src/jalview/io/AMSAFile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.io;
  20
  21 import jalview.datamodel.*;
  22
  23 public class AMSAFile extends jalview.io.FastaFile
  24 {
  25
  26   AlignmentI al;
  27
  28   /**
  29    * Creates a new AMSAFile object for output.
  30    */
  31   public AMSAFile(AlignmentI al)
  32   {
  33     this.al = al;
  34   }
  35
  36   /**
  37    * DOCUMENT ME!
  38    *
  39    * @return DOCUMENT ME!
  40    */
  41   public String print()
  42   {
  43     super.print(getSeqsAsArray());
  44
  45     AlignmentAnnotation aa;
  46     if (al.getAlignmentAnnotation() != null)
  47     {
  48
  49       for (int i = 0; i < al.getAlignmentAnnotation().length; i++)
  50       {
  51         aa = al.getAlignmentAnnotation()[i];
  52
  53         if (aa.autoCalculated || !aa.visible)
  54         {
  55           continue;
  56         }
  57
  58         out.append(">#_" + aa.label);
  59         if (aa.description != null)
  60         {
  61           out.append(" " + aa.description);
  62         }
  63
  64         out.append("\n");
  65
  66         int nochunks = Math.min(aa.annotations.length, al.getWidth()) / len
  67                 + 1;
  68
  69         for (int j = 0; j < nochunks; j++)
  70         {
  71           int start = j * len;
  72           int end = start + len;
  73           if (end > aa.annotations.length)
  74           {
  75             end = aa.annotations.length;
  76           }
  77
  78           String ch;
  79           for (int k = start; k < end; k++)
  80           {
  81             if (aa.annotations[k] == null)
  82             {
  83               ch = " ";
  84             }
  85             else
  86             {
  87               ch = aa.annotations[k].displayCharacter;
  88             }
  89
  90             out.append(ch);
  91
  92           }
  93           out.append("\n");
  94         }
  95       }
  96     }
  97     return out.toString();
  98   }
  99 }