src/jalview/gui/SeqPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import java.util.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 import javax.swing.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.commands.*;\r
  28 import jalview.datamodel.*;\r
  29 import jalview.schemes.*;\r
  30 import jalview.structure.*;\r
  31 \r
  32 /**\r
  33  * DOCUMENT ME!\r
  34  *\r
  35  * @author $author$\r
  36  * @version $Revision$\r
  37  */\r
  38 public class SeqPanel\r
  39     extends JPanel implements MouseListener,\r
  40     MouseMotionListener, MouseWheelListener, SequenceListener\r
  41 \r
  42 {\r
  43   /** DOCUMENT ME!! */\r
  44   public SeqCanvas seqCanvas;\r
  45 \r
  46   /** DOCUMENT ME!! */\r
  47   public AlignmentPanel ap;\r
  48   protected int lastres;\r
  49   protected int startseq;\r
  50   protected AlignViewport av;\r
  51 \r
  52   ScrollThread scrollThread = null;\r
  53   boolean mouseDragging = false;\r
  54   boolean editingSeqs = false;\r
  55   boolean groupEditing = false;\r
  56 \r
  57   //////////////////////////////////////////\r
  58   /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
  59   //////////////////////////////////////////\r
  60   int oldSeq = -1;\r
  61   boolean changeEndSeq = false;\r
  62   boolean changeStartSeq = false;\r
  63   boolean changeEndRes = false;\r
  64   boolean changeStartRes = false;\r
  65   SequenceGroup stretchGroup = null;\r
  66   boolean remove = false;\r
  67 \r
  68   Point lastMousePress;\r
  69   boolean mouseWheelPressed = false;\r
  70   StringBuffer keyboardNo1;\r
  71   StringBuffer keyboardNo2;\r
  72 \r
  73   java.net.URL linkImageURL;\r
  74 \r
  75   StringBuffer tooltipText = new StringBuffer("<html>");\r
  76   String tmpString;\r
  77 \r
  78   EditCommand editCommand;\r
  79 \r
  80   StructureSelectionManager ssm;\r
  81 \r
  82 \r
  83   /**\r
  84    * Creates a new SeqPanel object.\r
  85    *\r
  86    * @param avp DOCUMENT ME!\r
  87    * @param p DOCUMENT ME!\r
  88    */\r
  89   public SeqPanel(AlignViewport av, AlignmentPanel ap)\r
  90   {\r
  91     linkImageURL = getClass().getResource("/images/link.gif");\r
  92     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
  93     ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);\r
  94     ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);\r
  95     this.av = av;\r
  96     setBackground(Color.white);\r
  97 \r
  98     seqCanvas = new SeqCanvas(ap);\r
  99     setLayout(new BorderLayout());\r
 100     add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
 101 \r
 102     this.ap = ap;\r
 103 \r
 104     if (!av.isDataset())\r
 105     {\r
 106       addMouseMotionListener(this);\r
 107       addMouseListener(this);\r
 108       addMouseWheelListener(this);\r
 109       ssm = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager();\r
 110       ssm.addStructureViewerListener(this);\r
 111     }\r
 112   }\r
 113 \r
 114   int startWrapBlock = -1;\r
 115   int wrappedBlock = -1;\r
 116   int findRes(MouseEvent evt)\r
 117   {\r
 118     int res = 0;\r
 119     int x = evt.getX();\r
 120 \r
 121     if (av.wrapAlignment)\r
 122     {\r
 123 \r
 124       int hgap = av.charHeight;\r
 125       if (av.scaleAboveWrapped)\r
 126       {\r
 127         hgap += av.charHeight;\r
 128       }\r
 129 \r
 130       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 131           + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 132 \r
 133       int y = evt.getY();\r
 134       y -= hgap;\r
 135       x -= seqCanvas.LABEL_WEST;\r
 136 \r
 137       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(this.getWidth());\r
 138       if (cwidth < 1)\r
 139       {\r
 140         return 0;\r
 141       }\r
 142 \r
 143       wrappedBlock = y / cHeight;\r
 144       wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;\r
 145 \r
 146       res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();\r
 147 \r
 148     }\r
 149     else\r
 150     {\r
 151       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 152     }\r
 153 \r
 154     if (av.hasHiddenColumns)\r
 155     {\r
 156       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 157     }\r
 158 \r
 159     return res;\r
 160 \r
 161   }\r
 162 \r
 163   int findSeq(MouseEvent evt)\r
 164   {\r
 165     int seq = 0;\r
 166     int y = evt.getY();\r
 167 \r
 168     if (av.wrapAlignment)\r
 169     {\r
 170       int hgap = av.charHeight;\r
 171       if (av.scaleAboveWrapped)\r
 172       {\r
 173         hgap += av.charHeight;\r
 174       }\r
 175 \r
 176       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 177           + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 178 \r
 179       y -= hgap;\r
 180 \r
 181       seq = Math.min( (y % cHeight) / av.getCharHeight(),\r
 182                      av.alignment.getHeight() - 1);\r
 183     }\r
 184     else\r
 185     {\r
 186       seq = Math.min( (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq(),\r
 187                      av.alignment.getHeight() - 1);\r
 188     }\r
 189 \r
 190     return seq;\r
 191   }\r
 192 \r
 193   SequenceFeature[] findFeaturesAtRes(SequenceI sequence, int res)\r
 194   {\r
 195     Vector tmp = new Vector();\r
 196     SequenceFeature[] features = sequence.getSequenceFeatures();\r
 197     if (features != null)\r
 198     {\r
 199       for (int i = 0; i < features.length; i++)\r
 200       {\r
 201         if (av.featuresDisplayed == null\r
 202             || !av.featuresDisplayed.containsKey(features[i].getType()))\r
 203         {\r
 204           continue;\r
 205         }\r
 206 \r
 207 \r
 208         if ( (features[i].getBegin() <= res) &&\r
 209             (features[i].getEnd() >= res))\r
 210         {\r
 211           tmp.addElement(features[i]);\r
 212         }\r
 213       }\r
 214     }\r
 215 \r
 216     features = new SequenceFeature[tmp.size()];\r
 217     tmp.copyInto(features);\r
 218 \r
 219     return features;\r
 220   }\r
 221 \r
 222 \r
 223   void endEditing()\r
 224   {\r
 225     if (editCommand != null && editCommand.getSize() > 0)\r
 226     {\r
 227       ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);\r
 228       av.firePropertyChange("alignment", null,\r
 229                             av.getAlignment().getSequences());\r
 230       ap.paintAlignment(true);\r
 231     }\r
 232 \r
 233     startseq = -1;\r
 234     lastres = -1;\r
 235     editingSeqs = false;\r
 236     groupEditing = false;\r
 237     keyboardNo1 = null;\r
 238     keyboardNo2 = null;\r
 239     editCommand = null;\r
 240   }\r
 241 \r
 242   void setCursorRow()\r
 243   {\r
 244     seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo1() - 1;\r
 245     scrollToVisible();\r
 246   }\r
 247 \r
 248   void setCursorColumn()\r
 249   {\r
 250     seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;\r
 251     scrollToVisible();\r
 252   }\r
 253 \r
 254   void setCursorRowAndColumn()\r
 255   {\r
 256     if (keyboardNo2 == null)\r
 257     {\r
 258       keyboardNo2 = new StringBuffer();\r
 259     }\r
 260     else\r
 261     {\r
 262       seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;\r
 263       seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo2() - 1;\r
 264       scrollToVisible();\r
 265     }\r
 266   }\r
 267 \r
 268   void setCursorPosition()\r
 269   {\r
 270     SequenceI sequence =\r
 271         (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 272 \r
 273     seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(\r
 274         getKeyboardNo1() - 1\r
 275         );\r
 276     scrollToVisible();\r
 277   }\r
 278 \r
 279   void moveCursor(int dx, int dy)\r
 280   {\r
 281     seqCanvas.cursorX += dx;\r
 282     seqCanvas.cursorY += dy;\r
 283     if (av.hasHiddenColumns && !av.colSel.isVisible(seqCanvas.cursorX))\r
 284     {\r
 285       int original = seqCanvas.cursorX - dx;\r
 286       int maxWidth = av.alignment.getWidth();\r
 287 \r
 288       while (!av.colSel.isVisible(seqCanvas.cursorX)\r
 289              && seqCanvas.cursorX < maxWidth\r
 290              && seqCanvas.cursorX > 0)\r
 291       {\r
 292         seqCanvas.cursorX += dx;\r
 293       }\r
 294 \r
 295       if (seqCanvas.cursorX >= maxWidth\r
 296           || !av.colSel.isVisible(seqCanvas.cursorX))\r
 297       {\r
 298         seqCanvas.cursorX = original;\r
 299       }\r
 300     }\r
 301 \r
 302     scrollToVisible();\r
 303   }\r
 304 \r
 305   void scrollToVisible()\r
 306   {\r
 307     if (seqCanvas.cursorX < 0)\r
 308     {\r
 309       seqCanvas.cursorX = 0;\r
 310     }\r
 311     else if (seqCanvas.cursorX > av.alignment.getWidth() - 1)\r
 312     {\r
 313       seqCanvas.cursorX = av.alignment.getWidth() - 1;\r
 314     }\r
 315 \r
 316     if (seqCanvas.cursorY < 0)\r
 317     {\r
 318       seqCanvas.cursorY = 0;\r
 319     }\r
 320     else if (seqCanvas.cursorY > av.alignment.getHeight() - 1)\r
 321     {\r
 322       seqCanvas.cursorY = av.alignment.getHeight() - 1;\r
 323     }\r
 324 \r
 325     endEditing();\r
 326     if (av.wrapAlignment)\r
 327     {\r
 328       ap.scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);\r
 329     }\r
 330     else\r
 331     {\r
 332       while (seqCanvas.cursorY < av.startSeq)\r
 333       {\r
 334         ap.scrollUp(true);\r
 335       }\r
 336       while (seqCanvas.cursorY + 1 > av.endSeq)\r
 337       {\r
 338         ap.scrollUp(false);\r
 339       }\r
 340       if (!av.wrapAlignment)\r
 341       {\r
 342         while (seqCanvas.cursorX < av.colSel.adjustForHiddenColumns(av.startRes))\r
 343         {\r
 344           if (!ap.scrollRight(false))\r
 345           {\r
 346             break;\r
 347           }\r
 348         }\r
 349         while (seqCanvas.cursorX > av.colSel.adjustForHiddenColumns(av.endRes))\r
 350         {\r
 351           if (!ap.scrollRight(true))\r
 352           {\r
 353             break;\r
 354           }\r
 355         }\r
 356       }\r
 357     }\r
 358     setStatusMessage(av.alignment.getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),\r
 359                      seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);\r
 360 \r
 361     seqCanvas.repaint();\r
 362   }\r
 363 \r
 364   void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)\r
 365   {\r
 366     SequenceI sequence =\r
 367         (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 368 \r
 369     if (av.getSelectionGroup() != null)\r
 370     {\r
 371       SequenceGroup sg = av.selectionGroup;\r
 372       //Find the top and bottom of this group\r
 373       int min = av.alignment.getHeight(), max = 0;\r
 374       for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 375       {\r
 376         int index = av.alignment.findIndex(sg.getSequenceAt(i));\r
 377         if (index > max)\r
 378         {\r
 379           max = index;\r
 380         }\r
 381         if (index < min)\r
 382         {\r
 383           min = index;\r
 384         }\r
 385       }\r
 386 \r
 387       max++;\r
 388 \r
 389       if (topLeft)\r
 390       {\r
 391         sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 392         if (sg.getEndRes() < seqCanvas.cursorX)\r
 393         {\r
 394           sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 395         }\r
 396 \r
 397         min = seqCanvas.cursorY;\r
 398       }\r
 399       else\r
 400       {\r
 401         sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 402         if (sg.getStartRes() > seqCanvas.cursorX)\r
 403         {\r
 404           sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 405         }\r
 406 \r
 407         max = seqCanvas.cursorY + 1;\r
 408       }\r
 409 \r
 410       if (min > max)\r
 411       {\r
 412         // Only the user can do this\r
 413         av.setSelectionGroup(null);\r
 414       }\r
 415       else\r
 416       {\r
 417         // Now add any sequences between min and max\r
 418         sg.getSequences(null).clear();\r
 419         for (int i = min; i < max; i++)\r
 420         {\r
 421           sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(i), false);\r
 422         }\r
 423       }\r
 424     }\r
 425 \r
 426     if (av.getSelectionGroup() == null)\r
 427     {\r
 428       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 429       sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 430       sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 431       sg.addSequence(sequence, false);\r
 432       av.setSelectionGroup(sg);\r
 433     }\r
 434 \r
 435     ap.paintAlignment(false);\r
 436   }\r
 437 \r
 438   void insertGapAtCursor(boolean group)\r
 439   {\r
 440     groupEditing = group;\r
 441     startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 442     lastres = seqCanvas.cursorX;\r
 443     editSequence(true, seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1());\r
 444     endEditing();\r
 445   }\r
 446 \r
 447   void deleteGapAtCursor(boolean group)\r
 448   {\r
 449     groupEditing = group;\r
 450     startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 451     lastres = seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1();\r
 452     editSequence(false, seqCanvas.cursorX);\r
 453     endEditing();\r
 454   }\r
 455 \r
 456   void numberPressed(char value)\r
 457   {\r
 458     if (keyboardNo1 == null)\r
 459     {\r
 460       keyboardNo1 = new StringBuffer();\r
 461     }\r
 462 \r
 463     if (keyboardNo2 != null)\r
 464     {\r
 465       keyboardNo2.append(value);\r
 466     }\r
 467     else\r
 468     {\r
 469       keyboardNo1.append(value);\r
 470     }\r
 471   }\r
 472 \r
 473   int getKeyboardNo1()\r
 474   {\r
 475     if (keyboardNo1 == null)\r
 476       return 1;\r
 477     else\r
 478     {\r
 479       int value = Integer.parseInt(keyboardNo1.toString());\r
 480       keyboardNo1 = null;\r
 481       return value;\r
 482     }\r
 483   }\r
 484 \r
 485   int getKeyboardNo2()\r
 486   {\r
 487     if (keyboardNo2 == null)\r
 488       return 1;\r
 489     else\r
 490     {\r
 491       int value = Integer.parseInt(keyboardNo2.toString());\r
 492       keyboardNo2 = null;\r
 493       return value;\r
 494     }\r
 495   }\r
 496 \r
 497   /**\r
 498    * DOCUMENT ME!\r
 499    *\r
 500    * @param evt DOCUMENT ME!\r
 501    */\r
 502   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 503   {\r
 504     mouseDragging = false;\r
 505     mouseWheelPressed = false;\r
 506 \r
 507     if (!editingSeqs)\r
 508     {\r
 509       doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
 510       return;\r
 511     }\r
 512 \r
 513     endEditing();\r
 514   }\r
 515 \r
 516   /**\r
 517    * DOCUMENT ME!\r
 518    *\r
 519    * @param evt DOCUMENT ME!\r
 520    */\r
 521   public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 522   {\r
 523     lastMousePress = evt.getPoint();\r
 524 \r
 525     if (javax.swing.SwingUtilities.isMiddleMouseButton(evt))\r
 526     {\r
 527       mouseWheelPressed = true;\r
 528       return;\r
 529     }\r
 530 \r
 531     if (evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() ||\r
 532         evt.isControlDown())\r
 533     {\r
 534       if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 535       {\r
 536         groupEditing = true;\r
 537       }\r
 538       editingSeqs = true;\r
 539     }\r
 540     else\r
 541     {\r
 542       doMousePressedDefineMode(evt);\r
 543       return;\r
 544     }\r
 545 \r
 546     int seq = findSeq(evt);\r
 547     int res = findRes(evt);\r
 548 \r
 549     if (seq < 0 || res < 0)\r
 550     {\r
 551       return;\r
 552     }\r
 553 \r
 554     if ( (seq < av.getAlignment().getHeight()) &&\r
 555         (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))\r
 556     {\r
 557       startseq = seq;\r
 558       lastres = res;\r
 559     }\r
 560     else\r
 561     {\r
 562       startseq = -1;\r
 563       lastres = -1;\r
 564     }\r
 565 \r
 566     return;\r
 567   }\r
 568 \r
 569   String lastMessage;\r
 570   public void mouseOverSequence(SequenceI sequence, int index)\r
 571   {\r
 572     String tmp = sequence.hashCode()+index+"";\r
 573     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(tmp))\r
 574       ssm.mouseOverSequence(sequence, index);\r
 575 \r
 576     lastMessage = tmp;\r
 577   }\r
 578 \r
 579 \r
 580   public void highlightSequence(jalview.datamodel.SequenceI seq, int index)\r
 581   {\r
 582     if(av.alignment.findIndex(seq)>-1)\r
 583     {\r
 584       SearchResults highlight = new SearchResults();\r
 585       highlight.addResult(seq,index,index);\r
 586       seqCanvas.highlightSearchResults(highlight);\r
 587     }\r
 588   }\r
 589 \r
 590   public void updateColours(SequenceI seq, int index)\r
 591   {\r
 592     System.out.println("update the seqPanel colours");\r
 593     //repaint();\r
 594   }\r
 595 \r
 596   /**\r
 597    * DOCUMENT ME!\r
 598    *\r
 599    * @param evt DOCUMENT ME!\r
 600    */\r
 601   public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 602   {\r
 603     if (editingSeqs)\r
 604     {\r
 605       // This is because MacOSX creates a mouseMoved\r
 606       // If control is down, other platforms will not.\r
 607       mouseDragged(evt);\r
 608     }\r
 609 \r
 610     int res = findRes(evt);\r
 611     int seq = findSeq(evt);\r
 612 \r
 613     if (res < 0 || seq < 0 || seq >= av.getAlignment().getHeight())\r
 614     {\r
 615       return;\r
 616     }\r
 617 \r
 618     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 619 \r
 620     if (res > sequence.getLength())\r
 621     {\r
 622       return;\r
 623     }\r
 624 \r
 625     if (ssm != null)\r
 626       mouseOverSequence(sequence, sequence.findPosition(res));\r
 627 \r
 628     setStatusMessage(sequence, res, seq);\r
 629 \r
 630     tooltipText.setLength(6); // Cuts the buffer back to <html>\r
 631 \r
 632     SequenceGroup[] groups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
 633     if (groups != null)\r
 634     {\r
 635       for (int g = 0; g < groups.length; g++)\r
 636       {\r
 637         if (groups[g].getStartRes() <= res && groups[g].getEndRes() >= res)\r
 638         {\r
 639           if (tooltipText.length() > 6)\r
 640           {\r
 641             tooltipText.append("<br>");\r
 642           }\r
 643 \r
 644           if (!groups[g].getName().startsWith("JTreeGroup") &&\r
 645               !groups[g].getName().startsWith("JGroup"))\r
 646           {\r
 647             tooltipText.append(groups[g].getName());\r
 648           }\r
 649 \r
 650           if (groups[g].getDescription() != null)\r
 651           {\r
 652             tooltipText.append(": " + groups[g].getDescription());\r
 653           }\r
 654         }\r
 655       }\r
 656     }\r
 657 \r
 658     // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 659     if (av.showSequenceFeatures)\r
 660     {\r
 661       SequenceFeature[] features = findFeaturesAtRes(\r
 662           sequence.getDatasetSequence(), sequence.findPosition(res));\r
 663 \r
 664       if (features != null)\r
 665       {\r
 666         for (int i = 0; i < features.length; i++)\r
 667         {\r
 668           if (features[i].getType().equals("disulfide bond"))\r
 669           {\r
 670             if (features[i].getBegin() == sequence.findPosition(res)\r
 671                 || features[i].getEnd() == sequence.findPosition(res))\r
 672             {\r
 673               if (tooltipText.length() > 6)\r
 674               {\r
 675                 tooltipText.append("<br>");\r
 676               }\r
 677               tooltipText.append("disulfide bond " + features[i].getBegin() +\r
 678                                  ":" +\r
 679                                  features[i].getEnd());\r
 680               if (features[i].links != null)\r
 681               {\r
 682                 tooltipText.append(" <img src=\"" + linkImageURL + "\">");\r
 683               }\r
 684             }\r
 685           }\r
 686           else\r
 687           {\r
 688             if (tooltipText.length() > 6)\r
 689             {\r
 690               tooltipText.append("<br>");\r
 691             }\r
 692 \r
 693             tooltipText.append(features[i].getType() + " " +\r
 694                                features[i].begin);\r
 695             if (features[i].begin != features[i].end)\r
 696             {\r
 697               tooltipText.append(" " + features[i].end);\r
 698             }\r
 699 \r
 700             if (features[i].getDescription() != null\r
 701                 && !features[i].description.equals(features[i].getType()))\r
 702             {\r
 703               tmpString = features[i].getDescription();\r
 704               int startTag = tmpString.toUpperCase().indexOf("<HTML>");\r
 705               if (startTag > -1)\r
 706               {\r
 707                 tmpString = tmpString.substring(startTag + 6);\r
 708               }\r
 709               int endTag = tmpString.toUpperCase().indexOf("</BODY>");\r
 710               if (endTag > -1)\r
 711               {\r
 712                 tmpString = tmpString.substring(0, endTag);\r
 713               }\r
 714               endTag = tmpString.toUpperCase().indexOf("</HTML>");\r
 715               if (endTag > -1)\r
 716               {\r
 717                 tmpString = tmpString.substring(0, endTag);\r
 718               }\r
 719 \r
 720               if (startTag > -1)\r
 721               {\r
 722                 tooltipText.append("; " + tmpString);\r
 723               }\r
 724               else\r
 725               {\r
 726                 if (tmpString.indexOf("<") > -1 || tmpString.indexOf(">") > -1)\r
 727                 {\r
 728                   //The description does not specify html is to\r
 729                   //be used, so we must remove < > symbols\r
 730                   tmpString = tmpString.replaceAll("<", "&lt;");\r
 731                   tmpString = tmpString.replaceAll(">", "&gt;");\r
 732 \r
 733                   tooltipText.append("; ");\r
 734                   tooltipText.append(tmpString);\r
 735 \r
 736                 }\r
 737                 else\r
 738                 {\r
 739                   tooltipText.append("; " + tmpString);\r
 740                 }\r
 741               }\r
 742             }\r
 743             if (features[i].getValue("status") != null)\r
 744             {\r
 745               String status = features[i].getValue("status").toString();\r
 746               if (status.length() > 0)\r
 747               {\r
 748                 tooltipText.append("; (" + features[i].getValue("status") + ")");\r
 749               }\r
 750             }\r
 751 \r
 752             if (features[i].links != null)\r
 753             {\r
 754               tooltipText.append(" <img src=\"" + linkImageURL + "\">");\r
 755             }\r
 756 \r
 757           }\r
 758         }\r
 759       }\r
 760     }\r
 761 \r
 762     if (tooltipText.length() == 6) // <html></html>\r
 763     {\r
 764       setToolTipText(null);\r
 765     }\r
 766     else\r
 767     {\r
 768       tooltipText.append("</html>");\r
 769       setToolTipText(tooltipText.toString());\r
 770     }\r
 771     // else\r
 772     //  setToolTipText(null);\r
 773   }\r
 774 \r
 775   void setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)\r
 776   {\r
 777     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 778                                          sequence.getName());\r
 779 \r
 780     Object obj = null;\r
 781     if (av.alignment.isNucleotide())\r
 782     {\r
 783       obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 784                                                  "");\r
 785       if (obj != null)\r
 786       {\r
 787         text.append(" Nucleotide: ");\r
 788       }\r
 789     }\r
 790     else\r
 791     {\r
 792       obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 793       if (obj != null)\r
 794       {\r
 795         text.append("  Residue: ");\r
 796       }\r
 797     }\r
 798 \r
 799     if (obj != null)\r
 800     {\r
 801 \r
 802       if (obj != "")\r
 803       {\r
 804         text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) +\r
 805                     ")");\r
 806       }\r
 807     }\r
 808     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 809 \r
 810   }\r
 811 \r
 812   /**\r
 813    * DOCUMENT ME!\r
 814    *\r
 815    * @param evt DOCUMENT ME!\r
 816    */\r
 817   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 818   {\r
 819     if (mouseWheelPressed)\r
 820     {\r
 821       int oldWidth = av.charWidth;\r
 822 \r
 823       //Which is bigger, left-right or up-down?\r
 824       if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.getY())\r
 825           > Math.abs(evt.getX() - lastMousePress.getX()))\r
 826       {\r
 827         int fontSize = av.font.getSize();\r
 828 \r
 829         if (evt.getY() < lastMousePress.getY())\r
 830         {\r
 831           fontSize--;\r
 832         }\r
 833         else if (evt.getY() > lastMousePress.getY())\r
 834         {\r
 835           fontSize++;\r
 836         }\r
 837 \r
 838         if (fontSize < 1)\r
 839         {\r
 840           fontSize = 1;\r
 841         }\r
 842 \r
 843         av.setFont(new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(), fontSize));\r
 844         av.charWidth = oldWidth;\r
 845         ap.fontChanged();\r
 846       }\r
 847       else\r
 848       {\r
 849         if (evt.getX() < lastMousePress.getX() && av.charWidth > 1)\r
 850         {\r
 851           av.charWidth--;\r
 852         }\r
 853         else if (evt.getX() > lastMousePress.getX())\r
 854         {\r
 855           av.charWidth++;\r
 856         }\r
 857 \r
 858         ap.paintAlignment(false);\r
 859       }\r
 860 \r
 861       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 862       av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.charWidth;\r
 863 \r
 864       lastMousePress = evt.getPoint();\r
 865 \r
 866       return;\r
 867     }\r
 868 \r
 869     if (!editingSeqs)\r
 870     {\r
 871       doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
 872       return;\r
 873     }\r
 874 \r
 875     int res = findRes(evt);\r
 876 \r
 877     if (res < 0)\r
 878     {\r
 879       res = 0;\r
 880     }\r
 881 \r
 882     if ( (lastres == -1) || (lastres == res))\r
 883     {\r
 884       return;\r
 885     }\r
 886 \r
 887     if ( (res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))\r
 888     {\r
 889       // dragLeft, delete gap\r
 890       editSequence(false, res);\r
 891     }\r
 892     else\r
 893     {\r
 894       editSequence(true, res);\r
 895     }\r
 896 \r
 897     mouseDragging = true;\r
 898     if (scrollThread != null)\r
 899     {\r
 900       scrollThread.setEvent(evt);\r
 901     }\r
 902   }\r
 903 \r
 904 \r
 905 \r
 906   synchronized void editSequence(boolean insertGap, int startres)\r
 907   {\r
 908     int fixedLeft = -1;\r
 909     int fixedRight = -1;\r
 910     boolean fixedColumns = false;\r
 911     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 912 \r
 913     SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(startseq);\r
 914 \r
 915     //No group, but the sequence may represent a group\r
 916     if (!groupEditing && av.hasHiddenRows)\r
 917     {\r
 918       if (av.hiddenRepSequences != null\r
 919           && av.hiddenRepSequences.containsKey(seq))\r
 920       {\r
 921         sg = (SequenceGroup) av.hiddenRepSequences.get(seq);\r
 922         groupEditing = true;\r
 923       }\r
 924     }\r
 925 \r
 926     StringBuffer message = new StringBuffer();\r
 927     if (groupEditing)\r
 928     {\r
 929       message.append("Edit group:");\r
 930       if (editCommand == null)\r
 931       {\r
 932         editCommand = new EditCommand("Edit Group");\r
 933       }\r
 934     }\r
 935     else\r
 936     {\r
 937       message.append("Edit sequence: " + seq.getName());\r
 938       String label = seq.getName();\r
 939       if (label.length() > 10)\r
 940       {\r
 941         label = label.substring(0, 10);\r
 942       }\r
 943       if (editCommand == null)\r
 944       {\r
 945         editCommand = new EditCommand("Edit " + label);\r
 946       }\r
 947     }\r
 948 \r
 949     if (insertGap)\r
 950     {\r
 951       message.append(" insert ");\r
 952     }\r
 953     else\r
 954     {\r
 955       message.append(" delete ");\r
 956     }\r
 957 \r
 958     message.append(Math.abs(startres - lastres) + " gaps.");\r
 959     ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());\r
 960 \r
 961     //Are we editing within a selection group?\r
 962     if (groupEditing\r
 963         || (sg != null && sg.getSequences(av.hiddenRepSequences).contains(seq)))\r
 964     {\r
 965       fixedColumns = true;\r
 966 \r
 967       //sg might be null as the user may only see 1 sequence,\r
 968       //but the sequence represents a group\r
 969       if (sg == null)\r
 970       {\r
 971         if (av.hiddenRepSequences == null\r
 972             || !av.hiddenRepSequences.containsKey(seq))\r
 973         {\r
 974           endEditing();\r
 975           return;\r
 976         }\r
 977         sg = (SequenceGroup) av.hiddenRepSequences.get(seq);\r
 978       }\r
 979 \r
 980       fixedLeft = sg.getStartRes();\r
 981       fixedRight = sg.getEndRes();\r
 982 \r
 983       if ( (startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)\r
 984           || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)\r
 985           || (startres > fixedRight && lastres <= fixedRight)\r
 986           || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))\r
 987       {\r
 988         endEditing();\r
 989         return;\r
 990       }\r
 991 \r
 992       if (fixedLeft > startres)\r
 993       {\r
 994         fixedRight = fixedLeft - 1;\r
 995         fixedLeft = 0;\r
 996       }\r
 997       else if (fixedRight < startres)\r
 998       {\r
 999         fixedLeft = fixedRight;\r
1000         fixedRight = -1;\r
1001       }\r
1002     }\r
1003 \r
1004     if (av.hasHiddenColumns)\r
1005     {\r
1006       fixedColumns = true;\r
1007       int y1 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryLeft(startres);\r
1008       int y2 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres);\r
1009 \r
1010       if ( (insertGap && startres > y1 && lastres < y1)\r
1011           || (!insertGap && startres < y2 && lastres > y2))\r
1012       {\r
1013         endEditing();\r
1014         return;\r
1015       }\r
1016 \r
1017       //System.out.print(y1+" "+y2+" "+fixedLeft+" "+fixedRight+"~~");\r
1018       //Selection spans a hidden region\r
1019       if (fixedLeft < y1 && (fixedRight > y2 || fixedRight == -1))\r
1020       {\r
1021         if (startres >= y2)\r
1022         {\r
1023           fixedLeft = y2;\r
1024         }\r
1025         else\r
1026         {\r
1027           fixedRight = y2 - 1;\r
1028         }\r
1029       }\r
1030     }\r
1031 \r
1032     if (groupEditing)\r
1033     {\r
1034       Vector vseqs = sg.getSequences(av.hiddenRepSequences);\r
1035       int g, groupSize = vseqs.size();\r
1036       SequenceI[] groupSeqs = new SequenceI[groupSize];\r
1037       for (g = 0; g < groupSeqs.length; g++)\r
1038       {\r
1039         groupSeqs[g] = (SequenceI) vseqs.elementAt(g);\r
1040       }\r
1041 \r
1042       // drag to right\r
1043       if (insertGap)\r
1044       {\r
1045         //If the user has selected the whole sequence, and is dragging to\r
1046         // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup\r
1047         if (sg.getStartRes() == 0\r
1048             && sg.getEndRes() == fixedRight\r
1049             && sg.getEndRes() == av.alignment.getWidth() - 1\r
1050             )\r
1051         {\r
1052           sg.setEndRes(av.alignment.getWidth() + startres - lastres);\r
1053           fixedRight = sg.getEndRes();\r
1054         }\r
1055 \r
1056         // Is it valid with fixed columns??\r
1057         // Find the next gap before the end\r
1058         // of the visible region boundary\r
1059         boolean blank = false;\r
1060         for (fixedRight = fixedRight;\r
1061              fixedRight > lastres;\r
1062              fixedRight--)\r
1063         {\r
1064           blank = true;\r
1065 \r
1066           for (g = 0; g < groupSize; g++)\r
1067           {\r
1068             for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)\r
1069             {\r
1070               if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
1071                   groupSeqs[g].getCharAt(fixedRight - j)))\r
1072               {\r
1073                 blank = false;\r
1074                 break;\r
1075               }\r
1076             }\r
1077           }\r
1078           if (blank)\r
1079           {\r
1080             break;\r
1081           }\r
1082         }\r
1083 \r
1084         if (!blank)\r
1085         {\r
1086           if (sg.getSize() == av.alignment.getHeight())\r
1087           {\r
1088             if ( (av.hasHiddenColumns\r
1089                   &&\r
1090                   startres < av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres)))\r
1091             {\r
1092               endEditing();\r
1093               return;\r
1094             }\r
1095 \r
1096             int alWidth = av.alignment.getWidth();\r
1097             if (av.hasHiddenRows)\r
1098             {\r
1099               int hwidth = av.alignment.getHiddenSequences().getWidth();\r
1100               if (hwidth > alWidth)\r
1101               {\r
1102                 alWidth = hwidth;\r
1103               }\r
1104             }\r
1105             //We can still insert gaps if the selectionGroup\r
1106             //contains all the sequences\r
1107             sg.setEndRes(sg.getEndRes() + startres - lastres);\r
1108             fixedRight = alWidth + startres - lastres;\r
1109           }\r
1110           else\r
1111           {\r
1112             endEditing();\r
1113             return;\r
1114           }\r
1115         }\r
1116       }\r
1117 \r
1118       // drag to left\r
1119       else if (!insertGap)\r
1120       {\r
1121         /// Are we able to delete?\r
1122         // ie are all columns blank?\r
1123 \r
1124         for (g = 0; g < groupSize; g++)\r
1125         {\r
1126           for (int j = startres; j < lastres; j++)\r
1127           {\r
1128             if (groupSeqs[g].getLength() <= j)\r
1129             {\r
1130               continue;\r
1131             }\r
1132 \r
1133             if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
1134                 groupSeqs[g].getCharAt(j)))\r
1135             {\r
1136               // Not a gap, block edit not valid\r
1137               endEditing();\r
1138               return;\r
1139             }\r
1140           }\r
1141         }\r
1142       }\r
1143 \r
1144       if (insertGap)\r
1145       {\r
1146         // dragging to the right\r
1147         if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
1148         {\r
1149           for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
1150           {\r
1151             insertChar(j, groupSeqs, fixedRight);\r
1152           }\r
1153         }\r
1154         else\r
1155         {\r
1156           editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
1157                                  groupSeqs,\r
1158                                  startres, startres - lastres,\r
1159                                  av.alignment,\r
1160                                  true);\r
1161         }\r
1162       }\r
1163       else\r
1164       {\r
1165         // dragging to the left\r
1166         if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
1167         {\r
1168           for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
1169           {\r
1170             deleteChar(startres, groupSeqs, fixedRight);\r
1171           }\r
1172         }\r
1173         else\r
1174         {\r
1175           editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
1176                                  groupSeqs,\r
1177                                  startres, lastres - startres,\r
1178                                  av.alignment,\r
1179                                  true);\r
1180         }\r
1181 \r
1182       }\r
1183     }\r
1184     else /////Editing a single sequence///////////\r
1185     {\r
1186       if (insertGap)\r
1187       {\r
1188         // dragging to the right\r
1189         if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
1190         {\r
1191           for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
1192           {\r
1193             insertChar(j, new SequenceI[]\r
1194                        {seq}, fixedRight);\r
1195           }\r
1196         }\r
1197         else\r
1198         {\r
1199           editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
1200                                  new SequenceI[]\r
1201                                  {seq},\r
1202                                  lastres, startres - lastres,\r
1203                                  av.alignment,\r
1204                                  true);\r
1205         }\r
1206       }\r
1207       else\r
1208       {\r
1209         // dragging to the left\r
1210         if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
1211         {\r
1212           for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
1213           {\r
1214             if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(startres)))\r
1215             {\r
1216               endEditing();\r
1217               break;\r
1218             }\r
1219             deleteChar(startres, new SequenceI[]\r
1220                        {seq}, fixedRight);\r
1221           }\r
1222         }\r
1223         else\r
1224         {\r
1225           //could be a keyboard edit trying to delete none gaps\r
1226           int max = 0;\r
1227           for (int m = startres; m < lastres; m++)\r
1228           {\r
1229             if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(m)))\r
1230             {\r
1231               break;\r
1232             }\r
1233             max++;\r
1234           }\r
1235 \r
1236           if (max > 0)\r
1237           {\r
1238             editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
1239                                    new SequenceI[]\r
1240                                    {seq},\r
1241                                    startres, max,\r
1242                                    av.alignment,\r
1243                                    true);\r
1244           }\r
1245         }\r
1246       }\r
1247     }\r
1248 \r
1249     lastres = startres;\r
1250     seqCanvas.repaint();\r
1251   }\r
1252 \r
1253   void insertChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)\r
1254   {\r
1255     int blankColumn = fixedColumn;\r
1256     for (int s = 0; s < seq.length; s++)\r
1257     {\r
1258       //Find the next gap before the end of the visible region boundary\r
1259       //If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion\r
1260 \r
1261       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)\r
1262       {\r
1263         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq[s].getCharAt(blankColumn)))\r
1264         {\r
1265           //Theres a space, so break and insert the gap\r
1266           break;\r
1267         }\r
1268       }\r
1269 \r
1270       if (blankColumn <= j)\r
1271       {\r
1272         blankColumn = fixedColumn;\r
1273         endEditing();\r
1274         return;\r
1275       }\r
1276     }\r
1277 \r
1278     editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
1279                            seq,\r
1280                            blankColumn, 1, av.alignment, true);\r
1281 \r
1282     editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
1283                            seq,\r
1284                            j, 1, av.alignment,\r
1285                            true);\r
1286 \r
1287   }\r
1288 \r
1289   void deleteChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)\r
1290   {\r
1291 \r
1292     editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
1293                            seq,\r
1294                            j, 1, av.alignment, true);\r
1295 \r
1296     editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
1297                            seq,\r
1298                            fixedColumn, 1, av.alignment, true);\r
1299   }\r
1300 \r
1301   /**\r
1302    * DOCUMENT ME!\r
1303    *\r
1304    * @param e DOCUMENT ME!\r
1305    */\r
1306   public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
1307   {\r
1308     if (oldSeq < 0)\r
1309     {\r
1310       oldSeq = 0;\r
1311     }\r
1312 \r
1313     if (scrollThread != null)\r
1314     {\r
1315       scrollThread.running = false;\r
1316       scrollThread = null;\r
1317     }\r
1318   }\r
1319 \r
1320   /**\r
1321    * DOCUMENT ME!\r
1322    *\r
1323    * @param e DOCUMENT ME!\r
1324    */\r
1325   public void mouseExited(MouseEvent e)\r
1326   {\r
1327     if (av.getWrapAlignment())\r
1328     {\r
1329       return;\r
1330     }\r
1331 \r
1332     if (mouseDragging)\r
1333     {\r
1334       scrollThread = new ScrollThread();\r
1335     }\r
1336   }\r
1337 \r
1338   public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
1339   {\r
1340     SequenceI sequence = av.alignment.getSequenceAt(findSeq(evt));\r
1341     if (evt.getClickCount() > 1)\r
1342     {\r
1343       if (av.getSelectionGroup().getSize() == 1\r
1344           && av.getSelectionGroup().getEndRes()\r
1345           - av.getSelectionGroup().getStartRes() < 2)\r
1346       {\r
1347         av.setSelectionGroup(null);\r
1348       }\r
1349 \r
1350       SequenceFeature[] features = findFeaturesAtRes(\r
1351           sequence.getDatasetSequence(),\r
1352           sequence.findPosition(findRes(evt))\r
1353           );\r
1354 \r
1355       if (features != null && features.length > 0)\r
1356       {\r
1357         SearchResults highlight = new SearchResults();\r
1358         highlight.addResult(sequence,\r
1359                             features[0].getBegin(),\r
1360                             features[0].getEnd());\r
1361         seqCanvas.highlightSearchResults(highlight);\r
1362       }\r
1363       if (features != null && features.length > 0)\r
1364       {\r
1365         seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(\r
1366             new SequenceI[]\r
1367             {sequence}, features, false, ap);\r
1368 \r
1369         seqCanvas.highlightSearchResults(null);\r
1370       }\r
1371     }\r
1372   }\r
1373 \r
1374   public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)\r
1375   {\r
1376     e.consume();\r
1377       if (e.getWheelRotation() > 0)\r
1378       {\r
1379         ap.scrollUp(false);\r
1380       }\r
1381       else\r
1382       {\r
1383         ap.scrollUp(true);\r
1384       }\r
1385   }\r
1386 \r
1387   /**\r
1388    * DOCUMENT ME!\r
1389    *\r
1390    * @param evt DOCUMENT ME!\r
1391    */\r
1392   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1393   {\r
1394     int res = findRes(evt);\r
1395     int seq = findSeq(evt);\r
1396     oldSeq = seq;\r
1397 \r
1398     startWrapBlock = wrappedBlock;\r
1399 \r
1400     if (av.wrapAlignment && seq > av.alignment.getHeight())\r
1401     {\r
1402       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
1403                                             "Cannot edit annotations in wrapped view.",\r
1404                                             "Wrapped view - no edit",\r
1405                                             JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1406       return;\r
1407     }\r
1408 \r
1409     if (seq < 0 || res < 0)\r
1410     {\r
1411       return;\r
1412     }\r
1413 \r
1414     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
1415 \r
1416     if ( (sequence == null) || (res > sequence.getLength()))\r
1417     {\r
1418       return;\r
1419     }\r
1420 \r
1421     stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
1422 \r
1423     if (stretchGroup == null)\r
1424     {\r
1425       stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);\r
1426 \r
1427       if ( (stretchGroup != null) && (res > stretchGroup.getStartRes()) &&\r
1428           (res < stretchGroup.getEndRes()))\r
1429       {\r
1430         av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1431       }\r
1432       else\r
1433       {\r
1434         stretchGroup = null;\r
1435       }\r
1436     }\r
1437     else if (!stretchGroup.getSequences(null).contains(sequence) ||\r
1438              (stretchGroup.getStartRes() > res) ||\r
1439              (stretchGroup.getEndRes() < res))\r
1440     {\r
1441       stretchGroup = null;\r
1442 \r
1443       SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
1444 \r
1445       if (allGroups != null)\r
1446       {\r
1447         for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
1448         {\r
1449           if ( (allGroups[i].getStartRes() <= res) &&\r
1450               (allGroups[i].getEndRes() >= res))\r
1451           {\r
1452             stretchGroup = allGroups[i];\r
1453             break;\r
1454           }\r
1455         }\r
1456       }\r
1457 \r
1458       av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1459 \r
1460     }\r
1461 \r
1462     if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
1463     {\r
1464       SequenceFeature [] allFeatures = findFeaturesAtRes(sequence.getDatasetSequence(),\r
1465                                                sequence.findPosition(res));\r
1466       Vector links = new Vector();\r
1467       for (int i = 0; i < allFeatures.length; i++)\r
1468       {\r
1469         if (allFeatures[i].links != null)\r
1470         {\r
1471           for (int j = 0; j < allFeatures[i].links.size(); j++)\r
1472           {\r
1473             links.addElement(allFeatures[i].links.elementAt(j));\r
1474           }\r
1475         }\r
1476       }\r
1477 \r
1478       jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu(ap, null, links);\r
1479       pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
1480       return;\r
1481     }\r
1482 \r
1483     if (av.cursorMode)\r
1484     {\r
1485       seqCanvas.cursorX = findRes(evt);\r
1486       seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);\r
1487       seqCanvas.repaint();\r
1488       return;\r
1489     }\r
1490 \r
1491     if (stretchGroup == null)\r
1492     {\r
1493       //Only if left mouse button do we want to change group sizes\r
1494 \r
1495       // define a new group here\r
1496       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
1497       sg.setStartRes(res);\r
1498       sg.setEndRes(res);\r
1499       sg.addSequence(sequence, false);\r
1500       av.setSelectionGroup(sg);\r
1501       stretchGroup = sg;\r
1502 \r
1503       if (av.getConservationSelected())\r
1504       {\r
1505         SliderPanel.setConservationSlider(ap,\r
1506                                           av.getGlobalColourScheme(),\r
1507                                           "Background");\r
1508       }\r
1509 \r
1510       if (av.getAbovePIDThreshold())\r
1511       {\r
1512         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
1513                                        "Background");\r
1514       }\r
1515       if ( (stretchGroup != null) && (stretchGroup.getEndRes() == res))\r
1516       {\r
1517         // Edit end res position of selected group\r
1518         changeEndRes = true;\r
1519       }\r
1520       else if ( (stretchGroup != null) &&\r
1521                (stretchGroup.getStartRes() == res))\r
1522       {\r
1523         // Edit end res position of selected group\r
1524         changeStartRes = true;\r
1525       }\r
1526       stretchGroup.getWidth();\r
1527     }\r
1528 \r
1529     seqCanvas.repaint();\r
1530   }\r
1531 \r
1532   /**\r
1533    * DOCUMENT ME!\r
1534    *\r
1535    * @param evt DOCUMENT ME!\r
1536    */\r
1537   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1538   {\r
1539     if (stretchGroup == null)\r
1540     {\r
1541       return;\r
1542     }\r
1543 \r
1544     if (stretchGroup.cs != null)\r
1545     {\r
1546       if (stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
1547       {\r
1548         ( (ClustalxColourScheme) stretchGroup.cs).resetClustalX(\r
1549             stretchGroup.getSequences(av.hiddenRepSequences),\r
1550             stretchGroup.getWidth());\r
1551       }\r
1552 \r
1553       if (stretchGroup.cs instanceof Blosum62ColourScheme\r
1554           || stretchGroup.cs instanceof PIDColourScheme\r
1555           || stretchGroup.cs.conservationApplied()\r
1556           || stretchGroup.cs.getThreshold() > 0)\r
1557       {\r
1558         stretchGroup.recalcConservation();\r
1559       }\r
1560 \r
1561       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())\r
1562       {\r
1563         SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,\r
1564                                           stretchGroup.getName());\r
1565       }\r
1566       else\r
1567       {\r
1568         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,\r
1569                                        stretchGroup.getName());\r
1570       }\r
1571       PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());\r
1572       ap.paintAlignment(true);\r
1573     }\r
1574 \r
1575     changeEndRes = false;\r
1576     changeStartRes = false;\r
1577     stretchGroup = null;\r
1578 \r
1579   }\r
1580 \r
1581   /**\r
1582    * DOCUMENT ME!\r
1583    *\r
1584    * @param evt DOCUMENT ME!\r
1585    */\r
1586   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1587   {\r
1588     int res = findRes(evt);\r
1589     int y = findSeq(evt);\r
1590 \r
1591     if (wrappedBlock != startWrapBlock)\r
1592     {\r
1593       return;\r
1594     }\r
1595 \r
1596     if (stretchGroup == null)\r
1597     {\r
1598       return;\r
1599     }\r
1600 \r
1601     if (res >= av.alignment.getWidth())\r
1602     {\r
1603       res = av.alignment.getWidth() - 1;\r
1604     }\r
1605 \r
1606     if (stretchGroup.getEndRes() == res)\r
1607     {\r
1608       // Edit end res position of selected group\r
1609       changeEndRes = true;\r
1610     }\r
1611     else if (stretchGroup.getStartRes() == res)\r
1612     {\r
1613       // Edit start res position of selected group\r
1614       changeStartRes = true;\r
1615     }\r
1616 \r
1617     if (res < av.getStartRes())\r
1618     {\r
1619       res = av.getStartRes();\r
1620     }\r
1621 \r
1622     if (changeEndRes)\r
1623     {\r
1624       if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))\r
1625       {\r
1626         stretchGroup.setEndRes(res);\r
1627       }\r
1628     }\r
1629     else if (changeStartRes)\r
1630     {\r
1631       if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))\r
1632       {\r
1633         stretchGroup.setStartRes(res);\r
1634       }\r
1635     }\r
1636 \r
1637     int dragDirection = 0;\r
1638 \r
1639     if (y > oldSeq)\r
1640     {\r
1641       dragDirection = 1;\r
1642     }\r
1643     else if (y < oldSeq)\r
1644     {\r
1645       dragDirection = -1;\r
1646     }\r
1647 \r
1648     while ( (y != oldSeq) && (oldSeq > -1) && (y < av.alignment.getHeight()))\r
1649     {\r
1650       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
1651       // selection is quite slow.\r
1652       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1653 \r
1654       oldSeq += dragDirection;\r
1655 \r
1656       if (oldSeq < 0)\r
1657       {\r
1658         break;\r
1659       }\r
1660 \r
1661       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1662 \r
1663       if (stretchGroup.getSequences(null).contains(nextSeq))\r
1664       {\r
1665         stretchGroup.deleteSequence(seq, false);\r
1666       }\r
1667       else\r
1668       {\r
1669         if (seq != null)\r
1670         {\r
1671           stretchGroup.addSequence(seq, false);\r
1672         }\r
1673 \r
1674         stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);\r
1675       }\r
1676     }\r
1677 \r
1678     if (oldSeq < 0)\r
1679     {\r
1680       oldSeq = -1;\r
1681     }\r
1682 \r
1683     mouseDragging = true;\r
1684 \r
1685     if (scrollThread != null)\r
1686     {\r
1687       scrollThread.setEvent(evt);\r
1688     }\r
1689 \r
1690     seqCanvas.repaint();\r
1691   }\r
1692 \r
1693   void scrollCanvas(MouseEvent evt)\r
1694   {\r
1695     if (evt == null)\r
1696     {\r
1697       if (scrollThread != null)\r
1698       {\r
1699         scrollThread.running = false;\r
1700         scrollThread = null;\r
1701       }\r
1702       mouseDragging = false;\r
1703     }\r
1704     else\r
1705     {\r
1706       if (scrollThread == null)\r
1707       {\r
1708         scrollThread = new ScrollThread();\r
1709       }\r
1710 \r
1711       mouseDragging = true;\r
1712       scrollThread.setEvent(evt);\r
1713     }\r
1714 \r
1715   }\r
1716 \r
1717   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
1718   class ScrollThread\r
1719       extends Thread\r
1720   {\r
1721     MouseEvent evt;\r
1722     boolean running = false;\r
1723 \r
1724     public ScrollThread()\r
1725     {\r
1726       start();\r
1727     }\r
1728 \r
1729     public void setEvent(MouseEvent e)\r
1730     {\r
1731       evt = e;\r
1732     }\r
1733 \r
1734     public void stopScrolling()\r
1735     {\r
1736       running = false;\r
1737     }\r
1738 \r
1739     public void run()\r
1740     {\r
1741       running = true;\r
1742 \r
1743       while (running)\r
1744       {\r
1745         if (evt != null)\r
1746         {\r
1747           if (mouseDragging && (evt.getY() < 0) &&\r
1748               (av.getStartSeq() > 0))\r
1749           {\r
1750             running = ap.scrollUp(true);\r
1751           }\r
1752 \r
1753           if (mouseDragging && (evt.getY() >= getHeight()) &&\r
1754               (av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq()))\r
1755           {\r
1756             running = ap.scrollUp(false);\r
1757           }\r
1758 \r
1759           if (mouseDragging && (evt.getX() < 0))\r
1760           {\r
1761             running = ap.scrollRight(false);\r
1762           }\r
1763           else if (mouseDragging && (evt.getX() >= getWidth()))\r
1764           {\r
1765             running = ap.scrollRight(true);\r
1766           }\r
1767         }\r
1768 \r
1769         try\r
1770         {\r
1771           Thread.sleep(20);\r
1772         }\r
1773         catch (Exception ex)\r
1774         {\r
1775         }\r
1776       }\r
1777     }\r
1778   }\r
1779 }\r