src/jalview/gui/SliderPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import java.util.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 import javax.swing.*;\r
  25 import javax.swing.event.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 import jalview.jbgui.*;\r
  29 import jalview.schemes.*;\r
  30 \r
  31 /**\r
  32  * DOCUMENT ME!\r
  33  *\r
  34  * @author $author$\r
  35  * @version $Revision$\r
  36  */\r
  37 public class SliderPanel\r
  38     extends GSliderPanel\r
  39 {\r
  40   static JInternalFrame conservationSlider;\r
  41   static JInternalFrame PIDSlider;\r
  42   AlignmentPanel ap;\r
  43   boolean forConservation = true;\r
  44   ColourSchemeI cs;\r
  45 \r
  46   /**\r
  47    * Creates a new SliderPanel object.\r
  48    *\r
  49    * @param ap DOCUMENT ME!\r
  50    * @param value DOCUMENT ME!\r
  51    * @param forConserve DOCUMENT ME!\r
  52    * @param cs DOCUMENT ME!\r
  53    */\r
  54   public SliderPanel(final AlignmentPanel ap, int value, boolean forConserve,\r
  55                      ColourSchemeI cs)\r
  56   {\r
  57     this.ap = ap;\r
  58     this.cs = cs;\r
  59     forConservation = forConserve;\r
  60     undoButton.setVisible(false);\r
  61     applyButton.setVisible(false);\r
  62 \r
  63     if (forConservation)\r
  64     {\r
  65       label.setText("Enter value to increase conservation visibility");\r
  66       slider.setMinimum(0);\r
  67       slider.setMaximum(100);\r
  68     }\r
  69     else\r
  70     {\r
  71       label.setText("Enter % identity above which to colour residues");\r
  72       slider.setMinimum(0);\r
  73       slider.setMaximum(100);\r
  74     }\r
  75 \r
  76     slider.addChangeListener(new ChangeListener()\r
  77     {\r
  78       public void stateChanged(ChangeEvent evt)\r
  79       {\r
  80         valueField.setText(slider.getValue() + "");\r
  81         valueChanged(slider.getValue());\r
  82       }\r
  83     });\r
  84 \r
  85     slider.addMouseListener(new MouseAdapter()\r
  86     {\r
  87       public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
  88       {\r
  89          ap.paintAlignment(true);\r
  90       }\r
  91     });\r
  92 \r
  93     slider.setValue(value);\r
  94     valueField.setText(value + "");\r
  95   }\r
  96 \r
  97   /**\r
  98    * DOCUMENT ME!\r
  99    *\r
 100    * @param ap DOCUMENT ME!\r
 101    * @param cs DOCUMENT ME!\r
 102    * @param source DOCUMENT ME!\r
 103    *\r
 104    * @return DOCUMENT ME!\r
 105    */\r
 106   public static int setConservationSlider(AlignmentPanel ap,\r
 107                                           ColourSchemeI cs, String source)\r
 108   {\r
 109     SliderPanel sp = null;\r
 110 \r
 111     if (conservationSlider == null)\r
 112     {\r
 113       sp = new SliderPanel(ap, cs.getConservationInc(), true, cs);\r
 114       conservationSlider = new JInternalFrame();\r
 115       conservationSlider.setContentPane(sp);\r
 116       conservationSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
 117     }\r
 118     else\r
 119     {\r
 120       sp = (SliderPanel) conservationSlider.getContentPane();\r
 121       sp.cs = cs;\r
 122     }\r
 123 \r
 124     conservationSlider.setTitle("Conservation Colour Increment  (" +\r
 125                                 source + ")");\r
 126 \r
 127     if (ap.av.alignment.getGroups() != null)\r
 128     {\r
 129       sp.setAllGroupsCheckEnabled(true);\r
 130     }\r
 131     else\r
 132     {\r
 133       sp.setAllGroupsCheckEnabled(false);\r
 134     }\r
 135 \r
 136     return sp.getValue();\r
 137   }\r
 138 \r
 139   /**\r
 140    * DOCUMENT ME!\r
 141    */\r
 142   public static void showConservationSlider()\r
 143   {\r
 144     try\r
 145     {\r
 146       PIDSlider.setClosed(true);\r
 147       PIDSlider = null;\r
 148     }\r
 149     catch (Exception ex)\r
 150     {\r
 151     }\r
 152 \r
 153     if (!conservationSlider.isVisible())\r
 154     {\r
 155       Desktop.addInternalFrame(conservationSlider,\r
 156                                conservationSlider.getTitle(), 420, 90, false);\r
 157       conservationSlider.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.\r
 158                                                   InternalFrameAdapter()\r
 159       {\r
 160         public void internalFrameClosed(\r
 161             javax.swing.event.InternalFrameEvent e)\r
 162         {\r
 163           conservationSlider = null;\r
 164         }\r
 165       });\r
 166       conservationSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
 167     }\r
 168   }\r
 169 \r
 170   /**\r
 171    * DOCUMENT ME!\r
 172    *\r
 173    * @param ap DOCUMENT ME!\r
 174    * @param cs DOCUMENT ME!\r
 175    * @param source DOCUMENT ME!\r
 176    *\r
 177    * @return DOCUMENT ME!\r
 178    */\r
 179   public static int setPIDSliderSource(AlignmentPanel ap, ColourSchemeI cs,\r
 180                                        String source)\r
 181   {\r
 182     SliderPanel pid = null;\r
 183 \r
 184     int threshold = cs.getThreshold();\r
 185 \r
 186     if (PIDSlider == null)\r
 187     {\r
 188       pid = new SliderPanel(ap, threshold, false, cs);\r
 189       PIDSlider = new JInternalFrame();\r
 190       PIDSlider.setContentPane(pid);\r
 191       PIDSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
 192     }\r
 193     else\r
 194     {\r
 195       pid = (SliderPanel) PIDSlider.getContentPane();\r
 196       pid.cs = cs;\r
 197     }\r
 198 \r
 199     PIDSlider.setTitle("Percentage Identity Threshold (" + source + ")");\r
 200 \r
 201     if (ap.av.alignment.getGroups() != null)\r
 202     {\r
 203       pid.setAllGroupsCheckEnabled(true);\r
 204     }\r
 205     else\r
 206     {\r
 207       pid.setAllGroupsCheckEnabled(false);\r
 208     }\r
 209 \r
 210     return pid.getValue();\r
 211   }\r
 212 \r
 213   /**\r
 214    * DOCUMENT ME!\r
 215    */\r
 216   public static void showPIDSlider()\r
 217   {\r
 218     try\r
 219     {\r
 220       conservationSlider.setClosed(true);\r
 221       conservationSlider = null;\r
 222     }\r
 223     catch (Exception ex)\r
 224     {\r
 225     }\r
 226 \r
 227     if (!PIDSlider.isVisible())\r
 228     {\r
 229       Desktop.addInternalFrame(PIDSlider, PIDSlider.getTitle(), 420, 90,\r
 230                                false);\r
 231       PIDSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
 232       PIDSlider.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.\r
 233                                          InternalFrameAdapter()\r
 234       {\r
 235         public void internalFrameClosed(\r
 236             javax.swing.event.InternalFrameEvent e)\r
 237         {\r
 238           PIDSlider = null;\r
 239         }\r
 240       });\r
 241       PIDSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
 242     }\r
 243   }\r
 244 \r
 245   /**\r
 246    * DOCUMENT ME!\r
 247    *\r
 248    * @param i DOCUMENT ME!\r
 249    */\r
 250   public void valueChanged(int i)\r
 251   {\r
 252     if (cs == null)\r
 253     {\r
 254       return;\r
 255     }\r
 256 \r
 257     ColourSchemeI toChange = null;\r
 258     Vector allGroups = null;\r
 259     int groupIndex = 0;\r
 260 \r
 261     if (allGroupsCheck.isSelected())\r
 262     {\r
 263       allGroups = ap.av.alignment.getGroups();\r
 264       groupIndex = allGroups.size() - 1;\r
 265     }\r
 266     else\r
 267     {\r
 268       toChange = cs;\r
 269     }\r
 270 \r
 271     while (groupIndex > -1)\r
 272     {\r
 273       if (allGroups != null)\r
 274       {\r
 275         toChange = ( (SequenceGroup) allGroups.get(groupIndex)).cs;\r
 276 \r
 277         if (toChange == null)\r
 278         {\r
 279           groupIndex--;\r
 280 \r
 281           continue;\r
 282         }\r
 283       }\r
 284 \r
 285       if (forConservation)\r
 286       {\r
 287         if (toChange.conservationApplied())\r
 288         {\r
 289           toChange.setConservationInc(i);\r
 290         }\r
 291       }\r
 292       else\r
 293       {\r
 294         toChange.setThreshold(i, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 295       }\r
 296 \r
 297       groupIndex--;\r
 298     }\r
 299 \r
 300     ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 301   }\r
 302 \r
 303   /**\r
 304    * DOCUMENT ME!\r
 305    *\r
 306    * @param b DOCUMENT ME!\r
 307    */\r
 308   public void setAllGroupsCheckEnabled(boolean b)\r
 309   {\r
 310     allGroupsCheck.setEnabled(b);\r
 311   }\r
 312 \r
 313   /**\r
 314    * DOCUMENT ME!\r
 315    *\r
 316    * @param e DOCUMENT ME!\r
 317    */\r
 318   public void valueField_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 319   {\r
 320     try\r
 321     {\r
 322       int i = Integer.parseInt(valueField.getText());\r
 323       slider.setValue(i);\r
 324     }\r
 325     catch (NumberFormatException ex)\r
 326     {\r
 327       valueField.setText(slider.getValue() + "");\r
 328     }\r
 329   }\r
 330 \r
 331   /**\r
 332    * DOCUMENT ME!\r
 333    *\r
 334    * @param value DOCUMENT ME!\r
 335    */\r
 336   public void setValue(int value)\r
 337   {\r
 338     slider.setValue(value);\r
 339   }\r
 340 \r
 341   /**\r
 342    * DOCUMENT ME!\r
 343    *\r
 344    * @return DOCUMENT ME!\r
 345    */\r
 346   public int getValue()\r
 347   {\r
 348     return Integer.parseInt(valueField.getText());\r
 349   }\r
 350 \r
 351   public void slider_mouseReleased(MouseEvent e)\r
 352   {\r
 353     if (ap.overviewPanel != null)\r
 354     {\r
 355       ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 356     }\r
 357   }\r
 358 \r
 359 }\r