src/jalview/io/AnnotationFile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import jalview.analysis.Conservation;
  24 import jalview.api.AlignViewportI;
  25 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.Annotation;
  28 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  29 import jalview.datamodel.GraphLine;
  30 import jalview.datamodel.HiddenSequences;
  31 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  32 import jalview.datamodel.SequenceI;
  33 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  34 import jalview.schemes.ColourSchemeProperty;
  35 import jalview.schemes.UserColourScheme;
  36 import jalview.util.ColorUtils;
  37
  38 import java.awt.Color;
  39 import java.io.BufferedReader;
  40 import java.io.FileReader;
  41 import java.io.InputStreamReader;
  42 import java.io.StringReader;
  43 import java.net.URL;
  44 import java.util.ArrayList;
  45 import java.util.BitSet;
  46 import java.util.Enumeration;
  47 import java.util.Hashtable;
  48 import java.util.List;
  49 import java.util.Map;
  50 import java.util.StringTokenizer;
  51 import java.util.Vector;
  52
  53 public class AnnotationFile
  54 {
  55   public AnnotationFile()
  56   {
  57     init();
  58   }
  59
  60   /**
  61    * character used to write newlines
  62    */
  63   protected String newline = System.getProperty("line.separator");
  64
  65   /**
  66    * set new line string and reset the output buffer
  67    *
  68    * @param nl
  69    */
  70   public void setNewlineString(String nl)
  71   {
  72     newline = nl;
  73     init();
  74   }
  75
  76   public String getNewlineString()
  77   {
  78     return newline;
  79   }
  80
  81   StringBuffer text;
  82
  83   private void init()
  84   {
  85     text = new StringBuffer("JALVIEW_ANNOTATION" + newline + "# Created: "
  86             + new java.util.Date() + newline + newline);
  87     refSeq = null;
  88     refSeqId = null;
  89   }
  90
  91   /**
  92    * convenience method for pre-2.9 annotation files which have no view, hidden
  93    * columns or hidden row keywords.
  94    *
  95    * @param annotations
  96    * @param list
  97    * @param properties
  98    * @return annotation file as a string.
  99    */
 100   public String printAnnotations(AlignmentAnnotation[] annotations,
 101           List<SequenceGroup> list, Hashtable properties)
 102   {
 103     return printAnnotations(annotations, list, properties, null, null, null);
 104
 105   }
 106
 107   /**
 108    * hold all the information about a particular view definition read from or
 109    * written out in an annotations file.
 110    */
 111   public class ViewDef
 112   {
 113     public String viewname;
 114
 115     public HiddenSequences hidseqs;
 116
 117     public ColumnSelection hiddencols;
 118
 119     public Vector visibleGroups;
 120
 121     public Hashtable hiddenRepSeqs;
 122
 123     public ViewDef(String viewname, HiddenSequences hidseqs,
 124             ColumnSelection hiddencols, Hashtable hiddenRepSeqs)
 125     {
 126       this.viewname = viewname;
 127       this.hidseqs = hidseqs;
 128       this.hiddencols = hiddencols;
 129       this.hiddenRepSeqs = hiddenRepSeqs;
 130     }
 131   }
 132
 133   /**
 134    * Prepare an annotation file given a set of annotations, groups, alignment
 135    * properties and views.
 136    *
 137    * @param annotations
 138    * @param list
 139    * @param properties
 140    * @param views
 141    * @return annotation file
 142    */
 143   public String printAnnotations(AlignmentAnnotation[] annotations,
 144           List<SequenceGroup> list, Hashtable properties,
 145           ColumnSelection cs, AlignmentI al, ViewDef view)
 146   {
 147     if (view != null)
 148     {
 149       if (view.viewname != null)
 150       {
 151         text.append("VIEW_DEF\t" + view.viewname + "\n");
 152       }
 153       if (list == null)
 154       {
 155         list = view.visibleGroups;
 156       }
 157       if (cs == null)
 158       {
 159         cs = view.hiddencols;
 160       }
 161       if (al == null)
 162       {
 163         // add hidden rep sequences.
 164       }
 165     }
 166     // first target - store and restore all settings for a view.
 167     if (al != null && al.hasSeqrep())
 168     {
 169       text.append("VIEW_SETREF\t" + al.getSeqrep().getName() + "\n");
 170     }
 171     if (cs != null && cs.hasHiddenColumns())
 172     {
 173       text.append("VIEW_HIDECOLS\t");
 174       List<int[]> hc = cs.getHiddenColumns();
 175       boolean comma = false;
 176       for (int[] r : hc)
 177       {
 178         if (!comma)
 179         {
 180           comma = true;
 181         }
 182         else
 183         {
 184           text.append(",");
 185         }
 186         text.append(r[0]);
 187         text.append("-");
 188         text.append(r[1]);
 189       }
 190       text.append("\n");
 191     }
 192     // TODO: allow efficient recovery of annotation data shown in several
 193     // different views
 194     if (annotations != null)
 195     {
 196       boolean oneColour = true;
 197       AlignmentAnnotation row;
 198       String comma;
 199       SequenceI refSeq = null;
 200       SequenceGroup refGroup = null;
 201
 202       StringBuffer colours = new StringBuffer();
 203       StringBuffer graphLine = new StringBuffer();
 204       StringBuffer rowprops = new StringBuffer();
 205       Hashtable<Integer, String> graphGroup = new Hashtable<Integer, String>();
 206       Hashtable<Integer, Object[]> graphGroup_refs = new Hashtable<Integer, Object[]>();
 207       BitSet graphGroupSeen = new BitSet();
 208
 209       java.awt.Color color;
 210
 211       for (int i = 0; i < annotations.length; i++)
 212       {
 213         row = annotations[i];
 214
 215         if (!row.visible
 216                 && !row.hasScore()
 217                 && !(row.graphGroup > -1 && graphGroupSeen
 218                         .get(row.graphGroup)))
 219         {
 220           continue;
 221         }
 222
 223         color = null;
 224         oneColour = true;
 225
 226         // mark any sequence references for the row
 227         writeSequence_Ref(refSeq, row.sequenceRef);
 228         refSeq = row.sequenceRef;
 229         // mark any group references for the row
 230         writeGroup_Ref(refGroup, row.groupRef);
 231         refGroup = row.groupRef;
 232
 233         boolean hasGlyphs = row.hasIcons, hasLabels = row.hasText, hasValues = row.hasScore, hasText = false;
 234         // lookahead to check what the annotation row object actually contains.
 235         for (int j = 0; row.annotations != null
 236                 && j < row.annotations.length
 237                 && (!hasGlyphs || !hasLabels || !hasValues); j++)
 238         {
 239           if (row.annotations[j] != null)
 240           {
 241             hasLabels |= (row.annotations[j].displayCharacter != null
 242                     && row.annotations[j].displayCharacter.length() > 0 && !row.annotations[j].displayCharacter
 243                     .equals(" "));
 244             hasGlyphs |= (row.annotations[j].secondaryStructure != 0 && row.annotations[j].secondaryStructure != ' ');
 245             hasValues |= (!Float.isNaN(row.annotations[j].value)); // NaNs can't
 246             // be
 247             // rendered..
 248             hasText |= (row.annotations[j].description != null && row.annotations[j].description
 249                     .length() > 0);
 250           }
 251         }
 252
 253         if (row.graph == AlignmentAnnotation.NO_GRAPH)
 254         {
 255           text.append("NO_GRAPH\t");
 256           hasValues = false; // only secondary structure
 257           // hasLabels = false; // and annotation description string.
 258         }
 259         else
 260         {
 261           if (row.graph == AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH)
 262           {
 263             text.append("BAR_GRAPH\t");
 264             hasGlyphs = false; // no secondary structure
 265
 266           }
 267           else if (row.graph == AlignmentAnnotation.LINE_GRAPH)
 268           {
 269             hasGlyphs = false; // no secondary structure
 270             text.append("LINE_GRAPH\t");
 271           }
 272
 273           if (row.getThreshold() != null)
 274           {
 275             graphLine.append("GRAPHLINE\t");
 276             graphLine.append(row.label);
 277             graphLine.append("\t");
 278             graphLine.append(row.getThreshold().value);
 279             graphLine.append("\t");
 280             graphLine.append(row.getThreshold().label);
 281             graphLine.append("\t");
 282             graphLine.append(jalview.util.Format.getHexString(row
 283                     .getThreshold().colour));
 284             graphLine.append(newline);
 285           }
 286
 287           if (row.graphGroup > -1)
 288           {
 289             graphGroupSeen.set(row.graphGroup);
 290             Integer key = new Integer(row.graphGroup);
 291             if (graphGroup.containsKey(key))
 292             {
 293               graphGroup.put(key, graphGroup.get(key) + "\t" + row.label);
 294
 295             }
 296             else
 297             {
 298               graphGroup_refs.put(key, new Object[] { refSeq, refGroup });
 299               graphGroup.put(key, row.label);
 300             }
 301           }
 302         }
 303
 304         text.append(row.label + "\t");
 305         if (row.description != null)
 306         {
 307           text.append(row.description + "\t");
 308         }
 309         for (int j = 0; row.annotations != null
 310                 && j < row.annotations.length; j++)
 311         {
 312           if (refSeq != null
 313                   && jalview.util.Comparison.isGap(refSeq.getCharAt(j)))
 314           {
 315             continue;
 316           }
 317
 318           if (row.annotations[j] != null)
 319           {
 320             comma = "";
 321             if (hasGlyphs) // could be also hasGlyphs || ...
 322             {
 323
 324               text.append(comma);
 325               if (row.annotations[j].secondaryStructure != ' ')
 326               {
 327                 // only write out the field if its not whitespace.
 328                 text.append(row.annotations[j].secondaryStructure);
 329               }
 330               comma = ",";
 331             }
 332             if (hasValues)
 333             {
 334               if (!Float.isNaN(row.annotations[j].value))
 335               {
 336                 text.append(comma + row.annotations[j].value);
 337               }
 338               else
 339               {
 340                 // System.err.println("Skipping NaN - not valid value.");
 341                 text.append(comma + 0f);// row.annotations[j].value);
 342               }
 343               comma = ",";
 344             }
 345             if (hasLabels)
 346             {
 347               // TODO: labels are emitted after values for bar graphs.
 348               if // empty labels are allowed, so
 349               (row.annotations[j].displayCharacter != null
 350                       && row.annotations[j].displayCharacter.length() > 0
 351                       && !row.annotations[j].displayCharacter.equals(" "))
 352               {
 353                 text.append(comma + row.annotations[j].displayCharacter);
 354                 comma = ",";
 355               }
 356             }
 357             if (hasText)
 358             {
 359               if (row.annotations[j].description != null
 360                       && row.annotations[j].description.length() > 0
 361                       && !row.annotations[j].description
 362                               .equals(row.annotations[j].displayCharacter))
 363               {
 364                 text.append(comma + row.annotations[j].description);
 365                 comma = ",";
 366               }
 367             }
 368             if (color != null && !color.equals(row.annotations[j].colour))
 369             {
 370               oneColour = false;
 371             }
 372
 373             color = row.annotations[j].colour;
 374
 375             if (row.annotations[j].colour != null
 376                     && row.annotations[j].colour != java.awt.Color.black)
 377             {
 378               text.append(comma
 379                       + "["
 380                       + jalview.util.Format
 381                               .getHexString(row.annotations[j].colour)
 382                       + "]");
 383               comma = ",";
 384             }
 385           }
 386           text.append("|");
 387         }
 388
 389         if (row.hasScore())
 390         {
 391           text.append("\t" + row.score);
 392         }
 393
 394         text.append(newline);
 395
 396         if (color != null && color != java.awt.Color.black && oneColour)
 397         {
 398           colours.append("COLOUR\t");
 399           colours.append(row.label);
 400           colours.append("\t");
 401           colours.append(jalview.util.Format.getHexString(color));
 402           colours.append(newline);
 403         }
 404         if (row.scaleColLabel || row.showAllColLabels
 405                 || row.centreColLabels)
 406         {
 407           rowprops.append("ROWPROPERTIES\t");
 408           rowprops.append(row.label);
 409           rowprops.append("\tscaletofit=");
 410           rowprops.append(row.scaleColLabel);
 411           rowprops.append("\tshowalllabs=");
 412           rowprops.append(row.showAllColLabels);
 413           rowprops.append("\tcentrelabs=");
 414           rowprops.append(row.centreColLabels);
 415           rowprops.append(newline);
 416         }
 417         if (graphLine.length() > 0)
 418         {
 419           text.append(graphLine.toString());
 420           graphLine.setLength(0);
 421         }
 422       }
 423
 424       text.append(newline);
 425
 426       text.append(colours.toString());
 427       if (graphGroup.size() > 0)
 428       {
 429         SequenceI oldRefSeq = refSeq;
 430         SequenceGroup oldRefGroup = refGroup;
 431         for (Map.Entry<Integer, String> combine_statement : graphGroup
 432                 .entrySet())
 433         {
 434           Object[] seqRefAndGroup = graphGroup_refs.get(combine_statement
 435                   .getKey());
 436
 437           writeSequence_Ref(refSeq, (SequenceI) seqRefAndGroup[0]);
 438           refSeq = (SequenceI) seqRefAndGroup[0];
 439
 440           writeGroup_Ref(refGroup, (SequenceGroup) seqRefAndGroup[1]);
 441           refGroup = (SequenceGroup) seqRefAndGroup[1];
 442           text.append("COMBINE\t");
 443           text.append(combine_statement.getValue());
 444           text.append(newline);
 445         }
 446         writeSequence_Ref(refSeq, oldRefSeq);
 447         refSeq = oldRefSeq;
 448
 449         writeGroup_Ref(refGroup, oldRefGroup);
 450         refGroup = oldRefGroup;
 451       }
 452       text.append(rowprops.toString());
 453     }
 454
 455     if (list != null)
 456     {
 457       printGroups(list);
 458     }
 459
 460     if (properties != null)
 461     {
 462       text.append(newline);
 463       text.append(newline);
 464       text.append("ALIGNMENT");
 465       Enumeration en = properties.keys();
 466       while (en.hasMoreElements())
 467       {
 468         String key = en.nextElement().toString();
 469         text.append("\t");
 470         text.append(key);
 471         text.append("=");
 472         text.append(properties.get(key));
 473       }
 474       // TODO: output alignment visualization settings here if required
 475       // iterate through one or more views, defining, marking columns and rows
 476       // as visible/hidden, and emmitting view properties.
 477       // View specific annotation is
 478     }
 479
 480     return text.toString();
 481   }
 482
 483   private Object writeGroup_Ref(SequenceGroup refGroup,
 484           SequenceGroup next_refGroup)
 485   {
 486     if (next_refGroup == null)
 487     {
 488
 489       if (refGroup != null)
 490       {
 491         text.append(newline);
 492         text.append("GROUP_REF\t");
 493         text.append("ALIGNMENT");
 494         text.append(newline);
 495       }
 496       return true;
 497     }
 498     else
 499     {
 500       if (refGroup == null || refGroup != next_refGroup)
 501       {
 502         text.append(newline);
 503         text.append("GROUP_REF\t");
 504         text.append(next_refGroup.getName());
 505         text.append(newline);
 506         return true;
 507       }
 508     }
 509     return false;
 510   }
 511
 512   private boolean writeSequence_Ref(SequenceI refSeq, SequenceI next_refSeq)
 513   {
 514
 515     if (next_refSeq == null)
 516     {
 517       if (refSeq != null)
 518       {
 519         text.append(newline);
 520         text.append("SEQUENCE_REF\t");
 521         text.append("ALIGNMENT");
 522         text.append(newline);
 523         return true;
 524       }
 525     }
 526     else
 527     {
 528       if (refSeq == null || refSeq != next_refSeq)
 529       {
 530         text.append(newline);
 531         text.append("SEQUENCE_REF\t");
 532         text.append(next_refSeq.getName());
 533         text.append(newline);
 534         return true;
 535       }
 536     }
 537     return false;
 538   }
 539
 540   public void printGroups(List<SequenceGroup> list)
 541   {
 542     SequenceI seqrep = null;
 543     for (SequenceGroup sg : list)
 544     {
 545       if (!sg.hasSeqrep())
 546       {
 547         text.append("SEQUENCE_GROUP\t" + sg.getName() + "\t"
 548                 + (sg.getStartRes() + 1) + "\t" + (sg.getEndRes() + 1)
 549                 + "\t" + "-1\t");
 550         seqrep = null;
 551       }
 552       else
 553       {
 554         seqrep = sg.getSeqrep();
 555         text.append("SEQUENCE_REF\t");
 556         text.append(seqrep.getName());
 557         text.append(newline);
 558         text.append("SEQUENCE_GROUP\t");
 559         text.append(sg.getName());
 560         text.append("\t");
 561         text.append((seqrep.findPosition(sg.getStartRes())));
 562         text.append("\t");
 563         text.append((seqrep.findPosition(sg.getEndRes())));
 564         text.append("\t");
 565         text.append("-1\t");
 566       }
 567       for (int s = 0; s < sg.getSize(); s++)
 568       {
 569         text.append(sg.getSequenceAt(s).getName());
 570         text.append("\t");
 571       }
 572       text.append(newline);
 573       text.append("PROPERTIES\t");
 574       text.append(sg.getName());
 575       text.append("\t");
 576
 577       if (sg.getDescription() != null)
 578       {
 579         text.append("description=");
 580         text.append(sg.getDescription());
 581         text.append("\t");
 582       }
 583       if (sg.cs != null)
 584       {
 585         text.append("colour=");
 586         text.append(sg.cs.toString());
 587         text.append("\t");
 588         if (sg.cs.getThreshold() != 0)
 589         {
 590           text.append("pidThreshold=");
 591           text.append(sg.cs.getThreshold());
 592         }
 593         if (sg.cs.conservationApplied())
 594         {
 595           text.append("consThreshold=");
 596           text.append(sg.cs.getConservationInc());
 597           text.append("\t");
 598         }
 599       }
 600       text.append("outlineColour=");
 601       text.append(jalview.util.Format.getHexString(sg.getOutlineColour()));
 602       text.append("\t");
 603
 604       text.append("displayBoxes=");
 605       text.append(sg.getDisplayBoxes());
 606       text.append("\t");
 607       text.append("displayText=");
 608       text.append(sg.getDisplayText());
 609       text.append("\t");
 610       text.append("colourText=");
 611       text.append(sg.getColourText());
 612       text.append("\t");
 613       text.append("showUnconserved=");
 614       text.append(sg.getShowNonconserved());
 615       text.append("\t");
 616       if (sg.textColour != java.awt.Color.black)
 617       {
 618         text.append("textCol1=");
 619         text.append(jalview.util.Format.getHexString(sg.textColour));
 620         text.append("\t");
 621       }
 622       if (sg.textColour2 != java.awt.Color.white)
 623       {
 624         text.append("textCol2=");
 625         text.append(jalview.util.Format.getHexString(sg.textColour2));
 626         text.append("\t");
 627       }
 628       if (sg.thresholdTextColour != 0)
 629       {
 630         text.append("textColThreshold=");
 631         text.append(sg.thresholdTextColour);
 632         text.append("\t");
 633       }
 634       if (sg.idColour != null)
 635       {
 636         text.append("idColour=");
 637         text.append(jalview.util.Format.getHexString(sg.idColour));
 638         text.append("\t");
 639       }
 640       if (sg.isHidereps())
 641       {
 642         text.append("hide=true\t");
 643       }
 644       if (sg.isHideCols())
 645       {
 646         text.append("hidecols=true\t");
 647       }
 648       if (seqrep != null)
 649       {
 650         // terminate the last line and clear the sequence ref for the group
 651         text.append(newline);
 652         text.append("SEQUENCE_REF");
 653       }
 654       text.append(newline);
 655       text.append(newline);
 656
 657     }
 658   }
 659
 660   SequenceI refSeq = null;
 661
 662   String refSeqId = null;
 663
 664   public boolean annotateAlignmentView(AlignViewportI viewport,
 665           String file, DataSourceType protocol)
 666   {
 667     ColumnSelection colSel = viewport.getColumnSelection();
 668     if (colSel == null)
 669     {
 670       colSel = new ColumnSelection();
 671     }
 672     boolean rslt = readAnnotationFile(viewport.getAlignment(), colSel,
 673             file, protocol);
 674     if (rslt && (colSel.hasSelectedColumns() || colSel.hasHiddenColumns()))
 675     {
 676       viewport.setColumnSelection(colSel);
 677     }
 678
 679     return rslt;
 680   }
 681
 682   public boolean readAnnotationFile(AlignmentI al, String file,
 683           DataSourceType sourceType)
 684   {
 685     return readAnnotationFile(al, null, file, sourceType);
 686   }
 687
 688   public boolean readAnnotationFile(AlignmentI al, ColumnSelection colSel,
 689           String file, DataSourceType sourceType)
 690   {
 691     BufferedReader in = null;
 692     try
 693     {
 694       if (sourceType == DataSourceType.FILE)
 695       {
 696         in = new BufferedReader(new FileReader(file));
 697       }
 698       else if (sourceType == DataSourceType.URL)
 699       {
 700         URL url = new URL(file);
 701         in = new BufferedReader(new InputStreamReader(url.openStream()));
 702       }
 703       else if (sourceType == DataSourceType.PASTE)
 704       {
 705         in = new BufferedReader(new StringReader(file));
 706       }
 707       else if (sourceType == DataSourceType.CLASSLOADER)
 708       {
 709         java.io.InputStream is = getClass().getResourceAsStream("/" + file);
 710         if (is != null)
 711         {
 712           in = new BufferedReader(new java.io.InputStreamReader(is));
 713         }
 714       }
 715       if (in != null)
 716       {
 717         return parseAnnotationFrom(al, colSel, in);
 718       }
 719
 720     } catch (Exception ex)
 721     {
 722       ex.printStackTrace();
 723       System.out.println("Problem reading annotation file: " + ex);
 724       if (nlinesread > 0)
 725       {
 726         System.out.println("Last read line " + nlinesread + ": '"
 727                 + lastread + "' (first 80 chars) ...");
 728       }
 729       return false;
 730     }
 731     return false;
 732   }
 733
 734   long nlinesread = 0;
 735
 736   String lastread = "";
 737
 738   private static String GRAPHLINE = "GRAPHLINE", COMBINE = "COMBINE";
 739
 740   public boolean parseAnnotationFrom(AlignmentI al, ColumnSelection colSel,
 741           BufferedReader in) throws Exception
 742   {
 743     nlinesread = 0;
 744     ArrayList<Object[]> combineAnnotation_calls = new ArrayList<Object[]>();
 745     ArrayList<Object[]> deferredAnnotation_calls = new ArrayList<Object[]>();
 746     boolean modified = false;
 747     String groupRef = null;
 748     Hashtable groupRefRows = new Hashtable();
 749
 750     Hashtable autoAnnots = new Hashtable();
 751     {
 752       String line, label, description, token;
 753       int graphStyle, index;
 754       int refSeqIndex = 1;
 755       int existingAnnotations = 0;
 756       // when true - will add new rows regardless of whether they are duplicate
 757       // auto-annotation like consensus or conservation graphs
 758       boolean overrideAutoAnnot = false;
 759       if (al.getAlignmentAnnotation() != null)
 760       {
 761         existingAnnotations = al.getAlignmentAnnotation().length;
 762         if (existingAnnotations > 0)
 763         {
 764           AlignmentAnnotation[] aa = al.getAlignmentAnnotation();
 765           for (int aai = 0; aai < aa.length; aai++)
 766           {
 767             if (aa[aai].autoCalculated)
 768             {
 769               // make a note of the name and description
 770               autoAnnots.put(
 771                       autoAnnotsKey(aa[aai], aa[aai].sequenceRef,
 772                               (aa[aai].groupRef == null ? null
 773                                       : aa[aai].groupRef.getName())),
 774                       new Integer(1));
 775             }
 776           }
 777         }
 778       }
 779
 780       int alWidth = al.getWidth();
 781
 782       StringTokenizer st;
 783       Annotation[] annotations;
 784       AlignmentAnnotation annotation = null;
 785
 786       // First confirm this is an Annotation file
 787       boolean jvAnnotationFile = false;
 788       while ((line = in.readLine()) != null)
 789       {
 790         nlinesread++;
 791         lastread = new String(line);
 792         if (line.indexOf("#") == 0)
 793         {
 794           continue;
 795         }
 796
 797         if (line.indexOf("JALVIEW_ANNOTATION") > -1)
 798         {
 799           jvAnnotationFile = true;
 800           break;
 801         }
 802       }
 803
 804       if (!jvAnnotationFile)
 805       {
 806         in.close();
 807         return false;
 808       }
 809
 810       while ((line = in.readLine()) != null)
 811       {
 812         nlinesread++;
 813         lastread = new String(line);
 814         if (line.indexOf("#") == 0
 815                 || line.indexOf("JALVIEW_ANNOTATION") > -1
 816                 || line.length() == 0)
 817         {
 818           continue;
 819         }
 820
 821         st = new StringTokenizer(line, "\t");
 822         token = st.nextToken();
 823         if (token.equalsIgnoreCase("COLOUR"))
 824         {
 825           // TODO: use graduated colour def'n here too
 826           colourAnnotations(al, st.nextToken(), st.nextToken());
 827           modified = true;
 828           continue;
 829         }
 830
 831         else if (token.equalsIgnoreCase(COMBINE))
 832         {
 833           // keep a record of current state and resolve groupRef at end
 834           combineAnnotation_calls
 835                   .add(new Object[] { st, refSeq, groupRef });
 836           modified = true;
 837           continue;
 838         }
 839         else if (token.equalsIgnoreCase("ROWPROPERTIES"))
 840         {
 841           addRowProperties(al, st);
 842           modified = true;
 843           continue;
 844         }
 845         else if (token.equalsIgnoreCase(GRAPHLINE))
 846         {
 847           // resolve at end
 848           deferredAnnotation_calls.add(new Object[] { GRAPHLINE, st,
 849               refSeq, groupRef });
 850           modified = true;
 851           continue;
 852         }
 853
 854         else if (token.equalsIgnoreCase("SEQUENCE_REF"))
 855         {
 856           if (st.hasMoreTokens())
 857           {
 858             refSeq = al.findName(refSeqId = st.nextToken());
 859             if (refSeq == null)
 860             {
 861               refSeqId = null;
 862             }
 863             try
 864             {
 865               refSeqIndex = Integer.parseInt(st.nextToken());
 866               if (refSeqIndex < 1)
 867               {
 868                 refSeqIndex = 1;
 869                 System.out
 870                         .println("WARNING: SEQUENCE_REF index must be > 0 in AnnotationFile");
 871               }
 872             } catch (Exception ex)
 873             {
 874               refSeqIndex = 1;
 875             }
 876           }
 877           else
 878           {
 879             refSeq = null;
 880             refSeqId = null;
 881           }
 882           continue;
 883         }
 884         else if (token.equalsIgnoreCase("GROUP_REF"))
 885         {
 886           // Group references could be forward or backwards, so they are
 887           // resolved after the whole file is read in
 888           groupRef = null;
 889           if (st.hasMoreTokens())
 890           {
 891             groupRef = st.nextToken();
 892             if (groupRef.length() < 1)
 893             {
 894               groupRef = null; // empty string
 895             }
 896             else
 897             {
 898               if (groupRefRows.get(groupRef) == null)
 899               {
 900                 groupRefRows.put(groupRef, new Vector());
 901               }
 902             }
 903           }
 904           continue;
 905         }
 906         else if (token.equalsIgnoreCase("SEQUENCE_GROUP"))
 907         {
 908           addGroup(al, st);
 909           modified = true;
 910           continue;
 911         }
 912
 913         else if (token.equalsIgnoreCase("PROPERTIES"))
 914         {
 915           addProperties(al, st);
 916           modified = true;
 917           continue;
 918         }
 919
 920         else if (token.equalsIgnoreCase("BELOW_ALIGNMENT"))
 921         {
 922           setBelowAlignment(al, st);
 923           modified = true;
 924           continue;
 925         }
 926         else if (token.equalsIgnoreCase("ALIGNMENT"))
 927         {
 928           addAlignmentDetails(al, st);
 929           modified = true;
 930           continue;
 931         }
 932         // else if (token.equalsIgnoreCase("VIEW_DEF"))
 933         // {
 934         // addOrSetView(al,st);
 935         // modified = true;
 936         // continue;
 937         // }
 938         else if (token.equalsIgnoreCase("VIEW_SETREF"))
 939         {
 940           if (refSeq != null)
 941           {
 942             al.setSeqrep(refSeq);
 943           }
 944           modified = true;
 945           continue;
 946         }
 947         else if (token.equalsIgnoreCase("VIEW_HIDECOLS"))
 948         {
 949           if (st.hasMoreTokens())
 950           {
 951             if (colSel == null)
 952             {
 953               colSel = new ColumnSelection();
 954             }
 955             parseHideCols(colSel, st.nextToken());
 956           }
 957           modified = true;
 958           continue;
 959         }
 960         else if (token.equalsIgnoreCase("HIDE_INSERTIONS"))
 961         {
 962           SequenceI sr = refSeq == null ? al.getSeqrep() : refSeq;
 963           if (sr == null)
 964           {
 965             sr = al.getSequenceAt(0);
 966           }
 967           if (sr != null)
 968           {
 969             if (colSel == null)
 970             {
 971               System.err
 972                       .println("Cannot process HIDE_INSERTIONS without an alignment view: Ignoring line: "
 973                               + line);
 974             }
 975             else
 976             {
 977               // consider deferring this till after the file has been parsed ?
 978               colSel.hideInsertionsFor(sr);
 979             }
 980           }
 981           modified = true;
 982           continue;
 983         }
 984
 985         // Parse out the annotation row
 986         graphStyle = AlignmentAnnotation.getGraphValueFromString(token);
 987         label = st.nextToken();
 988
 989         index = 0;
 990         annotations = new Annotation[alWidth];
 991         description = null;
 992         float score = Float.NaN;
 993
 994         if (st.hasMoreTokens())
 995         {
 996           line = st.nextToken();
 997
 998           if (line.indexOf("|") == -1)
 999           {
1000             description = line;
1001             if (st.hasMoreTokens())
1002             {
1003               line = st.nextToken();
1004             }
1005           }
1006
1007           if (st.hasMoreTokens())
1008           {
1009             // This must be the score
1010             score = Float.valueOf(st.nextToken()).floatValue();
1011           }
1012
1013           st = new StringTokenizer(line, "|", true);
1014
1015           boolean emptyColumn = true;
1016           boolean onlyOneElement = (st.countTokens() == 1);
1017
1018           while (st.hasMoreElements() && index < alWidth)
1019           {
1020             token = st.nextToken().trim();
1021
1022             if (onlyOneElement)
1023             {
1024               try
1025               {
1026                 score = Float.valueOf(token).floatValue();
1027                 break;
1028               } catch (NumberFormatException ex)
1029               {
1030               }
1031             }
1032
1033             if (token.equals("|"))
1034             {
1035               if (emptyColumn)
1036               {
1037                 index++;
1038               }
1039
1040               emptyColumn = true;
1041             }
1042             else
1043             {
1044               annotations[index++] = parseAnnotation(token, graphStyle);
1045               emptyColumn = false;
1046             }
1047           }
1048
1049         }
1050
1051         annotation = new AlignmentAnnotation(label, description,
1052                 (index == 0) ? null : annotations, 0, 0, graphStyle);
1053
1054         annotation.score = score;
1055         if (!overrideAutoAnnot
1056                 && autoAnnots.containsKey(autoAnnotsKey(annotation, refSeq,
1057                         groupRef)))
1058         {
1059           // skip - we've already got an automatic annotation of this type.
1060           continue;
1061         }
1062         // otherwise add it!
1063         if (refSeq != null)
1064         {
1065
1066           annotation.belowAlignment = false;
1067           // make a copy of refSeq so we can find other matches in the alignment
1068           SequenceI referedSeq = refSeq;
1069           do
1070           {
1071             // copy before we do any mapping business.
1072             // TODO: verify that undo/redo with 1:many sequence associated
1073             // annotations can be undone correctly
1074             AlignmentAnnotation ann = new AlignmentAnnotation(annotation);
1075             annotation
1076                     .createSequenceMapping(referedSeq, refSeqIndex, false);
1077             annotation.adjustForAlignment();
1078             referedSeq.addAlignmentAnnotation(annotation);
1079             al.addAnnotation(annotation);
1080             al.setAnnotationIndex(annotation,
1081                     al.getAlignmentAnnotation().length
1082                             - existingAnnotations - 1);
1083             if (groupRef != null)
1084             {
1085               ((Vector) groupRefRows.get(groupRef)).addElement(annotation);
1086             }
1087             // and recover our virgin copy to use again if necessary.
1088             annotation = ann;
1089
1090           } while (refSeqId != null
1091                   && (referedSeq = al.findName(referedSeq, refSeqId, true)) != null);
1092         }
1093         else
1094         {
1095           al.addAnnotation(annotation);
1096           al.setAnnotationIndex(annotation,
1097                   al.getAlignmentAnnotation().length - existingAnnotations
1098                           - 1);
1099           if (groupRef != null)
1100           {
1101             ((Vector) groupRefRows.get(groupRef)).addElement(annotation);
1102           }
1103         }
1104         // and set modification flag
1105         modified = true;
1106       }
1107       // Resolve the groupRefs
1108       Hashtable<String, SequenceGroup> groupRefLookup = new Hashtable<String, SequenceGroup>();
1109       Enumeration en = groupRefRows.keys();
1110
1111       while (en.hasMoreElements())
1112       {
1113         groupRef = (String) en.nextElement();
1114         boolean matched = false;
1115         // Resolve group: TODO: add a getGroupByName method to alignments
1116         for (SequenceGroup theGroup : al.getGroups())
1117         {
1118           if (theGroup.getName().equals(groupRef))
1119           {
1120             if (matched)
1121             {
1122               // TODO: specify and implement duplication of alignment annotation
1123               // for multiple group references.
1124               System.err
1125                       .println("Ignoring 1:many group reference mappings for group name '"
1126                               + groupRef + "'");
1127             }
1128             else
1129             {
1130               matched = true;
1131               Vector rowset = (Vector) groupRefRows.get(groupRef);
1132               groupRefLookup.put(groupRef, theGroup);
1133               if (rowset != null && rowset.size() > 0)
1134               {
1135                 AlignmentAnnotation alan = null;
1136                 for (int elm = 0, elmSize = rowset.size(); elm < elmSize; elm++)
1137                 {
1138                   alan = (AlignmentAnnotation) rowset.elementAt(elm);
1139                   alan.groupRef = theGroup;
1140                 }
1141               }
1142             }
1143           }
1144         }
1145         ((Vector) groupRefRows.get(groupRef)).removeAllElements();
1146       }
1147       // process any deferred attribute settings for each context
1148       for (Object[] _deferred_args : deferredAnnotation_calls)
1149       {
1150         if (_deferred_args[0] == GRAPHLINE)
1151         {
1152           addLine(al,
1153                   (StringTokenizer) _deferred_args[1], // st
1154                   (SequenceI) _deferred_args[2], // refSeq
1155                   (_deferred_args[3] == null) ? null : groupRefLookup
1156                           .get(_deferred_args[3]) // the reference
1157                                                   // group, or null
1158           );
1159         }
1160       }
1161
1162       // finally, combine all the annotation rows within each context.
1163       /**
1164        * number of combine statements in this annotation file. Used to create
1165        * new groups for combined annotation graphs without disturbing existing
1166        * ones
1167        */
1168       int combinecount = 0;
1169       for (Object[] _combine_args : combineAnnotation_calls)
1170       {
1171         combineAnnotations(al,
1172                 ++combinecount,
1173                 (StringTokenizer) _combine_args[0], // st
1174                 (SequenceI) _combine_args[1], // refSeq
1175                 (_combine_args[2] == null) ? null : groupRefLookup
1176                         .get(_combine_args[2]) // the reference group,
1177                                                // or null
1178         );
1179       }
1180     }
1181     return modified;
1182   }
1183
1184   private void parseHideCols(ColumnSelection colSel, String nextToken)
1185   {
1186     StringTokenizer inval = new StringTokenizer(nextToken, ",");
1187     while (inval.hasMoreTokens())
1188     {
1189       String range = inval.nextToken().trim();
1190       int from, to = range.indexOf("-");
1191       if (to == -1)
1192       {
1193         from = to = Integer.parseInt(range);
1194         if (from >= 0)
1195         {
1196           colSel.hideColumns(from, to);
1197         }
1198       }
1199       else
1200       {
1201         from = Integer.parseInt(range.substring(0, to));
1202         if (to < range.length() - 1)
1203         {
1204           to = Integer.parseInt(range.substring(to + 1));
1205         }
1206         else
1207         {
1208           to = from;
1209         }
1210         if (from > 0 && to >= from)
1211         {
1212           colSel.hideColumns(from, to);
1213         }
1214       }
1215     }
1216   }
1217
1218   private Object autoAnnotsKey(AlignmentAnnotation annotation,
1219           SequenceI refSeq, String groupRef)
1220   {
1221     return annotation.graph + "\t" + annotation.label + "\t"
1222             + annotation.description + "\t"
1223             + (refSeq != null ? refSeq.getDisplayId(true) : "");
1224   }
1225
1226   Annotation parseAnnotation(String string, int graphStyle)
1227   {
1228     // don't do the glyph test if we don't want secondary structure
1229     boolean hasSymbols = (graphStyle == AlignmentAnnotation.NO_GRAPH);
1230     String desc = null, displayChar = null;
1231     char ss = ' '; // secondaryStructure
1232     float value = 0;
1233     boolean parsedValue = false, dcset = false;
1234
1235     // find colour here
1236     Color colour = null;
1237     int i = string.indexOf("[");
1238     int j = string.indexOf("]");
1239     if (i > -1 && j > -1)
1240     {
1241       colour = ColorUtils.parseColourString(string.substring(i + 1,
1242               j));
1243       if (i > 0 && string.charAt(i - 1) == ',')
1244       {
1245         // clip the preceding comma as well
1246         i--;
1247       }
1248       string = string.substring(0, i) + string.substring(j + 1);
1249     }
1250
1251     StringTokenizer st = new StringTokenizer(string, ",", true);
1252     String token;
1253     boolean seenContent = false;
1254     int pass = 0;
1255     while (st.hasMoreTokens())
1256     {
1257       pass++;
1258       token = st.nextToken().trim();
1259       if (token.equals(","))
1260       {
1261         if (!seenContent && parsedValue && !dcset)
1262         {
1263           // allow the value below the bar/line to be empty
1264           dcset = true;
1265           displayChar = " ";
1266         }
1267         seenContent = false;
1268         continue;
1269       }
1270       else
1271       {
1272         seenContent = true;
1273       }
1274
1275       if (!parsedValue)
1276       {
1277         try
1278         {
1279           displayChar = token;
1280           // foo
1281           value = new Float(token).floatValue();
1282           parsedValue = true;
1283           continue;
1284         } catch (NumberFormatException ex)
1285         {
1286         }
1287       }
1288       else
1289       {
1290         if (token.length() == 1)
1291         {
1292           displayChar = token;
1293         }
1294       }
1295       if (hasSymbols
1296               && (token.length() == 1 && "()<>[]{}AaBbCcDdEeFfGgHhIiJjKkLlMmNnOoPpQqRrSsTtUuVvWwXxYyZz"
1297                       .contains(token)))
1298       {
1299         // Either this character represents a helix or sheet
1300         // or an integer which can be displayed
1301         ss = token.charAt(0);
1302         if (displayChar.equals(token.substring(0, 1)))
1303         {
1304           displayChar = "";
1305         }
1306       }
1307       else if (desc == null || (parsedValue && pass > 2))
1308       {
1309         desc = token;
1310       }
1311
1312     }
1313     // if (!dcset && string.charAt(string.length() - 1) == ',')
1314     // {
1315     // displayChar = " "; // empty display char symbol.
1316     // }
1317     if (displayChar != null && desc != null && desc.length() == 1)
1318     {
1319       if (displayChar.length() > 1)
1320       {
1321         // switch desc and displayChar - legacy support
1322         String tmp = displayChar;
1323         displayChar = desc;
1324         desc = tmp;
1325       }
1326       else
1327       {
1328         if (displayChar.equals(desc))
1329         {
1330           // duplicate label - hangover from the 'robust parser' above
1331           desc = null;
1332         }
1333       }
1334     }
1335     Annotation anot = new Annotation(displayChar, desc, ss, value);
1336
1337     anot.colour = colour;
1338
1339     return anot;
1340   }
1341
1342   void colourAnnotations(AlignmentI al, String label, String colour)
1343   {
1344     Color awtColour = ColorUtils.parseColourString(colour);
1345     Annotation[] annotations;
1346     for (int i = 0; i < al.getAlignmentAnnotation().length; i++)
1347     {
1348       if (al.getAlignmentAnnotation()[i].label.equalsIgnoreCase(label))
1349       {
1350         annotations = al.getAlignmentAnnotation()[i].annotations;
1351         for (int j = 0; j < annotations.length; j++)
1352         {
1353           if (annotations[j] != null)
1354           {
1355             annotations[j].colour = awtColour;
1356           }
1357         }
1358       }
1359     }
1360   }
1361
1362   void combineAnnotations(AlignmentI al, int combineCount,
1363           StringTokenizer st, SequenceI seqRef, SequenceGroup groupRef)
1364   {
1365     String group = st.nextToken();
1366     // First make sure we are not overwriting the graphIndex
1367     int graphGroup = 0;
1368     if (al.getAlignmentAnnotation() != null)
1369     {
1370       for (int i = 0; i < al.getAlignmentAnnotation().length; i++)
1371       {
1372         AlignmentAnnotation aa = al.getAlignmentAnnotation()[i];
1373
1374         if (aa.graphGroup > graphGroup)
1375         {
1376           // try to number graphGroups in order of occurence.
1377           graphGroup = aa.graphGroup + 1;
1378         }
1379         if (aa.sequenceRef == seqRef && aa.groupRef == groupRef
1380                 && aa.label.equalsIgnoreCase(group))
1381         {
1382           if (aa.graphGroup > -1)
1383           {
1384             graphGroup = aa.graphGroup;
1385           }
1386           else
1387           {
1388             if (graphGroup <= combineCount)
1389             {
1390               graphGroup = combineCount + 1;
1391             }
1392             aa.graphGroup = graphGroup;
1393           }
1394           break;
1395         }
1396       }
1397
1398       // Now update groups
1399       while (st.hasMoreTokens())
1400       {
1401         group = st.nextToken();
1402         for (int i = 0; i < al.getAlignmentAnnotation().length; i++)
1403         {
1404           AlignmentAnnotation aa = al.getAlignmentAnnotation()[i];
1405           if (aa.sequenceRef == seqRef && aa.groupRef == groupRef
1406                   && aa.label.equalsIgnoreCase(group))
1407           {
1408             aa.graphGroup = graphGroup;
1409             break;
1410           }
1411         }
1412       }
1413     }
1414     else
1415     {
1416       System.err
1417               .println("Couldn't combine annotations. None are added to alignment yet!");
1418     }
1419   }
1420
1421   void addLine(AlignmentI al, StringTokenizer st, SequenceI seqRef,
1422           SequenceGroup groupRef)
1423   {
1424     String group = st.nextToken();
1425     AlignmentAnnotation[] alannot = al.getAlignmentAnnotation();
1426     String nextToken = st.nextToken();
1427     float value = 0f;
1428     try
1429     {
1430       value = Float.valueOf(nextToken);
1431     } catch (NumberFormatException e)
1432     {
1433       System.err.println("line " + nlinesread + ": Threshold '" + nextToken
1434               + "' invalid, setting to zero");
1435     }
1436     String label = st.hasMoreTokens() ? st.nextToken() : null;
1437     Color colour = null;
1438     if (st.hasMoreTokens())
1439     {
1440       colour = ColorUtils.parseColourString(st.nextToken());
1441     }
1442     if (alannot != null)
1443     {
1444       for (int i = 0; i < alannot.length; i++)
1445       {
1446         if (alannot[i].label.equalsIgnoreCase(group)
1447                 && (seqRef == null || alannot[i].sequenceRef == seqRef)
1448                 && (groupRef == null || alannot[i].groupRef == groupRef))
1449         {
1450           alannot[i].setThreshold(new GraphLine(value, label, colour));
1451         }
1452       }
1453     }
1454   }
1455
1456   void addGroup(AlignmentI al, StringTokenizer st)
1457   {
1458     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
1459     sg.setName(st.nextToken());
1460     String rng = "";
1461     try
1462     {
1463       rng = st.nextToken();
1464       if (rng.length() > 0 && !rng.startsWith("*"))
1465       {
1466         sg.setStartRes(Integer.parseInt(rng) - 1);
1467       }
1468       else
1469       {
1470         sg.setStartRes(0);
1471       }
1472       rng = st.nextToken();
1473       if (rng.length() > 0 && !rng.startsWith("*"))
1474       {
1475         sg.setEndRes(Integer.parseInt(rng) - 1);
1476       }
1477       else
1478       {
1479         sg.setEndRes(al.getWidth() - 1);
1480       }
1481     } catch (Exception e)
1482     {
1483       System.err
1484               .println("Couldn't parse Group Start or End Field as '*' or a valid column or sequence index: '"
1485                       + rng + "' - assuming alignment width for group.");
1486       // assume group is full width
1487       sg.setStartRes(0);
1488       sg.setEndRes(al.getWidth() - 1);
1489     }
1490
1491     String index = st.nextToken();
1492     if (index.equals("-1"))
1493     {
1494       while (st.hasMoreElements())
1495       {
1496         sg.addSequence(al.findName(st.nextToken()), false);
1497       }
1498     }
1499     else
1500     {
1501       StringTokenizer st2 = new StringTokenizer(index, ",");
1502
1503       while (st2.hasMoreTokens())
1504       {
1505         String tmp = st2.nextToken();
1506         if (tmp.equals("*"))
1507         {
1508           for (int i = 0; i < al.getHeight(); i++)
1509           {
1510             sg.addSequence(al.getSequenceAt(i), false);
1511           }
1512         }
1513         else if (tmp.indexOf("-") >= 0)
1514         {
1515           StringTokenizer st3 = new StringTokenizer(tmp, "-");
1516
1517           int start = (Integer.parseInt(st3.nextToken()));
1518           int end = (Integer.parseInt(st3.nextToken()));
1519
1520           if (end > start)
1521           {
1522             for (int i = start; i <= end; i++)
1523             {
1524               sg.addSequence(al.getSequenceAt(i - 1), false);
1525             }
1526           }
1527         }
1528         else
1529         {
1530           sg.addSequence(al.getSequenceAt(Integer.parseInt(tmp) - 1), false);
1531         }
1532       }
1533     }
1534
1535     if (refSeq != null)
1536     {
1537       sg.setStartRes(refSeq.findIndex(sg.getStartRes() + 1) - 1);
1538       sg.setEndRes(refSeq.findIndex(sg.getEndRes() + 1) - 1);
1539       sg.setSeqrep(refSeq);
1540     }
1541
1542     if (sg.getSize() > 0)
1543     {
1544       al.addGroup(sg);
1545     }
1546   }
1547
1548   void addRowProperties(AlignmentI al, StringTokenizer st)
1549   {
1550     String label = st.nextToken(), keyValue, key, value;
1551     boolean scaletofit = false, centerlab = false, showalllabs = false;
1552     while (st.hasMoreTokens())
1553     {
1554       keyValue = st.nextToken();
1555       key = keyValue.substring(0, keyValue.indexOf("="));
1556       value = keyValue.substring(keyValue.indexOf("=") + 1);
1557       if (key.equalsIgnoreCase("scaletofit"))
1558       {
1559         scaletofit = Boolean.valueOf(value).booleanValue();
1560       }
1561       if (key.equalsIgnoreCase("showalllabs"))
1562       {
1563         showalllabs = Boolean.valueOf(value).booleanValue();
1564       }
1565       if (key.equalsIgnoreCase("centrelabs"))
1566       {
1567         centerlab = Boolean.valueOf(value).booleanValue();
1568       }
1569       AlignmentAnnotation[] alr = al.getAlignmentAnnotation();
1570       if (alr != null)
1571       {
1572         for (int i = 0; i < alr.length; i++)
1573         {
1574           if (alr[i].label.equalsIgnoreCase(label))
1575           {
1576             alr[i].centreColLabels = centerlab;
1577             alr[i].scaleColLabel = scaletofit;
1578             alr[i].showAllColLabels = showalllabs;
1579           }
1580         }
1581       }
1582     }
1583   }
1584
1585   void addProperties(AlignmentI al, StringTokenizer st)
1586   {
1587
1588     // So far we have only added groups to the annotationHash,
1589     // the idea is in the future properties can be added to
1590     // alignments, other annotations etc
1591     if (al.getGroups() == null)
1592     {
1593       return;
1594     }
1595
1596     String name = st.nextToken();
1597     SequenceGroup sg = null;
1598     for (SequenceGroup _sg : al.getGroups())
1599     {
1600       if ((sg = _sg).getName().equals(name))
1601       {
1602         break;
1603       }
1604       else
1605       {
1606         sg = null;
1607       }
1608     }
1609
1610     if (sg != null)
1611     {
1612       String keyValue, key, value;
1613       ColourSchemeI def = sg.getColourScheme();
1614       while (st.hasMoreTokens())
1615       {
1616         keyValue = st.nextToken();
1617         key = keyValue.substring(0, keyValue.indexOf("="));
1618         value = keyValue.substring(keyValue.indexOf("=") + 1);
1619
1620         if (key.equalsIgnoreCase("description"))
1621         {
1622           sg.setDescription(value);
1623         }
1624         else if (key.equalsIgnoreCase("colour"))
1625         {
1626           sg.cs.setColourScheme(ColourSchemeProperty
1627                   .getColourScheme(al, value));
1628         }
1629         else if (key.equalsIgnoreCase("pidThreshold"))
1630         {
1631           sg.cs.setThreshold(Integer.parseInt(value), true);
1632
1633         }
1634         else if (key.equalsIgnoreCase("consThreshold"))
1635         {
1636           sg.cs.setConservationInc(Integer.parseInt(value));
1637           Conservation c = new Conservation("Group", sg.getSequences(null),
1638                   sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1);
1639
1640           c.calculate();
1641           c.verdict(false, 25); // TODO: refer to conservation percent threshold
1642
1643           sg.cs.setConservation(c);
1644
1645         }
1646         else if (key.equalsIgnoreCase("outlineColour"))
1647         {
1648           sg.setOutlineColour(ColorUtils.parseColourString(value));
1649         }
1650         else if (key.equalsIgnoreCase("displayBoxes"))
1651         {
1652           sg.setDisplayBoxes(Boolean.valueOf(value).booleanValue());
1653         }
1654         else if (key.equalsIgnoreCase("showUnconserved"))
1655         {
1656           sg.setShowNonconserved(Boolean.valueOf(value).booleanValue());
1657         }
1658         else if (key.equalsIgnoreCase("displayText"))
1659         {
1660           sg.setDisplayText(Boolean.valueOf(value).booleanValue());
1661         }
1662         else if (key.equalsIgnoreCase("colourText"))
1663         {
1664           sg.setColourText(Boolean.valueOf(value).booleanValue());
1665         }
1666         else if (key.equalsIgnoreCase("textCol1"))
1667         {
1668           sg.textColour = ColorUtils.parseColourString(value);
1669         }
1670         else if (key.equalsIgnoreCase("textCol2"))
1671         {
1672           sg.textColour2 = ColorUtils.parseColourString(value);
1673         }
1674         else if (key.equalsIgnoreCase("textColThreshold"))
1675         {
1676           sg.thresholdTextColour = Integer.parseInt(value);
1677         }
1678         else if (key.equalsIgnoreCase("idColour"))
1679         {
1680           // consider warning if colour doesn't resolve to a real colour
1681           def = new UserColourScheme(value);
1682           sg.setIdColour(def.findColour());
1683         }
1684         else if (key.equalsIgnoreCase("hide"))
1685         {
1686           // see bug https://mantis.lifesci.dundee.ac.uk/view.php?id=25847
1687           sg.setHidereps(true);
1688         }
1689         else if (key.equalsIgnoreCase("hidecols"))
1690         {
1691           // see bug https://mantis.lifesci.dundee.ac.uk/view.php?id=25847
1692           sg.setHideCols(true);
1693         }
1694         sg.recalcConservation();
1695       }
1696       if (sg.getColourScheme() == null)
1697       {
1698         sg.setColourScheme(def);
1699       }
1700     }
1701   }
1702
1703   void setBelowAlignment(AlignmentI al, StringTokenizer st)
1704   {
1705     String token;
1706     AlignmentAnnotation aa, ala[] = al.getAlignmentAnnotation();
1707     if (ala == null)
1708     {
1709       System.err
1710               .print("Warning - no annotation to set below for sequence associated annotation:");
1711     }
1712     while (st.hasMoreTokens())
1713     {
1714       token = st.nextToken();
1715       if (ala == null)
1716       {
1717         System.err.print(" " + token);
1718       }
1719       else
1720       {
1721         for (int i = 0; i < al.getAlignmentAnnotation().length; i++)
1722         {
1723           aa = al.getAlignmentAnnotation()[i];
1724           if (aa.sequenceRef == refSeq && aa.label.equals(token))
1725           {
1726             aa.belowAlignment = true;
1727           }
1728         }
1729       }
1730     }
1731     if (ala == null)
1732     {
1733       System.err.print("\n");
1734     }
1735   }
1736
1737   void addAlignmentDetails(AlignmentI al, StringTokenizer st)
1738   {
1739     String keyValue, key, value;
1740     while (st.hasMoreTokens())
1741     {
1742       keyValue = st.nextToken();
1743       key = keyValue.substring(0, keyValue.indexOf("="));
1744       value = keyValue.substring(keyValue.indexOf("=") + 1);
1745       al.setProperty(key, value);
1746     }
1747   }
1748
1749   /**
1750    * Write annotations as a CSV file of the form 'label, value, value, ...' for
1751    * each row.
1752    *
1753    * @param annotations
1754    * @return CSV file as a string.
1755    */
1756   public String printCSVAnnotations(AlignmentAnnotation[] annotations)
1757   {
1758     if (annotations == null)
1759     {
1760       return "";
1761     }
1762     StringBuffer sp = new StringBuffer();
1763     for (int i = 0; i < annotations.length; i++)
1764     {
1765       String atos = annotations[i].toString();
1766       int p = 0;
1767       do
1768       {
1769         int cp = atos.indexOf("\n", p);
1770         sp.append(annotations[i].label);
1771         sp.append(",");
1772         if (cp > p)
1773         {
1774           sp.append(atos.substring(p, cp + 1));
1775         }
1776         else
1777         {
1778           sp.append(atos.substring(p));
1779           sp.append(newline);
1780         }
1781         p = cp + 1;
1782       } while (p > 0);
1783     }
1784     return sp.toString();
1785   }
1786
1787   public String printAnnotationsForView(AlignViewportI viewport)
1788   {
1789     return printAnnotations(viewport.isShowAnnotation() ? viewport
1790             .getAlignment().getAlignmentAnnotation() : null, viewport
1791             .getAlignment().getGroups(), viewport.getAlignment()
1792             .getProperties(), viewport.getColumnSelection(),
1793             viewport.getAlignment(), null);
1794   }
1795
1796   public String printAnnotationsForAlignment(AlignmentI al)
1797   {
1798     return printAnnotations(al.getAlignmentAnnotation(), al.getGroups(),
1799             al.getProperties(), null, al, null);
1800   }
1801 }