src/jalview/io/ClustalFile.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.io;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.util.*;\r
  24 \r
  25 import java.io.*;\r
  26 \r
  27 import java.util.*;\r
  28 \r
  29 \r
  30 public class ClustalFile extends AlignFile {\r
  31     Vector ids;\r
  32 \r
  33     public ClustalFile() {\r
  34     }\r
  35 \r
  36     public ClustalFile(String inStr) {\r
  37         super(inStr);\r
  38     }\r
  39 \r
  40     public ClustalFile(String inFile, String type) throws IOException {\r
  41         super(inFile, type);\r
  42     }\r
  43 \r
  44     public void initData() {\r
  45         super.initData();\r
  46         ids = new Vector();\r
  47     }\r
  48 \r
  49     public void parse() {\r
  50         int i = 0;\r
  51         boolean flag = false;\r
  52 \r
  53         Vector headers = new Vector();\r
  54         Hashtable seqhash = new Hashtable();\r
  55 \r
  56         String line;\r
  57 \r
  58         try {\r
  59             while ((line = nextLine()) != null) {\r
  60                 if (line.indexOf(" ") != 0) {\r
  61                     StringTokenizer str = new StringTokenizer(line, " ");\r
  62                     String id = "";\r
  63 \r
  64                     if (str.hasMoreTokens()) {\r
  65                         id = str.nextToken();\r
  66 \r
  67                         if (id.equals("CLUSTAL")) {\r
  68                             flag = true;\r
  69                         } else {\r
  70                             if (flag) {\r
  71                                 StringBuffer tempseq;\r
  72 \r
  73                                 if (seqhash.containsKey(id)) {\r
  74                                     tempseq = (StringBuffer) seqhash.get(id);\r
  75                                 } else {\r
  76                                     tempseq = new StringBuffer();\r
  77                                     seqhash.put(id, tempseq);\r
  78                                 }\r
  79 \r
  80                                 if (!(headers.contains(id))) {\r
  81                                     headers.addElement(id);\r
  82                                 }\r
  83 \r
  84                                 if (str.hasMoreTokens()) {\r
  85                                     tempseq.append(str.nextToken());\r
  86                                 }\r
  87                             }\r
  88                         }\r
  89                     }\r
  90                 }\r
  91             }\r
  92         } catch (IOException e) {\r
  93             System.err.println("Exception parsing clustal file " + e);\r
  94             e.printStackTrace();\r
  95         }\r
  96 \r
  97         if (flag) {\r
  98             this.noSeqs = headers.size();\r
  99 \r
 100             //Add sequences to the hash\r
 101             for (i = 0; i < headers.size(); i++) {\r
 102                 int start = -1;\r
 103                 int end = -1;\r
 104 \r
 105                 if (seqhash.get(headers.elementAt(i)) != null) {\r
 106                     if (maxLength < seqhash.get(headers.elementAt(i)).toString()\r
 107                                                .length()) {\r
 108                         maxLength = seqhash.get(headers.elementAt(i)).toString()\r
 109                                            .length();\r
 110                     }\r
 111 \r
 112                     String head = headers.elementAt(i).toString();\r
 113                     start = 1;\r
 114                     end = seqhash.get(headers.elementAt(i)).toString().length();\r
 115 \r
 116                     if (head.indexOf("/") > 0) {\r
 117                         StringTokenizer st = new StringTokenizer(head, "/");\r
 118 \r
 119                         if (st.countTokens() == 2) {\r
 120                             ids.addElement(st.nextToken());\r
 121 \r
 122                             String tmp = st.nextToken();\r
 123                             st = new StringTokenizer(tmp, "-");\r
 124 \r
 125                             if (st.countTokens() == 2) {\r
 126                                 start = Integer.valueOf(st.nextToken())\r
 127                                                .intValue();\r
 128                                 end = Integer.valueOf(st.nextToken()).intValue();\r
 129                             }\r
 130                         } else {\r
 131                             ids.addElement(headers.elementAt(i));\r
 132                         }\r
 133                     } else {\r
 134                         ids.addElement(headers.elementAt(i));\r
 135                     }\r
 136 \r
 137                     Sequence newSeq = new Sequence(ids.elementAt(i).toString(),\r
 138                             seqhash.get(headers.elementAt(i).toString())\r
 139                                    .toString(), start, end);\r
 140 \r
 141                     seqs.addElement(newSeq);\r
 142                 } else {\r
 143                     System.err.println(\r
 144                         "Clustal File Reader: Can't find sequence for " +\r
 145                         headers.elementAt(i));\r
 146                 }\r
 147             }\r
 148         }\r
 149     }\r
 150 \r
 151     public String print() {\r
 152         return print(getSeqsAsArray());\r
 153     }\r
 154 \r
 155     public static String print(SequenceI[] s) {\r
 156         StringBuffer out = new StringBuffer("CLUSTAL\n\n");\r
 157 \r
 158         int max = 0;\r
 159         int maxid = 0;\r
 160 \r
 161         int i = 0;\r
 162 \r
 163         while ((i < s.length) && (s[i] != null)) {\r
 164             String tmp = s[i].getName() + "/" + s[i].getStart() + "-" +\r
 165                 s[i].getEnd();\r
 166 \r
 167             if (s[i].getSequence().length() > max) {\r
 168                 max = s[i].getSequence().length();\r
 169             }\r
 170 \r
 171             if (tmp.length() > maxid) {\r
 172                 maxid = tmp.length();\r
 173             }\r
 174 \r
 175             i++;\r
 176         }\r
 177 \r
 178         if (maxid < 15) {\r
 179             maxid = 15;\r
 180         }\r
 181 \r
 182         maxid++;\r
 183 \r
 184         int len = 60;\r
 185         int nochunks = (max / len) + 1;\r
 186 \r
 187         for (i = 0; i < nochunks; i++) {\r
 188             int j = 0;\r
 189 \r
 190             while ((j < s.length) && (s[j] != null)) {\r
 191                 out.append(new Format("%-" + maxid + "s").form(s[j].getName() +\r
 192                         "/" + s[j].getStart() + "-" + s[j].getEnd()) + " ");\r
 193 \r
 194                 int start = i * len;\r
 195                 int end = start + len;\r
 196 \r
 197                 if ((end < s[j].getSequence().length()) &&\r
 198                         (start < s[j].getSequence().length())) {\r
 199                     out.append(s[j].getSequence().substring(start, end));\r
 200                 } else {\r
 201                     if (start < s[j].getSequence().length()) {\r
 202                         out.append(s[j].getSequence().substring(start));\r
 203                     }\r
 204                 }\r
 205 \r
 206                 out.append("\n");\r
 207                 j++;\r
 208             }\r
 209 \r
 210             out.append("\n");\r
 211         }\r
 212 \r
 213         return out.toString();\r
 214     }\r
 215 }\r