src/jalview/gui/TreePanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.gui;
  19
  20 import java.beans.*;
  21 import java.io.*;
  22 import java.util.*;
  23 import java.util.List;
  24
  25 import javax.imageio.*;
  26
  27 import java.awt.*;
  28 import java.awt.event.*;
  29 import java.awt.image.*;
  30 import javax.swing.*;
  31
  32 import org.jibble.epsgraphics.*;
  33 import jalview.analysis.*;
  34 import jalview.commands.CommandI;
  35 import jalview.commands.OrderCommand;
  36 import jalview.datamodel.*;
  37 import jalview.io.*;
  38 import jalview.jbgui.*;
  39
  40 /**
  41  * DOCUMENT ME!
  42  *
  43  * @author $author$
  44  * @version $Revision$
  45  */
  46 public class TreePanel extends GTreePanel
  47 {
  48   String type;
  49
  50   String pwtype;
  51
  52   TreeCanvas treeCanvas;
  53
  54   NJTree tree;
  55
  56   AlignViewport av;
  57
  58   /**
  59    * Creates a new TreePanel object.
  60    *
  61    * @param av
  62    *          DOCUMENT ME!
  63    * @param seqVector
  64    *          DOCUMENT ME!
  65    * @param type
  66    *          DOCUMENT ME!
  67    * @param pwtype
  68    *          DOCUMENT ME!
  69    * @param s
  70    *          DOCUMENT ME!
  71    * @param e
  72    *          DOCUMENT ME!
  73    */
  74   public TreePanel(AlignmentPanel ap, String type, String pwtype)
  75   {
  76     super();
  77     initTreePanel(ap, type, pwtype, null, null);
  78
  79     // We know this tree has distances. JBPNote TODO: prolly should add this as
  80     // a userdefined default
  81     // showDistances(true);
  82   }
  83
  84   /**
  85    * Creates a new TreePanel object.
  86    *
  87    * @param av
  88    *          DOCUMENT ME!
  89    * @param seqVector
  90    *          DOCUMENT ME!
  91    * @param newtree
  92    *          DOCUMENT ME!
  93    * @param type
  94    *          DOCUMENT ME!
  95    * @param pwtype
  96    *          DOCUMENT ME!
  97    */
  98   public TreePanel(AlignmentPanel ap, String type, String pwtype,
  99           NewickFile newtree)
 100   {
 101     super();
 102     initTreePanel(ap, type, pwtype, newtree, null);
 103   }
 104
 105   public TreePanel(AlignmentPanel av, String type, String pwtype,
 106           NewickFile newtree, AlignmentView inputData)
 107   {
 108     super();
 109     initTreePanel(av, type, pwtype, newtree, inputData);
 110   }
 111
 112   public AlignmentI getAlignment()
 113   {
 114     return treeCanvas.av.getAlignment();
 115   }
 116
 117   public AlignViewport getViewPort()
 118   {
 119     return treeCanvas.av;
 120   }
 121
 122   void initTreePanel(AlignmentPanel ap, String type, String pwtype,
 123           NewickFile newTree, AlignmentView inputData)
 124   {
 125
 126     av = ap.av;
 127     this.type = type;
 128     this.pwtype = pwtype;
 129
 130     treeCanvas = new TreeCanvas(this, ap, scrollPane);
 131     scrollPane.setViewportView(treeCanvas);
 132
 133     PaintRefresher.Register(this, ap.av.getSequenceSetId());
 134
 135     buildAssociatedViewMenu();
 136
 137     av.addPropertyChangeListener(new java.beans.PropertyChangeListener()
 138     {
 139       public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 140       {
 141         if (evt.getPropertyName().equals("alignment"))
 142         {
 143           if (tree == null)
 144           {
 145             System.out.println("tree is null");
 146             // TODO: deal with case when a change event is received whilst a
 147             // tree is still being calculated - should save reference for
 148             // processing message later.
 149             return;
 150           }
 151           if (evt.getNewValue() == null)
 152           {
 153             System.out
 154                     .println("new alignment sequences vector value is null");
 155           }
 156
 157           tree.UpdatePlaceHolders((List<SequenceI>) evt.getNewValue());
 158           treeCanvas.nameHash.clear(); // reset the mapping between canvas
 159           // rectangles and leafnodes
 160           repaint();
 161         }
 162       }
 163     });
 164
 165     TreeLoader tl = new TreeLoader(newTree);
 166     if (inputData != null)
 167     {
 168       tl.odata = inputData;
 169     }
 170     tl.start();
 171
 172   }
 173
 174   public void viewMenu_menuSelected()
 175   {
 176     buildAssociatedViewMenu();
 177   }
 178
 179   void buildAssociatedViewMenu()
 180   {
 181     AlignmentPanel[] aps = PaintRefresher.getAssociatedPanels(av
 182             .getSequenceSetId());
 183     if (aps.length == 1 && treeCanvas.ap == aps[0])
 184     {
 185       associateLeavesMenu.setVisible(false);
 186       return;
 187     }
 188
 189     associateLeavesMenu.setVisible(true);
 190
 191     if ((viewMenu.getItem(viewMenu.getItemCount() - 2) instanceof JMenuItem))
 192     {
 193       viewMenu.insertSeparator(viewMenu.getItemCount() - 1);
 194     }
 195
 196     associateLeavesMenu.removeAll();
 197
 198     JRadioButtonMenuItem item;
 199     ButtonGroup buttonGroup = new ButtonGroup();
 200     int i, iSize = aps.length;
 201     final TreePanel thisTreePanel = this;
 202     for (i = 0; i < iSize; i++)
 203     {
 204       final AlignmentPanel ap = aps[i];
 205       item = new JRadioButtonMenuItem(ap.av.viewName, ap == treeCanvas.ap);
 206       buttonGroup.add(item);
 207       item.addActionListener(new ActionListener()
 208       {
 209         public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 210         {
 211           treeCanvas.applyToAllViews = false;
 212           treeCanvas.ap = ap;
 213           treeCanvas.av = ap.av;
 214           PaintRefresher.Register(thisTreePanel, ap.av.getSequenceSetId());
 215         }
 216       });
 217
 218       associateLeavesMenu.add(item);
 219     }
 220
 221     final JRadioButtonMenuItem itemf = new JRadioButtonMenuItem("All Views");
 222     buttonGroup.add(itemf);
 223     itemf.setSelected(treeCanvas.applyToAllViews);
 224     itemf.addActionListener(new ActionListener()
 225     {
 226       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 227       {
 228         treeCanvas.applyToAllViews = itemf.isSelected();
 229       }
 230     });
 231     associateLeavesMenu.add(itemf);
 232
 233   }
 234
 235   class TreeLoader extends Thread
 236   {
 237     NewickFile newtree;
 238
 239     jalview.datamodel.AlignmentView odata = null;
 240
 241     public TreeLoader(NewickFile newtree)
 242     {
 243       this.newtree = newtree;
 244       if (newtree != null)
 245       {
 246         // Must be outside run(), as Jalview2XML tries to
 247         // update distance/bootstrap visibility at the same time
 248         showBootstrap(newtree.HasBootstrap());
 249         showDistances(newtree.HasDistances());
 250       }
 251     }
 252
 253     public void run()
 254     {
 255
 256       if (newtree != null)
 257       {
 258         if (odata == null)
 259         {
 260           tree = new NJTree(av.getAlignment().getSequencesArray(), newtree);
 261         }
 262         else
 263         {
 264           tree = new NJTree(av.getAlignment().getSequencesArray(), odata,
 265                   newtree);
 266         }
 267         if (!tree.hasOriginalSequenceData())
 268         {
 269           allowOriginalSeqData(false);
 270         }
 271       }
 272       else
 273       {
 274         int start, end;
 275         SequenceI[] seqs;
 276         AlignmentView seqStrings = av.getAlignmentView(av
 277                 .getSelectionGroup() != null);
 278         if (av.getSelectionGroup() == null)
 279         {
 280           start = 0;
 281           end = av.getAlignment().getWidth();
 282           seqs = av.getAlignment().getSequencesArray();
 283         }
 284         else
 285         {
 286           start = av.getSelectionGroup().getStartRes();
 287           end = av.getSelectionGroup().getEndRes() + 1;
 288           seqs = av.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(av.getAlignment());
 289         }
 290
 291         tree = new NJTree(seqs, seqStrings, type, pwtype, start, end);
 292         showDistances(true);
 293       }
 294
 295       tree.reCount(tree.getTopNode());
 296       tree.findHeight(tree.getTopNode());
 297       treeCanvas.setTree(tree);
 298       treeCanvas.repaint();
 299       av.setCurrentTree(tree);
 300       if (av.getSortByTree())
 301       {
 302         sortByTree_actionPerformed(null);
 303       }
 304     }
 305   }
 306
 307   public void showDistances(boolean b)
 308   {
 309     treeCanvas.setShowDistances(b);
 310     distanceMenu.setSelected(b);
 311   }
 312
 313   public void showBootstrap(boolean b)
 314   {
 315     treeCanvas.setShowBootstrap(b);
 316     bootstrapMenu.setSelected(b);
 317   }
 318
 319   public void showPlaceholders(boolean b)
 320   {
 321     placeholdersMenu.setState(b);
 322     treeCanvas.setMarkPlaceholders(b);
 323   }
 324
 325   private void allowOriginalSeqData(boolean b)
 326   {
 327     originalSeqData.setVisible(b);
 328   }
 329
 330   /**
 331    * DOCUMENT ME!
 332    *
 333    * @return DOCUMENT ME!
 334    */
 335   public NJTree getTree()
 336   {
 337     return tree;
 338   }
 339
 340   /**
 341    * DOCUMENT ME!
 342    *
 343    * @param e
 344    *          DOCUMENT ME!
 345    */
 346   public void textbox_actionPerformed(ActionEvent e)
 347   {
 348     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 349
 350     StringBuffer buffer = new StringBuffer();
 351
 352     if (type.equals("AV"))
 353     {
 354       buffer.append("Average distance tree using ");
 355     }
 356     else
 357     {
 358       buffer.append("Neighbour joining tree using ");
 359     }
 360
 361     if (pwtype.equals("BL"))
 362     {
 363       buffer.append("BLOSUM62");
 364     }
 365     else
 366     {
 367       buffer.append("PID");
 368     }
 369
 370     jalview.io.NewickFile fout = new jalview.io.NewickFile(
 371             tree.getTopNode());
 372     try
 373     {
 374       cap.setText(fout.print(tree.isHasBootstrap(), tree.isHasDistances(),
 375               tree.isHasRootDistance()));
 376       Desktop.addInternalFrame(cap, buffer.toString(), 500, 100);
 377     } catch (OutOfMemoryError oom)
 378     {
 379       new OOMWarning("generating newick tree file", oom);
 380       cap.dispose();
 381     }
 382
 383   }
 384
 385   /**
 386    * DOCUMENT ME!
 387    *
 388    * @param e
 389    *          DOCUMENT ME!
 390    */
 391   public void saveAsNewick_actionPerformed(ActionEvent e)
 392   {
 393     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 394             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));
 395     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 396     chooser.setDialogTitle("Save tree as newick file");
 397     chooser.setToolTipText("Save");
 398
 399     int value = chooser.showSaveDialog(null);
 400
 401     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 402     {
 403       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
 404       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", chooser
 405               .getSelectedFile().getParent());
 406
 407       try
 408       {
 409         jalview.io.NewickFile fout = new jalview.io.NewickFile(
 410                 tree.getTopNode());
 411         String output = fout.print(tree.isHasBootstrap(),
 412                 tree.isHasDistances(), tree.isHasRootDistance());
 413         java.io.PrintWriter out = new java.io.PrintWriter(
 414                 new java.io.FileWriter(choice));
 415         out.println(output);
 416         out.close();
 417       } catch (Exception ex)
 418       {
 419         ex.printStackTrace();
 420       }
 421     }
 422   }
 423
 424   /**
 425    * DOCUMENT ME!
 426    *
 427    * @param e
 428    *          DOCUMENT ME!
 429    */
 430   public void printMenu_actionPerformed(ActionEvent e)
 431   {
 432     // Putting in a thread avoids Swing painting problems
 433     treeCanvas.startPrinting();
 434   }
 435
 436   public void originalSeqData_actionPerformed(ActionEvent e)
 437   {
 438     if (!tree.hasOriginalSequenceData())
 439     {
 440       jalview.bin.Cache.log
 441               .info("Unexpected call to originalSeqData_actionPerformed - should have hidden this menu action.");
 442       return;
 443     }
 444     // decide if av alignment is sufficiently different to original data to
 445     // warrant a new window to be created
 446     // create new alignmnt window with hidden regions (unhiding hidden regions
 447     // yields unaligned seqs)
 448     // or create a selection box around columns in alignment view
 449     // test Alignment(SeqCigar[])
 450     char gc = '-';
 451     try
 452     {
 453       // we try to get the associated view's gap character
 454       // but this may fail if the view was closed...
 455       gc = av.getGapCharacter();
 456
 457     } catch (Exception ex)
 458     {
 459     }
 460     ;
 461     Object[] alAndColsel = tree.seqData.getAlignmentAndColumnSelection(gc);
 462
 463     if (alAndColsel != null && alAndColsel[0] != null)
 464     {
 465       // AlignmentOrder origorder = new AlignmentOrder(alAndColsel[0]);
 466
 467       Alignment al = new Alignment((SequenceI[]) alAndColsel[0]);
 468       Alignment dataset = (av != null && av.getAlignment() != null) ? av
 469               .getAlignment().getDataset() : null;
 470       if (dataset != null)
 471       {
 472         al.setDataset(dataset);
 473       }
 474
 475       if (true)
 476       {
 477         // make a new frame!
 478         AlignFrame af = new AlignFrame(al,
 479                 (ColumnSelection) alAndColsel[1], AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 480                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 481
 482         // >>>This is a fix for the moment, until a better solution is
 483         // found!!<<<
 484         // af.getFeatureRenderer().transferSettings(alignFrame.getFeatureRenderer());
 485
 486         // af.addSortByOrderMenuItem(ServiceName + " Ordering",
 487         // msaorder);
 488
 489         Desktop.addInternalFrame(af, "Original Data for " + this.title,
 490                 AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 491       }
 492     }
 493   }
 494
 495   /**
 496    * DOCUMENT ME!
 497    *
 498    * @param e
 499    *          DOCUMENT ME!
 500    */
 501   public void fitToWindow_actionPerformed(ActionEvent e)
 502   {
 503     treeCanvas.fitToWindow = fitToWindow.isSelected();
 504     repaint();
 505   }
 506
 507   /**
 508    * sort the associated alignment view by the current tree.
 509    *
 510    * @param e
 511    */
 512   public void sortByTree_actionPerformed(ActionEvent e)
 513   {
 514
 515     if (treeCanvas.applyToAllViews)
 516     {
 517       final ArrayList<CommandI> commands = new ArrayList<CommandI>();
 518       for (AlignmentPanel ap: PaintRefresher.getAssociatedPanels(av
 519               .getSequenceSetId()))
 520       {
 521         commands.add(sortAlignmentIn(ap.av.getAlignPanel()));
 522       }
 523       av.getAlignPanel().alignFrame.addHistoryItem(new CommandI()
 524       {
 525
 526         @Override
 527         public void undoCommand(AlignmentI[] views)
 528         {
 529           for (CommandI tsort:commands)
 530           {
 531             tsort.undoCommand(views);
 532           }
 533         }
 534
 535         @Override
 536         public int getSize()
 537         {
 538           return commands.size();
 539         }
 540
 541         @Override
 542         public String getDescription()
 543         {
 544           return "Tree Sort (many views)";
 545         }
 546
 547         @Override
 548         public void doCommand(AlignmentI[] views)
 549         {
 550
 551           for (CommandI tsort:commands)
 552           {
 553             tsort.doCommand(views);
 554           }
 555         }
 556       });
 557       for (AlignmentPanel ap: PaintRefresher.getAssociatedPanels(av
 558               .getSequenceSetId()))
 559       {
 560         // ensure all the alignFrames refresh their GI after adding an undo item
 561         ap.alignFrame.updateEditMenuBar();
 562       }
 563     } else {
 564       treeCanvas.ap.alignFrame.addHistoryItem(sortAlignmentIn(treeCanvas.ap));
 565     }
 566
 567   }
 568   public CommandI sortAlignmentIn(AlignmentPanel ap)
 569   {
 570     AlignViewport av = ap.av;
 571     SequenceI[] oldOrder = av.getAlignment().getSequencesArray();
 572     AlignmentSorter.sortByTree(av.getAlignment(), tree);
 573     CommandI undo;
 574     undo=new OrderCommand("Tree Sort", oldOrder,
 575           av.getAlignment());
 576
 577     ap.paintAlignment(true);
 578     return undo;
 579   }
 580   /**
 581    * DOCUMENT ME!
 582    *
 583    * @param e
 584    *          DOCUMENT ME!
 585    */
 586   public void font_actionPerformed(ActionEvent e)
 587   {
 588     if (treeCanvas == null)
 589     {
 590       return;
 591     }
 592
 593     new FontChooser(this);
 594   }
 595
 596   public Font getTreeFont()
 597   {
 598     return treeCanvas.font;
 599   }
 600
 601   public void setTreeFont(Font font)
 602   {
 603     if (treeCanvas != null)
 604     {
 605       treeCanvas.setFont(font);
 606     }
 607   }
 608
 609   /**
 610    * DOCUMENT ME!
 611    *
 612    * @param e
 613    *          DOCUMENT ME!
 614    */
 615   public void distanceMenu_actionPerformed(ActionEvent e)
 616   {
 617     treeCanvas.setShowDistances(distanceMenu.isSelected());
 618   }
 619
 620   /**
 621    * DOCUMENT ME!
 622    *
 623    * @param e
 624    *          DOCUMENT ME!
 625    */
 626   public void bootstrapMenu_actionPerformed(ActionEvent e)
 627   {
 628     treeCanvas.setShowBootstrap(bootstrapMenu.isSelected());
 629   }
 630
 631   /**
 632    * DOCUMENT ME!
 633    *
 634    * @param e
 635    *          DOCUMENT ME!
 636    */
 637   public void placeholdersMenu_actionPerformed(ActionEvent e)
 638   {
 639     treeCanvas.setMarkPlaceholders(placeholdersMenu.isSelected());
 640   }
 641
 642   /**
 643    * DOCUMENT ME!
 644    *
 645    * @param e
 646    *          DOCUMENT ME!
 647    */
 648   public void epsTree_actionPerformed(ActionEvent e)
 649   {
 650     boolean accurateText = true;
 651
 652     String renderStyle = jalview.bin.Cache.getDefault("EPS_RENDERING",
 653             "Prompt each time");
 654
 655     // If we need to prompt, and if the GUI is visible then
 656     // Prompt for EPS rendering style
 657     if (renderStyle.equalsIgnoreCase("Prompt each time")
 658             && !(System.getProperty("java.awt.headless") != null && System
 659                     .getProperty("java.awt.headless").equals("true")))
 660     {
 661       EPSOptions eps = new EPSOptions();
 662       renderStyle = eps.getValue();
 663
 664       if (renderStyle == null || eps.cancelled)
 665       {
 666         return;
 667       }
 668
 669     }
 670
 671     if (renderStyle.equalsIgnoreCase("text"))
 672     {
 673       accurateText = false;
 674     }
 675
 676     int width = treeCanvas.getWidth();
 677     int height = treeCanvas.getHeight();
 678
 679     try
 680     {
 681       jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.JalviewFileChooser(
 682               jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[]
 683               { "eps" }, new String[]
 684               { "Encapsulated Postscript" }, "Encapsulated Postscript");
 685       chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());
 686       chooser.setDialogTitle("Create EPS file from tree");
 687       chooser.setToolTipText("Save");
 688
 689       int value = chooser.showSaveDialog(this);
 690
 691       if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 692       {
 693         return;
 694       }
 695
 696       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", chooser
 697               .getSelectedFile().getParent());
 698
 699       FileOutputStream out = new FileOutputStream(chooser.getSelectedFile());
 700       EpsGraphics2D pg = new EpsGraphics2D("Tree", out, 0, 0, width, height);
 701
 702       pg.setAccurateTextMode(accurateText);
 703
 704       treeCanvas.draw(pg, width, height);
 705
 706       pg.flush();
 707       pg.close();
 708     } catch (Exception ex)
 709     {
 710       ex.printStackTrace();
 711     }
 712   }
 713
 714   /**
 715    * DOCUMENT ME!
 716    *
 717    * @param e
 718    *          DOCUMENT ME!
 719    */
 720   public void pngTree_actionPerformed(ActionEvent e)
 721   {
 722     int width = treeCanvas.getWidth();
 723     int height = treeCanvas.getHeight();
 724
 725     try
 726     {
 727       jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.JalviewFileChooser(
 728               jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[]
 729               { "png" }, new String[]
 730               { "Portable network graphics" }, "Portable network graphics");
 731
 732       chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());
 733       chooser.setDialogTitle("Create PNG image from tree");
 734       chooser.setToolTipText("Save");
 735
 736       int value = chooser.showSaveDialog(this);
 737
 738       if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 739       {
 740         return;
 741       }
 742
 743       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", chooser
 744               .getSelectedFile().getParent());
 745
 746       FileOutputStream out = new FileOutputStream(chooser.getSelectedFile());
 747
 748       BufferedImage bi = new BufferedImage(width, height,
 749               BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
 750       Graphics png = bi.getGraphics();
 751
 752       treeCanvas.draw(png, width, height);
 753
 754       ImageIO.write(bi, "png", out);
 755       out.close();
 756     } catch (Exception ex)
 757     {
 758       ex.printStackTrace();
 759     }
 760   }
 761
 762   /**
 763    * change node labels to the annotation referred to by labelClass TODO:
 764    * promote to a datamodel modification that can be undone TODO: make argument
 765    * one case of a generic transformation function ie { undoStep = apply(Tree,
 766    * TransformFunction)};
 767    *
 768    * @param labelClass
 769    */
 770   public void changeNames(final String labelClass)
 771   {
 772     tree.applyToNodes(new NodeTransformI()
 773     {
 774
 775       public void transform(BinaryNode node)
 776       {
 777         if (node instanceof SequenceNode
 778                 && !((SequenceNode) node).isPlaceholder()
 779                 && !((SequenceNode) node).isDummy())
 780         {
 781           String newname = null;
 782           SequenceI sq = (SequenceI) ((SequenceNode) node).element();
 783           if (sq != null)
 784           {
 785             // search dbrefs, features and annotation
 786             DBRefEntry[] refs = jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(
 787                     sq.getDBRef(), new String[]
 788                     { labelClass.toUpperCase() });
 789             if (refs != null)
 790             {
 791               for (int i = 0; i < refs.length; i++)
 792               {
 793                 if (newname == null)
 794                 {
 795                   newname = new String(refs[i].getAccessionId());
 796                 }
 797                 else
 798                 {
 799                   newname = newname + "; " + refs[i].getAccessionId();
 800                 }
 801               }
 802             }
 803             if (newname == null)
 804             {
 805               SequenceFeature sf[] = sq.getSequenceFeatures();
 806               for (int i = 0; sf != null && i < sf.length; i++)
 807               {
 808                 if (sf[i].getType().equals(labelClass))
 809                 {
 810                   if (newname == null)
 811                   {
 812                     newname = new String(sf[i].getDescription());
 813                   }
 814                   else
 815                   {
 816                     newname = newname + "; " + sf[i].getDescription();
 817                   }
 818                 }
 819               }
 820             }
 821           }
 822           if (newname != null)
 823           {
 824             String oldname = ((SequenceNode) node).getName();
 825             // TODO : save in the undo object for this modification.
 826             ((SequenceNode) node).setName(newname);
 827           }
 828         }
 829       }
 830     });
 831   }
 832 }