vertical == 0 || gg==null)\r
 119       return;\r
 120 \r
 121     gg.copyArea(0, 0, imgWidth, imgHeight, -horizontal * av.charWidth,\r
 122                 -vertical * av.charHeight);\r
 123 \r
 124     int sr = av.startRes, er = av.endRes + 1, ss = av.startSeq, es = av.endSeq,\r
 125         transX = 0, transY = 0;\r
 126     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left\r
 127     {\r
 128       transX = (er - sr - horizontal) * av.charWidth;\r
 129       sr = er - horizontal;\r
 130     }\r
 131     else if (horizontal < 0)\r
 132       er = sr - horizontal;\r
 133 \r
 134     else if (vertical > 0) // scroll down\r
 135     {\r
 136       ss = es - vertical;\r
 137       if(ss<av.startSeq) // ie scrolling too fast, more than a page at a time\r
 138         ss = av.startSeq;\r
 139       else\r
 140         transY = imgHeight - vertical * av.charHeight;\r
 141     }\r
 142     else if (vertical < 0)\r
 143     {\r
 144       es = ss - vertical;\r
 145       if(es > av.endSeq)\r
 146         es = av.endSeq;\r
 147     }\r
 148 \r
 149 \r
 150     gg.translate(transX, transY);\r
 151 \r
 152     gg.setColor(Color.white);\r
 153     gg.fillRect(0,0, (er-sr)*av.charWidth, (es-ss)*av.charHeight);\r
 154     drawPanel(gg, sr, er, ss, es, sr, ss, 0);\r
 155     gg.translate( -transX, -transY);\r
 156 \r
 157     fastPaint = true;\r
 158     repaint();\r
 159 \r
 160 }\r
 161 \r
 162 /**\r
 163  * Definitions of startx and endx (hopefully):\r
 164  * SMJS This is what I'm working towards!\r
 165  *   startx is the first residue (starting at 0) to display.\r
 166  *   endx   is the last residue to display (starting at 0).\r
 167  *   starty is the first sequence to display (starting at 0).\r
 168  *   endy   is the last sequence to display (starting at 0).\r
 169  * NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and\r
 170  * in the adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.\r
 171  */\r
 172 \r
 173   public void paintComponent(Graphics g)\r
 174   {\r
 175     g.setColor(Color.white);\r
 176     g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());\r
 177 \r
 178     if (fastPaint)\r
 179     {\r
 180       g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 181       fastPaint = false;\r
 182       return;\r
 183     }\r
 184 \r
 185     // this draws the whole of the alignment\r
 186       imgWidth  = getWidth();\r
 187       imgHeight = getHeight();\r
 188       if(imgWidth==0 || imgHeight==0)\r
 189         return;\r
 190 \r
 191       imgWidth -= imgWidth%av.charWidth;\r
 192       imgHeight-= imgHeight%av.charHeight;\r
 193 \r
 194       img = createImage(imgWidth,imgHeight);\r
 195       gg  = (Graphics2D)img.getGraphics();\r
 196       gg.setFont(av.getFont());\r
 197       gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 198 \r
 199       gg.setColor(Color.white);\r
 200       gg.fillRect(0,0,imgWidth,imgHeight);\r
 201 \r
 202     chunkWidth  =   getWrappedCanvasWidth( getWidth() );\r
 203     chunkHeight =  (av.getAlignment().getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
 204 \r
 205     av.setChunkHeight(chunkHeight);\r
 206     av.setChunkWidth(chunkWidth);\r
 207 \r
 208 \r
 209     if (av.getWrapAlignment())\r
 210       drawWrappedPanel(gg, getWidth(), getHeight(), av.startRes);\r
 211     else\r
 212       drawPanel(gg, av.startRes, av.endRes, av.startSeq, av.endSeq, av.startRes, av.startSeq, 0);\r
 213 \r
 214     g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 215 \r
 216   }\r
 217 \r
 218   public int getWrappedCanvasWidth(int cwidth)\r
 219   {\r
 220     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 221 \r
 222     int LABEL_EAST = 0;\r
 223     if(av.scaleRightWrapped)\r
 224       LABEL_EAST = fm.stringWidth( av.alignment.getWidth()+"000" );\r
 225     int LABEL_WEST = 0;\r
 226     if(av.scaleLeftWrapped)\r
 227       LABEL_WEST = fm.stringWidth( av.alignment.getWidth()+"0" );\r
 228 \r
 229     return  (cwidth - LABEL_EAST -LABEL_WEST)/av.charWidth;\r
 230   }\r
 231 \r
 232   public void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth, int canvasHeight, int startRes)\r
 233   {\r
 234       AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 235 \r
 236       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 237 \r
 238       int LABEL_EAST = 0;\r
 239       if(av.scaleRightWrapped)\r
 240         LABEL_EAST = fm.stringWidth( al.getWidth()+"000" );\r
 241       int LABEL_WEST = 0;\r
 242       if(av.scaleLeftWrapped)\r
 243         LABEL_WEST = fm.stringWidth( al.getWidth()+"0" );\r
 244 \r
 245       int cWidth  =   (canvasWidth - LABEL_EAST -LABEL_WEST)/av.charWidth;\r
 246       int cHeight =  (av.getAlignment().getHeight() + 2)*av.charHeight;\r
 247 \r
 248       int  endx   = startRes+cWidth-1;\r
 249       int  ypos  = 2*av.charHeight;\r
 250 \r
 251 \r
 252       while (ypos <= canvasHeight && endx <al.getWidth())\r
 253       {\r
 254         g.setColor(Color.black);\r
 255 \r
 256         if(av.scaleLeftWrapped)\r
 257           drawWestScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 258 \r
 259         if(av.scaleRightWrapped)\r
 260         {\r
 261           g.translate(canvasWidth - LABEL_EAST +av.charWidth, 0);\r
 262           drawEastScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 263           g.translate( - (canvasWidth - LABEL_EAST+av.charWidth), 0);\r
 264         }\r
 265 \r
 266 \r
 267         g.translate(LABEL_WEST,0);\r
 268         if(av.scaleAboveWrapped)\r
 269           drawNorthScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 270 \r
 271         drawPanel(g, startRes, endx, 0, al.getHeight(), startRes, 0, ypos);\r
 272         g.translate(-LABEL_WEST,0);\r
 273 \r
 274         ypos += cHeight;\r
 275         startRes += cWidth;\r
 276         endx = startRes + cWidth - 1;\r
 277 \r
 278         if (endx > al.getWidth())\r
 279           endx = al.getWidth();\r
 280       }\r
 281 \r
 282   }\r
 283 \r
 284 \r
 285   public void drawPanel(Graphics g1,int x1,int x2, int y1, int y2,int startx, int starty,int offset) {\r
 286 \r
 287     Graphics2D g = (Graphics2D)g1;\r
 288     g.setFont(av.getFont());\r
 289     RendererI sr = av.getRenderer();\r
 290 \r
 291     /*Vector    pid    = av.getConsensus(false);\r
 292     Vector tmpseq = new Vector();\r
 293     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)\r
 294         if (!av.getSelection().contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 295             tmpseq.addElement(av.getAlignment().getSequenceAt(i));\r
 296 \r
 297     if (sr instanceof SequenceRenderer)\r
 298         pid    = AAFrequency.calculate(tmpseq,x1,x2);\r
 299 \r
 300     else if (sr instanceof GraphRenderer)\r
 301         pid = AAFrequency.calculatePID(av.getAlignment().getSequenceAt(0),\r
 302                                        av.getAlignment().getSequences(),\r
 303                                        av.getPIDWindow(),x1,x2);\r
 304 \r
 305 */\r
 306 \r
 307    /* if (y2 > starty && y1 < av.getEndSeq())\r
 308     {\r
 309        fillBackground(g,\r
 310                    Color.red,\r
 311                    (x1-startx)*charWidth,\r
 312                    offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty,y1,av.getCharHeight()),\r
 313                    (x2-x1+1)*charWidth,\r
 314                    offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(y1,y2,av.getCharHeight()));\r
 315     }*/\r
 316 \r
 317     SequenceI nextSeq;\r
 318 \r
 319     /// First draw the sequences\r
 320     /////////////////////////////\r
 321     for (int i = y1 ; i < y2 ;i++)\r
 322     {\r
 323      nextSeq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 324 \r
 325      sr.drawSequence(g, nextSeq, av.alignment.findAllGroups( nextSeq ),x1,x2,\r
 326                  (x1 - startx) * av.charWidth,\r
 327                  offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight),\r
 328                  av.charWidth,av.charHeight,null, i);\r
 329 \r
 330      if(av.showSequenceFeatures)\r
 331      {\r
 332        fr.drawSequence(g, nextSeq, av.alignment.findAllGroups( nextSeq ), x1, x2,\r
 333                        (x1 - startx) * av.charWidth,\r
 334                        offset +\r
 335                        AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight),\r
 336                        av.charWidth, av.charHeight, null, i);\r
 337      }\r
 338     }\r
 339     //\r
 340     /////////////////////////////////////\r
 341 \r
 342     // Now outline any areas if necessary\r
 343     /////////////////////////////////////\r
 344     SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();\r
 345     java.util.Vector groups = av.alignment.getGroups();\r
 346 \r
 347     int sx = -1, sy = -1, ex = -1;\r
 348     int groupIndex = -1;\r
 349     if (group == null && groups.size() > 0)\r
 350     {\r
 351       group = (SequenceGroup) groups.elementAt(0);\r
 352       groupIndex = 0;\r
 353     }\r
 354 \r
 355     if (group != null)\r
 356       do\r
 357       {\r
 358         int oldY = -1;\r
 359         int i = 0;\r
 360         boolean inGroup = false;\r
 361         int top=-1, bottom =-1;\r
 362         for (i = y1; i < y2; i++)\r
 363         {\r
 364           sx = (group.getStartRes() - startx) * av.charWidth;\r
 365           sy = offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight);\r
 366           ex = (group.getEndRes() + 1 - group.getStartRes()) * av.charWidth;\r
 367 \r
 368           if (av.getWrapAlignment())\r
 369           {\r
 370             if (sx < 0)\r
 371               sx = 0;\r
 372 \r
 373             if (ex > getWidth())\r
 374             {\r
 375               if (av.getWrapAlignment())\r
 376                 ex = getWrappedCanvasWidth(getWidth()) * av.charWidth;\r
 377 \r
 378             }\r
 379           }\r
 380           else if(ex>getWidth())\r
 381             ex -= av.charWidth;\r
 382 \r
 383 \r
 384           if (sx < getWidth()\r
 385               && ex > 0\r
 386               && group.sequences.contains(av.alignment.getSequenceAt(i)))\r
 387           {\r
 388             if (bottom == -1 &&\r
 389                 !group.sequences.contains(av.alignment.getSequenceAt(i + 1)))\r
 390               bottom = sy + av.charHeight ;\r
 391 \r
 392             if (!inGroup)\r
 393             {\r
 394               if (top == -1 && i==0 ||\r
 395                   !group.sequences.contains(av.alignment.getSequenceAt(i - 1)))\r
 396                 top = sy;\r
 397 \r
 398 \r
 399               oldY = sy;\r
 400               inGroup = true;\r
 401               if (group == av.getSelectionGroup())\r
 402               {\r
 403                 g.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_BUTT, BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]{5f,3f}, 0f ));\r
 404                 g.setColor(Color.RED);\r
 405               }\r
 406               else\r
 407               {\r
 408                 g.setStroke(new BasicStroke());\r
 409                 g.setColor(group.getOutlineColour());\r
 410               }\r
 411             }\r
 412           }\r
 413           else\r
 414           {\r
 415             if (inGroup)\r
 416             {\r
 417               g.drawLine(sx, oldY, sx, sy );\r
 418               g.drawLine(sx+ex, oldY, sx+ex, sy );\r
 419 \r
 420               if (top != -1)\r
 421               {\r
 422                 g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);\r
 423                 top =-1;\r
 424               }\r
 425               if (bottom != -1)\r
 426               {\r
 427                 g.drawLine(sx, bottom, sx + ex, bottom);\r
 428                 bottom = -1;\r
 429               }\r
 430 \r
 431 \r
 432               inGroup = false;\r
 433             }\r
 434           }\r
 435         }\r
 436 \r
 437         if (inGroup)\r
 438         {\r
 439 \r
 440           if(top!=-1)\r
 441           {\r
 442             g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);\r
 443             top =-1;\r
 444           }\r
 445           if(bottom!=-1)\r
 446            {\r
 447              g.drawLine(sx, bottom-1, sx + ex, bottom-1);\r
 448              bottom = -1;\r
 449 \r
 450            }\r
 451           sy = offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.charHeight);\r
 452           g.drawLine(sx, oldY, sx, sy );\r
 453           g.drawLine(sx+ex, oldY, sx+ex, sy );\r
 454           inGroup = false;\r
 455         }\r
 456         groupIndex++;\r
 457         if (groupIndex >= groups.size())\r
 458           break;\r
 459 \r
 460         group = (SequenceGroup) groups.elementAt(groupIndex);\r
 461 \r
 462       }\r
 463       while (groupIndex < groups.size());\r
 464 \r
 465 \r
 466     /// Highlight search Results once all sequences have been drawn\r
 467     //////////////////////////////////////////////////////////\r
 468     if(displaySearch)\r
 469     {\r
 470       for(int r=0; r<searchResults.length; r+=3)\r
 471       {\r
 472         int searchSeq = searchResults[r];\r
 473         int searchStart = searchResults[r+1];\r
 474         int searchEnd = searchResults[r+2];\r
 475 \r
 476         if (searchSeq >= y1 && searchSeq < y2)\r
 477         {\r
 478           SequenceRenderer ssr = (SequenceRenderer) sr;\r
 479           if(searchStart<x1)\r
 480             searchStart = x1;\r
 481           if(searchEnd > x2)\r
 482             searchEnd = x2;\r
 483           ssr.drawHighlightedText(av.getAlignment().getSequenceAt(searchSeq),\r
 484                                   searchStart,\r
 485                                   searchEnd,\r
 486                                   (searchStart - startx) * av.charWidth,\r
 487                                   offset +\r
 488                                   AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, searchSeq,\r
 489               av.charHeight),\r
 490                                   av.charWidth,\r
 491                                   av.charHeight);\r
 492         }\r
 493       }\r
 494     }\r
 495 \r
 496   }\r
 497 \r
 498 \r
 499 \r
 500   public void highlightSearchResults(int [] results)\r
 501   {\r
 502     // results are in the order sequence, startRes, endRes\r
 503     if(results==null)\r
 504       displaySearch = false;\r
 505     else\r
 506       displaySearch = true;\r
 507 \r
 508     searchResults = results;\r
 509 \r
 510     repaint();\r
 511   }\r
 512 \r
 513 \r
 514 }\r