src/jalview/io/PfamFile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import jalview.datamodel.Sequence;
  24 import jalview.datamodel.SequenceI;
  25 import jalview.util.Format;
  26 import jalview.util.MessageManager;
  27
  28 import java.io.IOException;
  29 import java.util.ArrayList;
  30 import java.util.HashMap;
  31
  32 public class PfamFile extends AlignFile
  33 {
  34
  35   public PfamFile()
  36   {
  37   }
  38
  39   public PfamFile(String inFile, DataSourceType sourceType)
  40           throws IOException
  41   {
  42     super(inFile, sourceType);
  43   }
  44
  45   public PfamFile(FileParse source) throws IOException
  46   {
  47     super(source);
  48   }
  49
  50   @Override
  51   public void initData()
  52   {
  53     super.initData();
  54   }
  55
  56   @Override
  57   public void parse() throws IOException
  58   {
  59     int i = 0;
  60     String line;
  61
  62     HashMap<String, StringBuffer> seqhash = new HashMap<String, StringBuffer>();
  63     ArrayList<String> headers = new ArrayList<String>();
  64     boolean useTabs = false;
  65     int spces;
  66     while ((line = nextLine()) != null)
  67     {
  68       if (line.indexOf("#") == 0)
  69       {
  70         // skip comment lines
  71         continue;
  72       }
  73       // locate first space or (if already checked), tab
  74       if (useTabs)
  75       {
  76         spces = line.indexOf("\t");
  77       }
  78       else
  79       {
  80         spces = line.indexOf(" ");
  81         // check to see if we ought to split on tabs instead.
  82         if (!useTabs && spces == -1)
  83         {
  84           useTabs = true;
  85           spces = line.indexOf("\t");
  86         }
  87       }
  88       if (spces <= 0)
  89       {
  90         // no sequence data to split on
  91         continue;
  92       }
  93       String id = line.substring(0, spces);
  94       StringBuffer tempseq;
  95
  96       if (seqhash.containsKey(id))
  97       {
  98         tempseq = seqhash.get(id);
  99       }
 100       else
 101       {
 102         tempseq = new StringBuffer();
 103         seqhash.put(id, tempseq);
 104       }
 105
 106       if (!(headers.contains(id)))
 107       {
 108         headers.add(id);
 109       }
 110       if (spces + 1 < line.length())
 111       {
 112         tempseq.append(line.substring(spces + 1).trim());
 113       }
 114     }
 115
 116     this.noSeqs = headers.size();
 117
 118     if (noSeqs < 1)
 119     {
 120       throw new IOException(
 121               MessageManager.getString("exception.pfam_no_sequences_found"));
 122     }
 123
 124     for (i = 0; i < headers.size(); i++)
 125     {
 126       if (seqhash.get(headers.get(i)) != null)
 127       {
 128         if (maxLength < seqhash.get(headers.get(i)).toString().length())
 129         {
 130           maxLength = seqhash.get(headers.get(i)).toString().length();
 131         }
 132
 133         Sequence newSeq = parseId(headers.get(i).toString());
 134         newSeq.setSequence(seqhash.get(headers.get(i).toString())
 135                 .toString());
 136         seqs.addElement(newSeq);
 137       }
 138       else
 139       {
 140         System.err.println("PFAM File reader: Can't find sequence for "
 141                 + headers.get(i));
 142       }
 143     }
 144   }
 145
 146   @Override
 147   public String print(SequenceI[] s, boolean jvsuffix)
 148   {
 149     StringBuffer out = new StringBuffer("");
 150
 151     int max = 0;
 152     int maxid = 0;
 153
 154     int i = 0;
 155
 156     while ((i < s.length) && (s[i] != null))
 157     {
 158       String tmp = printId(s[i], jvsuffix);
 159
 160       if (s[i].getSequence().length > max)
 161       {
 162         max = s[i].getSequence().length;
 163       }
 164
 165       if (tmp.length() > maxid)
 166       {
 167         maxid = tmp.length();
 168       }
 169
 170       i++;
 171     }
 172
 173     if (maxid < 15)
 174     {
 175       maxid = 15;
 176     }
 177
 178     int j = 0;
 179
 180     while ((j < s.length) && (s[j] != null))
 181     {
 182       out.append(new Format("%-" + maxid + "s")
 183               .form(printId(s[j], jvsuffix) + " "));
 184
 185       out.append(s[j].getSequenceAsString());
 186       out.append(newline);
 187       j++;
 188     }
 189
 190     out.append(newline);
 191
 192     return out.toString();
 193   }
 194 }