src/jalview/renderer/ContactGeometry.java

   1 package jalview.renderer;
   2
   3 import java.util.Iterator;
   4
   5 import jalview.datamodel.ContactListI;
   6
   7 public class ContactGeometry
   8 {
   9   final int pixels_step;
  10
  11   final double contacts_per_pixel;
  12
  13   final int contact_height;
  14
  15   final int graphHeight;
  16
  17   public ContactGeometry(ContactListI contacts, int graphHeight)
  18   {
  19     this.graphHeight = graphHeight;
  20     contact_height = contacts.getContactHeight();
  21     // fractional number of contacts covering each pixel
  22     contacts_per_pixel = (graphHeight < 1) ? contact_height
  23             : ((double) contact_height) / ((double) graphHeight);
  24
  25     if (contacts_per_pixel >= 1)
  26     {
  27       // many contacts rendered per pixel
  28       pixels_step = 1;
  29     }
  30     else
  31     {
  32       // pixel height for each contact
  33       pixels_step = (int) Math
  34               .ceil(((double) graphHeight) / (double) contact_height);
  35     }
  36   }
  37
  38   public class contactInterval
  39   {
  40     public contactInterval(int cStart, int cEnd, int pStart, int pEnd)
  41     {
  42       this.cStart = cStart;
  43       this.cEnd = cEnd;
  44       this.pStart = pStart;
  45       this.pEnd = pEnd;
  46     }
  47
  48     // range on contact list
  49     public final int cStart;
  50
  51     public final int cEnd;
  52
  53     // range in pixels
  54     public final int pStart;
  55
  56     public final int pEnd;
  57   }
  58
  59   /**
  60    *
  61    * @param pStart
  62    * @param pEnd
  63    * @return range for
  64    */
  65   public contactInterval mapFor(int pStart, int pEnd)
  66   {
  67     int cStart = (int) Math.floor(pStart * contacts_per_pixel);
  68     contactInterval ci = new contactInterval(cStart,
  69             (int) Math.min(contact_height,
  70                     Math.ceil(
  71                             cStart + (pEnd - pStart) * contacts_per_pixel)),
  72             pStart, pEnd);
  73
  74     return ci;
  75   }
  76
  77   /**
  78    * return the cell containing given pixel
  79    *
  80    * @param pCentre
  81    * @return range for pCEntre
  82    */
  83   public contactInterval mapFor(int pCentre)
  84   {
  85     int pStart = Math.max(pCentre - pixels_step, 0);
  86     int pEnd = Math.min(pStart + pixels_step, graphHeight);
  87     int cStart = (int) Math.floor(pStart * contacts_per_pixel);
  88     contactInterval ci = new contactInterval(cStart,
  89             (int) Math.min(contact_height,
  90                     Math.ceil(cStart + (pixels_step) * contacts_per_pixel)),
  91             pStart, pEnd);
  92
  93     return ci;
  94   }
  95
  96   public Iterator<contactInterval> iterateOverContactIntervals(
  97           int graphHeight)
  98   {
  99     // NOT YET IMPLEMENTED
 100     return null;
 101     // int cstart = 0, cend;
 102     //
 103     // for (int ht = y2,
 104     // eht = y2 - graphHeight; ht >= eht; ht -= pixels_step)
 105     // {
 106     // cstart = (int) Math.floor(((double) y2 - ht) * contacts_per_pixel);
 107     // cend = (int) Math.min(contact_height,
 108     // Math.ceil(cstart + contacts_per_pixel * pixels_step));
 109     //
 110     // return new Iterator<contactIntervals>() {
 111     //
 112     // @Override
 113     // public boolean hasNext()
 114     // {
 115     // // TODO Auto-generated method stub
 116     // return false;
 117     // }
 118     //
 119     // @Override
 120     // public contactIntervals next()
 121     // {
 122     // // TODO Auto-generated method stub
 123     // return null;
 124     // }
 125     //
 126     // }
 127   }
 128 }