src/jalview/javascript/MouseOverStructureListener.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.javascript;
  22
  23 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  24 import jalview.api.FeatureRenderer;
  25 import jalview.api.SequenceRenderer;
  26 import jalview.appletgui.AlignFrame;
  27 import jalview.bin.JalviewLite;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29 import jalview.ext.jmol.JmolCommands;
  30 import jalview.structure.AtomSpec;
  31 import jalview.structure.StructureListener;
  32 import jalview.structure.StructureMapping;
  33 import jalview.structure.StructureMappingcommandSet;
  34 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  35
  36 import java.util.ArrayList;
  37 import java.util.List;
  38
  39 /**
  40  * Propagate events involving PDB structures associated with sequences to a
  41  * javascript function. Generally, the javascript handler is called with a
  42  * series of arguments like (eventname, ... ). As of Jalview 2.7, the following
  43  * different types of events are supported:
  44  * <ul>
  45  * <li>mouseover: javascript function called with arguments
  46  *
  47  * <pre>
  48  * ['mouseover',String(pdb file URI), String(pdb file chain ID), String(residue
  49  * number moused over), String(atom index corresponding to residue)]
  50  * </pre>
  51  *
  52  * </li>
  53  * <li>colourstruct: javascript function called with arguments
  54  *
  55  * <pre>
  56  * ['colourstruct',String(alignment view id),String(number of javascript message
  57  * chunks to collect),String(length of first chunk in set of messages - or zero
  58  * for null message)]
  59  * </pre>
  60  *
  61  * <br>
  62  * The message contains a series of Jmol script commands that will colour
  63  * structures according to their associated sequences in the current view. Use
  64  * jalview
  65  * .javascript.JalviewLiteJsApi.getJsMessage('colourstruct',String(alignment
  66  * view id)) to retrieve successive chunks of the message.</li>
  67  * </ul>
  68  *
  69  * @author Jim Procter (jprocter)
  70  *
  71  */
  72 public class MouseOverStructureListener extends JSFunctionExec implements
  73         JsCallBack, StructureListener
  74 {
  75
  76   String _listenerfn;
  77
  78   String[] modelSet;
  79
  80   public MouseOverStructureListener(JalviewLite jalviewLite,
  81           String listener, String[] modelList)
  82   {
  83     super(jalviewLite);
  84     _listenerfn = listener;
  85     modelSet = modelList;
  86     if (modelSet != null)
  87     {
  88       for (int i = 0; i < modelSet.length; i++)
  89       {
  90         // resolve a real filename
  91         try
  92         {
  93           if (new java.net.URL(modelSet[i]).openConnection() != null)
  94           {
  95             continue;
  96           }
  97         } catch (Exception x)
  98         {
  99         }
 100         ;
 101         try
 102         {
 103           String db = jvlite.getDocumentBase().toString();
 104           db = db.substring(0, db.lastIndexOf("/"));
 105           if (new java.net.URL(db + "/" + modelSet[i]).openConnection() != null)
 106           {
 107             modelSet[i] = db + "/" + modelSet[i];
 108             continue;
 109           }
 110         } catch (Exception x)
 111         {
 112         }
 113         ;
 114         try
 115         {
 116           if (new java.net.URL(jvlite.getCodeBase() + modelSet[i])
 117                   .openConnection() != null)
 118           {
 119             modelSet[i] = jvlite.getCodeBase() + modelSet[i];
 120             continue;
 121           }
 122         } catch (Exception x)
 123         {
 124         }
 125         ;
 126
 127       }
 128     }
 129   }
 130
 131   @Override
 132   public String[] getPdbFile()
 133   {
 134     return modelSet;
 135   }
 136
 137   public void mouseOverStructure(int atomIndex, String strInfo)
 138   {
 139
 140     // StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager().mouseOverStructure(atomIndex,
 141     // chain, pdbfile)
 142     // TODO Auto-generated method stub
 143
 144   }
 145
 146   @Override
 147   public void highlightAtoms(List<AtomSpec> atoms)
 148   {
 149     for (AtomSpec atom : atoms)
 150     {
 151       try
 152       {
 153         // TODO is this right? StructureSelectionManager passes pdbFile as the
 154         // field that is interpreted (in 2.8.2) as pdbId?
 155         // JBPComment: yep - this is right! the Javascript harness uses the
 156         // absolute pdbFile URI to locate the PDB file in the external viewer
 157         executeJavascriptFunction(_listenerfn, new String[]
 158         { "mouseover", "" + atom.getPdbFile(),
 159                     "" + atom.getChain(),
 160             "" + (atom.getPdbResNum()), "" + atom.getAtomIndex() });
 161       } catch (Exception ex)
 162       {
 163         System.err.println("Couldn't execute callback with " + _listenerfn
 164                 + " for atomSpec: " + atom);
 165         ex.printStackTrace();
 166       }
 167     }
 168   }
 169
 170   @Override
 171   public synchronized void updateColours(Object srce)
 172   {
 173     final Object source = srce;
 174     StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 175             .getStructureSelectionManager(jvlite);
 176     // if (jvlite.debug)
 177     // {
 178     // ssm.reportMapping();
 179     // }
 180     if (source instanceof jalview.api.AlignmentViewPanel)
 181     {
 182       SequenceI[][] sequence = new SequenceI[modelSet.length][];
 183       for (int m = 0; m < modelSet.length; m++)
 184       {
 185         StructureMapping[] sm = ssm.getMapping(modelSet[m]);
 186         if (sm != null && sm.length > 0)
 187         {
 188           sequence[m] = new SequenceI[sm.length];
 189           for (int i = 0; i < sm.length; i++)
 190           {
 191             sequence[m][i] = sm[i].getSequence();
 192           }
 193         }
 194         else
 195         {
 196           sequence[m] = new SequenceI[0];
 197         }
 198         // if (jvlite.debug)
 199         // {
 200         // System.err.println("Mapped '" + modelSet[m] + "' to "
 201         // + sequence[m].length + " sequences.");
 202         // }
 203       }
 204
 205       SequenceRenderer sr = ((jalview.appletgui.AlignmentPanel) source)
 206               .getSequenceRenderer();
 207       FeatureRenderer fr = ((jalview.appletgui.AlignmentPanel) source).av
 208               .isShowSequenceFeatures() ? new jalview.appletgui.FeatureRenderer(
 209               ((jalview.appletgui.AlignmentPanel) source).av) : null;
 210       if (fr != null)
 211       {
 212         ((jalview.appletgui.FeatureRenderer) fr)
 213                 .transferSettings(((jalview.appletgui.AlignmentPanel) source)
 214                         .getFeatureRenderer());
 215       }
 216       ;
 217
 218       // Form a colour command from the given alignment panel for each distinct
 219       // structure
 220       ArrayList<String[]> ccomands = new ArrayList<String[]>();
 221       ArrayList<String> pdbfn = new ArrayList<String>();
 222       StructureMappingcommandSet[] colcommands = JmolCommands
 223               .getColourBySequenceCommand(ssm, modelSet, sequence, sr, fr,
 224                       ((AlignmentViewPanel) source).getAlignment());
 225       if (colcommands == null)
 226       {
 227         return;
 228       }
 229       int sz = 0;
 230       for (jalview.structure.StructureMappingcommandSet ccset : colcommands)
 231       {
 232         sz += ccset.commands.length;
 233         ccomands.add(ccset.commands);
 234         pdbfn.add(ccset.mapping);
 235       }
 236
 237       String mclass, mhandle;
 238       String ccomandset[] = new String[sz];
 239       sz = 0;
 240       for (String[] ccset : ccomands)
 241       {
 242         System.arraycopy(ccset, 0, ccomandset, sz, ccset.length);
 243         sz += ccset.length;
 244       }
 245       if (jvlite.isJsMessageSetChanged(
 246               mclass = "colourstruct",
 247               mhandle = ((jalview.appletgui.AlignmentPanel) source).av
 248                       .getViewId(), ccomandset))
 249       {
 250         jvlite.setJsMessageSet(mclass, mhandle, ccomandset);
 251         // and notify javascript handler
 252         String st[] = new String[]
 253         {
 254             "colourstruct",
 255             "" + ((jalview.appletgui.AlignmentPanel) source).av.getViewId(),
 256             "" + ccomandset.length,
 257             jvlite.arrayToSeparatorList(pdbfn.toArray(new String[pdbfn
 258                     .size()])) };
 259         try
 260         {
 261           executeJavascriptFunction(true, _listenerfn, st);
 262         } catch (Exception ex)
 263         {
 264           System.err.println("Couldn't execute callback with "
 265                   + _listenerfn + " using args { " + st[0] + ", " + st[1]
 266                   + ", " + st[2] + "," + st[3] + "}"); // + ","+st[4]+"\n");
 267           ex.printStackTrace();
 268
 269         }
 270       }
 271       /*
 272        * new Thread(new Runnable() { public void run() { // and send to
 273        * javascript handler String st[] = new String[0]; int i = 0; for (String
 274        * colcommand : colcommands) { // do sync execution for each chunk try {
 275        * executeJavascriptFunction( false, _listenerfn, st = new String[] {
 276        * "colourstruct", "" + ((jalview.appletgui.AlignmentPanel) source).av
 277        * .getViewId(), handle, "" }); } catch (Exception ex) {
 278        * System.err.println("Couldn't execute callback with " + _listenerfn +
 279        * " using args { " + st[0] + ", " + st[1] + ", " + st[2] + "," + st[3] +
 280        * "\n"); ex.printStackTrace();
 281        *
 282        * } } } }).start();
 283        */
 284     }
 285
 286   }
 287
 288   @Override
 289   public AlignFrame getAlignFrame()
 290   {
 291     // associated with all alignframes, always.
 292     return null;
 293   }
 294
 295   @Override
 296   public String getListenerFunction()
 297   {
 298     return _listenerfn;
 299   }
 300
 301   public void finalise()
 302   {
 303     jvlite = null;
 304     super.finalize();
 305   }
 306
 307   @Override
 308   public void releaseReferences(Object svl)
 309   {
 310
 311     // TODO Auto-generated method stub
 312
 313   }
 314
 315 }