src/jalview/renderer/AnnotationRenderer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.renderer;
  22
  23 import jalview.analysis.AAFrequency;
  24 import jalview.analysis.CodingUtils;
  25 import jalview.analysis.Rna;
  26 import jalview.analysis.StructureFrequency;
  27 import jalview.api.AlignViewportI;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  29 import jalview.datamodel.Annotation;
  30 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  31 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  32 import jalview.datamodel.ProfilesI;
  33 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  34 import jalview.schemes.NucleotideColourScheme;
  35 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  36 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;
  37 import jalview.util.Platform;
  38
  39 import java.awt.BasicStroke;
  40 import java.awt.Color;
  41 import java.awt.Font;
  42 import java.awt.FontMetrics;
  43 import java.awt.Graphics;
  44 import java.awt.Graphics2D;
  45 import java.awt.Image;
  46 import java.awt.geom.AffineTransform;
  47 import java.awt.image.ImageObserver;
  48 import java.util.BitSet;
  49 import java.util.Hashtable;
  50
  51 public class AnnotationRenderer
  52 {
  53   private static final int UPPER_TO_LOWER = 'a' - 'A'; // 32
  54
  55   private static final int CHAR_A = 'A'; // 65
  56
  57   private static final int CHAR_Z = 'Z'; // 90
  58
  59   /**
  60    * flag indicating if timing and redraw parameter info should be output
  61    */
  62   private final boolean debugRedraw;
  63
  64   private int charWidth, endRes, charHeight;
  65
  66   private boolean validCharWidth, hasHiddenColumns;
  67
  68   private FontMetrics fm;
  69
  70   private final boolean USE_FILL_ROUND_RECT = Platform.isAMacAndNotJS();
  71
  72   boolean av_renderHistogram = true, av_renderProfile = true,
  73           av_normaliseProfile = false;
  74
  75   ResidueShaderI profcolour = null;
  76
  77   private ColumnSelection columnSelection;
  78
  79   private HiddenColumns hiddenColumns;
  80
  81   private ProfilesI hconsensus;
  82
  83   private Hashtable<String, Object>[] complementConsensus;
  84
  85   private Hashtable<String, Object>[] hStrucConsensus;
  86
  87   private boolean av_ignoreGapsConsensus;
  88
  89   /**
  90    * attributes set from AwtRenderPanelI
  91    */
  92   /**
  93    * old image used when data is currently being calculated and cannot be
  94    * rendered
  95    */
  96   private Image fadedImage;
  97
  98   /**
  99    * panel being rendered into
 100    */
 101   private ImageObserver annotationPanel;
 102
 103   /**
 104    * width of image to render in panel
 105    */
 106   private int imgWidth;
 107
 108   /**
 109    * offset to beginning of visible area
 110    */
 111   private int sOffset;
 112
 113   /**
 114    * offset to end of visible area
 115    */
 116   private int visHeight;
 117
 118   /**
 119    * indicate if the renderer should only render the visible portion of the
 120    * annotation given the current view settings
 121    */
 122   private boolean useClip = true;
 123
 124   /**
 125    * master flag indicating if renderer should ever try to clip. not enabled for
 126    * jalview 2.8.1
 127    */
 128   private boolean canClip = false;
 129
 130   public AnnotationRenderer()
 131   {
 132     this(false);
 133   }
 134
 135   /**
 136    * Create a new annotation Renderer
 137    *
 138    * @param debugRedraw
 139    *          flag indicating if timing and redraw parameter info should be
 140    *          output
 141    */
 142   public AnnotationRenderer(boolean debugRedraw)
 143   {
 144     this.debugRedraw = debugRedraw;
 145   }
 146
 147   /**
 148    * Remove any references and resources when this object is no longer required
 149    */
 150   public void dispose()
 151   {
 152     hconsensus = null;
 153     complementConsensus = null;
 154     hStrucConsensus = null;
 155     fadedImage = null;
 156     annotationPanel = null;
 157   }
 158
 159   void drawStemAnnot(Graphics g, Annotation[] row_annotations, int lastSSX,
 160           int x, int y, int iconOffset, int startRes, int column,
 161           boolean validRes, boolean validEnd)
 162   {
 163     g.setColor(STEM_COLOUR);
 164     int sCol = (lastSSX / charWidth)
 165             + hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(startRes);
 166     int x1 = lastSSX;
 167     int x2 = (x * charWidth);
 168
 169     char dc = (column == 0 || row_annotations[column - 1] == null) ? ' '
 170             : row_annotations[column - 1].secondaryStructure;
 171
 172     boolean diffupstream = sCol == 0 || row_annotations[sCol - 1] == null
 173             || dc != row_annotations[sCol - 1].secondaryStructure;
 174     boolean diffdownstream = !validRes || !validEnd
 175             || row_annotations[column] == null
 176             || dc != row_annotations[column].secondaryStructure;
 177
 178     if (column > 0 && Rna.isClosingParenthesis(dc))
 179     {
 180       if (diffupstream)
 181       // if (validRes && column>1 && row_annotations[column-2]!=null &&
 182       // dc.equals(row_annotations[column-2].displayCharacter))
 183       {
 184         /*
 185          * if new annotation with a closing base pair half of the stem,
 186          * display a backward arrow
 187          */
 188         g.fillPolygon(new int[] { lastSSX + 5, lastSSX + 5, lastSSX },
 189                 new int[]
 190                 { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset },
 191                 3);
 192         x1 += 5;
 193       }
 194       if (diffdownstream)
 195       {
 196         x2 -= 1;
 197       }
 198     }
 199     else
 200     {
 201       // display a forward arrow
 202       if (diffdownstream)
 203       {
 204         /*
 205          * if annotation ending with an opeing base pair half of the stem,
 206          * display a forward arrow
 207          */
 208         g.fillPolygon(new int[] { x2 - 5, x2 - 5, x2 },
 209                 new int[]
 210                 { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset },
 211                 3);
 212         x2 -= 5;
 213       }
 214       if (diffupstream)
 215       {
 216         x1 += 1;
 217       }
 218     }
 219     // draw arrow body
 220     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 7);
 221   }
 222
 223   void drawNotCanonicalAnnot(Graphics g, Color nonCanColor,
 224           Annotation[] row_annotations, int lastSSX, int x, int y,
 225           int iconOffset, int startRes, int column, boolean validRes,
 226           boolean validEnd)
 227   {
 228     // System.out.println(nonCanColor);
 229
 230     g.setColor(nonCanColor);
 231     int sCol = (lastSSX / charWidth)
 232             + hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(startRes);
 233     int x1 = lastSSX;
 234     int x2 = (x * charWidth);
 235
 236     String dc = (column == 0 || row_annotations[column - 1] == null) ? ""
 237             : row_annotations[column - 1].displayCharacter;
 238
 239     boolean diffupstream = sCol == 0 || row_annotations[sCol - 1] == null
 240             || !dc.equals(row_annotations[sCol - 1].displayCharacter);
 241     boolean diffdownstream = !validRes || !validEnd
 242             || row_annotations[column] == null
 243             || !dc.equals(row_annotations[column].displayCharacter);
 244     // System.out.println("Column "+column+" diff up: "+diffupstream+"
 245     // down:"+diffdownstream);
 246     // If a closing base pair half of the stem, display a backward arrow
 247     if (column > 0 && Rna.isClosingParenthesis(dc))
 248     {
 249
 250       if (diffupstream)
 251       // if (validRes && column>1 && row_annotations[column-2]!=null &&
 252       // dc.equals(row_annotations[column-2].displayCharacter))
 253       {
 254         g.fillPolygon(new int[] { lastSSX + 5, lastSSX + 5, lastSSX },
 255                 new int[]
 256                 { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset },
 257                 3);
 258         x1 += 5;
 259       }
 260       if (diffdownstream)
 261       {
 262         x2 -= 1;
 263       }
 264     }
 265     else
 266     {
 267
 268       // display a forward arrow
 269       if (diffdownstream)
 270       {
 271         g.fillPolygon(new int[] { x2 - 5, x2 - 5, x2 },
 272                 new int[]
 273                 { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset },
 274                 3);
 275         x2 -= 5;
 276       }
 277       if (diffupstream)
 278       {
 279         x1 += 1;
 280       }
 281     }
 282     // draw arrow body
 283     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 7);
 284   }
 285
 286   // public void updateFromAnnotationPanel(FontMetrics annotFM, AlignViewportI
 287   // av)
 288   public void updateFromAwtRenderPanel(AwtRenderPanelI annotPanel,
 289           AlignViewportI av)
 290   {
 291     fm = annotPanel.getFontMetrics();
 292     annotationPanel = annotPanel;
 293     fadedImage = annotPanel.getFadedImage();
 294     imgWidth = annotPanel.getFadedImageWidth();
 295     // visible area for rendering
 296     int[] bounds = annotPanel.getVisibleVRange();
 297     if (bounds != null)
 298     {
 299       sOffset = bounds[0];
 300       visHeight = bounds[1];
 301       if (visHeight == 0)
 302       {
 303         useClip = false;
 304       }
 305       else
 306       {
 307         useClip = canClip;
 308       }
 309     }
 310     else
 311     {
 312       useClip = false;
 313     }
 314
 315     updateFromAlignViewport(av);
 316   }
 317
 318   public void updateFromAlignViewport(AlignViewportI av)
 319   {
 320     charWidth = av.getCharWidth();
 321     endRes = av.getRanges().getEndRes();
 322     charHeight = av.getCharHeight();
 323     hasHiddenColumns = av.hasHiddenColumns();
 324     validCharWidth = av.isValidCharWidth();
 325     av_renderHistogram = av.isShowConsensusHistogram();
 326     av_renderProfile = av.isShowSequenceLogo();
 327     av_normaliseProfile = av.isNormaliseSequenceLogo();
 328     profcolour = av.getResidueShading();
 329     if (profcolour == null || profcolour.getColourScheme() == null)
 330     {
 331       /*
 332        * Use default colour for sequence logo if
 333        * the alignment has no colourscheme set
 334        * (would like to use user preference but n/a for applet)
 335        */
 336       ColourSchemeI col = av.getAlignment().isNucleotide()
 337               ? new NucleotideColourScheme()
 338               : new ZappoColourScheme();
 339       profcolour = new ResidueShader(col);
 340     }
 341     columnSelection = av.getColumnSelection();
 342     hiddenColumns = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 343     hconsensus = av.getSequenceConsensusHash();
 344     complementConsensus = av.getComplementConsensusHash();
 345     hStrucConsensus = av.getRnaStructureConsensusHash();
 346     av_ignoreGapsConsensus = av.isIgnoreGapsConsensus();
 347   }
 348
 349   /**
 350    * Returns profile data; the first element is the profile type, the second is
 351    * the number of distinct values, the third the total count, and the remainder
 352    * depend on the profile type.
 353    *
 354    * @param aa
 355    * @param column
 356    * @return
 357    */
 358   int[] getProfileFor(AlignmentAnnotation aa, int column)
 359   {
 360     // TODO : consider refactoring the global alignment calculation
 361     // properties/rendering attributes as a global 'alignment group' which holds
 362     // all vis settings for the alignment as a whole rather than a subset
 363     //
 364     if (aa.autoCalculated && (aa.label.startsWith("Consensus")
 365             || aa.label.startsWith("cDNA Consensus")))
 366     {
 367       boolean forComplement = aa.label.startsWith("cDNA Consensus");
 368       if (aa.groupRef != null && aa.groupRef.consensusData != null
 369               && aa.groupRef.isShowSequenceLogo())
 370       {
 371         // TODO? group consensus for cDNA complement
 372         return AAFrequency.extractProfile(
 373                 aa.groupRef.consensusData.get(column),
 374                 aa.groupRef.getIgnoreGapsConsensus());
 375       }
 376       // TODO extend annotation row to enable dynamic and static profile data to
 377       // be stored
 378       if (aa.groupRef == null && aa.sequenceRef == null)
 379       {
 380         if (forComplement)
 381         {
 382           return AAFrequency.extractCdnaProfile(complementConsensus[column],
 383                   av_ignoreGapsConsensus);
 384         }
 385         else
 386         {
 387           return AAFrequency.extractProfile(hconsensus.get(column),
 388                   av_ignoreGapsConsensus);
 389         }
 390       }
 391     }
 392     else
 393     {
 394       if (aa.autoCalculated && aa.label.startsWith("StrucConsensus"))
 395       {
 396         // TODO implement group structure consensus
 397         /*
 398          * if (aa.groupRef != null && aa.groupRef.consensusData != null &&
 399          * aa.groupRef.isShowSequenceLogo()) { //TODO check what happens for
 400          * group selections return StructureFrequency.extractProfile(
 401          * aa.groupRef.consensusData[column], aa.groupRef
 402          * .getIgnoreGapsConsensus()); }
 403          */
 404         // TODO extend annotation row to enable dynamic and static profile data
 405         // to
 406         // be stored
 407         if (aa.groupRef == null && aa.sequenceRef == null
 408                 && hStrucConsensus != null
 409                 && hStrucConsensus.length > column)
 410         {
 411           return StructureFrequency.extractProfile(hStrucConsensus[column],
 412                   av_ignoreGapsConsensus);
 413         }
 414       }
 415     }
 416     return null;
 417   }
 418
 419   /**
 420    * Render the annotation rows associated with an alignment.
 421    *
 422    * @param annotPanel
 423    *          container frame
 424    * @param av
 425    *          data and view settings to render
 426    * @param g
 427    *          destination for graphics
 428    * @param activeRow
 429    *          row where a mouse event occured (or -1)
 430    * @param startRes
 431    *          first column that will be drawn
 432    * @param endRes
 433    *          last column that will be drawn
 434    * @return true if the fadedImage was used for any alignment annotation rows
 435    *         currently being calculated
 436    */
 437   public boolean drawComponent(AwtRenderPanelI annotPanel,
 438           AlignViewportI av, Graphics g, int activeRow, int startRes,
 439           int endRes)
 440   {
 441     long stime = System.currentTimeMillis();
 442     boolean usedFaded = false;
 443     // NOTES:
 444     // AnnotationPanel needs to implement: ImageObserver, access to
 445     // AlignViewport
 446     updateFromAwtRenderPanel(annotPanel, av);
 447     fm = g.getFontMetrics();
 448     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 449     // int temp = 0;
 450     if (aa == null)
 451     {
 452       return false;
 453     }
 454     int x = 0, y = 0;
 455     int column = 0;
 456     char lastSS;
 457     int lastSSX;
 458     int iconOffset = 0;
 459     boolean validRes = false;
 460     boolean validEnd = false;
 461     boolean labelAllCols = false;
 462 //    boolean centreColLabels;
 463 //    boolean centreColLabelsDef = av.isCentreColumnLabels();
 464     boolean scaleColLabel = false;
 465     final AlignmentAnnotation consensusAnnot = av
 466             .getAlignmentConsensusAnnotation();
 467     final AlignmentAnnotation structConsensusAnnot = av
 468             .getAlignmentStrucConsensusAnnotation();
 469     final AlignmentAnnotation complementConsensusAnnot = av
 470             .getComplementConsensusAnnotation();
 471
 472     BitSet graphGroupDrawn = new BitSet();
 473     int charOffset = 0; // offset for a label
 474     // \u03B2 \u03B1
 475     // debug ints
 476     int yfrom = 0, f_i = 0, yto = 0, f_to = 0;
 477     boolean clipst = false, clipend = false;
 478     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 479     {
 480       AlignmentAnnotation row = aa[i];
 481       boolean renderHistogram = true;
 482       boolean renderProfile = false;
 483       boolean normaliseProfile = false;
 484       boolean isRNA = row.isRNA();
 485
 486       // check if this is a consensus annotation row and set the display
 487       // settings appropriately
 488       // TODO: generalise this to have render styles for consensus/profile
 489       // data
 490       if (row.groupRef != null && row == row.groupRef.getConsensus())
 491       {
 492         renderHistogram = row.groupRef.isShowConsensusHistogram();
 493         renderProfile = row.groupRef.isShowSequenceLogo();
 494         normaliseProfile = row.groupRef.isNormaliseSequenceLogo();
 495       }
 496       else if (row == consensusAnnot || row == structConsensusAnnot
 497               || row == complementConsensusAnnot)
 498       {
 499         renderHistogram = av_renderHistogram;
 500         renderProfile = av_renderProfile;
 501         normaliseProfile = av_normaliseProfile;
 502       }
 503
 504       Annotation[] row_annotations = row.annotations;
 505       if (!row.visible)
 506       {
 507         continue;
 508       }
 509 //      centreColLabels = row.centreColLabels || centreColLabelsDef;
 510       labelAllCols = row.showAllColLabels;
 511       scaleColLabel = row.scaleColLabel;
 512       lastSS = ' ';
 513       lastSSX = 0;
 514
 515       if (!useClip || ((y - charHeight) < visHeight
 516               && (y + row.height + charHeight * 2) >= sOffset))
 517       {// if_in_visible_region
 518         if (!clipst)
 519         {
 520           clipst = true;
 521           yfrom = y;
 522           f_i = i;
 523         }
 524         yto = y;
 525         f_to = i;
 526         if (row.graph > 0)
 527         {
 528           if (row.graphGroup > -1 && graphGroupDrawn.get(row.graphGroup))
 529           {
 530             continue;
 531           }
 532
 533           // this is so that we draw the characters below the graph
 534           y += row.height;
 535
 536           if (row.hasText)
 537           {
 538             iconOffset = charHeight - fm.getDescent();
 539             y -= charHeight;
 540           }
 541         }
 542         else if (row.hasText)
 543         {
 544           iconOffset = charHeight - fm.getDescent();
 545
 546         }
 547         else
 548         {
 549           iconOffset = 0;
 550         }
 551
 552         if (row.autoCalculated && av.isCalculationInProgress(row))
 553         {
 554           y += charHeight;
 555           usedFaded = true;
 556           g.drawImage(fadedImage, 0, y - row.height, imgWidth, y, 0,
 557                   y - row.height, imgWidth, y, annotationPanel);
 558           g.setColor(Color.black);
 559           // g.drawString("Calculating "+aa[i].label+"....",20, y-row.height/2);
 560
 561           continue;
 562         }
 563
 564         /*
 565          * else if (annotationPanel.av.updatingConservation &&
 566          * aa[i].label.equals("Conservation")) {
 567          *
 568          * y += charHeight; g.drawImage(annotationPanel.fadedImage, 0, y -
 569          * row.height, annotationPanel.imgWidth, y, 0, y - row.height,
 570          * annotationPanel.imgWidth, y, annotationPanel);
 571          *
 572          * g.setColor(Color.black); //
 573          * g.drawString("Calculating Conservation.....",20, y-row.height/2);
 574          *
 575          * continue; } else if (annotationPanel.av.updatingConservation &&
 576          * aa[i].label.equals("Quality")) {
 577          *
 578          * y += charHeight; g.drawImage(annotationPanel.fadedImage, 0, y -
 579          * row.height, annotationPanel.imgWidth, y, 0, y - row.height,
 580          * annotationPanel.imgWidth, y, annotationPanel);
 581          * g.setColor(Color.black); // /
 582          * g.drawString("Calculating Quality....",20, y-row.height/2);
 583          *
 584          * continue; }
 585          */
 586         // first pass sets up state for drawing continuation from left-hand
 587         // column
 588         // of startRes
 589         x = (startRes == 0) ? 0 : -1;
 590         while (x < endRes - startRes)
 591         {
 592           if (hasHiddenColumns)
 593           {
 594             column = hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(startRes + x);
 595             if (column > row_annotations.length - 1)
 596             {
 597               break;
 598             }
 599           }
 600           else
 601           {
 602             column = startRes + x;
 603           }
 604
 605           if ((row_annotations == null)
 606                   || (row_annotations.length <= column)
 607                   || (row_annotations[column] == null))
 608           {
 609             validRes = false;
 610           }
 611           else
 612           {
 613             validRes = true;
 614           }
 615           final String displayChar = validRes
 616                   ? row_annotations[column].displayCharacter
 617                   : null;
 618           if (x > -1)
 619           {
 620             if (activeRow == i)
 621             {
 622               g.setColor(Color.red);
 623
 624               if (columnSelection != null)
 625               {
 626                 if (columnSelection.contains(column))
 627                 {
 628                   g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 629                 }
 630               }
 631             }
 632             if (row.getInvalidStrucPos() > x)
 633             {
 634               g.setColor(Color.orange);
 635               g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 636             }
 637             else if (row.getInvalidStrucPos() == x)
 638             {
 639               g.setColor(Color.orange.darker());
 640               g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 641             }
 642             if (validCharWidth && validRes && displayChar != null
 643                     && (displayChar.length() > 0))
 644             {
 645               Graphics2D gg = ((Graphics2D) g);
 646               float fmWidth = fm.charsWidth(displayChar.toCharArray(), 0,
 647                       displayChar.length());
 648
 649               /*
 650                * shrink label width to fit in column, if that is
 651                * both configured and necessary
 652                */
 653               boolean scaledToFit = false;
 654               float fmScaling = 1f;
 655               if (scaleColLabel && fmWidth > charWidth)
 656               {
 657                 scaledToFit = true;
 658                 fmScaling = charWidth;
 659                 fmScaling /= fmWidth;
 660                 // and update the label's width to reflect the scaling.
 661                 fmWidth = charWidth;
 662               }
 663
 664               charOffset = (int) ((charWidth - fmWidth) / 2f);
 665
 666               if (row_annotations[column].colour == null)
 667               {
 668                 gg.setColor(Color.black);
 669               }
 670               else
 671               {
 672                 gg.setColor(row_annotations[column].colour);
 673               }
 674
 675               /*
 676                * draw the label, unless it is the same secondary structure
 677                * symbol (excluding RNA Helix) as the previous column
 678                */
 679               final int xPos = (x * charWidth) + charOffset;
 680               final int yPos = y + iconOffset;
 681
 682               /*
 683                * translate to drawing position _before_ applying any scaling
 684                */
 685               gg.translate(xPos, yPos);
 686               if (scaledToFit)
 687               {
 688                 /*
 689                  * use a scaling transform to make the label narrower
 690                  * (JalviewJS doesn't have Font.deriveFont(AffineTransform))
 691                  */
 692                 gg.transform(
 693                         AffineTransform.getScaleInstance(fmScaling, 1.0));
 694               }
 695               if (column == 0 || row.graph > 0)
 696               {
 697                 gg.drawString(displayChar, 0, 0);
 698               }
 699               else if (row_annotations[column - 1] == null || (labelAllCols
 700                       || !displayChar.equals(
 701                               row_annotations[column - 1].displayCharacter)
 702                       || (displayChar.length() < 2
 703                               && row_annotations[column].secondaryStructure == ' ')))
 704               {
 705                 gg.drawString(displayChar, 0, 0);
 706               }
 707               if (scaledToFit)
 708               {
 709                 /*
 710                  * undo scaling before translating back
 711                  * (restoring saved transform does NOT work in JS PDFGraphics!)
 712                  */
 713                 gg.transform(AffineTransform
 714                         .getScaleInstance(1D / fmScaling, 1.0));
 715               }
 716               gg.translate(-xPos, -yPos);
 717             }
 718           }
 719           if (row.hasIcons)
 720           {
 721             char ss = validRes ? row_annotations[column].secondaryStructure
 722                     : '-';
 723
 724             if (ss == '(')
 725             {
 726               // distinguish between forward/backward base-pairing
 727               if (displayChar.indexOf(')') > -1)
 728               {
 729
 730                 ss = ')';
 731
 732               }
 733             }
 734             if (ss == '[')
 735             {
 736               if ((displayChar.indexOf(']') > -1))
 737               {
 738                 ss = ']';
 739
 740               }
 741             }
 742             if (ss == '{')
 743             {
 744               // distinguish between forward/backward base-pairing
 745               if (displayChar.indexOf('}') > -1)
 746               {
 747                 ss = '}';
 748
 749               }
 750             }
 751             if (ss == '<')
 752             {
 753               // distinguish between forward/backward base-pairing
 754               if (displayChar.indexOf('<') > -1)
 755               {
 756                 ss = '>';
 757
 758               }
 759             }
 760             if (isRNA && (ss >= CHAR_A) && (ss <= CHAR_Z))
 761             {
 762               // distinguish between forward/backward base-pairing
 763               int ssLowerCase = ss + UPPER_TO_LOWER;
 764               // TODO would .equals() be safer here? or charAt(0)?
 765               if (displayChar.indexOf(ssLowerCase) > -1)
 766               {
 767                 ss = (char) ssLowerCase;
 768               }
 769             }
 770
 771             if (!validRes || (ss != lastSS))
 772             {
 773
 774               if (x > -1)
 775               {
 776
 777                 // int nb_annot = x - temp;
 778                 // System.out.println("\t type :"+lastSS+"\t x :"+x+"\t nbre
 779                 // annot :"+nb_annot);
 780                 switch (lastSS)
 781                 {
 782                 case '(': // Stem case for RNA secondary structure
 783                 case ')': // and opposite direction
 784                   drawStemAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 785                           iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);
 786                   // temp = x;
 787                   break;
 788
 789                 case 'H':
 790                   if (!isRNA)
 791                   {
 792                     drawHelixAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 793                             iconOffset, startRes, column, validRes,
 794                             validEnd);
 795                     break;
 796                   }
 797                   // no break if isRNA - falls through to drawNotCanonicalAnnot!
 798                 case 'E':
 799                   if (!isRNA)
 800                   {
 801                     drawSheetAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 802                             iconOffset, startRes, column, validRes,
 803                             validEnd);
 804                     break;
 805                   }
 806                   // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
 807
 808                 case '{':
 809                 case '}':
 810                 case '[':
 811                 case ']':
 812                 case '>':
 813                 case '<':
 814                 case 'A':
 815                 case 'a':
 816                 case 'B':
 817                 case 'b':
 818                 case 'C':
 819                 case 'c':
 820                 case 'D':
 821                 case 'd':
 822                 case 'e':
 823                 case 'F':
 824                 case 'f':
 825                 case 'G':
 826                 case 'g':
 827                 case 'h':
 828                 case 'I':
 829                 case 'i':
 830                 case 'J':
 831                 case 'j':
 832                 case 'K':
 833                 case 'k':
 834                 case 'L':
 835                 case 'l':
 836                 case 'M':
 837                 case 'm':
 838                 case 'N':
 839                 case 'n':
 840                 case 'O':
 841                 case 'o':
 842                 case 'P':
 843                 case 'p':
 844                 case 'Q':
 845                 case 'q':
 846                 case 'R':
 847                 case 'r':
 848                 case 'S':
 849                 case 's':
 850                 case 'T':
 851                 case 't':
 852                 case 'U':
 853                 case 'u':
 854                 case 'V':
 855                 case 'v':
 856                 case 'W':
 857                 case 'w':
 858                 case 'X':
 859                 case 'x':
 860                 case 'Y':
 861                 case 'y':
 862                 case 'Z':
 863                 case 'z':
 864
 865                   Color nonCanColor = getNotCanonicalColor(lastSS);
 866                   drawNotCanonicalAnnot(g, nonCanColor, row_annotations,
 867                           lastSSX, x, y, iconOffset, startRes, column,
 868                           validRes, validEnd);
 869                   // temp = x;
 870                   break;
 871                 default:
 872                   g.setColor(Color.gray);
 873                   g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset,
 874                           (x * charWidth) - lastSSX, 2);
 875                   // temp = x;
 876                   break;
 877                 }
 878               }
 879               if (validRes)
 880               {
 881                 lastSS = ss;
 882               }
 883               else
 884               {
 885                 lastSS = ' ';
 886               }
 887               if (x > -1)
 888               {
 889                 lastSSX = (x * charWidth);
 890               }
 891             }
 892           }
 893           column++;
 894           x++;
 895         }
 896         if (column >= row_annotations.length)
 897         {
 898           column = row_annotations.length - 1;
 899           validEnd = false;
 900         }
 901         else
 902         {
 903           validEnd = true;
 904         }
 905         if ((row_annotations == null) || (row_annotations.length <= column)
 906                 || (row_annotations[column] == null))
 907         {
 908           validRes = false;
 909         }
 910         else
 911         {
 912           validRes = true;
 913         }
 914         // x ++;
 915
 916         if (row.hasIcons)
 917         {
 918           switch (lastSS)
 919           {
 920
 921           case 'H':
 922             if (!isRNA)
 923             {
 924               drawHelixAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 925                       startRes, column, validRes, validEnd);
 926               break;
 927             }
 928             // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
 929
 930           case 'E':
 931             if (!isRNA)
 932             {
 933               drawSheetAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 934                       startRes, column, validRes, validEnd);
 935               break;
 936             }
 937             // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
 938
 939           case '(':
 940           case ')': // Stem case for RNA secondary structure
 941
 942             drawStemAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 943                     startRes, column, validRes, validEnd);
 944
 945             break;
 946           case '{':
 947           case '}':
 948           case '[':
 949           case ']':
 950           case '>':
 951           case '<':
 952           case 'A':
 953           case 'a':
 954           case 'B':
 955           case 'b':
 956           case 'C':
 957           case 'c':
 958           case 'D':
 959           case 'd':
 960           case 'e':
 961           case 'F':
 962           case 'f':
 963           case 'G':
 964           case 'g':
 965           case 'h':
 966           case 'I':
 967           case 'i':
 968           case 'J':
 969           case 'j':
 970           case 'K':
 971           case 'k':
 972           case 'L':
 973           case 'l':
 974           case 'M':
 975           case 'm':
 976           case 'N':
 977           case 'n':
 978           case 'O':
 979           case 'o':
 980           case 'P':
 981           case 'p':
 982           case 'Q':
 983           case 'q':
 984           case 'R':
 985           case 'r':
 986           case 'T':
 987           case 't':
 988           case 'U':
 989           case 'u':
 990           case 'V':
 991           case 'v':
 992           case 'W':
 993           case 'w':
 994           case 'X':
 995           case 'x':
 996           case 'Y':
 997           case 'y':
 998           case 'Z':
 999           case 'z':
1000             // System.out.println(lastSS);
1001             Color nonCanColor = getNotCanonicalColor(lastSS);
1002             drawNotCanonicalAnnot(g, nonCanColor, row_annotations, lastSSX,
1003                     x, y, iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);
1004             break;
1005           default:
1006             drawGlyphLine(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
1007                     startRes, column, validRes, validEnd);
1008             break;
1009           }
1010         }
1011
1012         if (row.graph > 0 && row.graphHeight > 0)
1013         {
1014           if (row.graph == AlignmentAnnotation.LINE_GRAPH)
1015           {
1016             if (row.graphGroup > -1 && !graphGroupDrawn.get(row.graphGroup))
1017             {
1018               // TODO: JAL-1291 revise rendering model so the graphGroup map is
1019               // computed efficiently for all visible labels
1020               float groupmax = -999999, groupmin = 9999999;
1021               for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
1022               {
1023                 if (aa[gg].graphGroup != row.graphGroup)
1024                 {
1025                   continue;
1026                 }
1027
1028                 if (aa[gg] != row)
1029                 {
1030                   aa[gg].visible = false;
1031                 }
1032                 if (aa[gg].graphMax > groupmax)
1033                 {
1034                   groupmax = aa[gg].graphMax;
1035                 }
1036                 if (aa[gg].graphMin < groupmin)
1037                 {
1038                   groupmin = aa[gg].graphMin;
1039                 }
1040               }
1041
1042               for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
1043               {
1044                 if (aa[gg].graphGroup == row.graphGroup)
1045                 {
1046                   drawLineGraph(g, aa[gg], aa[gg].annotations, startRes,
1047                           endRes, y, groupmin, groupmax, row.graphHeight);
1048                 }
1049               }
1050
1051               graphGroupDrawn.set(row.graphGroup);
1052             }
1053             else
1054             {
1055               drawLineGraph(g, row, row_annotations, startRes, endRes, y,
1056                       row.graphMin, row.graphMax, row.graphHeight);
1057             }
1058           }
1059           else if (row.graph == AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH)
1060           {
1061             drawBarGraph(g, row, row_annotations, startRes, endRes,
1062                     row.graphMin, row.graphMax, y, renderHistogram,
1063                     renderProfile, normaliseProfile);
1064           }
1065         }
1066       }
1067       else
1068       {
1069         if (clipst && !clipend)
1070         {
1071           clipend = true;
1072         }
1073       } // end if_in_visible_region
1074       if (row.graph > 0 && row.hasText)
1075       {
1076         y += charHeight;
1077       }
1078
1079       if (row.graph == 0)
1080       {
1081         y += aa[i].height;
1082       }
1083     }
1084     if (debugRedraw)
1085     {
1086       if (canClip)
1087       {
1088         if (clipst)
1089         {
1090           System.err.println(
1091                   "Start clip at : " + yfrom + " (index " + f_i + ")");
1092         }
1093         if (clipend)
1094         {
1095           System.err.println(
1096                   "End clip at : " + yto + " (index " + f_to + ")");
1097         }
1098       }
1099       ;
1100       System.err.println("Annotation Rendering time:"
1101               + (System.currentTimeMillis() - stime));
1102     }
1103     ;
1104
1105     return !usedFaded;
1106   }
1107
1108   public static final Color GLYPHLINE_COLOR = Color.gray;
1109
1110   public static final Color SHEET_COLOUR = Color.green;
1111
1112   public static final Color HELIX_COLOUR = Color.red;
1113
1114   public static final Color STEM_COLOUR = Color.blue;
1115
1116   // private Color sdNOTCANONICAL_COLOUR;
1117
1118   void drawGlyphLine(Graphics g, Annotation[] row, int lastSSX, int x,
1119           int y, int iconOffset, int startRes, int column, boolean validRes,
1120           boolean validEnd)
1121   {
1122     g.setColor(GLYPHLINE_COLOR);
1123     g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset, (x * charWidth) - lastSSX, 2);
1124   }
1125
1126   void drawSheetAnnot(Graphics g, Annotation[] row,
1127
1128           int lastSSX, int x, int y, int iconOffset, int startRes,
1129           int column, boolean validRes, boolean validEnd)
1130   {
1131     g.setColor(SHEET_COLOUR);
1132
1133     if (!validEnd || !validRes || row == null || row[column] == null
1134             || row[column].secondaryStructure != 'E')
1135     {
1136       g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, (x * charWidth) - lastSSX - 4,
1137               7);
1138       g.fillPolygon(
1139               new int[]
1140               { (x * charWidth) - 4, (x * charWidth) - 4, (x * charWidth) },
1141               new int[]
1142               { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 7 + iconOffset },
1143               3);
1144     }
1145     else
1146     {
1147       g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, (x + 1) * charWidth - lastSSX,
1148               7);
1149     }
1150
1151   }
1152
1153   void drawHelixAnnot(Graphics g, Annotation[] row, int lastSSX, int x,
1154           int y, int iconOffset, int startRes, int column, boolean validRes,
1155           boolean validEnd)
1156   {
1157     g.setColor(HELIX_COLOUR);
1158
1159     int sCol = (lastSSX / charWidth)
1160             + hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(startRes);
1161     int x1 = lastSSX;
1162     int x2 = (x * charWidth);
1163
1164     if (USE_FILL_ROUND_RECT)
1165     {
1166       int ofs = charWidth / 2;
1167       // Off by 1 offset when drawing rects and ovals
1168       // to offscreen image on the MAC
1169       g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8, 8, 8);
1170       if (sCol == 0 || row[sCol - 1] == null
1171               || row[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')
1172       {
1173       }
1174       else
1175       {
1176         // g.setColor(Color.orange);
1177         g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, x2 - x1 - ofs + 1, 8,
1178                 0, 0);
1179       }
1180       if (!validRes || row[column] == null
1181               || row[column].secondaryStructure != 'H')
1182       {
1183
1184       }
1185       else
1186       {
1187         // g.setColor(Color.magenta);
1188         g.fillRoundRect(lastSSX + ofs, y + 4 + iconOffset,
1189                 x2 - x1 - ofs + 1, 8, 0, 0);
1190
1191       }
1192
1193       return;
1194     }
1195
1196     if (sCol == 0 || row[sCol - 1] == null
1197             || row[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')
1198     {
1199       g.fillArc(lastSSX, y + 4 + iconOffset, charWidth, 8, 90, 180);
1200       x1 += charWidth / 2;
1201     }
1202
1203     if (!validRes || row[column] == null
1204             || row[column].secondaryStructure != 'H')
1205     {
1206       g.fillArc((x * charWidth) - charWidth, y + 4 + iconOffset, charWidth,
1207               8, 270, 180);
1208       x2 -= charWidth / 2;
1209     }
1210
1211     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8);
1212   }
1213
1214   void drawLineGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1215           Annotation[] aa_annotations, int sRes, int eRes, int y, float min,
1216           float max, int graphHeight)
1217   {
1218     if (sRes > aa_annotations.length)
1219     {
1220       return;
1221     }
1222
1223     int x = 0;
1224
1225     // Adjustment for fastpaint to left
1226     if (eRes < endRes)
1227     {
1228       eRes++;
1229     }
1230
1231     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1232
1233     if (sRes == 0)
1234     {
1235       x++;
1236     }
1237
1238     int y1 = y, y2 = y;
1239     float range = max - min;
1240
1241     // //Draw origin
1242     if (min < 0)
1243     {
1244       y2 = y - (int) ((0 - min / range) * graphHeight);
1245     }
1246
1247     g.setColor(Color.gray);
1248     g.drawLine(x - charWidth, y2, (eRes - sRes + 1) * charWidth, y2);
1249
1250     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1251
1252     int column;
1253     int aaMax = aa_annotations.length - 1;
1254
1255     while (x < eRes - sRes)
1256     {
1257       column = sRes + x;
1258       if (hasHiddenColumns)
1259       {
1260         column = hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(column);
1261       }
1262
1263       if (column > aaMax)
1264       {
1265         break;
1266       }
1267
1268       if (aa_annotations[column] == null
1269               || aa_annotations[column - 1] == null)
1270       {
1271         x++;
1272         continue;
1273       }
1274
1275       if (aa_annotations[column].colour == null)
1276       {
1277         g.setColor(Color.black);
1278       }
1279       else
1280       {
1281         g.setColor(aa_annotations[column].colour);
1282       }
1283
1284       y1 = y - (int) (((aa_annotations[column - 1].value - min) / range)
1285               * graphHeight);
1286       y2 = y - (int) (((aa_annotations[column].value - min) / range)
1287               * graphHeight);
1288
1289       g.drawLine(x * charWidth - charWidth / 2, y1,
1290               x * charWidth + charWidth / 2, y2);
1291       x++;
1292     }
1293
1294     if (_aa.threshold != null)
1295     {
1296       g.setColor(_aa.threshold.colour);
1297       Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
1298       g2.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_SQUARE,
1299               BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]
1300               { 5f, 3f }, 0f));
1301
1302       y2 = (int) (y - ((_aa.threshold.value - min) / range) * graphHeight);
1303       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1304       g2.setStroke(new BasicStroke());
1305     }
1306   }
1307
1308   @SuppressWarnings("unused")
1309   void drawBarGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1310           Annotation[] aa_annotations, int sRes, int eRes, float min,
1311           float max, int y, boolean renderHistogram, boolean renderProfile,
1312           boolean normaliseProfile)
1313   {
1314     if (sRes > aa_annotations.length)
1315     {
1316       return;
1317     }
1318     Font ofont = g.getFont();
1319     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1320
1321     int x = 0, y1 = y, y2 = y;
1322
1323     float range = max - min;
1324
1325     if (min < 0)
1326     {
1327       y2 = y - (int) ((0 - min / (range)) * _aa.graphHeight);
1328     }
1329
1330     g.setColor(Color.gray);
1331
1332     g.drawLine(x, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1333
1334     int column;
1335     int aaMax = aa_annotations.length - 1;
1336     while (x < eRes - sRes)
1337     {
1338       column = sRes + x;
1339       if (hasHiddenColumns)
1340       {
1341         column = hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(column);
1342       }
1343
1344       if (column > aaMax)
1345       {
1346         break;
1347       }
1348
1349       if (aa_annotations[column] == null)
1350       {
1351         x++;
1352         continue;
1353       }
1354       if (aa_annotations[column].colour == null)
1355       {
1356         g.setColor(Color.black);
1357       }
1358       else
1359       {
1360         g.setColor(aa_annotations[column].colour);
1361       }
1362
1363       y1 = y - (int) (((aa_annotations[column].value - min) / (range))
1364               * _aa.graphHeight);
1365
1366       if (renderHistogram)
1367       {
1368         if (y1 - y2 > 0)
1369         {
1370           g.fillRect(x * charWidth, y2, charWidth, y1 - y2);
1371         }
1372         else
1373         {
1374           g.fillRect(x * charWidth, y1, charWidth, y2 - y1);
1375         }
1376       }
1377       // draw profile if available
1378       if (renderProfile)
1379       {
1380
1381         /*
1382          * {profile type, #values, total count, char1, pct1, char2, pct2...}
1383          */
1384         int profl[] = getProfileFor(_aa, column);
1385
1386         // just try to draw the logo if profl is not null
1387         if (profl != null && profl[2] != 0)
1388         {
1389           boolean isStructureProfile = profl[0] == AlignmentAnnotation.STRUCTURE_PROFILE;
1390           boolean isCdnaProfile = profl[0] == AlignmentAnnotation.CDNA_PROFILE;
1391           float ht = normaliseProfile ? y - _aa.graphHeight : y1;
1392           final double normaliseFactor = normaliseProfile ? _aa.graphHeight
1393                   : (y2 - y1);
1394
1395           /**
1396            * Render a single base for a sequence profile, a base pair for
1397            * structure profile, and a triplet for a cdna profile
1398            */
1399           char[] dc = new char[isStructureProfile ? 2
1400                   : (isCdnaProfile ? 3 : 1)];
1401
1402           // lm is not necessary - we can just use fm - could be off by no more
1403           // than 0.5 px
1404           // LineMetrics lm = g.getFontMetrics(ofont).getLineMetrics("Q", g);
1405           // System.out.println(asc + " " + dec + " " + (asc - lm.getAscent())
1406           // + " " + (dec - lm.getDescent()));
1407
1408           double asc = fm.getAscent();
1409           double dec = fm.getDescent();
1410           double fht = fm.getHeight();
1411
1412           double scale = 1f / (normaliseProfile ? profl[2] : 100f);
1413           // float ofontHeight = 1f / fm.getAscent();// magnify to fill box
1414
1415           /*
1416            * Traverse the character(s)/percentage data in the array
1417            */
1418
1419           float ht2 = ht;
1420
1421           // profl[1] is the number of values in the profile
1422           for (int i = 0, c = 3, last = profl[1]; i < last; i++)
1423           {
1424
1425             String s;
1426             if (isStructureProfile)
1427             {
1428               // todo can we encode a structure pair as an int, like codons?
1429               dc[0] = (char) profl[c++];
1430               dc[1] = (char) profl[c++];
1431               s = new String(dc);
1432             }
1433             else if (isCdnaProfile)
1434             {
1435               CodingUtils.decodeCodon2(profl[c++], dc);
1436               s = new String(dc);
1437             }
1438             else
1439             {
1440               dc[0] = (char) profl[c++];
1441               s = new String(dc);
1442             }
1443             // next profl[] position is profile % for the character(s)
1444
1445             int percent = profl[c++];
1446             if (percent == 0)
1447             {
1448               // failsafe in case a count rounds down to 0%
1449               continue;
1450             }
1451             double newHeight = normaliseFactor * scale * percent;
1452
1453             /*
1454              * Set character colour as per alignment colour scheme; use the
1455              * codon translation if a cDNA profile
1456              */
1457             Color colour = null;
1458             if (isCdnaProfile)
1459             {
1460               final String codonTranslation = ResidueProperties
1461                       .codonTranslate(s);
1462               colour = profcolour.findColour(codonTranslation.charAt(0),
1463                       column, null);
1464             }
1465             else
1466             {
1467               colour = profcolour.findColour(dc[0], column, null);
1468             }
1469             g.setColor(colour == Color.white ? Color.lightGray : colour);
1470
1471             // Debug - render boxes around characters
1472             // g.setColor(Color.red);
1473             // g.drawRect(x*av.charWidth, (int)ht, av.charWidth,
1474             // (int)(scl));
1475             // g.setColor(profcolour.findColour(dc[0]).darker());
1476
1477             double sx = 1f * charWidth / fm.charsWidth(dc, 0, dc.length);
1478             double sy = newHeight / asc;
1479             double newAsc = asc * sy;
1480             double newDec = dec * sy;
1481             // it is not necessary to recalculate lm for the new font.
1482             // note: lm.getBaselineOffsets()[lm.getBaselineIndex()]) must be 0
1483             // by definition. Was:
1484             // int hght = (int) (ht + (newAsc - newDec);
1485             // - lm.getBaselineOffsets()[lm.getBaselineIndex()]));
1486
1487             if (Platform.isJS())
1488             {
1489               /*
1490                * SwingJS does not implement font.deriveFont()
1491                * so use a scaling transform to draw instead,
1492                * this is off by a very small amount
1493                */
1494               final int hght = (int) (ht2 + (newAsc - newDec));
1495               Graphics2D gg = (Graphics2D) g;
1496               int xShift = (int) Math.round(x * charWidth / sx);
1497               int yShift = (int) Math.round(hght / sy);
1498               gg.transform(AffineTransform.getScaleInstance(sx, sy));
1499               gg.drawString(s, xShift, yShift);
1500               gg.transform(
1501                       AffineTransform.getScaleInstance(1D / sx, 1D / sy));
1502               ht2 += newHeight;
1503             }
1504             else
1505             /**
1506              * Java only
1507              *
1508              * @j2sIgnore
1509              */
1510             {
1511               // Java ('normal') method is to scale the font to fit
1512
1513               final int hght = (int) (ht + (newAsc - newDec));
1514               Font font = ofont
1515                       .deriveFont(AffineTransform.getScaleInstance(sx, sy));
1516               g.setFont(font);
1517               g.drawChars(dc, 0, dc.length, x * charWidth, hght);
1518               ht += newHeight;
1519             }
1520           }
1521         }
1522       }
1523       x++;
1524     }
1525     if (_aa.threshold != null)
1526     {
1527       g.setColor(_aa.threshold.colour);
1528       Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
1529       g2.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_SQUARE,
1530               BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]
1531               { 5f, 3f }, 0f));
1532
1533       y2 = (int) (y
1534               - ((_aa.threshold.value - min) / range) * _aa.graphHeight);
1535       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1536       g2.setStroke(new BasicStroke());
1537     }
1538   }
1539
1540   // used by overview window
1541   public void drawGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1542           Annotation[] aa_annotations, int width, int y, int sRes, int eRes)
1543   {
1544     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1545     g.setColor(Color.white);
1546     g.fillRect(0, 0, width, y);
1547     g.setColor(new Color(0, 0, 180));
1548
1549     int x = 0, height;
1550
1551     for (int j = sRes; j < eRes; j++)
1552     {
1553       if (aa_annotations[j] != null)
1554       {
1555         if (aa_annotations[j].colour == null)
1556         {
1557           g.setColor(Color.black);
1558         }
1559         else
1560         {
1561           g.setColor(aa_annotations[j].colour);
1562         }
1563
1564         height = (int) ((aa_annotations[j].value / _aa.graphMax) * y);
1565         if (height > y)
1566         {
1567           height = y;
1568         }
1569
1570         g.fillRect(x, y - height, charWidth, height);
1571       }
1572       x += charWidth;
1573     }
1574   }
1575
1576   Color getNotCanonicalColor(char lastss)
1577   {
1578     switch (lastss)
1579     {
1580     case '{':
1581     case '}':
1582       return new Color(255, 125, 5);
1583
1584     case '[':
1585     case ']':
1586       return new Color(245, 115, 10);
1587
1588     case '>':
1589     case '<':
1590       return new Color(235, 135, 15);
1591
1592     case 'A':
1593     case 'a':
1594       return new Color(225, 105, 20);
1595
1596     case 'B':
1597     case 'b':
1598       return new Color(215, 145, 30);
1599
1600     case 'C':
1601     case 'c':
1602       return new Color(205, 95, 35);
1603
1604     case 'D':
1605     case 'd':
1606       return new Color(195, 155, 45);
1607
1608     case 'E':
1609     case 'e':
1610       return new Color(185, 85, 55);
1611
1612     case 'F':
1613     case 'f':
1614       return new Color(175, 165, 65);
1615
1616     case 'G':
1617     case 'g':
1618       return new Color(170, 75, 75);
1619
1620     case 'H':
1621     case 'h':
1622       return new Color(160, 175, 85);
1623
1624     case 'I':
1625     case 'i':
1626       return new Color(150, 65, 95);
1627
1628     case 'J':
1629     case 'j':
1630       return new Color(140, 185, 105);
1631
1632     case 'K':
1633     case 'k':
1634       return new Color(130, 55, 110);
1635
1636     case 'L':
1637     case 'l':
1638       return new Color(120, 195, 120);
1639
1640     case 'M':
1641     case 'm':
1642       return new Color(110, 45, 130);
1643
1644     case 'N':
1645     case 'n':
1646       return new Color(100, 205, 140);
1647
1648     case 'O':
1649     case 'o':
1650       return new Color(90, 35, 150);
1651
1652     case 'P':
1653     case 'p':
1654       return new Color(85, 215, 160);
1655
1656     case 'Q':
1657     case 'q':
1658       return new Color(75, 25, 170);
1659
1660     case 'R':
1661     case 'r':
1662       return new Color(65, 225, 180);
1663
1664     case 'S':
1665     case 's':
1666       return new Color(55, 15, 185);
1667
1668     case 'T':
1669     case 't':
1670       return new Color(45, 235, 195);
1671
1672     case 'U':
1673     case 'u':
1674       return new Color(35, 5, 205);
1675
1676     case 'V':
1677     case 'v':
1678       return new Color(25, 245, 215);
1679
1680     case 'W':
1681     case 'w':
1682       return new Color(15, 0, 225);
1683
1684     case 'X':
1685     case 'x':
1686       return new Color(10, 255, 235);
1687
1688     case 'Y':
1689     case 'y':
1690       return new Color(5, 150, 245);
1691
1692     case 'Z':
1693     case 'z':
1694       return new Color(0, 80, 255);
1695
1696     default:
1697       System.out.println("This is not a interaction : " + lastss);
1698       return null;
1699
1700     }
1701   }
1702 }