src/jalview/io/FileLoader.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import java.io.File;
  24 import java.io.IOException;
  25 import java.util.StringTokenizer;
  26 import java.util.Vector;
  27
  28 import javax.swing.SwingUtilities;
  29
  30 import jalview.api.ComplexAlignFile;
  31 import jalview.api.FeatureSettingsModelI;
  32 import jalview.api.FeaturesDisplayedI;
  33 import jalview.api.FeaturesSourceI;
  34 import jalview.bin.Cache;
  35 import jalview.bin.Jalview;
  36 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  37 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  38 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  39 import jalview.datamodel.SequenceI;
  40 import jalview.gui.AlignFrame;
  41 import jalview.gui.AlignViewport;
  42 import jalview.gui.Desktop;
  43 import jalview.gui.JvOptionPane;
  44 import jalview.gui.QuitHandler;
  45 import jalview.json.binding.biojson.v1.ColourSchemeMapper;
  46 import jalview.project.Jalview2XML;
  47 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  48 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  49 import jalview.util.MessageManager;
  50 import jalview.ws.utils.UrlDownloadClient;
  51
  52 public class FileLoader implements Runnable
  53 {
  54   String file;
  55
  56   DataSourceType protocol;
  57
  58   FileFormatI format;
  59
  60   AlignmentFileReaderI source = null; // alternative specification of where data
  61                                       // comes
  62
  63   // from
  64
  65   AlignViewport viewport;
  66
  67   AlignFrame alignFrame;
  68
  69   long loadtime;
  70
  71   long memused;
  72
  73   boolean raiseGUI = true;
  74
  75   private File selectedFile;
  76
  77   /**
  78    * default constructor always raised errors in GUI dialog boxes
  79    */
  80   public FileLoader()
  81   {
  82     this(true);
  83   }
  84
  85   /**
  86    * construct a Fileloader that may raise errors non-interactively
  87    *
  88    * @param raiseGUI
  89    *          true if errors are to be raised as GUI dialog boxes
  90    */
  91   public FileLoader(boolean raiseGUI)
  92   {
  93     this.raiseGUI = raiseGUI;
  94   }
  95
  96   public void LoadFile(AlignViewport viewport, Object file,
  97           DataSourceType protocol, FileFormatI format)
  98   {
  99     LoadFile(viewport, file, protocol, format, true);
 100   }
 101
 102   public void LoadFile(AlignViewport viewport, Object file,
 103           DataSourceType protocol, FileFormatI format, boolean async)
 104   {
 105     this.viewport = viewport;
 106     if (file instanceof File)
 107     {
 108       this.selectedFile = (File) file;
 109       file = selectedFile.getPath();
 110     }
 111     LoadFile(file.toString(), protocol, format, async);
 112   }
 113
 114   public void LoadFile(String file, DataSourceType protocol,
 115           FileFormatI format)
 116   {
 117     LoadFile(file, protocol, format, true);
 118   }
 119
 120   public void LoadFile(String file, DataSourceType protocol,
 121           FileFormatI format, boolean async)
 122   {
 123     this.file = file;
 124     this.protocol = protocol;
 125     this.format = format;
 126
 127     if (async)
 128     {
 129       final Thread loader = new Thread(this);
 130
 131       SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 132       {
 133         @Override
 134         public void run()
 135         {
 136           loader.start();
 137         }
 138       });
 139     }
 140     else
 141     {
 142       this.run();
 143     }
 144   }
 145
 146   /**
 147    * Load a (file, protocol) source of unknown type
 148    *
 149    * @param file
 150    * @param protocol
 151    */
 152   public void LoadFile(String file, DataSourceType protocol)
 153   {
 154     LoadFile(file, protocol, null);
 155   }
 156
 157   /**
 158    * Load alignment from (file, protocol) and wait till loaded
 159    *
 160    * @param file
 161    * @param sourceType
 162    * @return alignFrame constructed from file contents
 163    */
 164   public AlignFrame LoadFileWaitTillLoaded(String file,
 165           DataSourceType sourceType)
 166   {
 167     return LoadFileWaitTillLoaded(file, sourceType, null);
 168   }
 169
 170   /**
 171    * Load alignment from (file, protocol) of type format and wait till loaded
 172    *
 173    * @param file
 174    * @param sourceType
 175    * @param format
 176    * @return alignFrame constructed from file contents
 177    */
 178   public AlignFrame LoadFileWaitTillLoaded(String file,
 179           DataSourceType sourceType, FileFormatI format)
 180   {
 181     this.file = file;
 182     this.protocol = sourceType;
 183     this.format = format;
 184     return _LoadFileWaitTillLoaded();
 185   }
 186
 187   /**
 188    * Load alignment from (file, protocol) of type format and wait till loaded
 189    *
 190    * @param file
 191    * @param sourceType
 192    * @param format
 193    * @return alignFrame constructed from file contents
 194    */
 195   public AlignFrame LoadFileWaitTillLoaded(File file,
 196           DataSourceType sourceType, FileFormatI format)
 197   {
 198     this.selectedFile = file;
 199     this.file = file.getPath();
 200     this.protocol = sourceType;
 201     this.format = format;
 202     return _LoadFileWaitTillLoaded();
 203   }
 204
 205   /**
 206    * Load alignment from FileParse source of type format and wait till loaded
 207    *
 208    * @param source
 209    * @param format
 210    * @return alignFrame constructed from file contents
 211    */
 212   public AlignFrame LoadFileWaitTillLoaded(AlignmentFileReaderI source,
 213           FileFormatI format)
 214   {
 215     this.source = source;
 216
 217     file = source.getInFile();
 218     protocol = source.getDataSourceType();
 219     this.format = format;
 220     return _LoadFileWaitTillLoaded();
 221   }
 222
 223   /**
 224    * runs the 'run' method (in this thread), then return the alignFrame that's
 225    * (hopefully) been read
 226    *
 227    * @return
 228    */
 229   protected AlignFrame _LoadFileWaitTillLoaded()
 230   {
 231     this.run();
 232
 233     return alignFrame;
 234   }
 235
 236   public void updateRecentlyOpened()
 237   {
 238     Vector<String> recent = new Vector<>();
 239     if (protocol == DataSourceType.PASTE)
 240     {
 241       // do nothing if the file was pasted in as text... there is no filename to
 242       // refer to it as.
 243       return;
 244     }
 245     if (file != null
 246             && file.indexOf(System.getProperty("java.io.tmpdir")) > -1)
 247     {
 248       // ignore files loaded from the system's temporary directory
 249       return;
 250     }
 251     String type = protocol == DataSourceType.FILE ? "RECENT_FILE"
 252             : "RECENT_URL";
 253
 254     String historyItems = Cache.getProperty(type);
 255
 256     StringTokenizer st;
 257
 258     if (historyItems != null)
 259     {
 260       st = new StringTokenizer(historyItems, "\t");
 261
 262       while (st.hasMoreTokens())
 263       {
 264         recent.addElement(st.nextToken().trim());
 265       }
 266     }
 267
 268     if (recent.contains(file))
 269     {
 270       recent.remove(file);
 271     }
 272
 273     StringBuffer newHistory = new StringBuffer(file);
 274     for (int i = 0; i < recent.size() && i < 10; i++)
 275     {
 276       newHistory.append("\t");
 277       newHistory.append(recent.elementAt(i));
 278     }
 279
 280     Cache.setProperty(type, newHistory.toString());
 281
 282     if (protocol == DataSourceType.FILE)
 283     {
 284       Cache.setProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT", format.getName());
 285     }
 286   }
 287
 288   @Override
 289   public void run()
 290   {
 291     String title = protocol == DataSourceType.PASTE
 292             ? "Copied From Clipboard"
 293             : file;
 294     Runtime rt = Runtime.getRuntime();
 295
 296     try
 297     {
 298       if (Desktop.instance != null)
 299       {
 300         Desktop.instance.startLoading(file);
 301       }
 302       if (format == null)
 303       {
 304         // just in case the caller didn't identify the file for us
 305         if (source != null)
 306         {
 307           format = new IdentifyFile().identify(source, false);
 308           // identify stream and rewind rather than close
 309         }
 310         else if (selectedFile != null)
 311         {
 312           format = new IdentifyFile().identify(selectedFile, protocol);
 313         }
 314         else
 315         {
 316           format = new IdentifyFile().identify(file, protocol);
 317         }
 318
 319       }
 320
 321       if (format == null)
 322       {
 323         Desktop.instance.stopLoading();
 324         System.err.println("The input file \"" + file
 325                 + "\" has null or unidentifiable data content!");
 326         if (!Jalview.isHeadlessMode())
 327         {
 328           JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 329                   MessageManager.getString("label.couldnt_read_data")
 330                           + " in " + file + "\n"
 331                           + AppletFormatAdapter.getSupportedFormats(),
 332                   MessageManager.getString("label.couldnt_read_data"),
 333                   JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 334         }
 335         this.setShouldBeSaved();
 336         return;
 337       }
 338       // TODO: cache any stream datasources as a temporary file (eg. PDBs
 339       // retrieved via URL)
 340       if (Desktop.desktop != null && Desktop.desktop.isShowMemoryUsage())
 341       {
 342         System.gc();
 343         memused = (rt.maxMemory() - rt.totalMemory() + rt.freeMemory()); // free
 344         // memory
 345         // before
 346         // load
 347       }
 348       loadtime = -System.currentTimeMillis();
 349       AlignmentI al = null;
 350
 351       if (FileFormat.Jalview.equals(format))
 352       {
 353         if (source != null)
 354         {
 355           // Tell the user (developer?) that this is going to cause a problem
 356           System.err.println(
 357                   "IMPLEMENTATION ERROR: Cannot read consecutive Jalview XML projects from a stream.");
 358           // We read the data anyway - it might make sense.
 359         }
 360         // BH 2018 switch to File object here instead of filename
 361         alignFrame = new Jalview2XML(raiseGUI).loadJalviewAlign(
 362                 selectedFile == null ? file : selectedFile);
 363       }
 364       else
 365       {
 366         String error = AppletFormatAdapter.getSupportedFormats();
 367         try
 368         {
 369           if (source != null)
 370           {
 371             // read from the provided source
 372             al = new FormatAdapter().readFromFile(source, format);
 373           }
 374           else
 375           {
 376
 377             // open a new source and read from it
 378             FormatAdapter fa = new FormatAdapter();
 379             boolean downloadStructureFile = format.isStructureFile()
 380                     && protocol.equals(DataSourceType.URL);
 381             if (downloadStructureFile)
 382             {
 383               String structExt = format.getExtensions().split(",")[0];
 384               String urlLeafName = file.substring(
 385                       file.lastIndexOf(
 386                               System.getProperty("file.separator")),
 387                       file.lastIndexOf("."));
 388               String tempStructureFileStr = createNamedJvTempFile(
 389                       urlLeafName, structExt);
 390
 391               // BH - switching to File object here so as to hold
 392               // ._bytes array directly
 393               File tempFile = new File(tempStructureFileStr);
 394               UrlDownloadClient.download(file, tempFile);
 395
 396               al = fa.readFile(tempFile, DataSourceType.FILE, format);
 397               source = fa.getAlignFile();
 398             }
 399             else
 400             {
 401               if (selectedFile == null)
 402               {
 403                 al = fa.readFile(null, file, protocol, format);
 404
 405               }
 406               else
 407               {
 408                 al = fa.readFile(selectedFile, null, protocol, format);
 409               }
 410               source = fa.getAlignFile(); // keep reference for later if
 411
 412               // necessary.
 413             }
 414           }
 415         } catch (java.io.IOException ex)
 416         {
 417           error = ex.getMessage();
 418         }
 419
 420         if ((al != null) && (al.getHeight() > 0) && al.hasValidSequence())
 421         {
 422           // construct and register dataset sequences
 423           for (SequenceI sq : al.getSequences())
 424           {
 425             while (sq.getDatasetSequence() != null)
 426             {
 427               sq = sq.getDatasetSequence();
 428             }
 429             if (sq.getAllPDBEntries() != null)
 430             {
 431               for (PDBEntry pdbe : sq.getAllPDBEntries())
 432               {
 433                 // register PDB entries with desktop's structure selection
 434                 // manager
 435                 StructureSelectionManager
 436                         .getStructureSelectionManager(Desktop.instance)
 437                         .registerPDBEntry(pdbe);
 438               }
 439             }
 440           }
 441
 442           FeatureSettingsModelI proxyColourScheme = source
 443                   .getFeatureColourScheme();
 444           if (viewport != null)
 445           {
 446             // append to existing alignment
 447             viewport.addAlignment(al, title);
 448             viewport.applyFeaturesStyle(proxyColourScheme);
 449           }
 450           else
 451           {
 452             // otherwise construct the alignFrame
 453
 454             if (source instanceof ComplexAlignFile)
 455             {
 456               HiddenColumns colSel = ((ComplexAlignFile) source)
 457                       .getHiddenColumns();
 458               SequenceI[] hiddenSeqs = ((ComplexAlignFile) source)
 459                       .getHiddenSequences();
 460               String colourSchemeName = ((ComplexAlignFile) source)
 461                       .getGlobalColourScheme();
 462               FeaturesDisplayedI fd = ((ComplexAlignFile) source)
 463                       .getDisplayedFeatures();
 464               alignFrame = new AlignFrame(al, hiddenSeqs, colSel,
 465                       AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 466               alignFrame.getViewport().setFeaturesDisplayed(fd);
 467               alignFrame.getViewport().setShowSequenceFeatures(
 468                       ((ComplexAlignFile) source).isShowSeqFeatures());
 469               ColourSchemeI cs = ColourSchemeMapper
 470                       .getJalviewColourScheme(colourSchemeName, al);
 471               if (cs != null)
 472               {
 473                 alignFrame.changeColour(cs);
 474               }
 475             }
 476             else
 477             {
 478               alignFrame = new AlignFrame(al, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 479                       AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 480               if (source instanceof FeaturesSourceI)
 481               {
 482                 alignFrame.getViewport().setShowSequenceFeatures(true);
 483               }
 484             }
 485             // add metadata and update ui
 486             if (!(protocol == DataSourceType.PASTE))
 487             {
 488               alignFrame.setFileName(file, format);
 489               alignFrame.setFileObject(selectedFile); // BH 2018 SwingJS
 490             }
 491             if (proxyColourScheme != null)
 492             {
 493               alignFrame.getViewport()
 494                       .applyFeaturesStyle(proxyColourScheme);
 495             }
 496             alignFrame.setStatus(MessageManager.formatMessage(
 497                     "label.successfully_loaded_file", new String[]
 498                     { title }));
 499
 500             if (raiseGUI)
 501             {
 502               // add the window to the GUI
 503               // note - this actually should happen regardless of raiseGUI
 504               // status in Jalview 3
 505               // TODO: define 'virtual desktop' for benefit of headless scripts
 506               // that perform queries to find the 'current working alignment'
 507               Desktop.addInternalFrame(alignFrame, title,
 508                       AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 509
 510               /*
 511                * for an Overview automatically opened with alignment,
 512                * set its title now alignFrame title has been set
 513                */
 514               alignFrame.alignPanel.setOverviewTitle(alignFrame);
 515             }
 516
 517             try
 518             {
 519               alignFrame.setMaximum(
 520                       Cache.getDefault("SHOW_FULLSCREEN", false));
 521             } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 522             {
 523             }
 524           }
 525         }
 526         else
 527         {
 528           if (Desktop.instance != null)
 529           {
 530             Desktop.instance.stopLoading();
 531           }
 532
 533           final String errorMessage = MessageManager.getString(
 534                   "label.couldnt_load_file") + " " + title + "\n" + error;
 535           // TODO: refactor FileLoader to be independent of Desktop / Applet GUI
 536           // bits ?
 537           if (raiseGUI && Desktop.desktop != null)
 538           {
 539             javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 540             {
 541               @Override
 542               public void run()
 543               {
 544                 JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 545                         errorMessage,
 546                         MessageManager
 547                                 .getString("label.error_loading_file"),
 548                         JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 549               }
 550             });
 551           }
 552           else
 553           {
 554             System.err.println(errorMessage);
 555           }
 556         }
 557       }
 558
 559       updateRecentlyOpened();
 560
 561     } catch (Exception er)
 562     {
 563       System.err.println("Exception whilst opening file '" + file);
 564       er.printStackTrace();
 565       if (raiseGUI)
 566       {
 567         javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 568         {
 569           @Override
 570           public void run()
 571           {
 572             JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 573                     MessageManager.formatMessage(
 574                             "label.problems_opening_file", new String[]
 575                             { file }),
 576                     MessageManager.getString("label.file_open_error"),
 577                     JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 578           }
 579         });
 580       }
 581       alignFrame = null;
 582     } catch (OutOfMemoryError er)
 583     {
 584
 585       er.printStackTrace();
 586       alignFrame = null;
 587       if (raiseGUI)
 588       {
 589         javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 590         {
 591           @Override
 592           public void run()
 593           {
 594             JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 595                     MessageManager.formatMessage(
 596                             "warn.out_of_memory_loading_file", new String[]
 597                             { file }),
 598                     MessageManager.getString("label.out_of_memory"),
 599                     JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 600           }
 601         });
 602       }
 603       System.err.println("Out of memory loading file " + file + "!!");
 604
 605     }
 606     loadtime += System.currentTimeMillis();
 607     // TODO: Estimate percentage of memory used by a newly loaded alignment -
 608     // warn if more memory will be needed to work with it
 609     // System.gc();
 610     memused = memused
 611             - (rt.maxMemory() - rt.totalMemory() + rt.freeMemory()); // difference
 612     // in free
 613     // memory
 614     // after
 615     // load
 616     if (Desktop.desktop != null && Desktop.desktop.isShowMemoryUsage())
 617     {
 618       if (alignFrame != null)
 619       {
 620         AlignmentI al = alignFrame.getViewport().getAlignment();
 621
 622         System.out.println("Loaded '" + title + "' in "
 623                 + (loadtime / 1000.0) + "s, took an additional "
 624                 + (1.0 * memused / (1024.0 * 1024.0)) + " MB ("
 625                 + al.getHeight() + " seqs by " + al.getWidth() + " cols)");
 626       }
 627       else
 628       {
 629         // report that we didn't load anything probably due to an out of memory
 630         // error
 631         System.out.println("Failed to load '" + title + "' in "
 632                 + (loadtime / 1000.0) + "s, took an additional "
 633                 + (1.0 * memused / (1024.0 * 1024.0))
 634                 + " MB (alignment is null)");
 635       }
 636     }
 637     // remove the visual delay indicator
 638     if (Desktop.instance != null)
 639     {
 640       Desktop.instance.stopLoading();
 641     }
 642
 643     this.setShouldBeSaved();
 644   }
 645
 646   /**
 647    * This method creates the file -
 648    * {tmpdir}/jalview/{current_timestamp}/fileName.exetnsion using the supplied
 649    * file name and extension
 650    *
 651    * @param fileName
 652    *          the name of the temp file to be created
 653    * @param extension
 654    *          the extension of the temp file to be created
 655    * @return
 656    */
 657   private static String createNamedJvTempFile(String fileName,
 658           String extension) throws IOException
 659   {
 660     String seprator = System.getProperty("file.separator");
 661     String jvTempDir = System.getProperty("java.io.tmpdir") + "jalview"
 662             + seprator + System.currentTimeMillis();
 663     File tempStructFile = new File(
 664             jvTempDir + seprator + fileName + "." + extension);
 665     tempStructFile.mkdirs();
 666     return tempStructFile.toString();
 667   }
 668
 669   /*
 670    * set whether quit should ask to save when just loaded this source
 671    */
 672   private void setShouldBeSaved()
 673   {
 674     if (protocol == null)
 675       return;
 676     AlignFrame af = this.alignFrame;
 677     if (af == null)
 678       return;
 679     AlignViewport avp = af.getViewport();
 680     if (avp == null)
 681       return;
 682     avp.setSavedUpToDate(!protocol.isDynamic(),
 683             QuitHandler.Message.UNSAVED_ALIGNMENTS);
 684   }
 685
 686 }