src/jalview/renderer/AnnotationRenderer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.renderer;
  22
  23 import jalview.analysis.AAFrequency;
  24 import jalview.analysis.StructureFrequency;
  25 import jalview.api.AlignViewportI;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  27 import jalview.datamodel.Annotation;
  28 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  29 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  30
  31 import java.awt.BasicStroke;
  32 import java.awt.Color;
  33 import java.awt.Font;
  34 import java.awt.FontMetrics;
  35 import java.awt.Graphics;
  36 import java.awt.Graphics2D;
  37 import java.awt.Image;
  38 import java.awt.font.LineMetrics;
  39 import java.awt.geom.AffineTransform;
  40 import java.awt.image.ImageObserver;
  41 import java.util.BitSet;
  42 import java.util.Hashtable;
  43
  44 import com.stevesoft.pat.Regex;
  45
  46 public class AnnotationRenderer
  47 {
  48   /**
  49    * flag indicating if timing and redraw parameter info should be output
  50    */
  51   private final boolean debugRedraw;
  52
  53   public AnnotationRenderer()
  54   {
  55     this(false);
  56   }
  57
  58   /**
  59    * Create a new annotation Renderer
  60    *
  61    * @param debugRedraw
  62    *          flag indicating if timing and redraw parameter info should be
  63    *          output
  64    */
  65   public AnnotationRenderer(boolean debugRedraw)
  66   {
  67     this.debugRedraw = debugRedraw;
  68   }
  69
  70   public void drawStemAnnot(Graphics g, Annotation[] row_annotations,
  71           int lastSSX, int x, int y, int iconOffset, int startRes,
  72           int column, boolean validRes, boolean validEnd)
  73   {
  74     g.setColor(STEM_COLOUR);
  75     int sCol = (lastSSX / charWidth) + startRes;
  76     int x1 = lastSSX;
  77     int x2 = (x * charWidth);
  78     Regex closeparen = new Regex("(\\))");
  79
  80     String dc = (column == 0 || row_annotations[column - 1] == null) ? ""
  81             : row_annotations[column - 1].displayCharacter;
  82
  83     boolean diffupstream = sCol == 0 || row_annotations[sCol - 1] == null
  84             || !dc.equals(row_annotations[sCol - 1].displayCharacter);
  85     boolean diffdownstream = !validRes || !validEnd
  86             || row_annotations[column] == null
  87             || !dc.equals(row_annotations[column].displayCharacter);
  88     // System.out.println("Column "+column+" diff up: "+diffupstream+" down:"+diffdownstream);
  89     // If a closing base pair half of the stem, display a backward arrow
  90     if (column > 0 && closeparen.search(dc))
  91     {
  92
  93       if (diffupstream)
  94       // if (validRes && column>1 && row_annotations[column-2]!=null &&
  95       // dc.equals(row_annotations[column-2].displayCharacter))
  96       {
  97         g.fillPolygon(new int[]
  98         { lastSSX + 5, lastSSX + 5, lastSSX }, new int[]
  99         { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset }, 3);
 100         x1 += 5;
 101       }
 102       if (diffdownstream)
 103       {
 104         x2 -= 1;
 105       }
 106     }
 107     else
 108     {
 109
 110       // display a forward arrow
 111       if (diffdownstream)
 112       {
 113         g.fillPolygon(new int[]
 114         { x2 - 5, x2 - 5, x2 }, new int[]
 115         { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset }, 3);
 116         x2 -= 5;
 117       }
 118       if (diffupstream)
 119       {
 120         x1 += 1;
 121       }
 122     }
 123     // draw arrow body
 124     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 7);
 125   }
 126
 127   private int charWidth, endRes, charHeight;
 128
 129   private boolean validCharWidth, hasHiddenColumns;
 130
 131   private FontMetrics fm;
 132
 133   private final boolean MAC = new jalview.util.Platform().isAMac();
 134
 135   boolean av_renderHistogram = true, av_renderProfile = true,
 136           av_normaliseProfile = false;
 137
 138   ColourSchemeI profcolour = null;
 139
 140   private ColumnSelection columnSelection;
 141
 142   private Hashtable[] hconsensus;
 143
 144   private Hashtable[] hStrucConsensus;
 145
 146   private boolean av_ignoreGapsConsensus;
 147
 148   /**
 149    * attributes set from AwtRenderPanelI
 150    */
 151   /**
 152    * old image used when data is currently being calculated and cannot be
 153    * rendered
 154    */
 155   private Image fadedImage;
 156
 157   /**
 158    * panel being rendered into
 159    */
 160   private ImageObserver annotationPanel;
 161
 162   /**
 163    * width of image to render in panel
 164    */
 165   private int imgWidth;
 166
 167   /**
 168    * offset to beginning of visible area
 169    */
 170   private int sOffset;
 171
 172   /**
 173    * offset to end of visible area
 174    */
 175   private int visHeight;
 176
 177   /**
 178    * indicate if the renderer should only render the visible portion of the
 179    * annotation given the current view settings
 180    */
 181   private boolean useClip = true;
 182
 183   /**
 184    * master flag indicating if renderer should ever try to clip. not enabled for
 185    * jalview 2.8.1
 186    */
 187   private boolean canClip = false;
 188
 189   public void drawNotCanonicalAnnot(Graphics g, Color nonCanColor,
 190           Annotation[] row_annotations, int lastSSX, int x, int y,
 191           int iconOffset, int startRes, int column, boolean validRes,
 192           boolean validEnd)
 193   {
 194     // System.out.println(nonCanColor);
 195
 196     g.setColor(nonCanColor);
 197     int sCol = (lastSSX / charWidth) + startRes;
 198     int x1 = lastSSX;
 199     int x2 = (x * charWidth);
 200     Regex closeparen = new Regex("}|]|<|[a-z]");
 201
 202     String dc = (column == 0 || row_annotations[column - 1] == null) ? ""
 203             : row_annotations[column - 1].displayCharacter;
 204
 205     boolean diffupstream = sCol == 0 || row_annotations[sCol - 1] == null
 206             || !dc.equals(row_annotations[sCol - 1].displayCharacter);
 207     boolean diffdownstream = !validRes || !validEnd
 208             || row_annotations[column] == null
 209             || !dc.equals(row_annotations[column].displayCharacter);
 210     // System.out.println("Column "+column+" diff up: "+diffupstream+" down:"+diffdownstream);
 211     // If a closing base pair half of the stem, display a backward arrow
 212     if (column > 0 && closeparen.search(dc))// closeletter_b.search(dc)||closeletter_c.search(dc)||closeletter_d.search(dc)||closecrochet.search(dc))
 213                                             // )
 214     {
 215
 216       if (diffupstream)
 217       // if (validRes && column>1 && row_annotations[column-2]!=null &&
 218       // dc.equals(row_annotations[column-2].displayCharacter))
 219       {
 220         g.fillPolygon(new int[]
 221         { lastSSX + 5, lastSSX + 5, lastSSX }, new int[]
 222         { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset }, 3);
 223         x1 += 5;
 224       }
 225       if (diffdownstream)
 226       {
 227         x2 -= 1;
 228       }
 229     }
 230     else
 231     {
 232
 233       // display a forward arrow
 234       if (diffdownstream)
 235       {
 236         g.fillPolygon(new int[]
 237         { x2 - 5, x2 - 5, x2 }, new int[]
 238         { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 8 + iconOffset }, 3);
 239         x2 -= 5;
 240       }
 241       if (diffupstream)
 242       {
 243         x1 += 1;
 244       }
 245     }
 246     // draw arrow body
 247     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 7);
 248   }
 249
 250   // public void updateFromAnnotationPanel(FontMetrics annotFM, AlignViewportI
 251   // av)
 252   public void updateFromAwtRenderPanel(AwtRenderPanelI annotPanel,
 253           AlignViewportI av)
 254   {
 255     fm = annotPanel.getFontMetrics();
 256     annotationPanel = annotPanel;
 257     fadedImage = annotPanel.getFadedImage();
 258     imgWidth = annotPanel.getFadedImageWidth();
 259     // visible area for rendering
 260     int[] bounds = annotPanel.getVisibleVRange();
 261     if (bounds != null)
 262     {
 263       sOffset = bounds[0];
 264       visHeight = bounds[1];
 265       if (visHeight == 0)
 266       {
 267         useClip = false;
 268       }
 269       else
 270       {
 271         useClip = canClip;
 272       }
 273     }
 274     else
 275     {
 276       useClip = false;
 277     }
 278
 279     updateFromAlignViewport(av);
 280   }
 281
 282   public void updateFromAlignViewport(AlignViewportI av)
 283   {
 284     charWidth = av.getCharWidth();
 285     endRes = av.getEndRes();
 286     charHeight = av.getCharHeight();
 287     hasHiddenColumns = av.hasHiddenColumns();
 288     validCharWidth = av.isValidCharWidth();
 289     av_renderHistogram = av.isShowConsensusHistogram();
 290     av_renderProfile = av.isShowSequenceLogo();
 291     av_normaliseProfile = av.isNormaliseSequenceLogo();
 292     profcolour = av.getGlobalColourScheme();
 293     if (profcolour == null)
 294     {
 295       // Set the default colour for sequence logo if the alignnent has no
 296       // colourscheme set
 297       profcolour = av.getAlignment().isNucleotide() ? new jalview.schemes.NucleotideColourScheme()
 298               : new jalview.schemes.ZappoColourScheme();
 299     }
 300     boolean rna = av.getAlignment().isNucleotide();
 301     columnSelection = av.getColumnSelection();
 302     hconsensus = av.getSequenceConsensusHash();// hconsensus;
 303     hStrucConsensus = av.getRnaStructureConsensusHash(); // hStrucConsensus;
 304     av_ignoreGapsConsensus = av.getIgnoreGapsConsensus();
 305   }
 306
 307   public int[] getProfileFor(AlignmentAnnotation aa, int column)
 308   {
 309     // TODO : consider refactoring the global alignment calculation
 310     // properties/rendering attributes as a global 'alignment group' which holds
 311     // all vis settings for the alignment as a whole rather than a subset
 312     //
 313     if (aa.autoCalculated && aa.label.startsWith("Consensus"))
 314     {
 315       if (aa.groupRef != null && aa.groupRef.consensusData != null
 316               && aa.groupRef.isShowSequenceLogo())
 317       {
 318         return AAFrequency.extractProfile(
 319                 aa.groupRef.consensusData[column],
 320                 aa.groupRef.getIgnoreGapsConsensus());
 321       }
 322       // TODO extend annotation row to enable dynamic and static profile data to
 323       // be stored
 324       if (aa.groupRef == null && aa.sequenceRef == null)
 325       {
 326         return AAFrequency.extractProfile(hconsensus[column],
 327                 av_ignoreGapsConsensus);
 328       }
 329     }
 330     else
 331     {
 332       if (aa.autoCalculated && aa.label.startsWith("StrucConsensus"))
 333       {
 334         // TODO implement group structure consensus
 335         /*
 336          * if (aa.groupRef != null && aa.groupRef.consensusData != null &&
 337          * aa.groupRef.isShowSequenceLogo()) { //TODO check what happens for
 338          * group selections return StructureFrequency.extractProfile(
 339          * aa.groupRef.consensusData[column], aa.groupRef
 340          * .getIgnoreGapsConsensus()); }
 341          */
 342         // TODO extend annotation row to enable dynamic and static profile data
 343         // to
 344         // be stored
 345         if (aa.groupRef == null && aa.sequenceRef == null
 346                 && hStrucConsensus != null
 347                 && hStrucConsensus.length > column)
 348         {
 349           return StructureFrequency.extractProfile(hStrucConsensus[column],
 350                   av_ignoreGapsConsensus);
 351         }
 352       }
 353     }
 354     return null;
 355   }
 356
 357   boolean rna = false;
 358
 359   /**
 360    * Render the annotation rows associated with an alignment.
 361    *
 362    * @param annotPanel
 363    *          container frame
 364    * @param av
 365    *          data and view settings to render
 366    * @param g
 367    *          destination for graphics
 368    * @param activeRow
 369    *          row where a mouse event occured (or -1)
 370    * @param startRes
 371    *          first column that will be drawn
 372    * @param endRes
 373    *          last column that will be drawn
 374    * @return true if the fadedImage was used for any alignment annotation rows
 375    *         currently being calculated
 376    */
 377   public boolean drawComponent(AwtRenderPanelI annotPanel,
 378           AlignViewportI av, Graphics g, int activeRow, int startRes,
 379           int endRes)
 380   {
 381     long stime = System.currentTimeMillis();
 382     boolean usedFaded = false;
 383     // NOTES:
 384     // AnnotationPanel needs to implement: ImageObserver, access to
 385     // AlignViewport
 386     updateFromAwtRenderPanel(annotPanel, av);
 387     fm = g.getFontMetrics();
 388     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 389     int temp = 0;
 390     if (aa == null)
 391     {
 392       return false;
 393     }
 394     int x = 0, y = 0;
 395     int column = 0;
 396     char lastSS;
 397     int lastSSX;
 398     int iconOffset = 0;
 399     boolean validRes = false;
 400     boolean validEnd = false;
 401     boolean labelAllCols = false;
 402     boolean centreColLabels, centreColLabelsDef = av
 403             .getCentreColumnLabels();
 404     boolean scaleColLabel = false;
 405     AlignmentAnnotation consensusAnnot = av
 406             .getAlignmentConsensusAnnotation(), structConsensusAnnot = av
 407             .getAlignmentStrucConsensusAnnotation();
 408     boolean renderHistogram = true, renderProfile = true, normaliseProfile = false, isRNA = rna;
 409
 410     BitSet graphGroupDrawn = new BitSet();
 411     int charOffset = 0; // offset for a label
 412     float fmWidth, fmScaling = 1f; // scaling for a label to fit it into a
 413     // column.
 414     Font ofont = g.getFont();
 415     // \u03B2 \u03B1
 416     // debug ints
 417     int yfrom = 0, f_i = 0, yto = 0, f_to = 0;
 418     boolean clipst = false, clipend = false;
 419     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 420     {
 421       AlignmentAnnotation row = aa[i];
 422       isRNA = row.isRNA();
 423       {
 424         // check if this is a consensus annotation row and set the display
 425         // settings appropriately
 426         // TODO: generalise this to have render styles for consensus/profile
 427         // data
 428         if (row.groupRef != null && row == row.groupRef.getConsensus())
 429         {
 430           renderHistogram = row.groupRef.isShowConsensusHistogram();
 431           renderProfile = row.groupRef.isShowSequenceLogo();
 432           normaliseProfile = row.groupRef.isNormaliseSequenceLogo();
 433         }
 434         else if (row == consensusAnnot || row == structConsensusAnnot)
 435         {
 436           renderHistogram = av_renderHistogram;
 437           renderProfile = av_renderProfile;
 438           normaliseProfile = av_normaliseProfile;
 439         }
 440         else
 441         {
 442           renderHistogram = true;
 443           // don't need to set render/normaliseProfile since they are not
 444           // currently used in any other annotation track renderer
 445         }
 446       }
 447       Annotation[] row_annotations = row.annotations;
 448       if (!row.visible)
 449       {
 450         continue;
 451       }
 452       centreColLabels = row.centreColLabels || centreColLabelsDef;
 453       labelAllCols = row.showAllColLabels;
 454       scaleColLabel = row.scaleColLabel;
 455       lastSS = ' ';
 456       lastSSX = 0;
 457
 458       if (!useClip
 459               || ((y - charHeight) < visHeight && (y + row.height + charHeight * 2) >= sOffset))
 460       {// if_in_visible_region
 461         if (!clipst)
 462         {
 463           clipst = true;
 464           yfrom = y;
 465           f_i = i;
 466         }
 467         yto = y;
 468         f_to = i;
 469         if (row.graph > 0)
 470         {
 471           if (row.graphGroup > -1 && graphGroupDrawn.get(row.graphGroup))
 472           {
 473             continue;
 474           }
 475
 476           // this is so that we draw the characters below the graph
 477           y += row.height;
 478
 479           if (row.hasText)
 480           {
 481             iconOffset = charHeight - fm.getDescent();
 482             y -= charHeight;
 483           }
 484         }
 485         else if (row.hasText)
 486         {
 487           iconOffset = charHeight - fm.getDescent();
 488
 489         }
 490         else
 491         {
 492           iconOffset = 0;
 493         }
 494
 495         if (row.autoCalculated && av.isCalculationInProgress(row))
 496         {
 497           y += charHeight;
 498           usedFaded = true;
 499           g.drawImage(fadedImage, 0, y - row.height, imgWidth, y, 0, y
 500                   - row.height, imgWidth, y, annotationPanel);
 501           g.setColor(Color.black);
 502           // g.drawString("Calculating "+aa[i].label+"....",20, y-row.height/2);
 503
 504           continue;
 505         }
 506
 507         /*
 508          * else if (annotationPanel.av.updatingConservation &&
 509          * aa[i].label.equals("Conservation")) {
 510          *
 511          * y += charHeight; g.drawImage(annotationPanel.fadedImage, 0, y -
 512          * row.height, annotationPanel.imgWidth, y, 0, y - row.height,
 513          * annotationPanel.imgWidth, y, annotationPanel);
 514          *
 515          * g.setColor(Color.black); //
 516          * g.drawString("Calculating Conservation.....",20, y-row.height/2);
 517          *
 518          * continue; } else if (annotationPanel.av.updatingConservation &&
 519          * aa[i].label.equals("Quality")) {
 520          *
 521          * y += charHeight; g.drawImage(annotationPanel.fadedImage, 0, y -
 522          * row.height, annotationPanel.imgWidth, y, 0, y - row.height,
 523          * annotationPanel.imgWidth, y, annotationPanel);
 524          * g.setColor(Color.black); // /
 525          * g.drawString("Calculating Quality....",20, y-row.height/2);
 526          *
 527          * continue; }
 528          */
 529         // first pass sets up state for drawing continuation from left-hand
 530         // column
 531         // of startRes
 532         x = (startRes == 0) ? 0 : -1;
 533         while (x < endRes - startRes)
 534         {
 535           if (hasHiddenColumns)
 536           {
 537             column = columnSelection.adjustForHiddenColumns(startRes + x);
 538             if (column > row_annotations.length - 1)
 539             {
 540               break;
 541             }
 542           }
 543           else
 544           {
 545             column = startRes + x;
 546           }
 547
 548           if ((row_annotations == null)
 549                   || (row_annotations.length <= column)
 550                   || (row_annotations[column] == null))
 551           {
 552             validRes = false;
 553           }
 554           else
 555           {
 556             validRes = true;
 557           }
 558           if (x > -1)
 559           {
 560             if (activeRow == i)
 561             {
 562               g.setColor(Color.red);
 563
 564               if (columnSelection != null)
 565               {
 566                 for (int n = 0; n < columnSelection.size(); n++)
 567                 {
 568                   int v = columnSelection.columnAt(n);
 569
 570                   if (v == column)
 571                   {
 572                     g.fillRect(x * charWidth, y, charWidth, charHeight);
 573                   }
 574                 }
 575               }
 576             }
 577             if (!row.isValidStruc())
 578             {
 579               g.setColor(Color.orange);
 580               g.fillRect((int) row.getInvalidStrucPos() * charWidth, y,
 581                       charWidth, charHeight);
 582             }
 583             if (validCharWidth
 584                     && validRes
 585                     && row_annotations[column].displayCharacter != null
 586                     && (row_annotations[column].displayCharacter.length() > 0))
 587             {
 588
 589               if (centreColLabels || scaleColLabel)
 590               {
 591                 fmWidth = fm.charsWidth(
 592                         row_annotations[column].displayCharacter
 593                                 .toCharArray(), 0,
 594                         row_annotations[column].displayCharacter.length());
 595
 596                 if (scaleColLabel)
 597                 {
 598                   // justify the label and scale to fit in column
 599                   if (fmWidth > charWidth)
 600                   {
 601                     // scale only if the current font isn't already small enough
 602                     fmScaling = charWidth;
 603                     fmScaling /= fmWidth;
 604                     g.setFont(ofont.deriveFont(AffineTransform
 605                             .getScaleInstance(fmScaling, 1.0)));
 606                     // and update the label's width to reflect the scaling.
 607                     fmWidth = charWidth;
 608                   }
 609                 }
 610               }
 611               else
 612               {
 613                 fmWidth = fm
 614                         .charWidth(row_annotations[column].displayCharacter
 615                                 .charAt(0));
 616               }
 617               charOffset = (int) ((charWidth - fmWidth) / 2f);
 618
 619               if (row_annotations[column].colour == null)
 620                 g.setColor(Color.black);
 621               else
 622                 g.setColor(row_annotations[column].colour);
 623
 624               if (column == 0 || row.graph > 0)
 625               {
 626                 g.drawString(row_annotations[column].displayCharacter,
 627                         (x * charWidth) + charOffset, y + iconOffset);
 628               }
 629               else if (row_annotations[column - 1] == null
 630                       || (labelAllCols
 631                               || !row_annotations[column].displayCharacter
 632                                       .equals(row_annotations[column - 1].displayCharacter) || (row_annotations[column].displayCharacter
 633                               .length() < 2 && row_annotations[column].secondaryStructure == ' ')))
 634               {
 635                 g.drawString(row_annotations[column].displayCharacter, x
 636                         * charWidth + charOffset, y + iconOffset);
 637               }
 638               g.setFont(ofont);
 639             }
 640           }
 641           if (row.hasIcons)
 642           {
 643             char ss = validRes ? row_annotations[column].secondaryStructure
 644                     : '-';
 645
 646             if (ss == '(')
 647             {
 648               // distinguish between forward/backward base-pairing
 649               if (row_annotations[column].displayCharacter.indexOf(')') > -1)
 650               {
 651
 652                 ss = ')';
 653
 654               }
 655             }
 656             if (ss == '[')
 657             {
 658               if ((row_annotations[column].displayCharacter.indexOf(']') > -1))
 659               {
 660                 ss = ']';
 661
 662               }
 663             }
 664             if (ss == '{')
 665             {
 666               // distinguish between forward/backward base-pairing
 667               if (row_annotations[column].displayCharacter.indexOf('}') > -1)
 668               {
 669                 ss = '}';
 670
 671               }
 672             }
 673             if (ss == '<')
 674             {
 675               // distinguish between forward/backward base-pairing
 676               if (row_annotations[column].displayCharacter.indexOf('<') > -1)
 677               {
 678                 ss = '>';
 679
 680               }
 681             }
 682             if (ss >= 65)
 683             {
 684               // distinguish between forward/backward base-pairing
 685               if (row_annotations[column].displayCharacter.indexOf(ss + 32) > -1)
 686               {
 687
 688                 ss = (char) (ss + 32);
 689
 690               }
 691             }
 692
 693             if (!validRes || (ss != lastSS))
 694             {
 695
 696               if (x > -1)
 697               {
 698
 699                 int nb_annot = x - temp;
 700                 // System.out.println("\t type :"+lastSS+"\t x :"+x+"\t nbre annot :"+nb_annot);
 701                 switch (lastSS)
 702                 {
 703                 case '(': // Stem case for RNA secondary structure
 704                 case ')': // and opposite direction
 705                   drawStemAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 706                           iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);
 707                   temp = x;
 708                   break;
 709
 710                 case 'H':
 711                   if (!isRNA)
 712                   {
 713                     drawHelixAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 714                             iconOffset, startRes, column, validRes,
 715                             validEnd);
 716                     break;
 717                   }
 718
 719                 case 'E':
 720                   if (!isRNA)
 721                   {
 722                     drawSheetAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y,
 723                             iconOffset, startRes, column, validRes,
 724                             validEnd);
 725                     break;
 726                   }
 727
 728                 case '{':
 729                 case '}':
 730                 case '[':
 731                 case ']':
 732                 case '>':
 733                 case '<':
 734                 case 'A':
 735                 case 'a':
 736                 case 'B':
 737                 case 'b':
 738                 case 'C':
 739                 case 'c':
 740                 case 'D':
 741                 case 'd':
 742                 case 'e':
 743                 case 'F':
 744                 case 'f':
 745                 case 'G':
 746                 case 'g':
 747                 case 'h':
 748                 case 'I':
 749                 case 'i':
 750                 case 'J':
 751                 case 'j':
 752                 case 'K':
 753                 case 'k':
 754                 case 'L':
 755                 case 'l':
 756                 case 'M':
 757                 case 'm':
 758                 case 'N':
 759                 case 'n':
 760                 case 'O':
 761                 case 'o':
 762                 case 'P':
 763                 case 'p':
 764                 case 'Q':
 765                 case 'q':
 766                 case 'R':
 767                 case 'r':
 768                 case 'S':
 769                 case 's':
 770                 case 'T':
 771                 case 't':
 772                 case 'U':
 773                 case 'u':
 774                 case 'V':
 775                 case 'v':
 776                 case 'W':
 777                 case 'w':
 778                 case 'X':
 779                 case 'x':
 780                 case 'Y':
 781                 case 'y':
 782                 case 'Z':
 783                 case 'z':
 784
 785                   Color nonCanColor = getNotCanonicalColor(lastSS);
 786                   drawNotCanonicalAnnot(g, nonCanColor, row_annotations,
 787                           lastSSX, x, y, iconOffset, startRes, column,
 788                           validRes, validEnd);
 789                   temp = x;
 790                   break;
 791                 default:
 792                   g.setColor(Color.gray);
 793                   g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset, (x * charWidth)
 794                           - lastSSX, 2);
 795                   temp = x;
 796                   break;
 797                 }
 798               }
 799               if (validRes)
 800               {
 801                 lastSS = ss;
 802               }
 803               else
 804               {
 805                 lastSS = ' ';
 806               }
 807               if (x > -1)
 808               {
 809                 lastSSX = (x * charWidth);
 810               }
 811             }
 812           }
 813           column++;
 814           x++;
 815         }
 816         if (column >= row_annotations.length)
 817         {
 818           column = row_annotations.length - 1;
 819           validEnd = false;
 820         }
 821         else
 822         {
 823           validEnd = true;
 824         }
 825         if ((row_annotations == null) || (row_annotations.length <= column)
 826                 || (row_annotations[column] == null))
 827         {
 828           validRes = false;
 829         }
 830         else
 831         {
 832           validRes = true;
 833         }
 834
 835         // x ++;
 836
 837         if (row.hasIcons)
 838         {
 839           switch (lastSS)
 840           {
 841
 842           case 'H':
 843             if (!isRNA)
 844             {
 845               drawHelixAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 846                       startRes, column, validRes, validEnd);
 847               break;
 848             }
 849
 850           case 'E':
 851             if (!isRNA)
 852             {
 853               drawSheetAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 854                       startRes, column, validRes, validEnd);
 855               break;
 856             }
 857
 858           case '(':
 859           case ')': // Stem case for RNA secondary structure
 860
 861             drawStemAnnot(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 862                     startRes, column, validRes, validEnd);
 863
 864             break;
 865           case '{':
 866           case '}':
 867           case '[':
 868           case ']':
 869           case '>':
 870           case '<':
 871           case 'A':
 872           case 'a':
 873           case 'B':
 874           case 'b':
 875           case 'C':
 876           case 'c':
 877           case 'D':
 878           case 'd':
 879           case 'e':
 880           case 'F':
 881           case 'f':
 882           case 'G':
 883           case 'g':
 884           case 'h':
 885           case 'I':
 886           case 'i':
 887           case 'J':
 888           case 'j':
 889           case 'K':
 890           case 'k':
 891           case 'L':
 892           case 'l':
 893           case 'M':
 894           case 'm':
 895           case 'N':
 896           case 'n':
 897           case 'O':
 898           case 'o':
 899           case 'P':
 900           case 'p':
 901           case 'Q':
 902           case 'q':
 903           case 'R':
 904           case 'r':
 905           case 'T':
 906           case 't':
 907           case 'U':
 908           case 'u':
 909           case 'V':
 910           case 'v':
 911           case 'W':
 912           case 'w':
 913           case 'X':
 914           case 'x':
 915           case 'Y':
 916           case 'y':
 917           case 'Z':
 918           case 'z':
 919             // System.out.println(lastSS);
 920             Color nonCanColor = getNotCanonicalColor(lastSS);
 921             drawNotCanonicalAnnot(g, nonCanColor, row_annotations, lastSSX,
 922                     x, y, iconOffset, startRes, column, validRes, validEnd);
 923             break;
 924           default:
 925             drawGlyphLine(g, row_annotations, lastSSX, x, y, iconOffset,
 926                     startRes, column, validRes, validEnd);
 927             break;
 928           }
 929         }
 930
 931         if (row.graph > 0 && row.graphHeight > 0)
 932         {
 933           if (row.graph == AlignmentAnnotation.LINE_GRAPH)
 934           {
 935             if (row.graphGroup > -1 && !graphGroupDrawn.get(row.graphGroup))
 936             {
 937               // TODO: JAL-1291 revise rendering model so the graphGroup map is
 938               // computed efficiently for all visible labels
 939               float groupmax = -999999, groupmin = 9999999;
 940               for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
 941               {
 942                 if (aa[gg].graphGroup != row.graphGroup)
 943                 {
 944                   continue;
 945                 }
 946
 947                 if (aa[gg] != row)
 948                 {
 949                   aa[gg].visible = false;
 950                 }
 951                 if (aa[gg].graphMax > groupmax)
 952                 {
 953                   groupmax = aa[gg].graphMax;
 954                 }
 955                 if (aa[gg].graphMin < groupmin)
 956                 {
 957                   groupmin = aa[gg].graphMin;
 958                 }
 959               }
 960
 961               for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
 962               {
 963                 if (aa[gg].graphGroup == row.graphGroup)
 964                 {
 965                   drawLineGraph(g, aa[gg], aa[gg].annotations, startRes,
 966                           endRes, y, groupmin, groupmax, row.graphHeight);
 967                 }
 968               }
 969
 970               graphGroupDrawn.set(row.graphGroup);
 971             }
 972             else
 973             {
 974               drawLineGraph(g, row, row_annotations, startRes, endRes, y,
 975                       row.graphMin, row.graphMax, row.graphHeight);
 976             }
 977           }
 978           else if (row.graph == AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH)
 979           {
 980             drawBarGraph(g, row, row_annotations, startRes, endRes,
 981                     row.graphMin, row.graphMax, y, renderHistogram,
 982                     renderProfile, normaliseProfile);
 983           }
 984         }
 985       }
 986       else
 987       {
 988         if (clipst && !clipend)
 989         {
 990           clipend = true;
 991         }
 992       }// end if_in_visible_region
 993       if (row.graph > 0 && row.hasText)
 994       {
 995         y += charHeight;
 996       }
 997
 998       if (row.graph == 0)
 999       {
1000         y += aa[i].height;
1001       }
1002     }
1003     if (debugRedraw)
1004     {
1005       if (canClip)
1006       {
1007         if (clipst)
1008         {
1009           System.err.println("Start clip at : " + yfrom + " (index " + f_i
1010                   + ")");
1011         }
1012         if (clipend)
1013         {
1014           System.err.println("End clip at : " + yto + " (index " + f_to
1015                   + ")");
1016         }
1017       }
1018       ;
1019       System.err.println("Annotation Rendering time:"
1020               + (System.currentTimeMillis() - stime));
1021     }
1022     ;
1023
1024     return !usedFaded;
1025   }
1026
1027   public static final Color GLYPHLINE_COLOR = Color.gray;
1028
1029   public static final Color SHEET_COLOUR = Color.green;
1030
1031   public static final Color HELIX_COLOUR = Color.red;
1032
1033   public static final Color STEM_COLOUR = Color.blue;
1034
1035   private Color sdNOTCANONICAL_COLOUR;
1036
1037   public void drawGlyphLine(Graphics g, Annotation[] row, int lastSSX,
1038           int x, int y, int iconOffset, int startRes, int column,
1039           boolean validRes, boolean validEnd)
1040   {
1041     g.setColor(GLYPHLINE_COLOR);
1042     g.fillRect(lastSSX, y + 6 + iconOffset, (x * charWidth) - lastSSX, 2);
1043   }
1044
1045   public void drawSheetAnnot(Graphics g, Annotation[] row,
1046
1047   int lastSSX, int x, int y, int iconOffset, int startRes, int column,
1048           boolean validRes, boolean validEnd)
1049   {
1050     g.setColor(SHEET_COLOUR);
1051
1052     if (!validEnd || !validRes || row == null || row[column] == null
1053             || row[column].secondaryStructure != 'E')
1054     {
1055       g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,
1056               (x * charWidth) - lastSSX - 4, 7);
1057       g.fillPolygon(new int[]
1058       { (x * charWidth) - 4, (x * charWidth) - 4, (x * charWidth) },
1059               new int[]
1060               { y + iconOffset, y + 14 + iconOffset, y + 7 + iconOffset },
1061               3);
1062     }
1063     else
1064     {
1065       g.fillRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset,
1066               (x + 1) * charWidth - lastSSX, 7);
1067     }
1068
1069   }
1070
1071   public void drawHelixAnnot(Graphics g, Annotation[] row, int lastSSX,
1072           int x, int y, int iconOffset, int startRes, int column,
1073           boolean validRes, boolean validEnd)
1074   {
1075     g.setColor(HELIX_COLOUR);
1076
1077     int sCol = (lastSSX / charWidth) + startRes;
1078     int x1 = lastSSX;
1079     int x2 = (x * charWidth);
1080
1081     if (MAC)
1082     {
1083       int ofs = charWidth / 2;
1084       // Off by 1 offset when drawing rects and ovals
1085       // to offscreen image on the MAC
1086       g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8, 8, 8);
1087       if (sCol == 0 || row[sCol - 1] == null
1088               || row[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')
1089       {
1090       }
1091       else
1092       {
1093         // g.setColor(Color.orange);
1094         g.fillRoundRect(lastSSX, y + 4 + iconOffset, x2 - x1 - ofs + 1, 8,
1095                 0, 0);
1096       }
1097       if (!validRes || row[column] == null
1098               || row[column].secondaryStructure != 'H')
1099       {
1100
1101       }
1102       else
1103       {
1104         // g.setColor(Color.magenta);
1105         g.fillRoundRect(lastSSX + ofs, y + 4 + iconOffset, x2 - x1 - ofs
1106                 + 1, 8, 0, 0);
1107
1108       }
1109
1110       return;
1111     }
1112
1113     if (sCol == 0 || row[sCol - 1] == null
1114             || row[sCol - 1].secondaryStructure != 'H')
1115     {
1116       g.fillArc(lastSSX, y + 4 + iconOffset, charWidth, 8, 90, 180);
1117       x1 += charWidth / 2;
1118     }
1119
1120     if (!validRes || row[column] == null
1121             || row[column].secondaryStructure != 'H')
1122     {
1123       g.fillArc((x * charWidth) - charWidth, y + 4 + iconOffset, charWidth,
1124               8, 270, 180);
1125       x2 -= charWidth / 2;
1126     }
1127
1128     g.fillRect(x1, y + 4 + iconOffset, x2 - x1, 8);
1129   }
1130
1131   public void drawLineGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1132           Annotation[] aa_annotations, int sRes, int eRes, int y,
1133           float min, float max, int graphHeight)
1134   {
1135     if (sRes > aa_annotations.length)
1136     {
1137       return;
1138     }
1139
1140     int x = 0;
1141
1142     // Adjustment for fastpaint to left
1143     if (eRes < endRes)
1144     {
1145       eRes++;
1146     }
1147
1148     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1149
1150     if (sRes == 0)
1151     {
1152       x++;
1153     }
1154
1155     int y1 = y, y2 = y;
1156     float range = max - min;
1157
1158     // //Draw origin
1159     if (min < 0)
1160     {
1161       y2 = y - (int) ((0 - min / range) * graphHeight);
1162     }
1163
1164     g.setColor(Color.gray);
1165     g.drawLine(x - charWidth, y2, (eRes - sRes + 1) * charWidth, y2);
1166
1167     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1168
1169     int column;
1170     int aaMax = aa_annotations.length - 1;
1171
1172     while (x < eRes - sRes)
1173     {
1174       column = sRes + x;
1175       if (hasHiddenColumns)
1176       {
1177         column = columnSelection.adjustForHiddenColumns(column);
1178       }
1179
1180       if (column > aaMax)
1181       {
1182         break;
1183       }
1184
1185       if (aa_annotations[column] == null
1186               || aa_annotations[column - 1] == null)
1187       {
1188         x++;
1189         continue;
1190       }
1191
1192       if (aa_annotations[column].colour == null)
1193         g.setColor(Color.black);
1194       else
1195         g.setColor(aa_annotations[column].colour);
1196
1197       y1 = y
1198               - (int) (((aa_annotations[column - 1].value - min) / range) * graphHeight);
1199       y2 = y
1200               - (int) (((aa_annotations[column].value - min) / range) * graphHeight);
1201
1202       g.drawLine(x * charWidth - charWidth / 2, y1, x * charWidth
1203               + charWidth / 2, y2);
1204       x++;
1205     }
1206
1207     if (_aa.threshold != null)
1208     {
1209       g.setColor(_aa.threshold.colour);
1210       Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
1211       g2.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_SQUARE,
1212               BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]
1213               { 5f, 3f }, 0f));
1214
1215       y2 = (int) (y - ((_aa.threshold.value - min) / range) * graphHeight);
1216       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1217       g2.setStroke(new BasicStroke());
1218     }
1219   }
1220
1221   public void drawBarGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1222           Annotation[] aa_annotations, int sRes, int eRes, float min,
1223           float max, int y, boolean renderHistogram, boolean renderProfile,
1224           boolean normaliseProfile)
1225   {
1226     if (sRes > aa_annotations.length)
1227     {
1228       return;
1229     }
1230     Font ofont = g.getFont();
1231     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1232
1233     int x = 0, y1 = y, y2 = y;
1234
1235     float range = max - min;
1236
1237     if (min < 0)
1238     {
1239       y2 = y - (int) ((0 - min / (range)) * _aa.graphHeight);
1240     }
1241
1242     g.setColor(Color.gray);
1243
1244     g.drawLine(x, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1245
1246     int column;
1247     int aaMax = aa_annotations.length - 1;
1248     while (x < eRes - sRes)
1249     {
1250       column = sRes + x;
1251       if (hasHiddenColumns)
1252       {
1253         column = columnSelection.adjustForHiddenColumns(column);
1254       }
1255
1256       if (column > aaMax)
1257       {
1258         break;
1259       }
1260
1261       if (aa_annotations[column] == null)
1262       {
1263         x++;
1264         continue;
1265       }
1266       if (aa_annotations[column].colour == null)
1267         g.setColor(Color.black);
1268       else
1269         g.setColor(aa_annotations[column].colour);
1270
1271       y1 = y
1272               - (int) (((aa_annotations[column].value - min) / (range)) * _aa.graphHeight);
1273
1274       if (renderHistogram)
1275       {
1276         if (y1 - y2 > 0)
1277         {
1278           g.fillRect(x * charWidth, y2, charWidth, y1 - y2);
1279         }
1280         else
1281         {
1282           g.fillRect(x * charWidth, y1, charWidth, y2 - y1);
1283         }
1284       }
1285       // draw profile if available
1286       if (renderProfile)
1287       {
1288
1289         int profl[] = getProfileFor(_aa, column);
1290         // just try to draw the logo if profl is not null
1291         if (profl != null && profl[1] != 0)
1292         {
1293           float ht = normaliseProfile ? y - _aa.graphHeight : y1;
1294           double htn = normaliseProfile ? _aa.graphHeight : (y2 - y1);// aa.graphHeight;
1295           double hght;
1296           float wdth;
1297           double ht2 = 0;
1298           char[] dc;
1299
1300           /**
1301            * profl.length == 74 indicates that the profile of a secondary
1302            * structure conservation row was accesed. Therefore dc gets length 2,
1303            * to have space for a basepair instead of just a single nucleotide
1304            */
1305           if (profl.length == 74)
1306           {
1307             dc = new char[2];
1308           }
1309           else
1310           {
1311             dc = new char[1];
1312           }
1313           LineMetrics lm = g.getFontMetrics(ofont).getLineMetrics("Q", g);
1314           double scale = 1f / (normaliseProfile ? profl[1] : 100f);
1315           float ofontHeight = 1f / lm.getAscent();// magnify to fill box
1316           double scl = 0.0;
1317           for (int c = 2; c < profl[0];)
1318           {
1319             dc[0] = (char) profl[c++];
1320
1321             if (_aa.label.startsWith("StrucConsensus"))
1322             {
1323               dc[1] = (char) profl[c++];
1324             }
1325
1326             wdth = charWidth;
1327             wdth /= fm.charsWidth(dc, 0, dc.length);
1328
1329             ht += scl;
1330             {
1331               scl = htn * scale * profl[c++];
1332               lm = ofont.getLineMetrics(dc, 0, 1, g.getFontMetrics()
1333                       .getFontRenderContext());
1334               g.setFont(ofont.deriveFont(AffineTransform.getScaleInstance(
1335                       wdth, scl / lm.getAscent())));
1336               lm = g.getFontMetrics().getLineMetrics(dc, 0, 1, g);
1337
1338               // Debug - render boxes around characters
1339               // g.setColor(Color.red);
1340               // g.drawRect(x*av.charWidth, (int)ht, av.charWidth,
1341               // (int)(scl));
1342               // g.setColor(profcolour.findColour(dc[0]).darker());
1343               g.setColor(profcolour.findColour(dc[0], column, null));
1344
1345               hght = (ht + (scl - lm.getDescent() - lm.getBaselineOffsets()[lm
1346                       .getBaselineIndex()]));
1347
1348               g.drawChars(dc, 0, dc.length, x * charWidth, (int) hght);
1349             }
1350           }
1351           g.setFont(ofont);
1352         }
1353       }
1354       x++;
1355     }
1356     if (_aa.threshold != null)
1357     {
1358       g.setColor(_aa.threshold.colour);
1359       Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
1360       g2.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_SQUARE,
1361               BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]
1362               { 5f, 3f }, 0f));
1363
1364       y2 = (int) (y - ((_aa.threshold.value - min) / range)
1365               * _aa.graphHeight);
1366       g.drawLine(0, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
1367       g2.setStroke(new BasicStroke());
1368     }
1369   }
1370
1371   // used by overview window
1372   public void drawGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation _aa,
1373           Annotation[] aa_annotations, int width, int y, int sRes, int eRes)
1374   {
1375     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
1376     g.setColor(Color.white);
1377     g.fillRect(0, 0, width, y);
1378     g.setColor(new Color(0, 0, 180));
1379
1380     int x = 0, height;
1381
1382     for (int j = sRes; j < eRes; j++)
1383     {
1384       if (aa_annotations[j] != null)
1385       {
1386         if (aa_annotations[j].colour == null)
1387           g.setColor(Color.black);
1388         else
1389           g.setColor(aa_annotations[j].colour);
1390
1391         height = (int) ((aa_annotations[j].value / _aa.graphMax) * y);
1392         if (height > y)
1393         {
1394           height = y;
1395         }
1396
1397         g.fillRect(x, y - height, charWidth, height);
1398       }
1399       x += charWidth;
1400     }
1401   }
1402
1403   Color getNotCanonicalColor(char lastss)
1404   {
1405     switch (lastss)
1406     {
1407     case '{':
1408     case '}':
1409       return new Color(255, 125, 5);
1410
1411     case '[':
1412     case ']':
1413       return new Color(245, 115, 10);
1414
1415     case '>':
1416     case '<':
1417       return new Color(235, 135, 15);
1418
1419     case 'A':
1420     case 'a':
1421       return new Color(225, 105, 20);
1422
1423     case 'B':
1424     case 'b':
1425       return new Color(215, 145, 30);
1426
1427     case 'C':
1428     case 'c':
1429       return new Color(205, 95, 35);
1430
1431     case 'D':
1432     case 'd':
1433       return new Color(195, 155, 45);
1434
1435     case 'E':
1436     case 'e':
1437       return new Color(185, 85, 55);
1438
1439     case 'F':
1440     case 'f':
1441       return new Color(175, 165, 65);
1442
1443     case 'G':
1444     case 'g':
1445       return new Color(170, 75, 75);
1446
1447     case 'H':
1448     case 'h':
1449       return new Color(160, 175, 85);
1450
1451     case 'I':
1452     case 'i':
1453       return new Color(150, 65, 95);
1454
1455     case 'J':
1456     case 'j':
1457       return new Color(140, 185, 105);
1458
1459     case 'K':
1460     case 'k':
1461       return new Color(130, 55, 110);
1462
1463     case 'L':
1464     case 'l':
1465       return new Color(120, 195, 120);
1466
1467     case 'M':
1468     case 'm':
1469       return new Color(110, 45, 130);
1470
1471     case 'N':
1472     case 'n':
1473       return new Color(100, 205, 140);
1474
1475     case 'O':
1476     case 'o':
1477       return new Color(90, 35, 150);
1478
1479     case 'P':
1480     case 'p':
1481       return new Color(85, 215, 160);
1482
1483     case 'Q':
1484     case 'q':
1485       return new Color(75, 25, 170);
1486
1487     case 'R':
1488     case 'r':
1489       return new Color(65, 225, 180);
1490
1491     case 'S':
1492     case 's':
1493       return new Color(55, 15, 185);
1494
1495     case 'T':
1496     case 't':
1497       return new Color(45, 235, 195);
1498
1499     case 'U':
1500     case 'u':
1501       return new Color(35, 5, 205);
1502
1503     case 'V':
1504     case 'v':
1505       return new Color(25, 245, 215);
1506
1507     case 'W':
1508     case 'w':
1509       return new Color(15, 0, 225);
1510
1511     case 'X':
1512     case 'x':
1513       return new Color(10, 255, 235);
1514
1515     case 'Y':
1516     case 'y':
1517       return new Color(5, 150, 245);
1518
1519     case 'Z':
1520     case 'z':
1521       return new Color(0, 80, 255);
1522
1523     default:
1524       System.out.println("This is not a interaction : " + lastss);
1525       return null;
1526
1527     }
1528   }
1529 }