src/jalview/io/AnnotationFile.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.io;\r
  21 \r
  22 import java.io.*;\r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 import java.util.*;\r
  25 import java.net.URL;\r
  26 import jalview.schemes.*;\r
  27 import jalview.analysis.Conservation;\r
  28 \r
  29 \r
  30 public class AnnotationFile\r
  31 {\r
  32   StringBuffer text = new StringBuffer(\r
  33         "JALVIEW_ANNOTATION\n"\r
  34         +"# Created: "\r
  35       +new java.util.Date()+"\n\n");\r
  36 \r
  37   public String printAnnotations(AlignmentAnnotation [] annotations,\r
  38                                 Vector groups)\r
  39   {\r
  40     if(annotations!=null)\r
  41     {\r
  42       AlignmentAnnotation row;\r
  43       String comma;\r
  44       SequenceI seqref = null;\r
  45 \r
  46       StringBuffer colours = new StringBuffer();\r
  47       StringBuffer graphLine = new StringBuffer();\r
  48 \r
  49       Hashtable graphGroup = new Hashtable();\r
  50 \r
  51       java.awt.Color color;\r
  52 \r
  53       for (int i = 0; i < annotations.length; i++)\r
  54       {\r
  55         row = annotations[i];\r
  56 \r
  57         if (!row.visible)\r
  58           continue;\r
  59 \r
  60         color = null;\r
  61 \r
  62         if (row.sequenceRef == null)\r
  63         {\r
  64           if (seqref != null)\r
  65             text.append("\nSEQUENCE_REF\tALIGNMENT\n");\r
  66 \r
  67           seqref = null;\r
  68         }\r
  69 \r
  70         else if (seqref == null || seqref != row.sequenceRef)\r
  71         {\r
  72           seqref = row.sequenceRef;\r
  73           text.append("\nSEQUENCE_REF\t" + seqref.getName() + "\n");\r
  74         }\r
  75 \r
  76         if (row.graph == AlignmentAnnotation.NO_GRAPH)\r
  77         {\r
  78           text.append("NO_GRAPH\t");\r
  79         }\r
  80         else\r
  81         {\r
  82           if (row.graph == AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH)\r
  83             text.append("BAR_GRAPH\t");\r
  84           else if (row.graph == AlignmentAnnotation.LINE_GRAPH)\r
  85             text.append("LINE_GRAPH\t");\r
  86 \r
  87           if (row.getThreshold() != null)\r
  88             graphLine.append("GRAPHLINE\t"\r
  89                              + row.label + "\t"\r
  90                              + row.getThreshold().value + "\t"\r
  91                              + row.getThreshold().label + "\t"\r
  92                              + jalview.util.Format.getHexString(\r
  93                                  row.getThreshold().colour) + "\n"\r
  94                 );\r
  95 \r
  96           if (row.graphGroup > -1)\r
  97           {\r
  98             String key = String.valueOf(row.graphGroup);\r
  99             if (graphGroup.containsKey(key))\r
 100               graphGroup.put(key, graphGroup.get(key)\r
 101                              + "\t" + row.label);\r
 102             else\r
 103               graphGroup.put(key, row.label);\r
 104           }\r
 105         }\r
 106 \r
 107         text.append(row.label + "\t");\r
 108         if (row.description != null)\r
 109           text.append(row.description + "\t");\r
 110 \r
 111         for (int j = 0; j < row.annotations.length; j++)\r
 112         {\r
 113           if (seqref != null &&\r
 114               jalview.util.Comparison.isGap(seqref.getCharAt(j)))\r
 115             continue;\r
 116 \r
 117           if (row.annotations[j] != null)\r
 118           {\r
 119             comma = "";\r
 120             if (row.annotations[j].secondaryStructure != ' ')\r
 121             {\r
 122               text.append(comma + row.annotations[j].secondaryStructure);\r
 123               comma = ",";\r
 124             }\r
 125             if (row.annotations[j].displayCharacter.length() > 0\r
 126                 && !row.annotations[j].displayCharacter.equals(" "))\r
 127             {\r
 128               text.append(comma + row.annotations[j].displayCharacter);\r
 129               comma = ",";\r
 130             }\r
 131 \r
 132             if (row.annotations[j] != null)\r
 133             {\r
 134               color = row.annotations[j].colour;\r
 135               if (row.annotations[j].value != 0f)\r
 136                 text.append(comma + row.annotations[j].value);\r
 137             }\r
 138           }\r
 139           text.append("|");\r
 140         }\r
 141 \r
 142         text.append("\n");\r
 143 \r
 144         if (color != null && color != java.awt.Color.black)\r
 145         {\r
 146           colours.append("COLOUR\t"\r
 147                          + row.label + "\t"\r
 148                          + jalview.util.Format.getHexString(color) + "\n");\r
 149         }\r
 150 \r
 151       }\r
 152 \r
 153       text.append("\n");\r
 154 \r
 155       text.append(colours.toString());\r
 156       text.append(graphLine.toString());\r
 157       if (graphGroup.size() > 0)\r
 158       {\r
 159         text.append("COMBINE\t");\r
 160         Enumeration en = graphGroup.elements();\r
 161         while (en.hasMoreElements())\r
 162         {\r
 163           text.append(en.nextElement() + "\n");\r
 164         }\r
 165       }\r
 166     }\r
 167 \r
 168 \r
 169     if(groups!=null)\r
 170     {\r
 171       printGroups(groups);\r
 172     }\r
 173 \r
 174     return text.toString();\r
 175   }\r
 176 \r
 177 \r
 178   public void printGroups(Vector sequenceGroups)\r
 179   {\r
 180     SequenceGroup sg;\r
 181     for (int i = 0; i < sequenceGroups.size(); i++)\r
 182     {\r
 183       sg = (SequenceGroup) sequenceGroups.elementAt(i);\r
 184       text.append("SEQUENCE_GROUP\t"\r
 185                   + sg.getName() + "\t"\r
 186                   + (sg.getStartRes()+1) + "\t"\r
 187                   + (sg.getEndRes()+1)  + "\t" + "-1\t");\r
 188       for(int s=0; s<sg.getSize(); s++)\r
 189       {\r
 190         text.append(sg.getSequenceAt(s).getName()+"\t");\r
 191       }\r
 192 \r
 193       text.append("\nPROPERTIES\t"+sg.getName()+"\t");\r
 194 \r
 195       if(sg.getDescription()!=null)\r
 196         text.append("description="+sg.getDescription()+"\t");\r
 197       if(sg.cs!=null)\r
 198       {\r
 199         text.append("colour="+ColourSchemeProperty.getColourName(sg.cs)+"\t");\r
 200         if(sg.cs.getThreshold()!=0)\r
 201           text.append("pidThreshold="+sg.cs.getThreshold());\r
 202         if(sg.cs.conservationApplied())\r
 203           text.append("consThreshold="+sg.cs.getConservationInc()+"\t");\r
 204       }\r
 205       text.append("outlineColour="+\r
 206                   jalview.util.Format.getHexString(sg.getOutlineColour())+"\t");\r
 207 \r
 208       text.append("displayBoxes=" + sg.getDisplayBoxes() + "\t");\r
 209       text.append("displayText=" + sg.getDisplayText() + "\t");\r
 210       text.append("colourText=" + sg.getColourText() + "\t");\r
 211 \r
 212       if (sg.textColour != java.awt.Color.black)\r
 213         text.append("textCol1=" +\r
 214                     jalview.util.Format.getHexString(sg.textColour) + "\t");\r
 215       if (sg.textColour2 != java.awt.Color.white)\r
 216         text.append("textCol2=" +\r
 217                     jalview.util.Format.getHexString(sg.textColour2) + "\t");\r
 218       if(sg.thresholdTextColour!=0)\r
 219       text.append("textColThreshold="+sg.thresholdTextColour);\r
 220 \r
 221       text.append("\n\n");\r
 222 \r
 223     }\r
 224   }\r
 225 \r
 226 \r
 227   SequenceI refSeq = null;\r
 228   Hashtable annotationsHash = new Hashtable();\r
 229   public boolean readAnnotationFile(AlignmentI al,\r
 230                                     String file,\r
 231                                     String protocol)\r
 232   {\r
 233     try\r
 234     {\r
 235       BufferedReader in = null;\r
 236       if (protocol.equals(AppletFormatAdapter.FILE))\r
 237       {\r
 238         in = new BufferedReader(new FileReader(file));\r
 239       }\r
 240       else if (protocol.equals(AppletFormatAdapter.URL))\r
 241       {\r
 242         URL url = new URL(file);\r
 243         in = new BufferedReader(new InputStreamReader(url.openStream()));\r
 244       }\r
 245      else if (protocol.equals(AppletFormatAdapter.PASTE))\r
 246       {\r
 247         in = new BufferedReader(new StringReader(file));\r
 248       }\r
 249       else if (protocol.equals(AppletFormatAdapter.CLASSLOADER))\r
 250       {\r
 251         java.io.InputStream is = getClass().getResourceAsStream("/" + file);\r
 252         if (is != null)\r
 253         {\r
 254           in = new BufferedReader(new java.io.InputStreamReader(is));\r
 255         }\r
 256     }\r
 257 \r
 258       String line, label, description, token;\r
 259       int graphStyle, index;\r
 260       int refSeqIndex = 1;\r
 261       int existingAnnotations = 0;\r
 262       if(al.getAlignmentAnnotation()!=null)\r
 263        existingAnnotations = al.getAlignmentAnnotation().length;\r
 264 \r
 265       int alWidth = al.getWidth();\r
 266 \r
 267       StringTokenizer st;\r
 268       Annotation[] annotations;\r
 269       AlignmentAnnotation annotation = null;\r
 270 \r
 271       // First confirm this is an Annotation file\r
 272       boolean jvAnnotationFile = false;\r
 273       while ( (line = in.readLine()) != null)\r
 274       {\r
 275         if (line.indexOf("#") == 0 )\r
 276           continue;\r
 277 \r
 278         if (line.indexOf("JALVIEW_ANNOTATION") > -1)\r
 279         {\r
 280           jvAnnotationFile = true;\r
 281           break;\r
 282         }\r
 283       }\r
 284 \r
 285       if(!jvAnnotationFile)\r
 286       {\r
 287         in.close();\r
 288         return false;\r
 289       }\r
 290 \r
 291       while ( (line = in.readLine()) != null)\r
 292       {\r
 293         if(line.indexOf("#")==0\r
 294            || line.indexOf("JALVIEW_ANNOTATION")>-1\r
 295            || line.length()==0)\r
 296           continue;\r
 297 \r
 298         st = new StringTokenizer(line, "\t");\r
 299         token = st.nextToken();\r
 300         if(token.equalsIgnoreCase("COLOUR"))\r
 301         {\r
 302           colourAnnotations(al, st.nextToken(), st.nextToken());\r
 303           continue;\r
 304         }\r
 305 \r
 306         else if(token.equalsIgnoreCase("COMBINE") )\r
 307         {\r
 308           combineAnnotations(al, st);\r
 309           continue;\r
 310         }\r
 311 \r
 312         else if (token.equalsIgnoreCase("GRAPHLINE"))\r
 313         {\r
 314           addLine(al, st);\r
 315           continue;\r
 316         }\r
 317 \r
 318 \r
 319         else if(token.equalsIgnoreCase("SEQUENCE_REF") )\r
 320         {\r
 321           refSeq = al.findName(st.nextToken());\r
 322           try{\r
 323             refSeqIndex = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
 324             if(refSeqIndex<1)\r
 325             {\r
 326               refSeqIndex = 1;\r
 327               System.out.println("WARNING: SEQUENCE_REF index must be > 0 in AnnotationFile");\r
 328             }\r
 329           }\r
 330           catch(Exception ex)\r
 331           {\r
 332             refSeqIndex = 1;\r
 333           }\r
 334 \r
 335           continue;\r
 336         }\r
 337 \r
 338         else if(token.equalsIgnoreCase("SEQUENCE_GROUP"))\r
 339         {\r
 340           addGroup(al, st);\r
 341           continue;\r
 342         }\r
 343 \r
 344         else if(token.equalsIgnoreCase("PROPERTIES"))\r
 345         {\r
 346           addProperties(al, st);\r
 347           continue;\r
 348         }\r
 349 \r
 350 \r
 351         graphStyle = AlignmentAnnotation.getGraphValueFromString(token);\r
 352         label = st.nextToken();\r
 353 \r
 354         if(st.countTokens()>1)\r
 355           description = st.nextToken();\r
 356         else\r
 357           description = null;\r
 358 \r
 359         line = st.nextToken();\r
 360 \r
 361         st = new StringTokenizer(line, "|", true);\r
 362         annotations = new Annotation[alWidth];\r
 363 \r
 364         index = 0;\r
 365         boolean emptyColumn = true;\r
 366 \r
 367 \r
 368         while (st.hasMoreElements() && index<alWidth)\r
 369         {\r
 370           token = st.nextToken().trim();\r
 371           if(token.equals("|"))\r
 372           {\r
 373             if(emptyColumn)\r
 374               index++;\r
 375 \r
 376             emptyColumn = true;\r
 377           }\r
 378           else\r
 379           {\r
 380             annotations[index++] = parseAnnotation(token);\r
 381             emptyColumn = false;\r
 382           }\r
 383         }\r
 384 \r
 385        annotation = new AlignmentAnnotation(label,\r
 386                                           description,\r
 387                                           annotations,\r
 388                                           0,\r
 389                                           0,\r
 390                                           graphStyle);\r
 391 \r
 392        if(refSeq!=null)\r
 393        {\r
 394          annotation.createSequenceMapping(refSeq, refSeqIndex, false);\r
 395          refSeq.addAlignmentAnnotation(annotation);\r
 396        }\r
 397 \r
 398        al.addAnnotation(annotation);\r
 399 \r
 400        al.setAnnotationIndex(annotation,  al.getAlignmentAnnotation().length - existingAnnotations-1);\r
 401       }\r
 402 \r
 403     }catch(Exception ex)\r
 404     {\r
 405       ex.printStackTrace();\r
 406       System.out.println("Problem reading annotation file: "+ex);\r
 407       return false;\r
 408     }\r
 409     return true;\r
 410   }\r
 411 \r
 412   Annotation parseAnnotation(String string)\r
 413   {\r
 414     String desc = null, displayChar="";\r
 415     char ss = ' '; // secondaryStructure\r
 416     float value = 0;\r
 417     boolean parsedValue = false;\r
 418     StringTokenizer st = new StringTokenizer(string, ",");\r
 419     String token;\r
 420     while(st.hasMoreTokens())\r
 421     {\r
 422       token = st.nextToken().trim();\r
 423       if(token.length()==0)\r
 424         continue;\r
 425 \r
 426       if(!parsedValue)\r
 427       {\r
 428         try{\r
 429           displayChar = token;\r
 430           value = new Float(token).floatValue();\r
 431           parsedValue = true;\r
 432           continue;\r
 433         }catch(NumberFormatException ex){}\r
 434       }\r
 435 \r
 436       if(token.equals("H") || token.equals("E"))\r
 437       {\r
 438         // Either this character represents a helix or sheet\r
 439         // or an integer which can be displayed\r
 440         ss = token.charAt(0);\r
 441         if(displayChar.equals(token.substring(0,1)))\r
 442           displayChar = "";\r
 443       }\r
 444       else if(desc==null)\r
 445         desc = token;\r
 446 \r
 447     }\r
 448 \r
 449     if(desc == null)\r
 450       desc = value+"";\r
 451 \r
 452     if(displayChar.length()>1 && desc.length()==1)\r
 453     {\r
 454       String tmp = displayChar;\r
 455       displayChar = desc;\r
 456       desc = tmp;\r
 457     }\r
 458 \r
 459     return new Annotation(displayChar, desc, ss, value);\r
 460   }\r
 461 \r
 462   void colourAnnotations(AlignmentI al, String label, String colour)\r
 463   {\r
 464     UserColourScheme ucs = new UserColourScheme(colour);\r
 465     Annotation[] annotations;\r
 466     for(int i=0; i<al.getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
 467     {\r
 468       if(al.getAlignmentAnnotation()[i].label.equalsIgnoreCase(label))\r
 469       {\r
 470         annotations = al.getAlignmentAnnotation()[i].annotations;\r
 471         for(int j=0; j<annotations.length; j++)\r
 472         {\r
 473           if(annotations[j]!=null)\r
 474             annotations[j].colour = ucs.findColour('A');\r
 475         }\r
 476       }\r
 477     }\r
 478   }\r
 479 \r
 480   void combineAnnotations(AlignmentI al, StringTokenizer st)\r
 481   {\r
 482     int graphGroup = -1;\r
 483     String group = st.nextToken();\r
 484     //First make sure we are not overwriting the graphIndex\r
 485     for(int i=0; i<al.getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
 486     {\r
 487       if(al.getAlignmentAnnotation()[i].label.equalsIgnoreCase(group))\r
 488       {\r
 489         graphGroup = al.getAlignmentAnnotation()[i].graphGroup +1;\r
 490         al.getAlignmentAnnotation()[i].graphGroup = graphGroup;\r
 491         break;\r
 492       }\r
 493     }\r
 494 \r
 495     //Now update groups\r
 496     while(st.hasMoreTokens())\r
 497     {\r
 498       group = st.nextToken();\r
 499       for(int i=0; i<al.getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
 500       {\r
 501         if (al.getAlignmentAnnotation()[i].label.equalsIgnoreCase(group))\r
 502         {\r
 503           al.getAlignmentAnnotation()[i].graphGroup = graphGroup;\r
 504           break;\r
 505         }\r
 506       }\r
 507     }\r
 508   }\r
 509 \r
 510   void addLine(AlignmentI al, StringTokenizer st)\r
 511   {\r
 512     String group = st.nextToken();\r
 513     AlignmentAnnotation annotation = null;\r
 514 \r
 515     for (int i = 0; i < al.getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
 516     {\r
 517       if (al.getAlignmentAnnotation()[i].label.equalsIgnoreCase(group))\r
 518       {\r
 519         annotation = al.getAlignmentAnnotation()[i];\r
 520         break;\r
 521       }\r
 522     }\r
 523 \r
 524     if(annotation==null)\r
 525       return;\r
 526     float value = new Float(st.nextToken()).floatValue();\r
 527     String label = st.hasMoreTokens() ?  st.nextToken() : null;\r
 528     java.awt.Color colour = null;\r
 529     if(st.hasMoreTokens())\r
 530     {\r
 531       UserColourScheme ucs = new UserColourScheme(st.nextToken());\r
 532       colour = ucs.findColour('A');\r
 533     }\r
 534 \r
 535     annotation.setThreshold(new GraphLine(value, label, colour));\r
 536   }\r
 537 \r
 538   void addGroup(AlignmentI al, StringTokenizer st)\r
 539   {\r
 540     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 541     sg.setName(st.nextToken());\r
 542     sg.setStartRes(Integer.parseInt(st.nextToken())-1);\r
 543     sg.setEndRes(Integer.parseInt(st.nextToken())-1);\r
 544 \r
 545     String index = st.nextToken();\r
 546     if(index.equals("-1"))\r
 547     {\r
 548       while (st.hasMoreElements())\r
 549       {\r
 550         sg.addSequence(al.findName(st.nextToken()), false);\r
 551       }\r
 552     }\r
 553     else\r
 554     {\r
 555       StringTokenizer st2 = new StringTokenizer(index, ",");\r
 556 \r
 557       while (st2.hasMoreTokens())\r
 558       {\r
 559         String tmp = st2.nextToken();\r
 560         if (tmp.equals("*"))\r
 561         {\r
 562           for (int i = 0; i < al.getHeight(); i++)\r
 563           {\r
 564             sg.addSequence(al.getSequenceAt(i), false);\r
 565           }\r
 566         }\r
 567         else if (tmp.indexOf("-") >= 0)\r
 568         {\r
 569           StringTokenizer st3 = new StringTokenizer(tmp, "-");\r
 570 \r
 571           int start = (Integer.parseInt(st3.nextToken()));\r
 572           int end = (Integer.parseInt(st3.nextToken()));\r
 573 \r
 574           if (end > start)\r
 575             for (int i = start; i <= end; i++)\r
 576               sg.addSequence(al.getSequenceAt(i-1), false);\r
 577         }\r
 578         else\r
 579         {\r
 580           sg.addSequence(al.getSequenceAt(Integer.parseInt(tmp)-1 ), false);\r
 581         }\r
 582       }\r
 583     }\r
 584 \r
 585     if(refSeq!=null)\r
 586     {\r
 587       sg.setStartRes( refSeq.findIndex( sg.getStartRes()+1 )-1 );\r
 588       sg.setEndRes(   refSeq.findIndex( sg.getEndRes() +1) -1 );\r
 589     }\r
 590 \r
 591     al.addGroup(sg);\r
 592     annotationsHash.put(sg.getName(), sg);\r
 593   }\r
 594 \r
 595   void addProperties(AlignmentI al, StringTokenizer st)\r
 596   {\r
 597 \r
 598     //So far we have only added groups to the annotationHash,\r
 599     //the idea is in the future properties can be added to\r
 600     //alignments, other annotations etc\r
 601     SequenceGroup sg = (SequenceGroup)annotationsHash.get(st.nextToken());\r
 602 \r
 603     if(sg!=null)\r
 604     {\r
 605       String keyValue, key, value;\r
 606       while(st.hasMoreTokens())\r
 607       {\r
 608         keyValue = st.nextToken();\r
 609         key = keyValue.substring(0,keyValue.indexOf("="));\r
 610         value=keyValue.substring(keyValue.indexOf("=")+1);\r
 611 \r
 612         if(key.equalsIgnoreCase("description"))\r
 613           sg.setDescription(value);\r
 614         else if(key.equalsIgnoreCase("colour"))\r
 615           sg.cs = ColourSchemeProperty.getColour(al, value);\r
 616         else if (key.equalsIgnoreCase("pidThreshold"))\r
 617         {\r
 618           sg.cs.setThreshold(Integer.parseInt(value), true);\r
 619 \r
 620         }\r
 621         else if (key.equalsIgnoreCase("consThreshold"))\r
 622         {\r
 623           sg.cs.setConservationInc(Integer.parseInt(value));\r
 624           Conservation c = new Conservation("Group",\r
 625                     ResidueProperties.propHash, 3,\r
 626                     sg.getSequences(null),\r
 627                     sg.getStartRes(),\r
 628                     sg.getEndRes() + 1);\r
 629 \r
 630             c.calculate();\r
 631             c.verdict(false, 25);\r
 632 \r
 633             sg.cs.setConservation(c);\r
 634 \r
 635         }\r
 636         else if (key.equalsIgnoreCase("outlineColour"))\r
 637          {\r
 638            sg.setOutlineColour(new UserColourScheme(value).findColour('A'));\r
 639          }\r
 640         else if (key.equalsIgnoreCase("displayBoxes"))\r
 641          sg.setDisplayBoxes( Boolean.valueOf(value).booleanValue() );\r
 642         else if (key.equalsIgnoreCase("displayText"))\r
 643          sg.setDisplayText( Boolean.valueOf(value).booleanValue() );\r
 644         else if (key.equalsIgnoreCase("colourText"))\r
 645          sg.setColourText( Boolean.valueOf(value).booleanValue() );\r
 646         else if (key.equalsIgnoreCase("textCol1"))\r
 647          {\r
 648            sg.textColour = new UserColourScheme(value).findColour('A');\r
 649          }\r
 650         else if (key.equalsIgnoreCase("textCol2"))\r
 651         {\r
 652           sg.textColour2 = new UserColourScheme(value).findColour('A');\r
 653         }\r
 654         else if (key.equalsIgnoreCase("textColThreshold"))\r
 655          sg.thresholdTextColour = Integer.parseInt(value);\r
 656 \r
 657        sg.recalcConservation();\r
 658       }\r
 659     }\r
 660   }\r
 661 }\r