src/jalview/io/AMSAFile.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.io;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 public class AMSAFile\r
  24     extends jalview.io.FastaFile\r
  25 {\r
  26 \r
  27   AlignmentI al;\r
  28   /**\r
  29    * Creates a new AMSAFile object for output.\r
  30    */\r
  31   public AMSAFile(AlignmentI al)\r
  32   {\r
  33     this.al = al;\r
  34   }\r
  35 \r
  36   /**\r
  37    * DOCUMENT ME!\r
  38    *\r
  39    * @return DOCUMENT ME!\r
  40    */\r
  41   public String print()\r
  42   {\r
  43     super.print(getSeqsAsArray());\r
  44 \r
  45     AlignmentAnnotation aa;\r
  46     if (al.getAlignmentAnnotation() != null)\r
  47     {\r
  48       for (int i = 0; i < al.getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
  49       {\r
  50         aa = al.getAlignmentAnnotation()[i];\r
  51         if (aa.autoCalculated || !aa.visible)\r
  52         {\r
  53           continue;\r
  54         }\r
  55 \r
  56         out.append(">#_" + aa.label);\r
  57         if (aa.description != null)\r
  58         {\r
  59           out.append(" " + aa.description);\r
  60         }\r
  61 \r
  62         out.append("\n");\r
  63 \r
  64         int nochunks = (aa.annotations.length / len) + 1;\r
  65 \r
  66         for (int j = 0; j < nochunks; j++)\r
  67         {\r
  68           int start = j * len;\r
  69           int end = start + len;\r
  70           if (end > aa.annotations.length)\r
  71           {\r
  72             end = aa.annotations.length;\r
  73           }\r
  74 \r
  75           String ch;\r
  76           for (int k = start; k < end; k++)\r
  77           {\r
  78             if (aa.annotations[k] == null)\r
  79             {\r
  80               ch = " ";\r
  81             }\r
  82             else\r
  83             {\r
  84               ch = aa.annotations[k].displayCharacter;\r
  85             }\r
  86 \r
  87             out.append(ch);\r
  88 \r
  89           }\r
  90           out.append("\n");\r
  91         }\r
  92       }\r
  93     }\r
  94     return out.toString();\r
  95   }\r
  96 }\r