src/jalview/io/HTMLOutput.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import jalview.api.AlignExportSettingsI;
  24 import jalview.datamodel.AlignExportSettingsAdapter;
  25 import jalview.datamodel.AlignmentExportData;
  26 import jalview.exceptions.NoFileSelectedException;
  27 import jalview.gui.AlignmentPanel;
  28 import jalview.gui.IProgressIndicator;
  29 import jalview.util.MessageManager;
  30
  31 import java.io.BufferedReader;
  32 import java.io.File;
  33 import java.io.IOException;
  34 import java.io.InputStreamReader;
  35 import java.net.URL;
  36 import java.util.Objects;
  37
  38 public abstract class HTMLOutput implements Runnable
  39 {
  40   protected AlignmentPanel ap;
  41
  42   protected long pSessionId;
  43
  44   protected IProgressIndicator pIndicator;
  45
  46   protected File generatedFile;
  47
  48   String _bioJson = null;
  49
  50   /**
  51    * Constructor given an alignment panel (which should not be null)
  52    *
  53    * @param ap
  54    */
  55   public HTMLOutput(AlignmentPanel ap)
  56   {
  57     this.ap = ap;
  58     this.pIndicator = ap.alignFrame;
  59   }
  60
  61   /**
  62    * Gets the BioJSON data as a string, with lazy evaluation (first time called
  63    * only). If the output format is configured not to embed BioJSON, returns
  64    * null.
  65    *
  66    * @return
  67    */
  68   public String getBioJSONData()
  69   {
  70     if (!isEmbedData())
  71     {
  72       return null;
  73     }
  74     if (_bioJson == null)
  75     {
  76       AlignExportSettingsI options = new AlignExportSettingsAdapter(true);
  77       AlignmentExportData exportData = ap.getAlignViewport()
  78               .getAlignExportData(options);
  79       _bioJson = new FormatAdapter(ap, options).formatSequences(
  80               FileFormat.Json, exportData.getAlignment(),
  81               exportData.getOmitHidden(), exportData.getStartEndPostions(),
  82               ap.getAlignViewport().getAlignment().getHiddenColumns());
  83     }
  84
  85     return _bioJson;
  86   }
  87
  88   /**
  89    * Read a template file content as string
  90    *
  91    * @param file
  92    *          - the file to be read
  93    * @return File content as String
  94    * @throws IOException
  95    */
  96   public static String readFileAsString(File file) throws IOException
  97   {
  98     InputStreamReader isReader = null;
  99     BufferedReader buffReader = null;
 100     StringBuilder sb = new StringBuilder();
 101     Objects.requireNonNull(file, "File must not be null!");
 102     @SuppressWarnings("deprecation")
 103     URL url = file.toURL();
 104     if (url != null)
 105     {
 106       try
 107       {
 108         isReader = new InputStreamReader(url.openStream());
 109         buffReader = new BufferedReader(isReader);
 110         String line;
 111         String lineSeparator = System.getProperty("line.separator");
 112         while ((line = buffReader.readLine()) != null)
 113         {
 114           sb.append(line).append(lineSeparator);
 115         }
 116
 117       } catch (Exception ex)
 118       {
 119         ex.printStackTrace();
 120       } finally
 121       {
 122         if (isReader != null)
 123         {
 124           isReader.close();
 125         }
 126
 127         if (buffReader != null)
 128         {
 129           buffReader.close();
 130         }
 131       }
 132     }
 133     return sb.toString();
 134   }
 135
 136   public static String getImageMapHTML()
 137   {
 138     return new String("<html>\n" + "<head>\n"
 139             + "<script language=\"JavaScript\">\n"
 140             + "var ns4 = document.layers;\n"
 141             + "var ns6 = document.getElementById && !document.all;\n"
 142             + "var ie4 = document.all;\n" + "offsetX = 0;\n"
 143             + "offsetY = 20;\n" + "var toolTipSTYLE=\"\";\n"
 144             + "function initToolTips()\n" + "{\n" + "  if(ns4||ns6||ie4)\n"
 145             + "  {\n"
 146             + "    if(ns4) toolTipSTYLE = document.toolTipLayer;\n"
 147             + "    else if(ns6) toolTipSTYLE = document.getElementById(\"toolTipLayer\").style;\n"
 148             + "    else if(ie4) toolTipSTYLE = document.all.toolTipLayer.style;\n"
 149             + "    if(ns4) document.captureEvents(Event.MOUSEMOVE);\n"
 150             + "    else\n" + "    {\n"
 151             + "      toolTipSTYLE.visibility = \"visible\";\n"
 152             + "      toolTipSTYLE.display = \"none\";\n" + "    }\n"
 153             + "    document.onmousemove = moveToMouseLoc;\n" + "  }\n"
 154             + "}\n" + "function toolTip(msg, fg, bg)\n" + "{\n"
 155             + "  if(toolTip.arguments.length < 1) // hide\n" + "  {\n"
 156             + "    if(ns4) toolTipSTYLE.visibility = \"hidden\";\n"
 157             + "    else toolTipSTYLE.display = \"none\";\n" + "  }\n"
 158             + "  else // show\n" + "  {\n"
 159             + "    if(!fg) fg = \"#555555\";\n"
 160             + "    if(!bg) bg = \"#FFFFFF\";\n" + "    var content =\n"
 161             + "    '<table border=\"0\" cellspacing=\"0\" cellpadding=\"1\" bgcolor=\"' + fg + '\"><td>' +\n"
 162             + "    '<table border=\"0\" cellspacing=\"0\" cellpadding=\"1\" bgcolor=\"' + bg + \n"
 163             + "    '\"><td align=\"center\"><font face=\"sans-serif\" color=\"' + fg +\n"
 164             + "    '\" size=\"-2\">&nbsp;' + msg +\n"
 165             + "    '&nbsp;</font></td></table></td></table>';\n"
 166             + "    if(ns4)\n" + "    {\n"
 167             + "      toolTipSTYLE.document.write(content);\n"
 168             + "      toolTipSTYLE.document.close();\n"
 169             + "      toolTipSTYLE.visibility = \"visible\";\n" + "    }\n"
 170             + "    if(ns6)\n" + "    {\n"
 171             + "      document.getElementById(\"toolTipLayer\").innerHTML = content;\n"
 172             + "      toolTipSTYLE.display='block'\n" + "    }\n"
 173             + "    if(ie4)\n" + "    {\n"
 174             + "      document.all(\"toolTipLayer\").innerHTML=content;\n"
 175             + "      toolTipSTYLE.display='block'\n" + "    }\n" + "  }\n"
 176             + "}\n" + "function moveToMouseLoc(e)\n" + "{\n"
 177             + "  if(ns4||ns6)\n" + "  {\n" + "    x = e.pageX;\n"
 178             + "    y = e.pageY;\n" + "  }\n" + "  else\n" + "  {\n"
 179             + "    x = event.x + document.body.scrollLeft;\n"
 180             + "    y = event.y + document.body.scrollTop;\n" + "  }\n"
 181             + "  toolTipSTYLE.left = x + offsetX;\n"
 182             + "  toolTipSTYLE.top = y + offsetY;\n" + "  return true;\n"
 183             + "}\n" + "</script>\n" + "</head>\n" + "<body>\n"
 184             + "<div id=\"toolTipLayer\" style=\"position:absolute; visibility: hidden\"></div>\n"
 185             + "<script language=\"JavaScript\"><!--\n"
 186             + "initToolTips(); //--></script>\n");
 187
 188   }
 189
 190   public String getOutputFile() throws NoFileSelectedException
 191   {
 192     String selectedFile = null;
 193     if (pIndicator != null && !isHeadless())
 194     {
 195       pIndicator.setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
 196               "status.waiting_for_user_to_select_output_file", "HTML"),
 197               pSessionId);
 198     }
 199
 200     // TODO: JAL-3048 generate html rendered view (requires SvgGraphics and/or
 201     // Jalview HTML rendering system- probably not required for Jalview-JS)
 202     JalviewFileChooser jvFileChooser = new JalviewFileChooser("html",
 203             "HTML files");
 204     jvFileChooser.setFileView(new JalviewFileView());
 205
 206     jvFileChooser
 207             .setDialogTitle(MessageManager.getString("label.save_as_html"));
 208     jvFileChooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 209
 210     int fileChooserOpt = jvFileChooser.showSaveDialog(null);
 211     if (fileChooserOpt == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 212     {
 213       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
 214               jvFileChooser.getSelectedFile().getParent());
 215       selectedFile = jvFileChooser.getSelectedFile().getPath();
 216     }
 217     else
 218     {
 219       throw new NoFileSelectedException("No file was selected.");
 220     }
 221     return selectedFile;
 222   }
 223
 224   protected void setProgressMessage(String message)
 225   {
 226     if (pIndicator != null && !isHeadless())
 227     {
 228       pIndicator.setProgressBar(message, pSessionId);
 229     }
 230     else
 231     {
 232       System.out.println(message);
 233     }
 234   }
 235
 236   /**
 237    * Answers true if HTML export is invoke in headless mode or false otherwise
 238    *
 239    * @return
 240    */
 241   protected boolean isHeadless()
 242   {
 243     return System.getProperty("java.awt.headless") != null
 244             && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true");
 245   }
 246
 247   /**
 248    * This method provides implementation of consistent behaviour which should
 249    * occur before a HTML file export. It MUST be called at the start of the
 250    * exportHTML() method implementation.
 251    */
 252   protected void exportStarted()
 253   {
 254     pSessionId = System.currentTimeMillis();
 255   }
 256
 257   /**
 258    * This method provides implementation of consistent behaviour which should
 259    * occur after a HTML file export. It MUST be called at the end of the
 260    * exportHTML() method implementation.
 261    */
 262   protected void exportCompleted()
 263   {
 264     if (isLaunchInBrowserAfterExport() && !isHeadless())
 265     {
 266       try
 267       {
 268         jalview.util.BrowserLauncher
 269                 .openURL("file:///" + getExportedFile());
 270       } catch (IOException e)
 271       {
 272         e.printStackTrace();
 273       }
 274     }
 275   }
 276
 277   /**
 278    * if this answers true then BioJSON data will be embedded to the exported
 279    * HTML file otherwise it won't be embedded.
 280    *
 281    * @return
 282    */
 283   public abstract boolean isEmbedData();
 284
 285   /**
 286    * if this answers true then the generated HTML file is opened for viewing in
 287    * a browser after its generation otherwise it won't be opened in a browser
 288    *
 289    * @return
 290    */
 291   public abstract boolean isLaunchInBrowserAfterExport();
 292
 293   /**
 294    * handle to the generated HTML file
 295    *
 296    * @return
 297    */
 298   public abstract File getExportedFile();
 299
 300   /**
 301    * This is the main method to handle the HTML generation.
 302    *
 303    * @param outputFile
 304    *          the file path of the generated HTML
 305    */
 306   public abstract void exportHTML(String outputFile);
 307 }