src/jalview/renderer/AnnotationRenderer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.renderer;
  22
  23 import jalview.analysis.AAFrequency;
  24 import jalview.analysis.CodingUtils;
  25 import jalview.analysis.StructureFrequency;
  26 import jalview.api.AlignViewportI;
  27 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  28 import jalview.datamodel.Annotation;
  29 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  30 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  31 import jalview.schemes.NucleotideColourScheme;
  32 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  33 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;
  34 import jalview.util.Platform;
  35
  36 import java.awt.BasicStroke;
  37 import java.awt.Color;
  38 import java.awt.Font;
  39 import java.awt.FontMetrics;
  40 import java.awt.Graphics;
  41 import java.awt.Graphics2D;
  42 import java.awt.Image;
  43 import java.awt.font.LineMetrics;
  44 import java.awt.geom.AffineTransform;
  45 import java.awt.image.ImageObserver;
  46 import java.util.BitSet;
  47 import java.util.Hashtable;
  48
  49 import com.stevesoft.pat.Regex;
  50
  51 public class AnnotationRenderer
  52 {
  53   /**
  54    * flag indicating if timing and redraw parameter info should be output
  55    */
  56   private final boolean debugRedraw;
  57
  58   public AnnotationRenderer()
  59   {
  60     this(false);
  61   }
  62
  63   /**
  64    * Create a new annotation Renderer
  65    *
  66    * @param debugRedraw
  67    *          flag indicating if timing and redraw parameter info should be
  68    *          output
  69    */
  70   public AnnotationRenderer(boolean debugRedraw)
  71   {
  72     this.debugRedraw = debugRedraw;
  73   }
  74
  75   public void drawStemAnnot(Graphics g, Annotation[] row_annotations,
  76           int lastSSX, int x, int y, int iconOffset, int startRes,
  77           int column, boolean validRes, boolean validEnd)
  78   {
  79     g.setColor(STEM_COLOUR);
  80     int sCol = (lastSSX / charWidth) + startRes;
  81     int x1 = lastSSX;
  82     int x2 = (x * charWidth);
  83     Regex closeparen = new Regex("(\\))");
  84
  85     char dc = (column == 0 || row_annotations[column - 1] == null) ? ' '
  86             : row_annotations[column - 1].secondaryStructure;
  87
  88     boolean diffupstream = sCol == 0 || row_annotations[sCol - 1] == null
  89             || dc != row_annotations[sCol - 1].secondaryStructure;
  90     boolean diffdownstream = !validRes || !validEnd
  91             || row_annotations[column] == null
  92             || dc != row_annotations[column].secondaryStructure;
  93     // System.out.println("Column "+column+" diff up: "+diffupstream+" down:"+diffdownstream);
  94     // If a closing base pair half of the stem, display a backward arrow
  95     if (column > 0 && ResidueProperties.isCloseParenRNA(dc))
  96     {
  97
  98       if (diffupstream)
  99       // if (validRes && column>1 && row_annotations[column-2]!=null &&
 100       // dc.equals(row_annotations[column-2].displayCharacter))
 101       {
 102         g.fillPolygon(new int[]
 103         { lastSSX + 5, lastSSX + 5, lastSSX }, new int[]
 104         { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset }, 3);
 105         x1 += 5;
 106       }
 107       if (diffdownstream)
 108       {
 109         x2 -= 1;
 110       }
 111     }
 112     else
 113     {
 114
 115       // display a forward arrow
 116       if (diffdownstream)
 117       {
 118         g.fillPolygon(new int[]
 119         { x2 - 5, x2 - 5, x2 }, new int[]
 120         { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset }, 3);
 121         x2 -= 5;
 122       }
 123       if (diffupstream)
 124       {
 125         x1 += 1;
 126       }
 127     }
 128     // draw arrow body
 129     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 7);
 130   }
 131
 132   private int charWidth, endRes, charHeight;
 133
 134   private boolean validCharWidth, hasHiddenColumns;
 135
 136   private FontMetrics fm;
 137
 138   private final boolean MAC = Platform.isAMac();
 139
 140   boolean av_renderHistogram = true, av_renderProfile = true,
 141           av_normaliseProfile = false;
 142
 143   ColourSchemeI profcolour = null;
 144
 145   private ColumnSelection columnSelection;
 146
 147   private Hashtable[] hconsensus;
 148
 149   private Hashtable[] complementConsensus;
 150
 151   private Hashtable[] hStrucConsensus;
 152
 153   private boolean av_ignoreGapsConsensus;
 154
 155   /**
 156    * attributes set from AwtRenderPanelI
 157    */
 158   /**
 159    * old image used when data is currently being calculated and cannot be
 160    * rendered
 161    */
 162   private Image fadedImage;
 163
 164   /**
 165    * panel being rendered into
 166    */
 167   private ImageObserver annotationPanel;
 168
 169   /**
 170    * width of image to render in panel
 171    */
 172   private int imgWidth;
 173
 174   /**
 175    * offset to beginning of visible area
 176    */
 177   private int sOffset;
 178
 179   /**
 180    * offset to end of visible area
 181    */
 182   private int visHeight;
 183
 184   /**
 185    * indicate if the renderer should only render the visible portion of the
 186    * annotation given the current view settings
 187    */
 188   private boolean useClip = true;
 189
 190   /**
 191    * master flag indicating if renderer should ever try to clip. not enabled for
 192    * jalview 2.8.1
 193    */
 194   private boolean canClip = false;
 195
 196   public void drawNotCanonicalAnnot(Graphics g, Color nonCanColor,
 197           Annotation[] row_annotations, int lastSSX, int x, int y,
 198           int iconOffset, int startRes, int column, boolean validRes,
 199           boolean validEnd)
 200   {
 201     // System.out.println(nonCanColor);
 202
 203     g.setColor(nonCanColor);
 204     int sCol = (lastSSX / charWidth) + startRes;
 205     int x1 = lastSSX;
 206     int x2 = (x * charWidth);
 207     Regex closeparen = new Regex("}|]|<|[a-z]");
 208
 209     String dc = (column == 0 || row_annotations[column - 1] == null) ? ""
 210             : row_annotations[column - 1].displayCharacter;
 211
 212     boolean diffupstream = sCol == 0 || row_annotations[sCol - 1] == null
 213             || !dc.equals(row_annotations[sCol - 1].displayCharacter);
 214     boolean diffdownstream = !validRes || !validEnd
 215             || row_annotations[column] == null
 216             || !dc.equals(row_annotations[column].displayCharacter);
 217     // System.out.println("Column "+column+" diff up: "+diffupstream+" down:"+diffdownstream);
 218     // If a closing base pair half of the stem, display a backward arrow
 219     if (column > 0 && closeparen.search(dc))// closeletter_b.search(dc)||closeletter_c.search(dc)||closeletter_d.search(dc)||closecrochet.search(dc))
 220                                             // )
 221     {
 222
 223       if (diffupstream)
 224       // if (validRes && column>1 && row_annotations[column-2]!=null &&
 225       // dc.equals(row_annotations[column-2].displayCharacter))
 226       {
 227         g.fillPolygon(new int[]
 228         { lastSSX + 5, lastSSX + 5, lastSSX }, new int[]
 229         { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset }, 3);
 230         x1 += 5;
 231       }
 232       if (diffdownstream)
 233       {
 234         x2 -= 1;
 235       }
 236     }
 237     else
 238     {
 239
 240       // display a forward arrow
 241       if (diffdownstream)
 242       {
 243         g.fillPolygon(new int[]
 244         { x2 - 5, x2 - 5, x2 }, new int[]
 245         { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset }, 3);
 246         x2 -= 5;
 247       }
 248       if (diffupstream)
 249       {
 250         x1 += 1;
 251       }
 252     }
 253     // draw arrow body
 254     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 7);
 255   }
 256
 257   // public void updateFromAnnotationPanel(FontMetrics annotFM, AlignViewportI
 258   // av)
 259   public void updateFromAwtRenderPanel(AwtRenderPanelI annotPanel,
 260           AlignViewportI av)
 261   {
 262     fm = annotPanel.getFontMetrics();
 263     annotationPanel = annotPanel;
 264     fadedImage = annotPanel.getFadedImage();
 265     imgWidth = annotPanel.getFadedImageWidth();
 266     // visible area for rendering
 267     int[] bounds = annotPanel.getVisibleVRange();
 268     if (bounds != null)
 269     {
 270       sOffset = bounds[0];
 271       visHeight = bounds[1];
 272       if (visHeight == 0)
 273       {
 274         useClip = false;
 275       }
 276       else
 277       {
 278         useClip = canClip;
 279       }
 280     }
 281     else
 282     {
 283       useClip = false;
 284     }
 285
 286     updateFromAlignViewport(av);
 287   }
 288
 289   public void updateFromAlignViewport(AlignViewportI av)
 290   {
 291     charWidth = av.getCharWidth();
 292     endRes = av.getEndRes();
 293     charHeight = av.getCharHeight();
 294     hasHiddenColumns = av.hasHiddenColumns();
 295     validCharWidth = av.isValidCharWidth();
 296     av_renderHistogram = av.isShowConsensusHistogram();
 297     av_renderProfile = av.isShowSequenceLogo();
 298     av_normaliseProfile = av.isNormaliseSequenceLogo();
 299     profcolour = av.getGlobalColourScheme();
 300     if (profcolour == null)
 301     {
 302       // Set the default colour for sequence logo if the alignnent has no
 303       // colourscheme set
 304       profcolour = av.getAlignment().isNucleotide() ? new NucleotideColourScheme()
 305               : new ZappoColourScheme();
 306     }
 307     columnSelection = av.getColumnSelection();
 308     hconsensus = av.getSequenceConsensusHash();
 309     complementConsensus = av.getComplementConsensusHash();
 310     hStrucConsensus = av.getRnaStructureConsensusHash();
 311     av_ignoreGapsConsensus = av.isIgnoreGapsConsensus();
 312   }
 313
 314   /**
 315    * Returns profile data; the first element is the profile type, the second is
 316    * the number of distinct values, the third the total count, and the remainder
 317    * depend on the profile type.
 318    *
 319    * @param aa
 320    * @param column
 321    * @return
 322    */
 323   public int[] getProfileFor(AlignmentAnnotation aa, int column)
 324   {
 325     // TODO : consider refactoring the global alignment calculation
 326     // properties/rendering attributes as a global 'alignment group' which holds
 327     // all vis settings for the alignment as a whole rather than a subset
 328     //
 329     if (aa.autoCalculated
 330             && (aa.label.startsWith("Consensus") || aa.label
 331                     .startsWith("cDNA Consensus")))
 332     {
 333       boolean forComplement = aa.label.startsWith("cDNA Consensus");
 334       if (aa.groupRef != null && aa.groupRef.consensusData != null
 335               && aa.groupRef.isShowSequenceLogo())
 336       {
 337         // TODO? group consensus for cDNA complement
 338         return AAFrequency.extractProfile(
 339                 aa.groupRef.consensusData[column],
 340                 aa.groupRef.getIgnoreGapsConsensus());
 341       }
 342       // TODO extend annotation row to enable dynamic and static profile data to
 343       // be stored
 344       if (aa.groupRef == null && aa.sequenceRef == null)
 345       {
 346         if (forComplement)
 347         {
 348           return AAFrequency.extractCdnaProfile(
 349                   complementConsensus[column], av_ignoreGapsConsensus);
 350         }
 351         else
 352         {
 353           return AAFrequency.extractProfile(hconsensus[column],
 354                   av_ignoreGapsConsensus);
 355         }
 356       }
 357     }
 358     else
 359     {
 360       if (aa.autoCalculated && aa.label.startsWith("StrucConsensus"))
 361       {
 362         // TODO implement group structure consensus
 363         /*
 364          * if (aa.groupRef != null && aa.groupRef.consensusData != null &&
 365          * aa.groupRef.isShowSequenceLogo()) { //TODO check what happens for
 366          * group selections return StructureFrequency.extractProfile(
 367          * aa.groupRef.consensusData[column], aa.groupRef
 368          * .getIgnoreGapsConsensus()); }
 369          */
 370         // TODO extend annotation row to enable dynamic and static profile data
 371         // to
 372         // be stored
 373         if (aa.groupRef == null && aa.sequenceRef == null
 374                 && hStrucConsensus != null
 375                 && hStrucConsensus.length > column)
 376         {
 377           return StructureFrequency.extractProfile(hStrucConsensus[column],
 378                   av_ignoreGapsConsensus);
 379         }
 380       }
 381     }
 382     return null;
 383   }
 384
 385   boolean rna = false;
 386
 387   /**
 388    * Render the annotation rows associated with an alignment.
 389    *
 390    * @param annotPanel
 391    *          container frame
 392    * @param av
 393    *          data and view settings to render
 394    * @param g
 395    *          destination for graphics
 396    * @param activeRow
 397    *          row where a mouse event occured (or -1)
 398    * @param startRes
 399    *          first column that will be drawn
 400    * @param endRes
 401    *          last column that will be drawn
 402    * @return true if the fadedImage was used for any alignment annotation rows
 403    *         currently being calculated
 404    */
 405   public boolean drawComponent(AwtRenderPanelI annotPanel,
 406           AlignViewportI av, Graphics g, int activeRow, int startRes,
 407           int endRes)
 408   {
 409     long stime = System.currentTimeMillis();
 410     boolean usedFaded = false;
 411     // NOTES:
 412     // AnnotationPanel needs to implement: ImageObserver, access to
 413     // AlignViewport
 414     updateFromAwtRenderPanel(annotPanel, av);
 415     fm = g.getFontMetrics();
 416     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 417     int temp = 0;
 418     if (aa == null)
 419     {
 420       return false;
 421     }
 422     int x = 0, y = 0;
 423     int column = 0;
 424     char lastSS;
 425     int lastSSX;
 426     int iconOffset = 0;
 427     boolean validRes = false;
 428     boolean validEnd = false;
 429     boolean labelAllCols = false;
 430     boolean centreColLabels;
 431     boolean centreColLabelsDef = av.isCentreColumnLabels();
 432     boolean scaleColLabel = false;
 433     final AlignmentAnnotation consensusAnnot = av
 434             .getAlignmentConsensusAnnotation();
 435     final AlignmentAnnotation structConsensusAnnot = av
 436             .getAlignmentStrucConsensusAnnotation();
 437     final AlignmentAnnotation complementConsensusAnnot = av
 438             .getComplementConsensusAnnotation();
 439     boolean renderHistogram = true, renderProfile = true, normaliseProfile = false, isRNA = rna;
 440
 441     BitSet graphGroupDrawn = new BitSet();
 442     int charOffset = 0; // offset for a label
 443     float fmWidth, fmScaling = 1f; // scaling for a label to fit it into a
 444     // column.
 445     Font ofont = g.getFont();
 446     // \u03B2 \u03B1
 447     // debug ints
 448     int yfrom = 0, f_i = 0, yto = 0, f_to = 0;
 449     boolean clipst = false, clipend = false;
 450     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 451     {
 452       AlignmentAnnotation row = aa[i];
 453       isRNA = row.isRNA();
 454       {
 455         // check if this is a consensus annotation row and set the display
 456         // settings appropriately
 457         // TODO: generalise this to have render styles for consensus/profile
 458         // data
 459         if (row.groupRef != null && row == row.groupRef.getConsensus())
 460         {
 461           renderHistogram = row.groupRef.isShowConsensusHistogram();
 462           renderProfile = row.groupRef.isShowSequenceLogo();
 463           normaliseProfile = row.groupRef.isNormaliseSequenceLogo();
 464         }
 465         else if (row == consensusAnnot || row == structConsensusAnnot
 466                 || row == complementConsensusAnnot)
 467         {
 468           renderHistogram = av_renderHistogram;
 469           renderProfile = av_renderProfile;
 470           normaliseProfile = av_normaliseProfile;
 471         }
 472         else
 473         {
 474           renderHistogram = true;
 475           // don't need to set render/normaliseProfile since they are not
 476           // currently used in any other annotation track renderer
 477         }
 478       }
 479       Annotation[] row_annotations = row.annotations;
 480       if (!row.visible)
 481       {
 482         continue;
 483       }
 484       centreColLabels = row.centreColLabels || centreColLabelsDef;
 485       labelAllCols = row.showAllColLabels;
 486       scaleColLabel = row.scaleColLabel;
 487       lastSS = ' ';
 488       lastSSX = 0;
 489
 490       if (!useClip
 491               || ((y - charHeight) < visHeight && (y + row.height + charHeight * 2) >= sOffset))
 492       {// if_in_visible_region
 493         if (!clipst)
 494         {
 495           clipst = true;
 496           yfrom = y;
 497           f_i = i;
 498         }
 499         yto = y;
 500         f_to = i;
 501         if (row.graph > 0)
 502         {
 503           if (row.graphGroup > -1 && graphGroupDrawn.get(row.graphGroup))
 504           {
 505             continue;
 506           }
 507
 508           // this is so that we draw the characters below the graph
 509           y += row.height;
 510
 511           if (row.hasText)
 512           {
 513             iconOffset = charHeight - fm.getDescent();
 514             y -= charHeight;
 515           }
 516         }
 517         else if (row.hasText)
 518         {
 519           iconOffset = charHeight - fm.getDescent();
 520
 521         }
 522         else
 523         {
 524           iconOffset = 0;
 525         }
 526
 527         if (row.autoCalculated && av.isCalculationInProgress(row))
 528         {
 529           y += charHeight;
 530           usedFaded = true;
 531           g.drawImage(fadedImage, 0, y - row.height, imgWidth, y, 0, y
 532                   - row.height, imgWidth, y, annotationPanel);
 533           g.setColor(Color.black);
 534           // g.drawString("Calculating "+aa[i].label+"....",20, y-row.height/2);
 535
 536           continue;
 537         }
 538
 539         /*
 540          * else if (annotationPanel.av.updatingConservation &&
 541          * aa[i].label.equals("Conservation")) {
 542          *
 543          * y += charHeight; g.drawImage(annotationPanel.fadedImage, 0, y -
 544          * row.height, annotationPanel.imgWidth, y, 0, y - row.height,
 545          * annotationPanel.imgWidth, y, annotationPanel);
 546          *
 547          * g.setColor(Color.black); //
 548          * g.drawString("Calculating Conservation.....",20, y-row.height/2);
 549          *
 550          * continue; } else if (annotationPanel.av.updatingConservation &&
 551          * aa[i].label.equals("Quality")) {
 552          *
 553          * y += charHeight; g.drawImage(annotationPanel.fadedImage, 0, y -
 554          * row.height, annotationPanel.imgWidth, y, 0, y - row.height,
 555          * annotationPanel.imgWidth, y, annotationPanel);
 556          * g.setColor(Color.black); // /
 557          * g.drawString("Calculating Quality....",20, y-row.height/2);
 558          *
 559          * continue; }
 560          */
 561         // first pass sets up state for drawing continuation from left-hand
 562         // column
 563         // of startRes
 564         x = (startRes == 0) ? 0 : -1;
 565         while (x < endRes - startRes)
 566         {
 567           if (hasHiddenColumns)
 568           {
 569             column = columnSelection.adjustForHiddenColumns(startRes + x);
 570             if (column > row_annotations.length - 1)
 571             {
 572               break;
 573             }
 574           }
 575           else
 576           {
 577             column = startRes + x;
 578           }
 579
 580           if ((row_annotations == null)
 581                   || (row_annotations.length <= column)
 582                   || (row_annotations[column] == null))
 583           {
 584             validRes = false;
 585           }
 586           else
 587           {
 588             validRes = true;
 589           }
 590           final String displayChar = validRes ? row_annotations[column].displayCharacter
 591                   : null;
 592           if (x > -1)
 593           {
 594             if (activeRow == i)
 595             {
 596               g.setColor(Color.red);
 597
 598               if (columnSelection != null)
 599               {
 600                 for (int n = 0; n < columnSelection.size(); n++)
 601                 {
 602                   int v = columnSelection.columnAt(n);
 603
 604                   if (v == column)
 605                   {
 606                     g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 607                   }
 608                 }
 609               }
 610             }
 611             if (row.getInvalidStrucPos() > x)
 612             {
 613               g.setColor(Color.orange);
 614               g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 615             }
 616             else if (row.getInvalidStrucPos() == x)
 617             {
 618               g.setColor(Color.orange.darker());
 619               g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 620             }
 621             if (validCharWidth && validRes && displayChar != null
 622                     && (displayChar.length() > 0))
 623             {
 624
 625               fmWidth = fm.charsWidth(displayChar.toCharArray(), 0,
 626                       displayChar.length());
 627               if (/* centreColLabels || */scaleColLabel)
 628               {
 629                 // fmWidth = fm.charsWidth(displayChar.toCharArray(), 0,
 630                 // displayChar.length());
 631                 //
 632                 // if (scaleColLabel)
 633                 // {
 634                   // justify the label and scale to fit in column
 635                   if (fmWidth > charWidth)
 636                   {
 637                     // scale only if the current font isn't already small enough
 638                     fmScaling = charWidth;
 639                     fmScaling /= fmWidth;
 640                     g.setFont(ofont.deriveFont(AffineTransform
 641                             .getScaleInstance(fmScaling, 1.0)));
 642                     // and update the label's width to reflect the scaling.
 643                     fmWidth = charWidth;
 644                   }
 645                 // }
 646               }
 647               // TODO is it ok to use width of / show all characters here?
 648               // else
 649               // {
 650               // fmWidth = fm.charWidth(displayChar.charAt(0));
 651               // }
 652               charOffset = (int) ((charWidth - fmWidth) / 2f);
 653
 654               if (row_annotations[column].colour == null)
 655               {
 656                 g.setColor(Color.black);
 657               }
 658               else
 659               {
 660                 g.setColor(row_annotations[column].colour);
 661               }
 662
 663               if (column == 0 || row.graph > 0)
 664               {
 665                 g.drawString(displayChar, (x * charWidth) + charOffset, y
 666                         + iconOffset);
 667               }
 668               else if (row_annotations[column - 1] == null
 669                       || (labelAllCols
 670                               || !displayChar
 671                                       .equals(row_annotations[column - 1].displayCharacter) || (displayChar
 672                               .length() < 2 && row_annotations[column].secondaryStructure == ' ')))
 673               {
 674                 g.drawString(displayChar, x * charWidth + charOffset, y
 675                         + iconOffset);
 676               }
 677               g.setFont(ofont);
 678             }
 679           }
 680           if (row.hasIcons)
 681           {
 682             char ss = validRes ? row_annotations[column].secondaryStructure
 683                     : '-';
 684
 685             if (ss == '(')
 686             {
 687               // distinguish between forward/backward base-pairing
 688               if (displayChar.indexOf(')') > -1)
 689               {
 690
 691                 ss = ')';
 692
 693               }
 694             }
 695             if (ss == '[')
 696             {
 697               if ((displayChar.indexOf(']') > -1))
 698               {
 699                 ss = ']';
 700
 701               }
 702             }
 703             if (ss == '{')
 704             {
 705               // distinguish between forward/backward base-pairing
 706               if (displayChar.indexOf('}') > -1)
 707               {
 708                 ss = '}';
 709
 710               }
 711             }
 712             if (ss == '<')
 713             {
 714               // distinguish between forward/backward base-pairing
 715               if (displayChar.indexOf('<') > -1)
 716               {
 717                 ss = '>';
 718
 719               }
 720             }
 721             if (ss >= 65)
 722             {
 723               // distinguish between forward/backward base-pairing
 724               if (displayChar.indexOf(ss + 32) > -1)
 725               {
 726
 727                 ss = (char) (ss + 32);
 728
 729               }
 730             }
 731
 732             if (!validRes || (ss != lastSS))
 733             {
 734
 735               if (x > -1)
 736               {
 737
 738                 int nb_annot = x - temp;
 739                 // System.out.println("\t type :"+lastSS+"\t x :"+x+"\t nbre annot :"+nb_annot);
 740                 switch (lastSS)
 741                 {
 742                 case '(': // Stem case for RNA secondary structure
 743                 case ')': // and opposite direction
 744                   drawStemAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 745                           iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);
 746                   temp = x;
 747                   break;
 748
 749                 case 'H':
 750                   if (!isRNA)
 751                   {
 752                     drawHelixAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 753                             iconOffset, startRes, column, validRes,
 754                             validEnd);
 755                     break;
 756                   }
 757
 758                 case 'E':
 759                   if (!isRNA)
 760                   {
 761                     drawSheetAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 762                             iconOffset, startRes, column, validRes,
 763                             validEnd);
 764                     break;
 765                   }
 766
 767                 case '{':
 768                 case '}':
 769                 case '[':
 770                 case ']':
 771                 case '>':
 772                 case '<':
 773                 case 'A':
 774                 case 'a':
 775                 case 'B':
 776                 case 'b':
 777                 case 'C':
 778                 case 'c':
 779                 case 'D':
 780                 case 'd':
 781                 case 'e':
 782                 case 'F':
 783                 case 'f':
 784                 case 'G':
 785                 case 'g':
 786                 case 'h':
 787                 case 'I':
 788                 case 'i':
 789                 case 'J':
 790                 case 'j':
 791                 case 'K':
 792                 case 'k':
 793                 case 'L':
 794                 case 'l':
 795                 case 'M':
 796                 case 'm':
 797                 case 'N':
 798                 case 'n':
 799                 case 'O':
 800                 case 'o':
 801                 case 'P':
 802                 case 'p':
 803                 case 'Q':
 804                 case 'q':
 805                 case 'R':
 806                 case 'r':
 807                 case 'S':
 808                 case 's':
 809                 case 'T':
 810                 case 't':
 811                 case 'U':
 812                 case 'u':
 813                 case 'V':
 814                 case 'v':
 815                 case 'W':
 816                 case 'w':
 817                 case 'X':
 818                 case 'x':
 819                 case 'Y':
 820                 case 'y':
 821                 case 'Z':
 822                 case 'z':
 823
 824                   Color nonCanColor = getNotCanonicalColor(lastSS);
 825                   drawNotCanonicalAnnot(g, nonCanColor, row_annotations,
 826                           lastSSX, x, y, iconOffset, startRes, column,
 827                           validRes, validEnd);
 828                   temp = x;
 829                   break;
 830                 default:
 831                   g.setColor(Color.gray);
 832                   g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset, (x * charWidth)
 833                           - lastSSX, 2);
 834                   temp = x;
 835                   break;
 836                 }
 837               }
 838               if (validRes)
 839               {
 840                 lastSS = ss;
 841               }
 842               else
 843               {
 844                 lastSS = ' ';
 845               }
 846               if (x > -1)
 847               {
 848                 lastSSX = (x * charWidth);
 849               }
 850             }
 851           }
 852           column++;
 853           x++;
 854         }
 855         if (column >= row_annotations.length)
 856         {
 857           column = row_annotations.length - 1;
 858           validEnd = false;
 859         }
 860         else
 861         {
 862           validEnd = true;
 863         }
 864         if ((row_annotations == null) || (row_annotations.length <= column)
 865                 || (row_annotations[column] == null))
 866         {
 867           validRes = false;
 868         }
 869         else
 870         {
 871           validRes = true;
 872         }
 873
 874         // x ++;
 875
 876         if (row.hasIcons)
 877         {
 878           switch (lastSS)
 879           {
 880
 881           case 'H':
 882             if (!isRNA)
 883             {
 884               drawHelixAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 885                       startRes, column, validRes, validEnd);
 886               break;
 887             }
 888
 889           case 'E':
 890             if (!isRNA)
 891             {
 892               drawSheetAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 893                       startRes, column, validRes, validEnd);
 894               break;
 895             }
 896
 897           case '(':
 898           case ')': // Stem case for RNA secondary structure
 899
 900             drawStemAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 901                     startRes, column, validRes, validEnd);
 902
 903             break;
 904           case '{':
 905           case '}':
 906           case '[':
 907           case ']':
 908           case '>':
 909           case '<':
 910           case 'A':
 911           case 'a':
 912           case 'B':
 913           case 'b':
 914           case 'C':
 915           case 'c':
 916           case 'D':
 917           case 'd':
 918           case 'e':
 919           case 'F':
 920           case 'f':
 921           case 'G':
 922           case 'g':
 923           case 'h':
 924           case 'I':
 925           case 'i':
 926           case 'J':
 927           case 'j':
 928           case 'K':
 929           case 'k':
 930           case 'L':
 931           case 'l':
 932           case 'M':
 933           case 'm':
 934           case 'N':
 935           case 'n':
 936           case 'O':
 937           case 'o':
 938           case 'P':
 939           case 'p':
 940           case 'Q':
 941           case 'q':
 942           case 'R':
 943           case 'r':
 944           case 'T':
 945           case 't':
 946           case 'U':
 947           case 'u':
 948           case 'V':
 949           case 'v':
 950           case 'W':
 951           case 'w':
 952           case 'X':
 953           case 'x':
 954           case 'Y':
 955           case 'y':
 956           case 'Z':
 957           case 'z':
 958             // System.out.println(lastSS);
 959             Color nonCanColor = getNotCanonicalColor(lastSS);
 960             drawNotCanonicalAnnot(g, nonCanColor, row_annotations, lastSSX,
 961                     x, y, iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);
 962             break;
 963           default:
 964             drawGlyphLine(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 965                     startRes, column, validRes, validEnd);
 966             break;
 967           }
 968         }
 969
 970         if (row.graph > 0 && row.graphHeight > 0)
 971         {
 972           if (row.graph == AlignmentAnnotation.LINE_GRAPH)
 973           {
 974             if (row.graphGroup > -1 && !graphGroupDrawn.get(row.graphGroup))
 975             {
 976               // TODO: JAL-1291 revise rendering model so the graphGroup map is
 977               // computed efficiently for all visible labels
 978               float groupmax = -999999, groupmin = 9999999;
 979               for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
 980               {
 981                 if (aa[gg].graphGroup != row.graphGroup)
 982                 {
 983                   continue;
 984                 }
 985
 986                 if (aa[gg] != row)
 987                 {
 988                   aa[gg].visible = false;
 989                 }
 990                 if (aa[gg].graphMax > groupmax)
 991                 {
 992                   groupmax = aa[gg].graphMax;
 993                 }
 994                 if (aa[gg].graphMin < groupmin)
 995                 {
 996                   groupmin = aa[gg].graphMin;
 997                 }
 998               }
 999
1000               for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
1001               {
1002                 if (aa[gg].graphGroup == row.graphGroup)
1003                 {
1004                   drawLineGraph(g, aa[gg], aa[gg].annotations, startRes,
1005                           endRes, y, groupmin, groupmax, row.graphHeight);
1006                 }
1007               }
1008
1009               graphGroupDrawn.set(row.graphGroup);
1010             }
1011             else
1012             {
1013               drawLineGraph(g, row, row_annotations, startRes, endRes, y,
1014                       row.graphMin, row.graphMax, row.graphHeight);
1015             }
1016           }
1017           else if (row.graph == AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH)
1018           {
1019             drawBarGraph(g, row, row_annotations, startRes, endRes,
1020                     row.graphMin, row.graphMax, y, renderHistogram,
1021                     renderProfile, normaliseProfile);
1022           }
1023         }
1024       }
1025       else
1026       {
1027         if (clipst && !clipend)
1028         {
1029           clipend = true;
1030         }
1031       }// end if_in_visible_region
1032       if (row.graph > 0 && row.hasText)
1033       {
1034         y += charHeight;
1035       }
1036
1037       if (row.graph == 0)
1038       {
1039         y += aa[i].height;
1040       }
1041     }
1042     if (debugRedraw)
1043     {
1044       if (canClip)
1045       {
1046         if (clipst)
1047         {
1048           System.err.println("Start clip at : " + yfrom + " (index " + f_i
1049                   + ")");
1050         }
1051         if (clipend)
1052         {
1053           System.err.println("End clip at : " + yto + " (index " + f_to
1054                   + ")");
1055         }
1056       }
1057       ;
1058       System.err.println("Annotation Rendering time:"
1059               + (System.currentTimeMillis() - stime));
1060     }
1061     ;
1062
1063     return !usedFaded;
1064   }
1065
1066   public static final Color GLYPHLINE_COLOR = Color.gray;
1067
1068   public static final Color SHEET_COLOUR = Color.green;
1069
1070   public static final Color HELIX_COLOUR = Color.red;
1071
1072   public static final Color STEM_COLOUR = Color.blue;
1073
1074   private Color sdNOTCANONICAL_COLOUR;
1075
1076   public void drawGlyphLine(Graphics g, Annotation[] row, int lastSSX,
1077           int x, int y, int iconOffset, int startRes, int column,
1078           boolean validRes, boolean validEnd)
1079   {
1080     g.setColor(GLYPHLINE_COLOR);
1081     g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset, (x * charWidth) - lastSSX, 2);
1082   }
1083
1084   public void drawSheetAnnot(Graphics g, Annotation[] row,
1085
1086   int lastSSX, int x, int y, int iconOffset, int startRes, int column,
1087           boolean validRes, boolean validEnd)
1088   {
1089     g.setColor(SHEET_COLOUR);
1090
1091     if (!validEnd || !validRes || row == null || row[column] == null
1092             || row[column].secondaryStructure != 'E')
1093     {
1094       g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,
1095               (x * charWidth) - lastSSX - 4, 7);
1096       g.fillPolygon(new int[]
1097       { (x * charWidth) - 4, (x * charWidth) - 4, (x * charWidth) },
1098               new int[]
1099               { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 7 + iconOffset },
1100               3);
1101     }
1102     else
1103     {
1104       g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,
1105               (x + 1) * charWidth - lastSSX, 7);
1106     }
1107
1108   }
1109
1110   public void drawHelixAnnot(Graphics g, Annotation[] row, int lastSSX,
1111           int x, int y, int iconOffset, int startRes, int column,
1112           boolean validRes, boolean validEnd)
1113   {
1114     g.setColor(HELIX_COLOUR);
1115
1116     int sCol = (lastSSX / charWidth) + startRes;
1117     int x1 = lastSSX;
1118     int x2 = (x * charWidth);
1119
1120     if (MAC)
1121     {
1122       int ofs = charWidth / 2;
1123       // Off by 1 offset when drawing rects and ovals
1124       // to offscreen image on the MAC
1125       g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8, 8, 8);
1126       if (sCol == 0 || row[sCol - 1] == null
1127               || row[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')
1128       {
1129       }
1130       else
1131       {
1132         // g.setColor(Color.orange);
1133         g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, x2 - x1 - ofs + 1, 8,
1134                 0, 0);
1135       }
1136       if (!validRes || row[column] == null
1137               || row[column].secondaryStructure != 'H')
1138       {
1139
1140       }
1141       else
1142       {
1143         // g.setColor(Color.magenta);
1144         g.fillRoundRect(lastSSX + ofs, y + 4 + iconOffset, x2 - x1 - ofs
1145                 + 1, 8, 0, 0);
1146
1147       }
1148
1149       return;
1150     }
1151
1152     if (sCol == 0 || row[sCol - 1] == null
1153             || row[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')
1154     {
1155       g.fillArc(lastSSX, y + 4 + iconOffset, charWidth, 8, 90, 180);
1156       x1 += charWidth / 2;
1157     }
1158
1159     if (!validRes || row[column] == null
1160             || row[column].secondaryStructure != 'H')
1161     {
1162       g.fillArc((x * charWidth) - charWidth, y + 4 + iconOffset, charWidth,
1163               8, 270, 180);
1164       x2 -= charWidth / 2;
1165     }
1166
1167     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8);
1168   }
1169
1170   public void drawLineGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1171           Annotation[] aa_annotations, int sRes, int eRes, int y,
1172           float min, float max, int graphHeight)
1173   {
1174     if (sRes > aa_annotations.length)
1175     {
1176       return;
1177     }
1178
1179     int x = 0;
1180
1181     // Adjustment for fastpaint to left
1182     if (eRes < endRes)
1183     {
1184       eRes++;
1185     }
1186
1187     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1188
1189     if (sRes == 0)
1190     {
1191       x++;
1192     }
1193
1194     int y1 = y, y2 = y;
1195     float range = max - min;
1196
1197     // //Draw origin
1198     if (min < 0)
1199     {
1200       y2 = y - (int) ((0 - min / range) * graphHeight);
1201     }
1202
1203     g.setColor(Color.gray);
1204     g.drawLine(x - charWidth, y2, (eRes - sRes + 1) * charWidth, y2);
1205
1206     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1207
1208     int column;
1209     int aaMax = aa_annotations.length - 1;
1210
1211     while (x < eRes - sRes)
1212     {
1213       column = sRes + x;
1214       if (hasHiddenColumns)
1215       {
1216         column = columnSelection.adjustForHiddenColumns(column);
1217       }
1218
1219       if (column > aaMax)
1220       {
1221         break;
1222       }
1223
1224       if (aa_annotations[column] == null
1225               || aa_annotations[column - 1] == null)
1226       {
1227         x++;
1228         continue;
1229       }
1230
1231       if (aa_annotations[column].colour == null)
1232       {
1233         g.setColor(Color.black);
1234       }
1235       else
1236       {
1237         g.setColor(aa_annotations[column].colour);
1238       }
1239
1240       y1 = y
1241               - (int) (((aa_annotations[column - 1].value - min) / range) * graphHeight);
1242       y2 = y
1243               - (int) (((aa_annotations[column].value - min) / range) * graphHeight);
1244
1245       g.drawLine(x * charWidth - charWidth / 2, y1, x * charWidth
1246               + charWidth / 2, y2);
1247       x++;
1248     }
1249
1250     if (_aa.threshold != null)
1251     {
1252       g.setColor(_aa.threshold.colour);
1253       Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
1254       g2.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_SQUARE,
1255               BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]
1256               { 5f, 3f }, 0f));
1257
1258       y2 = (int) (y - ((_aa.threshold.value - min) / range) * graphHeight);
1259       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1260       g2.setStroke(new BasicStroke());
1261     }
1262   }
1263
1264   public void drawBarGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1265           Annotation[] aa_annotations, int sRes, int eRes, float min,
1266           float max, int y, boolean renderHistogram, boolean renderProfile,
1267           boolean normaliseProfile)
1268   {
1269     if (sRes > aa_annotations.length)
1270     {
1271       return;
1272     }
1273     Font ofont = g.getFont();
1274     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1275
1276     int x = 0, y1 = y, y2 = y;
1277
1278     float range = max - min;
1279
1280     if (min < 0)
1281     {
1282       y2 = y - (int) ((0 - min / (range)) * _aa.graphHeight);
1283     }
1284
1285     g.setColor(Color.gray);
1286
1287     g.drawLine(x, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1288
1289     int column;
1290     int aaMax = aa_annotations.length - 1;
1291     while (x < eRes - sRes)
1292     {
1293       column = sRes + x;
1294       if (hasHiddenColumns)
1295       {
1296         column = columnSelection.adjustForHiddenColumns(column);
1297       }
1298
1299       if (column > aaMax)
1300       {
1301         break;
1302       }
1303
1304       if (aa_annotations[column] == null)
1305       {
1306         x++;
1307         continue;
1308       }
1309       if (aa_annotations[column].colour == null)
1310       {
1311         g.setColor(Color.black);
1312       }
1313       else
1314       {
1315         g.setColor(aa_annotations[column].colour);
1316       }
1317
1318       y1 = y
1319               - (int) (((aa_annotations[column].value - min) / (range)) * _aa.graphHeight);
1320
1321       if (renderHistogram)
1322       {
1323         if (y1 - y2 > 0)
1324         {
1325           g.fillRect(x * charWidth, y2, charWidth, y1 - y2);
1326         }
1327         else
1328         {
1329           g.fillRect(x * charWidth, y1, charWidth, y2 - y1);
1330         }
1331       }
1332       // draw profile if available
1333       if (renderProfile)
1334       {
1335
1336         /*
1337          * {profile type, #values, total count, char1, pct1, char2, pct2...}
1338          */
1339         int profl[] = getProfileFor(_aa, column);
1340
1341         // just try to draw the logo if profl is not null
1342         if (profl != null && profl[2] != 0)
1343         {
1344           boolean isStructureProfile = profl[0] == AlignmentAnnotation.STRUCTURE_PROFILE;
1345           boolean isCdnaProfile = profl[0] == AlignmentAnnotation.CDNA_PROFILE;
1346           float ht = normaliseProfile ? y - _aa.graphHeight : y1;
1347           double htn = normaliseProfile ? _aa.graphHeight : (y2 - y1);// aa.graphHeight;
1348           double hght;
1349           float wdth;
1350           double ht2 = 0;
1351           char[] dc;
1352
1353           /**
1354            * Render a single base for a sequence profile, a base pair for
1355            * structure profile, and a triplet for a cdna profile
1356            */
1357           dc = new char[isStructureProfile ? 2 : (isCdnaProfile ? 3 : 1)];
1358
1359           LineMetrics lm = g.getFontMetrics(ofont).getLineMetrics("Q", g);
1360           double scale = 1f / (normaliseProfile ? profl[2] : 100f);
1361           float ofontHeight = 1f / lm.getAscent();// magnify to fill box
1362           double scl = 0.0;
1363
1364           /*
1365            * Traverse the character(s)/percentage data in the array
1366            */
1367           int c = 3;
1368           int valuesProcessed = 0;
1369           // profl[1] is the number of values in the profile
1370           while (valuesProcessed < profl[1])
1371           {
1372             if (isStructureProfile)
1373             {
1374               // todo can we encode a structure pair as an int, like codons?
1375               dc[0] = (char) profl[c++];
1376               dc[1] = (char) profl[c++];
1377             }
1378             else if (isCdnaProfile)
1379             {
1380               dc = CodingUtils.decodeCodon(profl[c++]);
1381             }
1382             else
1383             {
1384               dc[0] = (char) profl[c++];
1385             }
1386
1387             wdth = charWidth;
1388             wdth /= fm.charsWidth(dc, 0, dc.length);
1389
1390             ht += scl;
1391             // next profl[] position is profile % for the character(s)
1392             scl = htn * scale * profl[c++];
1393             lm = ofont.getLineMetrics(dc, 0, 1, g.getFontMetrics()
1394                     .getFontRenderContext());
1395             g.setFont(ofont.deriveFont(AffineTransform.getScaleInstance(
1396                     wdth, scl / lm.getAscent())));
1397             lm = g.getFontMetrics().getLineMetrics(dc, 0, 1, g);
1398
1399             // Debug - render boxes around characters
1400             // g.setColor(Color.red);
1401             // g.drawRect(x*av.charWidth, (int)ht, av.charWidth,
1402             // (int)(scl));
1403             // g.setColor(profcolour.findColour(dc[0]).darker());
1404
1405             /*
1406              * Set character colour as per alignment colour scheme; use the
1407              * codon translation if a cDNA profile
1408              */
1409             Color colour = null;
1410             if (isCdnaProfile)
1411             {
1412               final String codonTranslation = ResidueProperties
1413                       .codonTranslate(new String(dc));
1414               colour = profcolour.findColour(codonTranslation.charAt(0),
1415                       column, null);
1416             }
1417             else
1418             {
1419               colour = profcolour.findColour(dc[0], column, null);
1420             }
1421             g.setColor(colour == Color.white ? Color.lightGray : colour);
1422
1423             hght = (ht + (scl - lm.getDescent() - lm.getBaselineOffsets()[lm
1424                     .getBaselineIndex()]));
1425
1426             g.drawChars(dc, 0, dc.length, x * charWidth, (int) hght);
1427             valuesProcessed++;
1428           }
1429           g.setFont(ofont);
1430         }
1431       }
1432       x++;
1433     }
1434     if (_aa.threshold != null)
1435     {
1436       g.setColor(_aa.threshold.colour);
1437       Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
1438       g2.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_SQUARE,
1439               BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]
1440               { 5f, 3f }, 0f));
1441
1442       y2 = (int) (y - ((_aa.threshold.value - min) / range)
1443               * _aa.graphHeight);
1444       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1445       g2.setStroke(new BasicStroke());
1446     }
1447   }
1448
1449   // used by overview window
1450   public void drawGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1451           Annotation[] aa_annotations, int width, int y, int sRes, int eRes)
1452   {
1453     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1454     g.setColor(Color.white);
1455     g.fillRect(0, 0, width, y);
1456     g.setColor(new Color(0, 0, 180));
1457
1458     int x = 0, height;
1459
1460     for (int j = sRes; j < eRes; j++)
1461     {
1462       if (aa_annotations[j] != null)
1463       {
1464         if (aa_annotations[j].colour == null)
1465         {
1466           g.setColor(Color.black);
1467         }
1468         else
1469         {
1470           g.setColor(aa_annotations[j].colour);
1471         }
1472
1473         height = (int) ((aa_annotations[j].value / _aa.graphMax) * y);
1474         if (height > y)
1475         {
1476           height = y;
1477         }
1478
1479         g.fillRect(x, y - height, charWidth, height);
1480       }
1481       x += charWidth;
1482     }
1483   }
1484
1485   Color getNotCanonicalColor(char lastss)
1486   {
1487     switch (lastss)
1488     {
1489     case '{':
1490     case '}':
1491       return new Color(255, 125, 5);
1492
1493     case '[':
1494     case ']':
1495       return new Color(245, 115, 10);
1496
1497     case '>':
1498     case '<':
1499       return new Color(235, 135, 15);
1500
1501     case 'A':
1502     case 'a':
1503       return new Color(225, 105, 20);
1504
1505     case 'B':
1506     case 'b':
1507       return new Color(215, 145, 30);
1508
1509     case 'C':
1510     case 'c':
1511       return new Color(205, 95, 35);
1512
1513     case 'D':
1514     case 'd':
1515       return new Color(195, 155, 45);
1516
1517     case 'E':
1518     case 'e':
1519       return new Color(185, 85, 55);
1520
1521     case 'F':
1522     case 'f':
1523       return new Color(175, 165, 65);
1524
1525     case 'G':
1526     case 'g':
1527       return new Color(170, 75, 75);
1528
1529     case 'H':
1530     case 'h':
1531       return new Color(160, 175, 85);
1532
1533     case 'I':
1534     case 'i':
1535       return new Color(150, 65, 95);
1536
1537     case 'J':
1538     case 'j':
1539       return new Color(140, 185, 105);
1540
1541     case 'K':
1542     case 'k':
1543       return new Color(130, 55, 110);
1544
1545     case 'L':
1546     case 'l':
1547       return new Color(120, 195, 120);
1548
1549     case 'M':
1550     case 'm':
1551       return new Color(110, 45, 130);
1552
1553     case 'N':
1554     case 'n':
1555       return new Color(100, 205, 140);
1556
1557     case 'O':
1558     case 'o':
1559       return new Color(90, 35, 150);
1560
1561     case 'P':
1562     case 'p':
1563       return new Color(85, 215, 160);
1564
1565     case 'Q':
1566     case 'q':
1567       return new Color(75, 25, 170);
1568
1569     case 'R':
1570     case 'r':
1571       return new Color(65, 225, 180);
1572
1573     case 'S':
1574     case 's':
1575       return new Color(55, 15, 185);
1576
1577     case 'T':
1578     case 't':
1579       return new Color(45, 235, 195);
1580
1581     case 'U':
1582     case 'u':
1583       return new Color(35, 5, 205);
1584
1585     case 'V':
1586     case 'v':
1587       return new Color(25, 245, 215);
1588
1589     case 'W':
1590     case 'w':
1591       return new Color(15, 0, 225);
1592
1593     case 'X':
1594     case 'x':
1595       return new Color(10, 255, 235);
1596
1597     case 'Y':
1598     case 'y':
1599       return new Color(5, 150, 245);
1600
1601     case 'Z':
1602     case 'z':
1603       return new Color(0, 80, 255);
1604
1605     default:
1606       System.out.println("This is not a interaction : " + lastss);
1607       return null;
1608
1609     }
1610   }
1611 }