src/jalview/renderer/AnnotationRenderer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.renderer;
  22
  23 import jalview.analysis.AAFrequency;
  24 import jalview.analysis.CodingUtils;
  25 import jalview.analysis.Rna;
  26 import jalview.analysis.StructureFrequency;
  27 import jalview.api.AlignViewportI;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  29 import jalview.datamodel.Annotation;
  30 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  31 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  32 import jalview.datamodel.ProfilesI;
  33 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  34 import jalview.schemes.NucleotideColourScheme;
  35 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  36 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;
  37 import jalview.util.Platform;
  38 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport.AutoAnnotation;
  39
  40 import java.awt.BasicStroke;
  41 import java.awt.Color;
  42 import java.awt.Font;
  43 import java.awt.FontMetrics;
  44 import java.awt.Graphics;
  45 import java.awt.Graphics2D;
  46 import java.awt.Image;
  47 import java.awt.font.LineMetrics;
  48 import java.awt.geom.AffineTransform;
  49 import java.awt.image.ImageObserver;
  50 import java.util.BitSet;
  51 import java.util.Hashtable;
  52
  53 public class AnnotationRenderer
  54 {
  55   private static final int UPPER_TO_LOWER = 'a' - 'A'; // 32
  56
  57   private static final int CHAR_A = 'A'; // 65
  58
  59   private static final int CHAR_Z = 'Z'; // 90
  60
  61   /**
  62    * flag indicating if timing and redraw parameter info should be output
  63    */
  64   private final boolean debugRedraw;
  65
  66   private int charWidth, endRes, charHeight;
  67
  68   private boolean validCharWidth, hasHiddenColumns;
  69
  70   private FontMetrics fm;
  71
  72   private final boolean MAC = Platform.isAMac();
  73
  74   boolean av_renderHistogram = true, av_renderProfile = true,
  75           av_normaliseProfile = false;
  76
  77   ResidueShaderI profcolour = null;
  78
  79   private ColumnSelection columnSelection;
  80
  81   private HiddenColumns hiddenColumns;
  82
  83   private ProfilesI hconsensus;
  84
  85   private Hashtable[] complementConsensus;
  86
  87   private Hashtable[] hStrucConsensus;
  88
  89   private boolean av_ignoreGapsConsensus;
  90
  91   /**
  92    * attributes set from AwtRenderPanelI
  93    */
  94   /**
  95    * old image used when data is currently being calculated and cannot be
  96    * rendered
  97    */
  98   private Image fadedImage;
  99
 100   /**
 101    * panel being rendered into
 102    */
 103   private ImageObserver annotationPanel;
 104
 105   /**
 106    * width of image to render in panel
 107    */
 108   private int imgWidth;
 109
 110   /**
 111    * offset to beginning of visible area
 112    */
 113   private int sOffset;
 114
 115   /**
 116    * offset to end of visible area
 117    */
 118   private int visHeight;
 119
 120   /**
 121    * indicate if the renderer should only render the visible portion of the
 122    * annotation given the current view settings
 123    */
 124   private boolean useClip = true;
 125
 126   /**
 127    * master flag indicating if renderer should ever try to clip. not enabled for
 128    * jalview 2.8.1
 129    */
 130   private boolean canClip = false;
 131
 132   public AnnotationRenderer()
 133   {
 134     this(false);
 135   }
 136
 137   /**
 138    * Create a new annotation Renderer
 139    *
 140    * @param debugRedraw
 141    *          flag indicating if timing and redraw parameter info should be
 142    *          output
 143    */
 144   public AnnotationRenderer(boolean debugRedraw)
 145   {
 146     this.debugRedraw = debugRedraw;
 147   }
 148
 149   /**
 150    * Remove any references and resources when this object is no longer required
 151    */
 152   public void dispose()
 153   {
 154     hconsensus = null;
 155     complementConsensus = null;
 156     hStrucConsensus = null;
 157     fadedImage = null;
 158     annotationPanel = null;
 159   }
 160
 161   void drawStemAnnot(Graphics g, Annotation[] row_annotations, int lastSSX,
 162           int x, int y, int iconOffset, int startRes, int column,
 163           boolean validRes, boolean validEnd)
 164   {
 165     g.setColor(STEM_COLOUR);
 166     int sCol = (lastSSX / charWidth)
 167             + hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(startRes);
 168     int x1 = lastSSX;
 169     int x2 = (x * charWidth);
 170
 171     char dc = (column == 0 || row_annotations[column - 1] == null) ? ' '
 172             : row_annotations[column - 1].secondaryStructure;
 173
 174     boolean diffupstream = sCol == 0 || row_annotations[sCol - 1] == null
 175             || dc != row_annotations[sCol - 1].secondaryStructure;
 176     boolean diffdownstream = !validRes || !validEnd
 177             || row_annotations[column] == null
 178             || dc != row_annotations[column].secondaryStructure;
 179
 180     if (column > 0 && Rna.isClosingParenthesis(dc))
 181     {
 182       if (diffupstream)
 183       // if (validRes && column>1 && row_annotations[column-2]!=null &&
 184       // dc.equals(row_annotations[column-2].displayCharacter))
 185       {
 186         /*
 187          * if new annotation with a closing base pair half of the stem,
 188          * display a backward arrow
 189          */
 190         g.fillPolygon(new int[] { lastSSX + 5, lastSSX + 5, lastSSX },
 191                 new int[]
 192                 { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset },
 193                 3);
 194         x1 += 5;
 195       }
 196       if (diffdownstream)
 197       {
 198         x2 -= 1;
 199       }
 200     }
 201     else
 202     {
 203       // display a forward arrow
 204       if (diffdownstream)
 205       {
 206         /*
 207          * if annotation ending with an opeing base pair half of the stem,
 208          * display a forward arrow
 209          */
 210         g.fillPolygon(new int[] { x2 - 5, x2 - 5, x2 },
 211                 new int[]
 212                 { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset },
 213                 3);
 214         x2 -= 5;
 215       }
 216       if (diffupstream)
 217       {
 218         x1 += 1;
 219       }
 220     }
 221     // draw arrow body
 222     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 7);
 223   }
 224
 225   void drawNotCanonicalAnnot(Graphics g, Color nonCanColor,
 226           Annotation[] row_annotations, int lastSSX, int x, int y,
 227           int iconOffset, int startRes, int column, boolean validRes,
 228           boolean validEnd)
 229   {
 230     // System.out.println(nonCanColor);
 231
 232     g.setColor(nonCanColor);
 233     int sCol = (lastSSX / charWidth)
 234             + hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(startRes);
 235     int x1 = lastSSX;
 236     int x2 = (x * charWidth);
 237
 238     String dc = (column == 0 || row_annotations[column - 1] == null) ? ""
 239             : row_annotations[column - 1].displayCharacter;
 240
 241     boolean diffupstream = sCol == 0 || row_annotations[sCol - 1] == null
 242             || !dc.equals(row_annotations[sCol - 1].displayCharacter);
 243     boolean diffdownstream = !validRes || !validEnd
 244             || row_annotations[column] == null
 245             || !dc.equals(row_annotations[column].displayCharacter);
 246     // System.out.println("Column "+column+" diff up: "+diffupstream+"
 247     // down:"+diffdownstream);
 248     // If a closing base pair half of the stem, display a backward arrow
 249     if (column > 0 && Rna.isClosingParenthesis(dc))
 250     {
 251
 252       if (diffupstream)
 253       // if (validRes && column>1 && row_annotations[column-2]!=null &&
 254       // dc.equals(row_annotations[column-2].displayCharacter))
 255       {
 256         g.fillPolygon(new int[] { lastSSX + 5, lastSSX + 5, lastSSX },
 257                 new int[]
 258                 { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset },
 259                 3);
 260         x1 += 5;
 261       }
 262       if (diffdownstream)
 263       {
 264         x2 -= 1;
 265       }
 266     }
 267     else
 268     {
 269
 270       // display a forward arrow
 271       if (diffdownstream)
 272       {
 273         g.fillPolygon(new int[] { x2 - 5, x2 - 5, x2 },
 274                 new int[]
 275                 { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset },
 276                 3);
 277         x2 -= 5;
 278       }
 279       if (diffupstream)
 280       {
 281         x1 += 1;
 282       }
 283     }
 284     // draw arrow body
 285     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 7);
 286   }
 287
 288   // public void updateFromAnnotationPanel(FontMetrics annotFM, AlignViewportI
 289   // av)
 290   public void updateFromAwtRenderPanel(AwtRenderPanelI annotPanel,
 291           AlignViewportI av)
 292   {
 293     fm = annotPanel.getFontMetrics();
 294     annotationPanel = annotPanel;
 295     fadedImage = annotPanel.getFadedImage();
 296     imgWidth = annotPanel.getFadedImageWidth();
 297     // visible area for rendering
 298     int[] bounds = annotPanel.getVisibleVRange();
 299     if (bounds != null)
 300     {
 301       sOffset = bounds[0];
 302       visHeight = bounds[1];
 303       if (visHeight == 0)
 304       {
 305         useClip = false;
 306       }
 307       else
 308       {
 309         useClip = canClip;
 310       }
 311     }
 312     else
 313     {
 314       useClip = false;
 315     }
 316
 317     updateFromAlignViewport(av);
 318   }
 319
 320   public void updateFromAlignViewport(AlignViewportI av)
 321   {
 322     charWidth = av.getCharWidth();
 323     endRes = av.getRanges().getEndRes();
 324     charHeight = av.getCharHeight();
 325     hasHiddenColumns = av.hasHiddenColumns();
 326     validCharWidth = av.isValidCharWidth();
 327     av_renderHistogram = av.isShowConsensusHistogram();
 328     av_renderProfile = av.isShowSequenceLogo();
 329     av_normaliseProfile = av.isNormaliseSequenceLogo();
 330     profcolour = av.getResidueShading();
 331     if (profcolour == null || profcolour.getColourScheme() == null)
 332     {
 333       /*
 334        * Use default colour for sequence logo if
 335        * the alignment has no colourscheme set
 336        * (would like to use user preference but n/a for applet)
 337        */
 338       ColourSchemeI col = av.getAlignment().isNucleotide()
 339               ? new NucleotideColourScheme()
 340               : new ZappoColourScheme();
 341       profcolour = new ResidueShader(col);
 342     }
 343     columnSelection = av.getColumnSelection();
 344     hiddenColumns = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 345     hconsensus = av.getSequenceConsensusHash();
 346     complementConsensus = av.getComplementConsensusHash();
 347     hStrucConsensus = av.getRnaStructureConsensusHash();
 348     av_ignoreGapsConsensus = av.isIgnoreGapsConsensus();
 349   }
 350
 351   /**
 352    * Returns profile data; the first element is the profile type, the second is
 353    * the number of distinct values, the third the total count, and the remainder
 354    * depend on the profile type.
 355    *
 356    * @param aa
 357    * @param column
 358    * @return
 359    */
 360   int[] getProfileFor(AlignmentAnnotation aa, int column)
 361   {
 362     // TODO : consider refactoring the global alignment calculation
 363     // properties/rendering attributes as a global 'alignment group' which holds
 364     // all vis settings for the alignment as a whole rather than a subset
 365     //
 366     if (aa.autoCalculated
 367             && (aa.label.startsWith(AutoAnnotation.CONSENSUS.label)
 368                     || aa.label.startsWith(
 369                             AutoAnnotation.CDNA_CONSENSUS.label)))
 370     {
 371       boolean forComplement = aa.label
 372               .startsWith(AutoAnnotation.CDNA_CONSENSUS.label);
 373       if (aa.groupRef != null && aa.groupRef.consensusData != null
 374               && aa.groupRef.isShowSequenceLogo())
 375       {
 376         // TODO? group consensus for cDNA complement
 377         return AAFrequency.extractProfile(
 378                 aa.groupRef.consensusData.get(column),
 379                 aa.groupRef.getIgnoreGapsConsensus());
 380       }
 381       // TODO extend annotation row to enable dynamic and static profile data to
 382       // be stored
 383       if (aa.groupRef == null && aa.sequenceRef == null)
 384       {
 385         if (forComplement)
 386         {
 387           return AAFrequency.extractCdnaProfile(complementConsensus[column],
 388                   av_ignoreGapsConsensus);
 389         }
 390         else
 391         {
 392           return AAFrequency.extractProfile(hconsensus.get(column),
 393                   av_ignoreGapsConsensus);
 394         }
 395       }
 396     }
 397     else
 398     {
 399       if (aa.autoCalculated && aa.label
 400               .startsWith(AutoAnnotation.STRUCTURE_CONSENSUS.label))
 401       {
 402         // TODO implement group structure consensus
 403         /*
 404          * if (aa.groupRef != null && aa.groupRef.consensusData != null &&
 405          * aa.groupRef.isShowSequenceLogo()) { //TODO check what happens for
 406          * group selections return StructureFrequency.extractProfile(
 407          * aa.groupRef.consensusData[column], aa.groupRef
 408          * .getIgnoreGapsConsensus()); }
 409          */
 410         // TODO extend annotation row to enable dynamic and static profile data
 411         // to
 412         // be stored
 413         if (aa.groupRef == null && aa.sequenceRef == null
 414                 && hStrucConsensus != null
 415                 && hStrucConsensus.length > column)
 416         {
 417           return StructureFrequency.extractProfile(hStrucConsensus[column],
 418                   av_ignoreGapsConsensus);
 419         }
 420       }
 421     }
 422     return null;
 423   }
 424
 425   boolean rna = false;
 426
 427   /**
 428    * Render the annotation rows associated with an alignment.
 429    *
 430    * @param annotPanel
 431    *          container frame
 432    * @param av
 433    *          data and view settings to render
 434    * @param g
 435    *          destination for graphics
 436    * @param activeRow
 437    *          row where a mouse event occured (or -1)
 438    * @param startRes
 439    *          first column that will be drawn
 440    * @param endRes
 441    *          last column that will be drawn
 442    * @return true if the fadedImage was used for any alignment annotation rows
 443    *         currently being calculated
 444    */
 445   public boolean drawComponent(AwtRenderPanelI annotPanel,
 446           AlignViewportI av, Graphics g, int activeRow, int startRes,
 447           int endRes)
 448   {
 449     long stime = System.currentTimeMillis();
 450     boolean usedFaded = false;
 451     // NOTES:
 452     // AnnotationPanel needs to implement: ImageObserver, access to
 453     // AlignViewport
 454     updateFromAwtRenderPanel(annotPanel, av);
 455     fm = g.getFontMetrics();
 456     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 457     int temp = 0;
 458     if (aa == null)
 459     {
 460       return false;
 461     }
 462     int x = 0, y = 0;
 463     int column = 0;
 464     char lastSS;
 465     int lastSSX;
 466     int iconOffset = 0;
 467     boolean validRes = false;
 468     boolean validEnd = false;
 469     boolean labelAllCols = false;
 470     boolean centreColLabels;
 471     boolean centreColLabelsDef = av.isCentreColumnLabels();
 472     boolean scaleColLabel = false;
 473     final AlignmentAnnotation consensusAnnot = av
 474             .getAlignmentConsensusAnnotation();
 475     final AlignmentAnnotation structConsensusAnnot = av
 476             .getAlignmentStrucConsensusAnnotation();
 477     final AlignmentAnnotation complementConsensusAnnot = av
 478             .getComplementConsensusAnnotation();
 479     boolean renderHistogram = true, renderProfile = true,
 480             normaliseProfile = false, isRNA = rna;
 481
 482     BitSet graphGroupDrawn = new BitSet();
 483     int charOffset = 0; // offset for a label
 484     float fmWidth, fmScaling = 1f; // scaling for a label to fit it into a
 485     // column.
 486     Font ofont = g.getFont();
 487     // \u03B2 \u03B1
 488     // debug ints
 489     int yfrom = 0, f_i = 0, yto = 0, f_to = 0;
 490     boolean clipst = false, clipend = false;
 491     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 492     {
 493       AlignmentAnnotation row = aa[i];
 494       isRNA = row.isRNA();
 495       {
 496         // check if this is a consensus annotation row and set the display
 497         // settings appropriately
 498         // TODO: generalise this to have render styles for consensus/profile
 499         // data
 500         if (row.groupRef != null && row == row.groupRef.getConsensus())
 501         {
 502           renderHistogram = row.groupRef.isShowConsensusHistogram();
 503           renderProfile = row.groupRef.isShowSequenceLogo();
 504           normaliseProfile = row.groupRef.isNormaliseSequenceLogo();
 505         }
 506         else if (row == consensusAnnot || row == structConsensusAnnot
 507                 || row == complementConsensusAnnot)
 508         {
 509           renderHistogram = av_renderHistogram;
 510           renderProfile = av_renderProfile;
 511           normaliseProfile = av_normaliseProfile;
 512         }
 513         else
 514         {
 515           renderHistogram = true;
 516           // don't need to set render/normaliseProfile since they are not
 517           // currently used in any other annotation track renderer
 518         }
 519       }
 520       Annotation[] row_annotations = row.annotations;
 521       if (!row.visible)
 522       {
 523         continue;
 524       }
 525       centreColLabels = row.centreColLabels || centreColLabelsDef;
 526       labelAllCols = row.showAllColLabels;
 527       scaleColLabel = row.scaleColLabel;
 528       lastSS = ' ';
 529       lastSSX = 0;
 530
 531       if (!useClip || ((y - charHeight) < visHeight
 532               && (y + row.height + charHeight * 2) >= sOffset))
 533       {// if_in_visible_region
 534         if (!clipst)
 535         {
 536           clipst = true;
 537           yfrom = y;
 538           f_i = i;
 539         }
 540         yto = y;
 541         f_to = i;
 542         if (row.graph > 0)
 543         {
 544           if (row.graphGroup > -1 && graphGroupDrawn.get(row.graphGroup))
 545           {
 546             continue;
 547           }
 548
 549           // this is so that we draw the characters below the graph
 550           y += row.height;
 551
 552           if (row.hasText)
 553           {
 554             iconOffset = charHeight - fm.getDescent();
 555             y -= charHeight;
 556           }
 557         }
 558         else if (row.hasText)
 559         {
 560           iconOffset = charHeight - fm.getDescent();
 561
 562         }
 563         else
 564         {
 565           iconOffset = 0;
 566         }
 567
 568         if (row.autoCalculated && av.isCalculationInProgress(row))
 569         {
 570           y += charHeight;
 571           usedFaded = true;
 572           g.drawImage(fadedImage, 0, y - row.height, imgWidth, y, 0,
 573                   y - row.height, imgWidth, y, annotationPanel);
 574           g.setColor(Color.black);
 575           // g.drawString("Calculating "+aa[i].label+"....",20, y-row.height/2);
 576
 577           continue;
 578         }
 579
 580         /*
 581          * else if (annotationPanel.av.updatingConservation &&
 582          * aa[i].label.equals("Conservation")) {
 583          *
 584          * y += charHeight; g.drawImage(annotationPanel.fadedImage, 0, y -
 585          * row.height, annotationPanel.imgWidth, y, 0, y - row.height,
 586          * annotationPanel.imgWidth, y, annotationPanel);
 587          *
 588          * g.setColor(Color.black); //
 589          * g.drawString("Calculating Conservation.....",20, y-row.height/2);
 590          *
 591          * continue; } else if (annotationPanel.av.updatingConservation &&
 592          * aa[i].label.equals("Quality")) {
 593          *
 594          * y += charHeight; g.drawImage(annotationPanel.fadedImage, 0, y -
 595          * row.height, annotationPanel.imgWidth, y, 0, y - row.height,
 596          * annotationPanel.imgWidth, y, annotationPanel);
 597          * g.setColor(Color.black); // /
 598          * g.drawString("Calculating Quality....",20, y-row.height/2);
 599          *
 600          * continue; }
 601          */
 602         // first pass sets up state for drawing continuation from left-hand
 603         // column
 604         // of startRes
 605         x = (startRes == 0) ? 0 : -1;
 606         while (x < endRes - startRes)
 607         {
 608           if (hasHiddenColumns)
 609           {
 610             column = hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(startRes + x);
 611             if (column > row_annotations.length - 1)
 612             {
 613               break;
 614             }
 615           }
 616           else
 617           {
 618             column = startRes + x;
 619           }
 620
 621           if ((row_annotations == null)
 622                   || (row_annotations.length <= column)
 623                   || (row_annotations[column] == null))
 624           {
 625             validRes = false;
 626           }
 627           else
 628           {
 629             validRes = true;
 630           }
 631           final String displayChar = validRes
 632                   ? row_annotations[column].displayCharacter
 633                   : null;
 634           if (x > -1)
 635           {
 636             if (activeRow == i)
 637             {
 638               g.setColor(Color.red);
 639
 640               if (columnSelection != null)
 641               {
 642                 if (columnSelection.contains(column))
 643                 {
 644                   g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 645                 }
 646               }
 647             }
 648             if (row.getInvalidStrucPos() > x)
 649             {
 650               g.setColor(Color.orange);
 651               g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 652             }
 653             else if (row.getInvalidStrucPos() == x)
 654             {
 655               g.setColor(Color.orange.darker());
 656               g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 657             }
 658             if (validCharWidth && validRes && displayChar != null
 659                     && (displayChar.length() > 0))
 660             {
 661
 662               fmWidth = fm.charsWidth(displayChar.toCharArray(), 0,
 663                       displayChar.length());
 664               if (/* centreColLabels || */scaleColLabel)
 665               {
 666                 // fmWidth = fm.charsWidth(displayChar.toCharArray(), 0,
 667                 // displayChar.length());
 668                 //
 669                 // if (scaleColLabel)
 670                 // {
 671                 // justify the label and scale to fit in column
 672                 if (fmWidth > charWidth)
 673                 {
 674                   // scale only if the current font isn't already small enough
 675                   fmScaling = charWidth;
 676                   fmScaling /= fmWidth;
 677                   g.setFont(ofont.deriveFont(AffineTransform
 678                           .getScaleInstance(fmScaling, 1.0)));
 679                   // and update the label's width to reflect the scaling.
 680                   fmWidth = charWidth;
 681                 }
 682                 // }
 683               }
 684               // TODO is it ok to use width of / show all characters here?
 685               // else
 686               // {
 687               // fmWidth = fm.charWidth(displayChar.charAt(0));
 688               // }
 689               charOffset = (int) ((charWidth - fmWidth) / 2f);
 690
 691               if (row_annotations[column].colour == null)
 692               {
 693                 g.setColor(Color.black);
 694               }
 695               else
 696               {
 697                 g.setColor(row_annotations[column].colour);
 698               }
 699
 700               if (column == 0 || row.graph > 0)
 701               {
 702                 g.drawString(displayChar, (x * charWidth) + charOffset,
 703                         y + iconOffset);
 704               }
 705               else if (row_annotations[column - 1] == null || (labelAllCols
 706                       || !displayChar.equals(
 707                               row_annotations[column - 1].displayCharacter)
 708                       || (displayChar.length() < 2
 709                               && row_annotations[column].secondaryStructure == ' ')))
 710               {
 711                 g.drawString(displayChar, x * charWidth + charOffset,
 712                         y + iconOffset);
 713               }
 714               g.setFont(ofont);
 715             }
 716           }
 717           if (row.hasIcons)
 718           {
 719             char ss = validRes ? row_annotations[column].secondaryStructure
 720                     : '-';
 721
 722             if (ss == '(')
 723             {
 724               // distinguish between forward/backward base-pairing
 725               if (displayChar.indexOf(')') > -1)
 726               {
 727
 728                 ss = ')';
 729
 730               }
 731             }
 732             if (ss == '[')
 733             {
 734               if ((displayChar.indexOf(']') > -1))
 735               {
 736                 ss = ']';
 737
 738               }
 739             }
 740             if (ss == '{')
 741             {
 742               // distinguish between forward/backward base-pairing
 743               if (displayChar.indexOf('}') > -1)
 744               {
 745                 ss = '}';
 746
 747               }
 748             }
 749             if (ss == '<')
 750             {
 751               // distinguish between forward/backward base-pairing
 752               if (displayChar.indexOf('<') > -1)
 753               {
 754                 ss = '>';
 755
 756               }
 757             }
 758             if (isRNA && (ss >= CHAR_A) && (ss <= CHAR_Z))
 759             {
 760               // distinguish between forward/backward base-pairing
 761               int ssLowerCase = ss + UPPER_TO_LOWER;
 762               // TODO would .equals() be safer here? or charAt(0)?
 763               if (displayChar.indexOf(ssLowerCase) > -1)
 764               {
 765                 ss = (char) ssLowerCase;
 766               }
 767             }
 768
 769             if (!validRes || (ss != lastSS))
 770             {
 771
 772               if (x > -1)
 773               {
 774
 775                 int nb_annot = x - temp;
 776                 // System.out.println("\t type :"+lastSS+"\t x :"+x+"\t nbre
 777                 // annot :"+nb_annot);
 778                 switch (lastSS)
 779                 {
 780                 case '(': // Stem case for RNA secondary structure
 781                 case ')': // and opposite direction
 782                   drawStemAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 783                           iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);
 784                   temp = x;
 785                   break;
 786
 787                 case 'H':
 788                   if (!isRNA)
 789                   {
 790                     drawHelixAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 791                             iconOffset, startRes, column, validRes,
 792                             validEnd);
 793                     break;
 794                   }
 795                   // no break if isRNA - falls through to drawNotCanonicalAnnot!
 796                 case 'E':
 797                   if (!isRNA)
 798                   {
 799                     drawSheetAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 800                             iconOffset, startRes, column, validRes,
 801                             validEnd);
 802                     break;
 803                   }
 804                   // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
 805
 806                 case '{':
 807                 case '}':
 808                 case '[':
 809                 case ']':
 810                 case '>':
 811                 case '<':
 812                 case 'A':
 813                 case 'a':
 814                 case 'B':
 815                 case 'b':
 816                 case 'C':
 817                 case 'c':
 818                 case 'D':
 819                 case 'd':
 820                 case 'e':
 821                 case 'F':
 822                 case 'f':
 823                 case 'G':
 824                 case 'g':
 825                 case 'h':
 826                 case 'I':
 827                 case 'i':
 828                 case 'J':
 829                 case 'j':
 830                 case 'K':
 831                 case 'k':
 832                 case 'L':
 833                 case 'l':
 834                 case 'M':
 835                 case 'm':
 836                 case 'N':
 837                 case 'n':
 838                 case 'O':
 839                 case 'o':
 840                 case 'P':
 841                 case 'p':
 842                 case 'Q':
 843                 case 'q':
 844                 case 'R':
 845                 case 'r':
 846                 case 'S':
 847                 case 's':
 848                 case 'T':
 849                 case 't':
 850                 case 'U':
 851                 case 'u':
 852                 case 'V':
 853                 case 'v':
 854                 case 'W':
 855                 case 'w':
 856                 case 'X':
 857                 case 'x':
 858                 case 'Y':
 859                 case 'y':
 860                 case 'Z':
 861                 case 'z':
 862
 863                   Color nonCanColor = getNotCanonicalColor(lastSS);
 864                   drawNotCanonicalAnnot(g, nonCanColor, row_annotations,
 865                           lastSSX, x, y, iconOffset, startRes, column,
 866                           validRes, validEnd);
 867                   temp = x;
 868                   break;
 869                 default:
 870                   g.setColor(Color.gray);
 871                   g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset,
 872                           (x * charWidth) - lastSSX, 2);
 873                   temp = x;
 874                   break;
 875                 }
 876               }
 877               if (validRes)
 878               {
 879                 lastSS = ss;
 880               }
 881               else
 882               {
 883                 lastSS = ' ';
 884               }
 885               if (x > -1)
 886               {
 887                 lastSSX = (x * charWidth);
 888               }
 889             }
 890           }
 891           column++;
 892           x++;
 893         }
 894         if (column >= row_annotations.length)
 895         {
 896           column = row_annotations.length - 1;
 897           validEnd = false;
 898         }
 899         else
 900         {
 901           validEnd = true;
 902         }
 903         if ((row_annotations == null) || (row_annotations.length <= column)
 904                 || (row_annotations[column] == null))
 905         {
 906           validRes = false;
 907         }
 908         else
 909         {
 910           validRes = true;
 911         }
 912         // x ++;
 913
 914         if (row.hasIcons)
 915         {
 916           switch (lastSS)
 917           {
 918
 919           case 'H':
 920             if (!isRNA)
 921             {
 922               drawHelixAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 923                       startRes, column, validRes, validEnd);
 924               break;
 925             }
 926             // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
 927
 928           case 'E':
 929             if (!isRNA)
 930             {
 931               drawSheetAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 932                       startRes, column, validRes, validEnd);
 933               break;
 934             }
 935             // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
 936
 937           case '(':
 938           case ')': // Stem case for RNA secondary structure
 939
 940             drawStemAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 941                     startRes, column, validRes, validEnd);
 942
 943             break;
 944           case '{':
 945           case '}':
 946           case '[':
 947           case ']':
 948           case '>':
 949           case '<':
 950           case 'A':
 951           case 'a':
 952           case 'B':
 953           case 'b':
 954           case 'C':
 955           case 'c':
 956           case 'D':
 957           case 'd':
 958           case 'e':
 959           case 'F':
 960           case 'f':
 961           case 'G':
 962           case 'g':
 963           case 'h':
 964           case 'I':
 965           case 'i':
 966           case 'J':
 967           case 'j':
 968           case 'K':
 969           case 'k':
 970           case 'L':
 971           case 'l':
 972           case 'M':
 973           case 'm':
 974           case 'N':
 975           case 'n':
 976           case 'O':
 977           case 'o':
 978           case 'P':
 979           case 'p':
 980           case 'Q':
 981           case 'q':
 982           case 'R':
 983           case 'r':
 984           case 'T':
 985           case 't':
 986           case 'U':
 987           case 'u':
 988           case 'V':
 989           case 'v':
 990           case 'W':
 991           case 'w':
 992           case 'X':
 993           case 'x':
 994           case 'Y':
 995           case 'y':
 996           case 'Z':
 997           case 'z':
 998             // System.out.println(lastSS);
 999             Color nonCanColor = getNotCanonicalColor(lastSS);
1000             drawNotCanonicalAnnot(g, nonCanColor, row_annotations, lastSSX,
1001                     x, y, iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);
1002             break;
1003           default:
1004             drawGlyphLine(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
1005                     startRes, column, validRes, validEnd);
1006             break;
1007           }
1008         }
1009
1010         if (row.graph > 0 && row.graphHeight > 0)
1011         {
1012           if (row.graph == AlignmentAnnotation.LINE_GRAPH)
1013           {
1014             if (row.graphGroup > -1 && !graphGroupDrawn.get(row.graphGroup))
1015             {
1016               // TODO: JAL-1291 revise rendering model so the graphGroup map is
1017               // computed efficiently for all visible labels
1018               float groupmax = -999999, groupmin = 9999999;
1019               for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
1020               {
1021                 if (aa[gg].graphGroup != row.graphGroup)
1022                 {
1023                   continue;
1024                 }
1025
1026                 if (aa[gg] != row)
1027                 {
1028                   aa[gg].visible = false;
1029                 }
1030                 if (aa[gg].graphMax > groupmax)
1031                 {
1032                   groupmax = aa[gg].graphMax;
1033                 }
1034                 if (aa[gg].graphMin < groupmin)
1035                 {
1036                   groupmin = aa[gg].graphMin;
1037                 }
1038               }
1039
1040               for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
1041               {
1042                 if (aa[gg].graphGroup == row.graphGroup)
1043                 {
1044                   drawLineGraph(g, aa[gg], aa[gg].annotations, startRes,
1045                           endRes, y, groupmin, groupmax, row.graphHeight);
1046                 }
1047               }
1048
1049               graphGroupDrawn.set(row.graphGroup);
1050             }
1051             else
1052             {
1053               drawLineGraph(g, row, row_annotations, startRes, endRes, y,
1054                       row.graphMin, row.graphMax, row.graphHeight);
1055             }
1056           }
1057           else if (row.graph == AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH)
1058           {
1059             drawBarGraph(g, row, row_annotations, startRes, endRes,
1060                     row.graphMin, row.graphMax, y, renderHistogram,
1061                     renderProfile, normaliseProfile);
1062           }
1063         }
1064       }
1065       else
1066       {
1067         if (clipst && !clipend)
1068         {
1069           clipend = true;
1070         }
1071       } // end if_in_visible_region
1072       if (row.graph > 0 && row.hasText)
1073       {
1074         y += charHeight;
1075       }
1076
1077       if (row.graph == 0)
1078       {
1079         y += aa[i].height;
1080       }
1081     }
1082     if (debugRedraw)
1083     {
1084       if (canClip)
1085       {
1086         if (clipst)
1087         {
1088           System.err.println(
1089                   "Start clip at : " + yfrom + " (index " + f_i + ")");
1090         }
1091         if (clipend)
1092         {
1093           System.err.println(
1094                   "End clip at : " + yto + " (index " + f_to + ")");
1095         }
1096       }
1097       ;
1098       System.err.println("Annotation Rendering time:"
1099               + (System.currentTimeMillis() - stime));
1100     }
1101     ;
1102
1103     return !usedFaded;
1104   }
1105
1106   public static final Color GLYPHLINE_COLOR = Color.gray;
1107
1108   public static final Color SHEET_COLOUR = Color.green;
1109
1110   public static final Color HELIX_COLOUR = Color.red;
1111
1112   public static final Color STEM_COLOUR = Color.blue;
1113
1114   private Color sdNOTCANONICAL_COLOUR;
1115
1116   void drawGlyphLine(Graphics g, Annotation[] row, int lastSSX, int x,
1117           int y, int iconOffset, int startRes, int column, boolean validRes,
1118           boolean validEnd)
1119   {
1120     g.setColor(GLYPHLINE_COLOR);
1121     g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset, (x * charWidth) - lastSSX, 2);
1122   }
1123
1124   void drawSheetAnnot(Graphics g, Annotation[] row,
1125
1126           int lastSSX, int x, int y, int iconOffset, int startRes,
1127           int column, boolean validRes, boolean validEnd)
1128   {
1129     g.setColor(SHEET_COLOUR);
1130
1131     if (!validEnd || !validRes || row == null || row[column] == null
1132             || row[column].secondaryStructure != 'E')
1133     {
1134       g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, (x * charWidth) - lastSSX - 4,
1135               7);
1136       g.fillPolygon(
1137               new int[]
1138               { (x * charWidth) - 4, (x * charWidth) - 4, (x * charWidth) },
1139               new int[]
1140               { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 7 + iconOffset },
1141               3);
1142     }
1143     else
1144     {
1145       g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, (x + 1) * charWidth - lastSSX,
1146               7);
1147     }
1148
1149   }
1150
1151   void drawHelixAnnot(Graphics g, Annotation[] row, int lastSSX, int x,
1152           int y, int iconOffset, int startRes, int column, boolean validRes,
1153           boolean validEnd)
1154   {
1155     g.setColor(HELIX_COLOUR);
1156
1157     int sCol = (lastSSX / charWidth)
1158             + hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(startRes);
1159     int x1 = lastSSX;
1160     int x2 = (x * charWidth);
1161
1162     if (MAC)
1163     {
1164       int ofs = charWidth / 2;
1165       // Off by 1 offset when drawing rects and ovals
1166       // to offscreen image on the MAC
1167       g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8, 8, 8);
1168       if (sCol == 0 || row[sCol - 1] == null
1169               || row[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')
1170       {
1171       }
1172       else
1173       {
1174         // g.setColor(Color.orange);
1175         g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, x2 - x1 - ofs + 1, 8,
1176                 0, 0);
1177       }
1178       if (!validRes || row[column] == null
1179               || row[column].secondaryStructure != 'H')
1180       {
1181
1182       }
1183       else
1184       {
1185         // g.setColor(Color.magenta);
1186         g.fillRoundRect(lastSSX + ofs, y + 4 + iconOffset,
1187                 x2 - x1 - ofs + 1, 8, 0, 0);
1188
1189       }
1190
1191       return;
1192     }
1193
1194     if (sCol == 0 || row[sCol - 1] == null
1195             || row[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')
1196     {
1197       g.fillArc(lastSSX, y + 4 + iconOffset, charWidth, 8, 90, 180);
1198       x1 += charWidth / 2;
1199     }
1200
1201     if (!validRes || row[column] == null
1202             || row[column].secondaryStructure != 'H')
1203     {
1204       g.fillArc((x * charWidth) - charWidth, y + 4 + iconOffset, charWidth,
1205               8, 270, 180);
1206       x2 -= charWidth / 2;
1207     }
1208
1209     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8);
1210   }
1211
1212   void drawLineGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1213           Annotation[] aa_annotations, int sRes, int eRes, int y, float min,
1214           float max, int graphHeight)
1215   {
1216     if (sRes > aa_annotations.length)
1217     {
1218       return;
1219     }
1220
1221     int x = 0;
1222
1223     // Adjustment for fastpaint to left
1224     if (eRes < endRes)
1225     {
1226       eRes++;
1227     }
1228
1229     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1230
1231     if (sRes == 0)
1232     {
1233       x++;
1234     }
1235
1236     int y1 = y, y2 = y;
1237     float range = max - min;
1238
1239     // //Draw origin
1240     if (min < 0)
1241     {
1242       y2 = y - (int) ((0 - min / range) * graphHeight);
1243     }
1244
1245     g.setColor(Color.gray);
1246     g.drawLine(x - charWidth, y2, (eRes - sRes + 1) * charWidth, y2);
1247
1248     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1249
1250     int column;
1251     int aaMax = aa_annotations.length - 1;
1252
1253     while (x < eRes - sRes)
1254     {
1255       column = sRes + x;
1256       if (hasHiddenColumns)
1257       {
1258         column = hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(column);
1259       }
1260
1261       if (column > aaMax)
1262       {
1263         break;
1264       }
1265
1266       if (aa_annotations[column] == null
1267               || aa_annotations[column - 1] == null)
1268       {
1269         x++;
1270         continue;
1271       }
1272
1273       if (aa_annotations[column].colour == null)
1274       {
1275         g.setColor(Color.black);
1276       }
1277       else
1278       {
1279         g.setColor(aa_annotations[column].colour);
1280       }
1281
1282       y1 = y - (int) (((aa_annotations[column - 1].value - min) / range)
1283               * graphHeight);
1284       y2 = y - (int) (((aa_annotations[column].value - min) / range)
1285               * graphHeight);
1286
1287       g.drawLine(x * charWidth - charWidth / 2, y1,
1288               x * charWidth + charWidth / 2, y2);
1289       x++;
1290     }
1291
1292     if (_aa.threshold != null)
1293     {
1294       g.setColor(_aa.threshold.colour);
1295       Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
1296       g2.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_SQUARE,
1297               BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]
1298               { 5f, 3f }, 0f));
1299
1300       y2 = (int) (y - ((_aa.threshold.value - min) / range) * graphHeight);
1301       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1302       g2.setStroke(new BasicStroke());
1303     }
1304   }
1305
1306   void drawBarGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1307           Annotation[] aa_annotations, int sRes, int eRes, float min,
1308           float max, int y, boolean renderHistogram, boolean renderProfile,
1309           boolean normaliseProfile)
1310   {
1311     if (sRes > aa_annotations.length)
1312     {
1313       return;
1314     }
1315     Font ofont = g.getFont();
1316     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1317
1318     int x = 0, y1 = y, y2 = y;
1319
1320     float range = max - min;
1321
1322     if (min < 0)
1323     {
1324       y2 = y - (int) ((0 - min / (range)) * _aa.graphHeight);
1325     }
1326
1327     g.setColor(Color.gray);
1328
1329     g.drawLine(x, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1330
1331     int column;
1332     int aaMax = aa_annotations.length - 1;
1333     while (x < eRes - sRes)
1334     {
1335       column = sRes + x;
1336       if (hasHiddenColumns)
1337       {
1338         column = hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(column);
1339       }
1340
1341       if (column > aaMax)
1342       {
1343         break;
1344       }
1345
1346       if (aa_annotations[column] == null)
1347       {
1348         x++;
1349         continue;
1350       }
1351       if (aa_annotations[column].colour == null)
1352       {
1353         g.setColor(Color.black);
1354       }
1355       else
1356       {
1357         g.setColor(aa_annotations[column].colour);
1358       }
1359
1360       y1 = y - (int) (((aa_annotations[column].value - min) / (range))
1361               * _aa.graphHeight);
1362
1363       if (renderHistogram)
1364       {
1365         if (y1 - y2 > 0)
1366         {
1367           g.fillRect(x * charWidth, y2, charWidth, y1 - y2);
1368         }
1369         else
1370         {
1371           g.fillRect(x * charWidth, y1, charWidth, y2 - y1);
1372         }
1373       }
1374       // draw profile if available
1375       if (renderProfile)
1376       {
1377
1378         /*
1379          * {profile type, #values, total count, char1, pct1, char2, pct2...}
1380          */
1381         int profl[] = getProfileFor(_aa, column);
1382
1383         // just try to draw the logo if profl is not null
1384         if (profl != null && profl[2] != 0)
1385         {
1386           boolean isStructureProfile = profl[0] == AlignmentAnnotation.STRUCTURE_PROFILE;
1387           boolean isCdnaProfile = profl[0] == AlignmentAnnotation.CDNA_PROFILE;
1388           float ht = normaliseProfile ? y - _aa.graphHeight : y1;
1389           double htn = normaliseProfile ? _aa.graphHeight : (y2 - y1);// aa.graphHeight;
1390           double hght;
1391           float wdth;
1392           double ht2 = 0;
1393           char[] dc;
1394
1395           /**
1396            * Render a single base for a sequence profile, a base pair for
1397            * structure profile, and a triplet for a cdna profile
1398            */
1399           dc = new char[isStructureProfile ? 2 : (isCdnaProfile ? 3 : 1)];
1400
1401           LineMetrics lm = g.getFontMetrics(ofont).getLineMetrics("Q", g);
1402           double scale = 1f / (normaliseProfile ? profl[2] : 100f);
1403           float ofontHeight = 1f / lm.getAscent();// magnify to fill box
1404           double scl = 0.0;
1405
1406           /*
1407            * Traverse the character(s)/percentage data in the array
1408            */
1409           int c = 3;
1410           int valuesProcessed = 0;
1411           // profl[1] is the number of values in the profile
1412           while (valuesProcessed < profl[1])
1413           {
1414             if (isStructureProfile)
1415             {
1416               // todo can we encode a structure pair as an int, like codons?
1417               dc[0] = (char) profl[c++];
1418               dc[1] = (char) profl[c++];
1419             }
1420             else if (isCdnaProfile)
1421             {
1422               dc = CodingUtils.decodeCodon(profl[c++]);
1423             }
1424             else
1425             {
1426               dc[0] = (char) profl[c++];
1427             }
1428
1429             wdth = charWidth;
1430             wdth /= fm.charsWidth(dc, 0, dc.length);
1431
1432             ht += scl;
1433             // next profl[] position is profile % for the character(s)
1434             scl = htn * scale * profl[c++];
1435             lm = ofont.getLineMetrics(dc, 0, 1,
1436                     g.getFontMetrics().getFontRenderContext());
1437             Font font = ofont.deriveFont(AffineTransform
1438                     .getScaleInstance(wdth, scl / lm.getAscent()));
1439             g.setFont(font);
1440             lm = g.getFontMetrics().getLineMetrics(dc, 0, 1, g);
1441
1442             // Debug - render boxes around characters
1443             // g.setColor(Color.red);
1444             // g.drawRect(x*av.charWidth, (int)ht, av.charWidth,
1445             // (int)(scl));
1446             // g.setColor(profcolour.findColour(dc[0]).darker());
1447
1448             /*
1449              * Set character colour as per alignment colour scheme; use the
1450              * codon translation if a cDNA profile
1451              */
1452             Color colour = null;
1453             if (isCdnaProfile)
1454             {
1455               final String codonTranslation = ResidueProperties
1456                       .codonTranslate(new String(dc));
1457               colour = profcolour.findColour(codonTranslation.charAt(0),
1458                       column, null);
1459             }
1460             else
1461             {
1462               colour = profcolour.findColour(dc[0], column, null);
1463             }
1464             g.setColor(colour == Color.white ? Color.lightGray : colour);
1465
1466             hght = (ht + (scl - lm.getDescent()
1467                     - lm.getBaselineOffsets()[lm.getBaselineIndex()]));
1468
1469             g.drawChars(dc, 0, dc.length, x * charWidth, (int) hght);
1470             valuesProcessed++;
1471           }
1472           g.setFont(ofont);
1473         }
1474       }
1475       x++;
1476     }
1477     if (_aa.threshold != null)
1478     {
1479       g.setColor(_aa.threshold.colour);
1480       Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
1481       g2.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_SQUARE,
1482               BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]
1483               { 5f, 3f }, 0f));
1484
1485       y2 = (int) (y
1486               - ((_aa.threshold.value - min) / range) * _aa.graphHeight);
1487       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1488       g2.setStroke(new BasicStroke());
1489     }
1490   }
1491
1492   // used by overview window
1493   public void drawGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1494           Annotation[] aa_annotations, int width, int y, int sRes, int eRes)
1495   {
1496     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1497     g.setColor(Color.white);
1498     g.fillRect(0, 0, width, y);
1499     g.setColor(new Color(0, 0, 180));
1500
1501     int x = 0, height;
1502
1503     for (int j = sRes; j < eRes; j++)
1504     {
1505       if (aa_annotations[j] != null)
1506       {
1507         if (aa_annotations[j].colour == null)
1508         {
1509           g.setColor(Color.black);
1510         }
1511         else
1512         {
1513           g.setColor(aa_annotations[j].colour);
1514         }
1515
1516         height = (int) ((aa_annotations[j].value / _aa.graphMax) * y);
1517         if (height > y)
1518         {
1519           height = y;
1520         }
1521
1522         g.fillRect(x, y - height, charWidth, height);
1523       }
1524       x += charWidth;
1525     }
1526   }
1527
1528   Color getNotCanonicalColor(char lastss)
1529   {
1530     switch (lastss)
1531     {
1532     case '{':
1533     case '}':
1534       return new Color(255, 125, 5);
1535
1536     case '[':
1537     case ']':
1538       return new Color(245, 115, 10);
1539
1540     case '>':
1541     case '<':
1542       return new Color(235, 135, 15);
1543
1544     case 'A':
1545     case 'a':
1546       return new Color(225, 105, 20);
1547
1548     case 'B':
1549     case 'b':
1550       return new Color(215, 145, 30);
1551
1552     case 'C':
1553     case 'c':
1554       return new Color(205, 95, 35);
1555
1556     case 'D':
1557     case 'd':
1558       return new Color(195, 155, 45);
1559
1560     case 'E':
1561     case 'e':
1562       return new Color(185, 85, 55);
1563
1564     case 'F':
1565     case 'f':
1566       return new Color(175, 165, 65);
1567
1568     case 'G':
1569     case 'g':
1570       return new Color(170, 75, 75);
1571
1572     case 'H':
1573     case 'h':
1574       return new Color(160, 175, 85);
1575
1576     case 'I':
1577     case 'i':
1578       return new Color(150, 65, 95);
1579
1580     case 'J':
1581     case 'j':
1582       return new Color(140, 185, 105);
1583
1584     case 'K':
1585     case 'k':
1586       return new Color(130, 55, 110);
1587
1588     case 'L':
1589     case 'l':
1590       return new Color(120, 195, 120);
1591
1592     case 'M':
1593     case 'm':
1594       return new Color(110, 45, 130);
1595
1596     case 'N':
1597     case 'n':
1598       return new Color(100, 205, 140);
1599
1600     case 'O':
1601     case 'o':
1602       return new Color(90, 35, 150);
1603
1604     case 'P':
1605     case 'p':
1606       return new Color(85, 215, 160);
1607
1608     case 'Q':
1609     case 'q':
1610       return new Color(75, 25, 170);
1611
1612     case 'R':
1613     case 'r':
1614       return new Color(65, 225, 180);
1615
1616     case 'S':
1617     case 's':
1618       return new Color(55, 15, 185);
1619
1620     case 'T':
1621     case 't':
1622       return new Color(45, 235, 195);
1623
1624     case 'U':
1625     case 'u':
1626       return new Color(35, 5, 205);
1627
1628     case 'V':
1629     case 'v':
1630       return new Color(25, 245, 215);
1631
1632     case 'W':
1633     case 'w':
1634       return new Color(15, 0, 225);
1635
1636     case 'X':
1637     case 'x':
1638       return new Color(10, 255, 235);
1639
1640     case 'Y':
1641     case 'y':
1642       return new Color(5, 150, 245);
1643
1644     case 'Z':
1645     case 'z':
1646       return new Color(0, 80, 255);
1647
1648     default:
1649       System.out.println("This is not a interaction : " + lastss);
1650       return null;
1651
1652     }
1653   }
1654 }