src/jalview/renderer/ContactMapRenderer.java

   1 /**
   2  *
   3  */
   4 package jalview.renderer;
   5
   6 import java.awt.Color;
   7 import java.awt.Graphics;
   8 import java.util.Iterator;
   9
  10 import jalview.api.AlignViewportI;
  11 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  12 import jalview.datamodel.Annotation;
  13 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  14 import jalview.datamodel.ContactListI;
  15 import jalview.datamodel.ContactRange;
  16 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  17 import jalview.renderer.api.AnnotationRowRendererI;
  18
  19 /**
  20  * @author jprocter
  21  *
  22  */
  23 public class ContactMapRenderer implements AnnotationRowRendererI
  24 {
  25
  26   @Override
  27   public void renderRow(Graphics g, int charWidth, int charHeight,
  28           boolean hasHiddenColumns, AlignViewportI viewport,
  29           HiddenColumns hiddenColumns, ColumnSelection columnSelection,
  30           AlignmentAnnotation _aa, Annotation[] aa_annotations, int sRes,
  31           int eRes, float min, float max, int y)
  32   {
  33     if (sRes > aa_annotations.length)
  34     {
  35       return;
  36     }
  37     eRes = Math.min(eRes, aa_annotations.length);
  38
  39     int x = 0, y2 = y;
  40
  41     g.setColor(Color.pink);
  42
  43     g.drawLine(x, y2, (eRes - sRes) * charWidth, y2);
  44
  45     int column;
  46     int aaMax = aa_annotations.length - 1;
  47     while (x < eRes - sRes)
  48     {
  49       column = sRes + x;
  50       if (hasHiddenColumns)
  51       {
  52         column = hiddenColumns.visibleToAbsoluteColumn(column);
  53       }
  54       // TODO: highlight columns selected
  55       boolean colsel = false;
  56       if (columnSelection != null)
  57       {
  58         colsel = columnSelection.contains(column);
  59       }
  60
  61       if (column > aaMax)
  62       {
  63         break;
  64       }
  65
  66       if (aa_annotations[column] == null)
  67       {
  68         x++;
  69         continue;
  70       }
  71       ContactListI contacts = viewport.getContactList(_aa, column);
  72       if (contacts == null)
  73       {
  74         x++;
  75         continue;
  76       }
  77       // feature still in development - highlight or omit regions hidden in
  78       // the alignment - currently marks them as red rows
  79       boolean maskHiddenCols = false;
  80       // TODO: pass visible column mask to the ContactGeometry object so it maps
  81       // only visible contacts to geometry
  82       // Bean holding mapping from contact list to pixels
  83       final ContactGeometry cgeom = new ContactGeometry(contacts,
  84               _aa.graphHeight);
  85
  86       for (int ht = y2, eht = y2
  87               - _aa.graphHeight; ht >= eht; ht -= cgeom.pixels_step)
  88       {
  89         ContactGeometry.contactInterval ci = cgeom.mapFor(y2 - ht,
  90                 y2 - ht + cgeom.pixels_step);
  91         // cstart = (int) Math.floor(((double) y2 - ht) * contacts_per_pixel);
  92         // cend = (int) Math.min(contact_height,
  93         // Math.ceil(cstart + contacts_per_pixel * pixels_step));
  94
  95         Color col;
  96         boolean rowsel = false, containsHidden = false;
  97         if (columnSelection != null)
  98         {
  99           if (_aa.sequenceRef == null)
 100           {
 101             rowsel = columnSelection.intersects(ci.cStart, ci.cEnd);
 102           }
 103           else
 104           {
 105             // TODO check we have correctly mapped cstart to local sequence
 106             // numbering
 107             int s = _aa.sequenceRef.findIndex(ci.cStart);
 108             int e = _aa.sequenceRef.findIndex(ci.cEnd);
 109             if (maskHiddenCols && hasHiddenColumns)
 110             {
 111               // TODO: turn into function and create test !!
 112               Iterator<int[]> viscont = hiddenColumns
 113                       .getVisContigsIterator(s, e, false);
 114               containsHidden = !viscont.hasNext();
 115             }
 116             if (s > 0 && s < _aa.sequenceRef.getLength())
 117             {
 118               rowsel = columnSelection.intersects(s, e);
 119             }
 120
 121           }
 122         }
 123         // TODO: show selected region
 124         if (colsel || rowsel)
 125         {
 126
 127           col = getSelectedColorForRange(min, max, contacts, ci.cStart,
 128                   ci.cEnd);
 129           if (colsel && rowsel)
 130           {
 131             col = new Color(col.getBlue(), col.getGreen(), col.getRed());
 132           }
 133           else
 134           {
 135             col = new Color(col.getBlue(), col.getBlue(), col.getBlue());
 136           }
 137         }
 138         else
 139         {
 140           col = getColorForRange(min, max, contacts, ci.cStart, ci.cEnd);
 141         }
 142         if (containsHidden)
 143         {
 144           col = Color.red;
 145         }
 146         g.setColor(col);
 147         if (cgeom.pixels_step > 1)
 148         {
 149           g.fillRect(x * charWidth, ht, charWidth, 1 + cgeom.pixels_step);
 150         }
 151         else
 152         {
 153           g.drawLine(x * charWidth, ht, (x + 1) * charWidth, ht);
 154         }
 155       }
 156       x++;
 157     }
 158
 159   }
 160
 161   // Shading parameters
 162   // currently hardwired for alphafold
 163   Color maxColor = new Color(246, 252, 243),
 164           minColor = new Color(0, 60, 26),
 165           selMinColor = new Color(26, 0, 60),
 166           selMaxColor = new Color(243, 246, 252);
 167
 168   Color shadeFor(float min, float max, float value)
 169   {
 170     return jalview.util.ColorUtils.getGraduatedColour(value, 0, minColor,
 171             max, maxColor);
 172   }
 173
 174   public Color getColorForRange(float min, float max, ContactListI cl,
 175           int i, int j)
 176   {
 177     ContactRange cr = cl.getRangeFor(i, j);
 178     // average for moment - probably more interested in maxIntProj though
 179     return shadeFor(min, max, (float) cr.getMean());
 180   }
 181
 182   public Color getSelectedColorForRange(float min, float max,
 183           ContactListI cl, int i, int j)
 184   {
 185     ContactRange cr = cl.getRangeFor(i, j);
 186     // average for moment - probably more interested in maxIntProj though
 187     return jalview.util.ColorUtils.getGraduatedColour((float) cr.getMean(),
 188             0, selMinColor, max, selMaxColor);
 189   }
 190
 191 }