src/jalview/gui/UserDefinedColours.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.io.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.jbgui.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.schemes.*;\r
  28 \r
  29 import java.awt.*;\r
  30 import java.awt.event.*;\r
  31 \r
  32 import java.io.*;\r
  33 \r
  34 import java.util.*;\r
  35 \r
  36 import javax.swing.*;\r
  37 import javax.swing.event.*;\r
  38 \r
  39 \r
  40 /**\r
  41  * DOCUMENT ME!\r
  42  *\r
  43  * @author $author$\r
  44  * @version $Revision$\r
  45  */\r
  46 public class UserDefinedColours extends GUserDefinedColours\r
  47     implements ChangeListener\r
  48 {\r
  49     AlignmentPanel ap;\r
  50     SequenceGroup seqGroup;\r
  51     Vector selectedButtons;\r
  52     Vector oldColours = new Vector();\r
  53     ColourSchemeI oldColourScheme;\r
  54     JInternalFrame frame;\r
  55 \r
  56     /**\r
  57      * Creates a new UserDefinedColours object.\r
  58      *\r
  59      * @param ap DOCUMENT ME!\r
  60      * @param sg DOCUMENT ME!\r
  61      */\r
  62     public UserDefinedColours(AlignmentPanel ap, SequenceGroup sg)\r
  63     {\r
  64         super();\r
  65         frame = new JInternalFrame();\r
  66         frame.setContentPane(this);\r
  67         Desktop.addInternalFrame(frame, "User Defined Colours", 450, 530, false);\r
  68 \r
  69         if (System.getProperty("os.name").startsWith("Mac"))\r
  70         {\r
  71             frame.setSize(450, 560);\r
  72         }\r
  73 \r
  74         if (sg != null)\r
  75         {\r
  76             frame.setTitle(frame.getTitle() + " (" + sg.getName() + ")");\r
  77         }\r
  78 \r
  79         colorChooser.getSelectionModel().addChangeListener(this);\r
  80 \r
  81         this.ap = ap;\r
  82         seqGroup = sg;\r
  83 \r
  84         if (seqGroup != null)\r
  85         {\r
  86             oldColourScheme = seqGroup.cs;\r
  87         }\r
  88         else\r
  89         {\r
  90             oldColourScheme = ap.av.getGlobalColourScheme();\r
  91         }\r
  92 \r
  93         for (int i = 0; i < 20; i++)\r
  94         {\r
  95             makeButton(ResidueProperties.aa2Triplet.get(ResidueProperties.aa[i]) +\r
  96                 "", ResidueProperties.aa[i]);\r
  97         }\r
  98 \r
  99         makeButton("B", "B");\r
 100         makeButton("Z", "Z");\r
 101         makeButton("X", "X");\r
 102         makeButton("Gap", "'.','-',' '");\r
 103 \r
 104         if (jalview.bin.Cache.getProperty("USER_DEFINED_COLOUR") != null)\r
 105         {\r
 106             loadColours(jalview.bin.Cache.getProperty("USER_DEFINED_COLOUR"));\r
 107         }\r
 108     }\r
 109 \r
 110     /**\r
 111      * DOCUMENT ME!\r
 112      *\r
 113      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 114      */\r
 115     public void stateChanged(ChangeEvent evt)\r
 116     {\r
 117         if (selectedButtons != null)\r
 118         {\r
 119           JButton button;\r
 120           for(int i=0; i<selectedButtons.size(); i++)\r
 121           {\r
 122             button = (JButton)selectedButtons.elementAt(i);\r
 123             button.setBackground(colorChooser.getColor());\r
 124             button.setForeground( button.getBackground().brighter().brighter().brighter());\r
 125           }\r
 126         }\r
 127     }\r
 128 \r
 129     /**\r
 130      * DOCUMENT ME!\r
 131      *\r
 132      * @param e DOCUMENT ME!\r
 133      */\r
 134     public void colourButtonPressed(MouseEvent e)\r
 135     {\r
 136       if(selectedButtons == null)\r
 137         selectedButtons = new Vector();\r
 138 \r
 139       JButton pressed = (JButton) e.getSource();\r
 140 \r
 141       if(e.isShiftDown())\r
 142       {\r
 143         JButton start = (JButton)selectedButtons.elementAt(selectedButtons.size()-1);\r
 144         JButton end = (JButton) e.getSource();\r
 145         int startIndex=0, endIndex=0;\r
 146         for(int b=0; b<buttonPanel.getComponentCount(); b++)\r
 147         {\r
 148           if(buttonPanel.getComponent(b)==start)\r
 149             startIndex = b;\r
 150           if(buttonPanel.getComponent(b)==end)\r
 151             endIndex = b;\r
 152         }\r
 153 \r
 154         if(startIndex > endIndex)\r
 155         {\r
 156           int temp = startIndex;\r
 157           startIndex = endIndex;\r
 158           endIndex = temp;\r
 159         }\r
 160 \r
 161         for(int b=startIndex; b<=endIndex; b++)\r
 162         {\r
 163           JButton button = (JButton)buttonPanel.getComponent(b);\r
 164           if(!selectedButtons.contains(button))\r
 165           {\r
 166             button.setForeground(button.getBackground().brighter().brighter());\r
 167             selectedButtons.add(button);\r
 168           }\r
 169         }\r
 170       }\r
 171       else if(!e.isControlDown())\r
 172       {\r
 173         for(int b=0; b<selectedButtons.size(); b++)\r
 174         {\r
 175           JButton button = (JButton)selectedButtons.elementAt(b);\r
 176           button.setForeground(button.getBackground().darker().darker());\r
 177         }\r
 178         selectedButtons.clear();\r
 179         pressed.setForeground( pressed.getBackground().brighter().brighter());\r
 180         selectedButtons.addElement(pressed);\r
 181 \r
 182       }\r
 183       else if(e.isControlDown())\r
 184       {\r
 185         if(selectedButtons.contains(pressed))\r
 186         {\r
 187           pressed.setForeground(pressed.getBackground().darker().darker());\r
 188           selectedButtons.remove(pressed);\r
 189         }\r
 190         else\r
 191         {\r
 192           pressed.setForeground( pressed.getBackground().brighter().brighter());\r
 193           selectedButtons.addElement(pressed);\r
 194         }\r
 195       }\r
 196 \r
 197       if(selectedButtons.size()>0)\r
 198       colorChooser.setColor( ((JButton)selectedButtons.elementAt(0)).getBackground());\r
 199     }\r
 200 \r
 201     /**\r
 202      * DOCUMENT ME!\r
 203      *\r
 204      * @param label DOCUMENT ME!\r
 205      * @param aa DOCUMENT ME!\r
 206      */\r
 207     void makeButton(String label, String aa)\r
 208     {\r
 209         final JButton button = new JButton();\r
 210         Color col = Color.white;\r
 211 \r
 212         try\r
 213         {\r
 214             col = oldColourScheme.findColour(aa, -1);\r
 215         }\r
 216         catch (Exception ex)\r
 217         {\r
 218         }\r
 219 \r
 220         button.setBackground(col);\r
 221         oldColours.addElement(col);\r
 222         button.setText(label);\r
 223         button.setForeground(col.darker().darker().darker());\r
 224         button.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 1, 10));\r
 225         button.addMouseListener(new java.awt.event.MouseAdapter()\r
 226             {\r
 227                 public void mouseClicked(MouseEvent e)\r
 228                 {\r
 229                     colourButtonPressed(e);\r
 230                 }\r
 231             });\r
 232 \r
 233         buttonPanel.add(button, null);\r
 234     }\r
 235 \r
 236     /**\r
 237      * DOCUMENT ME!\r
 238      *\r
 239      * @param e DOCUMENT ME!\r
 240      */\r
 241     protected void okButton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 242     {\r
 243         applyButton_actionPerformed(null);\r
 244 \r
 245         try\r
 246         {\r
 247             frame.setClosed(true);\r
 248         }\r
 249         catch (Exception ex)\r
 250         {\r
 251         }\r
 252     }\r
 253 \r
 254     /**\r
 255      * DOCUMENT ME!\r
 256      *\r
 257      * @param e DOCUMENT ME!\r
 258      */\r
 259     protected void applyButton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 260     {\r
 261         Color[] newColours = new Color[24];\r
 262 \r
 263         for (int i = 0; i < 24; i++)\r
 264         {\r
 265             JButton button = (JButton) buttonPanel.getComponent(i);\r
 266             newColours[i] = button.getBackground();\r
 267         }\r
 268 \r
 269         UserColourScheme ucs = new UserColourScheme(newColours);\r
 270         ucs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 271 \r
 272         if (seqGroup != null)\r
 273         {\r
 274             seqGroup.cs = ucs;\r
 275             ap.repaint();\r
 276         }\r
 277         else\r
 278         {\r
 279             ap.alignFrame.changeColour(ucs);\r
 280         }\r
 281     }\r
 282 \r
 283     /**\r
 284      * DOCUMENT ME!\r
 285      *\r
 286      * @param e DOCUMENT ME!\r
 287      */\r
 288     protected void loadbutton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 289     {\r
 290         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 291                     "LAST_DIRECTORY"), new String[] { "jc" },\r
 292                 new String[] { "Jalview User Colours" }, "Jalview User Colours");\r
 293         chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 294         chooser.setDialogTitle("Load colour scheme");\r
 295         chooser.setToolTipText("Load");\r
 296 \r
 297         int value = chooser.showOpenDialog(this);\r
 298 \r
 299         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 300         {\r
 301             File choice = chooser.getSelectedFile();\r
 302             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice.getParent());\r
 303             jalview.bin.Cache.setProperty("USER_DEFINED_COLOUR",\r
 304                 choice.getPath());\r
 305 \r
 306             Color[] colors = loadColours(choice.getAbsolutePath());\r
 307 \r
 308             for (int i = 0; i < colors.length; i++)\r
 309             {\r
 310                 JButton button = (JButton) buttonPanel.getComponent(i);\r
 311                 button.setBackground(colors[i]);\r
 312             }\r
 313         }\r
 314     }\r
 315 \r
 316     /**\r
 317      * DOCUMENT ME!\r
 318      *\r
 319      * @return DOCUMENT ME!\r
 320      */\r
 321     public static UserColourScheme loadDefaultColours()\r
 322     {\r
 323         if (jalview.bin.Cache.getProperty("USER_DEFINED_COLOUR") != null)\r
 324         {\r
 325             return loadDefaultColours(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 326                     "USER_DEFINED_COLOUR"));\r
 327         }\r
 328         else\r
 329         {\r
 330             return null;\r
 331         }\r
 332     }\r
 333 \r
 334     /**\r
 335      * DOCUMENT ME!\r
 336      *\r
 337      * @param file DOCUMENT ME!\r
 338      *\r
 339      * @return DOCUMENT ME!\r
 340      */\r
 341     public static UserColourScheme loadDefaultColours(String file)\r
 342     {\r
 343         UserColourScheme ucs = null;\r
 344         Color[] cols = loadColours(file);\r
 345 \r
 346         if (cols != null)\r
 347         {\r
 348             ucs = new UserColourScheme(cols);\r
 349         }\r
 350 \r
 351         return ucs;\r
 352     }\r
 353 \r
 354     static Color[] loadColours(String file)\r
 355     {\r
 356         Color[] newColours = null;\r
 357 \r
 358         try\r
 359         {\r
 360             InputStreamReader in = new InputStreamReader(new FileInputStream(\r
 361                         file), "UTF-8");\r
 362 \r
 363             jalview.binding.JalviewUserColours ucs = new jalview.binding.JalviewUserColours();\r
 364             ucs = (jalview.binding.JalviewUserColours) ucs.unmarshal(in);\r
 365 \r
 366             newColours = new Color[ucs.getColourCount()];\r
 367 \r
 368             for (int i = 0; i < 24; i++)\r
 369             {\r
 370                 newColours[i] = new Color(Integer.parseInt(\r
 371                             ucs.getColour(i).getRGB(), 16));\r
 372             }\r
 373         }\r
 374         catch (Exception ex)\r
 375         {\r
 376             System.out.println("Error loading UserColourFile " + file);\r
 377         }\r
 378 \r
 379         return newColours;\r
 380     }\r
 381 \r
 382     /**\r
 383      * DOCUMENT ME!\r
 384      *\r
 385      * @param e DOCUMENT ME!\r
 386      */\r
 387     protected void savebutton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 388     {\r
 389         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 390                     "LAST_DIRECTORY"), new String[] { "jc" },\r
 391                 new String[] { "Jalview User Colours" }, "Jalview User Colours");\r
 392 \r
 393         chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 394         chooser.setDialogTitle("Save colour scheme");\r
 395         chooser.setToolTipText("Save");\r
 396 \r
 397         int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 398 \r
 399         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 400         {\r
 401             String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();\r
 402             jalview.bin.Cache.setProperty("USER_DEFINED_COLOUR", choice);\r
 403 \r
 404             jalview.binding.JalviewUserColours ucs = new jalview.binding.JalviewUserColours();\r
 405 \r
 406             try\r
 407             {\r
 408                 PrintWriter out = new PrintWriter(new OutputStreamWriter(\r
 409                             new FileOutputStream(choice), "UTF-8"));\r
 410 \r
 411                 for (int i = 0; i < 24; i++)\r
 412                 {\r
 413                     JButton button = (JButton) buttonPanel.getComponent(i);\r
 414                     jalview.binding.Colour col = new jalview.binding.Colour();\r
 415                     col.setName(button.getText());\r
 416                     col.setRGB(jalview.util.Format.getHexString(\r
 417                             button.getBackground()));\r
 418                     ucs.addColour(col);\r
 419                 }\r
 420 \r
 421                 ucs.marshal(out);\r
 422                 out.close();\r
 423             }\r
 424             catch (Exception ex)\r
 425             {\r
 426                 ex.printStackTrace();\r
 427             }\r
 428         }\r
 429     }\r
 430 \r
 431     /**\r
 432      * DOCUMENT ME!\r
 433      *\r
 434      * @param e DOCUMENT ME!\r
 435      */\r
 436     protected void cancelButton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 437     {\r
 438         Color[] newColours = new Color[24];\r
 439 \r
 440         for (int i = 0; i < 24; i++)\r
 441         {\r
 442             newColours[i] = (Color) oldColours.elementAt(i);\r
 443             buttonPanel.getComponent(i).setBackground(newColours[i]);\r
 444         }\r
 445 \r
 446         UserColourScheme ucs = new UserColourScheme(newColours);\r
 447 \r
 448         if (seqGroup != null)\r
 449         {\r
 450             seqGroup.cs = ucs;\r
 451         }\r
 452         else\r
 453         {\r
 454             ap.av.setGlobalColourScheme(ucs);\r
 455         }\r
 456 \r
 457         ap.repaint();\r
 458 \r
 459         try\r
 460         {\r
 461             frame.setClosed(true);\r
 462         }\r
 463         catch (Exception ex)\r
 464         {\r
 465         }\r
 466     }\r
 467 }\r