src/jalview/hmmer/Search.java

   1 package jalview.hmmer;
   2
   3 import jalview.datamodel.Alignment;
   4 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
   5 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   6 import jalview.datamodel.SequenceI;
   7 import jalview.gui.AlignFrame;
   8 import jalview.util.FileUtils;
   9 import jalview.util.MessageManager;
  10 import jalview.ws.params.ArgumentI;
  11
  12 import java.io.BufferedReader;
  13 import java.io.File;
  14 import java.io.FileReader;
  15 import java.io.IOException;
  16 import java.util.Hashtable;
  17 import java.util.List;
  18 import java.util.Scanner;
  19
  20 public abstract class Search extends HmmerCommand
  21 {
  22
  23   static final String JACKHMMER = "jackhmmer";
  24
  25   static final String HMMSEARCH = "hmmsearch";
  26
  27   boolean realign = false;
  28
  29   boolean trim = false;
  30
  31   SequenceI[] seqs;
  32
  33   String databaseName;
  34
  35   boolean searchAlignment = true;
  36
  37   Hashtable sequencesHash;
  38
  39   public Search(AlignFrame alignFrame, List<ArgumentI> args)
  40   {
  41     super(alignFrame, args);
  42   }
  43
  44   @Override
  45   public void run()
  46   {
  47   }
  48
  49   /**
  50    * Reads in the scores table output by jackhmmer and adds annotation to
  51    * sequences for E-value and bit score
  52    *
  53    * @param inputTableTemp
  54    * @throws IOException
  55    */
  56   void readTable(File inputTableTemp) throws IOException
  57   {
  58     BufferedReader br = new BufferedReader(new FileReader(inputTableTemp));
  59     String line = "";
  60     while (!line.startsWith("Query:"))
  61     {
  62       line = br.readLine();
  63     }
  64     while (!line.contains("-------"))
  65     {
  66       line = br.readLine();
  67     }
  68     line = br.readLine();
  69
  70     int index = 0;
  71
  72     while (!"  ------ inclusion threshold ------".equals(line)
  73             && !"".equals(line))
  74     {
  75
  76       Scanner scanner = new Scanner(line);
  77       String evalue = scanner.next();
  78
  79       if (evalue.equals("+") || evalue.equals("-"))
  80       {
  81         evalue = scanner.next();
  82       }
  83
  84       String score = scanner.next();
  85       checkSequenceOrder(index, scanner);
  86       SequenceI seq = seqs[index];
  87       addScoreAnnotations(evalue, score, seq);
  88       scanner.close();
  89       line = br.readLine();
  90       index++;
  91     }
  92
  93     br.close();
  94   }
  95
  96   void checkSequenceOrder(int index, Scanner scanner)
  97   {
  98     String seqName = null;
  99
 100     for (int i = 0; i < 7; i++)
 101     {
 102       seqName = scanner.next();
 103     }
 104
 105     if (!seqs[index].getName().equals(seqName))
 106     {
 107       SequenceI temp = seqs[index];
 108
 109       for (int j = 0; j < seqs.length; j++)
 110       {
 111         if (seqs[j].getName().equals(seqName))
 112         {
 113           seqs[index] = seqs[j];
 114           seqs[j] = temp;
 115           break;
 116         }
 117       }
 118     }
 119   }
 120
 121   void addScoreAnnotations(String eValue, String bitScore, SequenceI seq)
 122   {
 123     String label = "Search Scores";
 124     String description = "Full sequence bit score and E-Value";
 125
 126     try
 127     {
 128       AlignmentAnnotation annot = new AlignmentAnnotation(label,
 129               description, null);
 130
 131       annot.label = label;
 132       annot.description = description;
 133
 134       annot.setCalcId(JACKHMMER);
 135
 136       double dEValue = Double.parseDouble(eValue);
 137       annot.setEValue(dEValue);
 138
 139       double dBitScore = Double.parseDouble(bitScore);
 140       annot.setBitScore(dBitScore);
 141
 142       annot.setSequenceRef(seq);
 143       seq.addAlignmentAnnotation(annot);
 144
 145     } catch (NumberFormatException e)
 146     {
 147       System.err.println("Error parsing " + label + " from " + eValue
 148               + " & " + bitScore);
 149     }
 150   }
 151
 152   void buildArguments(List<String> args, File searchOutputFile,
 153           File hitsAlignmentFile, File queryFile) throws IOException
 154   {
 155     args.add("-o");
 156     args.add(getFilePath(searchOutputFile, true));
 157     args.add("-A");
 158     args.add(getFilePath(hitsAlignmentFile, true));
 159
 160     File databaseFile = null;
 161
 162     boolean useEvalueCutoff = false;
 163     boolean useScoreCutoff = false;
 164     String seqReportingEvalueCutoff = null;
 165     String domReportingEvalueCutoff = null;
 166     String seqReportingScoreCutoff = null;
 167     String domReportingScoreCutoff = null;
 168     String seqInclusionEvalueCutoff = null;
 169     String domInclusionEvalueCutoff = null;
 170     String seqInclusionScoreCutoff = null;
 171     String domInclusionScoreCutoff = null;
 172     databaseName = "Alignment";
 173
 174     if (params != null)
 175     {
 176       for (ArgumentI arg : params)
 177       {
 178         String name = arg.getName();
 179
 180         if (MessageManager.getString(REPORTING_CUTOFF_KEY).equals(name))
 181         {
 182           if (MessageManager.getString(CUTOFF_EVALUE)
 183                   .equals(arg.getValue()))
 184           {
 185             useEvalueCutoff = true;
 186           }
 187           else if (MessageManager.getString(CUTOFF_SCORE)
 188                   .equals(arg.getValue()))
 189           {
 190             useScoreCutoff = true;
 191           }
 192         }
 193         else if (MessageManager.getString(REPORTING_SEQ_EVALUE_KEY)
 194                 .equals(name))
 195         {
 196           seqReportingEvalueCutoff = arg.getValue();
 197         }
 198         else if (MessageManager.getString(REPORTING_SEQ_SCORE_KEY)
 199                 .equals(name))
 200         {
 201           seqReportingScoreCutoff = arg.getValue();
 202         }
 203         else if (MessageManager.getString(REPORTING_DOM_EVALUE_KEY)
 204                 .equals(name))
 205         {
 206           domReportingEvalueCutoff = arg.getValue();
 207         }
 208         else if (MessageManager.getString(REPORTING_DOM_SCORE_KEY)
 209                 .equals(name))
 210         {
 211           domReportingScoreCutoff = arg.getValue();
 212         }
 213         else if (MessageManager.getString(INCLUSION_SEQ_EVALUE_KEY)
 214                 .equals(name))
 215         {
 216           seqInclusionEvalueCutoff = arg.getValue();
 217         }
 218         else if (MessageManager.getString(INCLUSION_SEQ_SCORE_KEY)
 219                 .equals(name))
 220         {
 221           seqInclusionScoreCutoff = arg.getValue();
 222         }
 223         else if (MessageManager.getString(INCLUSION_DOM_EVALUE_KEY)
 224                 .equals(name))
 225         {
 226           domInclusionEvalueCutoff = arg.getValue();
 227         }
 228         else if (MessageManager.getString(INCLUSION_DOM_SCORE_KEY)
 229                 .equals(name))
 230         {
 231           domInclusionScoreCutoff = arg.getValue();
 232         }
 233         else if (MessageManager.getString(DATABASE_KEY).equals(name))
 234         {
 235           databaseFile = new File(arg.getValue());
 236           if (!arg.getValue().isEmpty())
 237           {
 238             searchAlignment = false;
 239           }
 240         }
 241       }
 242     }
 243
 244     if (useEvalueCutoff)
 245     {
 246       args.add("-E");
 247       args.add(seqReportingEvalueCutoff);
 248       args.add("--domE");
 249       args.add(domReportingEvalueCutoff);
 250
 251       args.add("--incE");
 252       args.add(seqInclusionEvalueCutoff);
 253       args.add("--incdomE");
 254       args.add(domInclusionEvalueCutoff);
 255     }
 256     else if (useScoreCutoff)
 257     {
 258       args.add("-T");
 259       args.add(seqReportingScoreCutoff);
 260       args.add("--domT");
 261       args.add(domReportingScoreCutoff);
 262
 263       args.add("--incT");
 264       args.add(seqInclusionEvalueCutoff);
 265       args.add("--incdomT");
 266       args.add(domInclusionEvalueCutoff);
 267     }
 268
 269     // if (!dbFound || MessageManager.getString(THIS_ALIGNMENT_KEY)
 270     // .equals(dbPath))
 271     if (searchAlignment)
 272     {
 273       /*
 274        * no external database specified for search, so
 275        * export current alignment as 'database' to search
 276        */
 277       databaseFile = FileUtils.createTempFile("database", ".sto");
 278       AlignmentI al = af.getViewport().getAlignment();
 279       AlignmentI copy = new Alignment(al);
 280
 281       deleteHmmSequences(copy);
 282
 283       if (searchAlignment)
 284       {
 285         sequencesHash = stashSequences(copy.getSequencesArray());
 286       }
 287
 288       exportStockholm(copy.getSequencesArray(), databaseFile, null);
 289     }
 290
 291     args.add(getFilePath(queryFile, true));
 292     args.add(getFilePath(databaseFile, true));
 293   }
 294 }