src/jalview/io/HTMLOutput.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.io;\r
  20 \r
  21 import java.io.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 import jalview.gui.*;\r
  27 import jalview.schemes.*;\r
  28 \r
  29 public class HTMLOutput\r
  30 {\r
  31   AlignViewport av;\r
  32   SequenceRenderer sr;\r
  33   Color color;\r
  34 \r
  35   public HTMLOutput(AlignViewport av)\r
  36   {\r
  37     this.av = av;\r
  38     sr = new SequenceRenderer(av);\r
  39 \r
  40     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.\r
  41         getProperty(\r
  42             "LAST_DIRECTORY"), new String[]\r
  43         {"html"},\r
  44         new String[]\r
  45         {"HTML files"}, "HTML files");\r
  46 \r
  47     chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
  48     chooser.setDialogTitle("Save as HTML");\r
  49     chooser.setToolTipText("Save");\r
  50 \r
  51     int value = chooser.showSaveDialog(null);\r
  52 \r
  53     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
  54     {\r
  55       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();\r
  56       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",\r
  57                                     chooser.getSelectedFile().getParent());\r
  58 \r
  59       try\r
  60       {\r
  61         PrintWriter out = new java.io.PrintWriter(new java.io.FileWriter(\r
  62             choice));\r
  63         out.println("<HTML>");\r
  64         out.println("<style type=\"text/css\">");\r
  65         out.println("<!--");\r
  66         out.print("td {font-family: \"" + av.getFont().getFamily() +\r
  67                   "\", \"" + av.getFont().getName() + "\", mono; " +\r
  68                   "font-size: " + av.getFont().getSize() + "px; ");\r
  69 \r
  70         if (av.getFont().getStyle() == Font.BOLD)\r
  71         {\r
  72           out.print("font-weight: BOLD; ");\r
  73         }\r
  74 \r
  75         if (av.getFont().getStyle() == Font.ITALIC)\r
  76         {\r
  77           out.print("font-style: italic; ");\r
  78         }\r
  79 \r
  80         out.println("text-align: center; }");\r
  81 \r
  82         out.println("-->");\r
  83         out.println("</style>");\r
  84         out.println("<BODY>");\r
  85 \r
  86         if (av.getWrapAlignment())\r
  87         {\r
  88           drawWrappedAlignment(out);\r
  89         }\r
  90         else\r
  91         {\r
  92           drawUnwrappedAlignment(out);\r
  93         }\r
  94 \r
  95         out.println("\n</body>\n</html>");\r
  96         out.close();\r
  97         jalview.util.BrowserLauncher.openURL("file:///" + choice);\r
  98       }\r
  99       catch (Exception ex)\r
 100       {\r
 101         ex.printStackTrace();\r
 102       }\r
 103     }\r
 104   }\r
 105 \r
 106   void drawUnwrappedAlignment(PrintWriter out)\r
 107   {\r
 108     out.println("<table border=\"1\"><tr><td>\n");\r
 109     out.println(\r
 110         "<table border=\"0\"  cellpadding=\"0\" cellspacing=\"0\">\n");\r
 111 \r
 112     //////////////\r
 113     SequenceGroup[] groups;\r
 114     SequenceI seq;\r
 115     ColourSchemeI cs = null;\r
 116     AlignmentI alignment = av.getAlignment();\r
 117 \r
 118     // draws the top row, the measure rule\r
 119     out.println("<tr><td colspan=\"6\"></td>");\r
 120 \r
 121     int i = 0;\r
 122 \r
 123     for (i = 10; i < (alignment.getWidth() - 10); i += 10)\r
 124     {\r
 125       out.println("<td colspan=\"9\">" + i + "<br>|</td><td></td>");\r
 126     }\r
 127 \r
 128     out.println("<td colspan=\"3\"></td><td colspan=\"3\">" + i +\r
 129                 "<br>|</td>");\r
 130     out.println("</tr>");\r
 131 \r
 132     for (i = 0; i < alignment.getHeight(); i++)\r
 133     {\r
 134       seq = alignment.getSequenceAt(i);\r
 135       groups = alignment.findAllGroups(seq);\r
 136 \r
 137       if (av.getShowFullId())\r
 138       {\r
 139         out.println("<tr><td nowrap>" + seq.getDisplayId() +\r
 140                     "&nbsp;&nbsp;</td>");\r
 141       }\r
 142       else\r
 143       {\r
 144         out.println("<tr><td nowrap>" + seq.getName() +\r
 145                     "&nbsp;&nbsp;</td>");\r
 146       }\r
 147 \r
 148       for (int res = 0; res < seq.getLength(); res++)\r
 149       {\r
 150         cs = av.getGlobalColourScheme();\r
 151 \r
 152         if (groups != null)\r
 153         {\r
 154           for (int k = 0; k < groups.length; k++)\r
 155           {\r
 156             if ( (groups[k].getStartRes() <= res) &&\r
 157                 (groups[k].getEndRes() >= res))\r
 158             {\r
 159               cs = groups[k].cs;\r
 160 \r
 161               break;\r
 162             }\r
 163           }\r
 164         }\r
 165 \r
 166         color = sr.getResidueBoxColour(cs, seq, res);\r
 167 \r
 168         if (color.getRGB() < -1)\r
 169         {\r
 170           out.println("<td bgcolor=\"#" +\r
 171                       jalview.util.Format.getHexString(color) + "\">" +\r
 172                       seq.getCharAt(res) + "</td>");\r
 173         }\r
 174         else\r
 175         {\r
 176           out.println("<td>" + seq.getCharAt(res) + "</td>");\r
 177         }\r
 178       }\r
 179 \r
 180       out.println("</tr>");\r
 181     }\r
 182 \r
 183     //////////////\r
 184     out.println("</table>");\r
 185     out.println("</td></tr></table>");\r
 186   }\r
 187 \r
 188   void drawWrappedAlignment(PrintWriter out)\r
 189   {\r
 190     ////////////////////////////////////\r
 191     /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 192     AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 193     SequenceGroup[] groups;\r
 194     SequenceI seq;\r
 195     ColourSchemeI cs = null;\r
 196     String r;\r
 197     String g;\r
 198     String b;\r
 199 \r
 200     out.println("<table border=\"1\"><tr><td>\n");\r
 201     out.println(\r
 202         "<table border=\"0\"  cellpadding=\"0\" cellspacing=\"0\">\n");\r
 203 \r
 204     for (int startRes = 0; startRes < al.getWidth();\r
 205          startRes += av.getWrappedWidth())\r
 206     {\r
 207       int endRes = startRes + av.getWrappedWidth();\r
 208 \r
 209       if (endRes > al.getWidth())\r
 210       {\r
 211         endRes = al.getWidth();\r
 212       }\r
 213 \r
 214       out.println("<tr>");\r
 215       out.println("<td colspan=\"6\">&nbsp;</td>");\r
 216 \r
 217       for (int i = startRes + 10; i < endRes; i += 10)\r
 218       {\r
 219         out.println("<td colspan=\"9\">" + i + "<br>|</td><td></td>");\r
 220       }\r
 221 \r
 222       // out.println("<td colspan=\"3\"></td><td colspan=\"3\">" + i +\r
 223       //             "<br>|</td>");\r
 224       out.println("</tr>");\r
 225 \r
 226       for (int s = 0; s < al.getHeight(); s++)\r
 227       {\r
 228         out.println("<tr>");\r
 229         seq = al.getSequenceAt(s);\r
 230         groups = al.findAllGroups(seq);\r
 231 \r
 232         if (av.getShowFullId())\r
 233         {\r
 234           out.println("<td nowrap>" + seq.getDisplayId() +\r
 235                       "&nbsp;&nbsp;</td>");\r
 236         }\r
 237         else\r
 238         {\r
 239           out.println("<td nowrap>" + seq.getName() +\r
 240                       "&nbsp;&nbsp;</td>");\r
 241         }\r
 242 \r
 243         for (int res = startRes; res < endRes; res++)\r
 244         {\r
 245           cs = av.getGlobalColourScheme();\r
 246 \r
 247           if (groups != null)\r
 248           {\r
 249             for (int k = 0; k < groups.length; k++)\r
 250             {\r
 251               if ( (groups[k].getStartRes() <= res) &&\r
 252                   (groups[k].getEndRes() >= res))\r
 253               {\r
 254                 cs = groups[k].cs;\r
 255 \r
 256                 break;\r
 257               }\r
 258             }\r
 259           }\r
 260 \r
 261           color = sr.getResidueBoxColour(cs, seq, res);\r
 262 \r
 263           if (color.getRGB() < -1)\r
 264           {\r
 265             r = Integer.toHexString(color.getRed());\r
 266 \r
 267             if (r.length() < 2)\r
 268             {\r
 269               r = "0" + r;\r
 270             }\r
 271 \r
 272             g = Integer.toHexString(color.getGreen());\r
 273 \r
 274             if (g.length() < 2)\r
 275             {\r
 276               g = "0" + g;\r
 277             }\r
 278 \r
 279             b = Integer.toHexString(color.getBlue());\r
 280 \r
 281             if (b.length() < 2)\r
 282             {\r
 283               b = "0" + b;\r
 284             }\r
 285 \r
 286             out.println("<td bgcolor=\"#" + r + g + b + "\">" +\r
 287                         seq.getCharAt(res) + "</td>");\r
 288           }\r
 289           else\r
 290           {\r
 291             out.println("<td>" + seq.getCharAt(res) + "</td>");\r
 292           }\r
 293         }\r
 294 \r
 295         out.println("</tr>");\r
 296       }\r
 297 \r
 298       if (endRes < al.getWidth())\r
 299       {\r
 300         out.println("<tr><td height=\"5\"></td></tr>");\r
 301       }\r
 302     }\r
 303 \r
 304     out.println("</table>");\r
 305     out.println("</table>");\r
 306   }\r
 307 \r
 308   public static String getImageMapHTML()\r
 309   {\r
 310     return new String(\r
 311       "<html>\n"\r
 312       +"<head>\n"\r
 313       +"<script language=\"JavaScript\">\n"\r
 314       +"var ns4 = document.layers;\n"\r
 315       +"var ns6 = document.getElementById && !document.all;\n"\r
 316       +"var ie4 = document.all;\n"\r
 317       +"offsetX = 0;\n"\r
 318       +"offsetY = 20;\n"\r
 319       +"var toolTipSTYLE=\"\";\n"\r
 320       +"function initToolTips()\n"\r
 321       +"{\n"\r
 322       +"  if(ns4||ns6||ie4)\n"\r
 323       +"  {\n"\r
 324       +"    if(ns4) toolTipSTYLE = document.toolTipLayer;\n"\r
 325       +"    else if(ns6) toolTipSTYLE = document.getElementById(\"toolTipLayer\").style;\n"\r
 326       +"    else if(ie4) toolTipSTYLE = document.all.toolTipLayer.style;\n"\r
 327       +"    if(ns4) document.captureEvents(Event.MOUSEMOVE);\n"\r
 328       +"    else\n"\r
 329       +"    {\n"\r
 330       +"      toolTipSTYLE.visibility = \"visible\";\n"\r
 331       +"      toolTipSTYLE.display = \"none\";\n"\r
 332       +"    }\n"\r
 333       +"    document.onmousemove = moveToMouseLoc;\n"\r
 334       +"  }\n"\r
 335       +"}\n"\r
 336       +"function toolTip(msg, fg, bg)\n"\r
 337       +"{\n"\r
 338       +"  if(toolTip.arguments.length < 1) // hide\n"\r
 339       +"  {\n"\r
 340       +"    if(ns4) toolTipSTYLE.visibility = \"hidden\";\n"\r
 341       +"    else toolTipSTYLE.display = \"none\";\n"\r
 342       +"  }\n"\r
 343       +"  else // show\n"\r
 344       +"  {\n"\r
 345       +"    if(!fg) fg = \"#555555\";\n"\r
 346       +"    if(!bg) bg = \"#FFFFFF\";\n"\r
 347       +"    var content =\n"\r
 348       +"    '<table border=\"0\" cellspacing=\"0\" cellpadding=\"1\" bgcolor=\"' + fg + '\"><td>' +\n"\r
 349       +"    '<table border=\"0\" cellspacing=\"0\" cellpadding=\"1\" bgcolor=\"' + bg + \n"\r
 350       +"    '\"><td align=\"center\"><font face=\"sans-serif\" color=\"' + fg +\n"\r
 351       +"    '\" size=\"-2\">&nbsp;' + msg +\n"\r
 352       +"    '&nbsp;</font></td></table></td></table>';\n"\r
 353       +"    if(ns4)\n"\r
 354       +"    {\n"\r
 355       +"      toolTipSTYLE.document.write(content);\n"\r
 356       +"      toolTipSTYLE.document.close();\n"\r
 357       +"      toolTipSTYLE.visibility = \"visible\";\n"\r
 358       +"    }\n"\r
 359       +"    if(ns6)\n"\r
 360       +"    {\n"\r
 361       +"      document.getElementById(\"toolTipLayer\").innerHTML = content;\n"\r
 362       +"      toolTipSTYLE.display='block'\n"\r
 363       +"    }\n"\r
 364       +"    if(ie4)\n"\r
 365       +"    {\n"\r
 366       +"      document.all(\"toolTipLayer\").innerHTML=content;\n"\r
 367       +"      toolTipSTYLE.display='block'\n"\r
 368       +"    }\n"\r
 369       +"  }\n"\r
 370       +"}\n"\r
 371       +"function moveToMouseLoc(e)\n"\r
 372       +"{\n"\r
 373       +"  if(ns4||ns6)\n"\r
 374       +"  {\n"\r
 375       +"    x = e.pageX;\n"\r
 376       +"    y = e.pageY;\n"\r
 377       +"  }\n"\r
 378       +"  else\n"\r
 379       +"  {\n"\r
 380       +"    x = event.x + document.body.scrollLeft;\n"\r
 381       +"    y = event.y + document.body.scrollTop;\n"\r
 382       +"  }\n"\r
 383       +"  toolTipSTYLE.left = x + offsetX;\n"\r
 384       +"  toolTipSTYLE.top = y + offsetY;\n"\r
 385       +"  return true;\n"\r
 386       +"}\n"\r
 387       +"</script>\n"\r
 388       +"</head>\n"\r
 389       +"<body>\n"\r
 390       +"<div id=\"toolTipLayer\" style=\"position:absolute; visibility: hidden\"></div>\n"\r
 391       +"<script language=\"JavaScript\"><!--\n"\r
 392       +"initToolTips(); //--></script>\n");\r
 393 \r
 394   }\r
 395 }\r