src/jalview/gui/SeqPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.schemes.*;\r
  24 \r
  25 import java.awt.*;\r
  26 import java.awt.event.*;\r
  27 \r
  28 import javax.swing.*;\r
  29 \r
  30 \r
  31 /**\r
  32  * DOCUMENT ME!\r
  33  *\r
  34  * @author $author$\r
  35  * @version $Revision$\r
  36  */\r
  37 public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,\r
  38     MouseMotionListener, MouseWheelListener\r
  39 \r
  40 {\r
  41     /** DOCUMENT ME!! */\r
  42     public SeqCanvas seqCanvas;\r
  43 \r
  44     /** DOCUMENT ME!! */\r
  45     public AlignmentPanel ap;\r
  46     protected int lastres;\r
  47     protected int startseq;\r
  48     protected AlignViewport av;\r
  49 \r
  50     // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  51     boolean seqEditOccurred = false;\r
  52     ScrollThread scrollThread = null;\r
  53     boolean mouseDragging = false;\r
  54     boolean editingSeqs = false;\r
  55     boolean groupEditing = false;\r
  56 \r
  57     //////////////////////////////////////////\r
  58     /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
  59     //////////////////////////////////////////\r
  60     int oldSeq = -1;\r
  61     boolean changeEndSeq = false;\r
  62     boolean changeStartSeq = false;\r
  63     boolean changeEndRes = false;\r
  64     boolean changeStartRes = false;\r
  65     SequenceGroup stretchGroup = null;\r
  66     boolean remove = false;\r
  67 \r
  68     Point lastMousePress;\r
  69     boolean mouseWheelPressed = false;\r
  70     StringBuffer keyboardNo1;\r
  71     StringBuffer keyboardNo2;\r
  72 \r
  73     /**\r
  74      * Creates a new SeqPanel object.\r
  75      *\r
  76      * @param avp DOCUMENT ME!\r
  77      * @param p DOCUMENT ME!\r
  78      */\r
  79     public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)\r
  80     {\r
  81         ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
  82         ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);\r
  83         ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);\r
  84         this.av = avp;\r
  85         setBackground(Color.white);\r
  86 \r
  87         seqCanvas = new SeqCanvas(avp);\r
  88         setLayout(new BorderLayout());\r
  89         add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  90 \r
  91         ap = p;\r
  92 \r
  93         if(!av.isDataset())\r
  94         {\r
  95           addMouseMotionListener(this);\r
  96           addMouseListener(this);\r
  97           addMouseWheelListener(this);\r
  98         }\r
  99     }\r
 100 \r
 101     int startWrapBlock=-1;\r
 102     int wrappedBlock=-1;\r
 103     int findRes(MouseEvent evt)\r
 104    {\r
 105      int res = 0;\r
 106      int x = evt.getX();\r
 107 \r
 108     if (av.wrapAlignment)\r
 109     {\r
 110 \r
 111       int hgap = av.charHeight;\r
 112       if (av.scaleAboveWrapped)\r
 113         hgap += av.charHeight;\r
 114 \r
 115       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 116           + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 117 \r
 118         int y = evt.getY();\r
 119         y -= hgap;\r
 120         x -= seqCanvas.LABEL_WEST;\r
 121 \r
 122 \r
 123         int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(this.getWidth());\r
 124 \r
 125         wrappedBlock = y / cHeight;\r
 126         wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;\r
 127 \r
 128         res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();\r
 129 \r
 130     }\r
 131     else\r
 132     {\r
 133         res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 134     }\r
 135 \r
 136     if(av.hasHiddenColumns)\r
 137           res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 138 \r
 139     return res;\r
 140 \r
 141    }\r
 142 \r
 143    int findSeq(MouseEvent evt)\r
 144    {\r
 145 \r
 146      int seq = 0;\r
 147      int y = evt.getY();\r
 148 \r
 149      if (av.wrapAlignment)\r
 150      {\r
 151        int hgap = av.charHeight;\r
 152        if (av.scaleAboveWrapped)\r
 153          hgap += av.charHeight;\r
 154 \r
 155        int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 156            + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 157 \r
 158          y -= hgap;\r
 159 \r
 160        seq = ( (y % cHeight) / av.getCharHeight());\r
 161      }\r
 162      else\r
 163      {\r
 164        seq = (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq();\r
 165      }\r
 166 \r
 167      return seq;\r
 168    }\r
 169 \r
 170    void endEditing()\r
 171    {\r
 172      startseq = -1;\r
 173      lastres = -1;\r
 174      seqEditOccurred = false;\r
 175      editingSeqs = false;\r
 176      groupEditing = false;\r
 177      keyboardNo1 = null;\r
 178      keyboardNo2 = null;\r
 179     }\r
 180 \r
 181     void setCursorRow()\r
 182     {\r
 183       seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo(keyboardNo1)-1;\r
 184       scrollToVisible();\r
 185     }\r
 186 \r
 187     void setCursorColumn()\r
 188     {\r
 189       seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo(keyboardNo1)-1;\r
 190       scrollToVisible();\r
 191     }\r
 192 \r
 193     void setCursorRowAndColumn()\r
 194     {\r
 195       if(keyboardNo2==null)\r
 196       {\r
 197         keyboardNo2 = new StringBuffer();\r
 198       }\r
 199       else\r
 200       {\r
 201         seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo(keyboardNo1) - 1;\r
 202         seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo(keyboardNo2) - 1;\r
 203         scrollToVisible();\r
 204       }\r
 205     }\r
 206 \r
 207     void setCursorPosition()\r
 208     {\r
 209       SequenceI sequence =\r
 210           (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 211 \r
 212       seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(\r
 213           getKeyboardNo(keyboardNo1)-1\r
 214           );\r
 215       scrollToVisible();\r
 216     }\r
 217 \r
 218     void moveCursor(int dx, int dy)\r
 219     {\r
 220       seqCanvas.cursorX += dx;\r
 221       seqCanvas.cursorY += dy;\r
 222       scrollToVisible();\r
 223     }\r
 224 \r
 225     void scrollToVisible()\r
 226     {\r
 227       if (seqCanvas.cursorX < 0)\r
 228         seqCanvas.cursorX = 0;\r
 229       else if (seqCanvas.cursorX > av.alignment.getWidth() - 1)\r
 230         seqCanvas.cursorX = av.alignment.getWidth() - 1;\r
 231 \r
 232       if (seqCanvas.cursorY < 0)\r
 233         seqCanvas.cursorY = 0;\r
 234       else if (seqCanvas.cursorY > av.alignment.getHeight() - 1)\r
 235         seqCanvas.cursorY = av.alignment.getHeight() - 1;\r
 236 \r
 237 \r
 238       endEditing();\r
 239       if(av.wrapAlignment)\r
 240       {\r
 241         ap.scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);\r
 242       }\r
 243       else\r
 244       {\r
 245         while (seqCanvas.cursorY < av.startSeq)\r
 246         {\r
 247           ap.scrollUp(true);\r
 248         }\r
 249         while (seqCanvas.cursorY + 1 > av.endSeq)\r
 250         {\r
 251           ap.scrollUp(false);\r
 252         }\r
 253         if (!av.wrapAlignment)\r
 254         {\r
 255           while (seqCanvas.cursorX < av.startRes)\r
 256           {\r
 257             if (!ap.scrollRight(false))\r
 258               break;\r
 259           }\r
 260           while (seqCanvas.cursorX > av.endRes)\r
 261           {\r
 262             if (!ap.scrollRight(true))\r
 263               break;\r
 264           }\r
 265         }\r
 266       }\r
 267       setStatusMessage(av.alignment.getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),\r
 268                        seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);\r
 269 \r
 270       seqCanvas.repaint();\r
 271     }\r
 272 \r
 273     void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)\r
 274     {\r
 275       SequenceI sequence =\r
 276           (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 277 \r
 278       if(av.getSelectionGroup()!=null)\r
 279       {\r
 280         SequenceGroup sg = av.selectionGroup;\r
 281         //Find the top and bottom of this group\r
 282         int min = av.alignment.getHeight(), max = 0;\r
 283         for(int i=0; i<sg.getSize(); i++)\r
 284         {\r
 285           int index = av.alignment.findIndex( sg.getSequenceAt(i) );\r
 286           if(index > max)\r
 287             max = index;\r
 288           if(index < min)\r
 289             min = index;\r
 290         }\r
 291 \r
 292         max ++;\r
 293 \r
 294         if(topLeft)\r
 295         {\r
 296           sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 297           if(sg.getEndRes()<seqCanvas.cursorX)\r
 298             sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 299 \r
 300           min = seqCanvas.cursorY;\r
 301         }\r
 302         else\r
 303         {\r
 304           sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 305           if(sg.getStartRes()>seqCanvas.cursorX)\r
 306             sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 307 \r
 308           max = seqCanvas.cursorY+1;\r
 309         }\r
 310 \r
 311         if(min>max)\r
 312         {\r
 313           // Only the user can do this\r
 314           av.setSelectionGroup(null);\r
 315         }\r
 316         else\r
 317         {\r
 318           // Now add any sequences between min and max\r
 319           sg.sequences.clear();\r
 320           for (int i = min; i < max; i++)\r
 321           {\r
 322             sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(i), false);\r
 323           }\r
 324         }\r
 325       }\r
 326 \r
 327       if (av.getSelectionGroup() == null)\r
 328       {\r
 329         SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 330         sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 331         sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 332         sg.addSequence(sequence, false);\r
 333         av.setSelectionGroup(sg);\r
 334       }\r
 335 \r
 336 \r
 337       ap.repaint();\r
 338     }\r
 339 \r
 340     void insertGapAtCursor(boolean group)\r
 341     {\r
 342       ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 343                                                    av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 344       groupEditing = group;\r
 345       startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 346       lastres = seqCanvas.cursorX;\r
 347       editSequence(true, seqCanvas.cursorX+getKeyboardNo(keyboardNo1));\r
 348       editOccurred();\r
 349     }\r
 350 \r
 351     void deleteGapAtCursor(boolean group)\r
 352     {\r
 353       ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 354                                                    av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 355       groupEditing = group;\r
 356       startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 357       lastres = seqCanvas.cursorX+getKeyboardNo(keyboardNo1);\r
 358       editSequence(false, seqCanvas.cursorX);\r
 359       editOccurred();\r
 360     }\r
 361 \r
 362     void numberPressed(char value)\r
 363     {\r
 364       if(keyboardNo1==null)\r
 365         keyboardNo1 = new StringBuffer();\r
 366 \r
 367       if(keyboardNo2!=null)\r
 368         keyboardNo2.append(value);\r
 369       else\r
 370         keyboardNo1.append(value);\r
 371     }\r
 372 \r
 373     int getKeyboardNo(StringBuffer kb)\r
 374     {\r
 375       if(kb==null)\r
 376         return 1;\r
 377       else\r
 378         return Integer.parseInt(kb.toString());\r
 379     }\r
 380 \r
 381 \r
 382     /**\r
 383      * DOCUMENT ME!\r
 384      *\r
 385      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 386      */\r
 387     public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 388     {\r
 389       mouseDragging = false;\r
 390       mouseWheelPressed = false;\r
 391 \r
 392       if (!editingSeqs)\r
 393       {\r
 394          doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
 395          return;\r
 396       }\r
 397 \r
 398        editOccurred();\r
 399 \r
 400        endEditing();\r
 401        ap.repaint();\r
 402     }\r
 403 \r
 404 \r
 405 \r
 406     /**\r
 407      * DOCUMENT ME!\r
 408      *\r
 409      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 410      */\r
 411     public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 412     {\r
 413       lastMousePress = evt.getPoint();\r
 414 \r
 415       if (javax.swing.SwingUtilities.isMiddleMouseButton(evt))\r
 416       {\r
 417         mouseWheelPressed = true;\r
 418         return;\r
 419       }\r
 420 \r
 421       if (evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() ||\r
 422           evt.isControlDown())\r
 423       {\r
 424         if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 425         {\r
 426           groupEditing = true;\r
 427         }\r
 428         editingSeqs = true;\r
 429       }\r
 430       else\r
 431       {\r
 432         doMousePressedDefineMode(evt);\r
 433         return;\r
 434       }\r
 435 \r
 436 \r
 437 \r
 438       int seq = findSeq(evt);\r
 439       int res = findRes(evt);\r
 440 \r
 441       if(seq<0 || res<0)\r
 442         return;\r
 443 \r
 444       ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 445                                                          av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 446 \r
 447         if ((seq < av.getAlignment().getHeight()) &&\r
 448                 (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))\r
 449         {\r
 450             startseq = seq;\r
 451             lastres = res;\r
 452         }\r
 453         else\r
 454         {\r
 455             startseq = -1;\r
 456             lastres = -1;\r
 457         }\r
 458 \r
 459         return;\r
 460     }\r
 461 \r
 462     /**\r
 463      * DOCUMENT ME!\r
 464      *\r
 465      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 466      */\r
 467     public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 468     {\r
 469       if (editingSeqs)\r
 470       {\r
 471        // This is because MacOSX creates a mouseMoved\r
 472        // If control is down, other platforms will not.\r
 473        mouseDragged(evt);\r
 474       }\r
 475 \r
 476       int res = findRes(evt);\r
 477       int seq = findSeq(evt);\r
 478 \r
 479 \r
 480       if(res<0 || seq<0 || seq >= av.getAlignment().getHeight())\r
 481             return;\r
 482 \r
 483       SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 484 \r
 485       if (res > sequence.getLength())\r
 486       {\r
 487         return;\r
 488       }\r
 489 \r
 490       if(seqCanvas.pdbCanvas!=null && sequence==seqCanvas.pdbCanvas.sequence)\r
 491       {\r
 492         seqCanvas.pdbCanvas.highlightRes(sequence.findPosition(res));\r
 493       }\r
 494 \r
 495       setStatusMessage(sequence, res, seq);\r
 496 \r
 497         // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 498         if (av.showSequenceFeatures)\r
 499         {\r
 500             SequenceFeature [] features = sequence.getDatasetSequence().getSequenceFeatures();\r
 501             if(features!=null)\r
 502             {\r
 503               StringBuffer sbuffer = new StringBuffer("<html>");\r
 504 \r
 505               for (int i = 0; i < features.length; i++)\r
 506               {\r
 507 \r
 508                 if ( (features[i].getBegin() <= sequence.findPosition(res)) &&\r
 509                     (features[i].getEnd() >= sequence.findPosition(res)))\r
 510                 {\r
 511                   if(av.featuresDisplayed==null\r
 512                     || !av.featuresDisplayed.containsKey(features[i].getType()))\r
 513                   continue;\r
 514 \r
 515 \r
 516                   if (features[i].getType().equals("disulfide bond"))\r
 517                   {\r
 518                     if (features[i].getBegin() == sequence.findPosition(res)\r
 519                         || features[i].getEnd() == sequence.findPosition(res))\r
 520                     {\r
 521                       if (sbuffer.length() > 6)\r
 522                         sbuffer.append("<br>");\r
 523                       sbuffer.append("disulfide bond " + features[i].getBegin() + ":" +\r
 524                                      features[i].getEnd());\r
 525                     }\r
 526                   }\r
 527                   else\r
 528                   {\r
 529                     if (sbuffer.length() > 6)\r
 530                       sbuffer.append("<br>");\r
 531                     if(features[i].featureGroup!=null)\r
 532                       sbuffer.append(features[i].featureGroup+";");\r
 533 \r
 534                     sbuffer.append(features[i].getType());\r
 535 \r
 536                     if (features[i].getDescription() != null\r
 537                         && !features[i].description.equals(features[i].getType()))\r
 538                       sbuffer.append("; " + features[i].getDescription());\r
 539 \r
 540                     if (features[i].getStatus() != null && features[i].getStatus().length()>0)\r
 541                     {\r
 542                       sbuffer.append("; (" + features[i].getStatus() + ")");\r
 543                     }\r
 544                   }\r
 545                 }\r
 546 \r
 547               }\r
 548 \r
 549               sbuffer.append("</html>");\r
 550               if(sbuffer.length()==13) // <html></html>\r
 551                 setToolTipText("");\r
 552               else\r
 553                setToolTipText(sbuffer.toString());\r
 554             }\r
 555             else\r
 556               setToolTipText("");\r
 557         }\r
 558     }\r
 559 \r
 560     void setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)\r
 561     {\r
 562       StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 563                                            sequence.getName());\r
 564 \r
 565       Object obj = null;\r
 566       if (av.alignment.isNucleotide())\r
 567       {\r
 568         obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 569                                                    "");\r
 570         if (obj != null)\r
 571           text.append(" Nucleotide: ");\r
 572       }\r
 573       else\r
 574       {\r
 575         obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 576         if (obj != null)\r
 577           text.append("  Residue: ");\r
 578       }\r
 579 \r
 580       if (obj != null)\r
 581       {\r
 582 \r
 583         if (obj != "")\r
 584         {\r
 585           text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) +\r
 586                       ")");\r
 587         }\r
 588       }\r
 589       ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 590 \r
 591     }\r
 592 \r
 593     /**\r
 594      * DOCUMENT ME!\r
 595      *\r
 596      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 597      */\r
 598     public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 599     {\r
 600       if (mouseWheelPressed)\r
 601       {\r
 602         int oldWidth = av.charWidth;\r
 603 \r
 604         //Which is bigger, left-right or up-down?\r
 605         if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.getY())\r
 606             > Math.abs(evt.getX() - lastMousePress.getX()))\r
 607         {\r
 608           int fontSize = av.font.getSize();\r
 609 \r
 610           if (evt.getY() < lastMousePress.getY() && av.charHeight > 1)\r
 611           {\r
 612             fontSize--;\r
 613           }\r
 614           else if (evt.getY() > lastMousePress.getY())\r
 615           {\r
 616             fontSize++;\r
 617           }\r
 618 \r
 619           av.setFont(new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(), fontSize));\r
 620           av.charWidth = oldWidth;\r
 621           ap.fontChanged();\r
 622 \r
 623         }\r
 624         else\r
 625         {\r
 626           if (evt.getX() < lastMousePress.getX() && av.charWidth > 1)\r
 627           {\r
 628             av.charWidth--;\r
 629           }\r
 630           else if (evt.getX() > lastMousePress.getX())\r
 631           {\r
 632             av.charWidth++;\r
 633           }\r
 634 \r
 635           ap.repaint();\r
 636         }\r
 637 \r
 638         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 639         av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.charWidth;\r
 640 \r
 641         lastMousePress = evt.getPoint();\r
 642 \r
 643         return;\r
 644       }\r
 645 \r
 646       if (!editingSeqs)\r
 647       {\r
 648         doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
 649         return;\r
 650       }\r
 651 \r
 652         int res = findRes(evt);\r
 653 \r
 654         if (res < 0)\r
 655         {\r
 656             res = 0;\r
 657         }\r
 658 \r
 659         if ((lastres == -1) || (lastres == res))\r
 660         {\r
 661             return;\r
 662         }\r
 663 \r
 664         if ( (res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))\r
 665         {\r
 666           // dragLeft, delete gap\r
 667           editSequence(false, res);\r
 668         }\r
 669         else\r
 670           editSequence(true, res);\r
 671 \r
 672         mouseDragging = true;\r
 673         if(scrollThread!=null)\r
 674           scrollThread.setEvent(evt);\r
 675 \r
 676     }\r
 677 \r
 678     synchronized void editSequence(boolean insertGap, int startres)\r
 679     {\r
 680       int fixedLeft = -1;\r
 681       int fixedRight = -1;\r
 682       boolean fixedColumns = false;\r
 683       SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 684 \r
 685       if(groupEditing && sg==null)\r
 686         return;\r
 687 \r
 688         if (!groupEditing && av.hasHiddenRows)\r
 689         {\r
 690           //This needs to check all the sequences in a group edit,m\r
 691           // not just the startseq\r
 692           if (av.alignment.getSequenceAt(startseq).getHiddenSequences() != null)\r
 693           {\r
 694             groupEditing = true;\r
 695           }\r
 696         }\r
 697 \r
 698         SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(startseq);\r
 699         StringBuffer message = new StringBuffer();\r
 700         if (groupEditing)\r
 701            message.append("Edit group:");\r
 702         else\r
 703             message.append("Edit sequence: "+seq.getName());\r
 704 \r
 705        if(insertGap)\r
 706          message.append(" insert ");\r
 707        else\r
 708          message.append(" delete ");\r
 709 \r
 710        message.append(Math.abs(startres-lastres)+" gaps.");\r
 711        ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());\r
 712 \r
 713 \r
 714         //Are we editing within a selection group?\r
 715         if (groupEditing\r
 716             || (sg != null && sg.sequences.contains(seq)))\r
 717         {\r
 718           fixedColumns = true;\r
 719 \r
 720           fixedLeft = sg.getStartRes();\r
 721           fixedRight = sg.getEndRes();\r
 722 \r
 723           if (   (startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)\r
 724               || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)\r
 725               || (startres > fixedRight && lastres <=fixedRight)\r
 726               || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))\r
 727           {\r
 728             endEditing();\r
 729             return;\r
 730           }\r
 731 \r
 732           if (fixedLeft > startres)\r
 733           {\r
 734             fixedRight = fixedLeft - 1;\r
 735             fixedLeft = 0;\r
 736           }\r
 737           else if (fixedRight < startres)\r
 738           {\r
 739             fixedLeft = fixedRight;\r
 740             fixedRight = -1;\r
 741           }\r
 742         }\r
 743 \r
 744 \r
 745 \r
 746         if(av.hasHiddenColumns)\r
 747         {\r
 748           fixedColumns = true;\r
 749           int y1 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryLeft(startres);\r
 750           int y2 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres);\r
 751 \r
 752           if(    ( insertGap && startres>y1 && lastres<y1)\r
 753               || (!insertGap && startres<y2 && lastres>y2) )\r
 754           {\r
 755             endEditing();\r
 756             return;\r
 757           }\r
 758 \r
 759           if(fixedRight<y2 && fixedRight==-1 && y2!=startres)\r
 760             fixedRight = y2 -1;\r
 761           if(y1>fixedLeft && fixedLeft==-1)\r
 762             fixedLeft = y1;\r
 763         }\r
 764 \r
 765         if (groupEditing)\r
 766         {\r
 767 \r
 768           /*if (av.hasHiddenRows)\r
 769           {\r
 770             //sg might be null as the user may only see 1 sequence\r
 771             if (sg == null)\r
 772             {\r
 773               sg = new SequenceGroup();\r
 774               sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(startseq), false);\r
 775             }\r
 776 \r
 777             SequenceGroup tmp = new SequenceGroup();\r
 778 \r
 779             //Do any of the sequences have hidden associates?\r
 780             for (int s = 0; s < sg.getSize(); s++)\r
 781             {\r
 782               seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 783               tmp.addSequence(seq, false);\r
 784               if (seq.getHiddenSequences() != null)\r
 785               {\r
 786                 for (int h = 0; h < seq.getHiddenSequences().getSize(); h++)\r
 787                   tmp.addSequence(seq.getHiddenSequences().getSequenceAt(h),\r
 788                                   false);\r
 789               }\r
 790             }\r
 791 \r
 792             sg = tmp;\r
 793           }*/\r
 794           // int blankColumn = -1;\r
 795 \r
 796 \r
 797           // drag to right\r
 798           if (insertGap)\r
 799           {\r
 800               //If the user has selected the whole sequence, and is dragging to\r
 801               // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup\r
 802               if(sg.getStartRes() == 0 && sg.getEndRes() + 1 == av.alignment.getWidth())\r
 803               {\r
 804                 sg.setEndRes(av.alignment.getWidth() + startres - lastres);\r
 805                 fixedRight = sg.getEndRes();\r
 806               }\r
 807 \r
 808             // Is it valid with fixed columns??\r
 809             // Find the next gap before the end\r
 810             // of the visible region boundary\r
 811             boolean blank = false;\r
 812             for (fixedRight = fixedRight;\r
 813                  fixedRight > lastres;\r
 814                  fixedRight--)\r
 815             {\r
 816               blank = true;\r
 817               for (int s = 0; s < sg.getSize(); s++)\r
 818               {\r
 819                 seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 820                 for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)\r
 821                 {\r
 822                   if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 823                       seq.getCharAt(fixedRight - j)))\r
 824                   {\r
 825                     blank = false;\r
 826                     break;\r
 827                   }\r
 828                 }\r
 829               }\r
 830               if (blank)\r
 831                 break;\r
 832             }\r
 833 \r
 834             if (!blank)\r
 835             {\r
 836               if(sg.getSize() == av.alignment.getHeight())\r
 837               {\r
 838                 //We can still insert gaps if the selectionGroup\r
 839                 //contains all the sequences\r
 840                 sg.setEndRes(sg.getEndRes()+startres-lastres);\r
 841                 fixedRight = av.alignment.getWidth()+startres-lastres;\r
 842               }\r
 843               else\r
 844               {\r
 845                 endEditing();\r
 846                 return;\r
 847               }\r
 848             }\r
 849           }\r
 850 \r
 851 \r
 852           // drag to left\r
 853           else if(!insertGap)\r
 854           {\r
 855             /// Are we able to delete?\r
 856             // ie are all columns blank?\r
 857 \r
 858             for (int s = 0; s < sg.getSize(); s++)\r
 859             {\r
 860               seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 861 \r
 862               for (int j = startres; j < lastres; j++)\r
 863               {\r
 864                 if (seq.getSequence().length() <= j)\r
 865                 {\r
 866                   continue;\r
 867                 }\r
 868 \r
 869                 if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 870                     seq.getSequence().charAt(j)))\r
 871                 {\r
 872                   // Not a gap, block edit not valid\r
 873                   endEditing();\r
 874                   return;\r
 875                 }\r
 876               }\r
 877             }\r
 878           }\r
 879 \r
 880 \r
 881           for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 882           {\r
 883             seq = sg.getSequenceAt(i);\r
 884 \r
 885             if (insertGap)\r
 886             {\r
 887               // dragging to the right\r
 888               for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
 889               {\r
 890                 if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 891                 {\r
 892                   insertChar(j, seq, fixedRight);\r
 893                 }\r
 894                 else\r
 895                   insertChar(j, seq);\r
 896               }\r
 897             }\r
 898             else\r
 899             {\r
 900               // dragging to the left\r
 901               for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
 902               {\r
 903                 if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 904                 {\r
 905                   deleteChar(startres, seq, fixedRight);\r
 906                 }\r
 907                 else\r
 908                 {\r
 909                   deleteChar(startres, seq);\r
 910                 }\r
 911               }\r
 912             }\r
 913           }\r
 914         }\r
 915         else /////Editing a single sequence///////////\r
 916         {\r
 917           if (insertGap)\r
 918           {\r
 919             // dragging to the right\r
 920             for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
 921             {\r
 922               if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 923               {\r
 924                 if (sg.getStartRes() == 0\r
 925                     && sg.getEndRes() + 1 == av.alignment.getWidth()\r
 926                     && !jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(fixedRight)))\r
 927                 {\r
 928                   //Single sequence edit, whole sequence selected,\r
 929                   //extend the selection group\r
 930                   sg.setEndRes(av.alignment.getWidth() -1 + startres - lastres);\r
 931                   fixedColumns = false;\r
 932                   insertChar(j, seq);\r
 933                 }\r
 934                 else\r
 935                   insertChar(j, seq, fixedRight);\r
 936               }\r
 937               else\r
 938                 insertChar(j, seq);\r
 939             }\r
 940           }\r
 941           else\r
 942           {\r
 943             // dragging to the left\r
 944             for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
 945             {\r
 946               if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 947               {\r
 948                 deleteChar(startres, seq, fixedRight);\r
 949               }\r
 950               else\r
 951               {\r
 952                 deleteChar(startres, seq);\r
 953               }\r
 954             }\r
 955           }\r
 956         }\r
 957 \r
 958         lastres = startres;\r
 959         seqCanvas.repaint();\r
 960     }\r
 961 \r
 962 \r
 963     /**\r
 964      * DOCUMENT ME!\r
 965      *\r
 966      * @param j DOCUMENT ME!\r
 967      * @param seq DOCUMENT ME!\r
 968      */\r
 969     void insertChar(int j, SequenceI seq)\r
 970     {\r
 971         seq.insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 972         seqEditOccurred = true;\r
 973     }\r
 974 \r
 975     void insertChar(int j, SequenceI seq, int fixedColumn)\r
 976     {\r
 977       //Find the next gap before the end of the visible region boundary\r
 978       //If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion\r
 979       int blankColumn = fixedColumn;\r
 980       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)\r
 981       {\r
 982         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(blankColumn)))\r
 983         {\r
 984           //Theres a space, so break and insert the gap\r
 985           break;\r
 986         }\r
 987       }\r
 988 \r
 989       if (blankColumn <= j)\r
 990       {\r
 991         endEditing();\r
 992         return;\r
 993       }\r
 994 \r
 995       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(blankColumn)))\r
 996       {\r
 997         //Just Checking\r
 998         System.out.println("Tried removing residue (INSERT)"+seq.getCharAt(fixedColumn));\r
 999         return;\r
1000       }\r
1001 \r
1002       seq.deleteCharAt(blankColumn);\r
1003       seq.insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
1004       seqEditOccurred = true;\r
1005     }\r
1006 \r
1007     void deleteChar(int j, SequenceI seq, int fixedColumn)\r
1008     {\r
1009       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(j)))\r
1010       {\r
1011         ap.alignFrame.statusBar.setText(\r
1012             "End editing: Tried removing residue " + seq.getCharAt(j));\r
1013         return;\r
1014       }\r
1015 \r
1016       seq.deleteCharAt(j);\r
1017       seq.insertCharAt(fixedColumn, av.getGapCharacter());\r
1018       seqEditOccurred = true;\r
1019     }\r
1020 \r
1021     /**\r
1022      * DOCUMENT ME!\r
1023      *\r
1024      * @param j DOCUMENT ME!\r
1025      * @param seq DOCUMENT ME!\r
1026      */\r
1027     void deleteChar(int j, SequenceI seq)\r
1028     {\r
1029       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(j)))\r
1030       {\r
1031         ap.alignFrame.statusBar.setText(\r
1032             "End editing: Tried removing residue " + seq.getCharAt(j));\r
1033         return;\r
1034       }\r
1035 \r
1036         seq.deleteCharAt(j);\r
1037         seqEditOccurred = true;\r
1038         seqCanvas.repaint();\r
1039     }\r
1040     /**\r
1041      * DOCUMENT ME!\r
1042      *\r
1043      * @param e DOCUMENT ME!\r
1044      */\r
1045     public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
1046     {\r
1047         if(oldSeq < 0)\r
1048           oldSeq = 0;\r
1049 \r
1050         if (scrollThread != null)\r
1051         {\r
1052             scrollThread.running = false;\r
1053             scrollThread = null;\r
1054         }\r
1055     }\r
1056 \r
1057     /**\r
1058      * DOCUMENT ME!\r
1059      *\r
1060      * @param e DOCUMENT ME!\r
1061      */\r
1062     public void mouseExited(MouseEvent e)\r
1063     {\r
1064         if (av.getWrapAlignment())\r
1065         {\r
1066             return;\r
1067         }\r
1068 \r
1069         if (mouseDragging)\r
1070         {\r
1071             scrollThread = new ScrollThread();\r
1072         }\r
1073     }\r
1074 \r
1075     public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
1076     {}\r
1077 \r
1078     public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)\r
1079     {\r
1080       e.consume();\r
1081      /* if (mouseWheelPressed)\r
1082       {\r
1083         Font font = av.getFont();\r
1084         int fontSize = font.getSize();\r
1085         if (e.getWheelRotation() > 0 && fontSize < 51)\r
1086           fontSize++;\r
1087         else if (fontSize > 1)\r
1088           fontSize--;\r
1089 \r
1090 \r
1091 \r
1092         av.setFont(new Font(font.getName(), font.getStyle(), fontSize));\r
1093 \r
1094         ap.fontChanged();\r
1095       }\r
1096       else*/\r
1097       {\r
1098         if (e.getWheelRotation() > 0)\r
1099           ap.scrollUp(false);\r
1100         else\r
1101           ap.scrollUp(true);\r
1102       }\r
1103 \r
1104     }\r
1105 \r
1106 \r
1107 \r
1108     /**\r
1109      * DOCUMENT ME!\r
1110      *\r
1111      * @param i DOCUMENT ME!\r
1112      */\r
1113     void editOccurred()\r
1114     {\r
1115       if (!seqEditOccurred)\r
1116       {\r
1117         ap.alignFrame.historyList.pop();\r
1118         ap.alignFrame.updateEditMenuBar();\r
1119       }\r
1120 \r
1121       endEditing();\r
1122 \r
1123       av.firePropertyChange("alignment", null,av.getAlignment().getSequences());\r
1124 \r
1125     }\r
1126 \r
1127     /**\r
1128      * DOCUMENT ME!\r
1129      *\r
1130      * @param evt DOCUMENT ME!\r
1131      */\r
1132     public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1133     {\r
1134       int res = findRes(evt);\r
1135       int seq = findSeq(evt);\r
1136       oldSeq = seq;\r
1137 \r
1138       startWrapBlock=wrappedBlock;\r
1139 \r
1140       if(av.wrapAlignment && seq>av.alignment.getHeight())\r
1141       {\r
1142           JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
1143               "Cannot edit annotations in wrapped view.",\r
1144               "Wrapped view - no edit",\r
1145               JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1146         return;\r
1147       }\r
1148 \r
1149       if(seq<0 || res<0)\r
1150             return;\r
1151 \r
1152         SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
1153 \r
1154         if ((sequence == null) || (res > sequence.getLength()))\r
1155         {\r
1156             return;\r
1157         }\r
1158 \r
1159         stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
1160 \r
1161         if (stretchGroup == null)\r
1162         {\r
1163             stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);\r
1164 \r
1165             if ((stretchGroup != null) && (res > stretchGroup.getStartRes()) &&\r
1166                     (res < stretchGroup.getEndRes()))\r
1167             {\r
1168                 av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1169             }\r
1170             else\r
1171             {\r
1172                 stretchGroup = null;\r
1173             }\r
1174         }\r
1175         else if (!stretchGroup.sequences.contains(sequence) ||\r
1176                 (stretchGroup.getStartRes() > res) ||\r
1177                 (stretchGroup.getEndRes() < res))\r
1178         {\r
1179             stretchGroup = null;\r
1180 \r
1181             SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
1182 \r
1183             if (allGroups != null)\r
1184             {\r
1185                 for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
1186                 {\r
1187                     if ((allGroups[i].getStartRes() <= res) &&\r
1188                             (allGroups[i].getEndRes() >= res))\r
1189                     {\r
1190                         stretchGroup = allGroups[i];\r
1191                         av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1192 \r
1193                         break;\r
1194                     }\r
1195                 }\r
1196             }\r
1197         }\r
1198 \r
1199         if (av.cursorMode)\r
1200         {\r
1201           seqCanvas.cursorX = findRes(evt);\r
1202           seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);\r
1203           seqCanvas.repaint();\r
1204           return;\r
1205         }\r
1206 \r
1207 \r
1208         if (stretchGroup == null)\r
1209         {\r
1210             // define a new group here\r
1211             SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
1212             sg.setStartRes(res);\r
1213             sg.setEndRes(res);\r
1214             sg.addSequence(sequence, false);\r
1215             av.setSelectionGroup(sg);\r
1216             stretchGroup = sg;\r
1217 \r
1218             if (av.getConservationSelected())\r
1219             {\r
1220                 SliderPanel.setConservationSlider(ap,\r
1221                     av.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
1222             }\r
1223 \r
1224             if (av.getAbovePIDThreshold())\r
1225             {\r
1226                 SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
1227                     "Background");\r
1228             }\r
1229         }\r
1230         else if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
1231         {\r
1232             jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu(ap, null);\r
1233             pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
1234 \r
1235             // edit the properties of existing group\r
1236         }\r
1237 \r
1238         if ((stretchGroup != null) && (stretchGroup.getEndRes() == res))\r
1239         {\r
1240             // Edit end res position of selected group\r
1241             changeEndRes = true;\r
1242         }\r
1243         else if ((stretchGroup != null) && (stretchGroup.getStartRes() == res))\r
1244         {\r
1245             // Edit end res position of selected group\r
1246             changeStartRes = true;\r
1247         }\r
1248 \r
1249         stretchGroup.getWidth();\r
1250 \r
1251         seqCanvas.repaint();\r
1252     }\r
1253 \r
1254     /**\r
1255      * DOCUMENT ME!\r
1256      *\r
1257      * @param evt DOCUMENT ME!\r
1258      */\r
1259     public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1260     {\r
1261         if (stretchGroup == null)\r
1262         {\r
1263             return;\r
1264         }\r
1265 \r
1266 \r
1267         if(stretchGroup.cs!=null)\r
1268         {\r
1269           if (stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
1270           {\r
1271             ( (ClustalxColourScheme) stretchGroup.cs).resetClustalX(stretchGroup.\r
1272                 sequences,\r
1273                 stretchGroup.getWidth());\r
1274           }\r
1275 \r
1276           if (stretchGroup.cs.conservationApplied())\r
1277           {\r
1278             SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,\r
1279                                               stretchGroup.getName());\r
1280             stretchGroup.recalcConservation();\r
1281           }\r
1282           else\r
1283           {\r
1284             SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,\r
1285                                            stretchGroup.getName());\r
1286           }\r
1287         }\r
1288         changeEndRes = false;\r
1289         changeStartRes = false;\r
1290         stretchGroup = null;\r
1291         PaintRefresher.Refresh(av.alignment);\r
1292     }\r
1293 \r
1294     /**\r
1295      * DOCUMENT ME!\r
1296      *\r
1297      * @param evt DOCUMENT ME!\r
1298      */\r
1299     public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1300     {\r
1301       int res = findRes(evt);\r
1302       int y = findSeq(evt);\r
1303 \r
1304       if(wrappedBlock!=startWrapBlock)\r
1305         return;\r
1306 \r
1307        if (stretchGroup == null)\r
1308        {\r
1309             return;\r
1310        }\r
1311 \r
1312 \r
1313         if(y > av.alignment.getHeight())\r
1314         {\r
1315           y = av.alignment.getHeight() -1;\r
1316         }\r
1317         if(res> av.alignment.getWidth())\r
1318         {\r
1319           res = av.alignment.getWidth()-1;\r
1320         }\r
1321 \r
1322         if (stretchGroup.getEndRes() == res)\r
1323         {\r
1324             // Edit end res position of selected group\r
1325             changeEndRes = true;\r
1326         }\r
1327         else if (stretchGroup.getStartRes() == res)\r
1328         {\r
1329             // Edit start res position of selected group\r
1330             changeStartRes = true;\r
1331         }\r
1332 \r
1333         if (res < av.getStartRes())\r
1334         {\r
1335             res = av.getStartRes();\r
1336         }\r
1337 \r
1338         if (changeEndRes)\r
1339         {\r
1340             if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))\r
1341             {\r
1342                 stretchGroup.setEndRes(res);\r
1343             }\r
1344         }\r
1345         else if (changeStartRes)\r
1346         {\r
1347             if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))\r
1348             {\r
1349                 stretchGroup.setStartRes(res);\r
1350             }\r
1351         }\r
1352 \r
1353         int dragDirection = 0;\r
1354 \r
1355         if (y > oldSeq)\r
1356         {\r
1357             dragDirection = 1;\r
1358         }\r
1359         else if (y < oldSeq)\r
1360         {\r
1361             dragDirection = -1;\r
1362         }\r
1363 \r
1364 \r
1365         while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1) && (y < av.alignment.getHeight()))\r
1366         {\r
1367             // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
1368             // selection is quite slow.\r
1369             Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1370 \r
1371             oldSeq += dragDirection;\r
1372 \r
1373             if(oldSeq<0)\r
1374               break;\r
1375 \r
1376             Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1377 \r
1378             if (stretchGroup.sequences.contains(nextSeq))\r
1379             {\r
1380                 stretchGroup.deleteSequence(seq, false);\r
1381             }\r
1382             else\r
1383             {\r
1384                 if (seq != null)\r
1385                 {\r
1386                     stretchGroup.addSequence(seq, false);\r
1387                 }\r
1388 \r
1389                 stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);\r
1390             }\r
1391         }\r
1392 \r
1393         if(oldSeq < 0)\r
1394           oldSeq = -1;\r
1395 \r
1396         mouseDragging = true;\r
1397 \r
1398         if (scrollThread != null)\r
1399         {\r
1400             scrollThread.setEvent(evt);\r
1401         }\r
1402 \r
1403         seqCanvas.repaint();\r
1404     }\r
1405 \r
1406     void scrollCanvas(MouseEvent evt)\r
1407     {\r
1408       if(evt==null)\r
1409       {\r
1410         if(scrollThread!=null)\r
1411         {\r
1412           scrollThread.running = false;\r
1413           scrollThread = null;\r
1414         }\r
1415         mouseDragging = false;\r
1416       }\r
1417       else\r
1418       {\r
1419         if (scrollThread == null)\r
1420           scrollThread = new ScrollThread();\r
1421 \r
1422         mouseDragging = true;\r
1423         scrollThread.setEvent(evt);\r
1424       }\r
1425 \r
1426     }\r
1427 \r
1428 \r
1429     // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
1430     class ScrollThread extends Thread\r
1431     {\r
1432         MouseEvent evt;\r
1433         boolean running = false;\r
1434 \r
1435         public ScrollThread()\r
1436         {\r
1437             start();\r
1438         }\r
1439 \r
1440         public void setEvent(MouseEvent e)\r
1441         {\r
1442             evt = e;\r
1443         }\r
1444 \r
1445         public void stopScrolling()\r
1446         {\r
1447             running = false;\r
1448         }\r
1449 \r
1450         public void run()\r
1451         {\r
1452             running = true;\r
1453 \r
1454             while (running)\r
1455             {\r
1456                 if (evt != null)\r
1457                 {\r
1458                     if (mouseDragging && (evt.getY() < 0) &&\r
1459                             (av.getStartSeq() > 0))\r
1460                     {\r
1461                         running = ap.scrollUp(true);\r
1462                     }\r
1463 \r
1464                     if (mouseDragging && (evt.getY() >= getHeight()) &&\r
1465                             (av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq()))\r
1466                     {\r
1467                         running = ap.scrollUp(false);\r
1468                     }\r
1469 \r
1470                     if (mouseDragging && (evt.getX() < 0))\r
1471                     {\r
1472                         running = ap.scrollRight(false);\r
1473                     }\r
1474                     else if (mouseDragging && (evt.getX() >= getWidth()))\r
1475                     {\r
1476                         running = ap.scrollRight(true);\r
1477                     }\r
1478                 }\r
1479 \r
1480                 try\r
1481                 {\r
1482                     Thread.sleep(20);\r
1483                 }\r
1484                 catch (Exception ex)\r
1485                 {\r
1486                 }\r
1487             }\r
1488         }\r
1489     }\r
1490 }\r