src/jalview/io/HTMLOutput.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.io;\r
  20 \r
  21 import java.io.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 import jalview.gui.*;\r
  27 \r
  28 public class HTMLOutput\r
  29 {\r
  30   AlignViewport av;\r
  31   SequenceRenderer sr;\r
  32   FeatureRenderer fr;\r
  33   Color color;\r
  34 \r
  35   public HTMLOutput(AlignmentPanel ap, SequenceRenderer sr, FeatureRenderer fr1)\r
  36   {\r
  37     this.av = ap.av;\r
  38     this.sr = sr;\r
  39 \r
  40     fr = new FeatureRenderer(ap);\r
  41     fr.transferSettings(fr1);\r
  42 \r
  43     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.\r
  44         getProperty(\r
  45             "LAST_DIRECTORY"), new String[]\r
  46         {"html"},\r
  47         new String[]\r
  48         {"HTML files"}, "HTML files");\r
  49 \r
  50     chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
  51     chooser.setDialogTitle("Save as HTML");\r
  52     chooser.setToolTipText("Save");\r
  53 \r
  54     int value = chooser.showSaveDialog(null);\r
  55 \r
  56     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
  57     {\r
  58       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();\r
  59       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",\r
  60                                     chooser.getSelectedFile().getParent());\r
  61 \r
  62       try\r
  63       {\r
  64         PrintWriter out = new java.io.PrintWriter(new java.io.FileWriter(\r
  65             choice));\r
  66         out.println("<HTML>");\r
  67         out.println("<style type=\"text/css\">");\r
  68         out.println("<!--");\r
  69         out.print("td {font-family: \"" + av.getFont().getFamily() +\r
  70                   "\", \"" + av.getFont().getName() + "\", mono; " +\r
  71                   "font-size: " + av.getFont().getSize() + "px; ");\r
  72 \r
  73         if (av.getFont().getStyle() == Font.BOLD)\r
  74         {\r
  75           out.print("font-weight: BOLD; ");\r
  76         }\r
  77 \r
  78         if (av.getFont().getStyle() == Font.ITALIC)\r
  79         {\r
  80           out.print("font-style: italic; ");\r
  81         }\r
  82 \r
  83         out.println("text-align: center; }");\r
  84 \r
  85         out.println("-->");\r
  86         out.println("</style>");\r
  87         out.println("<BODY>");\r
  88 \r
  89         if (av.getWrapAlignment())\r
  90         {\r
  91           drawWrappedAlignment(out);\r
  92         }\r
  93         else\r
  94         {\r
  95           drawUnwrappedAlignment(out);\r
  96         }\r
  97 \r
  98         out.println("\n</body>\n</html>");\r
  99         out.close();\r
 100         jalview.util.BrowserLauncher.openURL("file:///" + choice);\r
 101       }\r
 102       catch (Exception ex)\r
 103       {\r
 104         ex.printStackTrace();\r
 105       }\r
 106     }\r
 107   }\r
 108 \r
 109   void drawUnwrappedAlignment(PrintWriter out)\r
 110   {\r
 111     out.println("<table border=\"1\"><tr><td>\n");\r
 112     out.println(\r
 113         "<table border=\"0\"  cellpadding=\"0\" cellspacing=\"0\">\n");\r
 114 \r
 115     //////////////\r
 116     SequenceI seq;\r
 117     AlignmentI alignment = av.getAlignment();\r
 118 \r
 119     // draws the top row, the measure rule\r
 120     out.println("<tr><td colspan=\"6\"></td>");\r
 121 \r
 122     int i = 0;\r
 123 \r
 124     for (i = 10; i < (alignment.getWidth() - 10); i += 10)\r
 125     {\r
 126       out.println("<td colspan=\"9\">" + i + "<br>|</td><td></td>");\r
 127     }\r
 128 \r
 129     out.println("<td colspan=\"3\"></td><td colspan=\"3\">" + i +\r
 130                 "<br>|</td>");\r
 131     out.println("</tr>");\r
 132 \r
 133     for (i = 0; i < alignment.getHeight(); i++)\r
 134     {\r
 135       seq = alignment.getSequenceAt(i);\r
 136 \r
 137       String id = seq.getDisplayId(av.getShowJVSuffix());\r
 138 \r
 139       out.println("<tr><td nowrap>" + id +\r
 140                   "&nbsp;&nbsp;</td>");\r
 141 \r
 142       for (int res = 0; res < seq.getLength(); res++)\r
 143       {\r
 144         if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(res)))\r
 145         {\r
 146           color = sr.getResidueBoxColour(seq, res);\r
 147 \r
 148           color = fr.findFeatureColour(color, seq, res);\r
 149         }\r
 150         else\r
 151         {\r
 152           color = Color.white;\r
 153         }\r
 154 \r
 155         if (color.getRGB() < -1)\r
 156         {\r
 157           out.println("<td bgcolor=\"#" +\r
 158                       jalview.util.Format.getHexString(color) + "\">" +\r
 159                       seq.getCharAt(res) + "</td>");\r
 160         }\r
 161         else\r
 162         {\r
 163           out.println("<td>" + seq.getCharAt(res) + "</td>");\r
 164         }\r
 165       }\r
 166 \r
 167       out.println("</tr>");\r
 168     }\r
 169 \r
 170     //////////////\r
 171     out.println("</table>");\r
 172     out.println("</td></tr></table>");\r
 173   }\r
 174 \r
 175   void drawWrappedAlignment(PrintWriter out)\r
 176   {\r
 177     ////////////////////////////////////\r
 178     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 179     AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 180     SequenceI seq;\r
 181     String r;\r
 182     String g;\r
 183     String b;\r
 184 \r
 185     out.println("<table border=\"1\"><tr><td>\n");\r
 186     out.println(\r
 187         "<table border=\"0\"  cellpadding=\"0\" cellspacing=\"0\">\n");\r
 188 \r
 189     for (int startRes = 0; startRes < al.getWidth();\r
 190          startRes += av.getWrappedWidth())\r
 191     {\r
 192       int endRes = startRes + av.getWrappedWidth();\r
 193 \r
 194       if (endRes > al.getWidth())\r
 195       {\r
 196         endRes = al.getWidth();\r
 197       }\r
 198 \r
 199       if (av.getScaleAboveWrapped())\r
 200       {\r
 201         out.println("<tr>");\r
 202 \r
 203         if (av.getScaleLeftWrapped())\r
 204         {\r
 205           out.println("<td colspan=\"7\">&nbsp;</td>");\r
 206         }\r
 207         else\r
 208         {\r
 209           out.println("<td colspan=\"6\">&nbsp;</td>");\r
 210         }\r
 211 \r
 212         for (int i = startRes + 10; i < endRes; i += 10)\r
 213         {\r
 214           out.println("<td colspan=\"9\">" + i + "<br>|</td><td></td>");\r
 215         }\r
 216 \r
 217         out.println("</tr>");\r
 218       }\r
 219 \r
 220       int startPos, endPos;\r
 221       for (int s = 0; s < al.getHeight(); s++)\r
 222       {\r
 223         out.println("<tr>");\r
 224         seq = al.getSequenceAt(s);\r
 225 \r
 226         startPos = seq.findPosition(startRes);\r
 227         endPos = seq.findPosition(endRes) - 1;\r
 228 \r
 229         String id = seq.getDisplayId(av.getShowJVSuffix());\r
 230 \r
 231         out.println("<td nowrap>" + id +\r
 232                     "&nbsp;&nbsp;</td>");\r
 233 \r
 234         if (av.getScaleLeftWrapped())\r
 235         {\r
 236           if (startPos > seq.getEnd() || endPos == 0)\r
 237           {\r
 238             out.println("<td nowrap>&nbsp;</td>");\r
 239           }\r
 240           else\r
 241           {\r
 242             out.println("<td nowrap>" + startPos +\r
 243                         "&nbsp;&nbsp;</td>");\r
 244           }\r
 245         }\r
 246 \r
 247         for (int res = startRes; res < endRes; res++)\r
 248         {\r
 249           if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(res)))\r
 250           {\r
 251             color = sr.getResidueBoxColour(seq, res);\r
 252 \r
 253             color = fr.findFeatureColour(color, seq, res);\r
 254           }\r
 255           else\r
 256           {\r
 257             color = Color.white;\r
 258           }\r
 259 \r
 260           if (color.getRGB() < -1)\r
 261           {\r
 262             out.println("<td bgcolor=\"#" +\r
 263                         jalview.util.Format.getHexString(color) + "\">" +\r
 264                         seq.getCharAt(res) + "</td>");\r
 265           }\r
 266           else\r
 267           {\r
 268             out.println("<td>" + seq.getCharAt(res) + "</td>");\r
 269           }\r
 270 \r
 271         }\r
 272 \r
 273         if (av.getScaleRightWrapped() &&\r
 274             endRes < startRes + av.getWrappedWidth())\r
 275         {\r
 276           out.println("<td colspan=\"" +\r
 277                       (startRes + av.getWrappedWidth() - endRes) + "\">"\r
 278                       + "&nbsp;&nbsp;</td>");\r
 279         }\r
 280 \r
 281         if (av.getScaleRightWrapped() && startPos < endPos)\r
 282         {\r
 283           out.println("<td nowrap>&nbsp;" + endPos +\r
 284                       "&nbsp;&nbsp;</td>");\r
 285         }\r
 286 \r
 287         out.println("</tr>");\r
 288       }\r
 289 \r
 290       if (endRes < al.getWidth())\r
 291       {\r
 292         out.println("<tr><td height=\"5\"></td></tr>");\r
 293       }\r
 294     }\r
 295 \r
 296     out.println("</table>");\r
 297     out.println("</table>");\r
 298   }\r
 299 \r
 300   public static String getImageMapHTML()\r
 301   {\r
 302     return new String(\r
 303         "<html>\n"\r
 304         + "<head>\n"\r
 305         + "<script language=\"JavaScript\">\n"\r
 306         + "var ns4 = document.layers;\n"\r
 307         + "var ns6 = document.getElementById && !document.all;\n"\r
 308         + "var ie4 = document.all;\n"\r
 309         + "offsetX = 0;\n"\r
 310         + "offsetY = 20;\n"\r
 311         + "var toolTipSTYLE=\"\";\n"\r
 312         + "function initToolTips()\n"\r
 313         + "{\n"\r
 314         + "  if(ns4||ns6||ie4)\n"\r
 315         + "  {\n"\r
 316         + "    if(ns4) toolTipSTYLE = document.toolTipLayer;\n"\r
 317         + "    else if(ns6) toolTipSTYLE = document.getElementById(\"toolTipLayer\").style;\n"\r
 318         + "    else if(ie4) toolTipSTYLE = document.all.toolTipLayer.style;\n"\r
 319         + "    if(ns4) document.captureEvents(Event.MOUSEMOVE);\n"\r
 320         + "    else\n"\r
 321         + "    {\n"\r
 322         + "      toolTipSTYLE.visibility = \"visible\";\n"\r
 323         + "      toolTipSTYLE.display = \"none\";\n"\r
 324         + "    }\n"\r
 325         + "    document.onmousemove = moveToMouseLoc;\n"\r
 326         + "  }\n"\r
 327         + "}\n"\r
 328         + "function toolTip(msg, fg, bg)\n"\r
 329         + "{\n"\r
 330         + "  if(toolTip.arguments.length < 1) // hide\n"\r
 331         + "  {\n"\r
 332         + "    if(ns4) toolTipSTYLE.visibility = \"hidden\";\n"\r
 333         + "    else toolTipSTYLE.display = \"none\";\n"\r
 334         + "  }\n"\r
 335         + "  else // show\n"\r
 336         + "  {\n"\r
 337         + "    if(!fg) fg = \"#555555\";\n"\r
 338         + "    if(!bg) bg = \"#FFFFFF\";\n"\r
 339         + "    var content =\n"\r
 340         + "    '<table border=\"0\" cellspacing=\"0\" cellpadding=\"1\" bgcolor=\"' + fg + '\"><td>' +\n"\r
 341         + "    '<table border=\"0\" cellspacing=\"0\" cellpadding=\"1\" bgcolor=\"' + bg + \n"\r
 342         +\r
 343         "    '\"><td align=\"center\"><font face=\"sans-serif\" color=\"' + fg +\n"\r
 344         + "    '\" size=\"-2\">&nbsp;' + msg +\n"\r
 345         + "    '&nbsp;</font></td></table></td></table>';\n"\r
 346         + "    if(ns4)\n"\r
 347         + "    {\n"\r
 348         + "      toolTipSTYLE.document.write(content);\n"\r
 349         + "      toolTipSTYLE.document.close();\n"\r
 350         + "      toolTipSTYLE.visibility = \"visible\";\n"\r
 351         + "    }\n"\r
 352         + "    if(ns6)\n"\r
 353         + "    {\n"\r
 354         +\r
 355         "      document.getElementById(\"toolTipLayer\").innerHTML = content;\n"\r
 356         + "      toolTipSTYLE.display='block'\n"\r
 357         + "    }\n"\r
 358         + "    if(ie4)\n"\r
 359         + "    {\n"\r
 360         + "      document.all(\"toolTipLayer\").innerHTML=content;\n"\r
 361         + "      toolTipSTYLE.display='block'\n"\r
 362         + "    }\n"\r
 363         + "  }\n"\r
 364         + "}\n"\r
 365         + "function moveToMouseLoc(e)\n"\r
 366         + "{\n"\r
 367         + "  if(ns4||ns6)\n"\r
 368         + "  {\n"\r
 369         + "    x = e.pageX;\n"\r
 370         + "    y = e.pageY;\n"\r
 371         + "  }\n"\r
 372         + "  else\n"\r
 373         + "  {\n"\r
 374         + "    x = event.x + document.body.scrollLeft;\n"\r
 375         + "    y = event.y + document.body.scrollTop;\n"\r
 376         + "  }\n"\r
 377         + "  toolTipSTYLE.left = x + offsetX;\n"\r
 378         + "  toolTipSTYLE.top = y + offsetY;\n"\r
 379         + "  return true;\n"\r
 380         + "}\n"\r
 381         + "</script>\n"\r
 382         + "</head>\n"\r
 383         + "<body>\n"\r
 384         + "<div id=\"toolTipLayer\" style=\"position:absolute; visibility: hidden\"></div>\n"\r
 385         + "<script language=\"JavaScript\"><!--\n"\r
 386         + "initToolTips(); //--></script>\n");\r
 387 \r
 388   }\r
 389 }\r