src/jalview/io/PIRFile.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.io;\r
  20 \r
  21 import java.io.*;\r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import jalview.analysis.*;\r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 \r
  27 public class PIRFile\r
  28     extends AlignFile\r
  29 {\r
  30   Vector words = new Vector(); //Stores the words in a line after splitting\r
  31 \r
  32   public PIRFile()\r
  33   {\r
  34   }\r
  35 \r
  36   public PIRFile(String inStr)\r
  37   {\r
  38     super(inStr);\r
  39   }\r
  40 \r
  41   public PIRFile(String inFile, String type)\r
  42       throws IOException\r
  43   {\r
  44     super(inFile, type);\r
  45   }\r
  46 \r
  47   public void parse()\r
  48   {\r
  49     try\r
  50     {\r
  51       String id;\r
  52       String start;\r
  53       String end;\r
  54       StringBuffer sequence;\r
  55       String line = null;\r
  56 \r
  57       while ( (line = nextLine()) != null)\r
  58       {\r
  59         if(line.length()==0)\r
  60         {\r
  61           //System.out.println("blank line");\r
  62           continue;\r
  63         }\r
  64 \r
  65         id = "No id";\r
  66         start = "1";\r
  67         end = "-1";\r
  68 \r
  69         try\r
  70         {\r
  71           int slashIndex = line.indexOf("/");\r
  72           if(slashIndex!=-1)\r
  73           {\r
  74             id = line.substring(line.indexOf(";") + 1, line.indexOf("/"));\r
  75             line = line.substring(line.indexOf("/") + 1);\r
  76             start = line.substring(0, line.indexOf("-"));\r
  77             end = line.substring(line.indexOf("-") + 1);\r
  78           }\r
  79           else\r
  80           {\r
  81             id = line.substring(line.indexOf(";")+1);\r
  82           }\r
  83         }\r
  84         catch (Exception ex)\r
  85         {    }// Default id, start and end unchanged\r
  86 \r
  87         sequence = new StringBuffer();\r
  88 \r
  89         line = nextLine(); // this is the title line\r
  90 \r
  91         boolean starFound = false;\r
  92 \r
  93         while(!starFound)\r
  94         {\r
  95           line = nextLine();\r
  96           sequence.append(line);\r
  97 \r
  98           if (line == null)\r
  99             break;\r
 100 \r
 101           if (line.indexOf("*") > -1)\r
 102           {\r
 103             starFound = true;\r
 104           }\r
 105         }\r
 106 \r
 107         if(sequence.length()>0)\r
 108         {\r
 109           sequence.setLength(sequence.length() - 1);\r
 110 \r
 111           Sequence newSeq = new Sequence(id, sequence.toString(),\r
 112                                          Integer.parseInt(start),\r
 113                                          Integer.parseInt(end));\r
 114           seqs.addElement(newSeq);\r
 115         }\r
 116       }\r
 117     }\r
 118     catch (Exception ex)\r
 119     {\r
 120       ex.printStackTrace();\r
 121     }\r
 122   }\r
 123 \r
 124   public String print()\r
 125   {\r
 126     return print(getSeqsAsArray());\r
 127   }\r
 128 \r
 129   public static String print(SequenceI[] s)\r
 130   {\r
 131     return print(s, 72, true);\r
 132   }\r
 133 \r
 134   public static String print(SequenceI[] s, int len)\r
 135   {\r
 136     return print(s, len, true);\r
 137   }\r
 138 \r
 139   public static String print(SequenceI[] s, int len, boolean gaps)\r
 140   {\r
 141     StringBuffer out = new StringBuffer();\r
 142     int i = 0;\r
 143 \r
 144     while ( (i < s.length) && (s[i] != null))\r
 145     {\r
 146       String seq = "";\r
 147 \r
 148       if (gaps)\r
 149       {\r
 150         seq = s[i].getSequence() + "*";\r
 151       }\r
 152       else\r
 153       {\r
 154         seq = AlignSeq.extractGaps(s[i].getSequence(), "-");\r
 155         seq = AlignSeq.extractGaps(seq, ".");\r
 156         seq = AlignSeq.extractGaps(seq, " ");\r
 157         seq = seq + "*";\r
 158       }\r
 159 \r
 160       out.append(">P1;" + s[i].getName() + "/" + s[i].getStart() + "-" +\r
 161                  s[i].getEnd() + "\n");\r
 162       out.append(" Dummy title\n");\r
 163 \r
 164       int nochunks = (seq.length() / len) + 1;\r
 165 \r
 166       for (int j = 0; j < nochunks; j++)\r
 167       {\r
 168         int start = j * len;\r
 169         int end = start + len;\r
 170 \r
 171         if (end < seq.length())\r
 172         {\r
 173           out.append(seq.substring(start, end) + "\n");\r
 174         }\r
 175         else if (start < seq.length())\r
 176         {\r
 177           out.append(seq.substring(start) + "\n");\r
 178         }\r
 179       }\r
 180 \r
 181       i++;\r
 182     }\r
 183 \r
 184     return out.toString();\r
 185   }\r
 186 \r
 187 }\r