src/jalview/io/JPredFile.java

   1 /*
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4 *
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 * of the License, or (at your option) any later version.
   9 *
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 * GNU General Public License for more details.
  14 *
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18 */\r
  19 \r
  20 /**
  21  * PredFile.java
  22  * JalviewX / Vamsas Project
  23  * JPred.seq.concise reader
  24  */\r
  25 package jalview.io;\r
  26 \r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 \r
  29 import jalview.util.*;\r
  30 \r
  31 import java.io.*;\r
  32 \r
  33 import java.util.*;\r
  34 \r
  35 \r
  36 public class JPredFile extends AlignFile {\r
  37     Vector ids;\r
  38     Vector conf;\r
  39     Hashtable Scores; // Hash of names and score vectors\r
  40     Hashtable Symscores; // indexes of symbol annotation properties in sequenceI vector\r
  41     private int QuerySeqPosition;\r
  42 \r
  43     public JPredFile(String inStr) {\r
  44         super(inStr);\r
  45     }\r
  46 \r
  47     public JPredFile(String inFile, String type) throws IOException {\r
  48         super(inFile, type);\r
  49     }\r
  50 \r
  51     public void setQuerySeqPosition(int QuerySeqPosition) {\r
  52         this.QuerySeqPosition = QuerySeqPosition;\r
  53     }\r
  54 \r
  55     public int getQuerySeqPosition() {\r
  56         return QuerySeqPosition;\r
  57     }\r
  58 \r
  59     public Hashtable getScores() {\r
  60         return Scores;\r
  61     }\r
  62 \r
  63     public Hashtable getSymscores() {\r
  64         return Symscores;\r
  65     }\r
  66 \r
  67     public void initData() {\r
  68         super.initData();\r
  69         Scores = new Hashtable();\r
  70         ids = null;\r
  71         conf = null;\r
  72     }\r
  73 \r
  74     /**
  75  * parse a JPred concise file into a sequence-alignment like object.
  76  */\r
  77     public void parse() throws IOException {\r
  78         // JBPNote log.System.out.println("all read in ");\r
  79         String line;\r
  80         QuerySeqPosition = -1;\r
  81         noSeqs = 0;\r
  82 \r
  83         Vector seq_entries = new Vector();\r
  84         Vector ids = new Vector();\r
  85         Hashtable Symscores = new Hashtable();\r
  86 \r
  87         while ((line = nextLine()) != null) {\r
  88             // Concise format allows no comments or non comma-formatted data\r
  89             StringTokenizer str = new StringTokenizer(line, ":");\r
  90             String id = "";\r
  91 \r
  92             if (!str.hasMoreTokens()) {\r
  93                 continue;\r
  94             }\r
  95 \r
  96             id = str.nextToken();\r
  97 \r
  98             String seqsym = str.nextToken();\r
  99             StringTokenizer symbols = new StringTokenizer(seqsym, ",");\r
 100 \r
 101             // decide if we have more than just alphanumeric symbols\r
 102             int numSymbols = symbols.countTokens();\r
 103 \r
 104             if (numSymbols == 0) {\r
 105                 continue;\r
 106             }\r
 107 \r
 108             if (seqsym.length() != (2 * numSymbols)) {\r
 109                 // Set of scalars for some property\r
 110                 if (Scores.containsKey(id)) {\r
 111                     int i = 1;\r
 112 \r
 113                     while (Scores.containsKey(id + "_" + i)) {\r
 114                         i++;\r
 115                     }\r
 116 \r
 117                     id = id + "_" + i;\r
 118                 }\r
 119 \r
 120                 Vector scores = new Vector();\r
 121 \r
 122                 // Typecheck from first entry\r
 123                 int i = 0;\r
 124                 String ascore = "dead";\r
 125 \r
 126                 try {\r
 127                     // store elements as floats...\r
 128                     while (symbols.hasMoreTokens()) {\r
 129                         ascore = symbols.nextToken();\r
 130 \r
 131                         Float score = new Float(ascore);\r
 132                         scores.addElement((Object) score);\r
 133                     }\r
 134 \r
 135                     Scores.put(id, scores);\r
 136                 } catch (Exception e) {\r
 137                     // or just keep them as strings\r
 138                     i = scores.size();\r
 139 \r
 140                     for (int j = 0; j < i; j++) {\r
 141                         scores.set(j,\r
 142                             (Object) ((Float) scores.get(j)).toString());\r
 143                     }\r
 144 \r
 145                     scores.addElement((Object) ascore);\r
 146 \r
 147                     while (symbols.hasMoreTokens()) {\r
 148                         ascore = symbols.nextToken();\r
 149                         scores.addElement((Object) ascore);\r
 150                     }\r
 151 \r
 152                     Scores.put(id, scores);\r
 153                 }\r
 154             } else if (id.equals("jnetconf")) {\r
 155                 // log.debug System.out.println("here");\r
 156                 id = "Prediction Confidence";\r
 157                 this.conf = new Vector(numSymbols);\r
 158 \r
 159                 for (int i = 0; i < numSymbols; i++) {\r
 160                     conf.set(i, (Object) symbols.nextToken());\r
 161                 }\r
 162             } else {\r
 163                 // Sequence or a prediction string (rendered as sequence)\r
 164                 StringBuffer newseq = new StringBuffer();\r
 165 \r
 166                 for (int i = 0; i < numSymbols; i++) {\r
 167                     newseq.append(symbols.nextToken());\r
 168                 }\r
 169 \r
 170                 if (id.indexOf(";") > -1) {\r
 171                     seq_entries.addElement(newseq);\r
 172 \r
 173                     int i = 1;\r
 174                     String name = id.substring(id.indexOf(";") + 1);\r
 175 \r
 176                     while (ids.lastIndexOf(name) > -1) {\r
 177                         name = id.substring(id.indexOf(";") + 1) + "_" + 1;\r
 178                     }\r
 179 \r
 180                     ids.addElement(name);\r
 181 \r
 182                     noSeqs++;\r
 183                 } else {\r
 184                     if (id.equals("JNETPRED")) {\r
 185                         id = "Predicted Secondary Structure";\r
 186                     }\r
 187 \r
 188                     seq_entries.addElement(newseq.toString());\r
 189                     ids.addElement(id);\r
 190                     Symscores.put((Object) id,\r
 191                         (Object) new Integer(ids.size() - 1));\r
 192                 }\r
 193             }\r
 194         }\r
 195 \r
 196         if (noSeqs < 1) {\r
 197             throw new IOException(\r
 198                 "JpredFile Parser: No sequence in the prediction!");\r
 199         }\r
 200 \r
 201         maxLength = seq_entries.elementAt(0).toString().length();\r
 202 \r
 203         for (int i = 0; i < ids.size(); i++) {\r
 204             // Add all sequence like objects\r
 205             Sequence newSeq = new Sequence(ids.elementAt(i).toString(),\r
 206                     seq_entries.elementAt(i).toString(), 1,\r
 207                     seq_entries.elementAt(i).toString().length());\r
 208 \r
 209             if (!Symscores.containsKey(ids.elementAt(i)) &&\r
 210                     !isValidProteinSequence(newSeq.getSequence())) {\r
 211                 throw new IOException(\r
 212                     "JPredConcise: Not a valid protein sequence - (" +\r
 213                     ids.elementAt(i).toString() + ")");\r
 214             }\r
 215 \r
 216             if (maxLength != seq_entries.elementAt(i).toString().length()) {\r
 217                 throw new IOException("JPredConcise: Entry (" +\r
 218                     ids.elementAt(i).toString() +\r
 219                     ") has an unexpected number of columns");\r
 220             }\r
 221 \r
 222             if (newSeq.getName().startsWith("QUERY") &&\r
 223                     (QuerySeqPosition == -1)) {\r
 224                 QuerySeqPosition = seqs.size();\r
 225             }\r
 226 \r
 227             seqs.addElement(newSeq);\r
 228         }\r
 229     }\r
 230 \r
 231     /**
 232  * print
 233  *
 234  * @return String
 235    */\r
 236     public String print() {\r
 237         return "Not Supported";\r
 238     }\r
 239 \r
 240     public static void main(String[] args) {\r
 241         try {\r
 242             JPredFile blc = new JPredFile(args[0], "File");\r
 243 \r
 244             for (int i = 0; i < blc.seqs.size(); i++) {\r
 245                 System.out.println(((Sequence) blc.seqs.elementAt(i)).getName() +\r
 246                     "\n" + ((Sequence) blc.seqs.elementAt(i)).getSequence() +\r
 247                     "\n");\r
 248             }\r
 249         } catch (java.io.IOException e) {\r
 250             System.err.println("Exception " + e);\r
 251             e.printStackTrace();\r
 252         }\r
 253     }\r
 254 }\r
 255 \r
 256 \r
 257 /*
 258  StringBuffer out = new StringBuffer();
 259
 260  out.append("START PRED\n");
 261  for (int i = 0; i < s[0].sequence.length(); i++)
 262  {
 263   out.append(s[0].sequence.substring(i, i + 1) + " ");
 264   out.append(s[1].sequence.substring(i, i + 1) + " ");
 265   out.append(s[1].score[0].elementAt(i) + " ");
 266   out.append(s[1].score[1].elementAt(i) + " ");
 267   out.append(s[1].score[2].elementAt(i) + " ");
 268   out.append(s[1].score[3].elementAt(i) + " ");
 269
 270   out.append("\n");
 271  }
 272  out.append("END PRED\n");
 273  return out.toString();
 274  }
 275
 276     public static void main(String[] args)
 277  {
 278   try
 279   {
 280     BLCFile blc = new BLCFile(args[0], "File");
 281     DrawableSequence[] s = new DrawableSequence[blc.seqs.size()];
 282     for (int i = 0; i < blc.seqs.size(); i++)
 283     {
 284       s[i] = new DrawableSequence( (Sequence) blc.seqs.elementAt(i));
 285     }
 286     String out = BLCFile.print(s);
 287
 288     AlignFrame af = new AlignFrame(null, s);
 289     af.resize(700, 500);
 290     af.show();
 291     System.out.println(out);
 292   }
 293   catch (java.io.IOException e)
 294   {
 295     System.out.println("Exception " + e);
 296   }
 297  }
 298
 299  }
 300  */\r