src/jalview/gui/SeqPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 import jalview.commands.EditCommand;\r
  23 import jalview.schemes.*;\r
  24 \r
  25 import java.awt.*;\r
  26 import java.awt.event.*;\r
  27 import javax.swing.*;\r
  28 import java.util.Vector;\r
  29 \r
  30 \r
  31 /**\r
  32  * DOCUMENT ME!\r
  33  *\r
  34  * @author $author$\r
  35  * @version $Revision$\r
  36  */\r
  37 public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,\r
  38     MouseMotionListener, MouseWheelListener\r
  39 \r
  40 {\r
  41   /** DOCUMENT ME!! */\r
  42   public SeqCanvas seqCanvas;\r
  43 \r
  44   /** DOCUMENT ME!! */\r
  45   public AlignmentPanel ap;\r
  46   protected int lastres;\r
  47   protected int startseq;\r
  48   protected AlignViewport av;\r
  49 \r
  50   ScrollThread scrollThread = null;\r
  51   boolean mouseDragging = false;\r
  52   boolean editingSeqs = false;\r
  53   boolean groupEditing = false;\r
  54 \r
  55   //////////////////////////////////////////\r
  56   /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
  57   //////////////////////////////////////////\r
  58   int oldSeq = -1;\r
  59   boolean changeEndSeq = false;\r
  60   boolean changeStartSeq = false;\r
  61   boolean changeEndRes = false;\r
  62   boolean changeStartRes = false;\r
  63   SequenceGroup stretchGroup = null;\r
  64   boolean remove = false;\r
  65 \r
  66   Point lastMousePress;\r
  67   boolean mouseWheelPressed = false;\r
  68   StringBuffer keyboardNo1;\r
  69   StringBuffer keyboardNo2;\r
  70 \r
  71   java.net.URL linkImageURL;\r
  72 \r
  73   StringBuffer tooltipText = new StringBuffer("<html>");\r
  74   String tmpString;\r
  75 \r
  76   EditCommand editCommand;\r
  77 \r
  78   /**\r
  79    * Creates a new SeqPanel object.\r
  80    *\r
  81    * @param avp DOCUMENT ME!\r
  82    * @param p DOCUMENT ME!\r
  83    */\r
  84   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)\r
  85   {\r
  86     linkImageURL = getClass().getResource("/images/link.gif");\r
  87     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
  88     ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);\r
  89     ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);\r
  90     this.av = avp;\r
  91     setBackground(Color.white);\r
  92 \r
  93     seqCanvas = new SeqCanvas(avp);\r
  94     setLayout(new BorderLayout());\r
  95     add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  96 \r
  97     ap = p;\r
  98 \r
  99     if (!av.isDataset())\r
 100     {\r
 101       addMouseMotionListener(this);\r
 102       addMouseListener(this);\r
 103       addMouseWheelListener(this);\r
 104     }\r
 105   }\r
 106 \r
 107   int startWrapBlock = -1;\r
 108   int wrappedBlock = -1;\r
 109   int findRes(MouseEvent evt)\r
 110   {\r
 111     int res = 0;\r
 112     int x = evt.getX();\r
 113 \r
 114     if (av.wrapAlignment)\r
 115     {\r
 116 \r
 117       int hgap = av.charHeight;\r
 118       if (av.scaleAboveWrapped)\r
 119         hgap += av.charHeight;\r
 120 \r
 121       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 122           + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 123 \r
 124       int y = evt.getY();\r
 125       y -= hgap;\r
 126       x -= seqCanvas.LABEL_WEST;\r
 127 \r
 128       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(this.getWidth());\r
 129       if (cwidth < 1)\r
 130         return 0;\r
 131 \r
 132       wrappedBlock = y / cHeight;\r
 133       wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;\r
 134 \r
 135       res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();\r
 136 \r
 137     }\r
 138     else\r
 139     {\r
 140       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 141     }\r
 142 \r
 143     if (av.hasHiddenColumns)\r
 144       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 145 \r
 146     return res;\r
 147 \r
 148   }\r
 149 \r
 150   int findSeq(MouseEvent evt)\r
 151   {\r
 152     int seq = 0;\r
 153     int y = evt.getY();\r
 154 \r
 155     if (av.wrapAlignment)\r
 156     {\r
 157       int hgap = av.charHeight;\r
 158       if (av.scaleAboveWrapped)\r
 159         hgap += av.charHeight;\r
 160 \r
 161       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 162           + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 163 \r
 164       y -= hgap;\r
 165 \r
 166       seq = Math.min( (y % cHeight) / av.getCharHeight(),\r
 167                      av.alignment.getHeight() - 1);\r
 168     }\r
 169     else\r
 170     {\r
 171       seq = Math.min( (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq(),\r
 172                      av.alignment.getHeight() - 1);\r
 173     }\r
 174 \r
 175     return seq;\r
 176   }\r
 177 \r
 178   SequenceFeature[] findFeaturesAtRes(SequenceI sequence, int res)\r
 179   {\r
 180     Vector tmp = new Vector();\r
 181     SequenceFeature[] features = sequence.getSequenceFeatures();\r
 182     if (features != null)\r
 183     {\r
 184       for (int i = 0; i < features.length; i++)\r
 185       {\r
 186         if (av.featuresDisplayed == null\r
 187             || !av.featuresDisplayed.containsKey(features[i].getType()))\r
 188           continue;\r
 189 \r
 190         if ( (features[i].getBegin() <= res) &&\r
 191             (features[i].getEnd() >= res))\r
 192         {\r
 193           tmp.addElement(features[i]);\r
 194         }\r
 195       }\r
 196     }\r
 197 \r
 198     features = new SequenceFeature[tmp.size()];\r
 199     for(int i=0; i<tmp.size(); i++)\r
 200     {\r
 201       features[i] = (SequenceFeature)tmp.elementAt(i);\r
 202     }\r
 203 \r
 204     return features;\r
 205   }\r
 206 \r
 207    Vector getAllFeaturesAtRes(SequenceI seq, int res)\r
 208    {\r
 209      Vector allFeatures = new Vector();\r
 210      int index = 0;\r
 211      if(seq.getSequenceFeatures()!=null && av.featuresDisplayed!=null)\r
 212      {\r
 213        while (index < seq.getSequenceFeatures().length)\r
 214        {\r
 215          SequenceFeature sf = seq.getSequenceFeatures()[index];\r
 216          if (sf.getBegin() <= res &&\r
 217              sf.getEnd() >= res)\r
 218          {\r
 219            if (av.featuresDisplayed.containsKey(sf.getType()))\r
 220            {\r
 221              allFeatures.addElement(sf);\r
 222            }\r
 223          }\r
 224          index++;\r
 225        }\r
 226      }\r
 227      return allFeatures;\r
 228   }\r
 229 \r
 230    void endEditing()\r
 231    {\r
 232      if (editCommand!=null && editCommand.getSize() > 0)\r
 233      {\r
 234        ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);\r
 235        av.firePropertyChange("alignment", null,\r
 236                              av.getAlignment().getSequences());\r
 237      }\r
 238 \r
 239      startseq = -1;\r
 240      lastres = -1;\r
 241      editingSeqs = false;\r
 242      groupEditing = false;\r
 243      keyboardNo1 = null;\r
 244      keyboardNo2 = null;\r
 245      editCommand = null;\r
 246     }\r
 247 \r
 248     void setCursorRow()\r
 249     {\r
 250       seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo(keyboardNo1)-1;\r
 251       scrollToVisible();\r
 252     }\r
 253 \r
 254     void setCursorColumn()\r
 255     {\r
 256       seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo(keyboardNo1)-1;\r
 257       scrollToVisible();\r
 258     }\r
 259 \r
 260     void setCursorRowAndColumn()\r
 261     {\r
 262       if(keyboardNo2==null)\r
 263       {\r
 264         keyboardNo2 = new StringBuffer();\r
 265       }\r
 266       else\r
 267       {\r
 268         seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo(keyboardNo1) - 1;\r
 269         seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo(keyboardNo2) - 1;\r
 270         scrollToVisible();\r
 271       }\r
 272     }\r
 273 \r
 274     void setCursorPosition()\r
 275     {\r
 276       SequenceI sequence =\r
 277           (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 278 \r
 279       seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(\r
 280           getKeyboardNo(keyboardNo1)-1\r
 281           );\r
 282       scrollToVisible();\r
 283     }\r
 284 \r
 285     void moveCursor(int dx, int dy)\r
 286     {\r
 287       seqCanvas.cursorX += dx;\r
 288       seqCanvas.cursorY += dy;\r
 289       if (av.hasHiddenColumns && !av.colSel.isVisible(seqCanvas.cursorX))\r
 290       {\r
 291         int original = seqCanvas.cursorX - dx;\r
 292         int maxWidth = av.alignment.getWidth();\r
 293 \r
 294         while(!av.colSel.isVisible(seqCanvas.cursorX)\r
 295               && seqCanvas.cursorX<maxWidth\r
 296               && seqCanvas.cursorX>0)\r
 297         {\r
 298           seqCanvas.cursorX += dx;\r
 299         }\r
 300 \r
 301         if(seqCanvas.cursorX>=maxWidth\r
 302            || !av.colSel.isVisible(seqCanvas.cursorX) )\r
 303         {\r
 304           seqCanvas.cursorX = original;\r
 305         }\r
 306       }\r
 307 \r
 308       scrollToVisible();\r
 309     }\r
 310 \r
 311     void scrollToVisible()\r
 312     {\r
 313       if (seqCanvas.cursorX < 0)\r
 314         seqCanvas.cursorX = 0;\r
 315       else if (seqCanvas.cursorX > av.alignment.getWidth() - 1)\r
 316         seqCanvas.cursorX = av.alignment.getWidth() - 1;\r
 317 \r
 318       if (seqCanvas.cursorY < 0)\r
 319         seqCanvas.cursorY = 0;\r
 320       else if (seqCanvas.cursorY > av.alignment.getHeight() - 1)\r
 321         seqCanvas.cursorY = av.alignment.getHeight() - 1;\r
 322 \r
 323 \r
 324       endEditing();\r
 325       if(av.wrapAlignment)\r
 326       {\r
 327         ap.scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);\r
 328       }\r
 329       else\r
 330       {\r
 331         while (seqCanvas.cursorY < av.startSeq)\r
 332         {\r
 333           ap.scrollUp(true);\r
 334         }\r
 335         while (seqCanvas.cursorY + 1 > av.endSeq)\r
 336         {\r
 337           ap.scrollUp(false);\r
 338         }\r
 339         if (!av.wrapAlignment)\r
 340         {\r
 341           while (seqCanvas.cursorX < av.colSel.adjustForHiddenColumns(av.startRes))\r
 342           {\r
 343             if (!ap.scrollRight(false))\r
 344               break;\r
 345           }\r
 346           while (seqCanvas.cursorX > av.colSel.adjustForHiddenColumns(av.endRes))\r
 347           {\r
 348             if (!ap.scrollRight(true))\r
 349               break;\r
 350           }\r
 351         }\r
 352       }\r
 353       setStatusMessage(av.alignment.getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),\r
 354                        seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);\r
 355 \r
 356       seqCanvas.repaint();\r
 357     }\r
 358 \r
 359     void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)\r
 360     {\r
 361       SequenceI sequence =\r
 362           (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 363 \r
 364       if(av.getSelectionGroup()!=null)\r
 365       {\r
 366         SequenceGroup sg = av.selectionGroup;\r
 367         //Find the top and bottom of this group\r
 368         int min = av.alignment.getHeight(), max = 0;\r
 369         for(int i=0; i<sg.getSize(); i++)\r
 370         {\r
 371           int index = av.alignment.findIndex( sg.getSequenceAt(i) );\r
 372           if(index > max)\r
 373             max = index;\r
 374           if(index < min)\r
 375             min = index;\r
 376         }\r
 377 \r
 378         max ++;\r
 379 \r
 380         if(topLeft)\r
 381         {\r
 382           sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 383           if(sg.getEndRes()<seqCanvas.cursorX)\r
 384             sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 385 \r
 386           min = seqCanvas.cursorY;\r
 387         }\r
 388         else\r
 389         {\r
 390           sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 391           if(sg.getStartRes()>seqCanvas.cursorX)\r
 392             sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 393 \r
 394           max = seqCanvas.cursorY+1;\r
 395         }\r
 396 \r
 397         if(min>max)\r
 398         {\r
 399           // Only the user can do this\r
 400           av.setSelectionGroup(null);\r
 401         }\r
 402         else\r
 403         {\r
 404           // Now add any sequences between min and max\r
 405           sg.getSequences(null).clear();\r
 406           for (int i = min; i < max; i++)\r
 407           {\r
 408             sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(i), false);\r
 409           }\r
 410         }\r
 411       }\r
 412 \r
 413       if (av.getSelectionGroup() == null)\r
 414       {\r
 415         SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 416         sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 417         sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 418         sg.addSequence(sequence, false);\r
 419         av.setSelectionGroup(sg);\r
 420       }\r
 421 \r
 422 \r
 423       ap.repaint();\r
 424     }\r
 425 \r
 426     void insertGapAtCursor(boolean group)\r
 427     {\r
 428       groupEditing = group;\r
 429       startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 430       lastres = seqCanvas.cursorX;\r
 431       editSequence(true, seqCanvas.cursorX+getKeyboardNo(keyboardNo1));\r
 432       endEditing();\r
 433     }\r
 434 \r
 435     void deleteGapAtCursor(boolean group)\r
 436     {\r
 437       groupEditing = group;\r
 438       startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 439       lastres = seqCanvas.cursorX+getKeyboardNo(keyboardNo1);\r
 440       editSequence(false, seqCanvas.cursorX);\r
 441       endEditing();\r
 442     }\r
 443 \r
 444     void numberPressed(char value)\r
 445     {\r
 446       if(keyboardNo1==null)\r
 447         keyboardNo1 = new StringBuffer();\r
 448 \r
 449       if(keyboardNo2!=null)\r
 450         keyboardNo2.append(value);\r
 451       else\r
 452         keyboardNo1.append(value);\r
 453     }\r
 454 \r
 455     int getKeyboardNo(StringBuffer kb)\r
 456     {\r
 457       if(kb==null)\r
 458         return 1;\r
 459       else\r
 460         return Integer.parseInt(kb.toString());\r
 461     }\r
 462 \r
 463 \r
 464     /**\r
 465      * DOCUMENT ME!\r
 466      *\r
 467      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 468      */\r
 469     public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 470     {\r
 471       mouseDragging = false;\r
 472       mouseWheelPressed = false;\r
 473 \r
 474       if (!editingSeqs)\r
 475       {\r
 476          doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
 477          return;\r
 478       }\r
 479 \r
 480        endEditing();\r
 481 \r
 482        ap.repaint();\r
 483     }\r
 484 \r
 485 \r
 486 \r
 487     /**\r
 488      * DOCUMENT ME!\r
 489      *\r
 490      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 491      */\r
 492     public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 493     {\r
 494       lastMousePress = evt.getPoint();\r
 495 \r
 496       if (javax.swing.SwingUtilities.isMiddleMouseButton(evt))\r
 497       {\r
 498         mouseWheelPressed = true;\r
 499         return;\r
 500       }\r
 501 \r
 502       if (evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() ||\r
 503           evt.isControlDown())\r
 504       {\r
 505         if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 506         {\r
 507           groupEditing = true;\r
 508         }\r
 509         editingSeqs = true;\r
 510       }\r
 511       else\r
 512       {\r
 513         doMousePressedDefineMode(evt);\r
 514         return;\r
 515       }\r
 516 \r
 517       int seq = findSeq(evt);\r
 518       int res = findRes(evt);\r
 519 \r
 520       if(seq<0 || res<0)\r
 521         return;\r
 522 \r
 523         if ((seq < av.getAlignment().getHeight()) &&\r
 524                 (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))\r
 525         {\r
 526             startseq = seq;\r
 527             lastres = res;\r
 528         }\r
 529         else\r
 530         {\r
 531             startseq = -1;\r
 532             lastres = -1;\r
 533         }\r
 534 \r
 535         return;\r
 536     }\r
 537 \r
 538     /**\r
 539      * DOCUMENT ME!\r
 540      *\r
 541      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 542      */\r
 543     public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 544     {\r
 545       if (editingSeqs)\r
 546       {\r
 547        // This is because MacOSX creates a mouseMoved\r
 548        // If control is down, other platforms will not.\r
 549        mouseDragged(evt);\r
 550       }\r
 551 \r
 552       int res = findRes(evt);\r
 553       int seq = findSeq(evt);\r
 554 \r
 555 \r
 556       if(res<0 || seq<0 || seq >= av.getAlignment().getHeight())\r
 557             return;\r
 558 \r
 559       SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 560 \r
 561       if (res > sequence.getLength())\r
 562       {\r
 563         return;\r
 564       }\r
 565 \r
 566       if(seqCanvas.pdbCanvas!=null && sequence==seqCanvas.pdbCanvas.sequence)\r
 567       {\r
 568         seqCanvas.pdbCanvas.highlightRes(sequence.findPosition(res));\r
 569       }\r
 570 \r
 571       setStatusMessage(sequence, res, seq);\r
 572 \r
 573 \r
 574 \r
 575       tooltipText.setLength(6); // Cuts the buffer back to <html>\r
 576 \r
 577       SequenceGroup []  groups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
 578       if(groups!=null)\r
 579       {\r
 580         for(int g=0; g<groups.length; g++)\r
 581         {\r
 582           if(groups[g].getStartRes()<=res && groups[g].getEndRes()>=res)\r
 583           {\r
 584             if (!groups[g].getName().startsWith("JTreeGroup") &&\r
 585                 !groups[g].getName().startsWith("JGroup"))\r
 586               tooltipText.append(groups[g].getName() + " ");\r
 587 \r
 588             if(groups[g].getDescription()!=null)\r
 589               tooltipText.append(groups[g].getDescription()+"<BR>");\r
 590           }\r
 591         }\r
 592       }\r
 593 \r
 594 \r
 595         // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 596         if (av.showSequenceFeatures)\r
 597         {\r
 598           SequenceFeature[] features = findFeaturesAtRes(\r
 599               sequence.getDatasetSequence(), sequence.findPosition(res));\r
 600 \r
 601           if (features != null)\r
 602           {\r
 603             for (int i = 0; i < features.length; i++)\r
 604             {\r
 605               if (features[i].getType().equals("disulfide bond"))\r
 606               {\r
 607                 if (features[i].getBegin() == sequence.findPosition(res)\r
 608                     || features[i].getEnd() == sequence.findPosition(res))\r
 609                 {\r
 610                   if (tooltipText.length() > 6)\r
 611                     tooltipText.append("<br>");\r
 612                   tooltipText.append("disulfide bond " + features[i].getBegin() + ":" +\r
 613                                      features[i].getEnd());\r
 614                   if (features[i].links != null)\r
 615                     tooltipText.append(" <img src=\"" + linkImageURL + "\">");\r
 616                 }\r
 617               }\r
 618               else\r
 619               {\r
 620                 if (tooltipText.length() > 6)\r
 621                   tooltipText.append("<br>");\r
 622 \r
 623                 tooltipText.append(features[i].getType() + " " +\r
 624                                    features[i].begin);\r
 625                 if (features[i].begin != features[i].end)\r
 626                   tooltipText.append(" " + features[i].end);\r
 627 \r
 628                 if (features[i].getDescription() != null\r
 629                     && !features[i].description.equals(features[i].getType()))\r
 630                 {\r
 631                   tmpString = features[i].getDescription();\r
 632                   int startTag = tmpString.toUpperCase().indexOf("<HTML>");\r
 633                   if (startTag > -1)\r
 634                   {\r
 635                     tmpString = tmpString.substring(startTag + 6);\r
 636                   }\r
 637                   int endTag = tmpString.toUpperCase().indexOf("</BODY>");\r
 638                   if (endTag > -1)\r
 639                   {\r
 640                     tmpString = tmpString.substring(0, endTag);\r
 641                   }\r
 642                   endTag = tmpString.toUpperCase().indexOf("</HTML>");\r
 643                   if (endTag > -1)\r
 644                   {\r
 645                     tmpString = tmpString.substring(0, endTag);\r
 646                   }\r
 647 \r
 648                   if (startTag > -1)\r
 649                   {\r
 650                     tooltipText.append("; " + tmpString);\r
 651                   }\r
 652                   else\r
 653                   {\r
 654                     if (tmpString.indexOf("<") > -1 || tmpString.indexOf(">") > -1)\r
 655                     {\r
 656                       //The description does not specify html is to\r
 657                       //be used, so we must remove < > symbols\r
 658                       tmpString = tmpString.replaceAll("<", "&lt;");\r
 659                       tmpString = tmpString.replaceAll(">", "&gt;");\r
 660 \r
 661                       tooltipText.append("; ");\r
 662                       tooltipText.append(tmpString);\r
 663 \r
 664                     }\r
 665                     else\r
 666                       tooltipText.append("; " + tmpString);\r
 667                   }\r
 668                 }\r
 669                 if (features[i].getValue("status") != null)\r
 670                 {\r
 671                   String status = features[i].getValue("status").toString();\r
 672                   if (status.length() > 0)\r
 673                     tooltipText.append("; (" + features[i].getValue("status") + ")");\r
 674                 }\r
 675 \r
 676                 if (features[i].links != null)\r
 677                   tooltipText.append(" <img src=\"" + linkImageURL + "\">");\r
 678 \r
 679               }\r
 680             }\r
 681           }\r
 682         }\r
 683         if (tooltipText.length() == 6) // <html></html>\r
 684         {\r
 685           setToolTipText(null);\r
 686         }\r
 687         else\r
 688         {\r
 689           tooltipText.append("</html>");\r
 690           setToolTipText(tooltipText.toString());\r
 691         }\r
 692        // else\r
 693         //  setToolTipText(null);\r
 694     }\r
 695 \r
 696     void setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)\r
 697     {\r
 698       StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 699                                            sequence.getName());\r
 700 \r
 701       Object obj = null;\r
 702       if (av.alignment.isNucleotide())\r
 703       {\r
 704         obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 705                                                    "");\r
 706         if (obj != null)\r
 707           text.append(" Nucleotide: ");\r
 708       }\r
 709       else\r
 710       {\r
 711         obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 712         if (obj != null)\r
 713           text.append("  Residue: ");\r
 714       }\r
 715 \r
 716       if (obj != null)\r
 717       {\r
 718 \r
 719         if (obj != "")\r
 720         {\r
 721           text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) +\r
 722                       ")");\r
 723         }\r
 724       }\r
 725       ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 726 \r
 727     }\r
 728 \r
 729     /**\r
 730      * DOCUMENT ME!\r
 731      *\r
 732      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 733      */\r
 734     public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 735     {\r
 736       if (mouseWheelPressed)\r
 737       {\r
 738         int oldWidth = av.charWidth;\r
 739 \r
 740         //Which is bigger, left-right or up-down?\r
 741         if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.getY())\r
 742             > Math.abs(evt.getX() - lastMousePress.getX()))\r
 743         {\r
 744           int fontSize = av.font.getSize();\r
 745 \r
 746           if (evt.getY() < lastMousePress.getY())\r
 747           {\r
 748             fontSize--;\r
 749           }\r
 750           else if (evt.getY() > lastMousePress.getY())\r
 751           {\r
 752             fontSize++;\r
 753           }\r
 754 \r
 755           if(fontSize<1)\r
 756             fontSize = 1;\r
 757 \r
 758           av.setFont(new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(), fontSize));\r
 759           av.charWidth = oldWidth;\r
 760           ap.fontChanged();\r
 761         }\r
 762         else\r
 763         {\r
 764           if (evt.getX() < lastMousePress.getX() && av.charWidth > 1)\r
 765           {\r
 766             av.charWidth--;\r
 767           }\r
 768           else if (evt.getX() > lastMousePress.getX())\r
 769           {\r
 770             av.charWidth++;\r
 771           }\r
 772 \r
 773           ap.repaint();\r
 774         }\r
 775 \r
 776         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 777         av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.charWidth;\r
 778 \r
 779         lastMousePress = evt.getPoint();\r
 780 \r
 781         return;\r
 782       }\r
 783 \r
 784       if (!editingSeqs)\r
 785       {\r
 786         doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
 787         return;\r
 788       }\r
 789 \r
 790         int res = findRes(evt);\r
 791 \r
 792         if (res < 0)\r
 793         {\r
 794             res = 0;\r
 795         }\r
 796 \r
 797         if ((lastres == -1) || (lastres == res))\r
 798         {\r
 799             return;\r
 800         }\r
 801 \r
 802         if ( (res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))\r
 803         {\r
 804           // dragLeft, delete gap\r
 805           editSequence(false, res);\r
 806         }\r
 807         else\r
 808           editSequence(true, res);\r
 809 \r
 810         mouseDragging = true;\r
 811         if(scrollThread!=null)\r
 812           scrollThread.setEvent(evt);\r
 813 \r
 814     }\r
 815 \r
 816     synchronized void editSequence(boolean insertGap, int startres)\r
 817     {\r
 818       int fixedLeft = -1;\r
 819       int fixedRight = -1;\r
 820       boolean fixedColumns = false;\r
 821       SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 822 \r
 823       SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(startseq);\r
 824 \r
 825       //No group, but the sequence may represent a group\r
 826         if (!groupEditing && av.hasHiddenRows)\r
 827         {\r
 828           if (av.hiddenRepSequences!=null\r
 829               && av.hiddenRepSequences.containsKey(seq))\r
 830           {\r
 831             sg = (SequenceGroup)av.hiddenRepSequences.get(seq);\r
 832             groupEditing = true;\r
 833           }\r
 834         }\r
 835 \r
 836 \r
 837         StringBuffer message = new StringBuffer();\r
 838         if (groupEditing)\r
 839         {\r
 840           message.append("Edit group:");\r
 841           if (editCommand == null)\r
 842             editCommand = new EditCommand("Edit Group");\r
 843         }\r
 844         else\r
 845          {\r
 846            message.append("Edit sequence: " + seq.getName());\r
 847            String label = seq.getName();\r
 848            if(label.length()>10)\r
 849              label = label.substring(0,10);\r
 850            if(editCommand==null)\r
 851              editCommand = new EditCommand("Edit "+label);\r
 852          }\r
 853 \r
 854        if(insertGap)\r
 855          message.append(" insert ");\r
 856        else\r
 857          message.append(" delete ");\r
 858 \r
 859        message.append(Math.abs(startres-lastres)+" gaps.");\r
 860        ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());\r
 861 \r
 862 \r
 863         //Are we editing within a selection group?\r
 864         if (groupEditing\r
 865             || (sg != null && sg.getSequences(av.hiddenRepSequences).contains(seq)))\r
 866         {\r
 867           fixedColumns = true;\r
 868 \r
 869           //sg might be null as the user may only see 1 sequence,\r
 870           //but the sequence represents a group\r
 871           if (sg == null)\r
 872           {\r
 873             sg = (SequenceGroup) av.hiddenRepSequences.get(seq);\r
 874           }\r
 875 \r
 876           fixedLeft = sg.getStartRes();\r
 877           fixedRight = sg.getEndRes();\r
 878 \r
 879           if (   (startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)\r
 880               || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)\r
 881               || (startres > fixedRight && lastres <=fixedRight)\r
 882               || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))\r
 883           {\r
 884             endEditing();\r
 885             return;\r
 886           }\r
 887 \r
 888           if (fixedLeft > startres)\r
 889           {\r
 890             fixedRight = fixedLeft - 1;\r
 891             fixedLeft = 0;\r
 892           }\r
 893           else if (fixedRight < startres)\r
 894           {\r
 895             fixedLeft = fixedRight;\r
 896             fixedRight = -1;\r
 897           }\r
 898         }\r
 899 \r
 900 \r
 901         if(av.hasHiddenColumns )\r
 902         {\r
 903             fixedColumns = true;\r
 904             int y1 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryLeft(startres);\r
 905             int y2 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres);\r
 906 \r
 907             if ( (insertGap && startres > y1 && lastres < y1)\r
 908                 || (!insertGap && startres < y2 && lastres > y2))\r
 909             {\r
 910               endEditing();\r
 911               return;\r
 912             }\r
 913 \r
 914             //System.out.print(y1+" "+y2+" "+fixedLeft+" "+fixedRight+"~~");\r
 915             //Selection spans a hidden region\r
 916             if(fixedLeft<y1 && (fixedRight>y2 || fixedRight==-1))\r
 917             {\r
 918               if(startres>=y2)\r
 919               {\r
 920                 fixedLeft = y2;\r
 921               }\r
 922               else\r
 923               {\r
 924                fixedRight = y2 - 1;\r
 925              }\r
 926             }\r
 927         }\r
 928 \r
 929 \r
 930         if (groupEditing)\r
 931         {\r
 932           Vector vseqs = sg.getSequences(av.hiddenRepSequences);\r
 933           int g, groupSize = vseqs.size();\r
 934           SequenceI[] groupSeqs = new SequenceI[groupSize];\r
 935           for (g = 0; g < groupSeqs.length; g++)\r
 936             groupSeqs[g] = (SequenceI) vseqs.elementAt(g);\r
 937 \r
 938           // drag to right\r
 939           if (insertGap)\r
 940           {\r
 941               //If the user has selected the whole sequence, and is dragging to\r
 942               // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup\r
 943               if(   sg.getStartRes() == 0\r
 944                     && sg.getEndRes() == fixedRight\r
 945                     && sg.getEndRes() == av.alignment.getWidth()-1\r
 946                  )\r
 947               {\r
 948                 sg.setEndRes(av.alignment.getWidth() + startres - lastres);\r
 949                 fixedRight = sg.getEndRes();\r
 950               }\r
 951 \r
 952             // Is it valid with fixed columns??\r
 953             // Find the next gap before the end\r
 954             // of the visible region boundary\r
 955             boolean blank = false;\r
 956             for (fixedRight = fixedRight;\r
 957                  fixedRight > lastres;\r
 958                  fixedRight--)\r
 959             {\r
 960               blank = true;\r
 961 \r
 962               for (g = 0; g < groupSize; g++)\r
 963               {\r
 964                 for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)\r
 965                 {\r
 966                   if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 967                       groupSeqs[g].getCharAt(fixedRight - j)))\r
 968                   {\r
 969                     blank = false;\r
 970                     break;\r
 971                   }\r
 972                 }\r
 973               }\r
 974               if (blank)\r
 975                 break;\r
 976             }\r
 977 \r
 978             if (!blank)\r
 979             {\r
 980               if(sg.getSize() == av.alignment.getHeight()  )\r
 981               {\r
 982                 if((av.hasHiddenColumns\r
 983                     && startres<av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres)))\r
 984                 {\r
 985                   endEditing();\r
 986                   return;\r
 987                 }\r
 988 \r
 989                 int alWidth = av.alignment.getWidth();\r
 990                 if(av.hasHiddenRows)\r
 991                 {\r
 992                   int hwidth = av.alignment.getHiddenSequences().getWidth();\r
 993                   if(hwidth>alWidth)\r
 994                     alWidth = hwidth;\r
 995                 }\r
 996                 //We can still insert gaps if the selectionGroup\r
 997                 //contains all the sequences\r
 998                 sg.setEndRes(sg.getEndRes()+startres-lastres);\r
 999                 fixedRight = alWidth+startres-lastres;\r
1000               }\r
1001               else\r
1002               {\r
1003                 endEditing();\r
1004                 return;\r
1005               }\r
1006             }\r
1007           }\r
1008 \r
1009 \r
1010           // drag to left\r
1011           else if(!insertGap)\r
1012           {\r
1013             /// Are we able to delete?\r
1014             // ie are all columns blank?\r
1015 \r
1016             for (g = 0; g < groupSize; g++)\r
1017             {\r
1018               for (int j = startres; j < lastres; j++)\r
1019               {\r
1020                 if (groupSeqs[g].getLength() <= j)\r
1021                 {\r
1022                   continue;\r
1023                 }\r
1024 \r
1025                 if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
1026                     groupSeqs[g].getCharAt(j)))\r
1027                 {\r
1028                   // Not a gap, block edit not valid\r
1029                   endEditing();\r
1030                   return;\r
1031                 }\r
1032               }\r
1033             }\r
1034           }\r
1035 \r
1036             if (insertGap)\r
1037             {\r
1038               // dragging to the right\r
1039               if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
1040               {\r
1041                 for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
1042                 {\r
1043                     insertChar(j, groupSeqs, fixedRight);\r
1044                 }\r
1045               }\r
1046               else\r
1047               {\r
1048                 editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
1049                                        groupSeqs,\r
1050                                        startres, startres-lastres,\r
1051                                        av.alignment,\r
1052                                        true);\r
1053               }\r
1054             }\r
1055             else\r
1056             {\r
1057               // dragging to the left\r
1058               if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
1059               {\r
1060                 for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
1061                 {\r
1062                   deleteChar(startres, groupSeqs, fixedRight);\r
1063                 }\r
1064               }\r
1065               else\r
1066                 editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
1067                                        groupSeqs,\r
1068                                        startres, lastres - startres,\r
1069                                        av.alignment,\r
1070                                        true);\r
1071 \r
1072             }\r
1073         }\r
1074         else /////Editing a single sequence///////////\r
1075         {\r
1076           if (insertGap)\r
1077           {\r
1078             // dragging to the right\r
1079             if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
1080             {\r
1081               for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
1082               {\r
1083                 insertChar(j, new SequenceI[]{seq}, fixedRight);\r
1084               }\r
1085             }\r
1086             else\r
1087             {\r
1088               editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
1089                                      new SequenceI[]\r
1090                                      {seq},\r
1091                                      lastres, startres-lastres,\r
1092                                      av.alignment,\r
1093                                      true);\r
1094             }\r
1095           }\r
1096           else\r
1097           {\r
1098             // dragging to the left\r
1099             if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
1100             {\r
1101               for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
1102               {\r
1103                 if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(startres)))\r
1104                 {\r
1105                   endEditing();\r
1106                   break;\r
1107                 }\r
1108                 deleteChar(startres, new SequenceI[]{seq}, fixedRight);\r
1109               }\r
1110             }\r
1111             else\r
1112             {\r
1113               //could be a keyboard edit trying to delete none gaps\r
1114               int max=0;\r
1115               for(int m = startres; m<lastres; m++)\r
1116               {\r
1117                 if(!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(m)))\r
1118                   break;\r
1119                 max++;\r
1120               }\r
1121 \r
1122               if (max>0)\r
1123               {\r
1124                 editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
1125                                        new SequenceI[]\r
1126                                        {seq},\r
1127                                        startres, max,\r
1128                                        av.alignment,\r
1129                                        true);\r
1130               }\r
1131             }\r
1132           }\r
1133         }\r
1134 \r
1135         lastres = startres;\r
1136         seqCanvas.repaint();\r
1137     }\r
1138 \r
1139 \r
1140 \r
1141     void insertChar(int j, SequenceI [] seq, int fixedColumn)\r
1142     {\r
1143       int blankColumn = fixedColumn;\r
1144       for(int s=0; s<seq.length; s++)\r
1145       {\r
1146         //Find the next gap before the end of the visible region boundary\r
1147         //If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion\r
1148 \r
1149         for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)\r
1150         {\r
1151           if (jalview.util.Comparison.isGap(seq[s].getCharAt(blankColumn)))\r
1152           {\r
1153             //Theres a space, so break and insert the gap\r
1154             break;\r
1155           }\r
1156         }\r
1157 \r
1158         if (blankColumn <= j)\r
1159         {\r
1160           blankColumn = fixedColumn;\r
1161           endEditing();\r
1162           return;\r
1163         }\r
1164       }\r
1165 \r
1166       editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
1167                              seq,\r
1168                              blankColumn, 1, av.alignment, true);\r
1169 \r
1170       editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
1171                              seq,\r
1172                              j, 1, av.alignment,\r
1173                              true);\r
1174 \r
1175     }\r
1176 \r
1177     void deleteChar(int j, SequenceI [] seq, int fixedColumn)\r
1178     {\r
1179 \r
1180       editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP,\r
1181                              seq,\r
1182                              j, 1, av.alignment, true);\r
1183 \r
1184       editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP,\r
1185                              seq,\r
1186                              fixedColumn, 1, av.alignment, true);\r
1187     }\r
1188 \r
1189     /**\r
1190      * DOCUMENT ME!\r
1191      *\r
1192      * @param e DOCUMENT ME!\r
1193      */\r
1194     public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
1195     {\r
1196         if(oldSeq < 0)\r
1197           oldSeq = 0;\r
1198 \r
1199         if (scrollThread != null)\r
1200         {\r
1201             scrollThread.running = false;\r
1202             scrollThread = null;\r
1203         }\r
1204     }\r
1205 \r
1206     /**\r
1207      * DOCUMENT ME!\r
1208      *\r
1209      * @param e DOCUMENT ME!\r
1210      */\r
1211     public void mouseExited(MouseEvent e)\r
1212     {\r
1213         if (av.getWrapAlignment())\r
1214         {\r
1215             return;\r
1216         }\r
1217 \r
1218         if (mouseDragging)\r
1219         {\r
1220             scrollThread = new ScrollThread();\r
1221         }\r
1222     }\r
1223 \r
1224     public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
1225     {\r
1226       SequenceI sequence = av.alignment.getSequenceAt( findSeq(evt) );\r
1227       if(evt.getClickCount()>1)\r
1228       {\r
1229         if (av.getSelectionGroup().getSize() == 1\r
1230             && av.getSelectionGroup().getEndRes()\r
1231             - av.getSelectionGroup().getStartRes() < 2)\r
1232           av.setSelectionGroup(null);\r
1233 \r
1234         SequenceFeature[] features = findFeaturesAtRes(\r
1235             sequence.getDatasetSequence(),\r
1236             sequence.findPosition( findRes(evt) )\r
1237             );\r
1238 \r
1239         if(features!=null && features.length>0)\r
1240         {\r
1241           SearchResults highlight = new SearchResults();\r
1242           highlight.addResult(sequence,\r
1243                               features[0].getBegin(),\r
1244                               features[0].getEnd());\r
1245           seqCanvas.highlightSearchResults(highlight);\r
1246         }\r
1247         if(features!=null && features.length>0)\r
1248         {\r
1249           seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(\r
1250               new SequenceI[]\r
1251               {sequence}, features, false, ap);\r
1252 \r
1253           seqCanvas.highlightSearchResults(null);\r
1254         }\r
1255       }\r
1256     }\r
1257 \r
1258     public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)\r
1259     {\r
1260       e.consume();\r
1261      /* if (mouseWheelPressed)\r
1262       {\r
1263         Font font = av.getFont();\r
1264         int fontSize = font.getSize();\r
1265         if (e.getWheelRotation() > 0 && fontSize < 51)\r
1266           fontSize++;\r
1267         else if (fontSize > 1)\r
1268           fontSize--;\r
1269 \r
1270 \r
1271 \r
1272         av.setFont(new Font(font.getName(), font.getStyle(), fontSize));\r
1273 \r
1274         ap.fontChanged();\r
1275       }\r
1276       else*/\r
1277       {\r
1278         if (e.getWheelRotation() > 0)\r
1279           ap.scrollUp(false);\r
1280         else\r
1281           ap.scrollUp(true);\r
1282       }\r
1283 \r
1284     }\r
1285 \r
1286 \r
1287     /**\r
1288      * DOCUMENT ME!\r
1289      *\r
1290      * @param evt DOCUMENT ME!\r
1291      */\r
1292     public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1293     {\r
1294       int res = findRes(evt);\r
1295       int seq = findSeq(evt);\r
1296       oldSeq = seq;\r
1297 \r
1298       startWrapBlock=wrappedBlock;\r
1299 \r
1300       if(av.wrapAlignment && seq>av.alignment.getHeight())\r
1301       {\r
1302           JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
1303               "Cannot edit annotations in wrapped view.",\r
1304               "Wrapped view - no edit",\r
1305               JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1306           return;\r
1307       }\r
1308 \r
1309       if(seq<0 || res<0)\r
1310             return;\r
1311 \r
1312         SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
1313 \r
1314         if ((sequence == null) || (res > sequence.getLength()))\r
1315         {\r
1316             return;\r
1317         }\r
1318 \r
1319         stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
1320 \r
1321         if (stretchGroup == null)\r
1322         {\r
1323             stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);\r
1324 \r
1325             if ((stretchGroup != null) && (res > stretchGroup.getStartRes()) &&\r
1326                     (res < stretchGroup.getEndRes()))\r
1327             {\r
1328                 av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1329             }\r
1330             else\r
1331             {\r
1332                 stretchGroup = null;\r
1333             }\r
1334         }\r
1335         else if (!stretchGroup.getSequences(null).contains(sequence) ||\r
1336                 (stretchGroup.getStartRes() > res) ||\r
1337                 (stretchGroup.getEndRes() < res))\r
1338         {\r
1339             stretchGroup = null;\r
1340 \r
1341             SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
1342 \r
1343             if (allGroups != null)\r
1344             {\r
1345                 for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
1346                 {\r
1347                     if ((allGroups[i].getStartRes() <= res) &&\r
1348                             (allGroups[i].getEndRes() >= res))\r
1349                     {\r
1350                         stretchGroup = allGroups[i];\r
1351                         break;\r
1352                     }\r
1353                 }\r
1354             }\r
1355 \r
1356             av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1357 \r
1358         }\r
1359 \r
1360 \r
1361         if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
1362         {\r
1363           Vector allFeatures = getAllFeaturesAtRes(sequence.getDatasetSequence(),\r
1364                                                   sequence.findPosition(res));\r
1365           Vector links = new Vector();\r
1366             for (int i = 0; i < allFeatures.size(); i++)\r
1367             {\r
1368               SequenceFeature sf = (SequenceFeature) allFeatures.elementAt(i);\r
1369               if (sf.links != null)\r
1370               {\r
1371                 for (int j = 0; j < sf.links.size(); j++)\r
1372                 {\r
1373                   links.addElement(sf.links.elementAt(j));\r
1374                 }\r
1375               }\r
1376             }\r
1377 \r
1378             jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu(ap, null, links);\r
1379             pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
1380             return;\r
1381         }\r
1382 \r
1383         if (av.cursorMode)\r
1384         {\r
1385           seqCanvas.cursorX = findRes(evt);\r
1386           seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);\r
1387           seqCanvas.repaint();\r
1388           return;\r
1389         }\r
1390 \r
1391         if (stretchGroup == null)\r
1392         {\r
1393           //Only if left mouse button do we want to change group sizes\r
1394 \r
1395           // define a new group here\r
1396           SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
1397           sg.setStartRes(res);\r
1398           sg.setEndRes(res);\r
1399           sg.addSequence(sequence, false);\r
1400           av.setSelectionGroup(sg);\r
1401           stretchGroup = sg;\r
1402 \r
1403           if (av.getConservationSelected())\r
1404           {\r
1405             SliderPanel.setConservationSlider(ap,\r
1406                                               av.getGlobalColourScheme(),\r
1407                                               "Background");\r
1408           }\r
1409 \r
1410           if (av.getAbovePIDThreshold())\r
1411           {\r
1412             SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
1413                                            "Background");\r
1414           }\r
1415           if ( (stretchGroup != null) && (stretchGroup.getEndRes() == res))\r
1416           {\r
1417             // Edit end res position of selected group\r
1418             changeEndRes = true;\r
1419           }\r
1420           else if ( (stretchGroup != null) &&\r
1421                    (stretchGroup.getStartRes() == res))\r
1422           {\r
1423             // Edit end res position of selected group\r
1424             changeStartRes = true;\r
1425           }\r
1426           stretchGroup.getWidth();\r
1427         }\r
1428 \r
1429         seqCanvas.repaint();\r
1430     }\r
1431 \r
1432     /**\r
1433      * DOCUMENT ME!\r
1434      *\r
1435      * @param evt DOCUMENT ME!\r
1436      */\r
1437     public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1438     {\r
1439         if (stretchGroup == null)\r
1440         {\r
1441             return;\r
1442         }\r
1443 \r
1444 \r
1445         if(stretchGroup.cs!=null)\r
1446         {\r
1447           if (stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
1448           {\r
1449             ( (ClustalxColourScheme) stretchGroup.cs).resetClustalX(\r
1450                 stretchGroup.getSequences(av.hiddenRepSequences),\r
1451                 stretchGroup.getWidth());\r
1452           }\r
1453 \r
1454           if (stretchGroup.cs instanceof Blosum62ColourScheme\r
1455               || stretchGroup.cs instanceof PIDColourScheme\r
1456               || stretchGroup.cs.conservationApplied()\r
1457               || stretchGroup.cs.getThreshold()>0)\r
1458             stretchGroup.recalcConservation();\r
1459 \r
1460           if (stretchGroup.cs.conservationApplied())\r
1461           {\r
1462             SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,\r
1463                                               stretchGroup.getName());\r
1464           }\r
1465           else\r
1466           {\r
1467             SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,\r
1468                                            stretchGroup.getName());\r
1469           }\r
1470         }\r
1471         changeEndRes = false;\r
1472         changeStartRes = false;\r
1473         stretchGroup = null;\r
1474 \r
1475         PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());\r
1476     }\r
1477 \r
1478     /**\r
1479      * DOCUMENT ME!\r
1480      *\r
1481      * @param evt DOCUMENT ME!\r
1482      */\r
1483     public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1484     {\r
1485       int res = findRes(evt);\r
1486       int y = findSeq(evt);\r
1487 \r
1488       if(wrappedBlock!=startWrapBlock)\r
1489         return;\r
1490 \r
1491        if (stretchGroup == null)\r
1492        {\r
1493             return;\r
1494        }\r
1495 \r
1496         if(res>= av.alignment.getWidth())\r
1497         {\r
1498           res = av.alignment.getWidth()-1;\r
1499         }\r
1500 \r
1501         if (stretchGroup.getEndRes() == res)\r
1502         {\r
1503             // Edit end res position of selected group\r
1504             changeEndRes = true;\r
1505         }\r
1506         else if (stretchGroup.getStartRes() == res)\r
1507         {\r
1508             // Edit start res position of selected group\r
1509             changeStartRes = true;\r
1510         }\r
1511 \r
1512         if (res < av.getStartRes())\r
1513         {\r
1514             res = av.getStartRes();\r
1515         }\r
1516 \r
1517         if (changeEndRes)\r
1518         {\r
1519             if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))\r
1520             {\r
1521                 stretchGroup.setEndRes(res);\r
1522             }\r
1523         }\r
1524         else if (changeStartRes)\r
1525         {\r
1526             if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))\r
1527             {\r
1528                 stretchGroup.setStartRes(res);\r
1529             }\r
1530         }\r
1531 \r
1532         int dragDirection = 0;\r
1533 \r
1534         if (y > oldSeq)\r
1535         {\r
1536             dragDirection = 1;\r
1537         }\r
1538         else if (y < oldSeq)\r
1539         {\r
1540             dragDirection = -1;\r
1541         }\r
1542 \r
1543 \r
1544         while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1) && (y < av.alignment.getHeight()))\r
1545         {\r
1546             // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
1547             // selection is quite slow.\r
1548             Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1549 \r
1550             oldSeq += dragDirection;\r
1551 \r
1552             if(oldSeq<0)\r
1553               break;\r
1554 \r
1555             Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1556 \r
1557             if (stretchGroup.getSequences(null).contains(nextSeq))\r
1558             {\r
1559                 stretchGroup.deleteSequence(seq, false);\r
1560             }\r
1561             else\r
1562             {\r
1563                 if (seq != null)\r
1564                 {\r
1565                     stretchGroup.addSequence(seq, false);\r
1566                 }\r
1567 \r
1568                 stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);\r
1569             }\r
1570         }\r
1571 \r
1572         if(oldSeq < 0)\r
1573           oldSeq = -1;\r
1574 \r
1575         mouseDragging = true;\r
1576 \r
1577         if (scrollThread != null)\r
1578         {\r
1579             scrollThread.setEvent(evt);\r
1580         }\r
1581 \r
1582         seqCanvas.repaint();\r
1583     }\r
1584 \r
1585     void scrollCanvas(MouseEvent evt)\r
1586     {\r
1587       if(evt==null)\r
1588       {\r
1589         if(scrollThread!=null)\r
1590         {\r
1591           scrollThread.running = false;\r
1592           scrollThread = null;\r
1593         }\r
1594         mouseDragging = false;\r
1595       }\r
1596       else\r
1597       {\r
1598         if (scrollThread == null)\r
1599           scrollThread = new ScrollThread();\r
1600 \r
1601         mouseDragging = true;\r
1602         scrollThread.setEvent(evt);\r
1603       }\r
1604 \r
1605     }\r
1606 \r
1607 \r
1608     // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
1609     class ScrollThread extends Thread\r
1610     {\r
1611         MouseEvent evt;\r
1612         boolean running = false;\r
1613 \r
1614         public ScrollThread()\r
1615         {\r
1616             start();\r
1617         }\r
1618 \r
1619         public void setEvent(MouseEvent e)\r
1620         {\r
1621             evt = e;\r
1622         }\r
1623 \r
1624         public void stopScrolling()\r
1625         {\r
1626             running = false;\r
1627         }\r
1628 \r
1629         public void run()\r
1630         {\r
1631             running = true;\r
1632 \r
1633             while (running)\r
1634             {\r
1635                 if (evt != null)\r
1636                 {\r
1637                     if (mouseDragging && (evt.getY() < 0) &&\r
1638                             (av.getStartSeq() > 0))\r
1639                     {\r
1640                         running = ap.scrollUp(true);\r
1641                     }\r
1642 \r
1643                     if (mouseDragging && (evt.getY() >= getHeight()) &&\r
1644                             (av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq()))\r
1645                     {\r
1646                         running = ap.scrollUp(false);\r
1647                     }\r
1648 \r
1649                     if (mouseDragging && (evt.getX() < 0))\r
1650                     {\r
1651                         running = ap.scrollRight(false);\r
1652                     }\r
1653                     else if (mouseDragging && (evt.getX() >= getWidth()))\r
1654                     {\r
1655                         running = ap.scrollRight(true);\r
1656                     }\r
1657                 }\r
1658 \r
1659                 try\r
1660                 {\r
1661                     Thread.sleep(20);\r
1662                 }\r
1663                 catch (Exception ex)\r
1664                 {\r
1665                 }\r
1666             }\r
1667         }\r
1668     }\r
1669 }\r