src/jalview/io/PDBFeatureSettings.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import jalview.api.FeatureColourI;
  24 import jalview.schemes.FeatureColour;
  25 import jalview.schemes.FeatureSettingsAdapter;
  26
  27 import java.awt.Color;
  28
  29 public class PDBFeatureSettings extends FeatureSettingsAdapter
  30 {
  31   // TODO find one central place to define feature names
  32   private static final String FEATURE_INSERTION = "INSERTION";
  33
  34   private static final String FEATURE_RES_NUM = "RESNUM";
  35
  36   @Override
  37   public boolean isFeatureDisplayed(String type)
  38   {
  39     return type.equalsIgnoreCase(FEATURE_INSERTION)
  40             || type.equalsIgnoreCase(FEATURE_RES_NUM);
  41   }
  42
  43   @Override
  44   public FeatureColourI getFeatureColour(String type)
  45   {
  46     if (type.equalsIgnoreCase(FEATURE_INSERTION))
  47     {
  48       return new FeatureColour()
  49       {
  50
  51         @Override
  52         public Color getColour()
  53         {
  54           return Color.RED;
  55         }
  56       };
  57     }
  58     return null;
  59   }
  60
  61   /**
  62    * Order to render insertion after ResNum
  63    */
  64   @Override
  65   public int compare(String feature1, String feature2)
  66   {
  67     if (feature1.equalsIgnoreCase(FEATURE_INSERTION))
  68     {
  69       return +1;
  70     }
  71     if (feature2.equalsIgnoreCase(FEATURE_INSERTION))
  72     {
  73       return -1;
  74     }
  75     if (feature1.equalsIgnoreCase(FEATURE_RES_NUM))
  76     {
  77       return +1;
  78     }
  79     if (feature2.equalsIgnoreCase(FEATURE_RES_NUM))
  80     {
  81       return -1;
  82     }
  83     return 0;
  84   }
  85 }