src/jalview/io/AppletFormatAdapter.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.datamodel.Alignment;
  25 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  28 import jalview.util.MessageManager;
  29
  30 import java.io.File;
  31 import java.io.InputStream;
  32 import java.util.List;
  33
  34 /**
  35  * A low level class for alignment and feature IO with alignment formatting
  36  * methods used by both applet and application for generating flat alignment
  37  * files. It also holds the lists of magic format names that the applet and
  38  * application will allow the user to read or write files with.
  39  *
  40  * @author $author$
  41  * @version $Revision$
  42  */
  43 public class AppletFormatAdapter
  44 {
  45   /**
  46    * List of valid format strings used in the isValidFormat method
  47    */
  48   public static final String[] READABLE_FORMATS = new String[]
  49   { "BLC", "CLUSTAL", "FASTA", "MSF", "PileUp", "PIR", "PFAM", "STH",
  50       "PDB", "JnetFile", "RNAML", PhylipFile.FILE_DESC, JSONFile.FILE_DESC,
  51       "HTML" };
  52
  53   /**
  54    * List of readable format file extensions by application in order
  55    * corresponding to READABLE_FNAMES
  56    */
  57   public static final String[] READABLE_EXTENSIONS = new String[]
  58   { "fa, fasta, mfa, fastq", "aln", "pfam", "msf", "pir", "blc", "amsa",
  59       "sto,stk", "xml,rnaml", PhylipFile.FILE_EXT, JSONFile.FILE_EXT,
  60       "jar,jvp", "html" };
  61
  62   /**
  63    * List of readable formats by application in order corresponding to
  64    * READABLE_EXTENSIONS
  65    */
  66   public static final String[] READABLE_FNAMES = new String[]
  67   { "Fasta", "Clustal", "PFAM", "MSF", "PIR", "BLC", "AMSA", "Stockholm",
  68       "RNAML", PhylipFile.FILE_DESC, JSONFile.FILE_DESC, "Jalview", "HTML" };
  69
  70   /**
  71    * List of valid format strings for use by callers of the formatSequences
  72    * method
  73    */
  74   public static final String[] WRITEABLE_FORMATS = new String[]
  75           { "BLC", "CLUSTAL", "FASTA", "MSF", "PileUp", "PIR", "PFAM", "AMSA",
  76     "STH", PhylipFile.FILE_DESC, JSONFile.FILE_DESC };
  77
  78   /**
  79    * List of extensions corresponding to file format types in WRITABLE_FNAMES
  80    * that are writable by the application.
  81    */
  82   public static final String[] WRITABLE_EXTENSIONS = new String[]
  83   { "fa, fasta, mfa, fastq", "aln", "pfam", "msf", "pir", "blc", "amsa",
  84       "sto,stk", PhylipFile.FILE_EXT, JSONFile.FILE_EXT, "jvp" };
  85
  86   /**
  87    * List of writable formats by the application. Order must correspond with the
  88    * WRITABLE_EXTENSIONS list of formats.
  89    */
  90   public static final String[] WRITABLE_FNAMES = new String[]
  91   { "Fasta", "Clustal", "PFAM", "MSF", "PIR", "BLC", "AMSA", "STH",
  92       PhylipFile.FILE_DESC, JSONFile.FILE_DESC, "Jalview" };
  93
  94   public static String INVALID_CHARACTERS = "Contains invalid characters";
  95
  96   // TODO: make these messages dynamic
  97   public static String SUPPORTED_FORMATS = "Formats currently supported are\n"
  98           + prettyPrint(READABLE_FORMATS);
  99
 100   /**
 101    *
 102    * @param els
 103    * @return grammatically correct(ish) list consisting of els elements.
 104    */
 105   public static String prettyPrint(String[] els)
 106   {
 107     StringBuffer list = new StringBuffer();
 108     for (int i = 0, iSize = els.length - 1; i < iSize; i++)
 109     {
 110       list.append(els[i]);
 111       list.append(", ");
 112     }
 113     list.append(" and " + els[els.length - 1] + ".");
 114     return list.toString();
 115   }
 116
 117   public static String FILE = "File";
 118
 119   public static String URL = "URL";
 120
 121   public static String PASTE = "Paste";
 122
 123   public static String CLASSLOADER = "ClassLoader";
 124
 125   /**
 126    * add jalview-derived non-secondary structure annotation from PDB structure
 127    */
 128   boolean annotFromStructure = false;
 129
 130   /**
 131    * add secondary structure from PDB data with built-in algorithms
 132    */
 133   boolean localSecondaryStruct = false;
 134
 135   /**
 136    * process PDB data with web services
 137    */
 138   boolean serviceSecondaryStruct = false;
 139
 140   AlignFile afile = null;
 141
 142   String inFile;
 143
 144   /**
 145    * character used to write newlines
 146    */
 147   protected String newline = System.getProperty("line.separator");
 148
 149   public void setNewlineString(String nl)
 150   {
 151     newline = nl;
 152   }
 153
 154   public String getNewlineString()
 155   {
 156     return newline;
 157   }
 158
 159   /**
 160    * check that this format is valid for reading
 161    *
 162    * @param format
 163    *          a format string to be compared with READABLE_FORMATS
 164    * @return true if format is readable
 165    */
 166   public static final boolean isValidFormat(String format)
 167   {
 168     return isValidFormat(format, false);
 169   }
 170
 171   /**
 172    * validate format is valid for IO
 173    *
 174    * @param format
 175    *          a format string to be compared with either READABLE_FORMATS or
 176    *          WRITEABLE_FORMATS
 177    * @param forwriting
 178    *          when true, format is checked for containment in WRITEABLE_FORMATS
 179    * @return true if format is valid
 180    */
 181   public static final boolean isValidFormat(String format,
 182           boolean forwriting)
 183   {
 184     boolean valid = false;
 185     String[] format_list = (forwriting) ? WRITEABLE_FORMATS
 186             : READABLE_FORMATS;
 187     for (String element : format_list)
 188     {
 189       if (element.equalsIgnoreCase(format))
 190       {
 191         return true;
 192       }
 193     }
 194
 195     return valid;
 196   }
 197
 198   /**
 199    * Constructs the correct filetype parser for a characterised datasource
 200    *
 201    * @param inFile
 202    *          data/data location
 203    * @param type
 204    *          type of datasource
 205    * @param format
 206    *          File format of data provided by datasource
 207    *
 208    * @return DOCUMENT ME!
 209    */
 210   public Alignment readFile(String inFile, String type, String format)
 211           throws java.io.IOException
 212   {
 213     // TODO: generalise mapping between format string and io. class instances
 214     // using Constructor.invoke reflection
 215     this.inFile = inFile;
 216     try
 217     {
 218       if (format.equals("FASTA"))
 219       {
 220         afile = new FastaFile(inFile, type);
 221       }
 222       else if (format.equals("MSF"))
 223       {
 224         afile = new MSFfile(inFile, type);
 225       }
 226       else if (format.equals("PileUp"))
 227       {
 228         afile = new PileUpfile(inFile, type);
 229       }
 230       else if (format.equals("CLUSTAL"))
 231       {
 232         afile = new ClustalFile(inFile, type);
 233       }
 234       else if (format.equals("BLC"))
 235       {
 236         afile = new BLCFile(inFile, type);
 237       }
 238       else if (format.equals("PIR"))
 239       {
 240         afile = new PIRFile(inFile, type);
 241       }
 242       else if (format.equals("PFAM"))
 243       {
 244         afile = new PfamFile(inFile, type);
 245       }
 246       else if (format.equals("JnetFile"))
 247       {
 248         afile = new JPredFile(inFile, type);
 249         ((JPredFile) afile).removeNonSequences();
 250       }
 251       else if (format.equals("PDB"))
 252       {
 253         afile = new MCview.PDBfile(annotFromStructure,
 254                 localSecondaryStruct, serviceSecondaryStruct, inFile, type);
 255         // Uncomment to test Jmol data based PDB processing: JAL-1213
 256         // afile = new jalview.ext.jmol.PDBFileWithJmol(inFile, type);
 257       }
 258       else if (format.equals("STH"))
 259       {
 260         afile = new StockholmFile(inFile, type);
 261       }
 262       else if (format.equals("SimpleBLAST"))
 263       {
 264         afile = new SimpleBlastFile(inFile, type);
 265       }
 266       else if (format.equals(PhylipFile.FILE_DESC))
 267       {
 268         afile = new PhylipFile(inFile, type);
 269       }
 270        else if (format.equals(JSONFile.FILE_DESC))
 271        {
 272        afile = new JSONFile(inFile, type);
 273        }
 274       else if (format.equals("RNAML"))
 275       {
 276         afile = new RnamlFile(inFile, type);
 277       }
 278
 279       Alignment al = new Alignment(afile.getSeqsAsArray());
 280
 281       afile.addAnnotations(al);
 282       afile.addSeqGroups(al);
 283
 284       return al;
 285     } catch (Exception e)
 286     {
 287       e.printStackTrace();
 288       System.err.println("Failed to read alignment using the '" + format
 289               + "' reader.\n" + e);
 290
 291       if (e.getMessage() != null
 292               && e.getMessage().startsWith(INVALID_CHARACTERS))
 293       {
 294         throw new java.io.IOException(e.getMessage());
 295       }
 296
 297       // Finally test if the user has pasted just the sequence, no id
 298       if (type.equalsIgnoreCase("Paste"))
 299       {
 300         try
 301         {
 302           // Possible sequence is just residues with no label
 303           afile = new FastaFile(">UNKNOWN\n" + inFile, "Paste");
 304           Alignment al = new Alignment(afile.getSeqsAsArray());
 305
 306           afile.addSeqGroups(al);
 307           afile.addAnnotations(al);
 308           return al;
 309
 310         } catch (Exception ex)
 311         {
 312           if (ex.toString().startsWith(INVALID_CHARACTERS))
 313           {
 314             throw new java.io.IOException(e.getMessage());
 315           }
 316
 317           ex.printStackTrace();
 318         }
 319       }
 320
 321       // If we get to this stage, the format was not supported
 322       throw new java.io.IOException(SUPPORTED_FORMATS);
 323     }
 324   }
 325
 326   /**
 327    * Constructs the correct filetype parser for an already open datasource
 328    *
 329    * @param source
 330    *          an existing datasource
 331    * @param format
 332    *          File format of data that will be provided by datasource
 333    *
 334    * @return DOCUMENT ME!
 335    */
 336   public AlignmentI readFromFile(FileParse source, String format)
 337           throws java.io.IOException
 338   {
 339     // TODO: generalise mapping between format string and io. class instances
 340     // using Constructor.invoke reflection
 341     // This is exactly the same as the readFile method except we substitute
 342     // 'inFile, type' with 'source'
 343     this.inFile = source.getInFile();
 344     String type = source.type;
 345     try
 346     {
 347       if (format.equals("FASTA"))
 348       {
 349         afile = new FastaFile(source);
 350       }
 351       else if (format.equals("MSF"))
 352       {
 353         afile = new MSFfile(source);
 354       }
 355       else if (format.equals("PileUp"))
 356       {
 357         afile = new PileUpfile(source);
 358       }
 359       else if (format.equals("CLUSTAL"))
 360       {
 361         afile = new ClustalFile(source);
 362       }
 363       else if (format.equals("BLC"))
 364       {
 365         afile = new BLCFile(source);
 366       }
 367       else if (format.equals("PIR"))
 368       {
 369         afile = new PIRFile(source);
 370       }
 371       else if (format.equals("PFAM"))
 372       {
 373         afile = new PfamFile(source);
 374       }
 375       else if (format.equals("JnetFile"))
 376       {
 377         afile = new JPredFile(source);
 378         ((JPredFile) afile).removeNonSequences();
 379       }
 380       else if (format.equals("PDB"))
 381       {
 382         afile = new MCview.PDBfile(annotFromStructure,
 383                 localSecondaryStruct, serviceSecondaryStruct, source);
 384       }
 385       else if (format.equals("STH"))
 386       {
 387         afile = new StockholmFile(source);
 388       }
 389       else if (format.equals("RNAML"))
 390       {
 391         afile = new RnamlFile(source);
 392       }
 393       else if (format.equals("SimpleBLAST"))
 394       {
 395         afile = new SimpleBlastFile(source);
 396       }
 397       else if (format.equals(PhylipFile.FILE_DESC))
 398       {
 399         afile = new PhylipFile(source);
 400       }
 401        else if (format.equals(JSONFile.FILE_DESC))
 402        {
 403        afile = new JSONFile(source);
 404        }
 405       Alignment al = new Alignment(afile.getSeqsAsArray());
 406
 407       afile.addAnnotations(al);
 408       afile.addSeqGroups(al);
 409
 410       return al;
 411     } catch (Exception e)
 412     {
 413       e.printStackTrace();
 414       System.err.println("Failed to read alignment using the '" + format
 415               + "' reader.\n" + e);
 416
 417       if (e.getMessage() != null
 418               && e.getMessage().startsWith(INVALID_CHARACTERS))
 419       {
 420         throw new java.io.IOException(e.getMessage());
 421       }
 422
 423       // Finally test if the user has pasted just the sequence, no id
 424       if (type.equalsIgnoreCase("Paste"))
 425       {
 426         try
 427         {
 428           // Possible sequence is just residues with no label
 429           afile = new FastaFile(">UNKNOWN\n" + inFile, "Paste");
 430           Alignment al = new Alignment(afile.getSeqsAsArray());
 431           afile.addAnnotations(al);
 432           afile.addSeqGroups(al);
 433           return al;
 434
 435         } catch (Exception ex)
 436         {
 437           if (ex.toString().startsWith(INVALID_CHARACTERS))
 438           {
 439             throw new java.io.IOException(e.getMessage());
 440           }
 441
 442           ex.printStackTrace();
 443         }
 444       }
 445
 446       // If we get to this stage, the format was not supported
 447       throw new java.io.IOException(SUPPORTED_FORMATS);
 448     }
 449   }
 450
 451
 452   /**
 453    * create an alignment flatfile from a Jalview alignment view
 454    * @param format
 455    * @param jvsuffix
 456    * @param av
 457    * @param selectedOnly
 458    * @return flatfile in a string
 459    */
 460   public String formatSequences(String format, boolean jvsuffix,
 461           AlignViewportI av, boolean selectedOnly)
 462   {
 463
 464     AlignmentView selvew = av.getAlignmentView(selectedOnly, false);
 465     AlignmentI aselview = selvew.getVisibleAlignment(av
 466             .getGapCharacter());
 467     List<AlignmentAnnotation> ala = (av
 468             .getVisibleAlignmentAnnotation(selectedOnly));
 469     if (ala != null)
 470     {
 471       for (AlignmentAnnotation aa : ala)
 472       {
 473         aselview.addAnnotation(aa);
 474       }
 475     }
 476
 477     return formatSequences(format, aselview, jvsuffix);
 478   }
 479
 480   /**
 481    * Construct an output class for an alignment in a particular filetype TODO:
 482    * allow caller to detect errors and warnings encountered when generating
 483    * output
 484    *
 485    * @param format
 486    *          string name of alignment format
 487    * @param alignment
 488    *          the alignment to be written out
 489    * @param jvsuffix
 490    *          passed to AlnFile class controls whether /START-END is added to
 491    *          sequence names
 492    *
 493    * @return alignment flat file contents
 494    */
 495   public String formatSequences(String format, AlignmentI alignment,
 496           boolean jvsuffix)
 497   {
 498     try
 499     {
 500       AlignFile afile = null;
 501       if (format.equalsIgnoreCase("FASTA"))
 502       {
 503         afile = new FastaFile();
 504       }
 505       else if (format.equalsIgnoreCase("MSF"))
 506       {
 507         afile = new MSFfile();
 508       }
 509       else if (format.equalsIgnoreCase("PileUp"))
 510       {
 511         afile = new PileUpfile();
 512       }
 513       else if (format.equalsIgnoreCase("CLUSTAL"))
 514       {
 515         afile = new ClustalFile();
 516       }
 517       else if (format.equalsIgnoreCase("BLC"))
 518       {
 519         afile = new BLCFile();
 520       }
 521       else if (format.equalsIgnoreCase("PIR"))
 522       {
 523         afile = new PIRFile();
 524       }
 525       else if (format.equalsIgnoreCase("PFAM"))
 526       {
 527         afile = new PfamFile();
 528       }
 529       else if (format.equalsIgnoreCase("STH"))
 530       {
 531         afile = new StockholmFile(alignment);
 532       }
 533       else if (format.equalsIgnoreCase("AMSA"))
 534       {
 535         afile = new AMSAFile(alignment);
 536       }
 537       else if (format.equalsIgnoreCase(PhylipFile.FILE_DESC))
 538       {
 539         afile = new PhylipFile();
 540       }
 541        else if (format.equalsIgnoreCase(JSONFile.FILE_DESC))
 542        {
 543         afile = new JSONFile();
 544         // Add groups to AlignFile
 545         afile.seqGroups = alignment.getGroups();
 546
 547         // Add non auto calculated annotation to AlignFile
 548         for (AlignmentAnnotation annot : alignment.getAlignmentAnnotation())
 549         {
 550           if (annot != null && !annot.autoCalculated)
 551           {
 552             if (annot.label.equals("PDB.CATempFactor"))
 553             {
 554               continue;
 555             }
 556             afile.annotations.add(annot);
 557           }
 558         }
 559        }
 560       else if (format.equalsIgnoreCase("RNAML"))
 561       {
 562         afile = new RnamlFile();
 563       }
 564
 565       else
 566       {
 567         throw new Exception(MessageManager.getString("error.implementation_error_unknown_file_format_string"));
 568       }
 569       afile.setNewlineString(newline);
 570       afile.addJVSuffix(jvsuffix);
 571
 572       afile.setSeqs(alignment.getSequencesArray());
 573
 574
 575       String afileresp = afile.print();
 576       if (afile.hasWarningMessage())
 577       {
 578         System.err.println("Warning raised when writing as " + format
 579                 + " : " + afile.getWarningMessage());
 580       }
 581       return afileresp;
 582     } catch (Exception e)
 583     {
 584       System.err.println("Failed to write alignment as a '" + format
 585               + "' file\n");
 586       e.printStackTrace();
 587     }
 588
 589     return null;
 590   }
 591
 592   public static String checkProtocol(String file)
 593   {
 594     String protocol = FILE;
 595     String ft = file.toLowerCase().trim();
 596     if (ft.indexOf("http:") == 0 || ft.indexOf("https:") == 0
 597             || ft.indexOf("file:") == 0)
 598     {
 599       protocol = URL;
 600     }
 601     return protocol;
 602   }
 603
 604   public static void main(String[] args)
 605   {
 606     int i = 0;
 607     while (i < args.length)
 608     {
 609       File f = new File(args[i]);
 610       if (f.exists())
 611       {
 612         try
 613         {
 614           System.out.println("Reading file: " + f);
 615           AppletFormatAdapter afa = new AppletFormatAdapter();
 616           Runtime r = Runtime.getRuntime();
 617           System.gc();
 618           long memf = -r.totalMemory() + r.freeMemory();
 619           long t1 = -System.currentTimeMillis();
 620           Alignment al = afa.readFile(args[i], FILE,
 621                   new IdentifyFile().Identify(args[i], FILE));
 622           t1 += System.currentTimeMillis();
 623           System.gc();
 624           memf += r.totalMemory() - r.freeMemory();
 625           if (al != null)
 626           {
 627             System.out.println("Alignment contains " + al.getHeight()
 628                     + " sequences and " + al.getWidth() + " columns.");
 629             try
 630             {
 631               System.out.println(new AppletFormatAdapter().formatSequences(
 632                       "FASTA", al, true));
 633             } catch (Exception e)
 634             {
 635               System.err
 636               .println("Couln't format the alignment for output as a FASTA file.");
 637               e.printStackTrace(System.err);
 638             }
 639           }
 640           else
 641           {
 642             System.out.println("Couldn't read alignment");
 643           }
 644           System.out.println("Read took " + (t1 / 1000.0) + " seconds.");
 645           System.out
 646           .println("Difference between free memory now and before is "
 647                   + (memf / (1024.0 * 1024.0) * 1.0) + " MB");
 648         } catch (Exception e)
 649         {
 650           System.err.println("Exception when dealing with " + i
 651                   + "'th argument: " + args[i] + "\n" + e);
 652         }
 653       }
 654       else
 655       {
 656         System.err.println("Ignoring argument '" + args[i] + "' (" + i
 657                 + "'th)- not a readable file.");
 658       }
 659       i++;
 660     }
 661   }
 662
 663   /**
 664    * try to discover how to access the given file as a valid datasource that
 665    * will be identified as the given type.
 666    *
 667    * @param file
 668    * @param format
 669    * @return protocol that yields the data parsable as the given type
 670    */
 671   public static String resolveProtocol(String file, String format)
 672   {
 673     return resolveProtocol(file, format, false);
 674   }
 675
 676   public static String resolveProtocol(String file, String format,
 677           boolean debug)
 678   {
 679     // TODO: test thoroughly!
 680     String protocol = null;
 681     if (debug)
 682     {
 683       System.out.println("resolving datasource started with:\n>>file\n"
 684               + file + ">>endfile");
 685     }
 686
 687     // This might throw a security exception in certain browsers
 688     // Netscape Communicator for instance.
 689     try
 690     {
 691       boolean rtn = false;
 692       InputStream is = System.getSecurityManager().getClass()
 693               .getResourceAsStream("/" + file);
 694       if (is != null)
 695       {
 696         rtn = true;
 697         is.close();
 698       }
 699       if (debug)
 700       {
 701         System.err.println("Resource '" + file + "' was "
 702                 + (rtn ? "" : "not") + " located by classloader.");
 703       }
 704       ;
 705       if (rtn)
 706       {
 707         protocol = AppletFormatAdapter.CLASSLOADER;
 708       }
 709
 710     } catch (Exception ex)
 711     {
 712       System.err
 713       .println("Exception checking resources: " + file + " " + ex);
 714     }
 715
 716     if (file.indexOf("://") > -1)
 717     {
 718       protocol = AppletFormatAdapter.URL;
 719     }
 720     else
 721     {
 722       // skipping codebase prepend check.
 723       protocol = AppletFormatAdapter.FILE;
 724     }
 725     FileParse fp = null;
 726     try
 727     {
 728       if (debug)
 729       {
 730         System.out.println("Trying to get contents of resource as "
 731                 + protocol + ":");
 732       }
 733       fp = new FileParse(file, protocol);
 734       if (!fp.isValid())
 735       {
 736         fp = null;
 737       }
 738       else
 739       {
 740         if (debug)
 741         {
 742           System.out.println("Successful.");
 743         }
 744       }
 745     } catch (Exception e)
 746     {
 747       if (debug)
 748       {
 749         System.err.println("Exception when accessing content: " + e);
 750       }
 751       fp = null;
 752     }
 753     if (fp == null)
 754     {
 755       if (debug)
 756       {
 757         System.out.println("Accessing as paste.");
 758       }
 759       protocol = AppletFormatAdapter.PASTE;
 760       fp = null;
 761       try
 762       {
 763         fp = new FileParse(file, protocol);
 764         if (!fp.isValid())
 765         {
 766           fp = null;
 767         }
 768       } catch (Exception e)
 769       {
 770         System.err.println("Failed to access content as paste!");
 771         e.printStackTrace();
 772         fp = null;
 773       }
 774     }
 775     if (fp == null)
 776     {
 777       return null;
 778     }
 779     if (format == null || format.length() == 0)
 780     {
 781       return protocol;
 782     }
 783     else
 784     {
 785       try
 786       {
 787         String idformat = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file,
 788                 protocol);
 789         if (idformat == null)
 790         {
 791           if (debug)
 792           {
 793             System.out.println("Format not identified. Inaccessible file.");
 794           }
 795           return null;
 796         }
 797         if (debug)
 798         {
 799           System.out.println("Format identified as " + idformat
 800                   + "and expected as " + format);
 801         }
 802         if (idformat.equals(format))
 803         {
 804           if (debug)
 805           {
 806             System.out.println("Protocol identified as " + protocol);
 807           }
 808           return protocol;
 809         }
 810         else
 811         {
 812           if (debug)
 813           {
 814             System.out
 815             .println("File deemed not accessible via " + protocol);
 816           }
 817           fp.close();
 818           return null;
 819         }
 820       } catch (Exception e)
 821       {
 822         if (debug)
 823         {
 824           System.err.println("File deemed not accessible via " + protocol);
 825           e.printStackTrace();
 826         }
 827         ;
 828
 829       }
 830     }
 831     return null;
 832   }
 833 }