src/jalview/gui/UserDefinedColours.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import java.io.*;\r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.*;\r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 import javax.swing.*;\r
  27 import javax.swing.event.*;\r
  28 \r
  29 import jalview.datamodel.*;\r
  30 import jalview.io.*;\r
  31 import jalview.jbgui.*;\r
  32 import jalview.schemes.*;\r
  33 \r
  34 /**\r
  35  * DOCUMENT ME!\r
  36  *\r
  37  * @author $author$\r
  38  * @version $Revision$\r
  39  */\r
  40 public class UserDefinedColours\r
  41     extends GUserDefinedColours implements ChangeListener\r
  42 {\r
  43   AlignmentPanel ap;\r
  44   SequenceGroup seqGroup;\r
  45   Vector selectedButtons;\r
  46   ColourSchemeI oldColourScheme;\r
  47   JInternalFrame frame;\r
  48   MCview.PDBCanvas pdbcanvas;\r
  49   Vector upperCaseButtons;\r
  50   Vector lowerCaseButtons;\r
  51 \r
  52   /**\r
  53    * Creates a new UserDefinedColours object.\r
  54    *\r
  55    * @param ap DOCUMENT ME!\r
  56    * @param sg DOCUMENT ME!\r
  57    */\r
  58   public UserDefinedColours(AlignmentPanel ap, SequenceGroup sg)\r
  59   {\r
  60     super();\r
  61 \r
  62     lcaseColour.setEnabled(false);\r
  63 \r
  64     this.ap = ap;\r
  65     seqGroup = sg;\r
  66 \r
  67     if (seqGroup != null)\r
  68     {\r
  69       oldColourScheme = seqGroup.cs;\r
  70     }\r
  71     else\r
  72     {\r
  73       oldColourScheme = ap.av.getGlobalColourScheme();\r
  74     }\r
  75 \r
  76     if (oldColourScheme instanceof UserColourScheme)\r
  77     {\r
  78       schemeName.setText( ( (UserColourScheme) oldColourScheme).getName());\r
  79       if ( ( (UserColourScheme) oldColourScheme).getLowerCaseColours() != null)\r
  80       {\r
  81         caseSensitive.setSelected(true);\r
  82         lcaseColour.setEnabled(true);\r
  83         resetButtonPanel(true);\r
  84       }\r
  85       else\r
  86       {\r
  87         resetButtonPanel(false);\r
  88       }\r
  89     }\r
  90     else\r
  91     {\r
  92       resetButtonPanel(false);\r
  93     }\r
  94 \r
  95     showFrame();\r
  96   }\r
  97 \r
  98   public UserDefinedColours(MCview.PDBCanvas pdb, ColourSchemeI oldcs)\r
  99   {\r
 100     super();\r
 101     pdbcanvas = pdb;\r
 102 \r
 103     colorChooser.getSelectionModel().addChangeListener(this);\r
 104 \r
 105     oldColourScheme = oldcs;\r
 106 \r
 107     if (oldColourScheme instanceof UserColourScheme)\r
 108     {\r
 109       schemeName.setText( ( (UserColourScheme) oldColourScheme).getName());\r
 110     }\r
 111 \r
 112     resetButtonPanel(false);\r
 113 \r
 114     showFrame();\r
 115 \r
 116   }\r
 117 \r
 118   void showFrame()\r
 119   {\r
 120     colorChooser.getSelectionModel().addChangeListener(this);\r
 121     frame = new JInternalFrame();\r
 122     frame.setContentPane(this);\r
 123     Desktop.addInternalFrame(frame, "User Defined Colours", 720, 370, true);\r
 124 \r
 125     if (seqGroup != null)\r
 126     {\r
 127       frame.setTitle(frame.getTitle() + " (" + seqGroup.getName() + ")");\r
 128     }\r
 129 \r
 130     if (System.getProperty("os.name").startsWith("Mac"))\r
 131     {\r
 132       frame.setSize(760, 370);\r
 133     }\r
 134   }\r
 135 \r
 136   void resetButtonPanel(boolean caseSensitive)\r
 137   {\r
 138     buttonPanel.removeAll();\r
 139 \r
 140     if (upperCaseButtons == null)\r
 141     {\r
 142       upperCaseButtons = new Vector();\r
 143     }\r
 144 \r
 145     JButton button;\r
 146     String label;\r
 147     for (int i = 0; i < 20; i++)\r
 148     {\r
 149       if (caseSensitive)\r
 150       {\r
 151         label = ResidueProperties.aa[i];\r
 152       }\r
 153       else\r
 154       {\r
 155         label = ResidueProperties.aa2Triplet.get\r
 156             (ResidueProperties.aa[i]).toString();\r
 157       }\r
 158 \r
 159       button = makeButton(label,\r
 160                           ResidueProperties.aa[i],\r
 161                           upperCaseButtons, i);\r
 162 \r
 163       buttonPanel.add(button);\r
 164     }\r
 165 \r
 166     buttonPanel.add(makeButton("B", "B", upperCaseButtons, 20));\r
 167     buttonPanel.add(makeButton("Z", "Z", upperCaseButtons, 21));\r
 168     buttonPanel.add(makeButton("X", "X", upperCaseButtons, 22));\r
 169     buttonPanel.add(makeButton("Gap", "-", upperCaseButtons, 23));\r
 170 \r
 171     if (!caseSensitive)\r
 172     {\r
 173       gridLayout.setRows(6);\r
 174       gridLayout.setColumns(4);\r
 175     }\r
 176     else\r
 177     {\r
 178       gridLayout.setRows(7);\r
 179       int cols = 7;\r
 180       gridLayout.setColumns(cols + 1);\r
 181 \r
 182       if (lowerCaseButtons == null)\r
 183       {\r
 184         lowerCaseButtons = new Vector();\r
 185       }\r
 186 \r
 187       for (int i = 0; i < 20; i++)\r
 188       {\r
 189         int row = i / cols + 1;\r
 190         int index = (row * cols) + i;\r
 191         button = makeButton(\r
 192             ResidueProperties.aa[i].toLowerCase(),\r
 193             ResidueProperties.aa[i].toLowerCase(),\r
 194             lowerCaseButtons,\r
 195             i);\r
 196 \r
 197         buttonPanel.add(button, index);\r
 198       }\r
 199     }\r
 200 \r
 201     if (caseSensitive)\r
 202     {\r
 203       buttonPanel.add(makeButton("b", "b", lowerCaseButtons, 20));\r
 204       buttonPanel.add(makeButton("z", "z", lowerCaseButtons, 21));\r
 205       buttonPanel.add(makeButton("x", "x", lowerCaseButtons, 22));\r
 206     }\r
 207 \r
 208     buttonPanel.validate();\r
 209     validate();\r
 210   }\r
 211 \r
 212   /**\r
 213    * DOCUMENT ME!\r
 214    *\r
 215    * @param evt DOCUMENT ME!\r
 216    */\r
 217   public void stateChanged(ChangeEvent evt)\r
 218   {\r
 219     if (selectedButtons != null)\r
 220     {\r
 221       JButton button = null;\r
 222       for (int i = 0; i < selectedButtons.size(); i++)\r
 223       {\r
 224         button = (JButton) selectedButtons.elementAt(i);\r
 225         button.setBackground(colorChooser.getColor());\r
 226         button.setForeground(button.getBackground().brighter().brighter().\r
 227                              brighter());\r
 228       }\r
 229       if (button == lcaseColour)\r
 230       {\r
 231         for (int i = 0; i < lowerCaseButtons.size(); i++)\r
 232         {\r
 233           button = (JButton) lowerCaseButtons.elementAt(i);\r
 234           button.setBackground(colorChooser.getColor());\r
 235           button.setForeground(button.getBackground().brighter().brighter().\r
 236                                brighter());\r
 237         }\r
 238       }\r
 239     }\r
 240   }\r
 241 \r
 242   /**\r
 243    * DOCUMENT ME!\r
 244    *\r
 245    * @param e DOCUMENT ME!\r
 246    */\r
 247   public void colourButtonPressed(MouseEvent e)\r
 248   {\r
 249     if (selectedButtons == null)\r
 250     {\r
 251       selectedButtons = new Vector();\r
 252     }\r
 253 \r
 254     JButton pressed = (JButton) e.getSource();\r
 255 \r
 256     if (e.isShiftDown())\r
 257     {\r
 258       JButton start, end = (JButton) e.getSource();\r
 259       if (selectedButtons.size() > 0)\r
 260       {\r
 261         start = (JButton) selectedButtons.elementAt(selectedButtons.size() - 1);\r
 262       }\r
 263       else\r
 264       {\r
 265         start = (JButton) e.getSource();\r
 266       }\r
 267 \r
 268       int startIndex = 0, endIndex = 0;\r
 269       for (int b = 0; b < buttonPanel.getComponentCount(); b++)\r
 270       {\r
 271         if (buttonPanel.getComponent(b) == start)\r
 272         {\r
 273           startIndex = b;\r
 274         }\r
 275         if (buttonPanel.getComponent(b) == end)\r
 276         {\r
 277           endIndex = b;\r
 278         }\r
 279       }\r
 280 \r
 281       if (startIndex > endIndex)\r
 282       {\r
 283         int temp = startIndex;\r
 284         startIndex = endIndex;\r
 285         endIndex = temp;\r
 286       }\r
 287 \r
 288       for (int b = startIndex; b <= endIndex; b++)\r
 289       {\r
 290         JButton button = (JButton) buttonPanel.getComponent(b);\r
 291         if (!selectedButtons.contains(button))\r
 292         {\r
 293           button.setForeground(button.getBackground().brighter().brighter());\r
 294           selectedButtons.add(button);\r
 295         }\r
 296       }\r
 297     }\r
 298     else if (!e.isControlDown())\r
 299     {\r
 300       for (int b = 0; b < selectedButtons.size(); b++)\r
 301       {\r
 302         JButton button = (JButton) selectedButtons.elementAt(b);\r
 303         button.setForeground(button.getBackground().darker().darker());\r
 304       }\r
 305       selectedButtons.clear();\r
 306       pressed.setForeground(pressed.getBackground().brighter().brighter());\r
 307       selectedButtons.addElement(pressed);\r
 308 \r
 309     }\r
 310     else if (e.isControlDown())\r
 311     {\r
 312       if (selectedButtons.contains(pressed))\r
 313       {\r
 314         pressed.setForeground(pressed.getBackground().darker().darker());\r
 315         selectedButtons.remove(pressed);\r
 316       }\r
 317       else\r
 318       {\r
 319         pressed.setForeground(pressed.getBackground().brighter().brighter());\r
 320         selectedButtons.addElement(pressed);\r
 321       }\r
 322     }\r
 323 \r
 324     if (selectedButtons.size() > 0)\r
 325     {\r
 326       colorChooser.setColor( ( (JButton) selectedButtons.elementAt(0)).\r
 327                             getBackground());\r
 328     }\r
 329   }\r
 330 \r
 331   /**\r
 332    * DOCUMENT ME!\r
 333    *\r
 334    * @param label DOCUMENT ME!\r
 335    * @param aa DOCUMENT ME!\r
 336    */\r
 337   JButton makeButton(String label,\r
 338                      String aa,\r
 339                      Vector caseSensitiveButtons,\r
 340                      int buttonIndex)\r
 341   {\r
 342     final JButton button;\r
 343     Color col;\r
 344 \r
 345     if (buttonIndex < caseSensitiveButtons.size())\r
 346     {\r
 347       button = (JButton) caseSensitiveButtons.elementAt(buttonIndex);\r
 348       col = button.getBackground();\r
 349     }\r
 350     else\r
 351     {\r
 352       button = new JButton();\r
 353       button.addMouseListener(new java.awt.event.MouseAdapter()\r
 354       {\r
 355         public void mouseClicked(MouseEvent e)\r
 356         {\r
 357           colourButtonPressed(e);\r
 358         }\r
 359       });\r
 360 \r
 361       caseSensitiveButtons.addElement(button);\r
 362 \r
 363       col = Color.white;\r
 364 \r
 365       try\r
 366       {\r
 367         col = oldColourScheme.findColour(aa.charAt(0), -1);\r
 368       }\r
 369       catch (Exception ex)\r
 370       {}\r
 371     }\r
 372 \r
 373     if (caseSensitive.isSelected())\r
 374     {\r
 375       button.setMargin(new java.awt.Insets(2, 2, 2, 2));\r
 376     }\r
 377     else\r
 378     {\r
 379       button.setMargin(new java.awt.Insets(2, 14, 2, 14));\r
 380     }\r
 381 \r
 382     button.setBackground(col);\r
 383     button.setText(label);\r
 384     button.setForeground(col.darker().darker().darker());\r
 385     button.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.BOLD, 10));\r
 386 \r
 387     return button;\r
 388   }\r
 389 \r
 390   /**\r
 391    * DOCUMENT ME!\r
 392    *\r
 393    * @param e DOCUMENT ME!\r
 394    */\r
 395   protected void okButton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 396   {\r
 397     applyButton_actionPerformed(null);\r
 398 \r
 399     try\r
 400     {\r
 401       frame.setClosed(true);\r
 402     }\r
 403     catch (Exception ex)\r
 404     {\r
 405     }\r
 406   }\r
 407 \r
 408   /**\r
 409    * DOCUMENT ME!\r
 410    *\r
 411    * @param e DOCUMENT ME!\r
 412    */\r
 413   protected void applyButton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 414   {\r
 415     UserColourScheme ucs = getSchemeFromButtons();\r
 416     ucs.setName(schemeName.getText());\r
 417 \r
 418     if (seqGroup != null)\r
 419     {\r
 420       seqGroup.cs = ucs;\r
 421       ap.repaint();\r
 422     }\r
 423     else if (ap != null)\r
 424     {\r
 425       ap.alignFrame.changeColour(ucs);\r
 426     }\r
 427     else if (pdbcanvas != null)\r
 428     {\r
 429       pdbcanvas.pdb.setColours(ucs);\r
 430       pdbcanvas.updateSeqColours();\r
 431     }\r
 432   }\r
 433 \r
 434   UserColourScheme getSchemeFromButtons()\r
 435   {\r
 436 \r
 437     Color[] newColours = new Color[24];\r
 438 \r
 439     for (int i = 0; i < 24; i++)\r
 440     {\r
 441       JButton button = (JButton) upperCaseButtons.elementAt(i);\r
 442       newColours[i] = button.getBackground();\r
 443     }\r
 444 \r
 445     UserColourScheme ucs = new UserColourScheme(newColours);\r
 446 \r
 447     if (caseSensitive.isSelected())\r
 448     {\r
 449       newColours = new Color[23];\r
 450       for (int i = 0; i < 23; i++)\r
 451       {\r
 452         JButton button = (JButton) lowerCaseButtons.elementAt(i);\r
 453         newColours[i] = button.getBackground();\r
 454       }\r
 455       ucs.setLowerCaseColours(newColours);\r
 456     }\r
 457 \r
 458     if (ap != null)\r
 459     {\r
 460       ucs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 461     }\r
 462 \r
 463     return ucs;\r
 464   }\r
 465 \r
 466   /**\r
 467    * DOCUMENT ME!\r
 468    *\r
 469    * @param e DOCUMENT ME!\r
 470    */\r
 471   protected void loadbutton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 472   {\r
 473     upperCaseButtons = new Vector();\r
 474     lowerCaseButtons = new Vector();\r
 475 \r
 476     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.\r
 477         getProperty(\r
 478             "LAST_DIRECTORY"), new String[]\r
 479         {"jc"},\r
 480         new String[]\r
 481         {"Jalview User Colours"}, "Jalview User Colours");\r
 482     chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 483     chooser.setDialogTitle("Load colour scheme");\r
 484     chooser.setToolTipText("Load");\r
 485 \r
 486     int value = chooser.showOpenDialog(this);\r
 487 \r
 488     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 489     {\r
 490       File choice = chooser.getSelectedFile();\r
 491       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice.getParent());\r
 492       String defaultColours = jalview.bin.Cache.getDefault(\r
 493           "USER_DEFINED_COLOURS",\r
 494           choice.getPath());\r
 495       if (defaultColours.indexOf(choice.getPath()) == -1)\r
 496       {\r
 497         defaultColours = defaultColours.concat("|").concat(choice.getPath());\r
 498       }\r
 499 \r
 500       jalview.bin.Cache.setProperty("USER_DEFINED_COLOURS", defaultColours);\r
 501 \r
 502       UserColourScheme ucs = loadColours(choice.getAbsolutePath());\r
 503       Color[] colors = ucs.getColours();\r
 504       schemeName.setText(ucs.getName());\r
 505 \r
 506       if (ucs.getLowerCaseColours() != null)\r
 507       {\r
 508         caseSensitive.setSelected(true);\r
 509         lcaseColour.setEnabled(true);\r
 510         resetButtonPanel(true);\r
 511         for (int i = 0; i < lowerCaseButtons.size(); i++)\r
 512         {\r
 513           JButton button = (JButton) lowerCaseButtons.elementAt(i);\r
 514           button.setBackground(ucs.getLowerCaseColours()[i]);\r
 515         }\r
 516 \r
 517       }\r
 518       else\r
 519       {\r
 520         caseSensitive.setSelected(false);\r
 521         lcaseColour.setEnabled(false);\r
 522         resetButtonPanel(false);\r
 523       }\r
 524 \r
 525       for (int i = 0; i < upperCaseButtons.size(); i++)\r
 526       {\r
 527         JButton button = (JButton) upperCaseButtons.elementAt(i);\r
 528         button.setBackground(colors[i]);\r
 529       }\r
 530 \r
 531     }\r
 532   }\r
 533 \r
 534   /**\r
 535    * DOCUMENT ME!\r
 536    *\r
 537    * @return DOCUMENT ME!\r
 538    */\r
 539   public static UserColourScheme loadDefaultColours()\r
 540   {\r
 541     UserColourScheme ret = null;\r
 542 \r
 543     String colours = jalview.bin.Cache.getProperty("USER_DEFINED_COLOURS");\r
 544     if (colours != null)\r
 545     {\r
 546       if (colours.indexOf("|") > -1)\r
 547       {\r
 548         colours = colours.substring(0, colours.indexOf("|"));\r
 549       }\r
 550 \r
 551       ret = loadColours(colours);\r
 552     }\r
 553 \r
 554     if (ret == null)\r
 555     {\r
 556       Color[] newColours = new Color[24];\r
 557       for (int i = 0; i < 24; i++)\r
 558       {\r
 559         newColours[i] = Color.white;\r
 560       }\r
 561       ret = new UserColourScheme(newColours);\r
 562     }\r
 563 \r
 564     return ret;\r
 565   }\r
 566 \r
 567   /**\r
 568    * DOCUMENT ME!\r
 569    *\r
 570    * @param file DOCUMENT ME!\r
 571    *\r
 572    * @return DOCUMENT ME!\r
 573    */\r
 574   static UserColourScheme loadColours(String file)\r
 575   {\r
 576     UserColourScheme ucs = null;\r
 577     Color[] newColours = null;\r
 578     try\r
 579     {\r
 580       InputStreamReader in = new InputStreamReader(new FileInputStream(\r
 581           file), "UTF-8");\r
 582 \r
 583       jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours jucs\r
 584           = new jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours();\r
 585 \r
 586       org.exolab.castor.xml.Unmarshaller unmar\r
 587           = new org.exolab.castor.xml.Unmarshaller(jucs);\r
 588       jucs = (jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours) unmar.\r
 589           unmarshal(in);\r
 590 \r
 591       newColours = new Color[24];\r
 592 \r
 593       Color[] lowerCase = null;\r
 594       boolean caseSensitive = false;\r
 595 \r
 596       String name;\r
 597       int index;\r
 598       for (int i = 0; i < jucs.getColourCount(); i++)\r
 599       {\r
 600         name = jucs.getColour(i).getName();\r
 601         if (ResidueProperties.aa3Hash.containsKey(name))\r
 602         {\r
 603           index = ( (Integer) ResidueProperties.aa3Hash.get(name)).intValue();\r
 604         }\r
 605         else\r
 606         {\r
 607           index = ResidueProperties.aaIndex[name.charAt(0)];\r
 608         }\r
 609         if (index == -1)\r
 610         {\r
 611           continue;\r
 612         }\r
 613 \r
 614         if (name.toLowerCase().equals(name))\r
 615         {\r
 616           if (lowerCase == null)\r
 617           {\r
 618             lowerCase = new Color[23];\r
 619           }\r
 620           caseSensitive = true;\r
 621           lowerCase[index] = new Color(Integer.parseInt(\r
 622               jucs.getColour(i).getRGB(), 16));\r
 623         }\r
 624         else\r
 625         {\r
 626           newColours[index] = new Color(Integer.parseInt(\r
 627               jucs.getColour(i).getRGB(), 16));\r
 628         }\r
 629       }\r
 630 \r
 631       if (newColours != null)\r
 632       {\r
 633         ucs = new UserColourScheme(newColours);\r
 634         ucs.setName(jucs.getSchemeName());\r
 635         if (caseSensitive)\r
 636         {\r
 637           ucs.setLowerCaseColours(lowerCase);\r
 638         }\r
 639       }\r
 640 \r
 641     }\r
 642     catch (Exception ex)\r
 643     {\r
 644       //Could be Archive Jalview format\r
 645       try\r
 646       {\r
 647         InputStreamReader in = new InputStreamReader(new FileInputStream(\r
 648             file), "UTF-8");\r
 649 \r
 650         jalview.binding.JalviewUserColours jucs\r
 651             = new jalview.binding.JalviewUserColours();\r
 652 \r
 653         jucs = (jalview.binding.JalviewUserColours) jucs.unmarshal(in);\r
 654 \r
 655         newColours = new Color[jucs.getColourCount()];\r
 656 \r
 657         for (int i = 0; i < 24; i++)\r
 658         {\r
 659           newColours[i] = new Color(Integer.parseInt(\r
 660               jucs.getColour(i).getRGB(), 16));\r
 661         }\r
 662         if (newColours != null)\r
 663         {\r
 664           ucs = new UserColourScheme(newColours);\r
 665           ucs.setName(jucs.getSchemeName());\r
 666         }\r
 667       }\r
 668       catch (Exception ex2)\r
 669       {\r
 670         ex2.printStackTrace();\r
 671       }\r
 672 \r
 673       if (newColours == null)\r
 674       {\r
 675         System.out.println("Error loading User ColourFile\n" + ex);\r
 676       }\r
 677     }\r
 678 \r
 679     return ucs;\r
 680   }\r
 681 \r
 682   /**\r
 683    * DOCUMENT ME!\r
 684    *\r
 685    * @param e DOCUMENT ME!\r
 686    */\r
 687   protected void savebutton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 688   {\r
 689     if (schemeName.getText().trim().length() < 1)\r
 690     {\r
 691       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 692                                             "User colour scheme must have a name!",\r
 693                                             "No name for colour scheme",\r
 694                                             JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 695       return;\r
 696     }\r
 697 \r
 698     if (userColourSchemes != null &&\r
 699         userColourSchemes.containsKey(schemeName.getText()))\r
 700     {\r
 701       int reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,\r
 702           "Colour scheme " + schemeName.getText() + " exists."\r
 703           + "\nContinue saving colour scheme as " + schemeName.getText() + "?",\r
 704           "Duplicate scheme name", JOptionPane.YES_NO_OPTION);\r
 705       if (reply != JOptionPane.YES_OPTION)\r
 706       {\r
 707         return;\r
 708       }\r
 709 \r
 710       userColourSchemes.remove(schemeName.getText());\r
 711     }\r
 712     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.\r
 713         getProperty(\r
 714             "LAST_DIRECTORY"), new String[]\r
 715         {"jc"},\r
 716         new String[]\r
 717         {"Jalview User Colours"}, "Jalview User Colours");\r
 718 \r
 719     chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 720     chooser.setDialogTitle("Save colour scheme");\r
 721     chooser.setToolTipText("Save");\r
 722 \r
 723     int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 724 \r
 725     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 726     {\r
 727       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();\r
 728       String defaultColours = jalview.bin.Cache.getDefault(\r
 729           "USER_DEFINED_COLOURS", choice);\r
 730       if (defaultColours.indexOf(choice) == -1)\r
 731       {\r
 732         if (defaultColours.length() > 0)\r
 733         {\r
 734           defaultColours = defaultColours.concat("|");\r
 735         }\r
 736         defaultColours = defaultColours.concat(choice);\r
 737       }\r
 738 \r
 739       userColourSchemes.put(schemeName.getText(), getSchemeFromButtons());\r
 740 \r
 741       ap.alignFrame.updateUserColourMenu();\r
 742 \r
 743       jalview.bin.Cache.setProperty("USER_DEFINED_COLOURS", defaultColours);\r
 744 \r
 745       jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours ucs\r
 746           = new jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours();\r
 747 \r
 748       ucs.setSchemeName(schemeName.getText());\r
 749       try\r
 750       {\r
 751         PrintWriter out = new PrintWriter(new OutputStreamWriter(\r
 752             new FileOutputStream(choice), "UTF-8"));\r
 753 \r
 754         for (int i = 0; i < buttonPanel.getComponentCount(); i++)\r
 755         {\r
 756           JButton button = (JButton) buttonPanel.getComponent(i);\r
 757           jalview.schemabinding.version2.Colour col\r
 758               = new jalview.schemabinding.version2.Colour();\r
 759           col.setName(button.getText());\r
 760           col.setRGB(jalview.util.Format.getHexString(\r
 761               button.getBackground()));\r
 762           ucs.addColour(col);\r
 763         }\r
 764 \r
 765         ucs.marshal(out);\r
 766         out.close();\r
 767       }\r
 768       catch (Exception ex)\r
 769       {\r
 770         ex.printStackTrace();\r
 771       }\r
 772     }\r
 773   }\r
 774 \r
 775   /**\r
 776    * DOCUMENT ME!\r
 777    *\r
 778    * @param e DOCUMENT ME!\r
 779    */\r
 780   protected void cancelButton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 781   {\r
 782     if (ap != null)\r
 783     {\r
 784       if (seqGroup != null)\r
 785       {\r
 786         seqGroup.cs = oldColourScheme;\r
 787       }\r
 788       else if (ap != null)\r
 789       {\r
 790         ap.av.setGlobalColourScheme(oldColourScheme);\r
 791       }\r
 792       ap.repaint();\r
 793     }\r
 794 \r
 795     if (pdbcanvas != null)\r
 796     {\r
 797       pdbcanvas.pdb.setColours(oldColourScheme);\r
 798     }\r
 799 \r
 800     try\r
 801     {\r
 802       frame.setClosed(true);\r
 803     }\r
 804     catch (Exception ex)\r
 805     {\r
 806     }\r
 807   }\r
 808 \r
 809   static Hashtable userColourSchemes;\r
 810 \r
 811   public static Hashtable getUserColourSchemes()\r
 812   {\r
 813     return userColourSchemes;\r
 814   }\r
 815 \r
 816   public static void initUserColourSchemes(String files)\r
 817   {\r
 818     userColourSchemes = new Hashtable();\r
 819 \r
 820     if (files == null || files.length() == 0)\r
 821     {\r
 822       return;\r
 823     }\r
 824 \r
 825     // In case colours can't be loaded, we'll remove them\r
 826     // from the default list here.\r
 827     StringBuffer coloursFound = new StringBuffer();\r
 828     StringTokenizer st = new StringTokenizer(files, "|");\r
 829     while (st.hasMoreElements())\r
 830     {\r
 831       String file = st.nextToken();\r
 832       try\r
 833       {\r
 834         UserColourScheme ucs = loadColours(file);\r
 835         if (ucs != null)\r
 836         {\r
 837           if (coloursFound.length() > 0)\r
 838           {\r
 839             coloursFound.append("|");\r
 840           }\r
 841           coloursFound.append(file);\r
 842           userColourSchemes.put(ucs.getName(), ucs);\r
 843         }\r
 844       }\r
 845       catch (Exception ex)\r
 846       {\r
 847         System.out.println("Error loading User ColourFile\n" + ex);\r
 848       }\r
 849     }\r
 850     if (!files.equals(coloursFound.toString()))\r
 851     {\r
 852       if (coloursFound.toString().length() > 1)\r
 853       {\r
 854         jalview.bin.Cache.setProperty("USER_DEFINED_COLOURS",\r
 855                                       coloursFound.toString());\r
 856       }\r
 857       else\r
 858       {\r
 859         jalview.bin.Cache.applicationProperties.remove("USER_DEFINED_COLOURS");\r
 860       }\r
 861     }\r
 862   }\r
 863 \r
 864   public static void removeColourFromDefaults(String target)\r
 865   {\r
 866     // The only way to find colours by name is to load them in\r
 867     // In case colours can't be loaded, we'll remove them\r
 868     // from the default list here.\r
 869 \r
 870     userColourSchemes = new Hashtable();\r
 871 \r
 872     StringBuffer coloursFound = new StringBuffer();\r
 873     StringTokenizer st = new StringTokenizer(\r
 874         jalview.bin.Cache.getProperty("USER_DEFINED_COLOURS"), "|");\r
 875 \r
 876     while (st.hasMoreElements())\r
 877     {\r
 878       String file = st.nextToken();\r
 879       try\r
 880       {\r
 881         UserColourScheme ucs = loadColours(file);\r
 882         if (ucs != null && !ucs.getName().equals(target))\r
 883         {\r
 884           if (coloursFound.length() > 0)\r
 885           {\r
 886             coloursFound.append("|");\r
 887           }\r
 888           coloursFound.append(file);\r
 889           userColourSchemes.put(ucs.getName(), ucs);\r
 890         }\r
 891       }\r
 892       catch (Exception ex)\r
 893       {\r
 894         System.out.println("Error loading User ColourFile\n" + ex);\r
 895       }\r
 896     }\r
 897 \r
 898     if (coloursFound.toString().length() > 1)\r
 899     {\r
 900       jalview.bin.Cache.setProperty("USER_DEFINED_COLOURS",\r
 901                                     coloursFound.toString());\r
 902     }\r
 903     else\r
 904     {\r
 905       jalview.bin.Cache.applicationProperties.remove("USER_DEFINED_COLOURS");\r
 906     }\r
 907 \r
 908   }\r
 909 \r
 910   public void caseSensitive_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 911   {\r
 912     resetButtonPanel(caseSensitive.isSelected());\r
 913     lcaseColour.setEnabled(caseSensitive.isSelected());\r
 914   }\r
 915 \r
 916   public void lcaseColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 917   {\r
 918     if (selectedButtons == null)\r
 919     {\r
 920       selectedButtons = new Vector();\r
 921     }\r
 922     else\r
 923     {\r
 924       selectedButtons.clear();\r
 925     }\r
 926     selectedButtons.add(lcaseColour);\r
 927   }\r
 928 \r
 929 }\r