src/jalview/io/BLCFile.java

   1 /* Jalview - a java multiple alignment editor\r
   2  * Copyright (C) 1998  Michele Clamp\r
   3  *\r
   4  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   5  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   6  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   7  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   8  *\r
   9  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  10  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  11  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  12  * GNU General Public License for more details.\r
  13  *\r
  14  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  15  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  16  * Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA  02111-1307, USA.\r
  17  */\r
  18 package jalview.io;\r
  19 \r
  20 import jalview.datamodel.*;\r
  21 \r
  22 import java.io.*;\r
  23 import java.util.*;\r
  24 \r
  25 public class BLCFile extends AlignFile {\r
  26 \r
  27   Vector titles;\r
  28 \r
  29   public BLCFile()\r
  30   {}\r
  31 \r
  32   public BLCFile(String inStr) {\r
  33     super(inStr);\r
  34   }\r
  35 \r
  36   public void initData() {\r
  37     super.initData();\r
  38     titles = new Vector();\r
  39   }\r
  40 \r
  41   public BLCFile(String inFile, String type) throws IOException {\r
  42     super(inFile,type);\r
  43   }\r
  44 \r
  45 \r
  46   public void parse()\r
  47   {\r
  48     boolean idsFound=false;\r
  49     Vector ids = new Vector();\r
  50     StringBuffer seqstrings [];\r
  51     Vector starts = new Vector();\r
  52     Vector ends = new Vector();\r
  53 \r
  54    String line=null;\r
  55    try{\r
  56      do{\r
  57       line = nextLine();\r
  58 \r
  59       // seek end of ids\r
  60       if (line.indexOf("*") > -1)\r
  61       {\r
  62         idsFound=true;\r
  63         break;\r
  64       }\r
  65 \r
  66       int abracket = line.indexOf(">");\r
  67 \r
  68       if (abracket > -1)\r
  69       {\r
  70 \r
  71         if(line.indexOf(" ")>-1)//\r
  72         {\r
  73           ///Colur it be this format?\r
  74           //>54402046         0             1   137   137:\r
  75           // or this??\r
  76           //     1   >L1H14       30539  343\r
  77           try{\r
  78             ids.addElement(line.substring(abracket + 1,\r
  79                                           line.indexOf(" ", abracket + 1)));\r
  80 \r
  81 \r
  82             // remove p Value\r
  83             line = line.substring(abracket + 1);\r
  84             line = line.substring(line.indexOf(" ") + 1);\r
  85             line = line.trim();\r
  86             line = line.substring(line.indexOf(" ") + 1);\r
  87             line = line.trim();\r
  88             int value = Integer.parseInt(line.substring(0, line.indexOf(" ")));\r
  89             starts.addElement(value+"");\r
  90             line = line.substring(line.indexOf(" ") + 1);\r
  91             line = line.trim();\r
  92             value = Integer.parseInt(line.substring(0, line.indexOf(" ")));\r
  93             ends.addElement(value+"");\r
  94 \r
  95           }catch(Exception ex)\r
  96           {\r
  97             System.err.println("Error during blockfile read.");\r
  98             ex.printStackTrace();\r
  99             starts.addElement("0");\r
 100             ends.addElement("0");\r
 101           }\r
 102 \r
 103         }\r
 104         else\r
 105         {\r
 106           ids.addElement( line.substring(abracket + 1, line.indexOf("/")));\r
 107           line = line.substring(line.indexOf("/") + 1);\r
 108           starts.addElement(line.substring(0, line.indexOf("-")));\r
 109           ends.addElement(line.substring(line.indexOf("-") + 1));\r
 110         }\r
 111       }\r
 112     }while(!idsFound);\r
 113 \r
 114     int starCol = line.indexOf("*");\r
 115     seqstrings = new StringBuffer[ids.size()];\r
 116     for(int i=0; i<ids.size(); i++)\r
 117     {\r
 118       if(seqstrings[i]==null)\r
 119         seqstrings[i] = new StringBuffer();\r
 120     }\r
 121 \r
 122     while ((line = nextLine()).indexOf("*")==-1)\r
 123     {\r
 124       for(int i=0; i<ids.size(); i++)\r
 125       {\r
 126         if(line.length()>i+starCol)\r
 127           seqstrings[i].append(line.charAt(i + starCol));\r
 128       }\r
 129     }\r
 130 \r
 131     for(int i=0; i<ids.size(); i++)\r
 132     {\r
 133       Sequence newSeq = new Sequence(ids.elementAt(i).toString(),\r
 134                                      seqstrings[i].toString(),\r
 135                                      Integer.parseInt(starts.elementAt(i).toString()),\r
 136                                      Integer.parseInt(ends.elementAt(i).toString()));\r
 137       seqs.addElement(newSeq);\r
 138     }\r
 139 \r
 140    }catch(Exception ex){ex.printStackTrace();}\r
 141   }\r
 142 \r
 143   public String print() {\r
 144     return print(getSeqsAsArray());\r
 145   }\r
 146   public static String print(SequenceI[] s) {\r
 147     StringBuffer out = new StringBuffer();\r
 148 \r
 149     int i=0;\r
 150     int max = -1;\r
 151     while (i < s.length && s[i] != null) {\r
 152       out.append(">" + s[i].getName() + "/" + s[i].getStart() + "-" + s[i].getEnd() + "\n");\r
 153       if (s[i].getSequence().length() > max) { max = s[i].getSequence().length();}\r
 154       i++;\r
 155     }\r
 156 \r
 157       out.append("* iteration 1\n");\r
 158       for (int j = 0; j < max; j++) {\r
 159         i=0;\r
 160         while (i < s.length && s[i] != null) {\r
 161           if(s[i].getSequence().length()>j )\r
 162             out.append(s[i].getSequence().substring(j,j+1));\r
 163           else\r
 164             out.append("-");\r
 165           i++;\r
 166         }\r
 167         out.append("\n");\r
 168       }\r
 169     out.append("*\n");\r
 170     return out.toString();\r
 171 \r
 172   }\r
 173 }\r