src/jalview/jbappletgui/GAlignFrame.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 \r
  20 package jalview.jbappletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.event.*;\r
  23 import java.awt.*;\r
  24 \r
  25 public class GAlignFrame extends Frame\r
  26 {\r
  27   protected MenuBar alignFrameMenuBar = new MenuBar();\r
  28   protected Menu fileMenu = new Menu();\r
  29   protected MenuItem closeMenuItem = new MenuItem();\r
  30   protected Menu editMenu = new Menu();\r
  31   protected Menu viewMenu = new Menu();\r
  32   protected Menu colourMenu = new Menu();\r
  33   protected Menu calculateMenu = new Menu();\r
  34   protected MenuItem selectAllSequenceMenuItem = new MenuItem();\r
  35   protected MenuItem deselectAllSequenceMenuItem = new MenuItem();\r
  36   protected MenuItem invertSequenceMenuItem = new MenuItem();\r
  37   protected MenuItem remove2LeftMenuItem = new MenuItem();\r
  38   protected MenuItem remove2RightMenuItem = new MenuItem();\r
  39   protected MenuItem removeGappedColumnMenuItem = new MenuItem();\r
  40   protected MenuItem removeAllGapsMenuItem = new MenuItem();\r
  41   protected CheckboxMenuItem viewBoxesMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
  42   protected CheckboxMenuItem viewTextMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
  43   protected MenuItem sortPairwiseMenuItem = new MenuItem();\r
  44   protected MenuItem sortIDMenuItem = new MenuItem();\r
  45   protected MenuItem sortGroupMenuItem = new MenuItem();\r
  46   protected MenuItem removeRedundancyMenuItem = new MenuItem();\r
  47   protected MenuItem pairwiseAlignmentMenuItem = new MenuItem();\r
  48   protected MenuItem PCAMenuItem = new MenuItem();\r
  49   protected MenuItem averageDistanceTreeMenuItem = new MenuItem();\r
  50   protected MenuItem neighbourTreeMenuItem = new MenuItem();\r
  51   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();\r
  52   public Label statusBar = new Label();\r
  53   protected Menu outputTextboxMenu = new Menu();\r
  54   protected MenuItem clustalColour = new MenuItem();\r
  55   protected MenuItem zappoColour = new MenuItem();\r
  56   protected MenuItem taylorColour = new MenuItem();\r
  57   protected MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();\r
  58   protected MenuItem helixColour = new MenuItem();\r
  59   protected MenuItem strandColour = new MenuItem();\r
  60   protected MenuItem turnColour = new MenuItem();\r
  61   protected MenuItem buriedColour = new MenuItem();\r
  62   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();\r
  63   protected MenuItem PIDColour = new MenuItem();\r
  64   protected MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();\r
  65   MenuItem njTreeBlosumMenuItem = new MenuItem();\r
  66   MenuItem avDistanceTreeBlosumMenuItem = new MenuItem();\r
  67   protected CheckboxMenuItem annotationPanelMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
  68   protected CheckboxMenuItem colourTextMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
  69   MenuItem overviewMenuItem = new MenuItem();\r
  70   protected MenuItem undoMenuItem = new MenuItem();\r
  71   protected MenuItem redoMenuItem = new MenuItem();\r
  72   protected CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
  73   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();\r
  74   protected CheckboxMenuItem wrapMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
  75   protected CheckboxMenuItem renderGapsMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
  76   MenuItem findMenuItem = new MenuItem();\r
  77   Menu searchMenu = new Menu();\r
  78   protected CheckboxMenuItem abovePIDThreshold = new CheckboxMenuItem();\r
  79   protected MenuItem nucleotideColour = new MenuItem();\r
  80   MenuItem deleteGroups = new MenuItem();\r
  81   MenuItem delete = new MenuItem();\r
  82   MenuItem copy = new MenuItem();\r
  83   MenuItem cut = new MenuItem();\r
  84   Menu Menu1 = new Menu();\r
  85   MenuItem pasteNew = new MenuItem();\r
  86   MenuItem pasteThis = new MenuItem();\r
  87   protected CheckboxMenuItem applyToAllGroups = new CheckboxMenuItem();\r
  88   protected MenuItem font = new MenuItem();\r
  89   protected CheckboxMenuItem fullSeqId = new CheckboxMenuItem();\r
  90   protected CheckboxMenuItem scaleAbove = new CheckboxMenuItem();\r
  91   protected CheckboxMenuItem scaleLeft = new CheckboxMenuItem();\r
  92   protected CheckboxMenuItem scaleRight = new CheckboxMenuItem();\r
  93   MenuItem modifyPID = new MenuItem();\r
  94   MenuItem modifyConservation = new MenuItem();\r
  95   protected Menu sortByTreeMenu = new Menu();\r
  96   Menu sort = new Menu();\r
  97   Menu calculate = new Menu();\r
  98   MenuItem inputText = new MenuItem();\r
  99   Menu helpMenu = new Menu();\r
 100   MenuItem documentation = new MenuItem();\r
 101   MenuItem about = new MenuItem();\r
 102   public GAlignFrame()\r
 103   {\r
 104     try\r
 105     {\r
 106       jbInit();\r
 107       setMenuBar(alignFrameMenuBar);\r
 108 \r
 109       MenuItem item;\r
 110       // dynamically fill save as menu with available formats\r
 111       for (int i = 0; i < jalview.io.FormatAdapter.formats.size(); i++) {\r
 112         item = new MenuItem((String) jalview.io.FormatAdapter.formats.elementAt(i));\r
 113         item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 114         {\r
 115           public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 116           {\r
 117             saveAs_actionPerformed(e);\r
 118           }\r
 119         });\r
 120 \r
 121         item = new MenuItem((String) jalview.io.FormatAdapter.formats.elementAt(i));\r
 122         item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 123         {\r
 124           public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 125           {\r
 126             outputText_actionPerformed(e);\r
 127           }\r
 128         });\r
 129 \r
 130         outputTextboxMenu.add( item );\r
 131       }\r
 132 \r
 133     }\r
 134     catch(Exception e)\r
 135     {\r
 136       e.printStackTrace();\r
 137     }\r
 138 \r
 139   }\r
 140   private void jbInit() throws Exception\r
 141   {\r
 142     fileMenu.setLabel("File");\r
 143     closeMenuItem.setLabel("Close");\r
 144     closeMenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 145     {\r
 146       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 147       {\r
 148         closeMenuItem_actionPerformed(e);\r
 149       }\r
 150     });\r
 151     editMenu.setLabel("Edit");\r
 152     viewMenu.setLabel("View");\r
 153     colourMenu.setLabel("Colour");\r
 154     calculateMenu.setLabel("Calculate");\r
 155     selectAllSequenceMenuItem.setLabel("Select all");\r
 156     selectAllSequenceMenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 157     {\r
 158       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 159       {\r
 160         selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(e);\r
 161       }\r
 162     });\r
 163     deselectAllSequenceMenuItem.setLabel("Deselect All");\r
 164     deselectAllSequenceMenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 165     {\r
 166       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 167       {\r
 168         deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(e);\r
 169       }\r
 170     });\r
 171     invertSequenceMenuItem.setLabel("Invert Selection");\r
 172     invertSequenceMenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 173     {\r
 174       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 175       {\r
 176         invertSequenceMenuItem_actionPerformed(e);\r
 177       }\r
 178     });\r
 179     remove2LeftMenuItem.setLabel("Remove Left");\r
 180     remove2LeftMenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 181     {\r
 182       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 183       {\r
 184         remove2LeftMenuItem_actionPerformed(e);\r
 185       }\r
 186     });\r
 187     remove2RightMenuItem.setLabel("Remove Right");\r
 188     remove2RightMenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 189     {\r
 190       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 191       {\r
 192         remove2RightMenuItem_actionPerformed(e);\r
 193       }\r
 194     });\r
 195     removeGappedColumnMenuItem.setLabel("Remove Empty Columns");\r
 196     removeGappedColumnMenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 197     {\r
 198       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 199       {\r
 200         removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed(e);\r
 201       }\r
 202     });\r
 203     removeAllGapsMenuItem.setLabel("Remove All Gaps");\r
 204     removeAllGapsMenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 205     {\r
 206       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 207       {\r
 208         removeAllGapsMenuItem_actionPerformed(e);\r
 209       }\r
 210     });\r
 211     viewBoxesMenuItem.setLabel("Boxes");\r
 212     viewBoxesMenuItem.setState(true);\r
 213     viewBoxesMenuItem.addItemListener(new java.awt.event.ItemListener()\r
 214     {\r
 215       public void itemStateChanged(ItemEvent e)\r
 216       {\r
 217         viewBoxesMenuItem_actionPerformed(null);\r
 218       }\r
 219     });\r
 220     viewTextMenuItem.setLabel("Text");\r
 221     viewTextMenuItem.setState(true);\r
 222     viewTextMenuItem.addItemListener(new java.awt.event.ItemListener()\r
 223     {\r
 224       public void itemStateChanged(ItemEvent e)\r
 225       {\r
 226         viewTextMenuItem_actionPerformed(null);\r
 227       }\r
 228     });\r
 229     sortPairwiseMenuItem.setLabel("by Pairwise Identity");\r
 230     sortPairwiseMenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 231     {\r
 232       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 233       {\r
 234         sortPairwiseMenuItem_actionPerformed(e);\r
 235       }\r
 236     });\r
 237     sortIDMenuItem.setLabel("by ID");\r
 238     sortIDMenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 239     {\r
 240       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 241       {\r
 242         sortIDMenuItem_actionPerformed(e);\r
 243       }\r
 244     });\r
 245     sortGroupMenuItem.setLabel("by Group");\r
 246     sortGroupMenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 247     {\r
 248       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 249       {\r
 250         sortGroupMenuItem_actionPerformed(e);\r
 251       }\r
 252     });\r
 253     removeRedundancyMenuItem.setLabel("Remove Redundancy...");\r
 254     removeRedundancyMenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 255     {\r
 256       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 257       {\r
 258         removeRedundancyMenuItem_actionPerformed(e);\r
 259       }\r
 260     });\r
 261     pairwiseAlignmentMenuItem.setLabel("Pairwise Alignments...");\r
 262     pairwiseAlignmentMenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 263     {\r
 264       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 265       {\r
 266         pairwiseAlignmentMenuItem_actionPerformed(e);\r
 267       }\r
 268     });\r
 269     PCAMenuItem.setLabel("Principal Component Analysis...");\r
 270     PCAMenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 271     {\r
 272       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 273       {\r
 274         PCAMenuItem_actionPerformed(e);\r
 275       }\r
 276     });\r
 277     averageDistanceTreeMenuItem.setLabel("Average Distance Using % Identity...");\r
 278     averageDistanceTreeMenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 279     {\r
 280       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 281       {\r
 282         averageDistanceTreeMenuItem_actionPerformed(e);\r
 283       }\r
 284     });\r
 285     neighbourTreeMenuItem.setLabel("Neighbour Joining Using % Identity...");\r
 286     neighbourTreeMenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 287     {\r
 288       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 289       {\r
 290         neighbourTreeMenuItem_actionPerformed(e);\r
 291       }\r
 292     });\r
 293     alignFrameMenuBar.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));\r
 294     statusBar.setBackground(Color.white);\r
 295     statusBar.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));\r
 296     statusBar.setText("Status bar");\r
 297     outputTextboxMenu.setLabel("Output to Textbox");\r
 298     clustalColour.setLabel("Clustalx");\r
 299 \r
 300     clustalColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 301     {\r
 302       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 303       {\r
 304         clustalColour_actionPerformed(e);\r
 305       }\r
 306     });\r
 307     zappoColour.setLabel("Zappo");\r
 308     zappoColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 309     {\r
 310       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 311       {\r
 312         zappoColour_actionPerformed(e);\r
 313       }\r
 314     });\r
 315     taylorColour.setLabel("Taylor");\r
 316     taylorColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 317     {\r
 318       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 319       {\r
 320         taylorColour_actionPerformed(e);\r
 321       }\r
 322     });\r
 323     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");\r
 324     hydrophobicityColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 325     {\r
 326       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 327       {\r
 328         hydrophobicityColour_actionPerformed(e);\r
 329       }\r
 330     });\r
 331     helixColour.setLabel("Helix Propensity");\r
 332     helixColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 333     {\r
 334       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 335       {\r
 336         helixColour_actionPerformed(e);\r
 337       }\r
 338     });\r
 339     strandColour.setLabel("Strand Propensity");\r
 340     strandColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 341     {\r
 342       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 343       {\r
 344         strandColour_actionPerformed(e);\r
 345       }\r
 346     });\r
 347     turnColour.setLabel("Turn Propensity");\r
 348     turnColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 349     {\r
 350       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 351       {\r
 352         turnColour_actionPerformed(e);\r
 353       }\r
 354     });\r
 355     buriedColour.setLabel("Buried Index");\r
 356     buriedColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 357     {\r
 358       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 359       {\r
 360         buriedColour_actionPerformed(e);\r
 361       }\r
 362     });\r
 363     userDefinedColour.setLabel("User Defined...");\r
 364     userDefinedColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 365     {\r
 366       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 367       {\r
 368         userDefinedColour_actionPerformed(e);\r
 369       }\r
 370     });\r
 371     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");\r
 372     PIDColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 373     {\r
 374       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 375       {\r
 376         PIDColour_actionPerformed(e);\r
 377       }\r
 378     });\r
 379     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62 Score");\r
 380     BLOSUM62Colour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 381     {\r
 382       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 383       {\r
 384         BLOSUM62Colour_actionPerformed(e);\r
 385       }\r
 386     });\r
 387     avDistanceTreeBlosumMenuItem.setLabel("Average Distance Using BLOSUM62...");\r
 388     avDistanceTreeBlosumMenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 389     {\r
 390       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 391       {\r
 392         avTreeBlosumMenuItem_actionPerformed(e);\r
 393       }\r
 394     });\r
 395     njTreeBlosumMenuItem.setLabel("Neighbour Joining Using BLOSUM62...");\r
 396     njTreeBlosumMenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 397     {\r
 398       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 399       {\r
 400         njTreeBlosumMenuItem_actionPerformed(e);\r
 401       }\r
 402     });\r
 403     annotationPanelMenuItem.setActionCommand("");\r
 404     annotationPanelMenuItem.setState(true);\r
 405     annotationPanelMenuItem.setLabel("Show Annotations");\r
 406     annotationPanelMenuItem.addItemListener(new java.awt.event.ItemListener()\r
 407     {\r
 408       public void itemStateChanged(ItemEvent e)\r
 409       {\r
 410         annotationPanelMenuItem_actionPerformed(null);\r
 411       }\r
 412     });\r
 413     colourTextMenuItem.setLabel("Colour Text");\r
 414     colourTextMenuItem.addItemListener(new java.awt.event.ItemListener()\r
 415     {\r
 416       public void itemStateChanged(ItemEvent e)\r
 417       {\r
 418         colourTextMenuItem_actionPerformed(null);\r
 419       }\r
 420     });\r
 421     overviewMenuItem.setLabel("Overview Window...");\r
 422     overviewMenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 423     {\r
 424       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 425       {\r
 426         overviewMenuItem_actionPerformed(e);\r
 427       }\r
 428     });\r
 429     undoMenuItem.setEnabled(false);\r
 430     undoMenuItem.setLabel("Undo");\r
 431     undoMenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 432     {\r
 433       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 434       {\r
 435         undoMenuItem_actionPerformed(e);\r
 436       }\r
 437     });\r
 438     redoMenuItem.setEnabled(false);\r
 439     redoMenuItem.setLabel("Redo");\r
 440     redoMenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 441     {\r
 442       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 443       {\r
 444         redoMenuItem_actionPerformed(e);\r
 445       }\r
 446     });\r
 447     conservationMenuItem.setLabel("by Conservation");\r
 448     conservationMenuItem.addItemListener(new java.awt.event.ItemListener()\r
 449     {\r
 450       public void itemStateChanged(ItemEvent e)\r
 451       {\r
 452         conservationMenuItem_actionPerformed(null);\r
 453       }\r
 454     });\r
 455     noColourmenuItem.setLabel("None");\r
 456     noColourmenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 457     {\r
 458       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 459       {\r
 460         noColourmenuItem_actionPerformed(e);\r
 461       }\r
 462     });\r
 463     wrapMenuItem.setLabel("Wrap");\r
 464     wrapMenuItem.addItemListener(new java.awt.event.ItemListener()\r
 465     {\r
 466       public void itemStateChanged(ItemEvent e)\r
 467       {\r
 468         wrapMenuItem_actionPerformed(null);\r
 469       }\r
 470     });\r
 471     renderGapsMenuItem.setLabel("Show Gaps");\r
 472     renderGapsMenuItem.setState(true);\r
 473     renderGapsMenuItem.addItemListener(new java.awt.event.ItemListener()\r
 474     {\r
 475 \r
 476       public void itemStateChanged(ItemEvent e)\r
 477       {\r
 478 \r
 479         renderGapsMenuItem_actionPerformed(null);\r
 480       }\r
 481     });\r
 482     findMenuItem.setLabel("Find...");\r
 483     findMenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 484     {\r
 485       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 486       {\r
 487         findMenuItem_actionPerformed(e);\r
 488       }\r
 489     });\r
 490     searchMenu.setLabel("Search");\r
 491 \r
 492     abovePIDThreshold.setLabel("Above Identity Threshold");\r
 493     abovePIDThreshold.addItemListener(new java.awt.event.ItemListener()\r
 494     {\r
 495       public void itemStateChanged(ItemEvent e)\r
 496       {\r
 497         abovePIDThreshold_actionPerformed(null);\r
 498       }\r
 499     });\r
 500     nucleotideColour.setLabel("Nucleotide");\r
 501     nucleotideColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 502     {\r
 503       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 504       {\r
 505         nucleotideColour_actionPerformed(e);\r
 506       }\r
 507     });\r
 508     deleteGroups.setLabel("Undefine Groups");\r
 509     deleteGroups.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 510     {\r
 511       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 512       {\r
 513         deleteGroups_actionPerformed(e);\r
 514       }\r
 515     });\r
 516     copy.setLabel("Copy");\r
 517     copy.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 518     {\r
 519       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 520       {\r
 521         copy_actionPerformed(e);\r
 522       }\r
 523     });\r
 524     cut.setLabel("Cut");\r
 525     cut.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 526     {\r
 527       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 528       {\r
 529         cut_actionPerformed(e);\r
 530       }\r
 531     });\r
 532     delete.setLabel("Delete");\r
 533     delete.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 534     {\r
 535       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 536       {\r
 537         delete_actionPerformed(e);\r
 538       }\r
 539     });\r
 540     Menu1.setLabel("Paste");\r
 541     pasteNew.setLabel("To New Alignment");\r
 542     pasteNew.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 543     {\r
 544       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 545       {\r
 546         pasteNew_actionPerformed(e);\r
 547       }\r
 548     });\r
 549     pasteThis.setLabel("Add To This Alignment");\r
 550     pasteThis.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 551     {\r
 552       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 553       {\r
 554         pasteThis_actionPerformed(e);\r
 555       }\r
 556     });\r
 557     applyToAllGroups.setLabel("Apply Colour To All Groups");\r
 558     applyToAllGroups.setState(true);\r
 559     applyToAllGroups.addItemListener(new java.awt.event.ItemListener()\r
 560    {\r
 561      public void itemStateChanged(ItemEvent e)\r
 562      {\r
 563         applyToAllGroups_actionPerformed(null);\r
 564       }\r
 565     });\r
 566     font.setLabel("Font...");\r
 567     font.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 568     {\r
 569       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 570       {\r
 571         font_actionPerformed(e);\r
 572       }\r
 573     });\r
 574     fullSeqId.setLabel("Show Full Sequence ID");\r
 575     fullSeqId.setState(true);\r
 576     fullSeqId.addItemListener(new java.awt.event.ItemListener()\r
 577     {\r
 578 \r
 579       public void itemStateChanged(ItemEvent e)\r
 580       {\r
 581         fullSeqId_actionPerformed(null);\r
 582       }\r
 583     });\r
 584     scaleAbove.setLabel("Scale Above");\r
 585     scaleAbove.setState(true);\r
 586     scaleAbove.addItemListener(new java.awt.event.ItemListener()\r
 587     {\r
 588 \r
 589       public void itemStateChanged(ItemEvent e)\r
 590       {\r
 591 \r
 592         scaleAbove_actionPerformed(null);\r
 593       }\r
 594     });\r
 595     scaleLeft.setEnabled(false);\r
 596     scaleLeft.setState(true);\r
 597     scaleLeft.setLabel("Scale Left");\r
 598     scaleLeft.addItemListener(new java.awt.event.ItemListener()\r
 599     {\r
 600 \r
 601       public void itemStateChanged(ItemEvent e)\r
 602       {\r
 603 \r
 604         scaleLeft_actionPerformed(null);\r
 605       }\r
 606     });\r
 607     scaleRight.setEnabled(false);\r
 608     scaleRight.setState(true);\r
 609     scaleRight.setLabel("Scale Right");\r
 610     scaleRight.addItemListener(new java.awt.event.ItemListener()\r
 611     {\r
 612 \r
 613       public void itemStateChanged(ItemEvent e)\r
 614       {\r
 615 \r
 616         scaleRight_actionPerformed(null);\r
 617       }\r
 618     });\r
 619     modifyPID.setLabel("Modify Identity Threshold...");\r
 620     modifyPID.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 621     {\r
 622       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 623       {\r
 624         modifyPID_actionPerformed(e);\r
 625       }\r
 626     });\r
 627     modifyConservation.setLabel("Modify Conservation Threshold...");\r
 628     modifyConservation.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 629     {\r
 630       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 631       {\r
 632         modifyConservation_actionPerformed(e);\r
 633       }\r
 634     });\r
 635     sortByTreeMenu.setLabel("By Tree Order");\r
 636     sort.setLabel("Sort");\r
 637     calculate.setLabel("Calculate Tree");\r
 638     inputText.setLabel("Input from textbox");\r
 639     inputText.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 640     {\r
 641       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 642       {\r
 643         inputText_actionPerformed(e);\r
 644       }\r
 645     });\r
 646 \r
 647     helpMenu.setLabel("Help");\r
 648     documentation.setLabel("Documentation");\r
 649     documentation.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 650     {\r
 651       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 652       {\r
 653         documentation_actionPerformed(e);\r
 654       }\r
 655     });\r
 656 \r
 657     about.setLabel("About...");\r
 658     about.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 659     {\r
 660       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 661       {\r
 662         about_actionPerformed(e);\r
 663       }\r
 664     });\r
 665 \r
 666     alignFrameMenuBar.add(fileMenu);\r
 667     alignFrameMenuBar.add(editMenu);\r
 668     alignFrameMenuBar.add(searchMenu);\r
 669     alignFrameMenuBar.add(viewMenu);\r
 670     alignFrameMenuBar.add(colourMenu);\r
 671     alignFrameMenuBar.add(calculateMenu);\r
 672     alignFrameMenuBar.add(helpMenu);\r
 673     fileMenu.add(inputText);\r
 674     fileMenu.add(outputTextboxMenu);\r
 675     fileMenu.addSeparator();\r
 676     fileMenu.add(closeMenuItem);\r
 677     editMenu.add(undoMenuItem);\r
 678     editMenu.add(redoMenuItem);\r
 679     editMenu.add(cut);\r
 680     editMenu.add(copy);\r
 681     editMenu.add(Menu1);\r
 682     editMenu.add(delete);\r
 683     editMenu.addSeparator();\r
 684     editMenu.add(selectAllSequenceMenuItem);\r
 685     editMenu.add(deselectAllSequenceMenuItem);\r
 686     editMenu.add(invertSequenceMenuItem);\r
 687     editMenu.add(deleteGroups);\r
 688     editMenu.addSeparator();\r
 689     editMenu.add(remove2LeftMenuItem);\r
 690     editMenu.add(remove2RightMenuItem);\r
 691     editMenu.add(removeGappedColumnMenuItem);\r
 692     editMenu.add(removeAllGapsMenuItem);\r
 693     editMenu.add(removeRedundancyMenuItem);\r
 694     searchMenu.add(findMenuItem);\r
 695     viewMenu.add(font);\r
 696     viewMenu.addSeparator();\r
 697     viewMenu.add(wrapMenuItem);\r
 698     viewMenu.add(scaleAbove);\r
 699     viewMenu.add(scaleLeft);\r
 700     viewMenu.add(scaleRight);\r
 701     viewMenu.addSeparator();\r
 702     viewMenu.add(fullSeqId);\r
 703     viewMenu.add(viewBoxesMenuItem);\r
 704     viewMenu.add(viewTextMenuItem);\r
 705     viewMenu.add(colourTextMenuItem);\r
 706     viewMenu.add(renderGapsMenuItem);\r
 707     viewMenu.add(annotationPanelMenuItem);\r
 708     viewMenu.addSeparator();\r
 709     viewMenu.add(overviewMenuItem);\r
 710     colourMenu.add(applyToAllGroups);\r
 711     colourMenu.addSeparator();\r
 712     colourMenu.add(noColourmenuItem);\r
 713     colourMenu.add(clustalColour);\r
 714     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);\r
 715     colourMenu.add(PIDColour);\r
 716     colourMenu.add(zappoColour);\r
 717     colourMenu.add(taylorColour);\r
 718     colourMenu.add(hydrophobicityColour);\r
 719     colourMenu.add(helixColour);\r
 720     colourMenu.add(strandColour);\r
 721     colourMenu.add(turnColour);\r
 722     colourMenu.add(buriedColour);\r
 723     colourMenu.add(nucleotideColour);\r
 724     colourMenu.add(userDefinedColour);\r
 725     colourMenu.addSeparator();\r
 726     colourMenu.add(conservationMenuItem);\r
 727     colourMenu.add(modifyConservation);\r
 728     colourMenu.add(abovePIDThreshold);\r
 729     colourMenu.add(modifyPID);\r
 730     calculateMenu.add(sort);\r
 731     calculateMenu.add(calculate);\r
 732     calculateMenu.addSeparator();\r
 733     calculateMenu.add(pairwiseAlignmentMenuItem);\r
 734     calculateMenu.add(PCAMenuItem);\r
 735     this.add(statusBar, BorderLayout.SOUTH);\r
 736     Menu1.add(pasteNew);\r
 737     Menu1.add(pasteThis);\r
 738     sort.add(sortIDMenuItem);\r
 739     sort.add(sortByTreeMenu);\r
 740     sort.add(sortGroupMenuItem);\r
 741     sort.add(sortPairwiseMenuItem);\r
 742     calculate.add(averageDistanceTreeMenuItem);\r
 743     calculate.add(neighbourTreeMenuItem);\r
 744     calculate.add(avDistanceTreeBlosumMenuItem);\r
 745     calculate.add(njTreeBlosumMenuItem);\r
 746     helpMenu.add(documentation);\r
 747     helpMenu.add(about);\r
 748   }\r
 749 \r
 750   protected void saveAs_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 751   {\r
 752 \r
 753   }\r
 754 \r
 755   protected void outputText_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 756   {\r
 757 \r
 758   }\r
 759 \r
 760   protected void htmlMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 761   {\r
 762 \r
 763   }\r
 764 \r
 765 \r
 766   protected void closeMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 767   {\r
 768 \r
 769   }\r
 770 \r
 771   protected void redoMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 772   {\r
 773 \r
 774   }\r
 775 \r
 776   protected void undoMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 777   {\r
 778 \r
 779   }\r
 780 \r
 781 \r
 782   protected void selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 783   {\r
 784 \r
 785   }\r
 786 \r
 787   protected void deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 788   {\r
 789 \r
 790   }\r
 791 \r
 792   protected void invertSequenceMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 793   {\r
 794 \r
 795   }\r
 796 \r
 797   protected void remove2LeftMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 798   {\r
 799 \r
 800   }\r
 801 \r
 802   protected void remove2RightMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 803   {\r
 804 \r
 805   }\r
 806 \r
 807   protected void removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 808   {\r
 809 \r
 810   }\r
 811 \r
 812   protected void removeAllGapsMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 813   {\r
 814 \r
 815   }\r
 816 \r
 817 \r
 818   protected void wrapMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 819   {\r
 820 \r
 821   }\r
 822 \r
 823 \r
 824   protected void viewBoxesMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 825   {\r
 826 \r
 827   }\r
 828 \r
 829   protected void viewTextMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 830   {\r
 831 \r
 832   }\r
 833 \r
 834 \r
 835   protected void colourTextMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 836   {\r
 837 \r
 838   }\r
 839 \r
 840   protected void annotationPanelMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 841   {\r
 842 \r
 843   }\r
 844 \r
 845   protected void overviewMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 846   {\r
 847 \r
 848   }\r
 849 \r
 850   protected void sortPairwiseMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 851   {\r
 852 \r
 853   }\r
 854 \r
 855   protected void sortIDMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 856   {\r
 857 \r
 858   }\r
 859 \r
 860   protected void sortGroupMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 861   {\r
 862 \r
 863   }\r
 864 \r
 865 \r
 866   protected void removeRedundancyMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 867   {\r
 868 \r
 869   }\r
 870 \r
 871   protected void pairwiseAlignmentMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 872   {\r
 873 \r
 874   }\r
 875 \r
 876   protected void PCAMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 877   {\r
 878 \r
 879   }\r
 880 \r
 881   protected void averageDistanceTreeMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 882   {\r
 883 \r
 884   }\r
 885 \r
 886   protected void neighbourTreeMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 887   {\r
 888 \r
 889   }\r
 890 \r
 891 \r
 892   protected void njTreeBlosumMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 893   {\r
 894 \r
 895   }\r
 896 \r
 897   protected void avTreeBlosumMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 898   {\r
 899 \r
 900   }\r
 901 \r
 902 \r
 903 \r
 904   protected void clustalAlignMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 905   {\r
 906 \r
 907   }\r
 908 \r
 909 \r
 910 \r
 911 \r
 912   protected void clustalColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 913   {\r
 914 \r
 915   }\r
 916 \r
 917   protected void zappoColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 918   {\r
 919 \r
 920   }\r
 921 \r
 922   protected void taylorColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 923   {\r
 924 \r
 925   }\r
 926 \r
 927 \r
 928   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 929   {\r
 930 \r
 931   }\r
 932 \r
 933   protected void helixColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 934   {\r
 935 \r
 936   }\r
 937 \r
 938   protected void strandColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 939   {\r
 940 \r
 941   }\r
 942 \r
 943   protected void turnColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 944   {\r
 945 \r
 946   }\r
 947 \r
 948   protected void buriedColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 949   {\r
 950 \r
 951   }\r
 952 \r
 953 \r
 954 \r
 955   protected void userDefinedColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 956   {\r
 957 \r
 958   }\r
 959 \r
 960   protected void PIDColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 961   {\r
 962 \r
 963   }\r
 964 \r
 965   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 966   {\r
 967 \r
 968   }\r
 969 \r
 970 \r
 971   protected void noColourmenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 972   {\r
 973 \r
 974   }\r
 975 \r
 976   protected  void conservationMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 977   {\r
 978 \r
 979   }\r
 980 \r
 981 \r
 982   protected void printMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 983   {\r
 984 \r
 985   }\r
 986 \r
 987   protected void renderGapsMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 988   {\r
 989 \r
 990   }\r
 991 \r
 992   protected void findMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 993   {\r
 994 \r
 995   }\r
 996 \r
 997 \r
 998   protected void abovePIDThreshold_actionPerformed(ActionEvent e) {\r
 999 \r
1000   }\r
1001 \r
1002   public void sequenceFeatures_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)\r
1003   {\r
1004 \r
1005   }\r
1006 \r
1007   protected void nucleotideColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1008   {\r
1009 \r
1010   }\r
1011 \r
1012   protected void deleteGroups_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1013   {\r
1014 \r
1015   }\r
1016 \r
1017  protected void copy_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1018   {\r
1019 \r
1020   }\r
1021 \r
1022 \r
1023   protected void cut_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1024   {\r
1025 \r
1026   }\r
1027 \r
1028   protected void delete_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1029   {\r
1030 \r
1031   }\r
1032 \r
1033   protected void pasteNew_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1034   {\r
1035 \r
1036   }\r
1037 \r
1038   protected void pasteThis_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1039   {\r
1040 \r
1041   }\r
1042 \r
1043   protected void applyToAllGroups_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1044   {\r
1045 \r
1046   }\r
1047 \r
1048   protected void createPNG_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1049   {\r
1050 \r
1051   }\r
1052 \r
1053   protected void font_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1054   {\r
1055 \r
1056   }\r
1057 \r
1058   protected void fullSeqId_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1059   {\r
1060 \r
1061   }\r
1062 \r
1063   protected void epsFile_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1064   {\r
1065 \r
1066   }\r
1067 \r
1068   protected void LoadtreeMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e) {\r
1069 \r
1070   }\r
1071 \r
1072   protected void jpred_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1073   {\r
1074 \r
1075   }\r
1076 \r
1077   protected void scaleAbove_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1078   {\r
1079 \r
1080   }\r
1081 \r
1082   protected void scaleLeft_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1083   {\r
1084 \r
1085   }\r
1086 \r
1087   protected void scaleRight_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1088   {\r
1089 \r
1090   }\r
1091 \r
1092   protected void modifyPID_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1093   {\r
1094 \r
1095   }\r
1096 \r
1097   protected void modifyConservation_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1098   {\r
1099 \r
1100   }\r
1101 \r
1102   protected void preferences_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1103   {\r
1104 \r
1105   }\r
1106 \r
1107   protected void msaAlignMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e) {\r
1108 \r
1109   }\r
1110 \r
1111   protected void inputText_actionPerformed(ActionEvent e) {\r
1112 \r
1113   }\r
1114 \r
1115   protected void documentation_actionPerformed(ActionEvent e) {\r
1116 \r
1117   }\r
1118 \r
1119   protected void about_actionPerformed(ActionEvent e) {\r
1120 \r
1121   }\r
1122 \r
1123 \r
1124 }\r
1125 \r