src/jalview/gui/UserDefinedColours.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
   3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.gui;
  20
  21 import java.io.*;
  22 import java.util.*;
  23
  24 import java.awt.*;
  25 import java.awt.event.*;
  26 import javax.swing.*;
  27 import javax.swing.event.*;
  28
  29 import jalview.datamodel.*;
  30 import jalview.io.*;
  31 import jalview.jbgui.*;
  32 import jalview.schemes.*;
  33
  34 /**
  35  * DOCUMENT ME!
  36  *
  37  * @author $author$
  38  * @version $Revision$
  39  */
  40 public class UserDefinedColours extends GUserDefinedColours implements
  41         ChangeListener
  42 {
  43   AlignmentPanel ap;
  44
  45   SequenceGroup seqGroup;
  46
  47   Vector selectedButtons;
  48
  49   ColourSchemeI oldColourScheme;
  50
  51   JInternalFrame frame;
  52
  53   AppJmol jmol;
  54
  55   Vector upperCaseButtons;
  56
  57   Vector lowerCaseButtons;
  58
  59   /**
  60    * Creates a new UserDefinedColours object.
  61    *
  62    * @param ap
  63    *                DOCUMENT ME!
  64    * @param sg
  65    *                DOCUMENT ME!
  66    */
  67   public UserDefinedColours(AlignmentPanel ap, SequenceGroup sg)
  68   {
  69     super();
  70
  71     lcaseColour.setEnabled(false);
  72
  73     this.ap = ap;
  74     seqGroup = sg;
  75
  76     if (seqGroup != null)
  77     {
  78       oldColourScheme = seqGroup.cs;
  79     }
  80     else
  81     {
  82       oldColourScheme = ap.av.getGlobalColourScheme();
  83     }
  84
  85     if (oldColourScheme instanceof UserColourScheme)
  86     {
  87       schemeName.setText(((UserColourScheme) oldColourScheme).getName());
  88       if (((UserColourScheme) oldColourScheme).getLowerCaseColours() != null)
  89       {
  90         caseSensitive.setSelected(true);
  91         lcaseColour.setEnabled(true);
  92         resetButtonPanel(true);
  93       }
  94       else
  95       {
  96         resetButtonPanel(false);
  97       }
  98     }
  99     else
 100     {
 101       resetButtonPanel(false);
 102     }
 103
 104     showFrame();
 105   }
 106
 107   public UserDefinedColours(AppJmol jmol, ColourSchemeI oldcs)
 108   {
 109     super();
 110     this.jmol = jmol;
 111
 112     colorChooser.getSelectionModel().addChangeListener(this);
 113
 114     oldColourScheme = oldcs;
 115
 116     if (oldColourScheme instanceof UserColourScheme)
 117     {
 118       schemeName.setText(((UserColourScheme) oldColourScheme).getName());
 119     }
 120
 121     resetButtonPanel(false);
 122
 123     showFrame();
 124
 125   }
 126
 127   void showFrame()
 128   {
 129     colorChooser.getSelectionModel().addChangeListener(this);
 130     frame = new JInternalFrame();
 131     frame.setContentPane(this);
 132     Desktop.addInternalFrame(frame, "User Defined Colours", 720, 370, true);
 133
 134     if (seqGroup != null)
 135     {
 136       frame.setTitle(frame.getTitle() + " (" + seqGroup.getName() + ")");
 137     }
 138
 139     if (new jalview.util.Platform().isAMac())
 140     {
 141       frame.setSize(760, 370);
 142     }
 143   }
 144
 145   void resetButtonPanel(boolean caseSensitive)
 146   {
 147     buttonPanel.removeAll();
 148
 149     if (upperCaseButtons == null)
 150     {
 151       upperCaseButtons = new Vector();
 152     }
 153
 154     JButton button;
 155     String label;
 156     for (int i = 0; i < 20; i++)
 157     {
 158       if (caseSensitive)
 159       {
 160         label = ResidueProperties.aa[i];
 161       }
 162       else
 163       {
 164         label = ResidueProperties.aa2Triplet.get(ResidueProperties.aa[i])
 165                 .toString();
 166       }
 167
 168       button = makeButton(label, ResidueProperties.aa[i], upperCaseButtons,
 169               i);
 170
 171       buttonPanel.add(button);
 172     }
 173
 174     buttonPanel.add(makeButton("B", "B", upperCaseButtons, 20));
 175     buttonPanel.add(makeButton("Z", "Z", upperCaseButtons, 21));
 176     buttonPanel.add(makeButton("X", "X", upperCaseButtons, 22));
 177     buttonPanel.add(makeButton("Gap", "-", upperCaseButtons, 23));
 178
 179     if (!caseSensitive)
 180     {
 181       gridLayout.setRows(6);
 182       gridLayout.setColumns(4);
 183     }
 184     else
 185     {
 186       gridLayout.setRows(7);
 187       int cols = 7;
 188       gridLayout.setColumns(cols + 1);
 189
 190       if (lowerCaseButtons == null)
 191       {
 192         lowerCaseButtons = new Vector();
 193       }
 194
 195       for (int i = 0; i < 20; i++)
 196       {
 197         int row = i / cols + 1;
 198         int index = (row * cols) + i;
 199         button = makeButton(ResidueProperties.aa[i].toLowerCase(),
 200                 ResidueProperties.aa[i].toLowerCase(), lowerCaseButtons, i);
 201
 202         buttonPanel.add(button, index);
 203       }
 204     }
 205
 206     if (caseSensitive)
 207     {
 208       buttonPanel.add(makeButton("b", "b", lowerCaseButtons, 20));
 209       buttonPanel.add(makeButton("z", "z", lowerCaseButtons, 21));
 210       buttonPanel.add(makeButton("x", "x", lowerCaseButtons, 22));
 211     }
 212
 213     buttonPanel.validate();
 214     validate();
 215   }
 216
 217   /**
 218    * DOCUMENT ME!
 219    *
 220    * @param evt
 221    *                DOCUMENT ME!
 222    */
 223   public void stateChanged(ChangeEvent evt)
 224   {
 225     if (selectedButtons != null)
 226     {
 227       JButton button = null;
 228       for (int i = 0; i < selectedButtons.size(); i++)
 229       {
 230         button = (JButton) selectedButtons.elementAt(i);
 231         button.setBackground(colorChooser.getColor());
 232         button.setForeground(button.getBackground().brighter().brighter()
 233                 .brighter());
 234       }
 235       if (button == lcaseColour)
 236       {
 237         for (int i = 0; i < lowerCaseButtons.size(); i++)
 238         {
 239           button = (JButton) lowerCaseButtons.elementAt(i);
 240           button.setBackground(colorChooser.getColor());
 241           button.setForeground(button.getBackground().brighter().brighter()
 242                   .brighter());
 243         }
 244       }
 245     }
 246   }
 247
 248   /**
 249    * DOCUMENT ME!
 250    *
 251    * @param e
 252    *                DOCUMENT ME!
 253    */
 254   public void colourButtonPressed(MouseEvent e)
 255   {
 256     if (selectedButtons == null)
 257     {
 258       selectedButtons = new Vector();
 259     }
 260
 261     JButton pressed = (JButton) e.getSource();
 262
 263     if (e.isShiftDown())
 264     {
 265       JButton start, end = (JButton) e.getSource();
 266       if (selectedButtons.size() > 0)
 267       {
 268         start = (JButton) selectedButtons
 269                 .elementAt(selectedButtons.size() - 1);
 270       }
 271       else
 272       {
 273         start = (JButton) e.getSource();
 274       }
 275
 276       int startIndex = 0, endIndex = 0;
 277       for (int b = 0; b < buttonPanel.getComponentCount(); b++)
 278       {
 279         if (buttonPanel.getComponent(b) == start)
 280         {
 281           startIndex = b;
 282         }
 283         if (buttonPanel.getComponent(b) == end)
 284         {
 285           endIndex = b;
 286         }
 287       }
 288
 289       if (startIndex > endIndex)
 290       {
 291         int temp = startIndex;
 292         startIndex = endIndex;
 293         endIndex = temp;
 294       }
 295
 296       for (int b = startIndex; b <= endIndex; b++)
 297       {
 298         JButton button = (JButton) buttonPanel.getComponent(b);
 299         if (!selectedButtons.contains(button))
 300         {
 301           button
 302                   .setForeground(button.getBackground().brighter()
 303                           .brighter());
 304           selectedButtons.add(button);
 305         }
 306       }
 307     }
 308     else if (!e.isControlDown())
 309     {
 310       for (int b = 0; b < selectedButtons.size(); b++)
 311       {
 312         JButton button = (JButton) selectedButtons.elementAt(b);
 313         button.setForeground(button.getBackground().darker().darker());
 314       }
 315       selectedButtons.clear();
 316       pressed.setForeground(pressed.getBackground().brighter().brighter());
 317       selectedButtons.addElement(pressed);
 318
 319     }
 320     else if (e.isControlDown())
 321     {
 322       if (selectedButtons.contains(pressed))
 323       {
 324         pressed.setForeground(pressed.getBackground().darker().darker());
 325         selectedButtons.remove(pressed);
 326       }
 327       else
 328       {
 329         pressed
 330                 .setForeground(pressed.getBackground().brighter()
 331                         .brighter());
 332         selectedButtons.addElement(pressed);
 333       }
 334     }
 335
 336     if (selectedButtons.size() > 0)
 337     {
 338       colorChooser.setColor(((JButton) selectedButtons.elementAt(0))
 339               .getBackground());
 340     }
 341   }
 342
 343   /**
 344    * DOCUMENT ME!
 345    *
 346    * @param label
 347    *                DOCUMENT ME!
 348    * @param aa
 349    *                DOCUMENT ME!
 350    */
 351   JButton makeButton(String label, String aa, Vector caseSensitiveButtons,
 352           int buttonIndex)
 353   {
 354     final JButton button;
 355     Color col;
 356
 357     if (buttonIndex < caseSensitiveButtons.size())
 358     {
 359       button = (JButton) caseSensitiveButtons.elementAt(buttonIndex);
 360       col = button.getBackground();
 361     }
 362     else
 363     {
 364       button = new JButton();
 365       button.addMouseListener(new java.awt.event.MouseAdapter()
 366       {
 367         public void mouseClicked(MouseEvent e)
 368         {
 369           colourButtonPressed(e);
 370         }
 371       });
 372
 373       caseSensitiveButtons.addElement(button);
 374
 375       col = Color.white;
 376
 377       try
 378       {
 379         col = oldColourScheme.findColour(aa.charAt(0), -1);
 380       } catch (Exception ex)
 381       {
 382       }
 383     }
 384
 385     if (caseSensitive.isSelected())
 386     {
 387       button.setMargin(new java.awt.Insets(2, 2, 2, 2));
 388     }
 389     else
 390     {
 391       button.setMargin(new java.awt.Insets(2, 14, 2, 14));
 392     }
 393
 394     button.setBackground(col);
 395     button.setText(label);
 396     button.setForeground(col.darker().darker().darker());
 397     button.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.BOLD, 10));
 398
 399     return button;
 400   }
 401
 402   /**
 403    * DOCUMENT ME!
 404    *
 405    * @param e
 406    *                DOCUMENT ME!
 407    */
 408   protected void okButton_actionPerformed(ActionEvent e)
 409   {
 410     applyButton_actionPerformed(null);
 411
 412     try
 413     {
 414       frame.setClosed(true);
 415     } catch (Exception ex)
 416     {
 417     }
 418   }
 419
 420   /**
 421    * DOCUMENT ME!
 422    *
 423    * @param e
 424    *                DOCUMENT ME!
 425    */
 426   protected void applyButton_actionPerformed(ActionEvent e)
 427   {
 428     UserColourScheme ucs = getSchemeFromButtons();
 429     ucs.setName(schemeName.getText());
 430
 431     if (seqGroup != null)
 432     {
 433       seqGroup.cs = ucs;
 434       ap.paintAlignment(true);
 435     }
 436     else if (ap != null)
 437     {
 438       ap.alignFrame.changeColour(ucs);
 439     }
 440     else if (jmol != null)
 441     {
 442       jmol.setJalviewColourScheme(ucs);
 443     }
 444   }
 445
 446   UserColourScheme getSchemeFromButtons()
 447   {
 448
 449     Color[] newColours = new Color[24];
 450
 451     for (int i = 0; i < 24; i++)
 452     {
 453       JButton button = (JButton) upperCaseButtons.elementAt(i);
 454       newColours[i] = button.getBackground();
 455     }
 456
 457     UserColourScheme ucs = new UserColourScheme(newColours);
 458
 459     if (caseSensitive.isSelected())
 460     {
 461       newColours = new Color[23];
 462       for (int i = 0; i < 23; i++)
 463       {
 464         JButton button = (JButton) lowerCaseButtons.elementAt(i);
 465         newColours[i] = button.getBackground();
 466       }
 467       ucs.setLowerCaseColours(newColours);
 468     }
 469
 470     if (ap != null)
 471     {
 472       ucs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 473     }
 474
 475     return ucs;
 476   }
 477
 478   /**
 479    * DOCUMENT ME!
 480    *
 481    * @param e
 482    *                DOCUMENT ME!
 483    */
 484   protected void loadbutton_actionPerformed(ActionEvent e)
 485   {
 486     upperCaseButtons = new Vector();
 487     lowerCaseButtons = new Vector();
 488
 489     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache
 490             .getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[]
 491     { "jc" }, new String[]
 492     { "Jalview User Colours" }, "Jalview User Colours");
 493     chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());
 494     chooser.setDialogTitle("Load colour scheme");
 495     chooser.setToolTipText("Load");
 496
 497     int value = chooser.showOpenDialog(this);
 498
 499     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 500     {
 501       File choice = chooser.getSelectedFile();
 502       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice.getParent());
 503       String defaultColours = jalview.bin.Cache.getDefault(
 504               "USER_DEFINED_COLOURS", choice.getPath());
 505       if (defaultColours.indexOf(choice.getPath()) == -1)
 506       {
 507         defaultColours = defaultColours.concat("|")
 508                 .concat(choice.getPath());
 509       }
 510
 511       jalview.bin.Cache.setProperty("USER_DEFINED_COLOURS", defaultColours);
 512
 513       UserColourScheme ucs = loadColours(choice.getAbsolutePath());
 514       Color[] colors = ucs.getColours();
 515       schemeName.setText(ucs.getName());
 516
 517       if (ucs.getLowerCaseColours() != null)
 518       {
 519         caseSensitive.setSelected(true);
 520         lcaseColour.setEnabled(true);
 521         resetButtonPanel(true);
 522         for (int i = 0; i < lowerCaseButtons.size(); i++)
 523         {
 524           JButton button = (JButton) lowerCaseButtons.elementAt(i);
 525           button.setBackground(ucs.getLowerCaseColours()[i]);
 526         }
 527
 528       }
 529       else
 530       {
 531         caseSensitive.setSelected(false);
 532         lcaseColour.setEnabled(false);
 533         resetButtonPanel(false);
 534       }
 535
 536       for (int i = 0; i < upperCaseButtons.size(); i++)
 537       {
 538         JButton button = (JButton) upperCaseButtons.elementAt(i);
 539         button.setBackground(colors[i]);
 540       }
 541
 542     }
 543   }
 544
 545   /**
 546    * DOCUMENT ME!
 547    *
 548    * @return DOCUMENT ME!
 549    */
 550   public static UserColourScheme loadDefaultColours()
 551   {
 552     UserColourScheme ret = null;
 553
 554     String colours = jalview.bin.Cache.getProperty("USER_DEFINED_COLOURS");
 555     if (colours != null)
 556     {
 557       if (colours.indexOf("|") > -1)
 558       {
 559         colours = colours.substring(0, colours.indexOf("|"));
 560       }
 561
 562       ret = loadColours(colours);
 563     }
 564
 565     if (ret == null)
 566     {
 567       Color[] newColours = new Color[24];
 568       for (int i = 0; i < 24; i++)
 569       {
 570         newColours[i] = Color.white;
 571       }
 572       ret = new UserColourScheme(newColours);
 573     }
 574
 575     return ret;
 576   }
 577
 578   /**
 579    * DOCUMENT ME!
 580    *
 581    * @param file
 582    *                DOCUMENT ME!
 583    *
 584    * @return DOCUMENT ME!
 585    */
 586   static UserColourScheme loadColours(String file)
 587   {
 588     UserColourScheme ucs = null;
 589     Color[] newColours = null;
 590     try
 591     {
 592       InputStreamReader in = new InputStreamReader(
 593               new FileInputStream(file), "UTF-8");
 594
 595       jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours jucs = new jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours();
 596
 597       org.exolab.castor.xml.Unmarshaller unmar = new org.exolab.castor.xml.Unmarshaller(
 598               jucs);
 599       jucs = (jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours) unmar
 600               .unmarshal(in);
 601
 602       newColours = new Color[24];
 603
 604       Color[] lowerCase = null;
 605       boolean caseSensitive = false;
 606
 607       String name;
 608       int index;
 609       for (int i = 0; i < jucs.getColourCount(); i++)
 610       {
 611         name = jucs.getColour(i).getName();
 612         if (ResidueProperties.aa3Hash.containsKey(name))
 613         {
 614           index = ((Integer) ResidueProperties.aa3Hash.get(name))
 615                   .intValue();
 616         }
 617         else
 618         {
 619           index = ResidueProperties.aaIndex[name.charAt(0)];
 620         }
 621         if (index == -1)
 622         {
 623           continue;
 624         }
 625
 626         if (name.toLowerCase().equals(name))
 627         {
 628           if (lowerCase == null)
 629           {
 630             lowerCase = new Color[23];
 631           }
 632           caseSensitive = true;
 633           lowerCase[index] = new Color(Integer.parseInt(jucs.getColour(i)
 634                   .getRGB(), 16));
 635         }
 636         else
 637         {
 638           newColours[index] = new Color(Integer.parseInt(jucs.getColour(i)
 639                   .getRGB(), 16));
 640         }
 641       }
 642
 643       if (newColours != null)
 644       {
 645         ucs = new UserColourScheme(newColours);
 646         ucs.setName(jucs.getSchemeName());
 647         if (caseSensitive)
 648         {
 649           ucs.setLowerCaseColours(lowerCase);
 650         }
 651       }
 652
 653     } catch (Exception ex)
 654     {
 655       // Could be Archive Jalview format
 656       try
 657       {
 658         InputStreamReader in = new InputStreamReader(new FileInputStream(
 659                 file), "UTF-8");
 660
 661         jalview.binding.JalviewUserColours jucs = new jalview.binding.JalviewUserColours();
 662
 663         jucs = (jalview.binding.JalviewUserColours) jucs.unmarshal(in);
 664
 665         newColours = new Color[jucs.getColourCount()];
 666
 667         for (int i = 0; i < 24; i++)
 668         {
 669           newColours[i] = new Color(Integer.parseInt(jucs.getColour(i)
 670                   .getRGB(), 16));
 671         }
 672         if (newColours != null)
 673         {
 674           ucs = new UserColourScheme(newColours);
 675           ucs.setName(jucs.getSchemeName());
 676         }
 677       } catch (Exception ex2)
 678       {
 679         ex2.printStackTrace();
 680       }
 681
 682       if (newColours == null)
 683       {
 684         System.out.println("Error loading User ColourFile\n" + ex);
 685       }
 686     }
 687
 688     return ucs;
 689   }
 690
 691   /**
 692    * DOCUMENT ME!
 693    *
 694    * @param e
 695    *                DOCUMENT ME!
 696    */
 697   protected void savebutton_actionPerformed(ActionEvent e)
 698   {
 699     if (schemeName.getText().trim().length() < 1)
 700     {
 701       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 702               "User colour scheme must have a name!",
 703               "No name for colour scheme", JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 704       return;
 705     }
 706
 707     if (userColourSchemes != null
 708             && userColourSchemes.containsKey(schemeName.getText()))
 709     {
 710       int reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,
 711               "Colour scheme " + schemeName.getText() + " exists."
 712                       + "\nContinue saving colour scheme as "
 713                       + schemeName.getText() + "?",
 714               "Duplicate scheme name", JOptionPane.YES_NO_OPTION);
 715       if (reply != JOptionPane.YES_OPTION)
 716       {
 717         return;
 718       }
 719
 720       userColourSchemes.remove(schemeName.getText());
 721     }
 722     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache
 723             .getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[]
 724     { "jc" }, new String[]
 725     { "Jalview User Colours" }, "Jalview User Colours");
 726
 727     chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());
 728     chooser.setDialogTitle("Save colour scheme");
 729     chooser.setToolTipText("Save");
 730
 731     int value = chooser.showSaveDialog(this);
 732
 733     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 734     {
 735       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
 736       String defaultColours = jalview.bin.Cache.getDefault(
 737               "USER_DEFINED_COLOURS", choice);
 738       if (defaultColours.indexOf(choice) == -1)
 739       {
 740         if (defaultColours.length() > 0)
 741         {
 742           defaultColours = defaultColours.concat("|");
 743         }
 744         defaultColours = defaultColours.concat(choice);
 745       }
 746
 747       userColourSchemes.put(schemeName.getText(), getSchemeFromButtons());
 748
 749       ap.alignFrame.updateUserColourMenu();
 750
 751       jalview.bin.Cache.setProperty("USER_DEFINED_COLOURS", defaultColours);
 752
 753       jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours ucs = new jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours();
 754
 755       ucs.setSchemeName(schemeName.getText());
 756       try
 757       {
 758         PrintWriter out = new PrintWriter(new OutputStreamWriter(
 759                 new FileOutputStream(choice), "UTF-8"));
 760
 761         for (int i = 0; i < buttonPanel.getComponentCount(); i++)
 762         {
 763           JButton button = (JButton) buttonPanel.getComponent(i);
 764           jalview.schemabinding.version2.Colour col = new jalview.schemabinding.version2.Colour();
 765           col.setName(button.getText());
 766           col.setRGB(jalview.util.Format.getHexString(button
 767                   .getBackground()));
 768           ucs.addColour(col);
 769         }
 770
 771         ucs.marshal(out);
 772         out.close();
 773       } catch (Exception ex)
 774       {
 775         ex.printStackTrace();
 776       }
 777     }
 778   }
 779
 780   /**
 781    * DOCUMENT ME!
 782    *
 783    * @param e
 784    *                DOCUMENT ME!
 785    */
 786   protected void cancelButton_actionPerformed(ActionEvent e)
 787   {
 788     if (ap != null)
 789     {
 790       if (seqGroup != null)
 791       {
 792         seqGroup.cs = oldColourScheme;
 793       }
 794       else if (ap != null)
 795       {
 796         ap.av.setGlobalColourScheme(oldColourScheme);
 797       }
 798       ap.paintAlignment(true);
 799     }
 800
 801     if (jmol != null)
 802     {
 803       jmol.setJalviewColourScheme(oldColourScheme);
 804     }
 805
 806     try
 807     {
 808       frame.setClosed(true);
 809     } catch (Exception ex)
 810     {
 811     }
 812   }
 813
 814   static Hashtable userColourSchemes;
 815
 816   public static Hashtable getUserColourSchemes()
 817   {
 818     return userColourSchemes;
 819   }
 820
 821   public static void initUserColourSchemes(String files)
 822   {
 823     userColourSchemes = new Hashtable();
 824
 825     if (files == null || files.length() == 0)
 826     {
 827       return;
 828     }
 829
 830     // In case colours can't be loaded, we'll remove them
 831     // from the default list here.
 832     StringBuffer coloursFound = new StringBuffer();
 833     StringTokenizer st = new StringTokenizer(files, "|");
 834     while (st.hasMoreElements())
 835     {
 836       String file = st.nextToken();
 837       try
 838       {
 839         UserColourScheme ucs = loadColours(file);
 840         if (ucs != null)
 841         {
 842           if (coloursFound.length() > 0)
 843           {
 844             coloursFound.append("|");
 845           }
 846           coloursFound.append(file);
 847           userColourSchemes.put(ucs.getName(), ucs);
 848         }
 849       } catch (Exception ex)
 850       {
 851         System.out.println("Error loading User ColourFile\n" + ex);
 852       }
 853     }
 854     if (!files.equals(coloursFound.toString()))
 855     {
 856       if (coloursFound.toString().length() > 1)
 857       {
 858         jalview.bin.Cache.setProperty("USER_DEFINED_COLOURS", coloursFound
 859                 .toString());
 860       }
 861       else
 862       {
 863         jalview.bin.Cache.applicationProperties
 864                 .remove("USER_DEFINED_COLOURS");
 865       }
 866     }
 867   }
 868
 869   public static void removeColourFromDefaults(String target)
 870   {
 871     // The only way to find colours by name is to load them in
 872     // In case colours can't be loaded, we'll remove them
 873     // from the default list here.
 874
 875     userColourSchemes = new Hashtable();
 876
 877     StringBuffer coloursFound = new StringBuffer();
 878     StringTokenizer st = new StringTokenizer(jalview.bin.Cache
 879             .getProperty("USER_DEFINED_COLOURS"), "|");
 880
 881     while (st.hasMoreElements())
 882     {
 883       String file = st.nextToken();
 884       try
 885       {
 886         UserColourScheme ucs = loadColours(file);
 887         if (ucs != null && !ucs.getName().equals(target))
 888         {
 889           if (coloursFound.length() > 0)
 890           {
 891             coloursFound.append("|");
 892           }
 893           coloursFound.append(file);
 894           userColourSchemes.put(ucs.getName(), ucs);
 895         }
 896       } catch (Exception ex)
 897       {
 898         System.out.println("Error loading User ColourFile\n" + ex);
 899       }
 900     }
 901
 902     if (coloursFound.toString().length() > 1)
 903     {
 904       jalview.bin.Cache.setProperty("USER_DEFINED_COLOURS", coloursFound
 905               .toString());
 906     }
 907     else
 908     {
 909       jalview.bin.Cache.applicationProperties
 910               .remove("USER_DEFINED_COLOURS");
 911     }
 912
 913   }
 914
 915   public void caseSensitive_actionPerformed(ActionEvent e)
 916   {
 917     resetButtonPanel(caseSensitive.isSelected());
 918     lcaseColour.setEnabled(caseSensitive.isSelected());
 919   }
 920
 921   public void lcaseColour_actionPerformed(ActionEvent e)
 922   {
 923     if (selectedButtons == null)
 924     {
 925       selectedButtons = new Vector();
 926     }
 927     else
 928     {
 929       selectedButtons.clear();
 930     }
 931     selectedButtons.add(lcaseColour);
 932   }
 933
 934 }