src/jalview/io/AppletFormatAdapter.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.datamodel.Alignment;
  25 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  28 import jalview.util.MessageManager;
  29
  30 import java.io.File;
  31 import java.io.InputStream;
  32 import java.util.List;
  33
  34 /**
  35  * A low level class for alignment and feature IO with alignment formatting
  36  * methods used by both applet and application for generating flat alignment
  37  * files. It also holds the lists of magic format names that the applet and
  38  * application will allow the user to read or write files with.
  39  *
  40  * @author $author$
  41  * @version $Revision$
  42  */
  43 public class AppletFormatAdapter
  44 {
  45   private AlignViewportI viewport;
  46
  47   public static String FILE = "File";
  48
  49   public static String URL = "URL";
  50
  51   public static String PASTE = "Paste";
  52
  53   public static String CLASSLOADER = "ClassLoader";
  54
  55   /**
  56    * add jalview-derived non-secondary structure annotation from PDB structure
  57    */
  58   boolean annotFromStructure = false;
  59
  60   /**
  61    * add secondary structure from PDB data with built-in algorithms
  62    */
  63   boolean localSecondaryStruct = false;
  64
  65   /**
  66    * process PDB data with web services
  67    */
  68   boolean serviceSecondaryStruct = false;
  69
  70   private AlignFile alignFile = null;
  71
  72   String inFile;
  73
  74   /**
  75    * character used to write newlines
  76    */
  77   protected String newline = System.getProperty("line.separator");
  78
  79   /**
  80    * List of valid format strings used in the isValidFormat method
  81    */
  82   public static final String[] READABLE_FORMATS = new String[]
  83   { "BLC", "CLUSTAL", "FASTA", "MSF", "PileUp", "PIR", "PFAM", "STH",
  84       "PDB", "JnetFile", "RNAML", PhylipFile.FILE_DESC, JSONFile.FILE_DESC, IdentifyFile.GFF3File,
  85       "HTML" };
  86
  87   /**
  88    * List of readable format file extensions by application in order
  89    * corresponding to READABLE_FNAMES
  90    */
  91   public static final String[] READABLE_EXTENSIONS = new String[]
  92   { "fa, fasta, mfa, fastq", "aln", "pfam", "msf", "pir", "blc", "amsa",
  93       "sto,stk", "xml,rnaml", PhylipFile.FILE_EXT, JSONFile.FILE_EXT,
  94       ".gff2,gff3",
  95       "jar,jvp", HtmlFile.FILE_EXT };
  96
  97   /**
  98    * List of readable formats by application in order corresponding to
  99    * READABLE_EXTENSIONS
 100    */
 101   public static final String[] READABLE_FNAMES = new String[]
 102   { "Fasta", "Clustal", "PFAM", "MSF", "PIR", "BLC", "AMSA", "Stockholm",
 103       "RNAML", PhylipFile.FILE_DESC, JSONFile.FILE_DESC, IdentifyFile.GFF3File, "Jalview",
 104       HtmlFile.FILE_DESC };
 105
 106   /**
 107    * List of valid format strings for use by callers of the formatSequences
 108    * method
 109    */
 110   public static final String[] WRITEABLE_FORMATS = new String[]
 111           { "BLC", "CLUSTAL", "FASTA", "MSF", "PileUp", "PIR", "PFAM", "AMSA",
 112     "STH", PhylipFile.FILE_DESC, JSONFile.FILE_DESC };
 113
 114   /**
 115    * List of extensions corresponding to file format types in WRITABLE_FNAMES
 116    * that are writable by the application.
 117    */
 118   public static final String[] WRITABLE_EXTENSIONS = new String[]
 119   { "fa, fasta, mfa, fastq", "aln", "pfam", "msf", "pir", "blc", "amsa",
 120       "sto,stk", PhylipFile.FILE_EXT, JSONFile.FILE_EXT, "jvp" };
 121
 122   /**
 123    * List of writable formats by the application. Order must correspond with the
 124    * WRITABLE_EXTENSIONS list of formats.
 125    */
 126   public static final String[] WRITABLE_FNAMES = new String[]
 127   { "Fasta", "Clustal", "PFAM", "MSF", "PIR", "BLC", "AMSA", "STH",
 128       PhylipFile.FILE_DESC, JSONFile.FILE_DESC, "Jalview" };
 129
 130   public static String INVALID_CHARACTERS = "Contains invalid characters";
 131
 132   // TODO: make these messages dynamic
 133   public static String SUPPORTED_FORMATS = "Formats currently supported are\n"
 134           + prettyPrint(READABLE_FORMATS);
 135
 136   public AppletFormatAdapter()
 137   {
 138   }
 139
 140   public AppletFormatAdapter(AlignViewportI viewport)
 141   {
 142     this.viewport = viewport;
 143   }
 144
 145   /**
 146    *
 147    * @param els
 148    * @return grammatically correct(ish) list consisting of els elements.
 149    */
 150   public static String prettyPrint(String[] els)
 151   {
 152     StringBuffer list = new StringBuffer();
 153     for (int i = 0, iSize = els.length - 1; i < iSize; i++)
 154     {
 155       list.append(els[i]);
 156       list.append(", ");
 157     }
 158     list.append(" and " + els[els.length - 1] + ".");
 159     return list.toString();
 160   }
 161
 162
 163   public void setNewlineString(String nl)
 164   {
 165     newline = nl;
 166   }
 167
 168   public String getNewlineString()
 169   {
 170     return newline;
 171   }
 172
 173   /**
 174    * check that this format is valid for reading
 175    *
 176    * @param format
 177    *          a format string to be compared with READABLE_FORMATS
 178    * @return true if format is readable
 179    */
 180   public static final boolean isValidFormat(String format)
 181   {
 182     return isValidFormat(format, false);
 183   }
 184
 185   /**
 186    * validate format is valid for IO
 187    *
 188    * @param format
 189    *          a format string to be compared with either READABLE_FORMATS or
 190    *          WRITEABLE_FORMATS
 191    * @param forwriting
 192    *          when true, format is checked for containment in WRITEABLE_FORMATS
 193    * @return true if format is valid
 194    */
 195   public static final boolean isValidFormat(String format,
 196           boolean forwriting)
 197   {
 198     boolean valid = false;
 199     String[] format_list = (forwriting) ? WRITEABLE_FORMATS
 200             : READABLE_FORMATS;
 201     for (String element : format_list)
 202     {
 203       if (element.equalsIgnoreCase(format))
 204       {
 205         return true;
 206       }
 207     }
 208
 209     return valid;
 210   }
 211
 212   /**
 213    * Constructs the correct filetype parser for a characterised datasource
 214    *
 215    * @param inFile
 216    *          data/data location
 217    * @param type
 218    *          type of datasource
 219    * @param format
 220    *          File format of data provided by datasource
 221    *
 222    * @return DOCUMENT ME!
 223    */
 224   public Alignment readFile(String inFile, String type, String format)
 225           throws java.io.IOException
 226   {
 227     // TODO: generalise mapping between format string and io. class instances
 228     // using Constructor.invoke reflection
 229     this.inFile = inFile;
 230     try
 231     {
 232       Alignment al;
 233       if (format.equals("FASTA"))
 234       {
 235         alignFile = new FastaFile(inFile, type);
 236       }
 237       else if (format.equals("MSF"))
 238       {
 239         alignFile = new MSFfile(inFile, type);
 240       }
 241       else if (format.equals("PileUp"))
 242       {
 243         alignFile = new PileUpfile(inFile, type);
 244       }
 245       else if (format.equals("CLUSTAL"))
 246       {
 247         alignFile = new ClustalFile(inFile, type);
 248       }
 249       else if (format.equals("BLC"))
 250       {
 251         alignFile = new BLCFile(inFile, type);
 252       }
 253       else if (format.equals("PIR"))
 254       {
 255         alignFile = new PIRFile(inFile, type);
 256       }
 257       else if (format.equals("PFAM"))
 258       {
 259         alignFile = new PfamFile(inFile, type);
 260       }
 261       else if (format.equals("JnetFile"))
 262       {
 263         alignFile = new JPredFile(inFile, type);
 264         ((JPredFile) alignFile).removeNonSequences();
 265       }
 266       else if (format.equals("PDB"))
 267       {
 268         alignFile = new MCview.PDBfile(annotFromStructure,
 269                 localSecondaryStruct, serviceSecondaryStruct, inFile, type);
 270         // Uncomment to test Jmol data based PDB processing: JAL-1213
 271         // afile = new jalview.ext.jmol.PDBFileWithJmol(inFile, type);
 272       }
 273       else if (format.equals("STH"))
 274       {
 275         alignFile = new StockholmFile(inFile, type);
 276       }
 277       else if (format.equals("SimpleBLAST"))
 278       {
 279         alignFile = new SimpleBlastFile(inFile, type);
 280       }
 281       else if (format.equals(PhylipFile.FILE_DESC))
 282       {
 283         alignFile = new PhylipFile(inFile, type);
 284       }
 285       else if (format.equals(JSONFile.FILE_DESC))
 286       {
 287         alignFile = new JSONFile(inFile, type);
 288         al = new Alignment(alignFile.getSeqsAsArray());
 289         alignFile.addAnnotations(al);
 290         ((JSONFile) alignFile).setViewport(viewport);
 291         for (SequenceGroup sg : alignFile.getSeqGroups())
 292         {
 293           al.addGroup(sg);
 294         }
 295
 296         return al;
 297       }
 298       else if (format.equals(HtmlFile.FILE_DESC))
 299       {
 300         alignFile = new HtmlFile(inFile, type);
 301         al = new Alignment(alignFile.getSeqsAsArray());
 302         alignFile.addAnnotations(al);
 303         for (SequenceGroup sg : alignFile.getSeqGroups())
 304         {
 305           al.addGroup(sg);
 306         }
 307         return al;
 308       }
 309       else if (format.equals("RNAML"))
 310       {
 311         alignFile = new RnamlFile(inFile, type);
 312       }
 313       else if (format.equals(IdentifyFile.GFF3File))
 314       {
 315         alignFile = new Gff3File(inFile, type);
 316       }
 317
 318       al = new Alignment(alignFile.getSeqsAsArray());
 319
 320       alignFile.addAnnotations(al);
 321
 322       return al;
 323     } catch (Exception e)
 324     {
 325       e.printStackTrace();
 326       System.err.println("Failed to read alignment using the '" + format
 327               + "' reader.\n" + e);
 328
 329       if (e.getMessage() != null
 330               && e.getMessage().startsWith(INVALID_CHARACTERS))
 331       {
 332         throw new java.io.IOException(e.getMessage());
 333       }
 334
 335       // Finally test if the user has pasted just the sequence, no id
 336       if (type.equalsIgnoreCase("Paste"))
 337       {
 338         try
 339         {
 340           // Possible sequence is just residues with no label
 341           alignFile = new FastaFile(">UNKNOWN\n" + inFile, "Paste");
 342           Alignment al = new Alignment(alignFile.getSeqsAsArray());
 343
 344           alignFile.addSeqGroups(al);
 345           alignFile.addAnnotations(al);
 346           return al;
 347
 348         } catch (Exception ex)
 349         {
 350           if (ex.toString().startsWith(INVALID_CHARACTERS))
 351           {
 352             throw new java.io.IOException(e.getMessage());
 353           }
 354
 355           ex.printStackTrace();
 356         }
 357       }
 358
 359       // If we get to this stage, the format was not supported
 360       throw new java.io.IOException(SUPPORTED_FORMATS);
 361     }
 362   }
 363
 364   /**
 365    * Constructs the correct filetype parser for an already open datasource
 366    *
 367    * @param source
 368    *          an existing datasource
 369    * @param format
 370    *          File format of data that will be provided by datasource
 371    *
 372    * @return DOCUMENT ME!
 373    */
 374   public AlignmentI readFromFile(FileParse source, String format)
 375           throws java.io.IOException
 376   {
 377     // TODO: generalise mapping between format string and io. class instances
 378     // using Constructor.invoke reflection
 379     // This is exactly the same as the readFile method except we substitute
 380     // 'inFile, type' with 'source'
 381     this.inFile = source.getInFile();
 382     String type = source.type;
 383     try
 384     {
 385       Alignment al;
 386       if (format.equals("FASTA"))
 387       {
 388         alignFile = new FastaFile(source);
 389       }
 390       else if (format.equals("MSF"))
 391       {
 392         alignFile = new MSFfile(source);
 393       }
 394       else if (format.equals("PileUp"))
 395       {
 396         alignFile = new PileUpfile(source);
 397       }
 398       else if (format.equals("CLUSTAL"))
 399       {
 400         alignFile = new ClustalFile(source);
 401       }
 402       else if (format.equals("BLC"))
 403       {
 404         alignFile = new BLCFile(source);
 405       }
 406       else if (format.equals("PIR"))
 407       {
 408         alignFile = new PIRFile(source);
 409       }
 410       else if (format.equals("PFAM"))
 411       {
 412         alignFile = new PfamFile(source);
 413       }
 414       else if (format.equals("JnetFile"))
 415       {
 416         alignFile = new JPredFile(source);
 417         ((JPredFile) alignFile).removeNonSequences();
 418       }
 419       else if (format.equals("PDB"))
 420       {
 421         alignFile = new MCview.PDBfile(annotFromStructure,
 422                 localSecondaryStruct, serviceSecondaryStruct, source);
 423       }
 424       else if (format.equals("STH"))
 425       {
 426         alignFile = new StockholmFile(source);
 427       }
 428       else if (format.equals("RNAML"))
 429       {
 430         alignFile = new RnamlFile(source);
 431       }
 432       else if (format.equals("SimpleBLAST"))
 433       {
 434         alignFile = new SimpleBlastFile(source);
 435       }
 436       else if (format.equals(PhylipFile.FILE_DESC))
 437       {
 438         alignFile = new PhylipFile(source);
 439       }
 440       else if (format.equals(IdentifyFile.GFF3File))
 441       {
 442         alignFile = new Gff3File(inFile, type);
 443       }
 444       else if (format.equals(JSONFile.FILE_DESC))
 445       {
 446         alignFile = new JSONFile(source);
 447         al = new Alignment(alignFile.getSeqsAsArray());
 448         alignFile.addAnnotations(al);
 449         alignFile.addSeqGroups(al);
 450         return al;
 451       }
 452       else if (format.equals(HtmlFile.FILE_DESC))
 453       {
 454         alignFile = new HtmlFile(source);
 455       }
 456       al = new Alignment(alignFile.getSeqsAsArray());
 457       alignFile.addAnnotations(al);
 458
 459       return al;
 460     } catch (Exception e)
 461     {
 462       e.printStackTrace();
 463       System.err.println("Failed to read alignment using the '" + format
 464               + "' reader.\n" + e);
 465
 466       if (e.getMessage() != null
 467               && e.getMessage().startsWith(INVALID_CHARACTERS))
 468       {
 469         throw new java.io.IOException(e.getMessage());
 470       }
 471
 472       // Finally test if the user has pasted just the sequence, no id
 473       if (type.equalsIgnoreCase("Paste"))
 474       {
 475         try
 476         {
 477           // Possible sequence is just residues with no label
 478           alignFile = new FastaFile(">UNKNOWN\n" + inFile, "Paste");
 479           Alignment al = new Alignment(alignFile.getSeqsAsArray());
 480           alignFile.addAnnotations(al);
 481           alignFile.addSeqGroups(al);
 482           return al;
 483
 484         } catch (Exception ex)
 485         {
 486           if (ex.toString().startsWith(INVALID_CHARACTERS))
 487           {
 488             throw new java.io.IOException(e.getMessage());
 489           }
 490
 491           ex.printStackTrace();
 492         }
 493       }
 494
 495       // If we get to this stage, the format was not supported
 496       throw new java.io.IOException(SUPPORTED_FORMATS);
 497     }
 498   }
 499
 500
 501   /**
 502    * create an alignment flatfile from a Jalview alignment view
 503    * @param format
 504    * @param jvsuffix
 505    * @param av
 506    * @param selectedOnly
 507    * @return flatfile in a string
 508    */
 509   public String formatSequences(String format, boolean jvsuffix,
 510           AlignViewportI av, boolean selectedOnly)
 511   {
 512
 513     AlignmentView selvew = av.getAlignmentView(selectedOnly, false);
 514     AlignmentI aselview = selvew.getVisibleAlignment(av
 515             .getGapCharacter());
 516     List<AlignmentAnnotation> ala = (av
 517             .getVisibleAlignmentAnnotation(selectedOnly));
 518     if (ala != null)
 519     {
 520       for (AlignmentAnnotation aa : ala)
 521       {
 522         aselview.addAnnotation(aa);
 523       }
 524     }
 525
 526     return formatSequences(format, aselview, jvsuffix);
 527   }
 528
 529   /**
 530    * Construct an output class for an alignment in a particular filetype TODO:
 531    * allow caller to detect errors and warnings encountered when generating
 532    * output
 533    *
 534    * @param format
 535    *          string name of alignment format
 536    * @param alignment
 537    *          the alignment to be written out
 538    * @param jvsuffix
 539    *          passed to AlnFile class controls whether /START-END is added to
 540    *          sequence names
 541    *
 542    * @return alignment flat file contents
 543    */
 544   public String formatSequences(String format, AlignmentI alignment,
 545           boolean jvsuffix)
 546   {
 547     try
 548     {
 549       AlignFile afile = null;
 550       if (format.equalsIgnoreCase("FASTA"))
 551       {
 552         afile = new FastaFile();
 553       }
 554       else if (format.equalsIgnoreCase("MSF"))
 555       {
 556         afile = new MSFfile();
 557       }
 558       else if (format.equalsIgnoreCase("PileUp"))
 559       {
 560         afile = new PileUpfile();
 561       }
 562       else if (format.equalsIgnoreCase("CLUSTAL"))
 563       {
 564         afile = new ClustalFile();
 565       }
 566       else if (format.equalsIgnoreCase("BLC"))
 567       {
 568         afile = new BLCFile();
 569       }
 570       else if (format.equalsIgnoreCase("PIR"))
 571       {
 572         afile = new PIRFile();
 573       }
 574       else if (format.equalsIgnoreCase("PFAM"))
 575       {
 576         afile = new PfamFile();
 577       }
 578       else if (format.equalsIgnoreCase("STH"))
 579       {
 580         afile = new StockholmFile(alignment);
 581       }
 582       else if (format.equalsIgnoreCase("AMSA"))
 583       {
 584         afile = new AMSAFile(alignment);
 585       }
 586       else if (format.equalsIgnoreCase(PhylipFile.FILE_DESC))
 587       {
 588         afile = new PhylipFile();
 589       }
 590        else if (format.equalsIgnoreCase(JSONFile.FILE_DESC))
 591        {
 592         afile = new JSONFile();
 593         afile.setViewport(viewport);
 594         // Add groups to AlignFile
 595         afile.seqGroups = alignment.getGroups();
 596
 597         // Add non auto calculated annotation to AlignFile
 598         for (AlignmentAnnotation annot : alignment.getAlignmentAnnotation())
 599         {
 600           if (annot != null && !annot.autoCalculated)
 601           {
 602             if (annot.label.equals("PDB.CATempFactor"))
 603             {
 604               continue;
 605             }
 606             afile.annotations.add(annot);
 607           }
 608         }
 609        }
 610       else if (format.equalsIgnoreCase("RNAML"))
 611       {
 612         afile = new RnamlFile();
 613       }
 614
 615       else
 616       {
 617         throw new Exception(MessageManager.getString("error.implementation_error_unknown_file_format_string"));
 618       }
 619       afile.setNewlineString(newline);
 620       afile.addJVSuffix(jvsuffix);
 621
 622       afile.setSeqs(alignment.getSequencesArray());
 623
 624
 625       String afileresp = afile.print();
 626       if (afile.hasWarningMessage())
 627       {
 628         System.err.println("Warning raised when writing as " + format
 629                 + " : " + afile.getWarningMessage());
 630       }
 631       return afileresp;
 632     } catch (Exception e)
 633     {
 634       System.err.println("Failed to write alignment as a '" + format
 635               + "' file\n");
 636       e.printStackTrace();
 637     }
 638
 639     return null;
 640   }
 641
 642   public static String checkProtocol(String file)
 643   {
 644     String protocol = FILE;
 645     String ft = file.toLowerCase().trim();
 646     if (ft.indexOf("http:") == 0 || ft.indexOf("https:") == 0
 647             || ft.indexOf("file:") == 0)
 648     {
 649       protocol = URL;
 650     }
 651     return protocol;
 652   }
 653
 654   public static void main(String[] args)
 655   {
 656     int i = 0;
 657     while (i < args.length)
 658     {
 659       File f = new File(args[i]);
 660       if (f.exists())
 661       {
 662         try
 663         {
 664           System.out.println("Reading file: " + f);
 665           AppletFormatAdapter afa = new AppletFormatAdapter();
 666           Runtime r = Runtime.getRuntime();
 667           System.gc();
 668           long memf = -r.totalMemory() + r.freeMemory();
 669           long t1 = -System.currentTimeMillis();
 670           Alignment al = afa.readFile(args[i], FILE,
 671                   new IdentifyFile().Identify(args[i], FILE));
 672           t1 += System.currentTimeMillis();
 673           System.gc();
 674           memf += r.totalMemory() - r.freeMemory();
 675           if (al != null)
 676           {
 677             System.out.println("Alignment contains " + al.getHeight()
 678                     + " sequences and " + al.getWidth() + " columns.");
 679             try
 680             {
 681               System.out.println(new AppletFormatAdapter().formatSequences(
 682                       "FASTA", al, true));
 683             } catch (Exception e)
 684             {
 685               System.err
 686               .println("Couln't format the alignment for output as a FASTA file.");
 687               e.printStackTrace(System.err);
 688             }
 689           }
 690           else
 691           {
 692             System.out.println("Couldn't read alignment");
 693           }
 694           System.out.println("Read took " + (t1 / 1000.0) + " seconds.");
 695           System.out
 696           .println("Difference between free memory now and before is "
 697                   + (memf / (1024.0 * 1024.0) * 1.0) + " MB");
 698         } catch (Exception e)
 699         {
 700           System.err.println("Exception when dealing with " + i
 701                   + "'th argument: " + args[i] + "\n" + e);
 702         }
 703       }
 704       else
 705       {
 706         System.err.println("Ignoring argument '" + args[i] + "' (" + i
 707                 + "'th)- not a readable file.");
 708       }
 709       i++;
 710     }
 711   }
 712
 713   /**
 714    * try to discover how to access the given file as a valid datasource that
 715    * will be identified as the given type.
 716    *
 717    * @param file
 718    * @param format
 719    * @return protocol that yields the data parsable as the given type
 720    */
 721   public static String resolveProtocol(String file, String format)
 722   {
 723     return resolveProtocol(file, format, false);
 724   }
 725
 726   public static String resolveProtocol(String file, String format,
 727           boolean debug)
 728   {
 729     // TODO: test thoroughly!
 730     String protocol = null;
 731     if (debug)
 732     {
 733       System.out.println("resolving datasource started with:\n>>file\n"
 734               + file + ">>endfile");
 735     }
 736
 737     // This might throw a security exception in certain browsers
 738     // Netscape Communicator for instance.
 739     try
 740     {
 741       boolean rtn = false;
 742       InputStream is = System.getSecurityManager().getClass()
 743               .getResourceAsStream("/" + file);
 744       if (is != null)
 745       {
 746         rtn = true;
 747         is.close();
 748       }
 749       if (debug)
 750       {
 751         System.err.println("Resource '" + file + "' was "
 752                 + (rtn ? "" : "not") + " located by classloader.");
 753       }
 754       ;
 755       if (rtn)
 756       {
 757         protocol = AppletFormatAdapter.CLASSLOADER;
 758       }
 759
 760     } catch (Exception ex)
 761     {
 762       System.err
 763       .println("Exception checking resources: " + file + " " + ex);
 764     }
 765
 766     if (file.indexOf("://") > -1)
 767     {
 768       protocol = AppletFormatAdapter.URL;
 769     }
 770     else
 771     {
 772       // skipping codebase prepend check.
 773       protocol = AppletFormatAdapter.FILE;
 774     }
 775     FileParse fp = null;
 776     try
 777     {
 778       if (debug)
 779       {
 780         System.out.println("Trying to get contents of resource as "
 781                 + protocol + ":");
 782       }
 783       fp = new FileParse(file, protocol);
 784       if (!fp.isValid())
 785       {
 786         fp = null;
 787       }
 788       else
 789       {
 790         if (debug)
 791         {
 792           System.out.println("Successful.");
 793         }
 794       }
 795     } catch (Exception e)
 796     {
 797       if (debug)
 798       {
 799         System.err.println("Exception when accessing content: " + e);
 800       }
 801       fp = null;
 802     }
 803     if (fp == null)
 804     {
 805       if (debug)
 806       {
 807         System.out.println("Accessing as paste.");
 808       }
 809       protocol = AppletFormatAdapter.PASTE;
 810       fp = null;
 811       try
 812       {
 813         fp = new FileParse(file, protocol);
 814         if (!fp.isValid())
 815         {
 816           fp = null;
 817         }
 818       } catch (Exception e)
 819       {
 820         System.err.println("Failed to access content as paste!");
 821         e.printStackTrace();
 822         fp = null;
 823       }
 824     }
 825     if (fp == null)
 826     {
 827       return null;
 828     }
 829     if (format == null || format.length() == 0)
 830     {
 831       return protocol;
 832     }
 833     else
 834     {
 835       try
 836       {
 837         String idformat = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file,
 838                 protocol);
 839         if (idformat == null)
 840         {
 841           if (debug)
 842           {
 843             System.out.println("Format not identified. Inaccessible file.");
 844           }
 845           return null;
 846         }
 847         if (debug)
 848         {
 849           System.out.println("Format identified as " + idformat
 850                   + "and expected as " + format);
 851         }
 852         if (idformat.equals(format))
 853         {
 854           if (debug)
 855           {
 856             System.out.println("Protocol identified as " + protocol);
 857           }
 858           return protocol;
 859         }
 860         else
 861         {
 862           if (debug)
 863           {
 864             System.out
 865             .println("File deemed not accessible via " + protocol);
 866           }
 867           fp.close();
 868           return null;
 869         }
 870       } catch (Exception e)
 871       {
 872         if (debug)
 873         {
 874           System.err.println("File deemed not accessible via " + protocol);
 875           e.printStackTrace();
 876         }
 877         ;
 878
 879       }
 880     }
 881     return null;
 882   }
 883
 884   public AlignFile getAlignFile()
 885   {
 886     return alignFile;
 887   }
 888
 889   public void setAlignFile(AlignFile alignFile)
 890   {
 891     this.alignFile = alignFile;
 892   }
 893 }