src/jalview/schemabinding/version2/AlcodMap.java

   1 /*
   2  * This class was automatically generated with
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
   4  * Schema.
   5  * $Id$
   6  */
   7
   8 package jalview.schemabinding.version2;
   9
  10 //---------------------------------/
  11 //- Imported classes and packages -/
  12 //---------------------------------/
  13
  14 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
  15 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  16
  17 /**
  18  * Class AlcodMap.
  19  *
  20  * @version $Revision$ $Date$
  21  */
  22 public class AlcodMap implements java.io.Serializable
  23 {
  24
  25   // --------------------------/
  26   // - Class/Member Variables -/
  27   // --------------------------/
  28
  29   /**
  30    * internal jalview id for the dnasq for this mapping.
  31    *
  32    */
  33   private java.lang.String _dnasq;
  34
  35   /**
  36    * a Mapping entry and an associated protein sequence
  37    *
  38    */
  39   private jalview.schemabinding.version2.Mapping _mapping;
  40
  41   // ----------------/
  42   // - Constructors -/
  43   // ----------------/
  44
  45   public AlcodMap()
  46   {
  47     super();
  48   }
  49
  50   // -----------/
  51   // - Methods -/
  52   // -----------/
  53
  54   /**
  55    * Returns the value of field 'dnasq'. The field 'dnasq' has the following
  56    * description: internal jalview id for the dnasq for this mapping.
  57    *
  58    *
  59    * @return the value of field 'Dnasq'.
  60    */
  61   public java.lang.String getDnasq()
  62   {
  63     return this._dnasq;
  64   }
  65
  66   /**
  67    * Returns the value of field 'mapping'. The field 'mapping' has the following
  68    * description: a Mapping entry and an associated protein sequence
  69    *
  70    *
  71    * @return the value of field 'Mapping'.
  72    */
  73   public jalview.schemabinding.version2.Mapping getMapping()
  74   {
  75     return this._mapping;
  76   }
  77
  78   /**
  79    * Method isValid.
  80    *
  81    * @return true if this object is valid according to the schema
  82    */
  83   public boolean isValid()
  84   {
  85     try
  86     {
  87       validate();
  88     } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
  89     {
  90       return false;
  91     }
  92     return true;
  93   }
  94
  95   /**
  96    *
  97    *
  98    * @param out
  99    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
 100    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
 101    *           marshaling
 102    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 103    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 104    */
 105   public void marshal(final java.io.Writer out)
 106           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
 107           org.exolab.castor.xml.ValidationException
 108   {
 109     Marshaller.marshal(this, out);
 110   }
 111
 112   /**
 113    *
 114    *
 115    * @param handler
 116    * @throws java.io.IOException
 117    *           if an IOException occurs during marshaling
 118    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 119    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 120    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
 121    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
 122    *           marshaling
 123    */
 124   public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
 125           throws java.io.IOException,
 126           org.exolab.castor.xml.MarshalException,
 127           org.exolab.castor.xml.ValidationException
 128   {
 129     Marshaller.marshal(this, handler);
 130   }
 131
 132   /**
 133    * Sets the value of field 'dnasq'. The field 'dnasq' has the following
 134    * description: internal jalview id for the dnasq for this mapping.
 135    *
 136    *
 137    * @param dnasq
 138    *          the value of field 'dnasq'.
 139    */
 140   public void setDnasq(final java.lang.String dnasq)
 141   {
 142     this._dnasq = dnasq;
 143   }
 144
 145   /**
 146    * Sets the value of field 'mapping'. The field 'mapping' has the following
 147    * description: a Mapping entry and an associated protein sequence
 148    *
 149    *
 150    * @param mapping
 151    *          the value of field 'mapping'.
 152    */
 153   public void setMapping(
 154           final jalview.schemabinding.version2.Mapping mapping)
 155   {
 156     this._mapping = mapping;
 157   }
 158
 159   /**
 160    * Method unmarshal.
 161    *
 162    * @param reader
 163    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
 164    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
 165    *           marshaling
 166    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 167    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 168    * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.AlcodMap
 169    */
 170   public static jalview.schemabinding.version2.AlcodMap unmarshal(
 171           final java.io.Reader reader)
 172           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
 173           org.exolab.castor.xml.ValidationException
 174   {
 175     return (jalview.schemabinding.version2.AlcodMap) Unmarshaller
 176             .unmarshal(jalview.schemabinding.version2.AlcodMap.class,
 177                     reader);
 178   }
 179
 180   /**
 181    *
 182    *
 183    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 184    *           if this object is an invalid instance according to the schema
 185    */
 186   public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
 187   {
 188     org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
 189     validator.validate(this);
 190   }
 191
 192 }