src/jalview/io/HTMLOutput.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import java.io.BufferedReader;
  24 import java.io.File;
  25 import java.io.IOException;
  26 import java.io.InputStreamReader;
  27 import java.net.URL;
  28 import java.util.Objects;
  29
  30 import jalview.api.AlignExportSettingsI;
  31 import jalview.bin.Cache;
  32 import jalview.datamodel.AlignExportSettingsAdapter;
  33 import jalview.datamodel.AlignmentExportData;
  34 import jalview.gui.AlignmentPanel;
  35 import jalview.gui.IProgressIndicator;
  36 import jalview.util.MessageManager;
  37
  38 public abstract class HTMLOutput implements Runnable
  39 {
  40   protected AlignmentPanel ap;
  41
  42   /*
  43    * key for progress or status messages
  44    */
  45   protected long pSessionId;
  46
  47   /*
  48    * (optional) place to write progress messages to
  49    */
  50   protected IProgressIndicator pIndicator;
  51
  52   protected File generatedFile;
  53
  54   String _bioJson = null;
  55
  56   private String description;
  57
  58   /**
  59    * Constructor given an alignment panel (which should not be null)
  60    *
  61    * @param ap
  62    * @param desc
  63    */
  64   public HTMLOutput(AlignmentPanel ap, String desc)
  65   {
  66     this.ap = ap;
  67     this.pIndicator = ap.alignFrame;
  68     this.description = desc;
  69     this.pSessionId = System.currentTimeMillis();
  70   }
  71
  72   /**
  73    * Gets the BioJSON data as a string, with lazy evaluation (first time called
  74    * only). If the output format is configured not to embed BioJSON, returns
  75    * null.
  76    *
  77    * @return
  78    */
  79   public String getBioJSONData()
  80   {
  81     if (!isEmbedData())
  82     {
  83       return null;
  84     }
  85     if (_bioJson == null)
  86     {
  87       AlignExportSettingsI options = new AlignExportSettingsAdapter(true);
  88       AlignmentExportData exportData = ap.getAlignViewport()
  89               .getAlignExportData(options);
  90       _bioJson = new FormatAdapter(ap, options).formatSequences(
  91               FileFormat.Json, exportData.getAlignment(),
  92               exportData.getOmitHidden(), exportData.getStartEndPostions(),
  93               ap.getAlignViewport().getAlignment().getHiddenColumns());
  94     }
  95
  96     return _bioJson;
  97   }
  98
  99   /**
 100    * Read a template file content as string
 101    *
 102    * @param file
 103    *          - the file to be read
 104    * @return File content as String
 105    * @throws IOException
 106    */
 107   public static String readFileAsString(File file) throws IOException
 108   {
 109     InputStreamReader isReader = null;
 110     BufferedReader buffReader = null;
 111     StringBuilder sb = new StringBuilder();
 112     Objects.requireNonNull(file, "File must not be null!");
 113     @SuppressWarnings("deprecation")
 114     URL url = file.toURL();
 115     if (url != null)
 116     {
 117       try
 118       {
 119         isReader = new InputStreamReader(url.openStream());
 120         buffReader = new BufferedReader(isReader);
 121         String line;
 122         String lineSeparator = System.getProperty("line.separator");
 123         while ((line = buffReader.readLine()) != null)
 124         {
 125           sb.append(line).append(lineSeparator);
 126         }
 127
 128       } catch (Exception ex)
 129       {
 130         ex.printStackTrace();
 131       } finally
 132       {
 133         if (isReader != null)
 134         {
 135           isReader.close();
 136         }
 137
 138         if (buffReader != null)
 139         {
 140           buffReader.close();
 141         }
 142       }
 143     }
 144     return sb.toString();
 145   }
 146
 147   public static String getImageMapHTML()
 148   {
 149     return new String("<html>\n" + "<head>\n"
 150             + "<script language=\"JavaScript\">\n"
 151             + "var ns4 = document.layers;\n"
 152             + "var ns6 = document.getElementById && !document.all;\n"
 153             + "var ie4 = document.all;\n" + "offsetX = 0;\n"
 154             + "offsetY = 20;\n" + "var toolTipSTYLE=\"\";\n"
 155             + "function initToolTips()\n" + "{\n" + "  if(ns4||ns6||ie4)\n"
 156             + "  {\n"
 157             + "    if(ns4) toolTipSTYLE = document.toolTipLayer;\n"
 158             + "    else if(ns6) toolTipSTYLE = document.getElementById(\"toolTipLayer\").style;\n"
 159             + "    else if(ie4) toolTipSTYLE = document.all.toolTipLayer.style;\n"
 160             + "    if(ns4) document.captureEvents(Event.MOUSEMOVE);\n"
 161             + "    else\n" + "    {\n"
 162             + "      toolTipSTYLE.visibility = \"visible\";\n"
 163             + "      toolTipSTYLE.display = \"none\";\n" + "    }\n"
 164             + "    document.onmousemove = moveToMouseLoc;\n" + "  }\n"
 165             + "}\n" + "function toolTip(msg, fg, bg)\n" + "{\n"
 166             + "  if(toolTip.arguments.length < 1) // hide\n" + "  {\n"
 167             + "    if(ns4) toolTipSTYLE.visibility = \"hidden\";\n"
 168             + "    else toolTipSTYLE.display = \"none\";\n" + "  }\n"
 169             + "  else // show\n" + "  {\n"
 170             + "    if(!fg) fg = \"#555555\";\n"
 171             + "    if(!bg) bg = \"#FFFFFF\";\n" + "    var content =\n"
 172             + "    '<table border=\"0\" cellspacing=\"0\" cellpadding=\"1\" bgcolor=\"' + fg + '\"><td>' +\n"
 173             + "    '<table border=\"0\" cellspacing=\"0\" cellpadding=\"1\" bgcolor=\"' + bg + \n"
 174             + "    '\"><td align=\"center\"><font face=\"sans-serif\" color=\"' + fg +\n"
 175             + "    '\" size=\"-2\">&nbsp;' + msg +\n"
 176             + "    '&nbsp;</font></td></table></td></table>';\n"
 177             + "    if(ns4)\n" + "    {\n"
 178             + "      toolTipSTYLE.document.write(content);\n"
 179             + "      toolTipSTYLE.document.close();\n"
 180             + "      toolTipSTYLE.visibility = \"visible\";\n" + "    }\n"
 181             + "    if(ns6)\n" + "    {\n"
 182             + "      document.getElementById(\"toolTipLayer\").innerHTML = content;\n"
 183             + "      toolTipSTYLE.display='block'\n" + "    }\n"
 184             + "    if(ie4)\n" + "    {\n"
 185             + "      document.all(\"toolTipLayer\").innerHTML=content;\n"
 186             + "      toolTipSTYLE.display='block'\n" + "    }\n" + "  }\n"
 187             + "}\n" + "function moveToMouseLoc(e)\n" + "{\n"
 188             + "  if(ns4||ns6)\n" + "  {\n" + "    x = e.pageX;\n"
 189             + "    y = e.pageY;\n" + "  }\n" + "  else\n" + "  {\n"
 190             + "    x = event.x + document.body.scrollLeft;\n"
 191             + "    y = event.y + document.body.scrollTop;\n" + "  }\n"
 192             + "  toolTipSTYLE.left = x + offsetX;\n"
 193             + "  toolTipSTYLE.top = y + offsetY;\n" + "  return true;\n"
 194             + "}\n" + "</script>\n" + "</head>\n" + "<body>\n"
 195             + "<div id=\"toolTipLayer\" style=\"position:absolute; visibility: hidden\"></div>\n"
 196             + "<script language=\"JavaScript\"><!--\n"
 197             + "initToolTips(); //--></script>\n");
 198
 199   }
 200
 201   /**
 202    * Prompts the user to choose an output file and returns the file path, or
 203    * null on Cancel
 204    *
 205    * @return
 206    */
 207   public String getOutputFile()
 208   {
 209     String selectedFile = null;
 210
 211     // TODO: JAL-3048 generate html rendered view (requires SvgGraphics and/or
 212     // Jalview HTML rendering system- probably not required for Jalview-JS)
 213     JalviewFileChooser jvFileChooser = new JalviewFileChooser("html",
 214             "HTML files");
 215     jvFileChooser.setFileView(new JalviewFileView());
 216
 217     jvFileChooser
 218             .setDialogTitle(MessageManager.getString("label.save_as_html"));
 219     jvFileChooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 220
 221     int fileChooserOpt = jvFileChooser.showSaveDialog(null);
 222     if (fileChooserOpt == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 223     {
 224       Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
 225               jvFileChooser.getSelectedFile().getParent());
 226       selectedFile = jvFileChooser.getSelectedFile().getPath();
 227     }
 228
 229     return selectedFile;
 230   }
 231
 232   protected void setProgressMessage(String message)
 233   {
 234     if (pIndicator != null && !isHeadless())
 235     {
 236       pIndicator.setProgressBar(message, pSessionId);
 237     }
 238     else
 239     {
 240       System.out.println(message);
 241     }
 242   }
 243
 244   /**
 245    * Answers true if HTML export is invoke in headless mode or false otherwise
 246    *
 247    * @return
 248    */
 249   protected boolean isHeadless()
 250   {
 251     return System.getProperty("java.awt.headless") != null
 252             && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true");
 253   }
 254
 255   /**
 256    * This method provides implementation of consistent behaviour which should
 257    * occur after a HTML file export. It MUST be called at the end of the
 258    * exportHTML() method implementation.
 259    */
 260   protected void exportCompleted()
 261   {
 262     if (isLaunchInBrowserAfterExport() && !isHeadless())
 263     {
 264       /*
 265       try
 266       {
 267       */
 268       jalview.util.BrowserLauncher.openURL("file:///" + getExportedFile());
 269       /*
 270       } catch (IOException e)
 271       {
 272         e.printStackTrace();
 273       }
 274       */
 275     }
 276   }
 277
 278   /**
 279    * if this answers true then BioJSON data will be embedded to the exported
 280    * HTML file otherwise it won't be embedded.
 281    *
 282    * @return
 283    */
 284   public abstract boolean isEmbedData();
 285
 286   /**
 287    * if this answers true then the generated HTML file is opened for viewing in
 288    * a browser after its generation otherwise it won't be opened in a browser
 289    *
 290    * @return
 291    */
 292   public abstract boolean isLaunchInBrowserAfterExport();
 293
 294   /**
 295    * handle to the generated HTML file
 296    *
 297    * @return
 298    */
 299   public File getExportedFile()
 300   {
 301     return generatedFile;
 302   }
 303
 304   public void exportHTML(String outputFile)
 305   {
 306     setProgressMessage(MessageManager.formatMessage(
 307             "status.exporting_alignment_as_x_file", getDescription()));
 308     try
 309     {
 310       if (outputFile == null)
 311       {
 312         /*
 313          * prompt for output file
 314          */
 315         outputFile = getOutputFile();
 316         if (outputFile == null)
 317         {
 318           setProgressMessage(MessageManager.formatMessage(
 319                   "status.cancelled_image_export_operation",
 320                   getDescription()));
 321           return;
 322         }
 323       }
 324       generatedFile = new File(outputFile);
 325     } catch (Exception e)
 326     {
 327       setProgressMessage(MessageManager
 328               .formatMessage("info.error_creating_file", getDescription()));
 329       e.printStackTrace();
 330       return;
 331     }
 332     new Thread(this).start();
 333
 334   }
 335
 336   /**
 337    * Answers a short description of the image format suitable for display in
 338    * messages
 339    *
 340    * @return
 341    */
 342   protected final String getDescription()
 343   {
 344     return description;
 345   }
 346 }