src/jalview/io/HtmlFile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21
  22 package jalview.io;
  23
  24 import java.io.IOException;
  25 import java.util.List;
  26
  27 import org.jsoup.Jsoup;
  28 import org.jsoup.nodes.Document;
  29 import org.jsoup.nodes.Element;
  30
  31 import jalview.api.AlignViewControllerGuiI;
  32 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  33
  34 public class HtmlFile extends AlignFile
  35 {
  36   public static final String FILE_EXT = "html";
  37
  38   public static final String FILE_DESC = "HTML";
  39
  40   private ColourSchemeI colourScheme;
  41
  42   private boolean showSeqFeatures;
  43
  44   private List<int[]> hiddenColumns;
  45
  46   public HtmlFile()
  47   {
  48     super();
  49   }
  50
  51   public HtmlFile(FileParse source) throws IOException
  52   {
  53     super(source);
  54   }
  55
  56   public HtmlFile(String inFile, String type) throws IOException
  57   {
  58     super(inFile, type);
  59   }
  60
  61   @Override
  62   public void parse() throws IOException
  63   {
  64     try
  65     {
  66       StringBuilder htmlData = new StringBuilder();
  67       String currentLine;
  68       while ((currentLine = nextLine()) != null)
  69       {
  70         htmlData.append(currentLine);
  71       }
  72
  73       Document doc = Jsoup.parse(htmlData.toString());
  74       Element content = doc.getElementById("seqData");
  75       String alignmentJsonString = content.val();
  76
  77       JSONFile jsonFile = new JSONFile().parse(alignmentJsonString);
  78       this.seqs = jsonFile.getSeqs();
  79       this.seqGroups = jsonFile.getSeqGroups();
  80       this.annotations = jsonFile.getAnnotations();
  81       this.showSeqFeatures = jsonFile.isShowSeqFeatures();
  82       this.colourScheme = jsonFile.getColourScheme();
  83       this.hiddenColumns = jsonFile.getHiddenColumns();
  84     } catch (Exception e)
  85     {
  86       e.printStackTrace();
  87     }
  88   }
  89
  90   public void applySettingsToAlignmentView(AlignViewControllerGuiI avc)
  91   {
  92     avc.setShowSeqFeatures(isShowSeqFeatures());
  93     avc.changeColour(getColourScheme());
  94     avc.setMenusForViewport();
  95     avc.hideColumns(hiddenColumns);
  96     avc.syncHiddenSequences();
  97   }
  98
  99   @Override
 100   public String print()
 101   {
 102     throw new UnsupportedOperationException(
 103             "Print method of HtmlFile is not supported!");
 104   }
 105
 106   public boolean isShowSeqFeatures()
 107   {
 108     return showSeqFeatures;
 109   }
 110
 111   public void setShowSeqFeatures(boolean showSeqFeatures)
 112   {
 113     this.showSeqFeatures = showSeqFeatures;
 114   }
 115
 116   public ColourSchemeI getColourScheme()
 117   {
 118     return colourScheme;
 119   }
 120
 121   public void setColourScheme(ColourSchemeI colourScheme)
 122   {
 123     this.colourScheme = colourScheme;
 124   }
 125
 126 }