src/jalview/io/AppletFormatAdapter.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.datamodel.Alignment;
  25 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  28 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  29 import jalview.util.MessageManager;
  30
  31 import java.io.File;
  32 import java.io.InputStream;
  33 import java.util.List;
  34
  35 /**
  36  * A low level class for alignment and feature IO with alignment formatting
  37  * methods used by both applet and application for generating flat alignment
  38  * files. It also holds the lists of magic format names that the applet and
  39  * application will allow the user to read or write files with.
  40  *
  41  * @author $author$
  42  * @version $Revision$
  43  */
  44 public class AppletFormatAdapter
  45 {
  46   /**
  47    * List of valid format strings used in the isValidFormat method
  48    */
  49   public static final String[] READABLE_FORMATS = new String[]
  50   { "BLC", "CLUSTAL", "FASTA", "MSF", "PileUp", "PIR", "PFAM", "STH",
  51       "PDB", "JnetFile", "RNAML", PhylipFile.FILE_DESC, JSONFile.FILE_DESC,
  52       "HTML" };
  53
  54   /**
  55    * List of readable format file extensions by application in order
  56    * corresponding to READABLE_FNAMES
  57    */
  58   public static final String[] READABLE_EXTENSIONS = new String[]
  59   { "fa, fasta, mfa, fastq", "aln", "pfam", "msf", "pir", "blc", "amsa",
  60       "sto,stk", "xml,rnaml", PhylipFile.FILE_EXT, JSONFile.FILE_EXT,
  61       "jar,jvp", HtmlFile.FILE_EXT };
  62
  63   /**
  64    * List of readable formats by application in order corresponding to
  65    * READABLE_EXTENSIONS
  66    */
  67   public static final String[] READABLE_FNAMES = new String[]
  68   { "Fasta", "Clustal", "PFAM", "MSF", "PIR", "BLC", "AMSA", "Stockholm",
  69       "RNAML", PhylipFile.FILE_DESC, JSONFile.FILE_DESC, "Jalview",
  70       HtmlFile.FILE_DESC };
  71
  72   /**
  73    * List of valid format strings for use by callers of the formatSequences
  74    * method
  75    */
  76   public static final String[] WRITEABLE_FORMATS = new String[]
  77           { "BLC", "CLUSTAL", "FASTA", "MSF", "PileUp", "PIR", "PFAM", "AMSA",
  78     "STH", PhylipFile.FILE_DESC, JSONFile.FILE_DESC };
  79
  80   /**
  81    * List of extensions corresponding to file format types in WRITABLE_FNAMES
  82    * that are writable by the application.
  83    */
  84   public static final String[] WRITABLE_EXTENSIONS = new String[]
  85   { "fa, fasta, mfa, fastq", "aln", "pfam", "msf", "pir", "blc", "amsa",
  86       "sto,stk", PhylipFile.FILE_EXT, JSONFile.FILE_EXT, "jvp" };
  87
  88   /**
  89    * List of writable formats by the application. Order must correspond with the
  90    * WRITABLE_EXTENSIONS list of formats.
  91    */
  92   public static final String[] WRITABLE_FNAMES = new String[]
  93   { "Fasta", "Clustal", "PFAM", "MSF", "PIR", "BLC", "AMSA", "STH",
  94       PhylipFile.FILE_DESC, JSONFile.FILE_DESC, "Jalview" };
  95
  96   public static String INVALID_CHARACTERS = "Contains invalid characters";
  97
  98   // TODO: make these messages dynamic
  99   public static String SUPPORTED_FORMATS = "Formats currently supported are\n"
 100           + prettyPrint(READABLE_FORMATS);
 101
 102   /**
 103    *
 104    * @param els
 105    * @return grammatically correct(ish) list consisting of els elements.
 106    */
 107   public static String prettyPrint(String[] els)
 108   {
 109     StringBuffer list = new StringBuffer();
 110     for (int i = 0, iSize = els.length - 1; i < iSize; i++)
 111     {
 112       list.append(els[i]);
 113       list.append(", ");
 114     }
 115     list.append(" and " + els[els.length - 1] + ".");
 116     return list.toString();
 117   }
 118
 119   public static String FILE = "File";
 120
 121   public static String URL = "URL";
 122
 123   public static String PASTE = "Paste";
 124
 125   public static String CLASSLOADER = "ClassLoader";
 126
 127   /**
 128    * add jalview-derived non-secondary structure annotation from PDB structure
 129    */
 130   boolean annotFromStructure = false;
 131
 132   /**
 133    * add secondary structure from PDB data with built-in algorithms
 134    */
 135   boolean localSecondaryStruct = false;
 136
 137   /**
 138    * process PDB data with web services
 139    */
 140   boolean serviceSecondaryStruct = false;
 141
 142   AlignFile afile = null;
 143
 144   String inFile;
 145
 146   /**
 147    * character used to write newlines
 148    */
 149   protected String newline = System.getProperty("line.separator");
 150
 151   public void setNewlineString(String nl)
 152   {
 153     newline = nl;
 154   }
 155
 156   public String getNewlineString()
 157   {
 158     return newline;
 159   }
 160
 161   /**
 162    * check that this format is valid for reading
 163    *
 164    * @param format
 165    *          a format string to be compared with READABLE_FORMATS
 166    * @return true if format is readable
 167    */
 168   public static final boolean isValidFormat(String format)
 169   {
 170     return isValidFormat(format, false);
 171   }
 172
 173   /**
 174    * validate format is valid for IO
 175    *
 176    * @param format
 177    *          a format string to be compared with either READABLE_FORMATS or
 178    *          WRITEABLE_FORMATS
 179    * @param forwriting
 180    *          when true, format is checked for containment in WRITEABLE_FORMATS
 181    * @return true if format is valid
 182    */
 183   public static final boolean isValidFormat(String format,
 184           boolean forwriting)
 185   {
 186     boolean valid = false;
 187     String[] format_list = (forwriting) ? WRITEABLE_FORMATS
 188             : READABLE_FORMATS;
 189     for (String element : format_list)
 190     {
 191       if (element.equalsIgnoreCase(format))
 192       {
 193         return true;
 194       }
 195     }
 196
 197     return valid;
 198   }
 199
 200   /**
 201    * Constructs the correct filetype parser for a characterised datasource
 202    *
 203    * @param inFile
 204    *          data/data location
 205    * @param type
 206    *          type of datasource
 207    * @param format
 208    *          File format of data provided by datasource
 209    *
 210    * @return DOCUMENT ME!
 211    */
 212   public Alignment readFile(String inFile, String type, String format)
 213           throws java.io.IOException
 214   {
 215     // TODO: generalise mapping between format string and io. class instances
 216     // using Constructor.invoke reflection
 217     this.inFile = inFile;
 218     try
 219     {
 220       Alignment al;
 221       if (format.equals("FASTA"))
 222       {
 223         afile = new FastaFile(inFile, type);
 224       }
 225       else if (format.equals("MSF"))
 226       {
 227         afile = new MSFfile(inFile, type);
 228       }
 229       else if (format.equals("PileUp"))
 230       {
 231         afile = new PileUpfile(inFile, type);
 232       }
 233       else if (format.equals("CLUSTAL"))
 234       {
 235         afile = new ClustalFile(inFile, type);
 236       }
 237       else if (format.equals("BLC"))
 238       {
 239         afile = new BLCFile(inFile, type);
 240       }
 241       else if (format.equals("PIR"))
 242       {
 243         afile = new PIRFile(inFile, type);
 244       }
 245       else if (format.equals("PFAM"))
 246       {
 247         afile = new PfamFile(inFile, type);
 248       }
 249       else if (format.equals("JnetFile"))
 250       {
 251         afile = new JPredFile(inFile, type);
 252         ((JPredFile) afile).removeNonSequences();
 253       }
 254       else if (format.equals("PDB"))
 255       {
 256         afile = new MCview.PDBfile(annotFromStructure,
 257                 localSecondaryStruct, serviceSecondaryStruct, inFile, type);
 258         // Uncomment to test Jmol data based PDB processing: JAL-1213
 259         // afile = new jalview.ext.jmol.PDBFileWithJmol(inFile, type);
 260       }
 261       else if (format.equals("STH"))
 262       {
 263         afile = new StockholmFile(inFile, type);
 264       }
 265       else if (format.equals("SimpleBLAST"))
 266       {
 267         afile = new SimpleBlastFile(inFile, type);
 268       }
 269       else if (format.equals(PhylipFile.FILE_DESC))
 270       {
 271         afile = new PhylipFile(inFile, type);
 272       }
 273       else if (format.equals(JSONFile.FILE_DESC))
 274       {
 275         afile = new JSONFile(inFile, type);
 276         al = new Alignment(afile.getSeqsAsArray());
 277         afile.addAnnotations(al);
 278         for (SequenceGroup sg : afile.getSeqGroups())
 279         {
 280           al.addGroup(sg);
 281         }
 282         return al;
 283       }
 284       else if (format.equals(HtmlFile.FILE_DESC))
 285       {
 286         afile = new HtmlFile(inFile, type);
 287         al = new Alignment(afile.getSeqsAsArray());
 288         afile.addAnnotations(al);
 289         for (SequenceGroup sg : afile.getSeqGroups())
 290         {
 291           al.addGroup(sg);
 292         }
 293         return al;
 294       }
 295       else if (format.equals("RNAML"))
 296       {
 297         afile = new RnamlFile(inFile, type);
 298       }
 299
 300       al = new Alignment(afile.getSeqsAsArray());
 301
 302       afile.addAnnotations(al);
 303
 304       return al;
 305     } catch (Exception e)
 306     {
 307       e.printStackTrace();
 308       System.err.println("Failed to read alignment using the '" + format
 309               + "' reader.\n" + e);
 310
 311       if (e.getMessage() != null
 312               && e.getMessage().startsWith(INVALID_CHARACTERS))
 313       {
 314         throw new java.io.IOException(e.getMessage());
 315       }
 316
 317       // Finally test if the user has pasted just the sequence, no id
 318       if (type.equalsIgnoreCase("Paste"))
 319       {
 320         try
 321         {
 322           // Possible sequence is just residues with no label
 323           afile = new FastaFile(">UNKNOWN\n" + inFile, "Paste");
 324           Alignment al = new Alignment(afile.getSeqsAsArray());
 325
 326           afile.addSeqGroups(al);
 327           afile.addAnnotations(al);
 328           return al;
 329
 330         } catch (Exception ex)
 331         {
 332           if (ex.toString().startsWith(INVALID_CHARACTERS))
 333           {
 334             throw new java.io.IOException(e.getMessage());
 335           }
 336
 337           ex.printStackTrace();
 338         }
 339       }
 340
 341       // If we get to this stage, the format was not supported
 342       throw new java.io.IOException(SUPPORTED_FORMATS);
 343     }
 344   }
 345
 346   /**
 347    * Constructs the correct filetype parser for an already open datasource
 348    *
 349    * @param source
 350    *          an existing datasource
 351    * @param format
 352    *          File format of data that will be provided by datasource
 353    *
 354    * @return DOCUMENT ME!
 355    */
 356   public AlignmentI readFromFile(FileParse source, String format)
 357           throws java.io.IOException
 358   {
 359     // TODO: generalise mapping between format string and io. class instances
 360     // using Constructor.invoke reflection
 361     // This is exactly the same as the readFile method except we substitute
 362     // 'inFile, type' with 'source'
 363     this.inFile = source.getInFile();
 364     String type = source.type;
 365     try
 366     {
 367       Alignment al;
 368       if (format.equals("FASTA"))
 369       {
 370         afile = new FastaFile(source);
 371       }
 372       else if (format.equals("MSF"))
 373       {
 374         afile = new MSFfile(source);
 375       }
 376       else if (format.equals("PileUp"))
 377       {
 378         afile = new PileUpfile(source);
 379       }
 380       else if (format.equals("CLUSTAL"))
 381       {
 382         afile = new ClustalFile(source);
 383       }
 384       else if (format.equals("BLC"))
 385       {
 386         afile = new BLCFile(source);
 387       }
 388       else if (format.equals("PIR"))
 389       {
 390         afile = new PIRFile(source);
 391       }
 392       else if (format.equals("PFAM"))
 393       {
 394         afile = new PfamFile(source);
 395       }
 396       else if (format.equals("JnetFile"))
 397       {
 398         afile = new JPredFile(source);
 399         ((JPredFile) afile).removeNonSequences();
 400       }
 401       else if (format.equals("PDB"))
 402       {
 403         afile = new MCview.PDBfile(annotFromStructure,
 404                 localSecondaryStruct, serviceSecondaryStruct, source);
 405       }
 406       else if (format.equals("STH"))
 407       {
 408         afile = new StockholmFile(source);
 409       }
 410       else if (format.equals("RNAML"))
 411       {
 412         afile = new RnamlFile(source);
 413       }
 414       else if (format.equals("SimpleBLAST"))
 415       {
 416         afile = new SimpleBlastFile(source);
 417       }
 418       else if (format.equals(PhylipFile.FILE_DESC))
 419       {
 420         afile = new PhylipFile(source);
 421       }
 422       else if (format.equals(JSONFile.FILE_DESC))
 423       {
 424         afile = new JSONFile(source);
 425         al = new Alignment(afile.getSeqsAsArray());
 426         afile.addAnnotations(al);
 427         afile.addSeqGroups(al);
 428         return al;
 429       }
 430       else if (format.equals(HtmlFile.FILE_DESC))
 431       {
 432         afile = new HtmlFile(source);
 433       }
 434       al = new Alignment(afile.getSeqsAsArray());
 435       afile.addAnnotations(al);
 436
 437       return al;
 438     } catch (Exception e)
 439     {
 440       e.printStackTrace();
 441       System.err.println("Failed to read alignment using the '" + format
 442               + "' reader.\n" + e);
 443
 444       if (e.getMessage() != null
 445               && e.getMessage().startsWith(INVALID_CHARACTERS))
 446       {
 447         throw new java.io.IOException(e.getMessage());
 448       }
 449
 450       // Finally test if the user has pasted just the sequence, no id
 451       if (type.equalsIgnoreCase("Paste"))
 452       {
 453         try
 454         {
 455           // Possible sequence is just residues with no label
 456           afile = new FastaFile(">UNKNOWN\n" + inFile, "Paste");
 457           Alignment al = new Alignment(afile.getSeqsAsArray());
 458           afile.addAnnotations(al);
 459           afile.addSeqGroups(al);
 460           return al;
 461
 462         } catch (Exception ex)
 463         {
 464           if (ex.toString().startsWith(INVALID_CHARACTERS))
 465           {
 466             throw new java.io.IOException(e.getMessage());
 467           }
 468
 469           ex.printStackTrace();
 470         }
 471       }
 472
 473       // If we get to this stage, the format was not supported
 474       throw new java.io.IOException(SUPPORTED_FORMATS);
 475     }
 476   }
 477
 478
 479   /**
 480    * create an alignment flatfile from a Jalview alignment view
 481    * @param format
 482    * @param jvsuffix
 483    * @param av
 484    * @param selectedOnly
 485    * @return flatfile in a string
 486    */
 487   public String formatSequences(String format, boolean jvsuffix,
 488           AlignViewportI av, boolean selectedOnly)
 489   {
 490
 491     AlignmentView selvew = av.getAlignmentView(selectedOnly, false);
 492     AlignmentI aselview = selvew.getVisibleAlignment(av
 493             .getGapCharacter());
 494     List<AlignmentAnnotation> ala = (av
 495             .getVisibleAlignmentAnnotation(selectedOnly));
 496     if (ala != null)
 497     {
 498       for (AlignmentAnnotation aa : ala)
 499       {
 500         aselview.addAnnotation(aa);
 501       }
 502     }
 503
 504     return formatSequences(format, aselview, jvsuffix);
 505   }
 506
 507   /**
 508    * Construct an output class for an alignment in a particular filetype TODO:
 509    * allow caller to detect errors and warnings encountered when generating
 510    * output
 511    *
 512    * @param format
 513    *          string name of alignment format
 514    * @param alignment
 515    *          the alignment to be written out
 516    * @param jvsuffix
 517    *          passed to AlnFile class controls whether /START-END is added to
 518    *          sequence names
 519    *
 520    * @return alignment flat file contents
 521    */
 522   public String formatSequences(String format, AlignmentI alignment,
 523           boolean jvsuffix)
 524   {
 525     try
 526     {
 527       AlignFile afile = null;
 528       if (format.equalsIgnoreCase("FASTA"))
 529       {
 530         afile = new FastaFile();
 531       }
 532       else if (format.equalsIgnoreCase("MSF"))
 533       {
 534         afile = new MSFfile();
 535       }
 536       else if (format.equalsIgnoreCase("PileUp"))
 537       {
 538         afile = new PileUpfile();
 539       }
 540       else if (format.equalsIgnoreCase("CLUSTAL"))
 541       {
 542         afile = new ClustalFile();
 543       }
 544       else if (format.equalsIgnoreCase("BLC"))
 545       {
 546         afile = new BLCFile();
 547       }
 548       else if (format.equalsIgnoreCase("PIR"))
 549       {
 550         afile = new PIRFile();
 551       }
 552       else if (format.equalsIgnoreCase("PFAM"))
 553       {
 554         afile = new PfamFile();
 555       }
 556       else if (format.equalsIgnoreCase("STH"))
 557       {
 558         afile = new StockholmFile(alignment);
 559       }
 560       else if (format.equalsIgnoreCase("AMSA"))
 561       {
 562         afile = new AMSAFile(alignment);
 563       }
 564       else if (format.equalsIgnoreCase(PhylipFile.FILE_DESC))
 565       {
 566         afile = new PhylipFile();
 567       }
 568        else if (format.equalsIgnoreCase(JSONFile.FILE_DESC))
 569        {
 570         afile = new JSONFile();
 571         // Add groups to AlignFile
 572         afile.seqGroups = alignment.getGroups();
 573
 574         // Add non auto calculated annotation to AlignFile
 575         for (AlignmentAnnotation annot : alignment.getAlignmentAnnotation())
 576         {
 577           if (annot != null && !annot.autoCalculated)
 578           {
 579             if (annot.label.equals("PDB.CATempFactor"))
 580             {
 581               continue;
 582             }
 583             afile.annotations.add(annot);
 584           }
 585         }
 586        }
 587       else if (format.equalsIgnoreCase("RNAML"))
 588       {
 589         afile = new RnamlFile();
 590       }
 591
 592       else
 593       {
 594         throw new Exception(MessageManager.getString("error.implementation_error_unknown_file_format_string"));
 595       }
 596       afile.setNewlineString(newline);
 597       afile.addJVSuffix(jvsuffix);
 598
 599       afile.setSeqs(alignment.getSequencesArray());
 600
 601
 602       String afileresp = afile.print();
 603       if (afile.hasWarningMessage())
 604       {
 605         System.err.println("Warning raised when writing as " + format
 606                 + " : " + afile.getWarningMessage());
 607       }
 608       return afileresp;
 609     } catch (Exception e)
 610     {
 611       System.err.println("Failed to write alignment as a '" + format
 612               + "' file\n");
 613       e.printStackTrace();
 614     }
 615
 616     return null;
 617   }
 618
 619   public static String checkProtocol(String file)
 620   {
 621     String protocol = FILE;
 622     String ft = file.toLowerCase().trim();
 623     if (ft.indexOf("http:") == 0 || ft.indexOf("https:") == 0
 624             || ft.indexOf("file:") == 0)
 625     {
 626       protocol = URL;
 627     }
 628     return protocol;
 629   }
 630
 631   public static void main(String[] args)
 632   {
 633     int i = 0;
 634     while (i < args.length)
 635     {
 636       File f = new File(args[i]);
 637       if (f.exists())
 638       {
 639         try
 640         {
 641           System.out.println("Reading file: " + f);
 642           AppletFormatAdapter afa = new AppletFormatAdapter();
 643           Runtime r = Runtime.getRuntime();
 644           System.gc();
 645           long memf = -r.totalMemory() + r.freeMemory();
 646           long t1 = -System.currentTimeMillis();
 647           Alignment al = afa.readFile(args[i], FILE,
 648                   new IdentifyFile().Identify(args[i], FILE));
 649           t1 += System.currentTimeMillis();
 650           System.gc();
 651           memf += r.totalMemory() - r.freeMemory();
 652           if (al != null)
 653           {
 654             System.out.println("Alignment contains " + al.getHeight()
 655                     + " sequences and " + al.getWidth() + " columns.");
 656             try
 657             {
 658               System.out.println(new AppletFormatAdapter().formatSequences(
 659                       "FASTA", al, true));
 660             } catch (Exception e)
 661             {
 662               System.err
 663               .println("Couln't format the alignment for output as a FASTA file.");
 664               e.printStackTrace(System.err);
 665             }
 666           }
 667           else
 668           {
 669             System.out.println("Couldn't read alignment");
 670           }
 671           System.out.println("Read took " + (t1 / 1000.0) + " seconds.");
 672           System.out
 673           .println("Difference between free memory now and before is "
 674                   + (memf / (1024.0 * 1024.0) * 1.0) + " MB");
 675         } catch (Exception e)
 676         {
 677           System.err.println("Exception when dealing with " + i
 678                   + "'th argument: " + args[i] + "\n" + e);
 679         }
 680       }
 681       else
 682       {
 683         System.err.println("Ignoring argument '" + args[i] + "' (" + i
 684                 + "'th)- not a readable file.");
 685       }
 686       i++;
 687     }
 688   }
 689
 690   /**
 691    * try to discover how to access the given file as a valid datasource that
 692    * will be identified as the given type.
 693    *
 694    * @param file
 695    * @param format
 696    * @return protocol that yields the data parsable as the given type
 697    */
 698   public static String resolveProtocol(String file, String format)
 699   {
 700     return resolveProtocol(file, format, false);
 701   }
 702
 703   public static String resolveProtocol(String file, String format,
 704           boolean debug)
 705   {
 706     // TODO: test thoroughly!
 707     String protocol = null;
 708     if (debug)
 709     {
 710       System.out.println("resolving datasource started with:\n>>file\n"
 711               + file + ">>endfile");
 712     }
 713
 714     // This might throw a security exception in certain browsers
 715     // Netscape Communicator for instance.
 716     try
 717     {
 718       boolean rtn = false;
 719       InputStream is = System.getSecurityManager().getClass()
 720               .getResourceAsStream("/" + file);
 721       if (is != null)
 722       {
 723         rtn = true;
 724         is.close();
 725       }
 726       if (debug)
 727       {
 728         System.err.println("Resource '" + file + "' was "
 729                 + (rtn ? "" : "not") + " located by classloader.");
 730       }
 731       ;
 732       if (rtn)
 733       {
 734         protocol = AppletFormatAdapter.CLASSLOADER;
 735       }
 736
 737     } catch (Exception ex)
 738     {
 739       System.err
 740       .println("Exception checking resources: " + file + " " + ex);
 741     }
 742
 743     if (file.indexOf("://") > -1)
 744     {
 745       protocol = AppletFormatAdapter.URL;
 746     }
 747     else
 748     {
 749       // skipping codebase prepend check.
 750       protocol = AppletFormatAdapter.FILE;
 751     }
 752     FileParse fp = null;
 753     try
 754     {
 755       if (debug)
 756       {
 757         System.out.println("Trying to get contents of resource as "
 758                 + protocol + ":");
 759       }
 760       fp = new FileParse(file, protocol);
 761       if (!fp.isValid())
 762       {
 763         fp = null;
 764       }
 765       else
 766       {
 767         if (debug)
 768         {
 769           System.out.println("Successful.");
 770         }
 771       }
 772     } catch (Exception e)
 773     {
 774       if (debug)
 775       {
 776         System.err.println("Exception when accessing content: " + e);
 777       }
 778       fp = null;
 779     }
 780     if (fp == null)
 781     {
 782       if (debug)
 783       {
 784         System.out.println("Accessing as paste.");
 785       }
 786       protocol = AppletFormatAdapter.PASTE;
 787       fp = null;
 788       try
 789       {
 790         fp = new FileParse(file, protocol);
 791         if (!fp.isValid())
 792         {
 793           fp = null;
 794         }
 795       } catch (Exception e)
 796       {
 797         System.err.println("Failed to access content as paste!");
 798         e.printStackTrace();
 799         fp = null;
 800       }
 801     }
 802     if (fp == null)
 803     {
 804       return null;
 805     }
 806     if (format == null || format.length() == 0)
 807     {
 808       return protocol;
 809     }
 810     else
 811     {
 812       try
 813       {
 814         String idformat = new jalview.io.IdentifyFile().Identify(file,
 815                 protocol);
 816         if (idformat == null)
 817         {
 818           if (debug)
 819           {
 820             System.out.println("Format not identified. Inaccessible file.");
 821           }
 822           return null;
 823         }
 824         if (debug)
 825         {
 826           System.out.println("Format identified as " + idformat
 827                   + "and expected as " + format);
 828         }
 829         if (idformat.equals(format))
 830         {
 831           if (debug)
 832           {
 833             System.out.println("Protocol identified as " + protocol);
 834           }
 835           return protocol;
 836         }
 837         else
 838         {
 839           if (debug)
 840           {
 841             System.out
 842             .println("File deemed not accessible via " + protocol);
 843           }
 844           fp.close();
 845           return null;
 846         }
 847       } catch (Exception e)
 848       {
 849         if (debug)
 850         {
 851           System.err.println("File deemed not accessible via " + protocol);
 852           e.printStackTrace();
 853         }
 854         ;
 855
 856       }
 857     }
 858     return null;
 859   }
 860 }