src/jalview/gui/SliderPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.jbgui.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.schemes.*;\r
  26 \r
  27 import java.awt.event.*;\r
  28 \r
  29 import java.util.*;\r
  30 \r
  31 import javax.swing.*;\r
  32 import javax.swing.event.*;\r
  33 \r
  34 \r
  35 /**\r
  36  * DOCUMENT ME!\r
  37  *\r
  38  * @author $author$\r
  39  * @version $Revision$\r
  40  */\r
  41 public class SliderPanel extends GSliderPanel\r
  42 {\r
  43     static JInternalFrame conservationSlider;\r
  44     static JInternalFrame PIDSlider;\r
  45     AlignmentPanel ap;\r
  46     boolean forConservation = true;\r
  47     boolean forAnnotation = false;\r
  48     ColourSchemeI cs;\r
  49 \r
  50     /**\r
  51      * Creates a new SliderPanel object.\r
  52      *\r
  53      * @param ap DOCUMENT ME!\r
  54      * @param value DOCUMENT ME!\r
  55      * @param forConserve DOCUMENT ME!\r
  56      * @param cs DOCUMENT ME!\r
  57      */\r
  58     public SliderPanel(AlignmentPanel ap, int value, boolean forConserve,\r
  59         ColourSchemeI cs)\r
  60     {\r
  61         this.ap = ap;\r
  62         this.cs = cs;\r
  63         forConservation = forConserve;\r
  64         undoButton.setVisible(false);\r
  65         applyButton.setVisible(false);\r
  66 \r
  67         if (forConservation)\r
  68         {\r
  69             label.setText("Enter value to increase conservation visibility");\r
  70             slider.setMinimum(0);\r
  71             slider.setMaximum(50);\r
  72         }\r
  73         else\r
  74         {\r
  75             label.setText("Enter % identity above which to colour residues");\r
  76             slider.setMinimum(0);\r
  77             slider.setMaximum(100);\r
  78         }\r
  79 \r
  80         slider.addChangeListener(new ChangeListener()\r
  81             {\r
  82                 public void stateChanged(ChangeEvent evt)\r
  83                 {\r
  84                     valueField.setText(slider.getValue() + "");\r
  85                     valueChanged(slider.getValue());\r
  86                 }\r
  87             });\r
  88 \r
  89         slider.setValue(value);\r
  90         valueField.setText(value + "");\r
  91     }\r
  92 \r
  93     public SliderPanel(final AlignmentAnnotation annotation, final AlignmentPanel ap)\r
  94     {\r
  95       forAnnotation = true;\r
  96       undoButton.setVisible(false);\r
  97       applyButton.setVisible(false);\r
  98       allGroupsCheck.setVisible(false);\r
  99       label.setText("Adjust value - "+annotation.getGraphLine(0).label);\r
 100 \r
 101       float range = annotation.graphMax * 1000 - annotation.graphMin * 1000;\r
 102 \r
 103       slider.setMinimum( (int) (annotation.graphMin * 1000));\r
 104       slider.setMaximum( (int) (annotation.graphMax * 1000));\r
 105       slider.setValue( (int) (annotation.getGraphLine(0).value * 1000));\r
 106       valueField.setText( annotation.getGraphLine(0).value + "");\r
 107       slider.setMajorTickSpacing( (int) (range / 10f));\r
 108       slider.setMinorTickSpacing( (int) (range / 100f));\r
 109       slider.setPaintTicks(true);\r
 110 \r
 111       JInternalFrame slideFrame = new JInternalFrame();\r
 112       slideFrame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
 113       Desktop.addInternalFrame(slideFrame,\r
 114                                "Adjust " + annotation.label +" value",\r
 115                                250, 90);\r
 116 \r
 117       slideFrame.setContentPane(this);\r
 118       slider.addChangeListener(new ChangeListener()\r
 119       {\r
 120         public void stateChanged(ChangeEvent evt)\r
 121         {\r
 122           valueField.setText( ((float)slider.getValue()/1000f) + "");\r
 123           annotation.getGraphLine(0).value = (float)slider.getValue()/1000f;\r
 124           ap.repaint();\r
 125         }\r
 126       });\r
 127 \r
 128     }\r
 129 \r
 130 \r
 131     /**\r
 132      * DOCUMENT ME!\r
 133      *\r
 134      * @param ap DOCUMENT ME!\r
 135      * @param cs DOCUMENT ME!\r
 136      * @param source DOCUMENT ME!\r
 137      *\r
 138      * @return DOCUMENT ME!\r
 139      */\r
 140     public static int setConservationSlider(AlignmentPanel ap,\r
 141         ColourSchemeI cs, String source)\r
 142     {\r
 143         SliderPanel sp = null;\r
 144 \r
 145         if (conservationSlider == null)\r
 146         {\r
 147             sp = new SliderPanel(ap, cs.getConservationInc(), true, cs);\r
 148             conservationSlider = new JInternalFrame();\r
 149             conservationSlider.setContentPane(sp);\r
 150             conservationSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
 151         }\r
 152         else\r
 153         {\r
 154             sp = (SliderPanel) conservationSlider.getContentPane();\r
 155             sp.cs = cs;\r
 156         }\r
 157 \r
 158         conservationSlider.setTitle("Conservation Colour Increment  (" +\r
 159             source + ")");\r
 160 \r
 161         if (ap.av.alignment.getGroups() != null)\r
 162         {\r
 163             sp.setAllGroupsCheckEnabled(true);\r
 164         }\r
 165         else\r
 166         {\r
 167             sp.setAllGroupsCheckEnabled(false);\r
 168         }\r
 169 \r
 170         return sp.getValue();\r
 171     }\r
 172 \r
 173     /**\r
 174      * DOCUMENT ME!\r
 175      */\r
 176     public static void showConservationSlider()\r
 177     {\r
 178         try\r
 179         {\r
 180             PIDSlider.setClosed(true);\r
 181             PIDSlider = null;\r
 182         }\r
 183         catch (Exception ex)\r
 184         {\r
 185         }\r
 186 \r
 187         if (!conservationSlider.isVisible())\r
 188         {\r
 189             Desktop.addInternalFrame(conservationSlider,\r
 190                 conservationSlider.getTitle(), 420, 90, false);\r
 191             conservationSlider.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()\r
 192                 {\r
 193                     public void internalFrameClosed(\r
 194                         javax.swing.event.InternalFrameEvent e)\r
 195                     {\r
 196                         conservationSlider = null;\r
 197                     }\r
 198                 });\r
 199             conservationSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
 200         }\r
 201     }\r
 202 \r
 203     /**\r
 204      * DOCUMENT ME!\r
 205      *\r
 206      * @param ap DOCUMENT ME!\r
 207      * @param cs DOCUMENT ME!\r
 208      * @param source DOCUMENT ME!\r
 209      *\r
 210      * @return DOCUMENT ME!\r
 211      */\r
 212     public static int setPIDSliderSource(AlignmentPanel ap, ColourSchemeI cs,\r
 213         String source)\r
 214     {\r
 215         SliderPanel pid = null;\r
 216 \r
 217         int threshold = cs.getThreshold();\r
 218 \r
 219         if (PIDSlider == null)\r
 220         {\r
 221             pid = new SliderPanel(ap, threshold, false, cs);\r
 222             PIDSlider = new JInternalFrame();\r
 223             PIDSlider.setContentPane(pid);\r
 224             PIDSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
 225         }\r
 226         else\r
 227         {\r
 228             pid = (SliderPanel) PIDSlider.getContentPane();\r
 229             pid.cs = cs;\r
 230         }\r
 231 \r
 232         PIDSlider.setTitle("Percentage Identity Threshold (" + source + ")");\r
 233 \r
 234         if (ap.av.alignment.getGroups() != null)\r
 235         {\r
 236             pid.setAllGroupsCheckEnabled(true);\r
 237         }\r
 238         else\r
 239         {\r
 240             pid.setAllGroupsCheckEnabled(false);\r
 241         }\r
 242 \r
 243         return pid.getValue();\r
 244     }\r
 245 \r
 246     /**\r
 247      * DOCUMENT ME!\r
 248      */\r
 249     public static void showPIDSlider()\r
 250     {\r
 251         try\r
 252         {\r
 253             conservationSlider.setClosed(true);\r
 254             conservationSlider = null;\r
 255         }\r
 256         catch (Exception ex)\r
 257         {\r
 258         }\r
 259 \r
 260         if (!PIDSlider.isVisible())\r
 261         {\r
 262             Desktop.addInternalFrame(PIDSlider, PIDSlider.getTitle(), 420, 90,\r
 263                 false);\r
 264             PIDSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
 265             PIDSlider.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()\r
 266                 {\r
 267                     public void internalFrameClosed(\r
 268                         javax.swing.event.InternalFrameEvent e)\r
 269                     {\r
 270                         PIDSlider = null;\r
 271                     }\r
 272                 });\r
 273             PIDSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
 274         }\r
 275     }\r
 276 \r
 277     /**\r
 278      * DOCUMENT ME!\r
 279      *\r
 280      * @param i DOCUMENT ME!\r
 281      */\r
 282     public void valueChanged(int i)\r
 283     {\r
 284         if (cs == null)\r
 285         {System.out.println("cs is null");\r
 286             return;\r
 287         }\r
 288 \r
 289 \r
 290 \r
 291         ColourSchemeI toChange = null;\r
 292         Vector allGroups = null;\r
 293         int groupIndex = 0;\r
 294 \r
 295         if (allGroupsCheck.isSelected())\r
 296         {\r
 297             allGroups = ap.av.alignment.getGroups();\r
 298             groupIndex = allGroups.size() - 1;\r
 299         }\r
 300         else\r
 301         {\r
 302             toChange = cs;\r
 303         }\r
 304 \r
 305 \r
 306         while (groupIndex > -1)\r
 307         {\r
 308             if (allGroups != null)\r
 309             {\r
 310                 toChange = ((SequenceGroup) allGroups.get(groupIndex)).cs;\r
 311 \r
 312                 if (toChange == null)\r
 313                 {\r
 314                     groupIndex--;\r
 315 \r
 316                     continue;\r
 317                 }\r
 318             }\r
 319 \r
 320             if (forConservation)\r
 321             {\r
 322                 if (toChange.conservationApplied())\r
 323                 {\r
 324                     toChange.setConservationInc(i);\r
 325                 }\r
 326             }\r
 327             else\r
 328             {\r
 329                 toChange.setThreshold(i, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 330             }\r
 331 \r
 332             groupIndex--;\r
 333         }\r
 334 \r
 335         ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 336     }\r
 337 \r
 338     /**\r
 339      * DOCUMENT ME!\r
 340      *\r
 341      * @param b DOCUMENT ME!\r
 342      */\r
 343     public void setAllGroupsCheckEnabled(boolean b)\r
 344     {\r
 345         allGroupsCheck.setEnabled(b);\r
 346     }\r
 347 \r
 348     /**\r
 349      * DOCUMENT ME!\r
 350      *\r
 351      * @param e DOCUMENT ME!\r
 352      */\r
 353     public void valueField_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 354     {\r
 355         try\r
 356         {\r
 357           if (forAnnotation)\r
 358           {\r
 359             float f = Float.parseFloat(valueField.getText());\r
 360             slider.setValue( (int)( f * 1000 ));\r
 361           }\r
 362           else\r
 363           {\r
 364             int i = Integer.parseInt(valueField.getText());\r
 365             slider.setValue(i);\r
 366           }\r
 367         }\r
 368         catch (Exception ex)\r
 369         {\r
 370             valueField.setText(slider.getValue() + "");\r
 371         }\r
 372     }\r
 373 \r
 374     /**\r
 375      * DOCUMENT ME!\r
 376      *\r
 377      * @param value DOCUMENT ME!\r
 378      */\r
 379     public void setValue(int value)\r
 380     {\r
 381         slider.setValue(value);\r
 382     }\r
 383 \r
 384     /**\r
 385      * DOCUMENT ME!\r
 386      *\r
 387      * @return DOCUMENT ME!\r
 388      */\r
 389     public int getValue()\r
 390     {\r
 391         return Integer.parseInt(valueField.getText());\r
 392     }\r
 393 }\r