src/jalview/renderer/AnnotationRenderer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.renderer;
  22
  23 import java.awt.BasicStroke;
  24 import java.awt.Color;
  25 import java.awt.Font;
  26 import java.awt.FontMetrics;
  27 import java.awt.Graphics;
  28 import java.awt.Graphics2D;
  29 import java.awt.Image;
  30 import java.awt.RenderingHints;
  31 import java.awt.Stroke;
  32 import java.awt.geom.AffineTransform;
  33 import java.awt.image.ImageObserver;
  34 import java.util.BitSet;
  35 import java.util.Hashtable;
  36
  37 import org.jfree.graphics2d.svg.SVGGraphics2D;
  38 import org.jibble.epsgraphics.EpsGraphics2D;
  39
  40 import jalview.analysis.AAFrequency;
  41 import jalview.analysis.CodingUtils;
  42 import jalview.analysis.Rna;
  43 import jalview.analysis.StructureFrequency;
  44 import jalview.api.AlignViewportI;
  45 import jalview.bin.Cache;
  46 import jalview.bin.Console;
  47 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  48 import jalview.datamodel.Annotation;
  49 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  50 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  51 import jalview.datamodel.ProfilesI;
  52 import jalview.renderer.api.AnnotationRendererFactoryI;
  53 import jalview.renderer.api.AnnotationRowRendererI;
  54 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  55 import jalview.schemes.NucleotideColourScheme;
  56 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  57 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;
  58 import jalview.util.Platform;
  59
  60 public class AnnotationRenderer
  61 {
  62   private static final int UPPER_TO_LOWER = 'a' - 'A'; // 32
  63
  64   private static final int CHAR_A = 'A'; // 65
  65
  66   private static final int CHAR_Z = 'Z'; // 90
  67
  68   /**
  69    * flag indicating if timing and redraw parameter info should be output
  70    */
  71   private final boolean debugRedraw;
  72
  73   private int charWidth, endRes, charHeight;
  74
  75   private boolean validCharWidth, hasHiddenColumns;
  76
  77   private FontMetrics fm;
  78
  79   private final boolean USE_FILL_ROUND_RECT = Platform.isAMacAndNotJS();
  80
  81   boolean av_renderHistogram = true, av_renderProfile = true,
  82           av_normaliseProfile = false;
  83
  84   ResidueShaderI profcolour = null;
  85
  86   private ColumnSelection columnSelection;
  87
  88   private HiddenColumns hiddenColumns;
  89
  90   private ProfilesI hconsensus;
  91
  92   private Hashtable<String, Object>[] complementConsensus;
  93
  94   private Hashtable<String, Object>[] hStrucConsensus;
  95
  96   private boolean av_ignoreGapsConsensus;
  97
  98   private boolean vectorRendition = false;
  99
 100   private boolean glyphLineDrawn = false;
 101
 102   /**
 103    * attributes set from AwtRenderPanelI
 104    */
 105   /**
 106    * old image used when data is currently being calculated and cannot be
 107    * rendered
 108    */
 109   private Image fadedImage;
 110
 111   /**
 112    * panel being rendered into
 113    */
 114   private ImageObserver annotationPanel;
 115
 116   /**
 117    * width of image to render in panel
 118    */
 119   private int imgWidth;
 120
 121   /**
 122    * offset to beginning of visible area
 123    */
 124   private int sOffset;
 125
 126   /**
 127    * offset to end of visible area
 128    */
 129   private int visHeight;
 130
 131   /**
 132    * indicate if the renderer should only render the visible portion of the
 133    * annotation given the current view settings
 134    */
 135   private boolean useClip = true;
 136
 137   /**
 138    * master flag indicating if renderer should ever try to clip. not enabled for
 139    * jalview 2.8.1
 140    */
 141   private boolean canClip = false;
 142
 143   public AnnotationRenderer()
 144   {
 145     this(false);
 146   }
 147
 148   /**
 149    * Create a new annotation Renderer
 150    *
 151    * @param debugRedraw
 152    *          flag indicating if timing and redraw parameter info should be
 153    *          output
 154    */
 155   public AnnotationRenderer(boolean debugRedraw)
 156   {
 157     this.debugRedraw = debugRedraw;
 158   }
 159
 160   /**
 161    * Remove any references and resources when this object is no longer required
 162    */
 163   public void dispose()
 164   {
 165     hiddenColumns = null;
 166     hconsensus = null;
 167     complementConsensus = null;
 168     hStrucConsensus = null;
 169     fadedImage = null;
 170     annotationPanel = null;
 171     rendererFactoryI = null;
 172   }
 173
 174   void drawStemAnnot(Graphics g, Annotation[] row_annotations, int lastSSX,
 175           int x, int y, int iconOffset, int startRes, int column,
 176           boolean validRes, boolean validEnd)
 177   {
 178     g.setColor(STEM_COLOUR);
 179     int sCol = (lastSSX / charWidth)
 180             + hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(startRes);
 181     int x1 = lastSSX;
 182     int x2 = (x * charWidth);
 183
 184     char dc = (column == 0 || row_annotations[column - 1] == null) ? ' '
 185             : row_annotations[column - 1].secondaryStructure;
 186
 187     boolean diffupstream = sCol == 0 || row_annotations[sCol - 1] == null
 188             || dc != row_annotations[sCol - 1].secondaryStructure;
 189     boolean diffdownstream = !validRes || !validEnd
 190             || row_annotations[column] == null
 191             || dc != row_annotations[column].secondaryStructure;
 192
 193     if (column > 0 && Rna.isClosingParenthesis(dc))
 194     {
 195       if (diffupstream)
 196       // if (validRes && column>1 && row_annotations[column-2]!=null &&
 197       // dc.equals(row_annotations[column-2].displayCharacter))
 198       {
 199         /*
 200          * if new annotation with a closing base pair half of the stem,
 201          * display a backward arrow
 202          */
 203         fillPolygon(g, new int[] { lastSSX + 5, lastSSX + 5, lastSSX },
 204                 new int[]
 205                 { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset },
 206                 3);
 207         x1 += 5;
 208       }
 209       if (diffdownstream)
 210       {
 211         x2 -= 1;
 212       }
 213     }
 214     else
 215     {
 216       // display a forward arrow
 217       if (diffdownstream)
 218       {
 219         /*
 220          * if annotation ending with an opeing base pair half of the stem,
 221          * display a forward arrow
 222          */
 223         fillPolygon(g, new int[] { x2 - 5, x2 - 5, x2 },
 224                 new int[]
 225                 { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset },
 226                 3);
 227         x2 -= 5;
 228       }
 229       if (diffupstream)
 230       {
 231         x1 += 1;
 232       }
 233     }
 234     // draw arrow body
 235     fillRect(g, x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 7);
 236   }
 237
 238   void drawNotCanonicalAnnot(Graphics g, Color nonCanColor,
 239           Annotation[] row_annotations, int lastSSX, int x, int y,
 240           int iconOffset, int startRes, int column, boolean validRes,
 241           boolean validEnd)
 242   {
 243     // Console.info(nonCanColor);
 244
 245     int sCol = (lastSSX / charWidth)
 246             + hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(startRes);
 247     int x1 = lastSSX;
 248     int x2 = (x * charWidth);
 249
 250     String dc = (column == 0 || row_annotations[column - 1] == null) ? ""
 251             : row_annotations[column - 1].displayCharacter;
 252
 253     boolean diffupstream = sCol == 0 || row_annotations[sCol - 1] == null
 254             || !dc.equals(row_annotations[sCol - 1].displayCharacter);
 255     boolean diffdownstream = !validRes || !validEnd
 256             || row_annotations[column] == null
 257             || !dc.equals(row_annotations[column].displayCharacter);
 258     // Console.info("Column "+column+" diff up:
 259     // "+diffupstream+"
 260     // down:"+diffdownstream);
 261     // If a closing base pair half of the stem, display a backward arrow
 262     if (diffupstream || diffdownstream)
 263     {
 264       // draw glyphline under arrow
 265       drawGlyphLine(g, lastSSX, x, y, iconOffset);
 266     }
 267     g.setColor(nonCanColor);
 268     if (column > 0 && Rna.isClosingParenthesis(dc))
 269     {
 270
 271       if (diffupstream)
 272       // if (validRes && column>1 && row_annotations[column-2]!=null &&
 273       // dc.equals(row_annotations[column-2].displayCharacter))
 274       {
 275         fillPolygon(g, new int[] { lastSSX + 5, lastSSX + 5, lastSSX },
 276                 new int[]
 277                 { y + iconOffset + 1, y + 13 + iconOffset,
 278                     y + 7 + iconOffset },
 279                 3);
 280         x1 += 5;
 281       }
 282       if (diffdownstream)
 283       {
 284         x2 -= 1;
 285       }
 286     }
 287     else
 288     {
 289
 290       // display a forward arrow
 291       if (diffdownstream)
 292       {
 293         fillPolygon(g, new int[] { x2 - 6, x2 - 6, x2 - 1 },
 294                 new int[]
 295                 { y + iconOffset + 1, y + 13 + iconOffset,
 296                     y + 7 + iconOffset },
 297                 3);
 298         x2 -= 5;
 299       }
 300       if (diffupstream)
 301       {
 302         x1 += 1;
 303       }
 304     }
 305     // draw arrow body
 306     unsetAntialias(g);
 307     fillRect(g, x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 6);
 308   }
 309
 310   // public void updateFromAnnotationPanel(FontMetrics annotFM, AlignViewportI
 311   // av)
 312   public void updateFromAwtRenderPanel(AwtRenderPanelI annotPanel,
 313           AlignViewportI av)
 314   {
 315     fm = annotPanel.getFontMetrics();
 316     annotationPanel = annotPanel;
 317     fadedImage = annotPanel.getFadedImage();
 318     imgWidth = annotPanel.getFadedImageWidth();
 319     // visible area for rendering
 320     int[] bounds = annotPanel.getVisibleVRange();
 321     if (bounds != null)
 322     {
 323       sOffset = bounds[0];
 324       visHeight = bounds[1];
 325       if (visHeight == 0)
 326       {
 327         useClip = false;
 328       }
 329       else
 330       {
 331         useClip = canClip;
 332       }
 333     }
 334     else
 335     {
 336       useClip = false;
 337     }
 338
 339     rendererFactoryI = AnnotationRendererFactory.getRendererFactory();
 340     updateFromAlignViewport(av);
 341   }
 342
 343   public void updateFromAlignViewport(AlignViewportI av)
 344   {
 345     charWidth = av.getCharWidth();
 346     endRes = av.getRanges().getEndRes();
 347     charHeight = av.getCharHeight();
 348     hasHiddenColumns = av.hasHiddenColumns();
 349     validCharWidth = av.isValidCharWidth();
 350     av_renderHistogram = av.isShowConsensusHistogram();
 351     av_renderProfile = av.isShowSequenceLogo();
 352     av_normaliseProfile = av.isNormaliseSequenceLogo();
 353     profcolour = av.getResidueShading();
 354     if (profcolour == null || profcolour.getColourScheme() == null)
 355     {
 356       /*
 357        * Use default colour for sequence logo if
 358        * the alignment has no colourscheme set
 359        * (would like to use user preference but n/a for applet)
 360        */
 361       ColourSchemeI col = av.getAlignment().isNucleotide()
 362               ? new NucleotideColourScheme()
 363               : new ZappoColourScheme();
 364       profcolour = new ResidueShader(col);
 365     }
 366     columnSelection = av.getColumnSelection();
 367     hiddenColumns = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 368     hconsensus = av.getSequenceConsensusHash();
 369     complementConsensus = av.getComplementConsensusHash();
 370     hStrucConsensus = av.getRnaStructureConsensusHash();
 371     av_ignoreGapsConsensus = av.isIgnoreGapsConsensus();
 372   }
 373
 374   /**
 375    * Returns profile data; the first element is the profile type, the second is
 376    * the number of distinct values, the third the total count, and the remainder
 377    * depend on the profile type.
 378    *
 379    * @param aa
 380    * @param column
 381    * @return
 382    */
 383   int[] getProfileFor(AlignmentAnnotation aa, int column)
 384   {
 385     // TODO : consider refactoring the global alignment calculation
 386     // properties/rendering attributes as a global 'alignment group' which holds
 387     // all vis settings for the alignment as a whole rather than a subset
 388     //
 389     if (aa.autoCalculated && (aa.label.startsWith("Consensus")
 390             || aa.label.startsWith("cDNA Consensus")))
 391     {
 392       boolean forComplement = aa.label.startsWith("cDNA Consensus");
 393       if (aa.groupRef != null && aa.groupRef.consensusData != null
 394               && aa.groupRef.isShowSequenceLogo())
 395       {
 396         // TODO? group consensus for cDNA complement
 397         return AAFrequency.extractProfile(
 398                 aa.groupRef.consensusData.get(column),
 399                 aa.groupRef.getIgnoreGapsConsensus());
 400       }
 401       // TODO extend annotation row to enable dynamic and static profile data to
 402       // be stored
 403       if (aa.groupRef == null && aa.sequenceRef == null)
 404       {
 405         if (forComplement)
 406         {
 407           return AAFrequency.extractCdnaProfile(complementConsensus[column],
 408                   av_ignoreGapsConsensus);
 409         }
 410         else
 411         {
 412           return AAFrequency.extractProfile(hconsensus.get(column),
 413                   av_ignoreGapsConsensus);
 414         }
 415       }
 416     }
 417     else
 418     {
 419       if (aa.autoCalculated && aa.label.startsWith("StrucConsensus"))
 420       {
 421         // TODO implement group structure consensus
 422         /*
 423          * if (aa.groupRef != null && aa.groupRef.consensusData != null &&
 424          * aa.groupRef.isShowSequenceLogo()) { //TODO check what happens for
 425          * group selections return StructureFrequency.extractProfile(
 426          * aa.groupRef.consensusData[column], aa.groupRef
 427          * .getIgnoreGapsConsensus()); }
 428          */
 429         // TODO extend annotation row to enable dynamic and static profile data
 430         // to
 431         // be stored
 432         if (aa.groupRef == null && aa.sequenceRef == null
 433                 && hStrucConsensus != null
 434                 && hStrucConsensus.length > column)
 435         {
 436           return StructureFrequency.extractProfile(hStrucConsensus[column],
 437                   av_ignoreGapsConsensus);
 438         }
 439       }
 440     }
 441     return null;
 442   }
 443
 444   boolean rna = false;
 445
 446   private AnnotationRendererFactoryI rendererFactoryI;
 447
 448   /**
 449    * Render the annotation rows associated with an alignment.
 450    *
 451    * @param annotPanel
 452    *          container frame
 453    * @param av
 454    *          data and view settings to render
 455    * @param g
 456    *          destination for graphics
 457    * @param activeRow
 458    *          row where a mouse event occured (or -1)
 459    * @param startRes
 460    *          first column that will be drawn
 461    * @param endRes
 462    *          last column that will be drawn
 463    * @return true if the fadedImage was used for any alignment annotation rows
 464    *         currently being calculated
 465    */
 466   public boolean drawComponent(AwtRenderPanelI annotPanel,
 467           AlignViewportI av, Graphics g, int activeRow, int startRes,
 468           int endRes)
 469   {
 470     if (g instanceof EpsGraphics2D || g instanceof SVGGraphics2D)
 471     {
 472       this.setVectorRendition(true);
 473     }
 474     Graphics2D g2d = (Graphics2D) g;
 475
 476     long stime = System.currentTimeMillis();
 477     boolean usedFaded = false;
 478     // NOTES:
 479     // AnnotationPanel needs to implement: ImageObserver, access to
 480     // AlignViewport
 481     updateFromAwtRenderPanel(annotPanel, av);
 482     fm = g.getFontMetrics();
 483     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 484     // int temp = 0;
 485     if (aa == null)
 486     {
 487       return false;
 488     }
 489     int x = 0, y = 0;
 490     int column = 0;
 491     char lastSS;
 492     int lastSSX;
 493     int iconOffset = 0;
 494     boolean validRes = false;
 495     boolean validEnd = false;
 496     boolean labelAllCols = false;
 497     // boolean centreColLabels;
 498     // boolean centreColLabelsDef = av.isCentreColumnLabels();
 499     boolean scaleColLabel = false;
 500     final AlignmentAnnotation consensusAnnot = av
 501             .getAlignmentConsensusAnnotation();
 502     final AlignmentAnnotation structConsensusAnnot = av
 503             .getAlignmentStrucConsensusAnnotation();
 504     final AlignmentAnnotation complementConsensusAnnot = av
 505             .getComplementConsensusAnnotation();
 506
 507     BitSet graphGroupDrawn = new BitSet();
 508     int charOffset = 0; // offset for a label
 509     // \u03B2 \u03B1
 510     // debug ints
 511     int yfrom = 0, f_i = 0, yto = 0, f_to = 0;
 512     boolean clipst = false, clipend = false;
 513     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 514     {
 515       AlignmentAnnotation row = aa[i];
 516       boolean renderHistogram = true;
 517       boolean renderProfile = false;
 518       boolean normaliseProfile = false;
 519       boolean isRNA = row.isRNA();
 520
 521       // check if this is a consensus annotation row and set the display
 522       // settings appropriately
 523       // TODO: generalise this to have render styles for consensus/profile
 524       // data
 525       if (row.groupRef != null && row == row.groupRef.getConsensus())
 526       {
 527         renderHistogram = row.groupRef.isShowConsensusHistogram();
 528         renderProfile = row.groupRef.isShowSequenceLogo();
 529         normaliseProfile = row.groupRef.isNormaliseSequenceLogo();
 530       }
 531       else if (row == consensusAnnot || row == structConsensusAnnot
 532               || row == complementConsensusAnnot)
 533       {
 534         renderHistogram = av_renderHistogram;
 535         renderProfile = av_renderProfile;
 536         normaliseProfile = av_normaliseProfile;
 537       }
 538
 539       Annotation[] row_annotations = row.annotations;
 540       if (!row.visible)
 541       {
 542         continue;
 543       }
 544       // centreColLabels = row.centreColLabels || centreColLabelsDef;
 545       labelAllCols = row.showAllColLabels;
 546       scaleColLabel = row.scaleColLabel;
 547       lastSS = ' ';
 548       lastSSX = 0;
 549
 550       if (!useClip || ((y - charHeight) < visHeight
 551               && (y + row.height + charHeight * 2) >= sOffset))
 552       {// if_in_visible_region
 553         if (!clipst)
 554         {
 555           clipst = true;
 556           yfrom = y;
 557           f_i = i;
 558         }
 559         yto = y;
 560         f_to = i;
 561         if (row.graph > 0)
 562         {
 563           if (row.graphGroup > -1 && graphGroupDrawn.get(row.graphGroup))
 564           {
 565             continue;
 566           }
 567
 568           // this is so that we draw the characters below the graph
 569           y += row.height;
 570
 571           if (row.hasText)
 572           {
 573             iconOffset = charHeight - fm.getDescent();
 574             y -= charHeight;
 575           }
 576         }
 577         else if (row.hasText)
 578         {
 579           iconOffset = charHeight - fm.getDescent();
 580
 581         }
 582         else
 583         {
 584           iconOffset = 0;
 585         }
 586
 587         if (row.autoCalculated && av.isCalculationInProgress(row))
 588         {
 589           y += charHeight;
 590           usedFaded = true;
 591           g.drawImage(fadedImage, 0, y - row.height, imgWidth, y, 0,
 592                   y - row.height, imgWidth, y, annotationPanel);
 593           g.setColor(Color.black);
 594           // g.drawString("Calculating "+aa[i].label+"....",20, y-row.height/2);
 595
 596           continue;
 597         }
 598
 599         /*
 600          * else if (annotationPanel.av.updatingConservation &&
 601          * aa[i].label.equals("Conservation")) {
 602          *
 603          * y += charHeight; g.drawImage(annotationPanel.fadedImage, 0, y -
 604          * row.height, annotationPanel.imgWidth, y, 0, y - row.height,
 605          * annotationPanel.imgWidth, y, annotationPanel);
 606          *
 607          * g.setColor(Color.black); //
 608          * g.drawString("Calculating Conservation.....",20, y-row.height/2);
 609          *
 610          * continue; } else if (annotationPanel.av.updatingConservation &&
 611          * aa[i].label.equals("Quality")) {
 612          *
 613          * y += charHeight; g.drawImage(annotationPanel.fadedImage, 0, y -
 614          * row.height, annotationPanel.imgWidth, y, 0, y - row.height,
 615          * annotationPanel.imgWidth, y, annotationPanel);
 616          * g.setColor(Color.black); // /
 617          * g.drawString("Calculating Quality....",20, y-row.height/2);
 618          *
 619          * continue; }
 620          */
 621
 622         // first pass sets up state for drawing continuation from left-hand
 623         // column
 624         // of startRes
 625
 626         // flag used for vector rendition
 627         this.glyphLineDrawn = false;
 628         x = (startRes == 0) ? 0 : -1;
 629         while (x < endRes - startRes)
 630         {
 631           if (hasHiddenColumns)
 632           {
 633             column = hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(startRes + x);
 634             if (column > row_annotations.length - 1)
 635             {
 636               break;
 637             }
 638           }
 639           else
 640           {
 641             column = startRes + x;
 642           }
 643
 644           if ((row_annotations == null)
 645                   || (row_annotations.length <= column)
 646                   || (row_annotations[column] == null))
 647           {
 648             validRes = false;
 649           }
 650           else
 651           {
 652             validRes = true;
 653           }
 654           final String displayChar = validRes
 655                   ? row_annotations[column].displayCharacter
 656                   : null;
 657           if (x > -1)
 658           {
 659             unsetAntialias(g);
 660             if (activeRow == i)
 661             {
 662               g.setColor(Color.red);
 663
 664               if (columnSelection != null)
 665               {
 666                 if (columnSelection.contains(column))
 667                 {
 668                   fillRect(g, x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 669                 }
 670               }
 671             }
 672             if (row.getInvalidStrucPos() > x)
 673             {
 674               g.setColor(Color.orange);
 675               fillRect(g, x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 676             }
 677             else if (row.getInvalidStrucPos() == x)
 678             {
 679               g.setColor(Color.orange.darker());
 680               fillRect(g, x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 681             }
 682             if (validCharWidth && validRes && displayChar != null
 683                     && (displayChar.length() > 0))
 684             {
 685               // Graphics2D gg = (g);
 686               float fmWidth = fm.charsWidth(displayChar.toCharArray(), 0,
 687                       displayChar.length());
 688
 689               /*
 690                * shrink label width to fit in column, if that is
 691                * both configured and necessary
 692                */
 693               boolean scaledToFit = false;
 694               float fmScaling = 1f;
 695               if (scaleColLabel && fmWidth > charWidth)
 696               {
 697                 scaledToFit = true;
 698                 fmScaling = charWidth;
 699                 fmScaling /= fmWidth;
 700                 // and update the label's width to reflect the scaling.
 701                 fmWidth = charWidth;
 702               }
 703
 704               charOffset = (int) ((charWidth - fmWidth) / 2f);
 705
 706               if (row_annotations[column].colour == null)
 707               {
 708                 g2d.setColor(Color.black);
 709               }
 710               else
 711               {
 712                 g2d.setColor(row_annotations[column].colour);
 713               }
 714
 715               /*
 716                * draw the label, unless it is the same secondary structure
 717                * symbol (excluding RNA Helix) as the previous column
 718                */
 719               final int xPos = (x * charWidth) + charOffset;
 720               final int yPos = y + iconOffset;
 721
 722               /*
 723                * translate to drawing position _before_ applying any scaling
 724                */
 725               g2d.translate(xPos, yPos);
 726               if (scaledToFit)
 727               {
 728                 /*
 729                  * use a scaling transform to make the label narrower
 730                  * (JalviewJS doesn't have Font.deriveFont(AffineTransform))
 731                  */
 732                 g2d.transform(
 733                         AffineTransform.getScaleInstance(fmScaling, 1.0));
 734               }
 735               setAntialias(g);
 736               if (column == 0 || row.graph > 0)
 737               {
 738                 g2d.drawString(displayChar, 0, 0);
 739               }
 740               else if (row_annotations[column - 1] == null || (labelAllCols
 741                       || !displayChar.equals(
 742                               row_annotations[column - 1].displayCharacter)
 743                       || (displayChar.length() < 2
 744                               && row_annotations[column].secondaryStructure == ' ')))
 745               {
 746                 g2d.drawString(displayChar, 0, 0);
 747               }
 748               if (scaledToFit)
 749               {
 750                 /*
 751                  * undo scaling before translating back
 752                  * (restoring saved transform does NOT work in JS PDFGraphics!)
 753                  */
 754                 g2d.transform(AffineTransform
 755                         .getScaleInstance(1D / fmScaling, 1.0));
 756               }
 757               g2d.translate(-xPos, -yPos);
 758             }
 759           }
 760           if (row.hasIcons)
 761           {
 762             char ss = validRes ? row_annotations[column].secondaryStructure
 763                     : '-';
 764
 765             if (ss == '(')
 766             {
 767               // distinguish between forward/backward base-pairing
 768               if (displayChar.indexOf(')') > -1)
 769               {
 770
 771                 ss = ')';
 772
 773               }
 774             }
 775             if (ss == '[')
 776             {
 777               if ((displayChar.indexOf(']') > -1))
 778               {
 779                 ss = ']';
 780
 781               }
 782             }
 783             if (ss == '{')
 784             {
 785               // distinguish between forward/backward base-pairing
 786               if (displayChar.indexOf('}') > -1)
 787               {
 788                 ss = '}';
 789
 790               }
 791             }
 792             if (ss == '<')
 793             {
 794               // distinguish between forward/backward base-pairing
 795               if (displayChar.indexOf('<') > -1)
 796               {
 797                 ss = '>';
 798
 799               }
 800             }
 801             if (isRNA && (ss >= CHAR_A) && (ss <= CHAR_Z))
 802             {
 803               // distinguish between forward/backward base-pairing
 804               int ssLowerCase = ss + UPPER_TO_LOWER;
 805               // TODO would .equals() be safer here? or charAt(0)?
 806               if (displayChar.indexOf(ssLowerCase) > -1)
 807               {
 808                 ss = (char) ssLowerCase;
 809               }
 810             }
 811
 812             if (!validRes || (ss != lastSS))
 813             {
 814
 815               if (x > -1)
 816               {
 817
 818                 // int nb_annot = x - temp;
 819                 // Console.info("\t type :"+lastSS+"\t x
 820                 // :"+x+"\t nbre
 821                 // annot :"+nb_annot);
 822                 switch (lastSS)
 823                 {
 824                 case '(': // Stem case for RNA secondary structure
 825                 case ')': // and opposite direction
 826                   drawStemAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 827                           iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);
 828                   // temp = x;
 829                   break;
 830
 831                 case 'H':
 832                   if (!isRNA)
 833                   {
 834                     drawHelixAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 835                             iconOffset, startRes, column, validRes,
 836                             validEnd);
 837                     break;
 838                   }
 839                   // no break if isRNA - falls through to drawNotCanonicalAnnot!
 840                 case 'E':
 841                   if (!isRNA)
 842                   {
 843                     drawSheetAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 844                             iconOffset, startRes, column, validRes,
 845                             validEnd);
 846                     break;
 847                   }
 848                   // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
 849
 850                 case '{':
 851                 case '}':
 852                 case '[':
 853                 case ']':
 854                 case '>':
 855                 case '<':
 856                 case 'A':
 857                 case 'a':
 858                 case 'B':
 859                 case 'b':
 860                 case 'C':
 861                 case 'c':
 862                 case 'D':
 863                 case 'd':
 864                 case 'e':
 865                 case 'F':
 866                 case 'f':
 867                 case 'G':
 868                 case 'g':
 869                 case 'h':
 870                 case 'I':
 871                 case 'i':
 872                 case 'J':
 873                 case 'j':
 874                 case 'K':
 875                 case 'k':
 876                 case 'L':
 877                 case 'l':
 878                 case 'M':
 879                 case 'm':
 880                 case 'N':
 881                 case 'n':
 882                 case 'O':
 883                 case 'o':
 884                 case 'P':
 885                 case 'p':
 886                 case 'Q':
 887                 case 'q':
 888                 case 'R':
 889                 case 'r':
 890                 case 'S':
 891                 case 's':
 892                 case 'T':
 893                 case 't':
 894                 case 'U':
 895                 case 'u':
 896                 case 'V':
 897                 case 'v':
 898                 case 'W':
 899                 case 'w':
 900                 case 'X':
 901                 case 'x':
 902                 case 'Y':
 903                 case 'y':
 904                 case 'Z':
 905                 case 'z':
 906
 907                   Color nonCanColor = getNotCanonicalColor(lastSS);
 908                   drawNotCanonicalAnnot(g, nonCanColor, row_annotations,
 909                           lastSSX, x, y, iconOffset, startRes, column,
 910                           validRes, validEnd);
 911                   // temp = x;
 912                   break;
 913                 default:
 914                   if (isVectorRendition())
 915                   {
 916                     // draw single full width glyphline
 917                     drawGlyphLine(g, lastSSX, endRes - x, y, iconOffset);
 918                     // disable more glyph lines
 919                     this.glyphLineDrawn = true;
 920                   }
 921                   else
 922                   {
 923                     drawGlyphLine(g, lastSSX, x, y, iconOffset);
 924                   }
 925                   break;
 926                 }
 927               }
 928               if (validRes)
 929               {
 930                 lastSS = ss;
 931               }
 932               else
 933               {
 934                 lastSS = ' ';
 935               }
 936               if (x > -1)
 937               {
 938                 lastSSX = (x * charWidth);
 939               }
 940             }
 941           }
 942           column++;
 943           x++;
 944         }
 945         if (column >= row_annotations.length)
 946         {
 947           column = row_annotations.length - 1;
 948           validEnd = false;
 949         }
 950         else
 951         {
 952           validEnd = true;
 953         }
 954         if ((row_annotations == null) || (row_annotations.length <= column)
 955                 || (row_annotations[column] == null))
 956         {
 957           validRes = false;
 958         }
 959         else
 960         {
 961           validRes = true;
 962         }
 963         // x ++;
 964
 965         if (row.hasIcons)
 966         {
 967           switch (lastSS)
 968           {
 969
 970           case 'H':
 971             if (!isRNA)
 972             {
 973               drawHelixAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 974                       startRes, column, validRes, validEnd);
 975               break;
 976             }
 977             // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
 978
 979           case 'E':
 980             if (!isRNA)
 981             {
 982               drawSheetAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 983                       startRes, column, validRes, validEnd);
 984               break;
 985             }
 986             // no break if isRNA - fall through to drawNotCanonicalAnnot!
 987
 988           case '(':
 989           case ')': // Stem case for RNA secondary structure
 990
 991             drawStemAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 992                     startRes, column, validRes, validEnd);
 993
 994             break;
 995           case '{':
 996           case '}':
 997           case '[':
 998           case ']':
 999           case '>':
1000           case '<':
1001           case 'A':
1002           case 'a':
1003           case 'B':
1004           case 'b':
1005           case 'C':
1006           case 'c':
1007           case 'D':
1008           case 'd':
1009           case 'e':
1010           case 'F':
1011           case 'f':
1012           case 'G':
1013           case 'g':
1014           case 'h':
1015           case 'I':
1016           case 'i':
1017           case 'J':
1018           case 'j':
1019           case 'K':
1020           case 'k':
1021           case 'L':
1022           case 'l':
1023           case 'M':
1024           case 'm':
1025           case 'N':
1026           case 'n':
1027           case 'O':
1028           case 'o':
1029           case 'P':
1030           case 'p':
1031           case 'Q':
1032           case 'q':
1033           case 'R':
1034           case 'r':
1035           case 'T':
1036           case 't':
1037           case 'U':
1038           case 'u':
1039           case 'V':
1040           case 'v':
1041           case 'W':
1042           case 'w':
1043           case 'X':
1044           case 'x':
1045           case 'Y':
1046           case 'y':
1047           case 'Z':
1048           case 'z':
1049             // Console.info(lastSS);
1050             Color nonCanColor = getNotCanonicalColor(lastSS);
1051             drawNotCanonicalAnnot(g, nonCanColor, row_annotations, lastSSX,
1052                     x, y, iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);
1053             break;
1054           default:
1055             if (isVectorRendition())
1056             {
1057               // draw single full width glyphline
1058               drawGlyphLine(g, lastSSX, endRes - x, y, iconOffset);
1059               // disable more glyph lines
1060               this.glyphLineDrawn = true;
1061             }
1062             else
1063             {
1064               drawGlyphLine(g, lastSSX, x, y, iconOffset);
1065             }
1066             break;
1067           }
1068         }
1069
1070         if (row.graph > 0 && row.graphHeight > 0)
1071         {
1072           if (row.graph == AlignmentAnnotation.LINE_GRAPH)
1073           {
1074             if (row.graphGroup > -1 && !graphGroupDrawn.get(row.graphGroup))
1075             {
1076               // TODO: JAL-1291 revise rendering model so the graphGroup map is
1077               // computed efficiently for all visible labels
1078               float groupmax = -999999, groupmin = 9999999;
1079               for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
1080               {
1081                 if (aa[gg].graphGroup != row.graphGroup)
1082                 {
1083                   continue;
1084                 }
1085
1086                 if (aa[gg] != row)
1087                 {
1088                   aa[gg].visible = false;
1089                 }
1090                 if (aa[gg].graphMax > groupmax)
1091                 {
1092                   groupmax = aa[gg].graphMax;
1093                 }
1094                 if (aa[gg].graphMin < groupmin)
1095                 {
1096                   groupmin = aa[gg].graphMin;
1097                 }
1098               }
1099
1100               for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
1101               {
1102                 if (aa[gg].graphGroup == row.graphGroup)
1103                 {
1104                   drawLineGraph(g, aa[gg], aa[gg].annotations, startRes,
1105                           endRes, y, groupmin, groupmax, row.graphHeight);
1106                 }
1107               }
1108
1109               graphGroupDrawn.set(row.graphGroup);
1110             }
1111             else
1112             {
1113               drawLineGraph(g, row, row_annotations, startRes, endRes, y,
1114                       row.graphMin, row.graphMax, row.graphHeight);
1115             }
1116           }
1117           else if (row.graph == AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH)
1118           {
1119             drawBarGraph(g, row, row_annotations, startRes, endRes,
1120                     row.graphMin, row.graphMax, y, renderHistogram,
1121                     renderProfile, normaliseProfile);
1122           }
1123           else
1124           {
1125             AnnotationRowRendererI renderer = rendererFactoryI
1126                     .getRendererFor(row);
1127             if (renderer != null)
1128             {
1129               renderer.renderRow(g, charWidth, charHeight, hasHiddenColumns,
1130                       av, hiddenColumns, columnSelection, row,
1131                       row_annotations, startRes, endRes, row.graphMin,
1132                       row.graphMax, y);
1133             }
1134             if (debugRedraw)
1135             {
1136               if (renderer == null)
1137               {
1138                 System.err
1139                         .println("No renderer found for " + row.toString());
1140               }
1141               else
1142               {
1143                 Console.warn(
1144                         "rendered with " + renderer.getClass().toString());
1145               }
1146             }
1147
1148           }
1149         }
1150       }
1151       else
1152       {
1153         if (clipst && !clipend)
1154         {
1155           clipend = true;
1156         }
1157       } // end if_in_visible_region
1158       if (row.graph > 0 && row.hasText)
1159       {
1160         y += charHeight;
1161       }
1162
1163       if (row.graph == 0)
1164       {
1165         y += aa[i].height;
1166       }
1167     }
1168     if (debugRedraw)
1169     {
1170       if (canClip)
1171       {
1172         if (clipst)
1173         {
1174           Console.warn("Start clip at : " + yfrom + " (index " + f_i + ")");
1175         }
1176         if (clipend)
1177         {
1178           Console.warn("End clip at : " + yto + " (index " + f_to + ")");
1179         }
1180       }
1181       ;
1182       Console.warn("Annotation Rendering time:"
1183               + (System.currentTimeMillis() - stime));
1184     }
1185     ;
1186
1187     return !usedFaded;
1188   }
1189
1190   public static final Color GLYPHLINE_COLOR = Color.gray;
1191
1192   public static final Color SHEET_COLOUR = Color.green;
1193
1194   public static final Color HELIX_COLOUR = Color.red;
1195
1196   public static final Color STEM_COLOUR = Color.blue;
1197
1198   // private Color sdNOTCANONICAL_COLOUR;
1199
1200   void drawGlyphLine(Graphics g, int lastSSX, int x, int y, int iconOffset)
1201   {
1202     if (glyphLineDrawn)
1203     {
1204       // if we've drawn a single long glyphline for an export, don't draw the
1205       // bits
1206       return;
1207     }
1208     unsetAntialias(g);
1209     g.setColor(GLYPHLINE_COLOR);
1210     g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset, (x * charWidth) - lastSSX, 2);
1211   }
1212
1213   void drawSheetAnnot(Graphics g, Annotation[] row,
1214
1215           int lastSSX, int x, int y, int iconOffset, int startRes,
1216           int column, boolean validRes, boolean validEnd)
1217   {
1218     if (!validEnd || !validRes || row == null || row[column] == null
1219             || row[column].secondaryStructure != 'E')
1220     {
1221       // draw the glyphline underneath
1222       drawGlyphLine(g, lastSSX, x, y, iconOffset);
1223
1224       g.setColor(SHEET_COLOUR);
1225       fillRect(g, lastSSX, y + 4 + iconOffset,
1226               (x * charWidth) - lastSSX - 4, 6);
1227       fillPolygon(g,
1228               new int[]
1229               { (x * charWidth) - 6, (x * charWidth) - 6,
1230                   (x * charWidth - 1) },
1231               new int[]
1232               { y + iconOffset + 1, y + 13 + iconOffset,
1233                   y + 7 + iconOffset },
1234               3);
1235     }
1236     else
1237     {
1238       g.setColor(SHEET_COLOUR);
1239       fillRect(g, lastSSX, y + 4 + iconOffset, (x * charWidth) - lastSSX,
1240               6);
1241     }
1242   }
1243
1244   void drawHelixAnnot(Graphics g, Annotation[] row, int lastSSX, int x,
1245           int y, int iconOffset, int startRes, int column, boolean validRes,
1246           boolean validEnd)
1247   {
1248     int sCol = (lastSSX / charWidth)
1249             + hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(startRes);
1250     int x1 = lastSSX;
1251     int x2 = (x * charWidth);
1252
1253     if (USE_FILL_ROUND_RECT || isVectorRendition())
1254     {
1255       // draw glyph line behind helix (visible in EPS or SVG output)
1256       drawGlyphLine(g, lastSSX, x, y, iconOffset);
1257
1258       g.setColor(HELIX_COLOUR);
1259       setAntialias(g);
1260       int ofs = charWidth / 2;
1261       // Off by 1 offset when drawing rects and ovals
1262       // to offscreen image on the MAC
1263       fillRoundRect(g, lastSSX, y + 3 + iconOffset, x2 - x1 - 1, 8, 8, 8);
1264       if (sCol == 0 || row[sCol - 1] == null
1265               || row[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')
1266       {
1267       }
1268       else
1269       {
1270         // g.setColor(Color.orange);
1271         fillRoundRect(g, lastSSX, y + 3 + iconOffset, x2 - x1 - ofs, 8, 0,
1272                 0);
1273       }
1274       if (!validRes || row[column] == null
1275               || row[column].secondaryStructure != 'H')
1276       {
1277
1278       }
1279       else
1280       {
1281         // g.setColor(Color.magenta);
1282         fillRoundRect(g, lastSSX + ofs, y + 3 + iconOffset, x2 - x1 - ofs,
1283                 8, 0, 0);
1284       }
1285
1286       return;
1287     }
1288
1289     boolean leftEnd = sCol == 0 || row[sCol - 1] == null
1290             || row[sCol - 1].secondaryStructure != 'H';
1291     boolean rightEnd = !validRes || row[column] == null
1292             || row[column].secondaryStructure != 'H';
1293
1294     if (leftEnd || rightEnd)
1295     {
1296       drawGlyphLine(g, lastSSX, x, y, iconOffset);
1297     }
1298     g.setColor(HELIX_COLOUR);
1299
1300     if (leftEnd)
1301     {
1302       fillArc(g, lastSSX, y + 3 + iconOffset, charWidth, 8, 90, 180);
1303       x1 += charWidth / 2;
1304     }
1305
1306     if (rightEnd)
1307     {
1308       fillArc(g, ((x - 1) * charWidth), y + 3 + iconOffset, charWidth, 8,
1309               270, 180);
1310       x2 -= charWidth / 2;
1311     }
1312
1313     fillRect(g, x1, y + 3 + iconOffset, x2 - x1, 8);
1314   }
1315
1316   void drawLineGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1317           Annotation[] aa_annotations, int sRes, int eRes, int y, float min,
1318           float max, int graphHeight)
1319   {
1320     if (sRes > aa_annotations.length)
1321     {
1322       return;
1323     }
1324     Stroke roundStroke = new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_ROUND,
1325             BasicStroke.JOIN_ROUND);
1326     Stroke squareStroke = new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_SQUARE,
1327             BasicStroke.JOIN_MITER);
1328     Graphics2D g2d = (Graphics2D) g;
1329     Stroke prevStroke = g2d.getStroke();
1330     g2d.setStroke(roundStroke);
1331
1332     int x = 0;
1333
1334     // Adjustment for fastpaint to left
1335     if (eRes < endRes)
1336     {
1337       eRes++;
1338     }
1339
1340     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1341
1342     if (sRes == 0)
1343     {
1344       x++;
1345     }
1346
1347     int y1 = y, y2 = y;
1348     float range = max - min;
1349
1350     // //Draw origin
1351     if (min < 0)
1352     {
1353       y2 = y - (int) ((0 - min / range) * graphHeight);
1354     }
1355
1356     g.setColor(Color.gray);
1357     drawLine(g, squareStroke, x * charWidth - charWidth, y2,
1358             (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1359
1360     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1361
1362     int column;
1363     int aaMax = aa_annotations.length - 1;
1364
1365     while (x < eRes - sRes)
1366     {
1367       column = sRes + x;
1368       if (hasHiddenColumns)
1369       {
1370         column = hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(column);
1371       }
1372
1373       if (column > aaMax)
1374       {
1375         break;
1376       }
1377
1378       if (aa_annotations[column] == null)
1379       {
1380         x++;
1381         continue;
1382       }
1383
1384       if (aa_annotations[column].colour == null)
1385       {
1386         g.setColor(Color.black);
1387       }
1388       else
1389       {
1390         g.setColor(aa_annotations[column].colour);
1391       }
1392
1393       if (aa_annotations[column - 1] == null
1394               && aa_annotations.length > column + 1
1395               && aa_annotations[column + 1] == null)
1396       {
1397         // standalone value
1398         y1 = y - (int) (((aa_annotations[column].value - min) / range)
1399                 * graphHeight);
1400         drawLine(g, x * charWidth + charWidth / 4, y1,
1401                 x * charWidth + 3 * charWidth / 4, y1);
1402         x++;
1403         continue;
1404       }
1405
1406       if (aa_annotations[column - 1] == null)
1407       {
1408         x++;
1409         continue;
1410       }
1411
1412       y1 = y - (int) (((aa_annotations[column - 1].value - min) / range)
1413               * graphHeight);
1414       y2 = y - (int) (((aa_annotations[column].value - min) / range)
1415               * graphHeight);
1416
1417       drawLine(g, (x - 1) * charWidth + charWidth / 2, y1,
1418               x * charWidth + charWidth / 2, y2);
1419       x++;
1420     }
1421
1422     if (_aa.threshold != null)
1423     {
1424       g.setColor(_aa.threshold.colour);
1425       Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
1426       Stroke s = new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_SQUARE,
1427               BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]
1428               { 5f, 3f }, 0f);
1429
1430       y2 = (int) (y - ((_aa.threshold.value - min) / range) * graphHeight);
1431       drawLine(g, s, 0, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1432     }
1433     g2d.setStroke(prevStroke);
1434   }
1435
1436   @SuppressWarnings("unused")
1437   void drawBarGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1438           Annotation[] aa_annotations, int sRes, int eRes, float min,
1439           float max, int y, boolean renderHistogram, boolean renderProfile,
1440           boolean normaliseProfile)
1441   {
1442     if (sRes > aa_annotations.length)
1443     {
1444       return;
1445     }
1446     Font ofont = g.getFont();
1447     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1448
1449     int x = 0, y1 = y, y2 = y;
1450
1451     float range = max - min;
1452
1453     if (min < 0)
1454     {
1455       y2 = y - (int) ((0 - min / (range)) * _aa.graphHeight);
1456     }
1457
1458     g.setColor(Color.gray);
1459
1460     drawLine(g, x, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1461
1462     int column;
1463     int aaMax = aa_annotations.length - 1;
1464     while (x < eRes - sRes)
1465     {
1466       column = sRes + x;
1467       if (hasHiddenColumns)
1468       {
1469         column = hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(column);
1470       }
1471
1472       if (column > aaMax)
1473       {
1474         break;
1475       }
1476
1477       if (aa_annotations[column] == null)
1478       {
1479         x++;
1480         continue;
1481       }
1482       if (aa_annotations[column].colour == null)
1483       {
1484         g.setColor(Color.black);
1485       }
1486       else
1487       {
1488         g.setColor(aa_annotations[column].colour);
1489       }
1490
1491       y1 = y - (int) (((aa_annotations[column].value - min) / (range))
1492               * _aa.graphHeight);
1493
1494       if (renderHistogram)
1495       {
1496         if (y1 - y2 > 0)
1497         {
1498           fillRect(g, x * charWidth, y2, charWidth, y1 - y2);
1499         }
1500         else
1501         {
1502           fillRect(g, x * charWidth, y1, charWidth, y2 - y1);
1503         }
1504       }
1505       // draw profile if available
1506       if (renderProfile)
1507       {
1508
1509         /*
1510          * {profile type, #values, total count, char1, pct1, char2, pct2...}
1511          */
1512         int profl[] = getProfileFor(_aa, column);
1513
1514         // just try to draw the logo if profl is not null
1515         if (profl != null && profl[2] != 0)
1516         {
1517           boolean isStructureProfile = profl[0] == AlignmentAnnotation.STRUCTURE_PROFILE;
1518           boolean isCdnaProfile = profl[0] == AlignmentAnnotation.CDNA_PROFILE;
1519           float ht = normaliseProfile ? y - _aa.graphHeight : y1;
1520           final double normaliseFactor = normaliseProfile ? _aa.graphHeight
1521                   : (y2 - y1);
1522
1523           /**
1524            * Render a single base for a sequence profile, a base pair for
1525            * structure profile, and a triplet for a cdna profile
1526            */
1527           char[] dc = new char[isStructureProfile ? 2
1528                   : (isCdnaProfile ? 3 : 1)];
1529
1530           // lm is not necessary - we can just use fm - could be off by no more
1531           // than 0.5 px
1532           // LineMetrics lm = g.getFontMetrics(ofont).getLineMetrics("Q", g);
1533           // Console.info(asc + " " + dec + " " + (asc -
1534           // lm.getAscent())
1535           // + " " + (dec - lm.getDescent()));
1536
1537           double asc = fm.getAscent();
1538           double dec = fm.getDescent();
1539           double fht = fm.getHeight();
1540
1541           double scale = 1f / (normaliseProfile ? profl[2] : 100f);
1542           // float ofontHeight = 1f / fm.getAscent();// magnify to fill box
1543
1544           /*
1545            * Traverse the character(s)/percentage data in the array
1546            */
1547
1548           float ht2 = ht;
1549
1550           // profl[1] is the number of values in the profile
1551           for (int i = 0, c = 3, last = profl[1]; i < last; i++)
1552           {
1553
1554             String s;
1555             if (isStructureProfile)
1556             {
1557               // todo can we encode a structure pair as an int, like codons?
1558               dc[0] = (char) profl[c++];
1559               dc[1] = (char) profl[c++];
1560               s = new String(dc);
1561             }
1562             else if (isCdnaProfile)
1563             {
1564               CodingUtils.decodeCodon2(profl[c++], dc);
1565               s = new String(dc);
1566             }
1567             else
1568             {
1569               dc[0] = (char) profl[c++];
1570               s = new String(dc);
1571             }
1572             // next profl[] position is profile % for the character(s)
1573
1574             int percent = profl[c++];
1575             if (percent == 0)
1576             {
1577               // failsafe in case a count rounds down to 0%
1578               continue;
1579             }
1580             double newHeight = normaliseFactor * scale * percent;
1581
1582             /*
1583              * Set character colour as per alignment colour scheme; use the
1584              * codon translation if a cDNA profile
1585              */
1586             Color colour = null;
1587             if (isCdnaProfile)
1588             {
1589               final String codonTranslation = ResidueProperties
1590                       .codonTranslate(s);
1591               colour = profcolour.findColour(codonTranslation.charAt(0),
1592                       column, null);
1593             }
1594             else
1595             {
1596               colour = profcolour.findColour(dc[0], column, null);
1597             }
1598             g.setColor(colour == Color.white ? Color.lightGray : colour);
1599
1600             // Debug - render boxes around characters
1601             // g.setColor(Color.red);
1602             // g.drawRect(x*av.charWidth, (int)ht, av.charWidth,
1603             // (int)(scl));
1604             // g.setColor(profcolour.findColour(dc[0]).darker());
1605
1606             double sx = 1f * charWidth / fm.charsWidth(dc, 0, dc.length);
1607             double sy = newHeight / asc;
1608             double newAsc = asc * sy;
1609             double newDec = dec * sy;
1610             // it is not necessary to recalculate lm for the new font.
1611             // note: lm.getBaselineOffsets()[lm.getBaselineIndex()]) must be 0
1612             // by definition. Was:
1613             // int hght = (int) (ht + (newAsc - newDec);
1614             // - lm.getBaselineOffsets()[lm.getBaselineIndex()]));
1615
1616             if (Platform.isJS())
1617             {
1618               /*
1619                * SwingJS does not implement font.deriveFont()
1620                * so use a scaling transform to draw instead,
1621                * this is off by a very small amount
1622                */
1623               final int hght = (int) (ht2 + (newAsc - newDec));
1624               Graphics2D gg = (Graphics2D) g;
1625               int xShift = (int) Math.round(x * charWidth / sx);
1626               int yShift = (int) Math.round(hght / sy);
1627               gg.transform(AffineTransform.getScaleInstance(sx, sy));
1628               gg.drawString(s, xShift, yShift);
1629               gg.transform(
1630                       AffineTransform.getScaleInstance(1D / sx, 1D / sy));
1631               ht2 += newHeight;
1632             }
1633             else
1634             /**
1635              * Java only
1636              *
1637              * @j2sIgnore
1638              */
1639             {
1640               // Java ('normal') method is to scale the font to fit
1641
1642               final int hght = (int) (ht + (newAsc - newDec));
1643               Font font = ofont
1644                       .deriveFont(AffineTransform.getScaleInstance(sx, sy));
1645               g.setFont(font);
1646               g.drawChars(dc, 0, dc.length, x * charWidth, hght);
1647               g.setFont(ofont);
1648
1649               ht += newHeight;
1650             }
1651           }
1652         }
1653       }
1654       x++;
1655     }
1656     if (_aa.threshold != null)
1657     {
1658       g.setColor(_aa.threshold.colour);
1659       Stroke s = new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_SQUARE,
1660               BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]
1661               { 5f, 3f }, 0f);
1662
1663       y2 = (int) (y
1664               - ((_aa.threshold.value - min) / range) * _aa.graphHeight);
1665       drawLine(g, s, 0, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1666     }
1667   }
1668
1669   // used by overview window
1670   public void drawGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1671           Annotation[] aa_annotations, int width, int y, int sRes, int eRes)
1672   {
1673     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1674     g.setColor(Color.white);
1675     fillRect(g, 0, 0, width, y);
1676     g.setColor(new Color(0, 0, 180));
1677
1678     int x = 0, height;
1679
1680     for (int j = sRes; j < eRes; j++)
1681     {
1682       if (aa_annotations[j] != null)
1683       {
1684         if (aa_annotations[j].colour == null)
1685         {
1686           g.setColor(Color.black);
1687         }
1688         else
1689         {
1690           g.setColor(aa_annotations[j].colour);
1691         }
1692
1693         height = (int) ((aa_annotations[j].value / _aa.graphMax) * y);
1694         if (height > y)
1695         {
1696           height = y;
1697         }
1698
1699         fillRect(g, x, y - height, charWidth, height);
1700       }
1701       x += charWidth;
1702     }
1703   }
1704
1705   Color getNotCanonicalColor(char lastss)
1706   {
1707     switch (lastss)
1708     {
1709     case '{':
1710     case '}':
1711       return new Color(255, 125, 5);
1712
1713     case '[':
1714     case ']':
1715       return new Color(245, 115, 10);
1716
1717     case '>':
1718     case '<':
1719       return new Color(235, 135, 15);
1720
1721     case 'A':
1722     case 'a':
1723       return new Color(225, 105, 20);
1724
1725     case 'B':
1726     case 'b':
1727       return new Color(215, 145, 30);
1728
1729     case 'C':
1730     case 'c':
1731       return new Color(205, 95, 35);
1732
1733     case 'D':
1734     case 'd':
1735       return new Color(195, 155, 45);
1736
1737     case 'E':
1738     case 'e':
1739       return new Color(185, 85, 55);
1740
1741     case 'F':
1742     case 'f':
1743       return new Color(175, 165, 65);
1744
1745     case 'G':
1746     case 'g':
1747       return new Color(170, 75, 75);
1748
1749     case 'H':
1750     case 'h':
1751       return new Color(160, 175, 85);
1752
1753     case 'I':
1754     case 'i':
1755       return new Color(150, 65, 95);
1756
1757     case 'J':
1758     case 'j':
1759       return new Color(140, 185, 105);
1760
1761     case 'K':
1762     case 'k':
1763       return new Color(130, 55, 110);
1764
1765     case 'L':
1766     case 'l':
1767       return new Color(120, 195, 120);
1768
1769     case 'M':
1770     case 'm':
1771       return new Color(110, 45, 130);
1772
1773     case 'N':
1774     case 'n':
1775       return new Color(100, 205, 140);
1776
1777     case 'O':
1778     case 'o':
1779       return new Color(90, 35, 150);
1780
1781     case 'P':
1782     case 'p':
1783       return new Color(85, 215, 160);
1784
1785     case 'Q':
1786     case 'q':
1787       return new Color(75, 25, 170);
1788
1789     case 'R':
1790     case 'r':
1791       return new Color(65, 225, 180);
1792
1793     case 'S':
1794     case 's':
1795       return new Color(55, 15, 185);
1796
1797     case 'T':
1798     case 't':
1799       return new Color(45, 235, 195);
1800
1801     case 'U':
1802     case 'u':
1803       return new Color(35, 5, 205);
1804
1805     case 'V':
1806     case 'v':
1807       return new Color(25, 245, 215);
1808
1809     case 'W':
1810     case 'w':
1811       return new Color(15, 0, 225);
1812
1813     case 'X':
1814     case 'x':
1815       return new Color(10, 255, 235);
1816
1817     case 'Y':
1818     case 'y':
1819       return new Color(5, 150, 245);
1820
1821     case 'Z':
1822     case 'z':
1823       return new Color(0, 80, 255);
1824
1825     default:
1826       Console.info("This is not a interaction : " + lastss);
1827       return null;
1828
1829     }
1830   }
1831
1832   private void fillPolygon(Graphics g, int[] xpoints, int[] ypoints, int n)
1833   {
1834     setAntialias(g);
1835     g.fillPolygon(xpoints, ypoints, n);
1836   }
1837
1838   /*
1839   private void fillRect(Graphics g, int a, int b, int c, int d)
1840   {
1841     fillRect(g, false, a, b, c, d);
1842   }*/
1843
1844   private void fillRect(Graphics g, int a, int b, int c, int d)
1845   {
1846     unsetAntialias(g);
1847     g.fillRect(a, b, c, d);
1848   }
1849
1850   private void fillRoundRect(Graphics g, int a, int b, int c, int d, int e,
1851           int f)
1852   {
1853     setAntialias(g);
1854     g.fillRoundRect(a, b, c, d, e, f);
1855   }
1856
1857   private void fillArc(Graphics g, int a, int b, int c, int d, int e, int f)
1858   {
1859     setAntialias(g);
1860     g.fillArc(a, b, c, d, e, f);
1861   }
1862
1863   private void drawLine(Graphics g, Stroke s, int a, int b, int c, int d)
1864   {
1865     Graphics2D g2d = (Graphics2D) g;
1866     Stroke p = g2d.getStroke();
1867     g2d.setStroke(s);
1868     drawLine(g, a, b, c, d);
1869     g2d.setStroke(p);
1870   }
1871
1872   private void drawLine(Graphics g, int a, int b, int c, int d)
1873   {
1874     setAntialias(g);
1875     g.drawLine(a, b, c, d);
1876   }
1877
1878   private void setAntialias(Graphics g)
1879   {
1880     if (isVectorRendition())
1881     {
1882       // no need to antialias vector drawings
1883       return;
1884     }
1885     if (Cache.getDefault("ANTI_ALIAS", true))
1886     {
1887       Graphics2D g2d = (Graphics2D) g;
1888       g2d.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
1889               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
1890     }
1891   }
1892
1893   private void unsetAntialias(Graphics g)
1894   {
1895     if (isVectorRendition())
1896     {
1897       // no need to antialias vector drawings
1898       return;
1899     }
1900     Graphics2D g2d = (Graphics2D) g;
1901     g2d.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
1902             RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_OFF);
1903   }
1904
1905   public void setVectorRendition(boolean b)
1906   {
1907     vectorRendition = b;
1908   }
1909
1910   public boolean isVectorRendition()
1911   {
1912     return vectorRendition;
1913   }
1914 }