src/jalview/gui/SeqCanvas.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.image.*;\r
  25 \r
  26 import javax.swing.*;\r
  27 \r
  28 \r
  29 /**\r
  30  * DOCUMENT ME!\r
  31  *\r
  32  * @author $author$\r
  33  * @version $Revision$\r
  34  */\r
  35 public class SeqCanvas extends JComponent\r
  36 {\r
  37     final FeatureRenderer fr;\r
  38     final SequenceRenderer sr;\r
  39     BufferedImage img;\r
  40     Graphics2D gg;\r
  41     int imgWidth;\r
  42     int imgHeight;\r
  43     AlignViewport av;\r
  44     SearchResults searchResults = null;\r
  45     boolean fastPaint = false;\r
  46     int LABEL_WEST;\r
  47     int LABEL_EAST;\r
  48 \r
  49 \r
  50     int cursorX = 0;\r
  51     int cursorY = 0;\r
  52 \r
  53 \r
  54     /**\r
  55      * Creates a new SeqCanvas object.\r
  56      *\r
  57      * @param av DOCUMENT ME!\r
  58      */\r
  59     public SeqCanvas(AlignViewport av)\r
  60     {\r
  61         this.av = av;\r
  62         fr = new FeatureRenderer(av);\r
  63         sr = new SequenceRenderer(av);\r
  64         setLayout(new BorderLayout());\r
  65         PaintRefresher.Register(this, av.alignment);\r
  66         setBackground(Color.white);\r
  67     }\r
  68 \r
  69     MCview.PDBCanvas pdbCanvas;\r
  70     public SequenceRenderer getSequenceRenderer()\r
  71     {\r
  72       return sr;\r
  73     }\r
  74 \r
  75     public FeatureRenderer getFeatureRenderer()\r
  76     {\r
  77       return fr;\r
  78     }\r
  79 \r
  80     public void setPDBCanvas(MCview.PDBCanvas pc)\r
  81     {\r
  82       pdbCanvas = pc;\r
  83     }\r
  84 \r
  85     public AlignViewport getViewport()\r
  86     {\r
  87       return av;\r
  88     }\r
  89 \r
  90 \r
  91     /**\r
  92      * DOCUMENT ME!\r
  93      *\r
  94      * @param g DOCUMENT ME!\r
  95      * @param startx DOCUMENT ME!\r
  96      * @param endx DOCUMENT ME!\r
  97      * @param ypos DOCUMENT ME!\r
  98      */\r
  99     void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
 100     {\r
 101         int scalestartx = startx - (startx % 10) + 10;\r
 102 \r
 103         g.setColor(Color.black);\r
 104 \r
 105         // NORTH SCALE\r
 106         for (int i = scalestartx; i < endx; i += 10)\r
 107         {\r
 108             int value = i;\r
 109             if(av.hasHiddenColumns)\r
 110                 value = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(value);\r
 111 \r
 112             g.drawString( String.valueOf(value), (i - startx - 1) * av.charWidth,\r
 113                 ypos - (av.charHeight / 2));\r
 114 \r
 115             g.drawLine(((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2),\r
 116                 (ypos + 2) - (av.charHeight / 2),\r
 117                 ((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2), ypos -\r
 118                 2);\r
 119         }\r
 120     }\r
 121 \r
 122     /**\r
 123      * DOCUMENT ME!\r
 124      *\r
 125      * @param g DOCUMENT ME!\r
 126      * @param startx DOCUMENT ME!\r
 127      * @param endx DOCUMENT ME!\r
 128      * @param ypos DOCUMENT ME!\r
 129      */\r
 130     void drawWestScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
 131     {\r
 132         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 133         ypos += av.charHeight;\r
 134 \r
 135         if(av.hasHiddenColumns)\r
 136                 startx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(startx);\r
 137 \r
 138         // EAST SCALE\r
 139         for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 140         {\r
 141             SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 142             int index = startx;\r
 143             int value = -1;\r
 144 \r
 145             while (index < endx)\r
 146             {\r
 147                 if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))\r
 148                 {\r
 149                     index++;\r
 150 \r
 151                     continue;\r
 152                 }\r
 153 \r
 154                 value = av.alignment.getSequenceAt(i).findPosition(index);\r
 155 \r
 156                 break;\r
 157             }\r
 158 \r
 159             if (value != -1)\r
 160             {\r
 161                 int x = LABEL_WEST - fm.stringWidth(String.valueOf(value))-av.charWidth/2;\r
 162                 g.drawString(value + "", x,\r
 163                     (ypos + (i * av.charHeight)) - (av.charHeight / 5));\r
 164             }\r
 165         }\r
 166     }\r
 167 \r
 168     /**\r
 169      * DOCUMENT ME!\r
 170      *\r
 171      * @param g DOCUMENT ME!\r
 172      * @param startx DOCUMENT ME!\r
 173      * @param endx DOCUMENT ME!\r
 174      * @param ypos DOCUMENT ME!\r
 175      */\r
 176     void drawEastScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
 177     {\r
 178         ypos += av.charHeight;\r
 179 \r
 180         if(av.hasHiddenColumns)\r
 181                 endx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(endx);\r
 182 \r
 183         SequenceI seq;\r
 184         // EAST SCALE\r
 185         for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 186         {\r
 187             seq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 188             int index = endx;\r
 189             int value = -1;\r
 190 \r
 191             while (index > startx)\r
 192             {\r
 193                 if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))\r
 194                 {\r
 195                     index--;\r
 196 \r
 197                     continue;\r
 198                 }\r
 199 \r
 200                 value = seq.findPosition(index);\r
 201 \r
 202                 break;\r
 203             }\r
 204 \r
 205             if (value != -1)\r
 206             {\r
 207                 g.drawString(String.valueOf(value), 0,\r
 208                     (ypos + (i * av.charHeight)) - (av.charHeight / 5));\r
 209             }\r
 210         }\r
 211     }\r
 212 \r
 213     /**\r
 214      * DOCUMENT ME!\r
 215      *\r
 216      * @param horizontal DOCUMENT ME!\r
 217      * @param vertical DOCUMENT ME!\r
 218      */\r
 219     public void fastPaint(int horizontal, int vertical)\r
 220     {\r
 221         if (gg == null)\r
 222         {\r
 223             return;\r
 224         }\r
 225 \r
 226 \r
 227         fastPaint = true;\r
 228 \r
 229         gg.copyArea(horizontal * av.charWidth,\r
 230                     vertical * av.charHeight,\r
 231                     imgWidth,\r
 232                     imgHeight,\r
 233                     -horizontal * av.charWidth,\r
 234                     -vertical * av.charHeight);\r
 235 \r
 236         int sr = av.startRes;\r
 237         int er = av.endRes;\r
 238         int ss = av.startSeq;\r
 239         int es = av.endSeq;\r
 240         int transX = 0;\r
 241         int transY = 0;\r
 242 \r
 243 \r
 244         if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left\r
 245         {\r
 246             er ++;\r
 247             transX = (er - sr - horizontal) * av.charWidth;\r
 248             sr = er - horizontal;\r
 249         }\r
 250         else if (horizontal < 0)\r
 251         {\r
 252             er = sr - horizontal-1;\r
 253         }\r
 254         else if (vertical > 0) // scroll down\r
 255         {\r
 256             ss = es - vertical;\r
 257 \r
 258             if (ss < av.startSeq)\r
 259             { // ie scrolling too fast, more than a page at a time\r
 260                 ss = av.startSeq;\r
 261             }\r
 262             else\r
 263             {\r
 264                 transY = imgHeight - (vertical * av.charHeight);\r
 265             }\r
 266         }\r
 267         else if (vertical < 0)\r
 268         {\r
 269             es = ss - vertical;\r
 270 \r
 271             if (es > av.endSeq)\r
 272             {\r
 273                 es = av.endSeq;\r
 274             }\r
 275         }\r
 276 \r
 277         gg.translate(transX, transY);\r
 278         drawPanel(gg, sr, er, ss, es, 0);\r
 279         gg.translate(-transX, -transY);\r
 280 \r
 281         repaint();\r
 282     }\r
 283 \r
 284     /**\r
 285      * Definitions of startx and endx (hopefully):\r
 286      * SMJS This is what I'm working towards!\r
 287      *   startx is the first residue (starting at 0) to display.\r
 288      *   endx   is the last residue to display (starting at 0).\r
 289      *   starty is the first sequence to display (starting at 0).\r
 290      *   endy   is the last sequence to display (starting at 0).\r
 291      * NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and\r
 292      * in the adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.\r
 293      */\r
 294 \r
 295     // Set this to false to force a full panel paint\r
 296     public void paintComponent(Graphics g)\r
 297     {\r
 298         super.paintComponent(g);\r
 299 \r
 300 \r
 301 \r
 302         if ( img != null && (fastPaint\r
 303              || (getVisibleRect().width != g.getClipBounds().width)\r
 304              || (getVisibleRect().height != g.getClipBounds().height)))\r
 305         {\r
 306             g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 307             fastPaint = false;\r
 308             return;\r
 309         }\r
 310 \r
 311 \r
 312         // this draws the whole of the alignment\r
 313         imgWidth = getWidth();\r
 314         imgHeight = getHeight();\r
 315 \r
 316         imgWidth -= (imgWidth % av.charWidth);\r
 317         imgHeight -= (imgHeight % av.charHeight);\r
 318 \r
 319         if ((imgWidth < 1) || (imgHeight < 1))\r
 320         {\r
 321             return;\r
 322         }\r
 323 \r
 324         img = new BufferedImage(imgWidth, imgHeight, BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 325         gg = (Graphics2D) img.getGraphics();\r
 326         gg.setFont(av.getFont());\r
 327 \r
 328         if (av.antiAlias)\r
 329           gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 330                               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 331 \r
 332         gg.setColor(Color.white);\r
 333         gg.fillRect(0, 0, imgWidth, imgHeight);\r
 334 \r
 335 \r
 336         if (av.getWrapAlignment())\r
 337         {\r
 338             drawWrappedPanel(gg, getWidth(), getHeight(), av.startRes);\r
 339         }\r
 340         else\r
 341         {\r
 342             drawPanel(gg, av.startRes, av.endRes, av.startSeq, av.endSeq, 0);\r
 343         }\r
 344 \r
 345         g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 346 \r
 347         if (pdbCanvas != null)\r
 348         {\r
 349            pdbCanvas.updateSeqColours();\r
 350         }\r
 351 \r
 352     }\r
 353 \r
 354     /**\r
 355      * DOCUMENT ME!\r
 356      *\r
 357      * @param cwidth DOCUMENT ME!\r
 358      *\r
 359      * @return DOCUMENT ME!\r
 360      */\r
 361     public int getWrappedCanvasWidth(int cwidth)\r
 362     {\r
 363         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 364 \r
 365         LABEL_EAST = 0;\r
 366         LABEL_WEST = 0;\r
 367 \r
 368         if (av.scaleRightWrapped)\r
 369         {\r
 370             LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());\r
 371         }\r
 372 \r
 373         if (av.scaleLeftWrapped)\r
 374         {\r
 375             LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());\r
 376         }\r
 377 \r
 378         return (cwidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / av.charWidth;\r
 379     }\r
 380 \r
 381 \r
 382     /**\r
 383      * Generates a string of zeroes.\r
 384      * @return String\r
 385      */\r
 386     String getMask()\r
 387     {\r
 388       String mask = "00";\r
 389       for (int i = av.alignment.getWidth(); i > 0; i /= 10)\r
 390       {\r
 391         mask += "0";\r
 392       }\r
 393       return mask;\r
 394     }\r
 395 \r
 396     /**\r
 397      * DOCUMENT ME!\r
 398      *\r
 399      * @param g DOCUMENT ME!\r
 400      * @param canvasWidth DOCUMENT ME!\r
 401      * @param canvasHeight DOCUMENT ME!\r
 402      * @param startRes DOCUMENT ME!\r
 403      */\r
 404     public void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth, int canvasHeight,\r
 405         int startRes)\r
 406     {\r
 407 \r
 408         AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 409 \r
 410         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 411 \r
 412         int LABEL_EAST = 0;\r
 413 \r
 414         if (av.scaleRightWrapped)\r
 415         {\r
 416             LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());\r
 417         }\r
 418 \r
 419         int LABEL_WEST = 0;\r
 420 \r
 421         if (av.scaleLeftWrapped)\r
 422         {\r
 423             LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());\r
 424         }\r
 425 \r
 426         int hgap = av.charHeight;\r
 427         if(av.scaleAboveWrapped)\r
 428           hgap += av.charHeight;\r
 429 \r
 430         int cWidth = (canvasWidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / av.charWidth;\r
 431         int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight;\r
 432 \r
 433         av.setWrappedWidth(cWidth);\r
 434 \r
 435         av.endRes = av.startRes + cWidth;\r
 436 \r
 437 \r
 438         int endx;\r
 439         int ypos = hgap;\r
 440 \r
 441         while ((ypos <= canvasHeight) && (startRes < av.alignment.getWidth()))\r
 442         {\r
 443           endx = startRes + cWidth -1;\r
 444 \r
 445           if (endx > al.getWidth())\r
 446           {\r
 447             endx = al.getWidth();\r
 448           }\r
 449 \r
 450             g.setFont(av.getFont());\r
 451             g.setColor(Color.black);\r
 452 \r
 453             if (av.scaleLeftWrapped)\r
 454             {\r
 455                 drawWestScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 456             }\r
 457 \r
 458             if (av.scaleRightWrapped)\r
 459             {\r
 460                 g.translate(canvasWidth - LABEL_EAST, 0);\r
 461                 drawEastScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 462                 g.translate(-(canvasWidth - LABEL_EAST), 0);\r
 463             }\r
 464 \r
 465             g.translate(LABEL_WEST, 0);\r
 466 \r
 467             if (av.scaleAboveWrapped)\r
 468             {\r
 469                 drawNorthScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 470             }\r
 471 \r
 472             // When printing we have an extra clipped region,\r
 473             // the Printable page which we need to account for here\r
 474             Shape clip = g.getClip();\r
 475 \r
 476             if (clip == null)\r
 477             {\r
 478                 g.setClip(0, 0, cWidth * av.charWidth, canvasHeight);\r
 479             }\r
 480             else\r
 481             {\r
 482                 g.setClip(0, (int) clip.getBounds().getY(),\r
 483                     cWidth * av.charWidth, (int) clip.getBounds().getHeight());\r
 484             }\r
 485 \r
 486             drawPanel(g, startRes, endx, 0, al.getHeight(), ypos);\r
 487 \r
 488             if(av.showAnnotation)\r
 489             {\r
 490               g.translate(0, cHeight + ypos + 3);\r
 491               if(annotations==null)\r
 492                 annotations = new AnnotationPanel(av);\r
 493 \r
 494               annotations.drawComponent( (Graphics2D) g, startRes, endx+1);\r
 495               g.translate(0, -cHeight - ypos);\r
 496             }\r
 497             g.setClip(clip);\r
 498             g.translate(-LABEL_WEST, 0);\r
 499 \r
 500             ypos += cHeight+getAnnotationHeight()+hgap;\r
 501             if(av.showAnnotation)\r
 502               ypos -= 3;\r
 503 \r
 504             startRes += cWidth;\r
 505         }\r
 506     }\r
 507 \r
 508     AnnotationPanel annotations;\r
 509     int getAnnotationHeight()\r
 510     {\r
 511       if(!av.showAnnotation)\r
 512         return 0;\r
 513 \r
 514       if(annotations==null)\r
 515         annotations = new AnnotationPanel(av);\r
 516 \r
 517       return annotations.adjustPanelHeight();\r
 518     }\r
 519 \r
 520     /**\r
 521      * DOCUMENT ME!\r
 522      *\r
 523      * @param g1 DOCUMENT ME!\r
 524      * @param startRes DOCUMENT ME!\r
 525      * @param endRes DOCUMENT ME!\r
 526      * @param startSeq DOCUMENT ME!\r
 527      * @param endSeq DOCUMENT ME!\r
 528      * @param offset DOCUMENT ME!\r
 529      */\r
 530     void drawPanel(Graphics g1, int startRes, int endRes,\r
 531                     int startSeq, int endSeq, int offset)\r
 532     {\r
 533       if(!av.hasHiddenColumns)\r
 534       {\r
 535         draw(g1, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);\r
 536       }\r
 537       else\r
 538       {\r
 539         java.util.Vector regions = av.getColumnSelection().getHiddenColumns();\r
 540 \r
 541         int screenY = 0;\r
 542         int blockStart = startRes;\r
 543         int blockEnd = endRes;\r
 544 \r
 545         for (int i = 0; i < regions.size(); i++)\r
 546         {\r
 547           int[] region = (int[]) regions.elementAt(i);\r
 548           int hideStart = region[0];\r
 549           int hideEnd = region[1];\r
 550 \r
 551           if (hideStart <= blockStart)\r
 552           {\r
 553             blockStart += (hideEnd - hideStart) + 1;\r
 554             continue;\r
 555           }\r
 556 \r
 557           blockEnd = hideStart - 1;\r
 558 \r
 559           g1.translate(screenY * av.charWidth, 0);\r
 560 \r
 561           draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);\r
 562 \r
 563           g1.setColor(Color.blue);\r
 564           g1.drawLine( (blockEnd - blockStart + 1) * av.charWidth - 1,\r
 565                       startSeq + offset,\r
 566                       (blockEnd - blockStart + 1) * av.charWidth - 1,\r
 567                       startSeq + (endSeq - startSeq) * av.charHeight + offset);\r
 568           g1.drawLine( (blockEnd - blockStart + 1) * av.charWidth,\r
 569                       startSeq + offset,\r
 570                       (blockEnd - blockStart + 1) * av.charWidth,\r
 571                       startSeq + (endSeq - startSeq) * av.charHeight + offset);\r
 572 \r
 573           g1.translate( -screenY * av.charWidth, 0);\r
 574           screenY += blockEnd - blockStart + 1;\r
 575           blockStart = hideEnd + 1;\r
 576         }\r
 577 \r
 578         if (screenY <= (endRes - startRes))\r
 579         {\r
 580           blockEnd = blockStart + (endRes - startRes) - screenY;\r
 581           g1.translate(screenY * av.charWidth, 0);\r
 582           draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);\r
 583           g1.translate( -screenY * av.charWidth, 0);\r
 584         }\r
 585       }\r
 586 \r
 587     }\r
 588 \r
 589 \r
 590 \r
 591 \r
 592     //int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq, int x, int y,\r
 593     // int x1, int x2, int y1, int y2, int startx, int starty,\r
 594     void draw(Graphics g1,\r
 595                    int startRes, int endRes,\r
 596                    int startSeq, int endSeq,\r
 597                    int offset)\r
 598    {\r
 599 \r
 600 \r
 601       Graphics2D g = (Graphics2D) g1;\r
 602       g.setFont(av.getFont());\r
 603       sr.prepare(g, av.renderGaps);\r
 604 \r
 605       SequenceI nextSeq;\r
 606 \r
 607         /// First draw the sequences\r
 608         /////////////////////////////\r
 609         for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)\r
 610         {\r
 611             nextSeq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 612 \r
 613             sr.drawSequence(nextSeq, av.alignment.findAllGroups(nextSeq),\r
 614                             startRes, endRes,\r
 615                             offset + ( (i - startSeq) * av.charHeight));\r
 616 \r
 617             if (av.showSequenceFeatures)\r
 618             {\r
 619                 fr.drawSequence(g1, nextSeq, startRes, endRes,\r
 620                     offset + ((i - startSeq) * av.charHeight));\r
 621             }\r
 622 \r
 623             /// Highlight search Results once all sequences have been drawn\r
 624             //////////////////////////////////////////////////////////\r
 625             if (searchResults != null)\r
 626             {\r
 627               int[] visibleResults = searchResults.getResults(nextSeq, startRes, endRes);\r
 628               if (visibleResults != null)\r
 629                 for (int r = 0; r < visibleResults.length; r += 2)\r
 630                 {\r
 631                   sr.drawHighlightedText(nextSeq, visibleResults[r],\r
 632                                          visibleResults[r + 1],\r
 633                                          (visibleResults[r] - startRes) * av.charWidth,\r
 634                                          offset + ( (i - startSeq) * av.charHeight));\r
 635                 }\r
 636             }\r
 637 \r
 638             if(av.cursorMode && cursorY==i\r
 639                && cursorX>=startRes && cursorX<=endRes)\r
 640             {\r
 641               sr.drawCursor(nextSeq, cursorX, (cursorX - startRes) * av.charWidth,\r
 642                             offset + ( (i - startSeq) * av.charHeight));\r
 643             }\r
 644           }\r
 645 \r
 646         //\r
 647         /////////////////////////////////////\r
 648         // Now outline any areas if necessary\r
 649         /////////////////////////////////////\r
 650         SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();\r
 651 \r
 652         int sx = -1;\r
 653         int sy = -1;\r
 654         int ex = -1;\r
 655         int groupIndex = -1;\r
 656 \r
 657         if ((group == null) && (av.alignment.getGroups().size() > 0))\r
 658         {\r
 659             group = (SequenceGroup) av.alignment.getGroups().elementAt(0);\r
 660             groupIndex = 0;\r
 661         }\r
 662 \r
 663         if (group != null)\r
 664         {\r
 665             do\r
 666             {\r
 667                 int oldY = -1;\r
 668                 int i = 0;\r
 669                 boolean inGroup = false;\r
 670                 int top = -1;\r
 671                 int bottom = -1;\r
 672 \r
 673                 for (i = startSeq; i < endSeq; i++)\r
 674                 {\r
 675                     sx = (group.getStartRes() - startRes) * av.charWidth;\r
 676                     sy = offset + ((i - startSeq) * av.charHeight);\r
 677                     ex = (((group.getEndRes() + 1) - group.getStartRes()) * av.charWidth) -\r
 678                         1;\r
 679 \r
 680                     if(sx+ex<0 || sx>imgWidth)\r
 681                     {\r
 682                       continue;\r
 683                     }\r
 684 \r
 685                     if ( (sx <= (endRes-startRes)*av.charWidth) &&\r
 686                             group.sequences.contains(av.alignment.getSequenceAt(\r
 687                                     i)))\r
 688                     {\r
 689                         if ((bottom == -1) &&\r
 690                                 !group.sequences.contains(\r
 691                                     av.alignment.getSequenceAt(i + 1)))\r
 692                         {\r
 693                             bottom = sy + av.charHeight;\r
 694                         }\r
 695 \r
 696                         if (!inGroup)\r
 697                         {\r
 698                             if (((top == -1) && (i == 0)) ||\r
 699                                     !group.sequences.contains(\r
 700                                         av.alignment.getSequenceAt(i - 1)))\r
 701                             {\r
 702                                 top = sy;\r
 703                             }\r
 704 \r
 705                             oldY = sy;\r
 706                             inGroup = true;\r
 707 \r
 708                             if (group == av.getSelectionGroup())\r
 709                             {\r
 710                                 g.setStroke(new BasicStroke(1,\r
 711                                         BasicStroke.CAP_BUTT,\r
 712                                         BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f,\r
 713                                         new float[] { 5f, 3f }, 0f));\r
 714                                 g.setColor(Color.RED);\r
 715                             }\r
 716                             else\r
 717                             {\r
 718                                 g.setStroke(new BasicStroke());\r
 719                                 g.setColor(group.getOutlineColour());\r
 720                             }\r
 721                         }\r
 722                     }\r
 723                     else\r
 724                     {\r
 725                       if (inGroup)\r
 726                       {\r
 727                         if (sx >= 0 && sx < imgWidth)\r
 728                           g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);\r
 729 \r
 730                         if (sx + ex < imgWidth)\r
 731                           g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);\r
 732 \r
 733                         if (sx < 0)\r
 734                         {\r
 735                           ex += sx;\r
 736                           sx = 0;\r
 737                         }\r
 738 \r
 739                         if (sx + ex > imgWidth)\r
 740                           ex = imgWidth;\r
 741 \r
 742                         else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * av.charWidth)\r
 743                           ex = (endRes - startRes + 1) * av.charWidth;\r
 744 \r
 745                         if (top != -1)\r
 746                         {\r
 747                           g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);\r
 748                           top = -1;\r
 749                         }\r
 750 \r
 751                         if (bottom != -1)\r
 752                         {\r
 753                           g.drawLine(sx, bottom, sx + ex, bottom);\r
 754                           bottom = -1;\r
 755                         }\r
 756 \r
 757                         inGroup = false;\r
 758                         }\r
 759                     }\r
 760                 }\r
 761 \r
 762                 if (inGroup)\r
 763                 {\r
 764                   sy = offset + ( (i - startSeq) * av.charHeight);\r
 765                   if (sx >= 0 && sx < imgWidth)\r
 766                     g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);\r
 767 \r
 768                   if (sx + ex < imgWidth)\r
 769                     g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);\r
 770 \r
 771                   if (sx < 0)\r
 772                   {\r
 773                     ex += sx;\r
 774                     sx = 0;\r
 775                   }\r
 776 \r
 777                   if (sx + ex > imgWidth)\r
 778                     ex = imgWidth;\r
 779                   else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * av.charWidth)\r
 780                     ex = (endRes - startRes + 1) * av.charWidth;\r
 781 \r
 782                   if (top != -1)\r
 783                   {\r
 784                     g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);\r
 785                     top = -1;\r
 786                   }\r
 787 \r
 788                   if (bottom != -1)\r
 789                   {\r
 790                     g.drawLine(sx, bottom - 1, sx + ex, bottom - 1);\r
 791                     bottom = -1;\r
 792                   }\r
 793 \r
 794                     inGroup = false;\r
 795                 }\r
 796 \r
 797                 groupIndex++;\r
 798 \r
 799                 if (groupIndex >= av.alignment.getGroups().size())\r
 800                 {\r
 801                     break;\r
 802                 }\r
 803 \r
 804                 group = (SequenceGroup) av.alignment.getGroups().elementAt(groupIndex);\r
 805             }\r
 806             while (groupIndex < av.alignment.getGroups().size());\r
 807         }\r
 808     }\r
 809 \r
 810     /**\r
 811      * DOCUMENT ME!\r
 812      *\r
 813      * @param results DOCUMENT ME!\r
 814      */\r
 815     public void highlightSearchResults(SearchResults results)\r
 816     {\r
 817         img = null;\r
 818 \r
 819         searchResults = results;\r
 820 \r
 821         repaint();\r
 822     }\r
 823 }\r